Source compatibility report for the CDK library between 1.0.4 and 1.2.0 versions

Test Info

Library NameCDK
Version #11.0.4
Version #21.2.0

Test Results

Total Java ARchives1
Total Methods / Classes37449 / 3383
VerdictIncompatible
(46.5%)

Problem Summary

SeverityCount
Added Methods-5312
Removed MethodsHigh11701
Problems with
Data Types		High1722
Medium1
Low13
Problems with
Methods		High28
Medium1269
Low0
Other Changes
in Data Types		-151

Added Methods (5312)

cdk-1.2.0.jar, AbstractAbundance.class
package org.xmlcml.cml.element
AbstractAbundance.setXMLContent ( String value )  :  void

cdk-1.2.0.jar, AbstractAmount.class
package org.xmlcml.cml.element
AbstractAmount.setXMLContent ( String value )  :  void

cdk-1.2.0.jar, AbstractAngle.class
package org.xmlcml.cml.element
AbstractAngle.setXMLContent ( String value )  :  void

cdk-1.2.0.jar, AbstractArg.class
package org.xmlcml.cml.element
AbstractArg.getDelete ( )  :  String
AbstractArg.getDeleteAttribute ( )  :  CMLAttribute
AbstractArg.getEval ( )  :  String
AbstractArg.getEvalAttribute ( )  :  CMLAttribute
AbstractArg.getParameterName ( )  :  String
AbstractArg.getParameterNameAttribute ( )  :  CMLAttribute
AbstractArg.getParentAttribute ( )  :  String
AbstractArg.getParentAttributeAttribute ( )  :  CMLAttribute
AbstractArg.getSubstitute ( )  :  String
AbstractArg.getSubstituteAttribute ( )  :  CMLAttribute
AbstractArg.setDelete ( String value )  :  void
AbstractArg.setEval ( String value )  :  void
AbstractArg.setParameterName ( String value )  :  void
AbstractArg.setParentAttribute ( String value )  :  void
AbstractArg.setSubstitute ( String value )  :  void

cdk-1.2.0.jar, AbstractArray.class
package org.xmlcml.cml.element
AbstractArray.getEnd ( )  :  String
AbstractArray.getEndAttribute ( )  :  CMLAttribute
AbstractArray.getErrorValueArray ( )  :  double[ ]
AbstractArray.getStart ( )  :  String
AbstractArray.getStartAttribute ( )  :  CMLAttribute
AbstractArray.setEnd ( String value )  :  void
AbstractArray.setErrorValueArray ( double[ ] value )  :  void
AbstractArray.setStart ( String value )  :  void

cdk-1.2.0.jar, AbstractArrayList.class
package org.xmlcml.cml.element
AbstractArrayList.AbstractArrayList ( )
AbstractArrayList.AbstractArrayList ( AbstractArrayList old )
AbstractArrayList.addArray ( AbstractArray array )  :  void
AbstractArrayList.addAttribute ( Attribute att )  :  void
AbstractArrayList.addList ( AbstractList list )  :  void
AbstractArrayList.getArrayElements ( )  :  CMLElements
AbstractArrayList.getConvention ( )  :  String
AbstractArrayList.getConventionAttribute ( )  :  CMLAttribute
AbstractArrayList.getDictRef ( )  :  String
AbstractArrayList.getDictRefAttribute ( )  :  CMLAttribute
AbstractArrayList.getId ( )  :  String
AbstractArrayList.getIdAttribute ( )  :  CMLAttribute
AbstractArrayList.getListElements ( )  :  CMLElements
AbstractArrayList.getShape ( )  :  String
AbstractArrayList.getShapeAttribute ( )  :  CMLAttribute
AbstractArrayList.getTitle ( )  :  String
AbstractArrayList.getTitleAttribute ( )  :  CMLAttribute
AbstractArrayList.setConvention ( String value )  :  void
AbstractArrayList.setDictRef ( String value )  :  void
AbstractArrayList.setId ( String value )  :  void
AbstractArrayList.setShape ( String value )  :  void
AbstractArrayList.setTitle ( String value )  :  void

cdk-1.2.0.jar, AbstractAtomArray.class
package org.xmlcml.cml.element
AbstractAtomArray.getFormalCharge ( )  :  int[ ]
AbstractAtomArray.getHydrogenCount ( )  :  int[ ]
AbstractAtomArray.getOccupancy ( )  :  double[ ]
AbstractAtomArray.setFormalCharge ( int[ ] value )  :  void
AbstractAtomArray.setHydrogenCount ( int[ ] value )  :  void
AbstractAtomArray.setOccupancy ( double[ ] value )  :  void

cdk-1.2.0.jar, AbstractAtomParity.class
package org.xmlcml.cml.element
AbstractAtomParity.setXMLContent ( String value )  :  void

cdk-1.2.0.jar, AbstractAtomSet.class
package org.xmlcml.cml.element
AbstractAtomSet.setXMLContent ( String value )  :  void

cdk-1.2.0.jar, AbstractBond.class
package org.xmlcml.cml.element
AbstractBond.getCyclic ( )  :  String
AbstractBond.getCyclicAttribute ( )  :  CMLAttribute
AbstractBond.setCyclic ( String value )  :  void

cdk-1.2.0.jar, AbstractBondDescriptor.class
package org.openscience.cdk.qsar
AbstractBondDescriptor.cacheDescriptorValue ( IBond bond, IAtomContainer container, IDescriptorResult doubleResult )  :  void
AbstractBondDescriptor.getCachedDescriptorValue ( IBond bond )  :  IDescriptorResult
AbstractBondDescriptor.isCachedAtomContainer ( IAtomContainer container )  :  boolean

cdk-1.2.0.jar, AbstractBondSet.class
package org.xmlcml.cml.element
AbstractBondSet.setXMLContent ( String value )  :  void

cdk-1.2.0.jar, AbstractCellParameter.class
package org.xmlcml.cml.element
AbstractCellParameter.setXMLContent ( String value )  :  void

cdk-1.2.0.jar, AbstractDifference.class
package org.openscience.cdk.tools.diff.tree
AbstractDifference.AbstractDifference ( )

cdk-1.2.0.jar, AbstractDifferenceList.class
package org.openscience.cdk.tools.diff.tree
AbstractDifferenceList.AbstractDifferenceList ( )
AbstractDifferenceList.addChild ( IDifference childDiff )  :  void
AbstractDifferenceList.addChildren ( List children )  :  void
AbstractDifferenceList.childCount ( )  :  int
AbstractDifferenceList.getChildren ( )  :  Iterable

cdk-1.2.0.jar, AbstractFragment.class
package org.xmlcml.cml.element
AbstractFragment.AbstractFragment ( )
AbstractFragment.AbstractFragment ( AbstractFragment old )
AbstractFragment.addAttribute ( Attribute att )  :  void
AbstractFragment.addFragmentList ( AbstractFragmentList fragmentList )  :  void
AbstractFragment.addJoin ( AbstractJoin join )  :  void
AbstractFragment.addLabel ( AbstractLabel label )  :  void
AbstractFragment.addMetadataList ( AbstractMetadataList metadataList )  :  void
AbstractFragment.addMolecule ( AbstractMolecule molecule )  :  void
AbstractFragment.getConvention ( )  :  String
AbstractFragment.getConventionAttribute ( )  :  CMLAttribute
AbstractFragment.getCountExpression ( )  :  String
AbstractFragment.getCountExpressionAttribute ( )  :  CountExpressionAttribute
AbstractFragment.getDictRef ( )  :  String
AbstractFragment.getDictRefAttribute ( )  :  CMLAttribute
AbstractFragment.getFragmentListElements ( )  :  CMLElements
AbstractFragment.getId ( )  :  String
AbstractFragment.getIdAttribute ( )  :  CMLAttribute
AbstractFragment.getJoinElements ( )  :  CMLElements
AbstractFragment.getLabelElements ( )  :  CMLElements
AbstractFragment.getMetadataListElements ( )  :  CMLElements
AbstractFragment.getMoleculeElements ( )  :  CMLElements
AbstractFragment.getRef ( )  :  String
AbstractFragment.getRefAttribute ( )  :  CMLAttribute
AbstractFragment.getRole ( )  :  String
AbstractFragment.getRoleAttribute ( )  :  CMLAttribute
AbstractFragment.getTitle ( )  :  String
AbstractFragment.getTitleAttribute ( )  :  CMLAttribute
AbstractFragment.setConvention ( String value )  :  void
AbstractFragment.setCountExpression ( String value )  :  void
AbstractFragment.setDictRef ( String value )  :  void
AbstractFragment.setId ( String value )  :  void
AbstractFragment.setRef ( String value )  :  void
AbstractFragment.setRole ( String value )  :  void
AbstractFragment.setTitle ( String value )  :  void

cdk-1.2.0.jar, AbstractFragmentList.class
package org.xmlcml.cml.element
AbstractFragmentList.AbstractFragmentList ( )
AbstractFragmentList.AbstractFragmentList ( AbstractFragmentList old )
AbstractFragmentList.addAttribute ( Attribute att )  :  void
AbstractFragmentList.addFragment ( AbstractFragment fragment )  :  void
AbstractFragmentList.addJoin ( AbstractJoin join )  :  void
AbstractFragmentList.addLabel ( AbstractLabel label )  :  void
AbstractFragmentList.addMetadataList ( AbstractMetadataList metadataList )  :  void
AbstractFragmentList.getConvention ( )  :  String
AbstractFragmentList.getConventionAttribute ( )  :  CMLAttribute
AbstractFragmentList.getDictRef ( )  :  String
AbstractFragmentList.getDictRefAttribute ( )  :  CMLAttribute
AbstractFragmentList.getFragmentElements ( )  :  CMLElements
AbstractFragmentList.getId ( )  :  String
AbstractFragmentList.getIdAttribute ( )  :  CMLAttribute
AbstractFragmentList.getJoinElements ( )  :  CMLElements
AbstractFragmentList.getLabelElements ( )  :  CMLElements
AbstractFragmentList.getMetadataListElements ( )  :  CMLElements
AbstractFragmentList.getRef ( )  :  String
AbstractFragmentList.getRefAttribute ( )  :  CMLAttribute
AbstractFragmentList.getRole ( )  :  String
AbstractFragmentList.getRoleAttribute ( )  :  CMLAttribute
AbstractFragmentList.getTitle ( )  :  String
AbstractFragmentList.getTitleAttribute ( )  :  CMLAttribute
AbstractFragmentList.setConvention ( String value )  :  void
AbstractFragmentList.setDictRef ( String value )  :  void
AbstractFragmentList.setId ( String value )  :  void
AbstractFragmentList.setRef ( String value )  :  void
AbstractFragmentList.setRole ( String value )  :  void
AbstractFragmentList.setTitle ( String value )  :  void

cdk-1.2.0.jar, AbstractGenerator.class
package org.xmlcml.cml.base
AbstractGenerator.AbstractGenerator ( )
AbstractGenerator.getSchema ( )  :  Element
AbstractGenerator.getValue ( )  :  String
AbstractGenerator.readAndAssembleSchemaComponents ( String dir )  :  Element
AbstractGenerator.setSchema ( Element schema )  :  void

cdk-1.2.0.jar, AbstractIdentifier.class
package org.xmlcml.cml.element
AbstractIdentifier.getCMLValueAttribute ( )  :  CMLAttribute

cdk-1.2.0.jar, AbstractJoin.class
package org.xmlcml.cml.element
AbstractJoin.AbstractJoin ( )
AbstractJoin.AbstractJoin ( AbstractJoin old )
AbstractJoin.addAngle ( AbstractAngle angle )  :  void
AbstractJoin.addArg ( AbstractArg arg )  :  void
AbstractJoin.addAttribute ( Attribute att )  :  void
AbstractJoin.addLabel ( AbstractLabel label )  :  void
AbstractJoin.addLength ( AbstractLength length )  :  void
AbstractJoin.addMetadataList ( AbstractMetadataList metadataList )  :  void
AbstractJoin.addMolecule ( AbstractMolecule molecule )  :  void
AbstractJoin.addTorsion ( AbstractTorsion torsion )  :  void
AbstractJoin.getAngleElements ( )  :  CMLElements
AbstractJoin.getArgElements ( )  :  CMLElements
AbstractJoin.getAtomRefs2 ( )  :  String[ ]
AbstractJoin.getAtomRefs2Attribute ( )  :  CMLAttribute
AbstractJoin.getConvention ( )  :  String
AbstractJoin.getConventionAttribute ( )  :  CMLAttribute
AbstractJoin.getDictRef ( )  :  String
AbstractJoin.getDictRefAttribute ( )  :  CMLAttribute
AbstractJoin.getId ( )  :  String
AbstractJoin.getIdAttribute ( )  :  CMLAttribute
AbstractJoin.getLabelElements ( )  :  CMLElements
AbstractJoin.getLengthElements ( )  :  CMLElements
AbstractJoin.getMetadataListElements ( )  :  CMLElements
AbstractJoin.getMoleculeElements ( )  :  CMLElements
AbstractJoin.getMoleculeRefs2 ( )  :  String[ ]
AbstractJoin.getMoleculeRefs2Attribute ( )  :  CMLAttribute
AbstractJoin.getOrder ( )  :  String
AbstractJoin.getOrderAttribute ( )  :  CMLAttribute
AbstractJoin.getRef ( )  :  String
AbstractJoin.getRefAttribute ( )  :  CMLAttribute
AbstractJoin.getTitle ( )  :  String
AbstractJoin.getTitleAttribute ( )  :  CMLAttribute
AbstractJoin.getTorsionElements ( )  :  CMLElements
AbstractJoin.setAtomRefs2 ( String value )  :  void
AbstractJoin.setAtomRefs2 ( String[ ] value )  :  void
AbstractJoin.setConvention ( String value )  :  void
AbstractJoin.setDictRef ( String value )  :  void
AbstractJoin.setId ( String value )  :  void
AbstractJoin.setMoleculeRefs2 ( String value )  :  void
AbstractJoin.setMoleculeRefs2 ( String[ ] value )  :  void
AbstractJoin.setOrder ( String value )  :  void
AbstractJoin.setRef ( String value )  :  void
AbstractJoin.setTitle ( String value )  :  void

cdk-1.2.0.jar, AbstractKpoint.class
package org.xmlcml.cml.element
AbstractKpoint.setXMLContent ( String value )  :  void

cdk-1.2.0.jar, AbstractLabel.class
package org.xmlcml.cml.element
AbstractLabel.getCMLValueAttribute ( )  :  CMLAttribute

cdk-1.2.0.jar, AbstractLatticeVector.class
package org.xmlcml.cml.element
AbstractLatticeVector.getPeriodic ( )  :  boolean
AbstractLatticeVector.setPeriodic ( boolean value )  :  void
AbstractLatticeVector.setXMLContent ( String value )  :  void

cdk-1.2.0.jar, AbstractLength.class
package org.xmlcml.cml.element
AbstractLength.setXMLContent ( String value )  :  void

cdk-1.2.0.jar, AbstractLine3.class
package org.xmlcml.cml.element
AbstractLine3.setXMLContent ( String value )  :  void

cdk-1.2.0.jar, AbstractMap.class
package org.xmlcml.cml.element
AbstractMap.getRef ( )  :  String
AbstractMap.getRefAttribute ( )  :  CMLAttribute
AbstractMap.setRef ( String value )  :  void

cdk-1.2.0.jar, AbstractMatrix.class
package org.xmlcml.cml.element
AbstractMatrix.getErrorValueArray ( )  :  double[ ]
AbstractMatrix.setErrorValueArray ( double[ ] value )  :  void

cdk-1.2.0.jar, AbstractMolecule.class
package org.xmlcml.cml.element
AbstractMolecule.getIdgen ( )  :  String
AbstractMolecule.getIdgenAttribute ( )  :  CMLAttribute
AbstractMolecule.getProcess ( )  :  String
AbstractMolecule.getProcessAttribute ( )  :  CMLAttribute
AbstractMolecule.getSymmetryOriented ( )  :  boolean
AbstractMolecule.setIdgen ( String value )  :  void
AbstractMolecule.setProcess ( String value )  :  void
AbstractMolecule.setSymmetryOriented ( boolean value )  :  void

cdk-1.2.0.jar, AbstractMoleculeList.class
package org.xmlcml.cml.element
AbstractMoleculeList.AbstractMoleculeList ( )
AbstractMoleculeList.AbstractMoleculeList ( AbstractMoleculeList old )
AbstractMoleculeList.addAttribute ( Attribute att )  :  void
AbstractMoleculeList.addList ( AbstractList list )  :  void
AbstractMoleculeList.addMetadataList ( AbstractMetadataList metadataList )  :  void
AbstractMoleculeList.addMolecule ( AbstractMolecule molecule )  :  void
AbstractMoleculeList.addMoleculeList ( AbstractMoleculeList moleculeList )  :  void
AbstractMoleculeList.getConvention ( )  :  String
AbstractMoleculeList.getConventionAttribute ( )  :  CMLAttribute
AbstractMoleculeList.getDictRef ( )  :  String
AbstractMoleculeList.getDictRefAttribute ( )  :  CMLAttribute
AbstractMoleculeList.getId ( )  :  String
AbstractMoleculeList.getIdAttribute ( )  :  CMLAttribute
AbstractMoleculeList.getListElements ( )  :  CMLElements
AbstractMoleculeList.getMetadataListElements ( )  :  CMLElements
AbstractMoleculeList.getMoleculeElements ( )  :  CMLElements
AbstractMoleculeList.getMoleculeListElements ( )  :  CMLElements
AbstractMoleculeList.getRef ( )  :  String
AbstractMoleculeList.getRefAttribute ( )  :  CMLAttribute
AbstractMoleculeList.getTitle ( )  :  String
AbstractMoleculeList.getTitleAttribute ( )  :  CMLAttribute
AbstractMoleculeList.setConvention ( String value )  :  void
AbstractMoleculeList.setDictRef ( String value )  :  void
AbstractMoleculeList.setId ( String value )  :  void
AbstractMoleculeList.setRef ( String value )  :  void
AbstractMoleculeList.setTitle ( String value )  :  void

cdk-1.2.0.jar, AbstractParameter.class
package org.xmlcml.cml.element
AbstractParameter.getCMLValueAttribute ( )  :  CMLAttribute

cdk-1.2.0.jar, AbstractPeakStructure.class
package org.xmlcml.cml.element
AbstractPeakStructure.getCMLValueAttribute ( )  :  CMLAttribute

cdk-1.2.0.jar, AbstractPlane3.class
package org.xmlcml.cml.element
AbstractPlane3.setXMLContent ( String value )  :  void

cdk-1.2.0.jar, AbstractPoint3.class
package org.xmlcml.cml.element
AbstractPoint3.setXMLContent ( String value )  :  void

cdk-1.2.0.jar, AbstractScalar.class
package org.xmlcml.cml.element
AbstractScalar.getUnitTypeAttribute ( )  :  NamespaceRefAttribute

cdk-1.2.0.jar, AbstractSpectrum.class
package org.xmlcml.cml.element
AbstractSpectrum.addParameterList ( AbstractParameterList parameterList )  :  void
AbstractSpectrum.addSubstanceList ( AbstractSubstanceList substanceList )  :  void
AbstractSpectrum.getParameterListElements ( )  :  CMLElements
AbstractSpectrum.getSubstanceListElements ( )  :  CMLElements

cdk-1.2.0.jar, AbstractSphere3.class
package org.xmlcml.cml.element
AbstractSphere3.setXMLContent ( String value )  :  void

cdk-1.2.0.jar, AbstractTable.class
package org.xmlcml.cml.element
AbstractTable.addArrayList ( AbstractArrayList arrayList )  :  void
AbstractTable.addTableRowList ( AbstractTableRowList tableRowList )  :  void
AbstractTable.getArrayListElements ( )  :  CMLElements
AbstractTable.getTableRowListElements ( )  :  CMLElements
AbstractTable.getTableType ( )  :  String
AbstractTable.getTableTypeAttribute ( )  :  CMLAttribute
AbstractTable.setTableType ( String value )  :  void

cdk-1.2.0.jar, AbstractTableCell.class
package org.xmlcml.cml.element
AbstractTableCell.AbstractTableCell ( )
AbstractTableCell.AbstractTableCell ( AbstractTableCell old )
AbstractTableCell.addAttribute ( Attribute att )  :  void
AbstractTableCell.getConvention ( )  :  String
AbstractTableCell.getConventionAttribute ( )  :  CMLAttribute
AbstractTableCell.getDictRef ( )  :  String
AbstractTableCell.getDictRefAttribute ( )  :  CMLAttribute
AbstractTableCell.getId ( )  :  String
AbstractTableCell.getIdAttribute ( )  :  CMLAttribute
AbstractTableCell.getTitle ( )  :  String
AbstractTableCell.getTitleAttribute ( )  :  CMLAttribute
AbstractTableCell.setConvention ( String value )  :  void
AbstractTableCell.setDictRef ( String value )  :  void
AbstractTableCell.setId ( String value )  :  void
AbstractTableCell.setTitle ( String value )  :  void

cdk-1.2.0.jar, AbstractTableHeader.class
package org.xmlcml.cml.element
AbstractTableHeader.addTableHeaderCell ( AbstractTableHeaderCell tableHeaderCell )  :  void
AbstractTableHeader.getTableHeaderCellElements ( )  :  CMLElements

cdk-1.2.0.jar, AbstractTableHeaderCell.class
package org.xmlcml.cml.element
AbstractTableHeaderCell.AbstractTableHeaderCell ( )
AbstractTableHeaderCell.AbstractTableHeaderCell ( AbstractTableHeaderCell old )
AbstractTableHeaderCell.addAttribute ( Attribute att )  :  void
AbstractTableHeaderCell.getConstantToSI ( )  :  double
AbstractTableHeaderCell.getConstantToSIAttribute ( )  :  CMLAttribute
AbstractTableHeaderCell.getConvention ( )  :  String
AbstractTableHeaderCell.getConventionAttribute ( )  :  CMLAttribute
AbstractTableHeaderCell.getDataType ( )  :  String
AbstractTableHeaderCell.getDataTypeAttribute ( )  :  CMLAttribute
AbstractTableHeaderCell.getDictRef ( )  :  String
AbstractTableHeaderCell.getDictRefAttribute ( )  :  CMLAttribute
AbstractTableHeaderCell.getId ( )  :  String
AbstractTableHeaderCell.getIdAttribute ( )  :  CMLAttribute
AbstractTableHeaderCell.getMultiplierToSI ( )  :  double
AbstractTableHeaderCell.getMultiplierToSIAttribute ( )  :  CMLAttribute
AbstractTableHeaderCell.getTitle ( )  :  String
AbstractTableHeaderCell.getTitleAttribute ( )  :  CMLAttribute
AbstractTableHeaderCell.getUnits ( )  :  String
AbstractTableHeaderCell.getUnitsAttribute ( )  :  CMLAttribute
AbstractTableHeaderCell.getUnitType ( )  :  String
AbstractTableHeaderCell.getUnitTypeAttribute ( )  :  CMLAttribute
AbstractTableHeaderCell.setConstantToSI ( double value )  :  void
AbstractTableHeaderCell.setConstantToSI ( String value )  :  void
AbstractTableHeaderCell.setConvention ( String value )  :  void
AbstractTableHeaderCell.setDataType ( String value )  :  void
AbstractTableHeaderCell.setDictRef ( String value )  :  void
AbstractTableHeaderCell.setId ( String value )  :  void
AbstractTableHeaderCell.setMultiplierToSI ( double value )  :  void
AbstractTableHeaderCell.setMultiplierToSI ( String value )  :  void
AbstractTableHeaderCell.setTitle ( String value )  :  void
AbstractTableHeaderCell.setUnits ( String value )  :  void
AbstractTableHeaderCell.setUnitType ( String value )  :  void

cdk-1.2.0.jar, AbstractTableRow.class
package org.xmlcml.cml.element
AbstractTableRow.addTableCell ( AbstractTableCell tableCell )  :  void
AbstractTableRow.getTableCellElements ( )  :  CMLElements

cdk-1.2.0.jar, AbstractTableRowList.class
package org.xmlcml.cml.element
AbstractTableRowList.AbstractTableRowList ( )
AbstractTableRowList.AbstractTableRowList ( AbstractTableRowList old )
AbstractTableRowList.addAttribute ( Attribute att )  :  void
AbstractTableRowList.addTableRow ( AbstractTableRow tableRow )  :  void
AbstractTableRowList.getConvention ( )  :  String
AbstractTableRowList.getConventionAttribute ( )  :  CMLAttribute
AbstractTableRowList.getDictRef ( )  :  String
AbstractTableRowList.getDictRefAttribute ( )  :  CMLAttribute
AbstractTableRowList.getId ( )  :  String
AbstractTableRowList.getIdAttribute ( )  :  CMLAttribute
AbstractTableRowList.getTableRowElements ( )  :  CMLElements
AbstractTableRowList.getTitle ( )  :  String
AbstractTableRowList.getTitleAttribute ( )  :  CMLAttribute
AbstractTableRowList.setConvention ( String value )  :  void
AbstractTableRowList.setDictRef ( String value )  :  void
AbstractTableRowList.setId ( String value )  :  void
AbstractTableRowList.setTitle ( String value )  :  void

cdk-1.2.0.jar, AbstractTool.class
package org.xmlcml.cml.base
AbstractTool.AbstractTool ( )

cdk-1.2.0.jar, AbstractTorsion.class
package org.xmlcml.cml.element
AbstractTorsion.setXMLContent ( String value )  :  void

cdk-1.2.0.jar, AbstractTransform3.class
package org.xmlcml.cml.element
AbstractTransform3.setXMLContent ( String value )  :  void

cdk-1.2.0.jar, AbstractVector3.class
package org.xmlcml.cml.element
AbstractVector3.setXMLContent ( String value )  :  void

cdk-1.2.0.jar, Action.class
package org.xmlcml.cml.attribute
DelimiterAttribute.Action.valueOf ( String name ) [static]  :  DelimiterAttribute.Action
DelimiterAttribute.Action.values ( ) [static]  :  DelimiterAttribute.Action[ ]

cdk-1.2.0.jar, AdductFormula.class
package org.openscience.cdk.formula
AdductFormula.add ( IMolecularFormulaSet formulaSet )  :  void
AdductFormula.addMolecularFormula ( IMolecularFormula formula )  :  void
AdductFormula.AdductFormula ( )
AdductFormula.AdductFormula ( IMolecularFormula formula )
AdductFormula.clone ( )  :  Object
AdductFormula.contains ( IIsotope isotope )  :  boolean
AdductFormula.contains ( IMolecularFormula formula )  :  boolean
AdductFormula.getBuilder ( )  :  IChemObjectBuilder
AdductFormula.getCharge ( )  :  Integer
AdductFormula.getIsotopeCount ( )  :  int
AdductFormula.getIsotopeCount ( IIsotope isotope )  :  int
AdductFormula.getMolecularFormula ( int position )  :  IMolecularFormula
AdductFormula.isotopes ( )  :  Iterable
AdductFormula.iterator ( )  :  Iterator
AdductFormula.molecularFormulas ( )  :  Iterable
AdductFormula.removeAllMolecularFormulas ( )  :  void
AdductFormula.removeMolecularFormula ( IMolecularFormula formula )  :  void
AdductFormula.removeMolecularFormula ( int position )  :  void
AdductFormula.setCharge ( Integer charge )  :  void *DEPRECATED*
AdductFormula.size ( )  :  int

cdk-1.2.0.jar, AdductionLPMechanism.class
package org.openscience.cdk.reaction.mechanism
AdductionLPMechanism.AdductionLPMechanism ( )
AdductionLPMechanism.initiate ( IMoleculeSet moleculeSet, ArrayList atomList, ArrayList bondList )  :  IReaction

cdk-1.2.0.jar, AdductionPBMechanism.class
package org.openscience.cdk.reaction.mechanism
AdductionPBMechanism.AdductionPBMechanism ( )
AdductionPBMechanism.initiate ( IMoleculeSet moleculeSet, ArrayList atomList, ArrayList bondList )  :  IReaction

cdk-1.2.0.jar, AdductionProtonLPReaction.class
package org.openscience.cdk.reaction.type
AdductionProtonLPReaction.AdductionProtonLPReaction ( )
AdductionProtonLPReaction.getSpecification ( )  :  ReactionSpecification
AdductionProtonLPReaction.initiate ( IMoleculeSet reactants, IMoleculeSet agents )  :  IReactionSet

cdk-1.2.0.jar, AdductionProtonPBReaction.class
package org.openscience.cdk.reaction.type
AdductionProtonPBReaction.AdductionProtonPBReaction ( )
AdductionProtonPBReaction.getSpecification ( )  :  ReactionSpecification
AdductionProtonPBReaction.initiate ( IMoleculeSet reactants, IMoleculeSet agents )  :  IReactionSet

cdk-1.2.0.jar, AdductionSodiumLPReaction.class
package org.openscience.cdk.reaction.type
AdductionSodiumLPReaction.AdductionSodiumLPReaction ( )
AdductionSodiumLPReaction.getSpecification ( )  :  ReactionSpecification
AdductionSodiumLPReaction.initiate ( IMoleculeSet reactants, IMoleculeSet agents )  :  IReactionSet

cdk-1.2.0.jar, AliphaticSymbolAtom.class
package org.openscience.cdk.isomorphism.matchers.smarts
AliphaticSymbolAtom.AliphaticSymbolAtom ( String symbol )
AliphaticSymbolAtom.matches ( IAtom atom )  :  boolean
AliphaticSymbolAtom.toString ( )  :  String

cdk-1.2.0.jar, ALOGPDescriptor.class
package org.openscience.cdk.qsar.descriptors.molecular
ALOGPDescriptor.ALOGPDescriptor ( )
ALOGPDescriptor.calculate ( IAtomContainer atomContainer )  :  DescriptorValue
ALOGPDescriptor.getDescriptorNames ( )  :  String[ ]
ALOGPDescriptor.getDescriptorResultType ( )  :  IDescriptorResult
ALOGPDescriptor.getParameterNames ( )  :  String[ ]
ALOGPDescriptor.getParameters ( )  :  Object[ ]
ALOGPDescriptor.getParameterType ( String name )  :  Object
ALOGPDescriptor.getSpecification ( )  :  DescriptorSpecification
ALOGPDescriptor.setParameters ( Object[ ] params )  :  void

cdk-1.2.0.jar, AminoAcidCountDescriptor.class
package org.openscience.cdk.qsar.descriptors.molecular
AminoAcidCountDescriptor.getDescriptorNames ( )  :  String[ ]

cdk-1.2.0.jar, AngleBending.class
package org.openscience.cdk.modeling.forcefield
AngleBending.setMMFF94AngleBendingParameters ( IAtomContainer molecule, Map parameterSet, boolean angleBendingFlag )  :  void

cdk-1.2.0.jar, AnyOrderQueryBond.class
package org.openscience.cdk.isomorphism.matchers.smarts
AnyOrderQueryBond.AnyOrderQueryBond ( IQueryAtom atom1, IQueryAtom atom2, IBond.Order order )

cdk-1.2.0.jar, APolDescriptor.class
package org.openscience.cdk.qsar.descriptors.molecular
APolDescriptor.getDescriptorNames ( )  :  String[ ]

cdk-1.2.0.jar, AromaticAtomsCountDescriptor.class
package org.openscience.cdk.qsar.descriptors.molecular
AromaticAtomsCountDescriptor.getDescriptorNames ( )  :  String[ ]

cdk-1.2.0.jar, AromaticBondsCountDescriptor.class
package org.openscience.cdk.qsar.descriptors.molecular
AromaticBondsCountDescriptor.getDescriptorNames ( )  :  String[ ]

cdk-1.2.0.jar, AromaticOrSingleQueryBond.class
package org.openscience.cdk.isomorphism.matchers.smarts
AromaticOrSingleQueryBond.AromaticOrSingleQueryBond ( )
AromaticOrSingleQueryBond.AromaticOrSingleQueryBond ( IQueryAtom atom1, IQueryAtom atom2, IBond.Order order )
AromaticOrSingleQueryBond.matches ( IBond bond )  :  boolean
AromaticOrSingleQueryBond.toString ( )  :  String

cdk-1.2.0.jar, AromaticQueryBond.class
package org.openscience.cdk.isomorphism.matchers.smarts
AromaticQueryBond.AromaticQueryBond ( IQueryAtom atom1, IQueryAtom atom2, IBond.Order order )

cdk-1.2.0.jar, AromaticSymbolAtom.class
package org.openscience.cdk.isomorphism.matchers.smarts
AromaticSymbolAtom.AromaticSymbolAtom ( String symbol )
AromaticSymbolAtom.matches ( IAtom atom )  :  boolean
AromaticSymbolAtom.toString ( )  :  String

cdk-1.2.0.jar, Artefact.class
package net.sf.jnati.deploy.artefact
Artefact.Artefact ( String id, String version )
Artefact.getAllowDownload ( )  :  boolean
Artefact.getAllowLocal ( )  :  boolean
Artefact.getArtefactLocation ( )  :  ArtefactLocation
Artefact.getAutoDeploy ( )  :  boolean
Artefact.getConfiguration ( )  :  Configuration
Artefact.getFileList ( )  :  List
Artefact.getId ( )  :  String
Artefact.getLocalRepository ( )  :  File
Artefact.getOsArch ( )  :  String
Artefact.getPath ( )  :  File
Artefact.getProperty ( String key )  :  String
Artefact.getRepositoryList ( )  :  List
Artefact.getRepositoryUrls ( )  :  List
Artefact.getVersion ( )  :  String
Artefact.setConfiguration ( Configuration config )  :  void
Artefact.setFileList ( List fileList )  :  void
Artefact.setPath ( File path )  :  void
Artefact.setRepositoryList ( List repositoryList )  :  void
Artefact.toString ( )  :  String

cdk-1.2.0.jar, ArtefactFile.class
package net.sf.jnati.deploy.artefact
ArtefactFile.ArtefactFile ( String path )
ArtefactFile.getPath ( )  :  String
ArtefactFile.isExe ( )  :  boolean
ArtefactFile.isLibrary ( )  :  boolean
ArtefactFile.setExe ( boolean exe )  :  void
ArtefactFile.setLibrary ( boolean library )  :  void

cdk-1.2.0.jar, ArtefactLocation.class
package net.sf.jnati
ArtefactLocation.ArtefactLocation ( String id, String version, String osarch, File root )
ArtefactLocation.getId ( )  :  String
ArtefactLocation.getOsArch ( )  :  String
ArtefactLocation.getPath ( )  :  File
ArtefactLocation.getVersion ( )  :  String

cdk-1.2.0.jar, ArtefactNotFoundException.class
package net.sf.jnati.deploy.resolver
ArtefactNotFoundException.ArtefactNotFoundException ( String message )
ArtefactNotFoundException.ArtefactNotFoundException ( String message, Throwable cause )
ArtefactNotFoundException.ArtefactNotFoundException ( Throwable cause )

cdk-1.2.0.jar, ArtefactRepository.class
package net.sf.jnati.deploy.repository
ArtefactRepository.ArtefactRepository ( )
ArtefactRepository.getArtefactSource ( Artefact p1 ) [abstract]  :  List

cdk-1.2.0.jar, ArtefactResolver.class
package net.sf.jnati.deploy.resolver
ArtefactResolver.ArtefactResolver ( )
ArtefactResolver.resolve ( Artefact artefact, ArtefactSource source, File target )  :  void

cdk-1.2.0.jar, ArtefactSource.class
package net.sf.jnati.deploy.source
ArtefactSource.ArtefactSource ( )
ArtefactSource.close ( ) [abstract]  :  void
ArtefactSource.containsFile ( String p1 ) [abstract]  :  boolean
ArtefactSource.getPath ( ) [abstract]  :  File
ArtefactSource.isLocal ( ) [abstract]  :  boolean
ArtefactSource.loadManifest ( Artefact artefact )  :  void
ArtefactSource.openFile ( String p1 ) [abstract]  :  InputStream

cdk-1.2.0.jar, AS.class
package org.xmlcml.molutil
ChemicalElement.AS.equals ( String elSym )  :  boolean
ChemicalElement.AS.valueOf ( String name ) [static]  :  ChemicalElement.AS
ChemicalElement.AS.values ( ) [static]  :  ChemicalElement.AS[ ]

cdk-1.2.0.jar, Association.class
package org.openscience.cdk
Association.Association ( IAtom atom1, IAtom atom2 )
Association.contains ( IAtom atom )  :  boolean
Association.getAtomAt ( int position )  :  IAtom
Association.getAtoms ( )  :  IAtom[ ]
Association.getElectronCount ( )  :  Integer
Association.setAtomAt ( IAtom atom, int position )  :  void
Association.setAtoms ( IAtom[ ] atoms )  :  void

cdk-1.2.0.jar, ASTAliphatic.class
package org.openscience.cdk.smiles.smarts.parser
ASTAliphatic.ASTAliphatic ( int id )
ASTAliphatic.ASTAliphatic ( SMARTSParser p, int id )
ASTAliphatic.jjtAccept ( SMARTSParserVisitor visitor, Object data )  :  Object

cdk-1.2.0.jar, ASTAnyAtom.class
package org.openscience.cdk.smiles.smarts.parser
ASTAnyAtom.ASTAnyAtom ( int id )
ASTAnyAtom.ASTAnyAtom ( SMARTSParser p, int id )
ASTAnyAtom.jjtAccept ( SMARTSParserVisitor visitor, Object data )  :  Object

cdk-1.2.0.jar, ASTAromatic.class
package org.openscience.cdk.smiles.smarts.parser
ASTAromatic.ASTAromatic ( int id )
ASTAromatic.ASTAromatic ( SMARTSParser p, int id )
ASTAromatic.jjtAccept ( SMARTSParserVisitor visitor, Object data )  :  Object

cdk-1.2.0.jar, ASTAtom.class
package org.openscience.cdk.smiles.smarts.parser
ASTAtom.ASTAtom ( int id )
ASTAtom.ASTAtom ( SMARTSParser p, int id )
ASTAtom.jjtAccept ( SMARTSParserVisitor visitor, Object data )  :  Object

cdk-1.2.0.jar, ASTAtomicMass.class
package org.openscience.cdk.smiles.smarts.parser
ASTAtomicMass.ASTAtomicMass ( int id )
ASTAtomicMass.ASTAtomicMass ( SMARTSParser p, int id )
ASTAtomicMass.getMass ( )  :  int
ASTAtomicMass.jjtAccept ( SMARTSParserVisitor visitor, Object data )  :  Object
ASTAtomicMass.setMass ( int mass )  :  void

cdk-1.2.0.jar, ASTAtomicNumber.class
package org.openscience.cdk.smiles.smarts.parser
ASTAtomicNumber.ASTAtomicNumber ( int id )
ASTAtomicNumber.ASTAtomicNumber ( SMARTSParser p, int id )
ASTAtomicNumber.getNumber ( )  :  int
ASTAtomicNumber.jjtAccept ( SMARTSParserVisitor visitor, Object data )  :  Object
ASTAtomicNumber.setNumber ( int number )  :  void

cdk-1.2.0.jar, ASTCharge.class
package org.openscience.cdk.smiles.smarts.parser
ASTCharge.ASTCharge ( int id )
ASTCharge.ASTCharge ( SMARTSParser p, int id )
ASTCharge.getCharge ( )  :  int
ASTCharge.isPositive ( )  :  boolean
ASTCharge.jjtAccept ( SMARTSParserVisitor visitor, Object data )  :  Object
ASTCharge.setCharge ( int charge )  :  void
ASTCharge.setPositive ( boolean isPositive )  :  void

cdk-1.2.0.jar, ASTChirality.class
package org.openscience.cdk.smiles.smarts.parser
ASTChirality.ASTChirality ( int id )
ASTChirality.ASTChirality ( SMARTSParser p, int id )
ASTChirality.getDegree ( )  :  int
ASTChirality.isClockwise ( )  :  boolean
ASTChirality.isUnspecified ( )  :  boolean
ASTChirality.jjtAccept ( SMARTSParserVisitor visitor, Object data )  :  Object
ASTChirality.setClockwise ( boolean clockwise )  :  void
ASTChirality.setDegree ( int degree )  :  void
ASTChirality.setUnspecified ( boolean unspecified )  :  void

cdk-1.2.0.jar, ASTElement.class
package org.openscience.cdk.smiles.smarts.parser
ASTElement.ASTElement ( int id )
ASTElement.ASTElement ( SMARTSParser p, int id )
ASTElement.getSymbol ( )  :  String
ASTElement.jjtAccept ( SMARTSParserVisitor visitor, Object data )  :  Object
ASTElement.setSymbol ( String symbol )  :  void

cdk-1.2.0.jar, ASTExplicitAtom.class
package org.openscience.cdk.smiles.smarts.parser
ASTExplicitAtom.ASTExplicitAtom ( int id )
ASTExplicitAtom.ASTExplicitAtom ( SMARTSParser p, int id )
ASTExplicitAtom.getSymbol ( )  :  String
ASTExplicitAtom.jjtAccept ( SMARTSParserVisitor visitor, Object data )  :  Object
ASTExplicitAtom.setSymbol ( String symbol )  :  void

cdk-1.2.0.jar, ASTExplicitConnectivity.class
package org.openscience.cdk.smiles.smarts.parser
ASTExplicitConnectivity.ASTExplicitConnectivity ( int id )
ASTExplicitConnectivity.ASTExplicitConnectivity ( SMARTSParser p, int id )
ASTExplicitConnectivity.getNumOfConnection ( )  :  int
ASTExplicitConnectivity.jjtAccept ( SMARTSParserVisitor visitor, Object data )  :  Object
ASTExplicitConnectivity.setNumOfConnection ( int degree )  :  void

cdk-1.2.0.jar, ASTExplicitHighAndBond.class
package org.openscience.cdk.smiles.smarts.parser
ASTExplicitHighAndBond.ASTExplicitHighAndBond ( int id )
ASTExplicitHighAndBond.ASTExplicitHighAndBond ( SMARTSParser p, int id )
ASTExplicitHighAndBond.jjtAccept ( SMARTSParserVisitor visitor, Object data )  :  Object

cdk-1.2.0.jar, ASTExplicitHighAndExpression.class
package org.openscience.cdk.smiles.smarts.parser
ASTExplicitHighAndExpression.ASTExplicitHighAndExpression ( int id )
ASTExplicitHighAndExpression.ASTExplicitHighAndExpression ( SMARTSParser p, int id )
ASTExplicitHighAndExpression.jjtAccept ( SMARTSParserVisitor visitor, Object data )  :  Object

cdk-1.2.0.jar, ASTGroup.class
package org.openscience.cdk.smiles.smarts.parser
ASTGroup.ASTGroup ( int id )
ASTGroup.ASTGroup ( SMARTSParser p, int id )
ASTGroup.jjtAccept ( SMARTSParserVisitor visitor, Object data )  :  Object

cdk-1.2.0.jar, ASTHybrdizationNumber.class
package org.openscience.cdk.smiles.smarts.parser
ASTHybrdizationNumber.ASTHybrdizationNumber ( int id )
ASTHybrdizationNumber.ASTHybrdizationNumber ( SMARTSParser p, int id )
ASTHybrdizationNumber.getHybridizationNumber ( )  :  int
ASTHybrdizationNumber.jjtAccept ( SMARTSParserVisitor visitor, Object data )  :  Object
ASTHybrdizationNumber.setHybridizationNumber ( int hybridizationNumber )  :  void

cdk-1.2.0.jar, ASTImplicitHCount.class
package org.openscience.cdk.smiles.smarts.parser
ASTImplicitHCount.ASTImplicitHCount ( int id )
ASTImplicitHCount.ASTImplicitHCount ( SMARTSParser p, int id )
ASTImplicitHCount.getCount ( )  :  int
ASTImplicitHCount.jjtAccept ( SMARTSParserVisitor visitor, Object data )  :  Object
ASTImplicitHCount.setCount ( int count )  :  void

cdk-1.2.0.jar, ASTImplicitHighAndBond.class
package org.openscience.cdk.smiles.smarts.parser
ASTImplicitHighAndBond.ASTImplicitHighAndBond ( int id )
ASTImplicitHighAndBond.ASTImplicitHighAndBond ( SMARTSParser p, int id )
ASTImplicitHighAndBond.jjtAccept ( SMARTSParserVisitor visitor, Object data )  :  Object

cdk-1.2.0.jar, ASTImplicitHighAndExpression.class
package org.openscience.cdk.smiles.smarts.parser
ASTImplicitHighAndExpression.ASTImplicitHighAndExpression ( int id )
ASTImplicitHighAndExpression.ASTImplicitHighAndExpression ( SMARTSParser p, int id )
ASTImplicitHighAndExpression.jjtAccept ( SMARTSParserVisitor visitor, Object data )  :  Object

cdk-1.2.0.jar, ASTLowAndBond.class
package org.openscience.cdk.smiles.smarts.parser
ASTLowAndBond.ASTLowAndBond ( int id )
ASTLowAndBond.ASTLowAndBond ( SMARTSParser p, int id )
ASTLowAndBond.jjtAccept ( SMARTSParserVisitor visitor, Object data )  :  Object

cdk-1.2.0.jar, ASTLowAndExpression.class
package org.openscience.cdk.smiles.smarts.parser
ASTLowAndExpression.ASTLowAndExpression ( int id )
ASTLowAndExpression.ASTLowAndExpression ( SMARTSParser p, int id )
ASTLowAndExpression.insertLeafChild ( Node node )  :  void
ASTLowAndExpression.jjtAccept ( SMARTSParserVisitor visitor, Object data )  :  Object

cdk-1.2.0.jar, ASTNonCHHeavyAtom.class
package org.openscience.cdk.smiles.smarts.parser
ASTNonCHHeavyAtom.ASTNonCHHeavyAtom ( int id )
ASTNonCHHeavyAtom.ASTNonCHHeavyAtom ( SMARTSParser p, int id )
ASTNonCHHeavyAtom.jjtAccept ( SMARTSParserVisitor visitor, Object data )  :  Object

cdk-1.2.0.jar, ASTNotBond.class
package org.openscience.cdk.smiles.smarts.parser
ASTNotBond.ASTNotBond ( int id )
ASTNotBond.ASTNotBond ( SMARTSParser p, int id )
ASTNotBond.getType ( )  :  int
ASTNotBond.jjtAccept ( SMARTSParserVisitor visitor, Object data )  :  Object
ASTNotBond.setType ( int type )  :  void

cdk-1.2.0.jar, ASTNotExpression.class
package org.openscience.cdk.smiles.smarts.parser
ASTNotExpression.ASTNotExpression ( int id )
ASTNotExpression.ASTNotExpression ( SMARTSParser p, int id )
ASTNotExpression.getType ( )  :  int
ASTNotExpression.jjtAccept ( SMARTSParserVisitor visitor, Object data )  :  Object
ASTNotExpression.setType ( int type )  :  void

cdk-1.2.0.jar, ASTOrBond.class
package org.openscience.cdk.smiles.smarts.parser
ASTOrBond.ASTOrBond ( int id )
ASTOrBond.ASTOrBond ( SMARTSParser p, int id )
ASTOrBond.jjtAccept ( SMARTSParserVisitor visitor, Object data )  :  Object

cdk-1.2.0.jar, ASTOrExpression.class
package org.openscience.cdk.smiles.smarts.parser
ASTOrExpression.ASTOrExpression ( int id )
ASTOrExpression.ASTOrExpression ( SMARTSParser p, int id )
ASTOrExpression.jjtAccept ( SMARTSParserVisitor visitor, Object data )  :  Object

cdk-1.2.0.jar, ASTPeriodicGroupNumber.class
package org.openscience.cdk.smiles.smarts.parser
ASTPeriodicGroupNumber.ASTPeriodicGroupNumber ( int id )
ASTPeriodicGroupNumber.ASTPeriodicGroupNumber ( SMARTSParser p, int id )
ASTPeriodicGroupNumber.getGroupNumber ( )  :  int
ASTPeriodicGroupNumber.jjtAccept ( SMARTSParserVisitor visitor, Object data )  :  Object
ASTPeriodicGroupNumber.setGroupNumber ( int groupNumber )  :  void

cdk-1.2.0.jar, ASTPrimitiveAtomExpression.class
package org.openscience.cdk.smiles.smarts.parser
ASTPrimitiveAtomExpression.ASTPrimitiveAtomExpression ( int id )
ASTPrimitiveAtomExpression.ASTPrimitiveAtomExpression ( SMARTSParser p, int id )
ASTPrimitiveAtomExpression.jjtAccept ( SMARTSParserVisitor visitor, Object data )  :  Object

cdk-1.2.0.jar, ASTReaction.class
package org.openscience.cdk.smiles.smarts.parser
ASTReaction.ASTReaction ( int id )
ASTReaction.ASTReaction ( SMARTSParser p, int id )
ASTReaction.jjtAccept ( SMARTSParserVisitor visitor, Object data )  :  Object

cdk-1.2.0.jar, ASTRecursiveSmartsExpression.class
package org.openscience.cdk.smiles.smarts.parser
ASTRecursiveSmartsExpression.ASTRecursiveSmartsExpression ( int id )
ASTRecursiveSmartsExpression.ASTRecursiveSmartsExpression ( SMARTSParser p, int id )
ASTRecursiveSmartsExpression.jjtAccept ( SMARTSParserVisitor visitor, Object data )  :  Object

cdk-1.2.0.jar, ASTRingConnectivity.class
package org.openscience.cdk.smiles.smarts.parser
ASTRingConnectivity.ASTRingConnectivity ( int id )
ASTRingConnectivity.ASTRingConnectivity ( SMARTSParser p, int id )
ASTRingConnectivity.getNumOfConnection ( )  :  int
ASTRingConnectivity.jjtAccept ( SMARTSParserVisitor visitor, Object data )  :  Object
ASTRingConnectivity.setNumOfConnection ( int numOfConnection )  :  void

cdk-1.2.0.jar, ASTRingIdentifier.class
package org.openscience.cdk.smiles.smarts.parser
ASTRingIdentifier.ASTRingIdentifier ( int id )
ASTRingIdentifier.ASTRingIdentifier ( SMARTSParser p, int id )
ASTRingIdentifier.getRingId ( )  :  int
ASTRingIdentifier.jjtAccept ( SMARTSParserVisitor visitor, Object data )  :  Object
ASTRingIdentifier.setRingId ( int ringId )  :  void

cdk-1.2.0.jar, ASTRingMembership.class
package org.openscience.cdk.smiles.smarts.parser
ASTRingMembership.ASTRingMembership ( int id )
ASTRingMembership.ASTRingMembership ( SMARTSParser p, int id )
ASTRingMembership.getNumOfMembership ( )  :  int
ASTRingMembership.jjtAccept ( SMARTSParserVisitor visitor, Object data )  :  Object
ASTRingMembership.setNumOfMembership ( int numOfMembership )  :  void

cdk-1.2.0.jar, ASTSimpleBond.class
package org.openscience.cdk.smiles.smarts.parser
ASTSimpleBond.ASTSimpleBond ( int id )
ASTSimpleBond.ASTSimpleBond ( SMARTSParser p, int id )
ASTSimpleBond.getBondType ( )  :  int
ASTSimpleBond.jjtAccept ( SMARTSParserVisitor visitor, Object data )  :  Object
ASTSimpleBond.setBondType ( int bondType )  :  void

cdk-1.2.0.jar, ASTSmallestRingSize.class
package org.openscience.cdk.smiles.smarts.parser
ASTSmallestRingSize.ASTSmallestRingSize ( int id )
ASTSmallestRingSize.ASTSmallestRingSize ( SMARTSParser p, int id )
ASTSmallestRingSize.getSize ( )  :  int
ASTSmallestRingSize.jjtAccept ( SMARTSParserVisitor visitor, Object data )  :  Object
ASTSmallestRingSize.setSize ( int size )  :  void

cdk-1.2.0.jar, ASTSmarts.class
package org.openscience.cdk.smiles.smarts.parser
ASTSmarts.ASTSmarts ( int id )
ASTSmarts.ASTSmarts ( SMARTSParser p, int id )
ASTSmarts.jjtAccept ( SMARTSParserVisitor visitor, Object data )  :  Object

cdk-1.2.0.jar, ASTStart.class
package org.openscience.cdk.smiles.smarts.parser
ASTStart.ASTStart ( int id )
ASTStart.ASTStart ( SMARTSParser p, int id )
ASTStart.jjtAccept ( SMARTSParserVisitor visitor, Object data )  :  Object

cdk-1.2.0.jar, ASTTotalConnectivity.class
package org.openscience.cdk.smiles.smarts.parser
ASTTotalConnectivity.ASTTotalConnectivity ( int id )
ASTTotalConnectivity.ASTTotalConnectivity ( SMARTSParser p, int id )
ASTTotalConnectivity.getNumOfConnection ( )  :  int
ASTTotalConnectivity.jjtAccept ( SMARTSParserVisitor visitor, Object data )  :  Object
ASTTotalConnectivity.setNumOfConnection ( int numOfConnection )  :  void

cdk-1.2.0.jar, ASTTotalHCount.class
package org.openscience.cdk.smiles.smarts.parser
ASTTotalHCount.ASTTotalHCount ( int id )
ASTTotalHCount.ASTTotalHCount ( SMARTSParser p, int id )
ASTTotalHCount.getCount ( )  :  int
ASTTotalHCount.jjtAccept ( SMARTSParserVisitor visitor, Object data )  :  Object
ASTTotalHCount.setCount ( int count )  :  void

cdk-1.2.0.jar, ASTValence.class
package org.openscience.cdk.smiles.smarts.parser
ASTValence.ASTValence ( int id )
ASTValence.ASTValence ( SMARTSParser p, int id )
ASTValence.getOrder ( )  :  int
ASTValence.jjtAccept ( SMARTSParserVisitor visitor, Object data )  :  Object
ASTValence.setOrder ( int order )  :  void

cdk-1.2.0.jar, Atom.class
package org.openscience.cdk
Atom.getCharge ( )  :  Double
Atom.getHydrogenCount ( )  :  Integer
Atom.getStereoParity ( )  :  Integer
Atom.setCharge ( Double charge )  :  void
Atom.setHydrogenCount ( Integer hydrogenCount )  :  void
Atom.setStereoParity ( Integer stereoParity )  :  void

cdk-1.2.0.jar, AtomContainer.class
package org.openscience.cdk
AtomContainer.addBond ( int atom1, int atom2, IBond.Order order )  :  void
AtomContainer.addBond ( int atom1, int atom2, IBond.Order order, int stereo )  :  void
AtomContainer.atoms ( )  :  Iterable
AtomContainer.bonds ( )  :  Iterable
AtomContainer.electronContainers ( )  :  Iterable
AtomContainer.getMaximumBondOrder ( IAtom atom )  :  IBond.Order
AtomContainer.getMinimumBondOrder ( IAtom atom )  :  IBond.Order
AtomContainer.lonePairs ( )  :  Iterable
AtomContainer.singleElectrons ( )  :  Iterable

cdk-1.2.0.jar, AtomContainerDiff.class
package org.openscience.cdk.tools.diff
AtomContainerDiff.AtomContainerDiff ( )
AtomContainerDiff.diff ( IChemObject first, IChemObject second ) [static]  :  String
AtomContainerDiff.difference ( IChemObject first, IChemObject second ) [static]  :  IDifference

cdk-1.2.0.jar, AtomContainerManipulator.class
package org.openscience.cdk.tools.manipulator
AtomContainerManipulator.clearAtomConfigurations ( IAtomContainer container ) [static]  :  void
AtomContainerManipulator.convertImplicitToExplicitHydrogens ( IAtomContainer atomContainer ) [static]  :  void
AtomContainerManipulator.createAllCarbonAllSingleNonAromaticBondAtomContainer ( IAtomContainer atomContainer ) [static]  :  IAtomContainer
AtomContainerManipulator.getBondOrderSum ( IAtomContainer container, IAtom atom )  :  double
AtomContainerManipulator.getHeavyAtoms ( IAtomContainer container ) [static]  :  List
AtomContainerManipulator.getMaximumBondOrder ( IAtomContainer container ) [static]  :  IBond.Order
AtomContainerManipulator.getNaturalExactMass ( IAtomContainer atomContainer ) [static]  :  double
AtomContainerManipulator.getSingleBondEquivalentSum ( IAtomContainer container ) [static]  :  int
AtomContainerManipulator.getTotalExactMass ( IAtomContainer atomContainer ) [static]  :  double
AtomContainerManipulator.getTotalNaturalAbundance ( IAtomContainer atomContainer ) [static]  :  double
AtomContainerManipulator.percieveAtomTypesAndConfigureAtoms ( IAtomContainer container ) [static]  :  void
AtomContainerManipulator.percieveAtomTypesAndConfigureUnsetProperties ( IAtomContainer container ) [static]  :  void
AtomContainerManipulator.removeHydrogensPreserveMultiplyBonded ( IAtomContainer ac ) [static]  :  IAtomContainer

cdk-1.2.0.jar, AtomContainerSet.class
package org.openscience.cdk
AtomContainerSet.atomContainers ( )  :  Iterable
AtomContainerSet.getMultiplier ( IAtomContainer container )  :  Double
AtomContainerSet.getMultiplier ( int number )  :  Double
AtomContainerSet.getMultipliers ( )  :  Double[ ]
AtomContainerSet.setMultiplier ( IAtomContainer container, Double multiplier )  :  boolean
AtomContainerSet.setMultiplier ( int position, Double multiplier )  :  void
AtomContainerSet.setMultipliers ( Double[ ] newMultipliers )  :  boolean

cdk-1.2.0.jar, AtomCountDescriptor.class
package org.openscience.cdk.qsar.descriptors.molecular
AtomCountDescriptor.getDescriptorNames ( )  :  String[ ]

cdk-1.2.0.jar, AtomDegreeDescriptor.class
package org.openscience.cdk.qsar.descriptors.atomic
AtomDegreeDescriptor.getDescriptorNames ( )  :  String[ ]

cdk-1.2.0.jar, AtomDiff.class
package org.openscience.cdk.tools.diff
AtomDiff.AtomDiff ( )
AtomDiff.diff ( IChemObject first, IChemObject second ) [static]  :  String
AtomDiff.difference ( IChemObject first, IChemObject second ) [static]  :  IDifference

cdk-1.2.0.jar, AtomHybridizationDescriptor.class
package org.openscience.cdk.qsar.descriptors.atomic
AtomHybridizationDescriptor.getDescriptorNames ( )  :  String[ ]

cdk-1.2.0.jar, AtomHybridizationVSEPRDescriptor.class
package org.openscience.cdk.qsar.descriptors.atomic
AtomHybridizationVSEPRDescriptor.getDescriptorNames ( )  :  String[ ]

cdk-1.2.0.jar, AtomicNumberAtom.class
package org.openscience.cdk.isomorphism.matchers.smarts
AtomicNumberAtom.AtomicNumberAtom ( int atomicNumber )
AtomicNumberAtom.matches ( IAtom atom )  :  boolean

cdk-1.2.0.jar, AtomicNumberDifferenceDescriptor.class
package org.openscience.cdk.qsar.descriptors.bond
AtomicNumberDifferenceDescriptor.AtomicNumberDifferenceDescriptor ( )
AtomicNumberDifferenceDescriptor.calculate ( IBond bond, IAtomContainer ac )  :  DescriptorValue
AtomicNumberDifferenceDescriptor.getDescriptorNames ( )  :  String[ ]
AtomicNumberDifferenceDescriptor.getParameterNames ( )  :  String[ ]
AtomicNumberDifferenceDescriptor.getParameters ( )  :  Object[ ]
AtomicNumberDifferenceDescriptor.getParameterType ( String name )  :  Object
AtomicNumberDifferenceDescriptor.getSpecification ( )  :  DescriptorSpecification
AtomicNumberDifferenceDescriptor.setParameters ( Object[ ] params )  :  void

cdk-1.2.0.jar, AtomMappingTools.class
package org.openscience.cdk.isomorphism
AtomMappingTools.AtomMappingTools ( )
AtomMappingTools.mapAtomsOfAlignedStructures ( IAtomContainer firstAtomContainer, IAtomContainer secondAtomContainer, Map mappedAtoms ) [static]  :  Map

cdk-1.2.0.jar, AtomPlacer.class
package org.openscience.cdk.layout
AtomPlacer.populatePolygonCorners ( List atomsToDraw, Point2d rotationCenter, double startAngle, double addAngle, double radius )  :  void

cdk-1.2.0.jar, AtomPlacer3D.class
package org.openscience.cdk.modeling.builder3d
AtomPlacer3D.initilize ( Map parameterSet )  :  void

cdk-1.2.0.jar, AtomTetrahedralLigandPlacer3D.class
package org.openscience.cdk.modeling.builder3d
AtomTetrahedralLigandPlacer3D.setParameterSet ( Map moleculeParameter )  :  void

cdk-1.2.0.jar, AtomType.class
package org.openscience.cdk
AtomType.getBondOrderSum ( )  :  Double
AtomType.getCovalentRadius ( )  :  Double
AtomType.getFormalCharge ( )  :  Integer
AtomType.getFormalNeighbourCount ( )  :  Integer
AtomType.getHybridization ( )  :  IAtomType.Hybridization
AtomType.getMaxBondOrder ( )  :  IBond.Order
AtomType.getValency ( )  :  Integer
AtomType.setBondOrderSum ( Double bondOrderSum )  :  void
AtomType.setCovalentRadius ( Double radius )  :  void
AtomType.setFormalCharge ( Integer charge )  :  void
AtomType.setFormalNeighbourCount ( Integer count )  :  void
AtomType.setHybridization ( IAtomType.Hybridization hybridization )  :  void
AtomType.setMaxBondOrder ( IBond.Order maxBondOrder )  :  void
AtomType.setValency ( Integer valency )  :  void

cdk-1.2.0.jar, AtomTypeCharges.class
package org.openscience.cdk.charges
AtomTypeCharges.calculateCharges ( IAtomContainer container )  :  void

cdk-1.2.0.jar, AtomTypeDiff.class
package org.openscience.cdk.tools.diff
AtomTypeDiff.AtomTypeDiff ( )
AtomTypeDiff.diff ( IChemObject first, IChemObject second ) [static]  :  String
AtomTypeDiff.difference ( IChemObject first, IChemObject second ) [static]  :  IDifference

cdk-1.2.0.jar, AtomTypeHybridizationDifference.class
package org.openscience.cdk.tools.diff.tree
AtomTypeHybridizationDifference.construct ( String name, IAtomType.Hybridization first, IAtomType.Hybridization second ) [static]  :  IDifference
AtomTypeHybridizationDifference.toString ( )  :  String

cdk-1.2.0.jar, AtomTypeManipulator.class
package org.openscience.cdk.tools.manipulator
AtomTypeManipulator.configureUnsetProperties ( IAtom atom, IAtomType atomType ) [static]  :  void

cdk-1.2.0.jar, AtomTypeMapper.class
package org.openscience.cdk.atomtype.mapper
AtomTypeMapper.getInstance ( String mappingFile ) [static]  :  AtomTypeMapper
AtomTypeMapper.getInstance ( String mappingFile, InputStream stream ) [static]  :  AtomTypeMapper
AtomTypeMapper.getMapping ( )  :  String
AtomTypeMapper.mapAtomType ( String type )  :  String

cdk-1.2.0.jar, AtomValenceDescriptor.class
package org.openscience.cdk.qsar.descriptors.atomic
AtomValenceDescriptor.getDescriptorNames ( )  :  String[ ]

cdk-1.2.0.jar, AtomValenceTool.class
package org.openscience.cdk.qsar
AtomValenceTool.AtomValenceTool ( )
AtomValenceTool.getValence ( IAtom atom ) [static]  :  int

cdk-1.2.0.jar, AttributeFactory.class
package org.xmlcml.cml.base
AttributeFactory.createAttributeFactory ( String className ) [static]  :  AttributeFactory
AttributeFactory.createCMLAttribute ( String attributeName, CMLElement element )  :  CMLAttribute
AttributeFactory.createCMLAttribute ( String name, CMLType type ) [static]  :  CMLAttribute
AttributeFactory.createSpecialAttribute ( String name ) [static]  :  CMLAttribute
AttributeFactory.getAttribute ( String attributeName, String elementName )  :  CMLAttribute
AttributeFactory.getAttribute ( String name )  :  CMLAttribute
AttributeFactory.getAttributeByGroupName ( String attributeGroupName )  :  CMLAttribute
AttributeFactory.getSchemaManager ( )  :  SchemaManager
AttributeFactory.getValue ( )  :  String
AttributeFactory.setSchemaManager ( SchemaManager schemaManager )  :  void

cdk-1.2.0.jar, AttributeGenerator.class
package org.xmlcml.cml.base
AttributeGenerator.AttributeGenerator ( SchemaManager schemaManager )
AttributeGenerator.createAttribute ( String attributeGroupName )  :  CMLAttribute
AttributeGenerator.getAttributeGroupMap ( )  :  Map
AttributeGenerator.indexSchema ( )  :  void
AttributeGenerator.readAssembleAndIndexSchema ( String indir )  :  void
AttributeGenerator.setAttributeGroupMap ( Map attributeGroupMap )  :  void

cdk-1.2.0.jar, AutocorrelationDescriptorCharge.class
package org.openscience.cdk.qsar.descriptors.molecular
AutocorrelationDescriptorCharge.getDescriptorNames ( )  :  String[ ]

cdk-1.2.0.jar, AutocorrelationDescriptorMass.class
package org.openscience.cdk.qsar.descriptors.molecular
AutocorrelationDescriptorMass.getDescriptorNames ( )  :  String[ ]

cdk-1.2.0.jar, AutocorrelationDescriptorPolarizability.class
package org.openscience.cdk.qsar.descriptors.molecular
AutocorrelationDescriptorPolarizability.getDescriptorNames ( )  :  String[ ]

cdk-1.2.0.jar, BCUTDescriptor.class
package org.openscience.cdk.qsar.descriptors.molecular
BCUTDescriptor.getDescriptorNames ( )  :  String[ ]

cdk-1.2.0.jar, Bond.class
package org.openscience.cdk
Bond.atoms ( )  :  Iterable
Bond.Bond ( IAtom atom1, IAtom atom2, IBond.Order order )
Bond.Bond ( IAtom atom1, IAtom atom2, IBond.Order order, int stereo )
Bond.Bond ( IAtom[ ] atoms )
Bond.Bond ( IAtom[ ] atoms, IBond.Order order )
Bond.getConnectedAtoms ( IAtom atom )  :  IAtom[ ]
Bond.getOrder ( )  :  IBond.Order
Bond.setOrder ( IBond.Order order )  :  void

cdk-1.2.0.jar, BondCountDescriptor.class
package org.openscience.cdk.qsar.descriptors.molecular
BondCountDescriptor.getDescriptorNames ( )  :  String[ ]

cdk-1.2.0.jar, BondDiff.class
package org.openscience.cdk.tools.diff
BondDiff.BondDiff ( )
BondDiff.diff ( IChemObject first, IChemObject second ) [static]  :  String
BondDiff.difference ( IChemObject first, IChemObject second ) [static]  :  IDifference

cdk-1.2.0.jar, BondManipulator.class
package org.openscience.cdk.tools.manipulator
BondManipulator.createBondOrder ( double bondOrder ) [static]  :  IBond.Order
BondManipulator.decreaseBondOrder ( IBond bond ) [static]  :  void
BondManipulator.decreaseBondOrder ( IBond.Order oldOrder ) [static]  :  IBond.Order
BondManipulator.destroyBondOrder ( IBond.Order bondOrder ) [static]  :  double
BondManipulator.getMaximumBondOrder ( Iterator bonds ) [static]  :  IBond.Order
BondManipulator.getMaximumBondOrder ( List bonds ) [static]  :  IBond.Order
BondManipulator.getSingleBondEquivalentSum ( Iterator bonds ) [static]  :  int
BondManipulator.getSingleBondEquivalentSum ( List bonds ) [static]  :  int
BondManipulator.increaseBondOrder ( IBond bond ) [static]  :  void
BondManipulator.increaseBondOrder ( IBond.Order oldOrder ) [static]  :  IBond.Order
BondManipulator.isHigherOrder ( IBond.Order first, IBond.Order second ) [static]  :  boolean
BondManipulator.isLowerOrder ( IBond.Order first, IBond.Order second ) [static]  :  boolean

cdk-1.2.0.jar, BondOrderDifference.class
package org.openscience.cdk.tools.diff.tree
BondOrderDifference.construct ( String name, IBond.Order first, IBond.Order second ) [static]  :  IDifference
BondOrderDifference.toString ( )  :  String

cdk-1.2.0.jar, BondPartialPiChargeDescriptor.class
package org.openscience.cdk.qsar.descriptors.bond
BondPartialPiChargeDescriptor.getDescriptorNames ( )  :  String[ ]

cdk-1.2.0.jar, BondPartialSigmaChargeDescriptor.class
package org.openscience.cdk.qsar.descriptors.bond
BondPartialSigmaChargeDescriptor.getDescriptorNames ( )  :  String[ ]

cdk-1.2.0.jar, BondPartialTChargeDescriptor.class
package org.openscience.cdk.qsar.descriptors.bond
BondPartialTChargeDescriptor.getDescriptorNames ( )  :  String[ ]

cdk-1.2.0.jar, BondSigmaElectronegativityDescriptor.class
package org.openscience.cdk.qsar.descriptors.bond
BondSigmaElectronegativityDescriptor.getDescriptorNames ( )  :  String[ ]

cdk-1.2.0.jar, BondsToAtomDescriptor.class
package org.openscience.cdk.qsar.descriptors.atomic
BondsToAtomDescriptor.getDescriptorNames ( )  :  String[ ]

cdk-1.2.0.jar, BondStretching.class
package org.openscience.cdk.modeling.forcefield
BondStretching.setMMFF94BondStretchingParameters ( IAtomContainer molecule, Map parameterSet )  :  void

cdk-1.2.0.jar, BooleanArrayDifference.class
package org.openscience.cdk.tools.diff.tree
BooleanArrayDifference.construct ( String name, boolean[ ] first, boolean[ ] second ) [static]  :  IDifference
BooleanArrayDifference.toString ( )  :  String

cdk-1.2.0.jar, BooleanArraySTAttribute.class
package org.xmlcml.cml.base
BooleanArraySTAttribute.BooleanArraySTAttribute ( Attribute att )
BooleanArraySTAttribute.BooleanArraySTAttribute ( Attribute att, String value )
BooleanArraySTAttribute.BooleanArraySTAttribute ( BooleanArraySTAttribute att )
BooleanArraySTAttribute.BooleanArraySTAttribute ( String name )
BooleanArraySTAttribute.checkValue ( boolean[ ] bb )  :  void
BooleanArraySTAttribute.getCMLValue ( )  :  Object
BooleanArraySTAttribute.getIntegerArray ( )  :  boolean[ ]
BooleanArraySTAttribute.getJavaGetMethod ( )  :  String
BooleanArraySTAttribute.getJavaShortClassName ( )  :  String
BooleanArraySTAttribute.getJavaType ( )  :  String
BooleanArraySTAttribute.setCMLValue ( boolean[ ] bb )  :  void
BooleanArraySTAttribute.setCMLValue ( String s )  :  void
BooleanArraySTAttribute.split ( String s, String delim ) [static]  :  boolean[ ]

cdk-1.2.0.jar, BooleanDifference.class
package org.openscience.cdk.tools.diff.tree
BooleanDifference.construct ( String name, Boolean first, Boolean second ) [static]  :  IDifference
BooleanDifference.toString ( )  :  String

cdk-1.2.0.jar, BooleanResultType.class
package org.openscience.cdk.qsar.result
BooleanResultType.BooleanResultType ( )
BooleanResultType.length ( )  :  int
BooleanResultType.toString ( )  :  String

cdk-1.2.0.jar, BooleanSTAttribute.class
package org.xmlcml.cml.base
BooleanSTAttribute.BooleanSTAttribute ( Attribute att )
BooleanSTAttribute.BooleanSTAttribute ( Attribute att, String value )
BooleanSTAttribute.BooleanSTAttribute ( BooleanSTAttribute att )
BooleanSTAttribute.BooleanSTAttribute ( String name )
BooleanSTAttribute.checkValue ( boolean b )  :  void
BooleanSTAttribute.getBoolean ( )  :  boolean
BooleanSTAttribute.getCMLValue ( )  :  Object
BooleanSTAttribute.getJavaGetMethod ( )  :  String
BooleanSTAttribute.getJavaShortClassName ( )  :  String
BooleanSTAttribute.getJavaType ( )  :  String
BooleanSTAttribute.setCMLValue ( boolean i )  :  void
BooleanSTAttribute.setCMLValue ( String s )  :  void

cdk-1.2.0.jar, BPolDescriptor.class
package org.openscience.cdk.qsar.descriptors.molecular
BPolDescriptor.getDescriptorNames ( )  :  String[ ]

cdk-1.2.0.jar, CarbonTypesDescriptor.class
package org.openscience.cdk.qsar.descriptors.molecular
CarbonTypesDescriptor.calculate ( IAtomContainer container )  :  DescriptorValue
CarbonTypesDescriptor.CarbonTypesDescriptor ( )
CarbonTypesDescriptor.getDescriptorNames ( )  :  String[ ]
CarbonTypesDescriptor.getDescriptorResultType ( )  :  IDescriptorResult
CarbonTypesDescriptor.getParameterNames ( )  :  String[ ]
CarbonTypesDescriptor.getParameters ( )  :  Object[ ]
CarbonTypesDescriptor.getParameterType ( String name )  :  Object
CarbonTypesDescriptor.getSpecification ( )  :  DescriptorSpecification
CarbonTypesDescriptor.setParameters ( Object[ ] params )  :  void

cdk-1.2.0.jar, CDKAtomTypeMatcher.class
package org.openscience.cdk.atomtype
CDKAtomTypeMatcher.findMatchingAtomType ( IAtomContainer atomContainer )  :  IAtomType[ ]
CDKAtomTypeMatcher.findMatchingAtomType ( IAtomContainer atomContainer, IAtom atom )  :  IAtomType
CDKAtomTypeMatcher.getInstance ( IChemObjectBuilder builder ) [static]  :  CDKAtomTypeMatcher
CDKAtomTypeMatcher.getInstance ( IChemObjectBuilder builder, int mode ) [static]  :  CDKAtomTypeMatcher

cdk-1.2.0.jar, CDKHueckelAromaticityDetector.class
package org.openscience.cdk.aromaticity
CDKHueckelAromaticityDetector.CDKHueckelAromaticityDetector ( )
CDKHueckelAromaticityDetector.detectAromaticity ( IAtomContainer atomContainer ) [static]  :  boolean

cdk-1.2.0.jar, CDKHydrogenAdder.class
package org.openscience.cdk.tools
CDKHydrogenAdder.addImplicitHydrogens ( IAtomContainer container )  :  void
CDKHydrogenAdder.addImplicitHydrogens ( IAtomContainer container, IAtom atom )  :  void
CDKHydrogenAdder.getInstance ( IChemObjectBuilder builder ) [static]  :  CDKHydrogenAdder

cdk-1.2.0.jar, CDKSourceCodeWriter.class
package org.openscience.cdk.io
CDKSourceCodeWriter.getIOSettings ( )  :  IOSetting[ ]

cdk-1.2.0.jar, CDKValencyChecker.class
package org.openscience.cdk.tools
CDKValencyChecker.getInstance ( IChemObjectBuilder builder ) [static]  :  CDKValencyChecker
CDKValencyChecker.isSaturated ( IAtom atom, IAtomContainer container )  :  boolean
CDKValencyChecker.isSaturated ( IAtomContainer atomContainer )  :  boolean

cdk-1.2.0.jar, ChargeRule.class
package org.openscience.cdk.formula.rules
ChargeRule.ChargeRule ( )
ChargeRule.getParameters ( )  :  Object[ ]
ChargeRule.setParameters ( Object[ ] params )  :  void
ChargeRule.validate ( IMolecularFormula formula )  :  double

cdk-1.2.0.jar, ChemFile.class
package org.openscience.cdk
ChemFile.chemSequences ( )  :  Iterable

cdk-1.2.0.jar, ChemicalElement.class
package org.xmlcml.molutil
ChemicalElement.getChemicalElement ( ChemicalElement.AS as ) [static]  :  ChemicalElement
ChemicalElement.getChemicalElementIgnoreCase ( String symbol ) [static]  :  ChemicalElement
ChemicalElement.getElementSet ( List symbolList ) [static]  :  Set
ChemicalElement.getElementSet ( String[ ] symbols ) [static]  :  Set
ChemicalElement.getRadius ( ChemicalElement.RadiusType radiusType )  :  double
ChemicalElement.getTypeAdjustedCovalentRadius ( )  :  double
ChemicalElement.grabChemicalElement ( String s ) [static]  :  ChemicalElement
ChemicalElement.isChemicalElementType ( ChemicalElement.Type type )  :  boolean
ChemicalElement.isChemicalElementType ( ChemicalElement.Type type, int value )  :  boolean

cdk-1.2.0.jar, ChemObject.class
package org.openscience.cdk
ChemObject.getProperties ( )  :  Map
ChemObject.setProperties ( Map properties )  :  void

cdk-1.2.0.jar, ChemObjectDiff.class
package org.openscience.cdk.tools.diff
ChemObjectDiff.ChemObjectDiff ( )
ChemObjectDiff.diff ( IChemObject first, IChemObject second ) [static]  :  String
ChemObjectDiff.difference ( IChemObject first, IChemObject second ) [static]  :  IDifference

cdk-1.2.0.jar, ChemObjectDifference.class
package org.openscience.cdk.tools.diff.tree
ChemObjectDifference.ChemObjectDifference ( String name )
ChemObjectDifference.toString ( )  :  String

cdk-1.2.0.jar, ChemSequence.class
package org.openscience.cdk
ChemSequence.chemModels ( )  :  Iterable

cdk-1.2.0.jar, ChiChainDescriptor.class
package org.openscience.cdk.qsar.descriptors.molecular
ChiChainDescriptor.getDescriptorNames ( )  :  String[ ]

cdk-1.2.0.jar, ChiClusterDescriptor.class
package org.openscience.cdk.qsar.descriptors.molecular
ChiClusterDescriptor.getDescriptorNames ( )  :  String[ ]

cdk-1.2.0.jar, ChiPathClusterDescriptor.class
package org.openscience.cdk.qsar.descriptors.molecular
ChiPathClusterDescriptor.getDescriptorNames ( )  :  String[ ]

cdk-1.2.0.jar, ChiPathDescriptor.class
package org.openscience.cdk.qsar.descriptors.molecular
ChiPathDescriptor.getDescriptorNames ( )  :  String[ ]

cdk-1.2.0.jar, ClasspathRepository.class
package net.sf.jnati.deploy.repository
ClasspathRepository.ClasspathRepository ( )
ClasspathRepository.getArtefactSource ( Artefact artefact )  :  List

cdk-1.2.0.jar, CMLAbundance.class
package org.xmlcml.cml.element
CMLAbundance.makeElementInContext ( Element parent )  :  CMLElement

cdk-1.2.0.jar, CMLAction.class
package org.xmlcml.cml.element
CMLAction.makeElementInContext ( Element parent )  :  CMLElement

cdk-1.2.0.jar, CMLActionList.class
package org.xmlcml.cml.element
CMLActionList.makeElementInContext ( Element parent )  :  CMLElement

cdk-1.2.0.jar, CMLAmount.class
package org.xmlcml.cml.element
CMLAmount.makeElementInContext ( Element parent )  :  CMLElement

cdk-1.2.0.jar, CMLAngle.class
package org.xmlcml.cml.element
CMLAngle.atomHash ( )  :  String
CMLAngle.getAtomIds ( )  :  List
CMLAngle.getCalculatedAngle ( List atomList )  :  double
CMLAngle.getList ( CMLElements angleElements ) [static]  :  List *DEPRECATED*
CMLAngle.getString ( )  :  String
CMLAngle.makeElementInContext ( Element parent )  :  CMLElement
CMLAngle.outputHTML ( Writer w, List angleList, CMLMolecule molecule ) [static]  :  void
CMLAngle.setAtomRefs3 ( CMLAtom atom0, CMLAtom atom1, CMLAtom atom2 )  :  void

cdk-1.2.0.jar, CMLArg.class
package org.xmlcml.cml.element
CMLArg.addArg ( CMLElement parent, CMLArg arg, int position ) [static]  :  void
CMLArg.addIdxArgsWithSerialNumber ( CMLElement current, String localName ) [static]  :  void
CMLArg.CMLArg ( String name, int i )
CMLArg.CMLArg ( String name, String s )
CMLArg.eval ( List argList )  :  void
CMLArg.getDataType ( )  :  String
CMLArg.getDouble ( )  :  double
CMLArg.getInteger ( )  :  int
CMLArg.getScalar ( )  :  CMLScalar
CMLArg.getString ( )  :  String
CMLArg.makeElementInContext ( Element parent )  :  CMLElement
CMLArg.processArg ( CMLElement element )  :  void
CMLArg.processArgs ( CMLElement element ) [static]  :  void
CMLArg.removeArgs ( CMLElement element ) [static]  :  void
CMLArg.setDouble ( double d )  :  void
CMLArg.setInteger ( int i )  :  void
CMLArg.setString ( String s )  :  void
CMLArg.substituteNameByValue ( CMLElement element ) [static]  :  void
CMLArg.substituteNameByValue ( CMLElement element, List oldArgList ) [static]  :  void
CMLArg.substituteParameterName ( CMLElement element, String name, String value ) [static]  :  void
CMLArg.substituteParentAttributes ( CMLElement element ) [static]  :  void
CMLArg.substituteTextContent ( CMLElement element ) [static]  :  void
CMLArg.transferArgs ( CMLElement fromElem, CMLElement toElem ) [static]  :  void

cdk-1.2.0.jar, CMLArray.class
package org.xmlcml.cml.element
CMLArray.ensureDelimiterAttribute ( DelimiterAttribute.Action action )  :  void
CMLArray.getArraySize ( )  :  int
CMLArray.getDelimiterAttribute ( )  :  CMLAttribute
CMLArray.getPrimitiveArray ( )  :  Object
CMLArray.makeElementInContext ( Element parent )  :  CMLElement
CMLArray.setUnits ( String prefix, String id, String namespaceURI )  :  void

cdk-1.2.0.jar, CMLArrayList.class
package org.xmlcml.cml.element
CMLArrayList.CMLArrayList ( )
CMLArrayList.CMLArrayList ( CMLArrayList old )
CMLArrayList.copy ( )  :  Node
CMLArrayList.createTableContent ( )  :  CMLTableContent
CMLArrayList.createTableHeader ( )  :  CMLTableHeader
CMLArrayList.createTableHeaderCell ( CMLArray array )  :  CMLTableHeaderCell
CMLArrayList.createTableHeaderCell ( CMLList list )  :  CMLTableHeaderCell
CMLArrayList.createTableHeaderCell ( HasArraySize node )  :  CMLTableHeaderCell
CMLArrayList.getArrays ( )  :  List
CMLArrayList.getArraysCount ( )  :  int
CMLArrayList.getCommonDelimiter ( )  :  String
CMLArrayList.getRowCount ( )  :  int
CMLArrayList.makeElementInContext ( Element parent )  :  CMLElement

cdk-1.2.0.jar, CMLAtom.class
package org.xmlcml.cml.element
CMLAtom.atomIsCompatible ( List typeList )  :  boolean
CMLAtom.CMLAtom ( String id )
CMLAtom.CMLAtom ( String id, ChemicalElement chem )
CMLAtom.CMLAtom ( String id, ChemicalElement.AS as )
CMLAtom.debugAtom ( String msg, CMLAtom atom ) [static]  :  void
CMLAtom.deleteAnyLigandHydrogenAtom ( )  :  CMLAtom
CMLAtom.detach ( )  :  void
CMLAtom.filter ( List atomList, Set elementSet ) [static]  :  List
CMLAtom.getClockwiseLigands ( CMLAtom[ ] atom4 )  :  CMLAtom[ ]
CMLAtom.getDistance2 ( CMLAtom atom2 )  :  double
CMLAtom.getFormalCharge ( )  :  int
CMLAtom.getLigandAtoms ( )  :  List
CMLAtom.getLigandBonds ( )  :  List
CMLAtom.getLigandHydrogenAtoms ( )  :  List
CMLAtom.getSquaredDistanceTo ( CMLAtom atom2 )  :  double
CMLAtom.getString ( )  :  String
CMLAtom.getVector2 ( CMLAtom atom1 )  :  Real2
CMLAtom.hasCloseContact ( CMLAtom atom )  :  boolean
CMLAtom.hasElement ( String elementType )  :  boolean
CMLAtom.isWithinRadiusSum ( CMLAtom atom2, ChemicalElement.RadiusType radiusType )  :  boolean
CMLAtom.makeElementInContext ( Element parent )  :  CMLElement
CMLAtom.renameId ( String newId )  :  void
CMLAtom.replaceAtomRefs ( String[ ] atomRefs, CMLAtom atom, CMLAtom rGroup, int last ) [static]  :  boolean
CMLAtom.setId ( String id )  :  void
CMLAtom.transformCartesians ( Transform3 transform )  :  void
CMLAtom.transformFractionals ( Transform3 transform )  :  void

cdk-1.2.0.jar, CMLAtomArray.class
package org.xmlcml.cml.element
CMLAtomArray.addAtom ( CMLAtom atom )  :  CMLAtom
CMLAtomArray.appendChild ( CMLAtom atom )  :  CMLAtom
CMLAtomArray.detach ( )  :  void
CMLAtomArray.generateConcise ( int formalCharge )  :  String
CMLAtomArray.getAtomById ( String id )  :  CMLAtom
CMLAtomArray.getAtomMap ( )  :  Map
CMLAtomArray.getAtoms ( )  :  List
CMLAtomArray.getMolecule ( )  :  CMLMolecule
CMLAtomArray.insertAtom ( CMLAtom atom, int pos )  :  CMLAtom
CMLAtomArray.makeElementInContext ( Element parent )  :  CMLElement
CMLAtomArray.removeChild ( CMLAtom atom )  :  CMLAtom
CMLAtomArray.setAtomID ( String[ ] atomIDs )  :  void
CMLAtomArray.setCount ( double[ ] value )  :  void
CMLAtomArray.setElementType ( String[ ] value )  :  void
CMLAtomArray.setElementTypeAndCount ( String[ ] elem, double[ ] count )  :  void
CMLAtomArray.setFormalCharge ( String[ ] value )  :  void
CMLAtomArray.setHydrogenCount ( String[ ] value )  :  void
CMLAtomArray.setOccupancy ( String[ ] value )  :  void
CMLAtomArray.setX2 ( double[ ] value )  :  void
CMLAtomArray.setX3 ( double[ ] value )  :  void
CMLAtomArray.setXFract ( double[ ] value )  :  void
CMLAtomArray.setY2 ( double[ ] value )  :  void
CMLAtomArray.setY3 ( double[ ] value )  :  void
CMLAtomArray.setYFract ( double[ ] value )  :  void
CMLAtomArray.setZ3 ( double[ ] value )  :  void
CMLAtomArray.setZFract ( double[ ] value )  :  void
CMLAtomArray.size ( )  :  int
CMLAtomArray.sort ( CMLFormula.Sort sort )  :  void

cdk-1.2.0.jar, CMLAtomicBasisFunction.class
package org.xmlcml.cml.element
CMLAtomicBasisFunction.makeElementInContext ( Element parent )  :  CMLElement

cdk-1.2.0.jar, CMLAtomParity.class
package org.xmlcml.cml.element
CMLAtomParity.createAtomRefs4 ( List atoms ) [static]  :  String[ ]
CMLAtomParity.makeElementInContext ( Element parent )  :  CMLElement

cdk-1.2.0.jar, CMLAtomSet.class
package org.xmlcml.cml.element
CMLAtomSet.addAtom ( CMLAtom atom, boolean forceUpdate )  :  void
CMLAtomSet.calculateRange3 ( CMLElement.CoordinateType type )  :  Real3Range
CMLAtomSet.complement ( CMLAtomSet atomSet2 )  :  CMLAtomSet
CMLAtomSet.complementByAtomId ( CMLAtomSet atomSet2 )  :  String[ ]
CMLAtomSet.createFromAtoms ( List atoms ) [static]  :  CMLAtomSet
CMLAtomSet.createFromMolecules ( List molecules ) [static]  :  CMLAtomSet
CMLAtomSet.getAtom ( int i )  :  CMLAtom
CMLAtomSet.getAtomSetById ( List ids )  :  CMLAtomSet
CMLAtomSet.hasContentEqualTo ( CMLAtomSet otherAtomSet )  :  boolean
CMLAtomSet.makeElementInContext ( Element parent )  :  CMLElement
CMLAtomSet.scale2D ( double scale )  :  void
CMLAtomSet.setMolecule ( CMLMolecule molecule )  :  void
CMLAtomSet.updateContent ( )  :  void

cdk-1.2.0.jar, CMLAtomType.class
package org.xmlcml.cml.element
CMLAtomType.makeElementInContext ( Element parent )  :  CMLElement

cdk-1.2.0.jar, CMLAtomTypeList.class
package org.xmlcml.cml.element
CMLAtomTypeList.makeElementInContext ( Element parent )  :  CMLElement

cdk-1.2.0.jar, CMLAttribute.class
package org.xmlcml.cml.base
CMLAttribute.getCmlType ( )  :  CMLType
CMLAttribute.setCmlType ( CMLType cmlType )  :  void

cdk-1.2.0.jar, CMLBand.class
package org.xmlcml.cml.element
CMLBand.makeElementInContext ( Element parent )  :  CMLElement

cdk-1.2.0.jar, CMLBandList.class
package org.xmlcml.cml.element
CMLBandList.makeElementInContext ( Element parent )  :  CMLElement

cdk-1.2.0.jar, CMLBasisSet.class
package org.xmlcml.cml.element
CMLBasisSet.makeElementInContext ( Element parent )  :  CMLElement

cdk-1.2.0.jar, CMLBond.class
package org.xmlcml.cml.element
CMLBond.calculateBondLength ( CMLElement.CoordinateType type )  :  double
CMLBond.CMLBond ( CMLAtom atom1, CMLAtom atom2, String order )
CMLBond.CMLBond ( String id, CMLAtom atom1, CMLAtom atom2 )
CMLBond.CMLBond ( String id, CMLAtom atom1, CMLAtom atom2, String order )
CMLBond.containsElement ( String elementType )  :  boolean
CMLBond.createId ( )  :  String
CMLBond.createId ( CMLAtom atom1, CMLAtom atom2 ) [static]  :  String
CMLBond.detach ( )  :  void
CMLBond.generateAndSetId ( )  :  String
CMLBond.getAtom ( int i )  :  CMLAtom
CMLBond.getAtomId ( int i )  :  String
CMLBond.getAtoms ( )  :  List
CMLBond.getBondLength ( )  :  double *DEPRECATED*
CMLBond.getBondLength ( CMLElement.CoordinateType type )  :  double
CMLBond.getOtherAtom ( CMLAtom atom )  :  CMLAtom
CMLBond.getOtherAtomId ( String id )  :  String
CMLBond.getString ( )  :  String
CMLBond.makeElementInContext ( Element x0 )  :  CMLElement
CMLBond.setId ( String id )  :  void

cdk-1.2.0.jar, CMLBondArray.class
package org.xmlcml.cml.element
CMLBondArray.addBond ( CMLBond bond )  :  CMLBond
CMLBondArray.appendChild ( CMLBond bond )  :  CMLBond
CMLBondArray.detach ( )  :  void
CMLBondArray.finishMakingElement ( Element parent )  :  void
CMLBondArray.getBondByAtomRefs2 ( String[ ] atomRefs2 )  :  CMLBond
CMLBondArray.getBondByHash ( String hash )  :  CMLBond
CMLBondArray.getBondById ( String id )  :  CMLBond
CMLBondArray.getBondIdMap ( )  :  Map
CMLBondArray.getBondMap ( )  :  Map
CMLBondArray.getBonds ( )  :  List
CMLBondArray.getMolecule ( )  :  CMLMolecule
CMLBondArray.indexBonds ( )  :  void
CMLBondArray.insertBond ( CMLBond bond, int pos )  :  CMLBond
CMLBondArray.makeElementInContext ( Element x0 )  :  CMLElement
CMLBondArray.removeChild ( CMLBond bond )  :  CMLBond
CMLBondArray.size ( )  :  int

cdk-1.2.0.jar, CMLBondSet.class
package org.xmlcml.cml.element
CMLBondSet.CMLBondSet ( CMLMolecule mol, String[ ] bondId )
CMLBondSet.CMLBondSet ( List bonds )
CMLBondSet.complement ( CMLBondSet bondSet2 )  :  CMLBondSet
CMLBondSet.createFromBonds ( List bonds ) [static]  :  CMLBondSet
CMLBondSet.getAtomSet ( )  :  CMLAtomSet
CMLBondSet.getAverage2DBondLength ( String[ ] excludeElements, String[ ] includeElements )  :  double
CMLBondSet.getBond ( int i )  :  CMLBond
CMLBondSet.getMolecule ( )  :  CMLMolecule
CMLBondSet.hasContentEqualTo ( CMLBondSet otherBondSet )  :  boolean
CMLBondSet.intersection ( CMLBondSet bondSet2 )  :  CMLBondSet
CMLBondSet.makeElementInContext ( Element parent )  :  CMLElement
CMLBondSet.removeBond ( CMLBond bond )  :  void
CMLBondSet.removeBondById ( String id )  :  void
CMLBondSet.removeBondSet ( CMLBondSet bondSet )  :  void
CMLBondSet.symmetricDifference ( CMLBondSet bondSet2 )  :  CMLBondSet
CMLBondSet.union ( CMLBondSet bondSet2 )  :  CMLBondSet

cdk-1.2.0.jar, CMLBondStereo.class
package org.xmlcml.cml.element
CMLBondStereo.makeElementInContext ( Element parent )  :  CMLElement
CMLBondStereo.matchParity ( CMLBondStereo bs )  :  int

cdk-1.2.0.jar, CMLBondType.class
package org.xmlcml.cml.element
CMLBondType.makeElementInContext ( Element parent )  :  CMLElement

cdk-1.2.0.jar, CMLBondTypeList.class
package org.xmlcml.cml.element
CMLBondTypeList.makeElementInContext ( Element parent )  :  CMLElement

cdk-1.2.0.jar, CMLBuilder.class
package org.xmlcml.cml.base
CMLBuilder.buildEnsureCML ( InputStream is )  :  Document
CMLBuilder.buildEnsureCML ( Reader reader )  :  Document
CMLBuilder.CMLBuilder ( )
CMLBuilder.CMLBuilder ( boolean validate )
CMLBuilder.CMLBuilder ( boolean validate, NodeFactory nodeFactory )
CMLBuilder.CMLBuilder ( NodeFactory nodeFactory )
CMLBuilder.ensureCML ( Document doc ) [static]  :  Document
CMLBuilder.parseString ( String xmlString )  :  Element

cdk-1.2.0.jar, CMLCellParameter.class
package org.xmlcml.cml.element
CMLCellParameter.makeElementInContext ( Element parent )  :  CMLElement

cdk-1.2.0.jar, CMLCml.class
package org.xmlcml.cml.element
CMLCml.makeElementInContext ( Element parent )  :  CMLElement

cdk-1.2.0.jar, CMLComplexObject.class
package org.xmlcml.cml.element
CMLComplexObject.makeElementInContext ( Element parent )  :  CMLElement

cdk-1.2.0.jar, CMLConditionList.class
package org.xmlcml.cml.element
CMLConditionList.makeElementInContext ( Element parent )  :  CMLElement

cdk-1.2.0.jar, CMLCoreModule.class
package org.openscience.cdk.io.cml
CMLCoreModule.newFormulaData ( )  :  void

cdk-1.2.0.jar, CMLCrystal.class
package org.xmlcml.cml.element
CMLCrystal.getContainedCrystal ( CMLElement element ) [static]  :  CMLCrystal
CMLCrystal.getOrthogonalizationTransform ( )  :  Transform3
CMLCrystal.makeElementInContext ( Element parent )  :  CMLElement

cdk-1.2.0.jar, CMLDictionary.class
package org.xmlcml.cml.element
CMLDictionary.addEntryInOrder ( CMLEntry entry )  :  void
CMLDictionary.createDictionary ( URL url )  :  CMLDictionary
CMLDictionary.makeElementInContext ( Element parent )  :  CMLElement

cdk-1.2.0.jar, CMLEigen.class
package org.xmlcml.cml.element
CMLEigen.makeElementInContext ( Element parent )  :  CMLElement

cdk-1.2.0.jar, CMLElectron.class
package org.xmlcml.cml.element
CMLElectron.getElectronCount ( String order ) [static]  :  int
CMLElectron.makeElementInContext ( Element parent )  :  CMLElement

cdk-1.2.0.jar, CMLElement.class
package org.xmlcml.cml.base
CMLElement.addNamespaceDeclaration ( String prefix, String uri )  :  void
CMLElement.addRemove ( CMLAttribute att, String value )  :  void
CMLElement.addToLog ( CMLLog.Severity severity, String message )  :  void
CMLElement.addToLog ( Throwable t, String message )  :  void
CMLElement.appendChild ( Node child )  :  void
CMLElement.cmlQuery ( String query )  :  Nodes
CMLElement.compareTo ( Object x0 )  :  int
CMLElement.copyAttributesFrom ( Element element )  :  void
CMLElement.copyChildrenFrom ( Element element )  :  void
CMLElement.copyChildrenFromTo ( Element element, Element to ) [static]  :  void
CMLElement.createCMLElement ( Element element ) [static]  :  CMLElement
CMLElement.debug ( int indent )  :  void
CMLElement.debug ( OutputStream os, int indent )  :  void
CMLElement.debug ( String message )  :  void
CMLElement.getDescendants ( String elementName, boolean nested )  :  List *DEPRECATED*
CMLElement.getElements ( String cmlQueryString )  :  List
CMLElement.getElementsById ( String id, boolean refresh )  :  List
CMLElement.getId ( )  :  String
CMLElement.getLog ( )  :  CMLLog
CMLElement.getNamespaceURIForPrefix ( String prefix )  :  String
CMLElement.getOldestCMLAncestor ( )  :  CMLElement
CMLElement.getPropertyMap ( )  :  Map
CMLElement.getTool ( )  :  AbstractTool
CMLElement.insertChild ( Node newNode, int pos )  :  void
CMLElement.makeCMLXAttribute ( String attName, String value ) [static]  :  Attribute
CMLElement.makeElementInContext ( Element parent )  :  CMLElement
CMLElement.removeChildren ( )  :  Nodes
CMLElement.removeNamespaceDeclaration ( String prefix )  :  void *DEPRECATED*
CMLElement.replaceByChildren ( )  :  void
CMLElement.replaceChild ( Node oldNode, Node newNode )  :  void
CMLElement.resetId ( String id )  :  void
CMLElement.serialize ( OutputStream os, int indent )  :  void
CMLElement.setAttribute ( String attName, String attValue )  :  void
CMLElement.setCMLXAttribute ( String attName, String attValue )  :  void
CMLElement.setId ( String id )  :  void
CMLElement.setLocalName ( String localName )  :  void
CMLElement.setLog ( CMLLog log )  :  void
CMLElement.setNamespacePrefix ( String namespacePrefix )  :  void
CMLElement.setNamespaceURI ( String namespaceURI )  :  void
CMLElement.setPropertyMap ( Map propertyMap )  :  void
CMLElement.setTool ( AbstractTool tool )  :  void

cdk-1.2.0.jar, CMLElementType.class
package org.xmlcml.cml.base
CMLElementType.CMLElementType ( Element xsdElement )
CMLElementType.getAttributeGroupNameList ( )  :  List
CMLElementType.getAttributeList ( )  :  List
CMLElementType.getComplexType ( )  :  Element
CMLElementType.getElementTypeList ( )  :  List
CMLElementType.getExtension ( )  :  Element
CMLElementType.getName ( )  :  String
CMLElementType.getSimpleContentType ( )  :  CMLType
CMLElementType.getSimpleType ( )  :  Element
CMLElementType.getXsdElement ( )  :  Element
CMLElementType.processAttributes ( Map attributeGroupMap )  :  void
CMLElementType.processComplexContent ( Map elementTypeMap )  :  void
CMLElementType.processSimpleContent ( Map typeMap )  :  void
CMLElementType.setAttributeGroupNameList ( List attributeGroupNameList )  :  void
CMLElementType.setAttributeList ( List attributeList )  :  void
CMLElementType.setComplexType ( Element complexType )  :  void
CMLElementType.setElementTypeList ( List elementTypeList )  :  void
CMLElementType.setExtension ( Element extension )  :  void
CMLElementType.setName ( String name )  :  void
CMLElementType.setSimpleContentType ( CMLType simpleContentType )  :  void
CMLElementType.setSimpleType ( Element simpleType )  :  void
CMLElementType.setXsdElement ( Element xsdElement )  :  void
CMLElementType.toString ( )  :  String

cdk-1.2.0.jar, CMLEntry.class
package org.xmlcml.cml.element
CMLEntry.checkAndSetTerm ( String term )  :  void
CMLEntry.makeElementInContext ( Element parent )  :  CMLElement

cdk-1.2.0.jar, CMLExpression.class
package org.xmlcml.cml.element
CMLExpression.makeElementInContext ( Element parent )  :  CMLElement

cdk-1.2.0.jar, CMLFormula.class
package org.xmlcml.cml.element
CMLFormula.createConcise ( String s ) [static]  :  String
CMLFormula.createFormula ( String s, boolean allowNegativeCounts ) [static]  :  CMLFormula
CMLFormula.createFormula ( String s, CMLFormula.Type convention, boolean allowNegativeCounts ) [static]  :  CMLFormula
CMLFormula.equalsConcise ( CMLFormula f )  :  boolean
CMLFormula.getCompactedConcise ( String concise ) [static]  :  String
CMLFormula.getCompactedConcise ( String concise, boolean html ) [static]  :  String
CMLFormula.getDifference ( CMLFormula form )  :  CMLFormula
CMLFormula.getSubscriptedConcise ( String concise ) [static]  :  Element
CMLFormula.getTotalAtomCount ( )  :  double
CMLFormula.isAllowNegativeCounts ( )  :  boolean
CMLFormula.isEmpty ( )  :  boolean
CMLFormula.isProcessedConcise ( )  :  boolean
CMLFormula.makeElementInContext ( Element parent )  :  CMLElement
CMLFormula.setAllowNegativeCounts ( boolean allowNegativeCounts )  :  void

cdk-1.2.0.jar, CMLFragment.class
package org.xmlcml.cml.element
CMLFragment.CMLFragment ( )
CMLFragment.CMLFragment ( CMLFragment old )
CMLFragment.copy ( )  :  Node
CMLFragment.getIndexableListClass ( )  :  Class
CMLFragment.makeElementInContext ( Element parent )  :  CMLElement

cdk-1.2.0.jar, CMLFragmentList.class
package org.xmlcml.cml.element
CMLFragmentList.CMLFragmentList ( )
CMLFragmentList.CMLFragmentList ( CMLFragmentList old )
CMLFragmentList.copy ( )  :  Node
CMLFragmentList.makeElementInContext ( Element parent )  :  CMLElement

cdk-1.2.0.jar, CMLGradient.class
package org.xmlcml.cml.element
CMLGradient.makeElementInContext ( Element parent )  :  CMLElement

cdk-1.2.0.jar, CMLIdentifier.class
package org.xmlcml.cml.element
CMLIdentifier.CMLIdentifier ( CMLConstants old )
CMLIdentifier.makeElementInContext ( Element parent )  :  CMLElement

cdk-1.2.0.jar, CMLIsotope.class
package org.xmlcml.cml.element
CMLIsotope.makeElementInContext ( Element parent )  :  CMLElement

cdk-1.2.0.jar, CMLIsotopeList.class
package org.xmlcml.cml.element
CMLIsotopeList.makeElementInContext ( Element parent )  :  CMLElement

cdk-1.2.0.jar, CMLJoin.class
package org.xmlcml.cml.element
CMLJoin.CMLJoin ( )
CMLJoin.CMLJoin ( CMLJoin old )
CMLJoin.copy ( )  :  Node
CMLJoin.finishMakingElement ( Element parent )  :  void
CMLJoin.getString ( )  :  String
CMLJoin.makeElementInContext ( Element parent )  :  CMLElement
CMLJoin.processMoleculeRefs2AndAtomRefs2 ( CMLMolecule previousMolecule, CMLMolecule nextMolecule )  :  void

cdk-1.2.0.jar, CMLKpoint.class
package org.xmlcml.cml.element
CMLKpoint.makeElementInContext ( Element parent )  :  CMLElement

cdk-1.2.0.jar, CMLKpointList.class
package org.xmlcml.cml.element
CMLKpointList.makeElementInContext ( Element parent )  :  CMLElement

cdk-1.2.0.jar, CMLLabel.class
package org.xmlcml.cml.element
CMLLabel.getLabel ( CMLElement element, CMLLabel.Position side ) [static]  :  CMLLabel
CMLLabel.getLabelValue ( CMLElement element, CMLLabel.Position side ) [static]  :  String
CMLLabel.makeElementInContext ( Element parent )  :  CMLElement
CMLLabel.removeLabel ( CMLElement element, CMLLabel.Position side ) [static]  :  void
CMLLabel.setLabel ( CMLElement element, CMLLabel.Position side, String value ) [static]  :  void

cdk-1.2.0.jar, CMLLattice.class
package org.xmlcml.cml.element
CMLLattice.makeElementInContext ( Element parent )  :  CMLElement

cdk-1.2.0.jar, CMLLatticeVector.class
package org.xmlcml.cml.element
CMLLatticeVector.makeElementInContext ( Element parent )  :  CMLElement

cdk-1.2.0.jar, CMLLength.class
package org.xmlcml.cml.element
CMLLength.addAtomIds ( List lengthList, CMLAtom atom0, CMLAtom atom1 ) [static]  :  void
CMLLength.atomHash ( )  :  String
CMLLength.getAtomIds ( )  :  List
CMLLength.getAtoms ( CMLMolecule molecule )  :  List
CMLLength.getIndexedLengths ( List lengths ) [static]  :  Map
CMLLength.getList ( CMLElements lengthElements ) [static]  :  List *DEPRECATED*
CMLLength.getString ( )  :  String
CMLLength.makeElementInContext ( Element parent )  :  CMLElement
CMLLength.outputHTML ( Writer w, List lengthList, CMLMolecule molecule ) [static]  :  void
CMLLength.setAtomRefs2 ( CMLAtom atom0, CMLAtom atom1 )  :  void

cdk-1.2.0.jar, CMLLine3.class
package org.xmlcml.cml.element
CMLLine3.makeElementInContext ( Element parent )  :  CMLElement

cdk-1.2.0.jar, CMLLink.class
package org.xmlcml.cml.element
CMLLink.makeElementInContext ( Element parent )  :  CMLElement

cdk-1.2.0.jar, CMLList.class
package org.xmlcml.cml.element
CMLList.addColumnElementsTo ( CMLElements tableRows )  :  void
CMLList.getArraySize ( )  :  int
CMLList.getStringValues ( )  :  List
CMLList.makeElementInContext ( Element parent )  :  CMLElement

cdk-1.2.0.jar, CMLLog.class
package org.xmlcml.cml.base
CMLLog.add ( CMLLog.Severity severity, String s )  :  void
CMLLog.add ( File file, String s )  :  void
CMLLog.add ( String s )  :  void
CMLLog.add ( Throwable t, String s )  :  void
CMLLog.CMLLog ( )
CMLLog.write ( Writer w )  :  void
CMLLog.writeXML ( Writer w )  :  void

cdk-1.2.0.jar, CMLMap.class
package org.xmlcml.cml.element
CMLMap.appendChild ( CMLLink link )  :  void *DEPRECATED*
CMLMap.getFromSetRefs ( )  :  List
CMLMap.getToSetRefs ( )  :  List
CMLMap.makeElementInContext ( Element parent )  :  CMLElement

cdk-1.2.0.jar, CMLMatrix.class
package org.xmlcml.cml.element
CMLMatrix.createSquareMatrix ( RealArray array, int rows, CMLMatrix.Type type ) [static]  :  CMLMatrix
CMLMatrix.makeElementInContext ( Element parent )  :  CMLElement
CMLMatrix.setUnits ( String prefix, String id, String namespaceURI )  :  void

cdk-1.2.0.jar, CMLMechanism.class
package org.xmlcml.cml.element
CMLMechanism.makeElementInContext ( Element parent )  :  CMLElement

cdk-1.2.0.jar, CMLMechanismComponent.class
package org.xmlcml.cml.element
CMLMechanismComponent.makeElementInContext ( Element parent )  :  CMLElement

cdk-1.2.0.jar, CMLMetadata.class
package org.xmlcml.cml.element
CMLMetadata.makeElementInContext ( Element parent )  :  CMLElement

cdk-1.2.0.jar, CMLMetadataList.class
package org.xmlcml.cml.element
CMLMetadataList.makeElementInContext ( Element parent )  :  CMLElement

cdk-1.2.0.jar, CMLModule.class
package org.xmlcml.cml.element
CMLModule.makeElementInContext ( Element parent )  :  CMLElement

cdk-1.2.0.jar, CMLMolecule.class
package org.xmlcml.cml.element
CMLMolecule.addAtom ( CMLAtom atom )  :  void
CMLMolecule.addBond ( CMLBond bond )  :  void
CMLMolecule.appendChild ( CMLAtom atom )  :  void
CMLMolecule.appendChild ( CMLBond bond )  :  void
CMLMolecule.appendChild ( CMLMolecule molecule )  :  void
CMLMolecule.calculateFormalCharge ( )  :  int
CMLMolecule.createMoleculeWithId ( String id ) [static]  :  CMLMolecule
CMLMolecule.deleteAtom ( CMLAtom atom )  :  CMLAtom
CMLMolecule.deleteBond ( CMLAtom atom1, CMLAtom atom2 )  :  CMLBond
CMLMolecule.deleteBond ( CMLBond bond )  :  CMLBond
CMLMolecule.deleteMolecule ( CMLMolecule molecule )  :  void
CMLMolecule.getAtomByIdXX ( String id )  :  CMLAtom
CMLMolecule.getAtomListByIds ( String[ ] ids )  :  List
CMLMolecule.getAtomMap ( )  :  Map
CMLMolecule.getAtomsById ( String id )  :  List
CMLMolecule.getBondByAtomIds ( String id1, String id2 )  :  CMLBond
CMLMolecule.getBondIdMap ( )  :  Map
CMLMolecule.getBondMap ( )  :  Map
CMLMolecule.getChildMoleculeList ( CMLMolecule mol ) [static]  :  List
CMLMolecule.getCloseContacts ( )  :  Map
CMLMolecule.hasCloseContacts ( )  :  boolean
CMLMolecule.hasCoordinates ( CMLElement.CoordinateType type, boolean omitHydrogen )  :  boolean
CMLMolecule.insertAtomArray ( CMLAtomArray atomArray, int pos )  :  void *DEPRECATED*
CMLMolecule.insertBondArray ( CMLBondArray bondArray, int pos )  :  void *DEPRECATED*
CMLMolecule.makeElementInContext ( Element parent )  :  CMLElement
CMLMolecule.normalizeSingleMoleculeChild ( )  :  void
CMLMolecule.removeAtomArray ( )  :  void
CMLMolecule.removeBondArray ( )  :  void
CMLMolecule.removeChild ( CMLAtom atom )  :  void
CMLMolecule.removeChild ( CMLBond bond )  :  void
CMLMolecule.removeChild ( CMLMolecule molecule )  :  void
CMLMolecule.setNormalizedBondOrders ( )  :  void

cdk-1.2.0.jar, CMLMoleculeList.class
package org.xmlcml.cml.element
CMLMoleculeList.CMLMoleculeList ( )
CMLMoleculeList.CMLMoleculeList ( CMLMoleculeList old )
CMLMoleculeList.copy ( )  :  Node
CMLMoleculeList.makeElementInContext ( Element parent )  :  CMLElement

cdk-1.2.0.jar, CMLName.class
package org.xmlcml.cml.element
CMLName.makeElementInContext ( Element parent )  :  CMLElement

cdk-1.2.0.jar, CMLNamespace.class
package org.xmlcml.cml.base
CMLNamespace.CMLNamespace ( String prefix, String namespaceURI )
CMLNamespace.createNamespace ( String prefix, CMLElement element ) [static]  :  CMLNamespace
CMLNamespace.getNamespaceURI ( )  :  String
CMLNamespace.getPrefix ( )  :  String

cdk-1.2.0.jar, CMLNodeFactory.class
package org.xmlcml.cml.base
CMLNodeFactory.finishMakingElement ( Element element )  :  Nodes
CMLNodeFactory.main ( String text ) [static]  :  void
CMLNodeFactory.makeAttribute ( String attributeName, String URI, String value, Attribute.Type type )  :  Nodes
CMLNodeFactory.makeClass ( String base, String name ) [static]  :  Class
CMLNodeFactory.makeText ( String text )  :  Nodes
CMLNodeFactory.startMakingElement ( String name, String namespace )  :  Element

cdk-1.2.0.jar, CMLObject.class
package org.xmlcml.cml.element
CMLObject.makeElementInContext ( Element parent )  :  CMLElement

cdk-1.2.0.jar, CMLObservation.class
package org.xmlcml.cml.element
CMLObservation.makeElementInContext ( Element parent )  :  CMLElement

cdk-1.2.0.jar, CMLOperator.class
package org.xmlcml.cml.element
CMLOperator.makeElementInContext ( Element parent )  :  CMLElement

cdk-1.2.0.jar, CMLParameter.class
package org.xmlcml.cml.element
CMLParameter.makeElementInContext ( Element parent )  :  CMLElement

cdk-1.2.0.jar, CMLParameterList.class
package org.xmlcml.cml.element
CMLParameterList.makeElementInContext ( Element parent )  :  CMLElement

cdk-1.2.0.jar, CMLParticle.class
package org.xmlcml.cml.element
CMLParticle.makeElementInContext ( Element parent )  :  CMLElement

cdk-1.2.0.jar, CMLPeak.class
package org.xmlcml.cml.element
CMLPeak.makeElementInContext ( Element parent )  :  CMLElement

cdk-1.2.0.jar, CMLPeakGroup.class
package org.xmlcml.cml.element
CMLPeakGroup.makeElementInContext ( Element parent )  :  CMLElement

cdk-1.2.0.jar, CMLPeakList.class
package org.xmlcml.cml.element
CMLPeakList.CMLPeakList ( List peakList )
CMLPeakList.finishMakingElement ( Element parent )  :  void
CMLPeakList.getPeakChildren ( )  :  List
CMLPeakList.getPeakDescendants ( )  :  List
CMLPeakList.getPeakOrGroupChildren ( )  :  List
CMLPeakList.makeElementInContext ( Element parent )  :  CMLElement

cdk-1.2.0.jar, CMLPeakStructure.class
package org.xmlcml.cml.element
CMLPeakStructure.makeElementInContext ( Element parent )  :  CMLElement

cdk-1.2.0.jar, CMLPlane3.class
package org.xmlcml.cml.element
CMLPlane3.makeElementInContext ( Element parent )  :  CMLElement

cdk-1.2.0.jar, CMLPoint3.class
package org.xmlcml.cml.element
CMLPoint3.makeElementInContext ( Element parent )  :  CMLElement

cdk-1.2.0.jar, CMLPotential.class
package org.xmlcml.cml.element
CMLPotential.makeElementInContext ( Element parent )  :  CMLElement

cdk-1.2.0.jar, CMLPotentialForm.class
package org.xmlcml.cml.element
CMLPotentialForm.makeElementInContext ( Element parent )  :  CMLElement

cdk-1.2.0.jar, CMLPotentialList.class
package org.xmlcml.cml.element
CMLPotentialList.makeElementInContext ( Element parent )  :  CMLElement

cdk-1.2.0.jar, CMLProduct.class
package org.xmlcml.cml.element
CMLProduct.makeElementInContext ( Element parent )  :  CMLElement

cdk-1.2.0.jar, CMLProductList.class
package org.xmlcml.cml.element
CMLProductList.makeElementInContext ( Element parent )  :  CMLElement

cdk-1.2.0.jar, CMLProperty.class
package org.xmlcml.cml.element
CMLProperty.canonicalize ( )  :  void
CMLProperty.CMLProperty ( String dictRef, double value, String units )
CMLProperty.getChild ( )  :  HasDataType
CMLProperty.getDataType ( )  :  String
CMLProperty.getDouble ( )  :  double
CMLProperty.getDoubles ( )  :  double[ ]
CMLProperty.getInt ( )  :  int
CMLProperty.getInts ( )  :  int[ ]
CMLProperty.getProperty ( CMLElement parent, String dictRef ) [static]  :  CMLProperty
CMLProperty.getPropertyList ( CMLElement parent, String dictRef ) [static]  :  CMLPropertyList
CMLProperty.getString ( )  :  String
CMLProperty.getStringValues ( )  :  List
CMLProperty.getUnits ( )  :  String
CMLProperty.makeElementInContext ( Element parent )  :  CMLElement
CMLProperty.setChild ( HasDataType child )  :  void

cdk-1.2.0.jar, CMLPropertyList.class
package org.xmlcml.cml.element
CMLPropertyList.makeElementInContext ( Element parent )  :  CMLElement

cdk-1.2.0.jar, CMLReactant.class
package org.xmlcml.cml.element
CMLReactant.makeElementInContext ( Element parent )  :  CMLElement

cdk-1.2.0.jar, CMLReactantList.class
package org.xmlcml.cml.element
CMLReactantList.makeElementInContext ( Element parent )  :  CMLElement

cdk-1.2.0.jar, CMLReaction.class
package org.xmlcml.cml.element
CMLReaction.addReactant ( CMLReactant reactant )  :  void
CMLReaction.getAtoms ( CMLReaction.Component type )  :  List
CMLReaction.getBonds ( CMLReaction.Component type )  :  List
CMLReaction.getMolecules ( CMLReaction.Component type )  :  List
CMLReaction.getOrCreateReactantList ( )  :  CMLReactantList
CMLReaction.makeElementInContext ( Element parent )  :  CMLElement

cdk-1.2.0.jar, CMLReactionList.class
package org.xmlcml.cml.element
CMLReactionList.makeElementInContext ( Element parent )  :  CMLElement

cdk-1.2.0.jar, CMLReactionScheme.class
package org.xmlcml.cml.element
CMLReactionScheme.makeElementInContext ( Element parent )  :  CMLElement

cdk-1.2.0.jar, CMLReactionStep.class
package org.xmlcml.cml.element
CMLReactionStep.makeElementInContext ( Element parent )  :  CMLElement

cdk-1.2.0.jar, CMLReactionStepList.class
package org.xmlcml.cml.element
CMLReactionStepList.makeElementInContext ( Element parent )  :  CMLElement

cdk-1.2.0.jar, CMLReactiveCentre.class
package org.xmlcml.cml.element
CMLReactiveCentre.makeElementInContext ( Element parent )  :  CMLElement

cdk-1.2.0.jar, CMLRegion.class
package org.xmlcml.cml.element
CMLRegion.makeElementInContext ( Element parent )  :  CMLElement

cdk-1.2.0.jar, CMLRelatedEntry.class
package org.xmlcml.cml.element
CMLRelatedEntry.makeElementInContext ( Element parent )  :  CMLElement

cdk-1.2.0.jar, CMLSample.class
package org.xmlcml.cml.element
CMLSample.makeElementInContext ( Element parent )  :  CMLElement

cdk-1.2.0.jar, CMLScalar.class
package org.xmlcml.cml.element
CMLScalar.getDictRefFromElementOrParent ( )  :  DictRefAttribute
CMLScalar.makeElementInContext ( Element parent )  :  CMLElement
CMLScalar.setUnits ( String prefix, String id, String namespaceURI )  :  void

cdk-1.2.0.jar, CMLSchemaValidator.class
package org.xmlcml.cml.base
CMLSchemaValidator.getInstance ( ) [static]  :  CMLSchemaValidator
CMLSchemaValidator.validateCML ( Document d )  :  void
CMLSchemaValidator.validateCML ( InputStream in )  :  void
CMLSchemaValidator.validateCML ( Node node )  :  void
CMLSchemaValidator.validateCML ( Node node )  :  void
CMLSchemaValidator.validateCML ( Reader in )  :  void
CMLSchemaValidator.validateCML ( Source source )  :  void

cdk-1.2.0.jar, CMLSimpleType.class
package org.xmlcml.cml.base
CMLSimpleType.CMLSimpleType ( )

cdk-1.2.0.jar, CMLSpectator.class
package org.xmlcml.cml.element
CMLSpectator.makeElementInContext ( Element parent )  :  CMLElement

cdk-1.2.0.jar, CMLSpectatorList.class
package org.xmlcml.cml.element
CMLSpectatorList.getMolecules ( ReactionComponent.Type productReactant )  :  List
CMLSpectatorList.makeElementInContext ( Element parent )  :  CMLElement

cdk-1.2.0.jar, CMLSpectrum.class
package org.xmlcml.cml.element
CMLSpectrum.makeElementInContext ( Element parent )  :  CMLElement

cdk-1.2.0.jar, CMLSpectrumData.class
package org.xmlcml.cml.element
CMLSpectrumData.makeElementInContext ( Element parent )  :  CMLElement

cdk-1.2.0.jar, CMLSpectrumList.class
package org.xmlcml.cml.element
CMLSpectrumList.makeElementInContext ( Element parent )  :  CMLElement

cdk-1.2.0.jar, CMLSphere3.class
package org.xmlcml.cml.element
CMLSphere3.makeElementInContext ( Element parent )  :  CMLElement

cdk-1.2.0.jar, CMLSubstance.class
package org.xmlcml.cml.element
CMLSubstance.makeElementInContext ( Element parent )  :  CMLElement

cdk-1.2.0.jar, CMLSubstanceList.class
package org.xmlcml.cml.element
CMLSubstanceList.makeElementInContext ( Element parent )  :  CMLElement

cdk-1.2.0.jar, CMLSymmetry.class
package org.xmlcml.cml.element
CMLSymmetry.getContainedSymmetry ( CMLElement element ) [static]  :  CMLSymmetry
CMLSymmetry.makeElementInContext ( Element x0 )  :  CMLElement

cdk-1.2.0.jar, CMLSystem.class
package org.xmlcml.cml.element
CMLSystem.makeElementInContext ( Element parent )  :  CMLElement

cdk-1.2.0.jar, CMLTable.class
package org.xmlcml.cml.element
CMLTable.addArray ( CMLArray array )  :  void *DEPRECATED*
CMLTable.check ( CMLTable.TableType t )  :  boolean
CMLTable.getArrayElements ( )  :  CMLElements *DEPRECATED*
CMLTable.getTableTypeEnum ( )  :  CMLTable.TableType
CMLTable.makeElementInContext ( Element parent )  :  CMLElement
CMLTable.setTableType ( CMLTable.TableType tt )  :  void
CMLTable.setTableType ( String t )  :  void

cdk-1.2.0.jar, CMLTableCell.class
package org.xmlcml.cml.element
CMLTableCell.appendValueTo ( String dataType, CMLArray array )  :  void
CMLTableCell.CMLTableCell ( )
CMLTableCell.CMLTableCell ( CMLTableCell old )
CMLTableCell.CMLTableCell ( double d )
CMLTableCell.CMLTableCell ( Element element )
CMLTableCell.CMLTableCell ( int i )
CMLTableCell.CMLTableCell ( String s )
CMLTableCell.copy ( )  :  Node
CMLTableCell.getDouble ( )  :  double
CMLTableCell.getInt ( )  :  double
CMLTableCell.makeElementInContext ( Element parent )  :  CMLElement
CMLTableCell.writeHTML ( Writer w )  :  void

cdk-1.2.0.jar, CMLTableContent.class
package org.xmlcml.cml.element
CMLTableContent.makeElementInContext ( Element parent )  :  CMLElement
CMLTableContent.setDelimiter ( String delim )  :  void

cdk-1.2.0.jar, CMLTableHeader.class
package org.xmlcml.cml.element
CMLTableHeader.makeElementInContext ( Element parent )  :  CMLElement

cdk-1.2.0.jar, CMLTableHeaderCell.class
package org.xmlcml.cml.element
CMLTableHeaderCell.CMLTableHeaderCell ( )
CMLTableHeaderCell.CMLTableHeaderCell ( CMLTableHeaderCell old )
CMLTableHeaderCell.copy ( )  :  Node
CMLTableHeaderCell.createCMLArray ( )  :  CMLArray
CMLTableHeaderCell.makeElementInContext ( Element parent )  :  CMLElement
CMLTableHeaderCell.writeHTML ( Writer w )  :  void

cdk-1.2.0.jar, CMLTableRow.class
package org.xmlcml.cml.element
CMLTableRow.getDelimitedString ( String delimiter )  :  String
CMLTableRow.makeElementInContext ( Element parent )  :  CMLElement
CMLTableRow.writeHTML ( Writer w )  :  void

cdk-1.2.0.jar, CMLTableRowList.class
package org.xmlcml.cml.element
CMLTableRowList.CMLTableRowList ( )
CMLTableRowList.CMLTableRowList ( CMLTableRowList old )
CMLTableRowList.copy ( )  :  Node
CMLTableRowList.makeElementInContext ( Element parent )  :  CMLElement

cdk-1.2.0.jar, CMLTorsion.class
package org.xmlcml.cml.element
CMLTorsion.getAtomIds ( )  :  List
CMLTorsion.getAtoms ( CMLAtomSet atomSet )  :  List
CMLTorsion.getCalculatedTorsion ( List atomList )  :  double
CMLTorsion.getIndexedTorsions ( List torsions ) [static]  :  Map
CMLTorsion.getList ( CMLElements torsionElements ) [static]  :  List
CMLTorsion.getString ( )  :  String
CMLTorsion.makeElementInContext ( Element parent )  :  CMLElement
CMLTorsion.outputHTML ( Writer w, List torsionList, CMLMolecule molecule ) [static]  :  void
CMLTorsion.setAtomRefs4 ( CMLAtom rGroup0, CMLAtom atom0, CMLAtom atom1, CMLAtom rGroup1 )  :  void

cdk-1.2.0.jar, CMLTransform3.class
package org.xmlcml.cml.element
CMLTransform3.CMLTransform3 ( Transform3 transform3 )
CMLTransform3.isIdentity ( )  :  boolean
CMLTransform3.makeElementInContext ( Element x0 )  :  CMLElement

cdk-1.2.0.jar, CMLTransitionState.class
package org.xmlcml.cml.element
CMLTransitionState.makeElementInContext ( Element parent )  :  CMLElement

cdk-1.2.0.jar, CMLType.class
package org.xmlcml.cml.base
CMLType.CMLType ( Element simpleType )
CMLType.createMinMaxAndEnumerations ( )  :  void
CMLType.getDEnumerationValues ( )  :  double[ ]
CMLType.getDMaxExclusive ( )  :  double
CMLType.getDMaxInclusive ( )  :  double
CMLType.getDMinExclusive ( )  :  double
CMLType.getDMinInclusive ( )  :  double
CMLType.getId ( )  :  String
CMLType.getIEnumerationValues ( )  :  int[ ]
CMLType.getIMaxExclusive ( )  :  int
CMLType.getIMaxInclusive ( )  :  int
CMLType.getIMinExclusive ( )  :  int
CMLType.getIMinInclusive ( )  :  int
CMLType.getJavaType ( )  :  String
CMLType.getList ( )  :  Element
CMLType.getNormalizedValue ( String value ) [static]  :  String
CMLType.getRestriction ( )  :  Element
CMLType.getSEnumerationValues ( )  :  String[ ]
CMLType.getSimpleType ( )  :  Element
CMLType.getSubTypes ( )  :  CMLType[ ]
CMLType.getUnion ( )  :  Element
CMLType.listDataType ( )  :  String
CMLType.setDEnumerationValues ( double[ ] enumerationValues )  :  void
CMLType.setDMaxExclusive ( double maxExclusive )  :  void
CMLType.setDMaxInclusive ( double maxInclusive )  :  void
CMLType.setDMinExclusive ( double minExclusive )  :  void
CMLType.setDMinInclusive ( double minInclusive )  :  void
CMLType.setIEnumerationValues ( int[ ] enumerationValues )  :  void
CMLType.setIMaxExclusive ( int maxExclusive )  :  void
CMLType.setIMaxInclusive ( int maxInclusive )  :  void
CMLType.setIMinExclusive ( int minExclusive )  :  void
CMLType.setIMinInclusive ( int minInclusive )  :  void
CMLType.setJavaType ( String javaType )  :  void
CMLType.setList ( boolean isList )  :  void
CMLType.setList ( Element list )  :  void
CMLType.setRestriction ( Element restriction )  :  void
CMLType.setSEnumerationValues ( String[ ] enumerationValues )  :  void
CMLType.setSimpleType ( Element simpleType )  :  void
CMLType.setUnion ( Element union )  :  void
CMLType.toString ( )  :  String

cdk-1.2.0.jar, CMLUtil.class
package org.xmlcml.cml.base
CMLUtil.BUG ( String message ) [static]  :  void
CMLUtil.capitalize ( String name ) [static]  :  String
CMLUtil.compareAttributesCanonically ( Element refNode, Element testNode, String xpath ) [static]  :  String
CMLUtil.compareChildNodesCanonically ( Element refNode, Element testNode, String xpath ) [static]  :  String
CMLUtil.compareNamespacesCanonically ( Element refNode, Element testNode, String xpath ) [static]  :  String
CMLUtil.compareNonElementNodesCanonically ( Node refNode, Node testNode, String xpath ) [static]  :  String
CMLUtil.debug ( Element el, OutputStream os, int indent ) [static]  :  void
CMLUtil.debug ( Element el, String message ) [static]  :  void
CMLUtil.debugToErr ( Element el ) [static]  :  void
CMLUtil.equalsCanonically ( Element refElement, Element testElement, boolean stripWhite ) [static]  :  String
CMLUtil.equalsCanonically ( Element refElement, Element testElement, boolean stripWhite, String xpath ) [static]  :  String
CMLUtil.equalsCanonically ( String refNodeXML, Element testElement, boolean stripWhite ) [static]  :  String
CMLUtil.generateCombinationList ( int max ) [static]  :  List
CMLUtil.getCanonicalString ( Node node ) [static]  :  String
CMLUtil.getChildNodes ( Element el ) [static]  :  List
CMLUtil.getCMLElements ( Element node, String xpath, XPathContext context ) [static]  :  List
CMLUtil.getFirstTextDescendant ( Node node ) [static]  :  Text
CMLUtil.getFollowingSibling ( Node current ) [static]  :  Node
CMLUtil.getLastTextDescendant ( Node node ) [static]  :  Text
CMLUtil.getLocalName ( String s ) [static]  :  String
CMLUtil.getNamespaces ( Element element, List prefixes ) [static]  :  List
CMLUtil.getPrecedingSibling ( Node current ) [static]  :  Node
CMLUtil.getPrefix ( String s ) [static]  :  String
CMLUtil.getPrefixes ( Element element, String attName ) [static]  :  List
CMLUtil.getQueryNodes ( Node node, String xpath ) [static]  :  List
CMLUtil.getQueryNodes ( Node node, String xpath, XPathContext context ) [static]  :  List
CMLUtil.getXMLContent ( Element element ) [static]  :  String
CMLUtil.getXMLResource ( String filename ) [static]  :  Document
CMLUtil.makeAbstractName ( String name ) [static]  :  String
CMLUtil.makeCMLName ( String name ) [static]  :  String
CMLUtil.makeId ( String s ) [static]  :  String
CMLUtil.parseFlexibleDouble ( String value ) [static]  :  double
CMLUtil.parseXML ( String xmlString ) [static]  :  Element
CMLUtil.readElementFromResource ( String filename ) [static]  :  CMLElement
CMLUtil.removeWhitespaceNodes ( Element element ) [static]  :  void
CMLUtil.setXMLContent ( Element element, String s ) [static]  :  void
CMLUtil.toXMLString ( Element element ) [static]  :  String
CMLUtil.transferChildren ( Element from, Element to ) [static]  :  void
CMLUtil.transferChildrenToParent ( Element element ) [static]  :  void

cdk-1.2.0.jar, CMLVector3.class
package org.xmlcml.cml.element
CMLVector3.makeElementInContext ( Element parent )  :  CMLElement

cdk-1.2.0.jar, CMLXaxis.class
package org.xmlcml.cml.element
CMLXaxis.makeElementInContext ( Element parent )  :  CMLElement

cdk-1.2.0.jar, CMLYaxis.class
package org.xmlcml.cml.element
CMLYaxis.makeElementInContext ( Element parent )  :  CMLElement

cdk-1.2.0.jar, CMLZMatrix.class
package org.xmlcml.cml.element
CMLZMatrix.addCartesiansTo ( CMLMolecule molecule )  :  void
CMLZMatrix.CMLZMatrix ( CMLElement element )
CMLZMatrix.makeElementInContext ( Element parent )  :  CMLElement
CMLZMatrix.setXYZ3 ( CMLLength length, CMLAngle angle, CMLTorsion torsion, CMLMolecule molecule )  :  void

cdk-1.2.0.jar, CNNClassificationModel.class
package org.openscience.cdk.qsar.model.R
CNNClassificationModel.build ( )  :  void
CNNClassificationModel.CNNClassificationModel ( )
CNNClassificationModel.CNNClassificationModel ( double[ ][ ] x, String[ ] y, int size )
CNNClassificationModel.CNNClassificationModel ( double[ ][ ] x, String[ ][ ] y, int size )
CNNClassificationModel.getFitFitted ( )  :  double[ ][ ]
CNNClassificationModel.getFitHessian ( )  :  double[ ][ ]
CNNClassificationModel.getFitResiduals ( )  :  double[ ][ ]
CNNClassificationModel.getFitValue ( )  :  double
CNNClassificationModel.getFitWeights ( )  :  double[ ]
CNNClassificationModel.getPredictPredictedClass ( )  :  String[ ]
CNNClassificationModel.getPredictPredictedRaw ( )  :  double[ ][ ]
CNNClassificationModel.loadModel ( String fileName )  :  void
CNNClassificationModel.loadModel ( String serializedModel, String modelName )  :  void
CNNClassificationModel.predict ( )  :  void
CNNClassificationModel.setParameters ( String key, Object obj )  :  void

cdk-1.2.0.jar, CNNClassificationModelFit.class
package org.openscience.cdk.qsar.model.R
CNNClassificationModelFit.CNNClassificationModelFit ( int noutput, int nobs, double[ ] weights, double[ ] fitted, double[ ] residual, double value )
CNNClassificationModelFit.CNNClassificationModelFit ( int noutput, int nobs, double[ ] weights, double[ ] fitted, double[ ] residual, double value, double[ ] hessian )
CNNClassificationModelFit.getFitted ( )  :  double[ ][ ]
CNNClassificationModelFit.getHessian ( )  :  double[ ][ ]
CNNClassificationModelFit.getResiduals ( )  :  double[ ][ ]
CNNClassificationModelFit.getValue ( )  :  double
CNNClassificationModelFit.getWeights ( )  :  double[ ]
CNNClassificationModelFit.setFitted ( double[ ][ ] fitted )  :  void
CNNClassificationModelFit.setHessian ( double[ ][ ] theHessian )  :  void
CNNClassificationModelFit.setResiduals ( double[ ][ ] residuals )  :  void
CNNClassificationModelFit.setValue ( double value )  :  void
CNNClassificationModelFit.setWeights ( double[ ] weights )  :  void

cdk-1.2.0.jar, CNNClassificationModelPredict.class
package org.openscience.cdk.qsar.model.R
CNNClassificationModelPredict.CNNClassificationModelPredict ( int noutput, double values )
CNNClassificationModelPredict.CNNClassificationModelPredict ( int noutput, double[ ] values )
CNNClassificationModelPredict.CNNClassificationModelPredict ( String values )
CNNClassificationModelPredict.CNNClassificationModelPredict ( String[ ] values )
CNNClassificationModelPredict.getPredictedClass ( )  :  String[ ]
CNNClassificationModelPredict.getPredictedRaw ( )  :  double[ ][ ]
CNNClassificationModelPredict.setPredictedRaw ( double[ ][ ] predicted )  :  void

cdk-1.2.0.jar, CNNRegressionModel.class
package org.openscience.cdk.qsar.model.R
CNNRegressionModel.build ( )  :  void
CNNRegressionModel.CNNRegressionModel ( )
CNNRegressionModel.CNNRegressionModel ( double[ ][ ] x, double[ ] y, int size )
CNNRegressionModel.CNNRegressionModel ( double[ ][ ] x, double[ ][ ] y, int size )
CNNRegressionModel.getFitFitted ( )  :  double[ ][ ]
CNNRegressionModel.getFitHessian ( )  :  double[ ][ ]
CNNRegressionModel.getFitResiduals ( )  :  double[ ][ ]
CNNRegressionModel.getFitValue ( )  :  double
CNNRegressionModel.getFitWeights ( )  :  double[ ]
CNNRegressionModel.getPredictPredicted ( )  :  double[ ][ ]
CNNRegressionModel.loadModel ( String fileName )  :  void
CNNRegressionModel.loadModel ( String serializedModel, String modelName )  :  void
CNNRegressionModel.predict ( )  :  void
CNNRegressionModel.setParameters ( String key, Object obj )  :  void
CNNRegressionModel.summary ( )  :  R.CNNRegressionModelSummary
package org.openscience.cdk.qsar.model.R2
CNNRegressionModel.build ( )  :  void
CNNRegressionModel.CNNRegressionModel ( )
CNNRegressionModel.CNNRegressionModel ( double[ ][ ] x, double[ ] y, int size )
CNNRegressionModel.CNNRegressionModel ( double[ ][ ] x, double[ ][ ] y, int size )
CNNRegressionModel.getCensored ( )  :  JRI.RBool
CNNRegressionModel.getConn ( )  :  double[ ]
CNNRegressionModel.getDecay ( )  :  double
CNNRegressionModel.getEntropy ( )  :  JRI.RBool
CNNRegressionModel.getFittedValues ( )  :  double[ ][ ]
CNNRegressionModel.getN ( )  :  double[ ]
CNNRegressionModel.getNconn ( )  :  double[ ]
CNNRegressionModel.getNsunits ( )  :  double
CNNRegressionModel.getNunits ( )  :  double
CNNRegressionModel.getPredictions ( )  :  double[ ][ ]
CNNRegressionModel.getResiduals ( )  :  double[ ][ ]
CNNRegressionModel.getSoftmax ( )  :  JRI.RBool
CNNRegressionModel.getValue ( )  :  double
CNNRegressionModel.getWts ( )  :  double[ ]
CNNRegressionModel.loadModel ( String fileName )  :  void
CNNRegressionModel.loadModel ( String serializedModel, String modelName )  :  void
CNNRegressionModel.predict ( )  :  void
CNNRegressionModel.setParameters ( String key, Object obj )  :  void
CNNRegressionModel.summary ( )  :  JRI.RList

cdk-1.2.0.jar, CNNRegressionModelFit.class
package org.openscience.cdk.qsar.model.R
CNNRegressionModelFit.CNNRegressionModelFit ( int noutput, int nobs, double[ ] weights, double[ ] fitted, double[ ] residual, double value )
CNNRegressionModelFit.CNNRegressionModelFit ( int noutput, int nobs, double[ ] weights, double[ ] fitted, double[ ] residual, double value, double[ ] hessian )
CNNRegressionModelFit.getFitted ( )  :  double[ ][ ]
CNNRegressionModelFit.getHessian ( )  :  double[ ][ ]
CNNRegressionModelFit.getResiduals ( )  :  double[ ][ ]
CNNRegressionModelFit.getValue ( )  :  double
CNNRegressionModelFit.getWeights ( )  :  double[ ]
CNNRegressionModelFit.setFitted ( double[ ][ ] fitted )  :  void
CNNRegressionModelFit.setHessian ( double[ ][ ] theHessian )  :  void
CNNRegressionModelFit.setResiduals ( double[ ][ ] residuals )  :  void
CNNRegressionModelFit.setValue ( double value )  :  void
CNNRegressionModelFit.setWeights ( double[ ] weights )  :  void

cdk-1.2.0.jar, CNNRegressionModelPredict.class
package org.openscience.cdk.qsar.model.R
CNNRegressionModelPredict.CNNRegressionModelPredict ( int noutput, double values )
CNNRegressionModelPredict.CNNRegressionModelPredict ( int noutput, double[ ] values )
CNNRegressionModelPredict.getPredicted ( )  :  double[ ][ ]
CNNRegressionModelPredict.setPredicted ( double[ ][ ] predicted )  :  void

cdk-1.2.0.jar, CNNRegressionModelSummary.class
package org.openscience.cdk.qsar.model.R
CNNRegressionModelSummary.CNNRegressionModelSummary ( double[ ] n, boolean entropy, boolean softmax, boolean censored, double value, double[ ] residuals )
CNNRegressionModelSummary.CNNRegressionModelSummary ( int[ ] n, boolean entropy, boolean softmax, boolean censored, double value, double[ ] residuals )
CNNRegressionModelSummary.getCensored ( )  :  boolean
CNNRegressionModelSummary.getEntropy ( )  :  boolean
CNNRegressionModelSummary.getNumNeurons ( )  :  int[ ]
CNNRegressionModelSummary.getResiduals ( )  :  double[ ]
CNNRegressionModelSummary.getSoftmax ( )  :  boolean
CNNRegressionModelSummary.getValue ( )  :  double

cdk-1.2.0.jar, Combinations.class
package org.openscience.cdk.formula.rules
RDBERule.Combinations.hasMoreElements ( )  :  boolean
RDBERule.Combinations.nextElement ( )  :  Object
RDBERule.Combinations.RDBERule.Combinations ( RDBERule inArray, Object[ ] m, int p3 )

cdk-1.2.0.jar, ConfigManager.class
package net.sf.jnati.deploy.artefact
ConfigManager.ConfigManager ( )
ConfigManager.getConfig ( String id, String version ) [static]  :  Configuration
ConfigManager.getDefaultConfig ( ) [static]  :  Configuration
ConfigManager.loadConfiguration ( Artefact artefact ) [static]  :  void

cdk-1.2.0.jar, Configuration.class
package sea36.util.config
Configuration.Configuration ( )
Configuration.Configuration ( Configuration parentConfig, Map params )
Configuration.Configuration ( Map params )
Configuration.getProperty ( String key )  :  String
Configuration.loadConfiguration ( InputStream in )  :  void
Configuration.loadDefaults ( InputStream in )  :  void
Configuration.setConfiguration ( Map config )  :  void
Configuration.setDefaults ( Map defaults )  :  void

cdk-1.2.0.jar, ConfigurationException.class
package net.sf.jnati.deploy.resolver
ConfigurationException.ConfigurationException ( String message )
ConfigurationException.ConfigurationException ( String message, Throwable cause )
ConfigurationException.ConfigurationException ( Throwable cause )

cdk-1.2.0.jar, ConformerContainer.class
package org.openscience.cdk
ConformerContainer.add ( IAtomContainer atomContainer )  :  boolean
ConformerContainer.add ( int i, IAtomContainer atomContainer )  :  void
ConformerContainer.add ( int x0, Object x1 )  :  void
ConformerContainer.add ( Object x0 )  :  boolean
ConformerContainer.addAll ( Collection atomContainers )  :  boolean
ConformerContainer.addAll ( int i, Collection iAtomContainers )  :  boolean
ConformerContainer.clear ( )  :  void
ConformerContainer.ConformerContainer ( )
ConformerContainer.ConformerContainer ( IAtomContainer atomContainer )
ConformerContainer.ConformerContainer ( IAtomContainer[ ] atomContainers )
ConformerContainer.contains ( Object o )  :  boolean
ConformerContainer.containsAll ( Collection objects )  :  boolean
ConformerContainer.get ( int i )  :  IAtomContainer
ConformerContainer.get ( int x0 )  :  Object
ConformerContainer.getTitle ( )  :  String
ConformerContainer.indexOf ( Object o )  :  int
ConformerContainer.isEmpty ( )  :  boolean
ConformerContainer.iterator ( )  :  Iterator
ConformerContainer.lastIndexOf ( Object o )  :  int
ConformerContainer.listIterator ( )  :  ListIterator
ConformerContainer.listIterator ( int i )  :  ListIterator
ConformerContainer.remove ( int i )  :  IAtomContainer
ConformerContainer.remove ( int x0 )  :  Object
ConformerContainer.remove ( Object o )  :  boolean
ConformerContainer.removeAll ( Collection objects )  :  boolean
ConformerContainer.retainAll ( Collection objects )  :  boolean
ConformerContainer.set ( int i, IAtomContainer atomContainer )  :  IAtomContainer
ConformerContainer.set ( int x0, Object x1 )  :  Object
ConformerContainer.size ( )  :  int
ConformerContainer.subList ( int i, int i1 )  :  List
ConformerContainer.toArray ( )  :  Object[ ]
ConformerContainer.toArray ( Object[ ] ts )  :  Object[ ]

cdk-1.2.0.jar, ConjugatedPiSystemsDetector.class
package org.openscience.cdk.graph.invariant
ConjugatedPiSystemsDetector.detect ( IAtomContainer ac ) [static]  :  IAtomContainerSet

cdk-1.2.0.jar, Controller2DHub.class
package org.openscience.cdk.controller
Controller2DHub.addAtom ( String atomType, Point2d worldCoord )  :  void
Controller2DHub.Controller2DHub ( IController2DModel controllerModel, IJava2DRenderer renderer, IChemModel chemModel, IViewEventRelay eventRelay )
Controller2DHub.getClosestAtom ( Point2d worldCoord )  :  IAtom
Controller2DHub.getClosestBond ( Point2d worldCoord )  :  IBond
Controller2DHub.getController2DModel ( )  :  IController2DModel
Controller2DHub.getIChemModel ( )  :  IChemModel
Controller2DHub.getIJava2DRenderer ( )  :  IJava2DRenderer
Controller2DHub.mouseClickedDouble ( int screenCoordX, int screenCoordY )  :  void
Controller2DHub.mouseClickedDown ( int screenCoordX, int screenCoordY )  :  void
Controller2DHub.mouseClickedUp ( int screenCoordX, int screenCoordY )  :  void
Controller2DHub.mouseDrag ( int screenCoordXFrom, int screenCoordYFrom, int screenCoordXTo, int screenCoordYTo )  :  void
Controller2DHub.mouseEnter ( int screenCoordX, int screenCoordY )  :  void
Controller2DHub.mouseExit ( int screenCoordX, int screenCoordY )  :  void
Controller2DHub.mouseMove ( int screenCoordX, int screenCoordY )  :  void
Controller2DHub.registerDrawModeControllerModule ( IController2DModel.DrawMode drawMode, IController2DModule module )  :  void
Controller2DHub.registerGeneralControllerModule ( IController2DModule module )  :  void
Controller2DHub.removeAtom ( IAtom atom )  :  void
Controller2DHub.unRegisterAllControllerModule ( )  :  void
Controller2DHub.updateView ( )  :  void

cdk-1.2.0.jar, Controller2DModel.class
package org.openscience.cdk.controller
Controller2DModel.getDrawMode ( )  :  IController2DModel.DrawMode
Controller2DModel.setDrawMode ( IController2DModel.DrawMode drawMode )  :  void

cdk-1.2.0.jar, Controller2DModuleAddAtom.class
package org.openscience.cdk.controller
Controller2DModuleAddAtom.Controller2DModuleAddAtom ( )
Controller2DModuleAddAtom.mouseClickedDouble ( Point2d worldCoord )  :  void
Controller2DModuleAddAtom.mouseClickedDown ( Point2d worldCoord )  :  void
Controller2DModuleAddAtom.mouseClickedUp ( Point2d worldCoord )  :  void
Controller2DModuleAddAtom.mouseDrag ( Point2d worldCoordFrom, Point2d worldCoordTo )  :  void
Controller2DModuleAddAtom.mouseEnter ( Point2d worldCoord )  :  void
Controller2DModuleAddAtom.mouseExit ( Point2d worldCoord )  :  void
Controller2DModuleAddAtom.mouseMove ( Point2d worldCoord )  :  void
Controller2DModuleAddAtom.setChemModelRelay ( IChemModelRelay relay )  :  void

cdk-1.2.0.jar, Controller2DModuleChangeFormalC.class
package org.openscience.cdk.controller
Controller2DModuleChangeFormalC.Controller2DModuleChangeFormalC ( int change )
Controller2DModuleChangeFormalC.mouseClickedDouble ( Point2d worldCoord )  :  void
Controller2DModuleChangeFormalC.mouseClickedDown ( Point2d worldCoord )  :  void
Controller2DModuleChangeFormalC.mouseClickedUp ( Point2d worldCoord )  :  void
Controller2DModuleChangeFormalC.mouseDrag ( Point2d worldCoordFrom, Point2d worldCoordTo )  :  void
Controller2DModuleChangeFormalC.mouseEnter ( Point2d worldCoord )  :  void
Controller2DModuleChangeFormalC.mouseExit ( Point2d worldCoord )  :  void
Controller2DModuleChangeFormalC.mouseMove ( Point2d worldCoord )  :  void
Controller2DModuleChangeFormalC.setChemModelRelay ( IChemModelRelay relay )  :  void

cdk-1.2.0.jar, Controller2DModuleHighlight.class
package org.openscience.cdk.controller
Controller2DModuleHighlight.Controller2DModuleHighlight ( )
Controller2DModuleHighlight.mouseClickedDouble ( Point2d worldCoord )  :  void
Controller2DModuleHighlight.mouseClickedDown ( Point2d worldCoord )  :  void
Controller2DModuleHighlight.mouseClickedUp ( Point2d worldCoord )  :  void
Controller2DModuleHighlight.mouseDrag ( Point2d worldCoordFrom, Point2d worldCoordTo )  :  void
Controller2DModuleHighlight.mouseEnter ( Point2d worldCoord )  :  void
Controller2DModuleHighlight.mouseExit ( Point2d worldCoord )  :  void
Controller2DModuleHighlight.mouseMove ( Point2d worldCoord )  :  void
Controller2DModuleHighlight.setChemModelRelay ( IChemModelRelay relay )  :  void

cdk-1.2.0.jar, Controller2DModuleMove.class
package org.openscience.cdk.controller
Controller2DModuleMove.Controller2DModuleMove ( )
Controller2DModuleMove.mouseClickedDouble ( Point2d worldCoord )  :  void
Controller2DModuleMove.mouseClickedDown ( Point2d worldCoord )  :  void
Controller2DModuleMove.mouseClickedUp ( Point2d worldCoord )  :  void
Controller2DModuleMove.mouseDrag ( Point2d worldCoordFrom, Point2d worldCoordTo )  :  void
Controller2DModuleMove.mouseEnter ( Point2d worldCoord )  :  void
Controller2DModuleMove.mouseExit ( Point2d worldCoord )  :  void
Controller2DModuleMove.mouseMove ( Point2d worldCoord )  :  void
Controller2DModuleMove.setChemModelRelay ( IChemModelRelay relay )  :  void

cdk-1.2.0.jar, Controller2DModuleRemove.class
package org.openscience.cdk.controller
Controller2DModuleRemove.Controller2DModuleRemove ( )
Controller2DModuleRemove.mouseClickedDouble ( Point2d worldCoord )  :  void
Controller2DModuleRemove.mouseClickedDown ( Point2d worldCoord )  :  void
Controller2DModuleRemove.mouseClickedUp ( Point2d worldCoord )  :  void
Controller2DModuleRemove.mouseDrag ( Point2d worldCoordFrom, Point2d worldCoordTo )  :  void
Controller2DModuleRemove.mouseEnter ( Point2d worldCoord )  :  void
Controller2DModuleRemove.mouseExit ( Point2d worldCoord )  :  void
Controller2DModuleRemove.mouseMove ( Point2d worldCoord )  :  void
Controller2DModuleRemove.setChemModelRelay ( IChemModelRelay relay )  :  void

cdk-1.2.0.jar, Convention.class
package org.xmlcml.cml.base
CMLConstants.Convention.equals ( String s )  :  boolean
CMLConstants.Convention.valueOf ( String name ) [static]  :  CMLConstants.Convention
CMLConstants.Convention.values ( ) [static]  :  CMLConstants.Convention[ ]

cdk-1.2.0.jar, Convertor.class
package org.openscience.cdk.libio.cml
Convertor.cdkAtomToCMLAtom ( IAtom cdkAtom )  :  CMLAtom
Convertor.cdkMoleculeSetToCMLList ( IMoleculeSet moleculeSet )  :  CMLMoleculeList
Convertor.cdkMonomerToCMLMolecule ( IMonomer monomer )  :  CMLMolecule
Convertor.cdkPDBPolymerToCMLMolecule ( IPDBPolymer pdbPolymer )  :  CMLMolecule
Convertor.cdkReactionSchemeToCMLReactionScheme ( IReactionScheme cdkScheme )  :  CMLReactionScheme
Convertor.cdkReactionSchemeToCMLReactionSchemeAndMoleculeList ( IReactionScheme cdkScheme )  :  CMLCml
Convertor.cdkReactionToCMLReactionStep ( IReaction reaction )  :  CMLReactionStep

cdk-1.2.0.jar, CountExpressionAttribute.class
package org.xmlcml.cml.attribute
CountExpressionAttribute.calculateCountExpression ( )  :  int
CountExpressionAttribute.CountExpressionAttribute ( )
CountExpressionAttribute.CountExpressionAttribute ( Attribute att )
CountExpressionAttribute.CountExpressionAttribute ( String value )
CountExpressionAttribute.generateAndInsertClones ( CMLElement element ) [static]  :  void
CountExpressionAttribute.setCMLValue ( String value )  :  void
package org.xmlcml.cml.attribute.main
CountExpressionAttribute.calculateCountExpression ( )  :  int
CountExpressionAttribute.cloneContentAndAppend ( CMLElement element ) [static]  :  void
CountExpressionAttribute.CountExpressionAttribute ( )
CountExpressionAttribute.CountExpressionAttribute ( Attribute att )
CountExpressionAttribute.CountExpressionAttribute ( String value )
CountExpressionAttribute.generateAndInsertClones ( CMLElement element ) [static]  :  void
CountExpressionAttribute.setCMLValue ( String value )  :  void

cdk-1.2.0.jar, CovalentRadiusDescriptor.class
package org.openscience.cdk.qsar.descriptors.atomic
CovalentRadiusDescriptor.getDescriptorNames ( )  :  String[ ]

cdk-1.2.0.jar, CPSADescriptor.class
package org.openscience.cdk.qsar.descriptors.molecular
CPSADescriptor.getDescriptorNames ( )  :  String[ ]

cdk-1.2.0.jar, Crystal.class
package org.openscience.cdk
Crystal.getZ ( )  :  Integer
Crystal.setZ ( Integer value )  :  void

cdk-1.2.0.jar, Database.class
package org.openscience.cdk.formula.rules
MMElementRule.Database.valueOf ( String name ) [static]  :  MMElementRule.Database
MMElementRule.Database.values ( ) [static]  :  MMElementRule.Database[ ]

cdk-1.2.0.jar, DebugAdductFormula.class
package org.openscience.cdk.debug
DebugAdductFormula.add ( IMolecularFormulaSet formulaSet )  :  void
DebugAdductFormula.addMolecularFormula ( IMolecularFormula formula )  :  void
DebugAdductFormula.contains ( IIsotope isotope )  :  boolean
DebugAdductFormula.contains ( IMolecularFormula formula )  :  boolean
DebugAdductFormula.DebugAdductFormula ( )
DebugAdductFormula.DebugAdductFormula ( IMolecularFormula formula )
DebugAdductFormula.getBuilder ( )  :  IChemObjectBuilder
DebugAdductFormula.getCharge ( )  :  Integer
DebugAdductFormula.getIsotopeCount ( )  :  int
DebugAdductFormula.getIsotopeCount ( IIsotope isotope )  :  int
DebugAdductFormula.getMolecularFormula ( int position )  :  IMolecularFormula
DebugAdductFormula.isotopes ( )  :  Iterable
DebugAdductFormula.iterator ( )  :  Iterator
DebugAdductFormula.molecularFormulas ( )  :  Iterable
DebugAdductFormula.removeAllMolecularFormulas ( )  :  void
DebugAdductFormula.removeMolecularFormula ( IMolecularFormula formula )  :  void
DebugAdductFormula.removeMolecularFormula ( int position )  :  void
DebugAdductFormula.setCharge ( Integer charge )  :  void
DebugAdductFormula.size ( )  :  int

cdk-1.2.0.jar, DebugAminoAcid.class
package org.openscience.cdk.debug
DebugAminoAcid.addBond ( int atom1, int atom2, IBond.Order order )  :  void
DebugAminoAcid.addBond ( int atom1, int atom2, IBond.Order order, int stereo )  :  void
DebugAminoAcid.atoms ( )  :  Iterable
DebugAminoAcid.bonds ( )  :  Iterable
DebugAminoAcid.electronContainers ( )  :  Iterable
DebugAminoAcid.getMaximumBondOrder ( IAtom atom )  :  IBond.Order
DebugAminoAcid.getMinimumBondOrder ( IAtom atom )  :  IBond.Order
DebugAminoAcid.getProperties ( )  :  Map
DebugAminoAcid.lonePairs ( )  :  Iterable
DebugAminoAcid.setProperties ( Map properties )  :  void
DebugAminoAcid.singleElectrons ( )  :  Iterable

cdk-1.2.0.jar, DebugAtom.class
package org.openscience.cdk.debug
DebugAtom.getAtomicNumber ( )  :  Integer
DebugAtom.getBondOrderSum ( )  :  Double
DebugAtom.getCharge ( )  :  Double
DebugAtom.getCovalentRadius ( )  :  Double
DebugAtom.getExactMass ( )  :  Double
DebugAtom.getFormalCharge ( )  :  Integer
DebugAtom.getFormalNeighbourCount ( )  :  Integer
DebugAtom.getHybridization ( )  :  IAtomType.Hybridization
DebugAtom.getHydrogenCount ( )  :  Integer
DebugAtom.getMassNumber ( )  :  Integer
DebugAtom.getMaxBondOrder ( )  :  IBond.Order
DebugAtom.getNaturalAbundance ( )  :  Double
DebugAtom.getProperties ( )  :  Map
DebugAtom.getStereoParity ( )  :  Integer
DebugAtom.getValency ( )  :  Integer
DebugAtom.setAtomicNumber ( Integer atomicNumber )  :  void
DebugAtom.setBondOrderSum ( Double bondOrderSum )  :  void
DebugAtom.setCharge ( Double charge )  :  void
DebugAtom.setCovalentRadius ( Double radius )  :  void
DebugAtom.setExactMass ( Double exactMass )  :  void
DebugAtom.setFormalCharge ( Integer charge )  :  void
DebugAtom.setFormalNeighbourCount ( Integer count )  :  void
DebugAtom.setHybridization ( IAtomType.Hybridization hybridization )  :  void
DebugAtom.setHydrogenCount ( Integer hydrogenCount )  :  void
DebugAtom.setMassNumber ( Integer massNumber )  :  void
DebugAtom.setMaxBondOrder ( IBond.Order maxBondOrder )  :  void
DebugAtom.setNaturalAbundance ( Double naturalAbundance )  :  void
DebugAtom.setProperties ( Map properties )  :  void
DebugAtom.setStereoParity ( Integer stereoParity )  :  void
DebugAtom.setValency ( Integer valency )  :  void

cdk-1.2.0.jar, DebugAtomContainer.class
package org.openscience.cdk.debug
DebugAtomContainer.addBond ( int atom1, int atom2, IBond.Order order )  :  void
DebugAtomContainer.addBond ( int atom1, int atom2, IBond.Order order, int stereo )  :  void
DebugAtomContainer.atoms ( )  :  Iterable
DebugAtomContainer.bonds ( )  :  Iterable
DebugAtomContainer.electronContainers ( )  :  Iterable
DebugAtomContainer.getMaximumBondOrder ( IAtom atom )  :  IBond.Order
DebugAtomContainer.getMinimumBondOrder ( IAtom atom )  :  IBond.Order
DebugAtomContainer.getProperties ( )  :  Map
DebugAtomContainer.lonePairs ( )  :  Iterable
DebugAtomContainer.setProperties ( Map properties )  :  void
DebugAtomContainer.singleElectrons ( )  :  Iterable

cdk-1.2.0.jar, DebugAtomContainerSet.class
package org.openscience.cdk.debug
DebugAtomContainerSet.atomContainers ( )  :  Iterable
DebugAtomContainerSet.getMultiplier ( IAtomContainer container )  :  Double
DebugAtomContainerSet.getMultiplier ( int number )  :  Double
DebugAtomContainerSet.getMultipliers ( )  :  Double[ ]
DebugAtomContainerSet.getProperties ( )  :  Map
DebugAtomContainerSet.setMultiplier ( IAtomContainer container, Double multiplier )  :  boolean
DebugAtomContainerSet.setMultiplier ( int position, Double multiplier )  :  void
DebugAtomContainerSet.setMultipliers ( Double[ ] newMultipliers )  :  boolean
DebugAtomContainerSet.setProperties ( Map properties )  :  void

cdk-1.2.0.jar, DebugAtomType.class
package org.openscience.cdk.debug
DebugAtomType.getAtomicNumber ( )  :  Integer
DebugAtomType.getBondOrderSum ( )  :  Double
DebugAtomType.getCovalentRadius ( )  :  Double
DebugAtomType.getExactMass ( )  :  Double
DebugAtomType.getFormalCharge ( )  :  Integer
DebugAtomType.getFormalNeighbourCount ( )  :  Integer
DebugAtomType.getHybridization ( )  :  IAtomType.Hybridization
DebugAtomType.getMassNumber ( )  :  Integer
DebugAtomType.getMaxBondOrder ( )  :  IBond.Order
DebugAtomType.getNaturalAbundance ( )  :  Double
DebugAtomType.getProperties ( )  :  Map
DebugAtomType.getValency ( )  :  Integer
DebugAtomType.setAtomicNumber ( Integer atomicNumber )  :  void
DebugAtomType.setBondOrderSum ( Double bondOrderSum )  :  void
DebugAtomType.setCovalentRadius ( Double radius )  :  void
DebugAtomType.setExactMass ( Double exactMass )  :  void
DebugAtomType.setFormalCharge ( Integer charge )  :  void
DebugAtomType.setFormalNeighbourCount ( Integer count )  :  void
DebugAtomType.setHybridization ( IAtomType.Hybridization hybridization )  :  void
DebugAtomType.setMassNumber ( Integer massNumber )  :  void
DebugAtomType.setMaxBondOrder ( IBond.Order maxBondOrder )  :  void
DebugAtomType.setNaturalAbundance ( Double naturalAbundance )  :  void
DebugAtomType.setProperties ( Map properties )  :  void
DebugAtomType.setValency ( Integer valency )  :  void

cdk-1.2.0.jar, DebugBioPolymer.class
package org.openscience.cdk.debug
DebugBioPolymer.addBond ( int atom1, int atom2, IBond.Order order )  :  void
DebugBioPolymer.addBond ( int atom1, int atom2, IBond.Order order, int stereo )  :  void
DebugBioPolymer.atoms ( )  :  Iterable
DebugBioPolymer.bonds ( )  :  Iterable
DebugBioPolymer.electronContainers ( )  :  Iterable
DebugBioPolymer.getMaximumBondOrder ( IAtom atom )  :  IBond.Order
DebugBioPolymer.getMinimumBondOrder ( IAtom atom )  :  IBond.Order
DebugBioPolymer.getProperties ( )  :  Map
DebugBioPolymer.lonePairs ( )  :  Iterable
DebugBioPolymer.setProperties ( Map properties )  :  void
DebugBioPolymer.singleElectrons ( )  :  Iterable

cdk-1.2.0.jar, DebugBond.class
package org.openscience.cdk.debug
DebugBond.atoms ( )  :  Iterable
DebugBond.DebugBond ( IAtom atom1, IAtom atom2, IBond.Order order )
DebugBond.DebugBond ( IAtom atom1, IAtom atom2, IBond.Order order, int stereo )
DebugBond.DebugBond ( IAtom[ ] atoms )
DebugBond.DebugBond ( IAtom[ ] atoms, IBond.Order order )
DebugBond.getElectronCount ( )  :  Integer
DebugBond.getOrder ( )  :  IBond.Order
DebugBond.getProperties ( )  :  Map
DebugBond.setElectronCount ( Integer electronCount )  :  void
DebugBond.setOrder ( IBond.Order order )  :  void
DebugBond.setProperties ( Map properties )  :  void

cdk-1.2.0.jar, DebugChemFile.class
package org.openscience.cdk.debug
DebugChemFile.chemSequences ( )  :  Iterable
DebugChemFile.getProperties ( )  :  Map
DebugChemFile.setProperties ( Map properties )  :  void

cdk-1.2.0.jar, DebugChemModel.class
package org.openscience.cdk.debug
DebugChemModel.getProperties ( )  :  Map
DebugChemModel.setProperties ( Map properties )  :  void

cdk-1.2.0.jar, DebugChemObject.class
package org.openscience.cdk.debug
DebugChemObject.getProperties ( )  :  Map
DebugChemObject.setProperties ( Map properties )  :  void

cdk-1.2.0.jar, DebugChemObjectBuilder.class
package org.openscience.cdk.debug
DebugChemObjectBuilder.newAdductFormula ( )  :  IAdductFormula
DebugChemObjectBuilder.newAdductFormula ( IMolecularFormula formula )  :  IAdductFormula
DebugChemObjectBuilder.newBond ( IAtom atom1, IAtom atom2, IBond.Order order )  :  IBond
DebugChemObjectBuilder.newBond ( IAtom atom1, IAtom atom2, IBond.Order order, int stereo )  :  IBond
DebugChemObjectBuilder.newBond ( IAtom[ ] atoms )  :  IBond
DebugChemObjectBuilder.newBond ( IAtom[ ] atoms, IBond.Order order )  :  IBond
DebugChemObjectBuilder.newFragmentAtom ( )  :  IFragmentAtom
DebugChemObjectBuilder.newMolecularFormula ( )  :  IMolecularFormula
DebugChemObjectBuilder.newMolecularFormulaSet ( )  :  IMolecularFormulaSet
DebugChemObjectBuilder.newMolecularFormulaSet ( IMolecularFormula formula )  :  IMolecularFormulaSet
DebugChemObjectBuilder.newReactionScheme ( )  :  IReactionScheme

cdk-1.2.0.jar, DebugChemSequence.class
package org.openscience.cdk.debug
DebugChemSequence.chemModels ( )  :  Iterable
DebugChemSequence.getProperties ( )  :  Map
DebugChemSequence.setProperties ( Map properties )  :  void

cdk-1.2.0.jar, DebugCrystal.class
package org.openscience.cdk.debug
DebugCrystal.addBond ( int atom1, int atom2, IBond.Order order )  :  void
DebugCrystal.addBond ( int atom1, int atom2, IBond.Order order, int stereo )  :  void
DebugCrystal.atoms ( )  :  Iterable
DebugCrystal.bonds ( )  :  Iterable
DebugCrystal.electronContainers ( )  :  Iterable
DebugCrystal.getMaximumBondOrder ( IAtom atom )  :  IBond.Order
DebugCrystal.getMinimumBondOrder ( IAtom atom )  :  IBond.Order
DebugCrystal.getProperties ( )  :  Map
DebugCrystal.getZ ( )  :  Integer
DebugCrystal.lonePairs ( )  :  Iterable
DebugCrystal.setProperties ( Map properties )  :  void
DebugCrystal.setZ ( Integer value )  :  void
DebugCrystal.singleElectrons ( )  :  Iterable

cdk-1.2.0.jar, DebugElectronContainer.class
package org.openscience.cdk.debug
DebugElectronContainer.getElectronCount ( )  :  Integer
DebugElectronContainer.getProperties ( )  :  Map
DebugElectronContainer.setElectronCount ( Integer electronCount )  :  void
DebugElectronContainer.setProperties ( Map properties )  :  void

cdk-1.2.0.jar, DebugElement.class
package org.openscience.cdk.debug
DebugElement.getAtomicNumber ( )  :  Integer
DebugElement.getProperties ( )  :  Map
DebugElement.setAtomicNumber ( Integer atomicNumber )  :  void
DebugElement.setProperties ( Map properties )  :  void

cdk-1.2.0.jar, DebugFragmentAtom.class
package org.openscience.cdk.debug
DebugFragmentAtom.addListener ( IChemObjectListener col )  :  void
DebugFragmentAtom.clone ( )  :  Object
DebugFragmentAtom.DebugFragmentAtom ( )
DebugFragmentAtom.getAtomicNumber ( )  :  Integer
DebugFragmentAtom.getAtomTypeName ( )  :  String
DebugFragmentAtom.getBondOrderSum ( )  :  Double
DebugFragmentAtom.getBuilder ( )  :  IChemObjectBuilder
DebugFragmentAtom.getCharge ( )  :  Double
DebugFragmentAtom.getCovalentRadius ( )  :  Double
DebugFragmentAtom.getExactMass ( )  :  Double
DebugFragmentAtom.getFlag ( int flag_type )  :  boolean
DebugFragmentAtom.getFlags ( )  :  boolean[ ]
DebugFragmentAtom.getFormalCharge ( )  :  Integer
DebugFragmentAtom.getFormalNeighbourCount ( )  :  Integer
DebugFragmentAtom.getFractionalPoint3d ( )  :  Point3d
DebugFragmentAtom.getFragment ( )  :  IAtomContainer
DebugFragmentAtom.getHybridization ( )  :  IAtomType.Hybridization
DebugFragmentAtom.getHydrogenCount ( )  :  Integer
DebugFragmentAtom.getID ( )  :  String
DebugFragmentAtom.getLabel ( )  :  String
DebugFragmentAtom.getListenerCount ( )  :  int
DebugFragmentAtom.getMassNumber ( )  :  Integer
DebugFragmentAtom.getMaxBondOrder ( )  :  IBond.Order
DebugFragmentAtom.getNaturalAbundance ( )  :  Double
DebugFragmentAtom.getPoint2d ( )  :  Point2d
DebugFragmentAtom.getPoint3d ( )  :  Point3d
DebugFragmentAtom.getProperties ( )  :  Map
DebugFragmentAtom.getProperty ( Object description )  :  Object
DebugFragmentAtom.getStereoParity ( )  :  Integer
DebugFragmentAtom.getSymbol ( )  :  String
DebugFragmentAtom.getValency ( )  :  Integer
DebugFragmentAtom.isExpanded ( )  :  boolean
DebugFragmentAtom.notifyChanged ( )  :  void
DebugFragmentAtom.notifyChanged ( IChemObjectChangeEvent evt )  :  void
DebugFragmentAtom.removeListener ( IChemObjectListener col )  :  void
DebugFragmentAtom.removeProperty ( Object description )  :  void
DebugFragmentAtom.setAtomicNumber ( Integer atomicNumber )  :  void
DebugFragmentAtom.setAtomTypeName ( String identifier )  :  void
DebugFragmentAtom.setBondOrderSum ( Double bondOrderSum )  :  void
DebugFragmentAtom.setCharge ( Double charge )  :  void
DebugFragmentAtom.setCovalentRadius ( Double radius )  :  void
DebugFragmentAtom.setExactMass ( Double exactMass )  :  void
DebugFragmentAtom.setExpanded ( boolean bool )  :  void
DebugFragmentAtom.setFlag ( int flag_type, boolean flag_value )  :  void
DebugFragmentAtom.setFlags ( boolean[ ] flagsNew )  :  void
DebugFragmentAtom.setFormalCharge ( Integer charge )  :  void
DebugFragmentAtom.setFormalNeighbourCount ( Integer count )  :  void
DebugFragmentAtom.setFractionalPoint3d ( Point3d point3d )  :  void
DebugFragmentAtom.setFragment ( IAtomContainer fragment )  :  void
DebugFragmentAtom.setHybridization ( IAtomType.Hybridization hybridization )  :  void
DebugFragmentAtom.setHydrogenCount ( Integer hydrogenCount )  :  void
DebugFragmentAtom.setID ( String identifier )  :  void
DebugFragmentAtom.setLabel ( String label )  :  void
DebugFragmentAtom.setMassNumber ( Integer massNumber )  :  void
DebugFragmentAtom.setMaxBondOrder ( IBond.Order maxBondOrder )  :  void
DebugFragmentAtom.setNaturalAbundance ( Double naturalAbundance )  :  void
DebugFragmentAtom.setPoint2d ( Point2d point2d )  :  void
DebugFragmentAtom.setPoint3d ( Point3d point3d )  :  void
DebugFragmentAtom.setProperties ( Map properties )  :  void
DebugFragmentAtom.setProperty ( Object description, Object property )  :  void
DebugFragmentAtom.setStereoParity ( Integer stereoParity )  :  void
DebugFragmentAtom.setSymbol ( String symbol )  :  void
DebugFragmentAtom.setValency ( Integer valency )  :  void

cdk-1.2.0.jar, DebugIsotope.class
package org.openscience.cdk.debug
DebugIsotope.getAtomicNumber ( )  :  Integer
DebugIsotope.getExactMass ( )  :  Double
DebugIsotope.getMassNumber ( )  :  Integer
DebugIsotope.getNaturalAbundance ( )  :  Double
DebugIsotope.getProperties ( )  :  Map
DebugIsotope.setAtomicNumber ( Integer atomicNumber )  :  void
DebugIsotope.setExactMass ( Double exactMass )  :  void
DebugIsotope.setMassNumber ( Integer massNumber )  :  void
DebugIsotope.setNaturalAbundance ( Double naturalAbundance )  :  void
DebugIsotope.setProperties ( Map properties )  :  void

cdk-1.2.0.jar, DebugLonePair.class
package org.openscience.cdk.debug
DebugLonePair.getElectronCount ( )  :  Integer
DebugLonePair.getProperties ( )  :  Map
DebugLonePair.setElectronCount ( Integer electronCount )  :  void
DebugLonePair.setProperties ( Map properties )  :  void

cdk-1.2.0.jar, DebugMapping.class
package org.openscience.cdk.debug
DebugMapping.getProperties ( )  :  Map
DebugMapping.relatedChemObjects ( )  :  Iterable
DebugMapping.setProperties ( Map properties )  :  void

cdk-1.2.0.jar, DebugMolecularFormula.class
package org.openscience.cdk.debug
DebugMolecularFormula.add ( IMolecularFormula formula )  :  IMolecularFormula
DebugMolecularFormula.addIsotope ( IIsotope isotope )  :  IMolecularFormula
DebugMolecularFormula.addIsotope ( IIsotope isotope, int count )  :  IMolecularFormula
DebugMolecularFormula.contains ( IIsotope isotope )  :  boolean
DebugMolecularFormula.DebugMolecularFormula ( )
DebugMolecularFormula.getBuilder ( )  :  IChemObjectBuilder
DebugMolecularFormula.getCharge ( )  :  Integer
DebugMolecularFormula.getIsotopeCount ( )  :  int
DebugMolecularFormula.getIsotopeCount ( IIsotope isotope )  :  int
DebugMolecularFormula.getProperties ( )  :  Map
DebugMolecularFormula.getProperty ( Object description )  :  Object
DebugMolecularFormula.isotopes ( )  :  Iterable
DebugMolecularFormula.removeAllIsotopes ( )  :  void
DebugMolecularFormula.removeIsotope ( IIsotope isotope )  :  void
DebugMolecularFormula.removeProperty ( Object description )  :  void
DebugMolecularFormula.setCharge ( Integer charge )  :  void
DebugMolecularFormula.setProperties ( Map properties )  :  void
DebugMolecularFormula.setProperty ( Object description, Object property )  :  void

cdk-1.2.0.jar, DebugMolecularFormulaSet.class
package org.openscience.cdk.debug
DebugMolecularFormulaSet.add ( IMolecularFormulaSet formulaSet )  :  void
DebugMolecularFormulaSet.addMolecularFormula ( IMolecularFormula formula )  :  void
DebugMolecularFormulaSet.contains ( IMolecularFormula formula )  :  boolean
DebugMolecularFormulaSet.DebugMolecularFormulaSet ( )
DebugMolecularFormulaSet.DebugMolecularFormulaSet ( IMolecularFormula formula )
DebugMolecularFormulaSet.getBuilder ( )  :  IChemObjectBuilder
DebugMolecularFormulaSet.getMolecularFormula ( int position )  :  IMolecularFormula
DebugMolecularFormulaSet.iterator ( )  :  Iterator
DebugMolecularFormulaSet.molecularFormulas ( )  :  Iterable
DebugMolecularFormulaSet.removeAllMolecularFormulas ( )  :  void
DebugMolecularFormulaSet.removeMolecularFormula ( IMolecularFormula formula )  :  void
DebugMolecularFormulaSet.removeMolecularFormula ( int position )  :  void
DebugMolecularFormulaSet.size ( )  :  int

cdk-1.2.0.jar, DebugMolecule.class
package org.openscience.cdk.debug
DebugMolecule.addBond ( int atom1, int atom2, IBond.Order order )  :  void
DebugMolecule.addBond ( int atom1, int atom2, IBond.Order order, int stereo )  :  void
DebugMolecule.atoms ( )  :  Iterable
DebugMolecule.bonds ( )  :  Iterable
DebugMolecule.electronContainers ( )  :  Iterable
DebugMolecule.getMaximumBondOrder ( IAtom atom )  :  IBond.Order
DebugMolecule.getMinimumBondOrder ( IAtom atom )  :  IBond.Order
DebugMolecule.getProperties ( )  :  Map
DebugMolecule.lonePairs ( )  :  Iterable
DebugMolecule.setProperties ( Map properties )  :  void
DebugMolecule.singleElectrons ( )  :  Iterable

cdk-1.2.0.jar, DebugMoleculeSet.class
package org.openscience.cdk.debug
DebugMoleculeSet.atomContainers ( )  :  Iterable
DebugMoleculeSet.getMultiplier ( IAtomContainer container )  :  Double
DebugMoleculeSet.getMultiplier ( int number )  :  Double
DebugMoleculeSet.getMultipliers ( )  :  Double[ ]
DebugMoleculeSet.getProperties ( )  :  Map
DebugMoleculeSet.molecules ( )  :  Iterable
DebugMoleculeSet.setMultiplier ( IAtomContainer container, Double multiplier )  :  boolean
DebugMoleculeSet.setMultiplier ( int position, Double multiplier )  :  void
DebugMoleculeSet.setMultipliers ( Double[ ] newMultipliers )  :  boolean
DebugMoleculeSet.setProperties ( Map properties )  :  void

cdk-1.2.0.jar, DebugMonomer.class
package org.openscience.cdk.debug
DebugMonomer.addBond ( int atom1, int atom2, IBond.Order order )  :  void
DebugMonomer.addBond ( int atom1, int atom2, IBond.Order order, int stereo )  :  void
DebugMonomer.atoms ( )  :  Iterable
DebugMonomer.bonds ( )  :  Iterable
DebugMonomer.electronContainers ( )  :  Iterable
DebugMonomer.getMaximumBondOrder ( IAtom atom )  :  IBond.Order
DebugMonomer.getMinimumBondOrder ( IAtom atom )  :  IBond.Order
DebugMonomer.getProperties ( )  :  Map
DebugMonomer.lonePairs ( )  :  Iterable
DebugMonomer.setProperties ( Map properties )  :  void
DebugMonomer.singleElectrons ( )  :  Iterable

cdk-1.2.0.jar, DebugPDBAtom.class
package org.openscience.cdk.debug
DebugPDBAtom.getHetAtom ( )  :  Boolean
DebugPDBAtom.getOccupancy ( )  :  Double
DebugPDBAtom.getOxt ( )  :  Boolean
DebugPDBAtom.getSerial ( )  :  Integer
DebugPDBAtom.getTempFactor ( )  :  Double
DebugPDBAtom.setHetAtom ( Boolean newHetAtom )  :  void
DebugPDBAtom.setOccupancy ( Double newOccupancy )  :  void
DebugPDBAtom.setOxt ( Boolean newOxt )  :  void
DebugPDBAtom.setSerial ( Integer newSerial )  :  void
DebugPDBAtom.setTempFactor ( Double newTempFactor )  :  void

cdk-1.2.0.jar, DebugPDBStructure.class
package org.openscience.cdk.debug
DebugPDBStructure.getEndChainID ( )  :  Character
DebugPDBStructure.getEndInsertionCode ( )  :  Character
DebugPDBStructure.getEndSequenceNumber ( )  :  Integer
DebugPDBStructure.getStartChainID ( )  :  Character
DebugPDBStructure.getStartInsertionCode ( )  :  Character
DebugPDBStructure.getStartSequenceNumber ( )  :  Integer
DebugPDBStructure.setEndChainID ( Character endChainID )  :  void
DebugPDBStructure.setEndInsertionCode ( Character endInsertionCode )  :  void
DebugPDBStructure.setEndSequenceNumber ( Integer endSequenceNumber )  :  void
DebugPDBStructure.setStartChainID ( Character startChainID )  :  void
DebugPDBStructure.setStartInsertionCode ( Character startInsertionCode )  :  void
DebugPDBStructure.setStartSequenceNumber ( Integer startSequenceNumber )  :  void

cdk-1.2.0.jar, DebugPolymer.class
package org.openscience.cdk.debug
DebugPolymer.addBond ( int atom1, int atom2, IBond.Order order )  :  void
DebugPolymer.addBond ( int atom1, int atom2, IBond.Order order, int stereo )  :  void
DebugPolymer.atoms ( )  :  Iterable
DebugPolymer.bonds ( )  :  Iterable
DebugPolymer.electronContainers ( )  :  Iterable
DebugPolymer.getMaximumBondOrder ( IAtom atom )  :  IBond.Order
DebugPolymer.getMinimumBondOrder ( IAtom atom )  :  IBond.Order
DebugPolymer.getProperties ( )  :  Map
DebugPolymer.lonePairs ( )  :  Iterable
DebugPolymer.setProperties ( Map properties )  :  void
DebugPolymer.singleElectrons ( )  :  Iterable

cdk-1.2.0.jar, DebugPseudoAtom.class
package org.openscience.cdk.debug
DebugPseudoAtom.getAtomicNumber ( )  :  Integer
DebugPseudoAtom.getBondOrderSum ( )  :  Double
DebugPseudoAtom.getCharge ( )  :  Double
DebugPseudoAtom.getCovalentRadius ( )  :  Double
DebugPseudoAtom.getExactMass ( )  :  Double
DebugPseudoAtom.getFormalCharge ( )  :  Integer
DebugPseudoAtom.getFormalNeighbourCount ( )  :  Integer
DebugPseudoAtom.getHybridization ( )  :  IAtomType.Hybridization
DebugPseudoAtom.getHydrogenCount ( )  :  Integer
DebugPseudoAtom.getMassNumber ( )  :  Integer
DebugPseudoAtom.getMaxBondOrder ( )  :  IBond.Order
DebugPseudoAtom.getNaturalAbundance ( )  :  Double
DebugPseudoAtom.getProperties ( )  :  Map
DebugPseudoAtom.getStereoParity ( )  :  Integer
DebugPseudoAtom.getValency ( )  :  Integer
DebugPseudoAtom.setAtomicNumber ( Integer atomicNumber )  :  void
DebugPseudoAtom.setBondOrderSum ( Double bondOrderSum )  :  void
DebugPseudoAtom.setCharge ( Double charge )  :  void
DebugPseudoAtom.setCovalentRadius ( Double radius )  :  void
DebugPseudoAtom.setExactMass ( Double exactMass )  :  void
DebugPseudoAtom.setFormalCharge ( Integer charge )  :  void
DebugPseudoAtom.setFormalNeighbourCount ( Integer count )  :  void
DebugPseudoAtom.setHybridization ( IAtomType.Hybridization hybridization )  :  void
DebugPseudoAtom.setHydrogenCount ( Integer hydrogenCount )  :  void
DebugPseudoAtom.setMassNumber ( Integer massNumber )  :  void
DebugPseudoAtom.setMaxBondOrder ( IBond.Order maxBondOrder )  :  void
DebugPseudoAtom.setNaturalAbundance ( Double naturalAbundance )  :  void
DebugPseudoAtom.setProperties ( Map properties )  :  void
DebugPseudoAtom.setStereoParity ( Integer stereoParity )  :  void
DebugPseudoAtom.setValency ( Integer valency )  :  void

cdk-1.2.0.jar, DebugReaction.class
package org.openscience.cdk.debug
DebugReaction.addProduct ( IMolecule product, Double coefficient )  :  void
DebugReaction.addReactant ( IMolecule reactant, Double coefficient )  :  void
DebugReaction.getDirection ( )  :  IReaction.Direction
DebugReaction.getProductCoefficient ( IMolecule product )  :  Double
DebugReaction.getProductCoefficients ( )  :  Double[ ]
DebugReaction.getProperties ( )  :  Map
DebugReaction.getReactantCoefficient ( IMolecule reactant )  :  Double
DebugReaction.getReactantCoefficients ( )  :  Double[ ]
DebugReaction.setDirection ( IReaction.Direction direction )  :  void
DebugReaction.setProductCoefficient ( IMolecule product, Double coefficient )  :  boolean
DebugReaction.setProductCoefficients ( Double[ ] coefficients )  :  boolean
DebugReaction.setProperties ( Map properties )  :  void
DebugReaction.setReactantCoefficient ( IMolecule reactant, Double coefficient )  :  boolean
DebugReaction.setReactantCoefficients ( Double[ ] coefficients )  :  boolean

cdk-1.2.0.jar, DebugReactionScheme.class
package org.openscience.cdk.debug
DebugReactionScheme.add ( IReactionScheme scheme )  :  void
DebugReactionScheme.addListener ( IChemObjectListener col )  :  void
DebugReactionScheme.clone ( )  :  Object
DebugReactionScheme.DebugReactionScheme ( )
DebugReactionScheme.getBuilder ( )  :  IChemObjectBuilder
DebugReactionScheme.getFlag ( int flag_type )  :  boolean
DebugReactionScheme.getFlags ( )  :  boolean[ ]
DebugReactionScheme.getID ( )  :  String
DebugReactionScheme.getListenerCount ( )  :  int
DebugReactionScheme.getProperties ( )  :  Map
DebugReactionScheme.getProperty ( Object description )  :  Object
DebugReactionScheme.getReactionSchemeCount ( )  :  int
DebugReactionScheme.notifyChanged ( )  :  void
DebugReactionScheme.notifyChanged ( IChemObjectChangeEvent evt )  :  void
DebugReactionScheme.reactionSchemes ( )  :  Iterable
DebugReactionScheme.removeAllReactionSchemes ( )  :  void
DebugReactionScheme.removeListener ( IChemObjectListener col )  :  void
DebugReactionScheme.removeProperty ( Object description )  :  void
DebugReactionScheme.setFlag ( int flag_type, boolean flag_value )  :  void
DebugReactionScheme.setFlags ( boolean[ ] flagsNew )  :  void
DebugReactionScheme.setID ( String identifier )  :  void
DebugReactionScheme.setProperties ( Map properties )  :  void
DebugReactionScheme.setProperty ( Object description, Object property )  :  void

cdk-1.2.0.jar, DebugReactionSet.class
package org.openscience.cdk.debug
DebugReactionSet.getProperties ( )  :  Map
DebugReactionSet.reactions ( )  :  Iterable
DebugReactionSet.setProperties ( Map properties )  :  void

cdk-1.2.0.jar, DebugRing.class
package org.openscience.cdk.debug
DebugRing.addBond ( int atom1, int atom2, IBond.Order order )  :  void
DebugRing.addBond ( int atom1, int atom2, IBond.Order order, int stereo )  :  void
DebugRing.atoms ( )  :  Iterable
DebugRing.bonds ( )  :  Iterable
DebugRing.electronContainers ( )  :  Iterable
DebugRing.getMaximumBondOrder ( IAtom atom )  :  IBond.Order
DebugRing.getMinimumBondOrder ( IAtom atom )  :  IBond.Order
DebugRing.getProperties ( )  :  Map
DebugRing.lonePairs ( )  :  Iterable
DebugRing.setProperties ( Map properties )  :  void
DebugRing.singleElectrons ( )  :  Iterable

cdk-1.2.0.jar, DebugRingSet.class
package org.openscience.cdk.debug
DebugRingSet.getConnectedRings ( IRing ring )  :  IRingSet
DebugRingSet.getRings ( IBond bond )  :  IRingSet

cdk-1.2.0.jar, DebugSingleElectron.class
package org.openscience.cdk.debug
DebugSingleElectron.getElectronCount ( )  :  Integer
DebugSingleElectron.getProperties ( )  :  Map
DebugSingleElectron.setElectronCount ( Integer electronCount )  :  void
DebugSingleElectron.setProperties ( Map properties )  :  void

cdk-1.2.0.jar, DebugStrand.class
package org.openscience.cdk.debug
DebugStrand.addBond ( int atom1, int atom2, IBond.Order order )  :  void
DebugStrand.addBond ( int atom1, int atom2, IBond.Order order, int stereo )  :  void
DebugStrand.atoms ( )  :  Iterable
DebugStrand.bonds ( )  :  Iterable
DebugStrand.electronContainers ( )  :  Iterable
DebugStrand.getMaximumBondOrder ( IAtom atom )  :  IBond.Order
DebugStrand.getMinimumBondOrder ( IAtom atom )  :  IBond.Order
DebugStrand.getMonomers ( )  :  Map
DebugStrand.getProperties ( )  :  Map
DebugStrand.lonePairs ( )  :  Iterable
DebugStrand.setProperties ( Map properties )  :  void
DebugStrand.singleElectrons ( )  :  Iterable

cdk-1.2.0.jar, DefaultChemObjectBuilder.class
package org.openscience.cdk
DefaultChemObjectBuilder.newAdductFormula ( )  :  IAdductFormula
DefaultChemObjectBuilder.newAdductFormula ( IMolecularFormula formula )  :  IAdductFormula
DefaultChemObjectBuilder.newBond ( IAtom atom1, IAtom atom2, IBond.Order order )  :  IBond
DefaultChemObjectBuilder.newBond ( IAtom atom1, IAtom atom2, IBond.Order order, int stereo )  :  IBond
DefaultChemObjectBuilder.newBond ( IAtom[ ] atoms )  :  IBond
DefaultChemObjectBuilder.newBond ( IAtom[ ] atoms, IBond.Order order )  :  IBond
DefaultChemObjectBuilder.newFragmentAtom ( )  :  IFragmentAtom
DefaultChemObjectBuilder.newMolecularFormula ( )  :  IMolecularFormula
DefaultChemObjectBuilder.newMolecularFormulaSet ( )  :  IMolecularFormulaSet
DefaultChemObjectBuilder.newMolecularFormulaSet ( IMolecularFormula formula )  :  IMolecularFormulaSet
DefaultChemObjectBuilder.newReactionScheme ( )  :  IReactionScheme

cdk-1.2.0.jar, DefaultChemObjectReader.class
package org.openscience.cdk.io
DefaultChemObjectReader.setReaderMode ( IChemObjectReader.Mode mode )  :  void

cdk-1.2.0.jar, DefaultIteratingChemObjectReader.class
package org.openscience.cdk.io.iterator
DefaultIteratingChemObjectReader.setReaderMode ( IChemObjectReader.Mode mode )  :  void

cdk-1.2.0.jar, DefaultRandomAccessChemObjectReader.class
package org.openscience.cdk.io.random
DefaultRandomAccessChemObjectReader.addChemObjectIOListener ( IChemObjectIOListener listener )  :  void
DefaultRandomAccessChemObjectReader.DefaultRandomAccessChemObjectReader ( )
DefaultRandomAccessChemObjectReader.fireIOSettingQuestion ( IOSetting setting )  :  void
DefaultRandomAccessChemObjectReader.getIOSettings ( )  :  IOSetting[ ]
DefaultRandomAccessChemObjectReader.removeChemObjectIOListener ( IChemObjectIOListener listener )  :  void
DefaultRandomAccessChemObjectReader.setReaderMode ( IChemObjectReader.Mode mode )  :  void

cdk-1.2.0.jar, DelimiterAttribute.class
package org.xmlcml.cml.attribute
DelimiterAttribute.appendXMLContent ( String s, String snew )  :  String
DelimiterAttribute.checkDelimiter ( String s )  :  void
DelimiterAttribute.debug ( String s )  :  void
DelimiterAttribute.DelimiterAttribute ( )
DelimiterAttribute.DelimiterAttribute ( Attribute att )
DelimiterAttribute.DelimiterAttribute ( String value )
DelimiterAttribute.getConcat ( )  :  String
DelimiterAttribute.getDelimitedXMLContent ( double[ ] dd )  :  String
DelimiterAttribute.getDelimitedXMLContent ( int[ ] ii )  :  String
DelimiterAttribute.getDelimitedXMLContent ( String s )  :  String
DelimiterAttribute.getDelimitedXMLContent ( String[ ] ss )  :  String
DelimiterAttribute.getSplitContent ( String content )  :  String[ ]
DelimiterAttribute.getSplitter ( )  :  String
DelimiterAttribute.setCMLValue ( String value )  :  void
DelimiterAttribute.setConcat ( String concat )  :  void
DelimiterAttribute.setSplitter ( String splitter )  :  void

cdk-1.2.0.jar, DescriptorValue.class
package org.openscience.cdk.qsar
DescriptorValue.DescriptorValue ( DescriptorSpecification specification, String[ ] parameterNames, Object[ ] parameterSettings, IDescriptorResult value, String[ ] descriptorNames, Exception exception )
DescriptorValue.getException ( )  :  Exception

cdk-1.2.0.jar, DictRef.class
package org.openscience.cdk.dict
DictRef.getReference ( )  :  String
package org.xmlcml.cml.element
CMLProperty.DictRef.get ( String v )  :  CMLProperty.DictRef
CMLProperty.DictRef.valueOf ( String name ) [static]  :  CMLProperty.DictRef
CMLProperty.DictRef.values ( ) [static]  :  CMLProperty.DictRef[ ]

cdk-1.2.0.jar, DictRefAttribute.class
package org.xmlcml.cml.attribute
DictRefAttribute.DictRefAttribute ( )
DictRefAttribute.DictRefAttribute ( Attribute att )
DictRefAttribute.getDictRefFromElementOrParent ( CMLElement el ) [static]  :  DictRefAttribute

cdk-1.2.0.jar, Direction.class
package org.openscience.cdk.interfaces
IReaction.Direction.valueOf ( String name ) [static]  :  IReaction.Direction
IReaction.Direction.values ( ) [static]  :  IReaction.Direction[ ]

cdk-1.2.0.jar, DistanceToAtomDescriptor.class
package org.openscience.cdk.qsar.descriptors.atomic
DistanceToAtomDescriptor.getDescriptorNames ( )  :  String[ ]

cdk-1.2.0.jar, DOM2XmlPullBuilder.class
package org.xmlpull.v1.dom2_builder
DOM2XmlPullBuilder.DOM2XmlPullBuilder ( )
DOM2XmlPullBuilder.main ( String[ ] args ) [static]  :  void
DOM2XmlPullBuilder.newDoc ( )  :  Document
DOM2XmlPullBuilder.newParser ( )  :  XmlPullParser
DOM2XmlPullBuilder.parse ( Reader reader )  :  Element
DOM2XmlPullBuilder.parse ( Reader reader, Document docFactory )  :  Element
DOM2XmlPullBuilder.parse ( XmlPullParser pp, Document docFactory )  :  Element
DOM2XmlPullBuilder.parseSubTree ( XmlPullParser pp )  :  Element
DOM2XmlPullBuilder.parseSubTree ( XmlPullParser pp, Document docFactory )  :  Element

cdk-1.2.0.jar, DoubleArrayResultType.class
package org.openscience.cdk.qsar.result
DoubleArrayResultType.DoubleArrayResultType ( int size )
DoubleArrayResultType.length ( )  :  int
DoubleArrayResultType.toString ( )  :  String

cdk-1.2.0.jar, DoubleArraySTAttribute.class
package org.xmlcml.cml.base
DoubleArraySTAttribute.checkValue ( double[ ] dd )  :  void
DoubleArraySTAttribute.copy ( )  :  Node
DoubleArraySTAttribute.DoubleArraySTAttribute ( Attribute att )
DoubleArraySTAttribute.DoubleArraySTAttribute ( Attribute att, String value )
DoubleArraySTAttribute.DoubleArraySTAttribute ( DoubleArraySTAttribute att )
DoubleArraySTAttribute.DoubleArraySTAttribute ( String name )
DoubleArraySTAttribute.getCMLValue ( )  :  Object
DoubleArraySTAttribute.getDoubleArray ( )  :  double[ ]
DoubleArraySTAttribute.getJavaGetMethod ( )  :  String
DoubleArraySTAttribute.getJavaShortClassName ( )  :  String
DoubleArraySTAttribute.getJavaType ( )  :  String
DoubleArraySTAttribute.setCMLValue ( double[ ] dd )  :  void
DoubleArraySTAttribute.setCMLValue ( String s )  :  void
DoubleArraySTAttribute.split ( String s, String delim ) [static]  :  double[ ]

cdk-1.2.0.jar, DoubleDifference.class
package org.openscience.cdk.tools.diff.tree
DoubleDifference.construct ( String name, Double first, Double second ) [static]  :  IDifference
DoubleDifference.toString ( )  :  String

cdk-1.2.0.jar, DoubleResultType.class
package org.openscience.cdk.qsar.result
DoubleResultType.DoubleResultType ( )
DoubleResultType.length ( )  :  int
DoubleResultType.toString ( )  :  String

cdk-1.2.0.jar, DoubleSTAttribute.class
package org.xmlcml.cml.base
DoubleSTAttribute.checkValue ( double d )  :  void
DoubleSTAttribute.copy ( )  :  Node
DoubleSTAttribute.DoubleSTAttribute ( Attribute att )
DoubleSTAttribute.DoubleSTAttribute ( Attribute att, String value )
DoubleSTAttribute.DoubleSTAttribute ( DoubleSTAttribute att )
DoubleSTAttribute.DoubleSTAttribute ( String name )
DoubleSTAttribute.getDouble ( )  :  double
DoubleSTAttribute.getJavaGetMethod ( )  :  String
DoubleSTAttribute.getJavaShortClassName ( )  :  String
DoubleSTAttribute.getJavaType ( )  :  String
DoubleSTAttribute.setCMLValue ( double d )  :  void
DoubleSTAttribute.setCMLValue ( String s )  :  void

cdk-1.2.0.jar, DoubleTool.class
package org.xmlcml.euclid
DoubleTool.DoubleTool ( )
DoubleTool.equals ( double a, double b, double eps ) [static]  :  boolean
DoubleTool.equals ( double[ ] a, double[ ] b, double eps ) [static]  :  boolean

cdk-1.2.0.jar, DrawMode.class
package org.openscience.cdk.controller
IController2DModel.DrawMode.getName ( )  :  String
IController2DModel.DrawMode.valueOf ( String name ) [static]  :  IController2DModel.DrawMode
IController2DModel.DrawMode.values ( ) [static]  :  IController2DModel.DrawMode[ ]

cdk-1.2.0.jar, Driver.class
package org.xmlpull.v1.sax2
Driver.Driver ( )
Driver.Driver ( XmlPullParser pp )
Driver.getColumnNumber ( )  :  int
Driver.getContentHandler ( )  :  ContentHandler
Driver.getDTDHandler ( )  :  DTDHandler
Driver.getEntityResolver ( )  :  EntityResolver
Driver.getErrorHandler ( )  :  ErrorHandler
Driver.getFeature ( String name )  :  boolean
Driver.getIndex ( String qName )  :  int
Driver.getIndex ( String uri, String localName )  :  int
Driver.getLength ( )  :  int
Driver.getLineNumber ( )  :  int
Driver.getLocalName ( int index )  :  String
Driver.getProperty ( String name )  :  Object
Driver.getPublicId ( )  :  String
Driver.getQName ( int index )  :  String
Driver.getSystemId ( )  :  String
Driver.getType ( int index )  :  String
Driver.getType ( String qName )  :  String
Driver.getType ( String uri, String localName )  :  String
Driver.getURI ( int index )  :  String
Driver.getValue ( int index )  :  String
Driver.getValue ( String qName )  :  String
Driver.getValue ( String uri, String localName )  :  String
Driver.parse ( InputSource source )  :  void
Driver.parse ( String systemId )  :  void
Driver.parseSubTree ( XmlPullParser pp )  :  void
Driver.setContentHandler ( ContentHandler handler )  :  void
Driver.setDTDHandler ( DTDHandler handler )  :  void
Driver.setEntityResolver ( EntityResolver resolver )  :  void
Driver.setErrorHandler ( ErrorHandler handler )  :  void
Driver.setFeature ( String name, boolean value )  :  void
Driver.setProperty ( String name, Object value )  :  void
Driver.startElement ( String namespace, String localName, String qName )  :  void

cdk-1.2.0.jar, EccentricConnectivityIndexDescriptor.class
package org.openscience.cdk.qsar.descriptors.molecular
EccentricConnectivityIndexDescriptor.getDescriptorNames ( )  :  String[ ]

cdk-1.2.0.jar, EffectiveAtomPolarizabilityDescriptor.class
package org.openscience.cdk.qsar.descriptors.atomic
EffectiveAtomPolarizabilityDescriptor.getDescriptorNames ( )  :  String[ ]

cdk-1.2.0.jar, ElectronContainer.class
package org.openscience.cdk
ElectronContainer.getElectronCount ( )  :  Integer
ElectronContainer.setElectronCount ( Integer electronCount )  :  void

cdk-1.2.0.jar, ElectronContainerDiff.class
package org.openscience.cdk.tools.diff
ElectronContainerDiff.diff ( IChemObject first, IChemObject second ) [static]  :  String
ElectronContainerDiff.difference ( IChemObject first, IChemObject second ) [static]  :  IDifference
ElectronContainerDiff.ElectronContainerDiff ( )

cdk-1.2.0.jar, Electronegativity.class
package org.openscience.cdk.charges
Electronegativity.calculateSigmaElectronegativity ( IAtomContainer ac, IAtom atom )  :  double
Electronegativity.calculateSigmaElectronegativity ( IAtomContainer ac, IAtom atom, int maxIterations, int maxResonStruc )  :  double
Electronegativity.Electronegativity ( )
Electronegativity.Electronegativity ( int maxIterations, int maxResonStruc )
Electronegativity.getMaxIterations ( )  :  int
Electronegativity.getMaxResonStruc ( )  :  int
Electronegativity.setMaxIterations ( int maxIterations )  :  void
Electronegativity.setMaxResonStruc ( int maxResonStruc )  :  void

cdk-1.2.0.jar, ElectronImpactSDBReaction.class
package org.openscience.cdk.reaction.type
ElectronImpactSDBReaction.ElectronImpactSDBReaction ( )
ElectronImpactSDBReaction.getSpecification ( )  :  ReactionSpecification
ElectronImpactSDBReaction.initiate ( IMoleculeSet reactants, IMoleculeSet agents )  :  IReactionSet

cdk-1.2.0.jar, ElectrostaticInteractions.class
package org.openscience.cdk.modeling.forcefield
ElectrostaticInteractions.setMMFF94ElectrostaticParameters ( IAtomContainer molecule, Map parameterSet )  :  void

cdk-1.2.0.jar, Element.class
package org.openscience.cdk
Element.getAtomicNumber ( )  :  Integer
Element.setAtomicNumber ( Integer atomicNumber )  :  void

cdk-1.2.0.jar, ElementDiff.class
package org.openscience.cdk.tools.diff
ElementDiff.diff ( IChemObject first, IChemObject second ) [static]  :  String
ElementDiff.difference ( IChemObject first, IChemObject second ) [static]  :  IDifference
ElementDiff.ElementDiff ( )

cdk-1.2.0.jar, ElementGenerator.class
package org.xmlcml.cml.base
ElementGenerator.ElementGenerator ( SchemaManager schemaManager )
ElementGenerator.getElementTypeMap ( )  :  Map
ElementGenerator.getNameList ( )  :  List
ElementGenerator.indexSchema ( )  :  void
ElementGenerator.readAssembleAndIndexElementSchema ( String indir )  :  void
ElementGenerator.setElementTypeMap ( Map elementTypeMap )  :  void
ElementGenerator.setNameList ( List nameList )  :  void

cdk-1.2.0.jar, ElementPTFactory.class
package org.openscience.cdk.config
ElementPTFactory.configureE ( PeriodicTableElement elementPT )  :  IElement
ElementPTFactory.getAtomicNumber ( PeriodicTableElement element )  :  double
ElementPTFactory.getCASid ( PeriodicTableElement element )  :  String
ElementPTFactory.getChemicalSerie ( PeriodicTableElement element )  :  String
ElementPTFactory.getCovalentRadius ( PeriodicTableElement element )  :  double
ElementPTFactory.getElements ( )  :  List
ElementPTFactory.getGroup ( PeriodicTableElement element )  :  int
ElementPTFactory.getName ( PeriodicTableElement element )  :  String
ElementPTFactory.getPaulingEneg ( PeriodicTableElement element )  :  double
ElementPTFactory.getPeriod ( PeriodicTableElement element )  :  int
ElementPTFactory.getPhase ( PeriodicTableElement element )  :  String
ElementPTFactory.getVdwRadius ( PeriodicTableElement element )  :  double

cdk-1.2.0.jar, ElementPTHandler.class
package org.openscience.cdk.config.elements
ElementPTHandler.getElements ( )  :  List

cdk-1.2.0.jar, ElementPTReader.class
package org.openscience.cdk.config.elements
ElementPTReader.readElements ( )  :  List

cdk-1.2.0.jar, ElementRule.class
package org.openscience.cdk.formula.rules
ElementRule.ElementRule ( )
ElementRule.getParameters ( )  :  Object[ ]
ElementRule.setParameters ( Object[ ] params )  :  void
ElementRule.validate ( IMolecularFormula formula )  :  double

cdk-1.2.0.jar, EntryReact.class
package org.openscience.cdk.dict
EntryReact.addExampleReaction ( String xml )  :  void
EntryReact.addParameter ( List param )  :  void
EntryReact.EntryReact ( String identifier )
EntryReact.EntryReact ( String identifier, String term )
EntryReact.getExampleReactions ( )  :  List
EntryReact.getMechanism ( )  :  String
EntryReact.getParameterClass ( )  :  List
EntryReact.getParameters ( )  :  HashMap
EntryReact.getParameterValue ( )  :  List
EntryReact.getReactionMetadata ( )  :  List
EntryReact.getRepresentations ( )  :  List
EntryReact.setMechanism ( String mechani )  :  void
EntryReact.setParameters ( String nameParam, String typeParam, String value )  :  void
EntryReact.setReactionMetadata ( String metadata )  :  void
EntryReact.setRepresentation ( String contentRepr )  :  void

cdk-1.2.0.jar, EStateAtomTypeMatcher.class
package org.openscience.cdk.atomtype
EStateAtomTypeMatcher.findMatchingAtomType ( IAtomContainer atomContainer )  :  IAtomType[ ]
EStateAtomTypeMatcher.setRingSet ( IRingSet rs )  :  void

cdk-1.2.0.jar, EStateFingerprinter.class
package org.openscience.cdk.fingerprint
EStateFingerprinter.EStateFingerprinter ( )
EStateFingerprinter.getFingerprint ( IAtomContainer atomContainer )  :  BitSet
EStateFingerprinter.getSize ( )  :  int

cdk-1.2.0.jar, EStateFragments.class
package org.openscience.cdk.config.fragments
EStateFragments.EStateFragments ( )
EStateFragments.getNames ( ) [static]  :  String[ ]
EStateFragments.getSmarts ( ) [static]  :  String[ ]

cdk-1.2.0.jar, EuclidRuntimeException.class
package org.xmlcml.euclid
EuclidRuntimeException.EuclidRuntimeException ( )
EuclidRuntimeException.EuclidRuntimeException ( EuclidException exception )
EuclidRuntimeException.EuclidRuntimeException ( String message, Throwable cause )
EuclidRuntimeException.EuclidRuntimeException ( String msg )

cdk-1.2.0.jar, ExampleController2DModule.class
package org.openscience.cdk.controller
ExampleController2DModule.ExampleController2DModule ( )
ExampleController2DModule.mouseClickedDouble ( Point2d worldCoord )  :  void
ExampleController2DModule.mouseClickedDown ( Point2d worldCoord )  :  void
ExampleController2DModule.mouseClickedUp ( Point2d worldCoord )  :  void
ExampleController2DModule.mouseDrag ( Point2d worldCoordFrom, Point2d worldCoordTo )  :  void
ExampleController2DModule.mouseEnter ( Point2d worldCoord )  :  void
ExampleController2DModule.mouseExit ( Point2d worldCoord )  :  void
ExampleController2DModule.mouseMove ( Point2d worldCoord )  :  void
ExampleController2DModule.setChemModelRelay ( IChemModelRelay relay )  :  void

cdk-1.2.0.jar, ExplicitConnectionAtom.class
package org.openscience.cdk.isomorphism.matchers.smarts
ExplicitConnectionAtom.ExplicitConnectionAtom ( )
ExplicitConnectionAtom.ExplicitConnectionAtom ( int connection )
ExplicitConnectionAtom.getNumOfConnection ( )  :  int
ExplicitConnectionAtom.matches ( IAtom atom )  :  boolean
ExplicitConnectionAtom.setNumOfConnection ( int numOfConnection )  :  void

cdk-1.2.0.jar, ExtendedFingerprinter.class
package org.openscience.cdk.fingerprint
ExtendedFingerprinter.getFingerprint ( IAtomContainer atomContainer, IRingSet ringSet, List rslist )  :  BitSet

cdk-1.2.0.jar, FileSource.class
package net.sf.jnati.deploy.source
FileSource.close ( )  :  void
FileSource.containsFile ( String path )  :  boolean
FileSource.FileSource ( File root, Artefact artefact )
FileSource.getPath ( )  :  File
FileSource.isLocal ( )  :  boolean
FileSource.openFile ( String path )  :  InputStream

cdk-1.2.0.jar, FileUtils.class
package net.sf.jnati
FileUtils.copyStreamToStream ( InputStream in, OutputStream out ) [static]  :  void
FileUtils.delTree ( File dir ) [static]  :  boolean
FileUtils.FileUtils ( )
FileUtils.getTmpDir ( ) [static]  :  File
FileUtils.getTmpDir ( File root ) [static]  :  File
FileUtils.getTmpDir ( String path ) [static]  :  File
FileUtils.readBytes ( InputStream in ) [static]  :  byte[ ]
FileUtils.readString ( Reader in ) [static]  :  String
FileUtils.writeStreamToFile ( InputStream in, File file ) [static]  :  void
FileUtils.writeString ( File file, String string ) [static]  :  void

cdk-1.2.0.jar, Fingerprinter.class
package org.openscience.cdk.fingerprint
Fingerprinter.findPathes ( IAtomContainer container, int searchDepth )  :  int[ ]

cdk-1.2.0.jar, ForceFieldConfigurator.class
package org.openscience.cdk.modeling.builder3d
ForceFieldConfigurator.getAtomTypes ( )  :  List
ForceFieldConfigurator.getParameterSet ( )  :  Map
ForceFieldConfigurator.setAtomTypes ( List atomtypes )  :  void
ForceFieldConfigurator.setParameters ( Map parameterset )  :  void

cdk-1.2.0.jar, FormatFactory.class
package org.openscience.cdk.io
FormatFactory.FormatFactory ( )
FormatFactory.FormatFactory ( int headerLength )
FormatFactory.getFormats ( )  :  List
FormatFactory.guessFormat ( InputStream input )  :  IChemFormat
FormatFactory.guessFormat ( Reader input )  :  IChemFormat
FormatFactory.registerFormat ( IChemFormatMatcher format )  :  void

cdk-1.2.0.jar, FragmentAtom.class
package org.openscience.cdk
FragmentAtom.getExactMass ( )  :  Double
FragmentAtom.setExactMass ( Double mass )  :  void
FragmentAtom.toString ( )  :  String

cdk-1.2.0.jar, FragmentComplexityDescriptor.class
package org.openscience.cdk.qsar.descriptors.molecular
FragmentComplexityDescriptor.getDescriptorNames ( )  :  String[ ]

cdk-1.2.0.jar, GasteigerMarsiliPartialCharges.class
package org.openscience.cdk.charges
GasteigerMarsiliPartialCharges.calculateCharges ( IAtomContainer container )  :  void
GasteigerMarsiliPartialCharges.getChiCatHydrogen ( )  :  double
GasteigerMarsiliPartialCharges.getMaxGasteigerDamp ( )  :  double
GasteigerMarsiliPartialCharges.getMaxGasteigerIters ( )  :  double
GasteigerMarsiliPartialCharges.setStepSize ( int step )  :  void

cdk-1.2.0.jar, GasteigerPEPEPartialCharges.class
package org.openscience.cdk.charges
GasteigerPEPEPartialCharges.calculateCharges ( IAtomContainer container )  :  void
GasteigerPEPEPartialCharges.getMaxGasteigerIters ( )  :  int
GasteigerPEPEPartialCharges.getMaxResoStruc ( )  :  int
GasteigerPEPEPartialCharges.setMaxGasteigerIters ( int iters )  :  void
GasteigerPEPEPartialCharges.setStepSize ( int step )  :  void

cdk-1.2.0.jar, GeometricMinimizer.class
package org.openscience.cdk.modeling.forcefield
GeometricMinimizer.getPotentialParameterSet ( )  :  Map

cdk-1.2.0.jar, GeometryTools.class
package org.openscience.cdk.geometry
GeometryTools.calculatePerpendicularUnitVector ( Point2d point1, Point2d point2 ) [static]  :  Vector2d
GeometryTools.center ( IAtomContainer atomCon, Dimension areaDim ) [static]  :  void
GeometryTools.distanceCalculator ( double[ ] coords, double dist ) [static]  :  double[ ]
GeometryTools.findClosestInSpace ( IAtomContainer container, IAtom startAtom, int max ) [static]  :  List
GeometryTools.get2DCenter ( IAtomContainer container ) [static]  :  Point2d
GeometryTools.get2DCenter ( IRingSet ringSet ) [static]  :  Point2d
GeometryTools.get2DCenter ( Iterable atoms ) [static]  :  Point2d
GeometryTools.get2DCenter ( Iterator atoms ) [static]  :  Point2d
GeometryTools.get2DCentreOfMass ( IAtomContainer ac ) [static]  :  Point2d
GeometryTools.get2DDimension ( IAtomContainer atomCon ) [static]  :  Dimension
GeometryTools.get3DCenter ( IAtomContainer ac ) [static]  :  Point3d
GeometryTools.get3DCentreOfMass ( IAtomContainer ac ) [static]  :  Point3d
GeometryTools.getAllAtomRMSD ( IAtomContainer firstAtomContainer, IAtomContainer secondAtomContainer, Map mappedAtoms, boolean Coords3d ) [static]  :  double
GeometryTools.getAngleRMSD ( IAtomContainer firstAtomContainer, IAtomContainer secondAtomContainer, Map mappedAtoms ) [static]  :  double
GeometryTools.getBestAlignmentForLabel ( IAtomContainer container, IAtom atom ) [static]  :  int
GeometryTools.getBestAlignmentForLabelXY ( IAtomContainer container, IAtom atom ) [static]  :  int
GeometryTools.getBondCoordinates ( IBond bond ) [static]  :  int[ ]
GeometryTools.getBondLengthAverage ( IAtomContainer container ) [static]  :  double
GeometryTools.getBondLengthAverage3D ( IAtomContainer container ) [static]  :  double
GeometryTools.getBondLengthRMSD ( IAtomContainer firstAtomContainer, IAtomContainer secondAtomContainer, Map mappedAtoms, boolean Coords3d ) [static]  :  double
GeometryTools.getClosestAtom ( double xPosition, double yPosition, IAtomContainer atomCon ) [static]  :  IAtom
GeometryTools.getClosestAtom ( int xPosition, int yPosition, IAtomContainer atomCon ) [static]  :  IAtom
GeometryTools.getClosestBond ( double xPosition, double yPosition, IAtomContainer atomCon ) [static]  :  IBond
GeometryTools.getClosestBond ( int xPosition, int yPosition, IAtomContainer atomCon ) [static]  :  IBond
GeometryTools.getHeavyAtomRMSD ( IAtomContainer firstAtomContainer, IAtomContainer secondAtomContainer, Map mappedAtoms, boolean hetAtomOnly, boolean Coords3d ) [static]  :  double
GeometryTools.getLength2D ( IBond bond ) [static]  :  double
GeometryTools.getMinMax ( IAtomContainer container ) [static]  :  double[ ]
GeometryTools.getNormalizationFactor ( IAtomContainer container ) [static]  :  double
GeometryTools.getScaleFactor ( IAtomContainer container, double bondLength ) [static]  :  double
GeometryTools.has2DCoordinates ( IAtom atom ) [static]  :  boolean
GeometryTools.has2DCoordinates ( IBond bond ) [static]  :  boolean
GeometryTools.mapAtomsOfAlignedStructures ( IAtomContainer firstAtomContainer, IAtomContainer secondAtomContainer, double searchRadius, Map mappedAtoms ) [static]  :  Map
GeometryTools.normalize ( Point3d point ) [static]  :  void
GeometryTools.rotate ( IAtom atom, Point3d p1, Point3d p2, double angle ) [static]  :  void
GeometryTools.rotate ( IAtomContainer atomCon, Point2d center, double angle ) [static]  :  void
GeometryTools.scaleMolecule ( IAtomContainer atomCon, Dimension areaDim, double fillFactor ) [static]  :  void
GeometryTools.scaleMolecule ( IAtomContainer atomCon, double scaleFactor ) [static]  :  void
GeometryTools.sortBy2DDistance ( IAtom[ ] atoms, Point2d point ) [static]  :  void
GeometryTools.translate2D ( IAtomContainer atomCon, double transX, double transY ) [static]  :  void
GeometryTools.translate2D ( IAtomContainer atomCon, Vector2d vector ) [static]  :  void
GeometryTools.translate2DCenterTo ( IAtomContainer container, Point2d p ) [static]  :  void
GeometryTools.translate2DCentreOfMassTo ( IAtomContainer atomCon, Point2d p ) [static]  :  void
GeometryTools.translateAllPositive ( IAtomContainer atomCon ) [static]  :  void

cdk-1.2.0.jar, GravitationalIndexDescriptor.class
package org.openscience.cdk.qsar.descriptors.molecular
GravitationalIndexDescriptor.getDescriptorNames ( )  :  String[ ]

cdk-1.2.0.jar, HasArraySize.class
package org.xmlcml.cml.interfacex
HasArraySize.getArraySize ( ) [abstract]  :  int
HasArraySize.getDoubles ( ) [abstract]  :  double[ ]
HasArraySize.getInts ( ) [abstract]  :  int[ ]
HasArraySize.getStringValues ( ) [abstract]  :  List

cdk-1.2.0.jar, HasDataType.class
package org.xmlcml.cml.interfacex
HasDataType.getDataType ( ) [abstract]  :  String
HasDataType.getXMLContent ( ) [abstract]  :  String
HasDataType.setDataType ( String p1 ) [abstract]  :  void

cdk-1.2.0.jar, HasDictRef.class
package org.xmlcml.cml.interfacex
HasDictRef.getDictRef ( ) [abstract]  :  String
HasDictRef.getDictRefAttribute ( ) [abstract]  :  CMLAttribute

cdk-1.2.0.jar, HasId.class
package org.xmlcml.cml.base
HasId.getId ( ) [abstract]  :  String
HasId.setId ( String p1 ) [abstract]  :  void

cdk-1.2.0.jar, HasScalar.class
package org.xmlcml.cml.interfacex
HasScalar.getDouble ( ) [abstract]  :  double
HasScalar.getInt ( ) [abstract]  :  int
HasScalar.getString ( ) [abstract]  :  String

cdk-1.2.0.jar, HasUnits.class
package org.xmlcml.cml.interfacex
HasUnits.setUnits ( String p1, String p2, String p3 ) [abstract]  :  void

cdk-1.2.0.jar, HBondAcceptorCountDescriptor.class
package org.openscience.cdk.qsar.descriptors.molecular
HBondAcceptorCountDescriptor.getDescriptorNames ( )  :  String[ ]

cdk-1.2.0.jar, HBondDonorCountDescriptor.class
package org.openscience.cdk.qsar.descriptors.molecular
HBondDonorCountDescriptor.getDescriptorNames ( )  :  String[ ]

cdk-1.2.0.jar, HeterolyticCleavageMechanism.class
package org.openscience.cdk.reaction.mechanism
HeterolyticCleavageMechanism.HeterolyticCleavageMechanism ( )
HeterolyticCleavageMechanism.initiate ( IMoleculeSet moleculeSet, ArrayList atomList, ArrayList bondList )  :  IReaction

cdk-1.2.0.jar, HeterolyticCleavagePBReaction.class
package org.openscience.cdk.reaction.type
HeterolyticCleavagePBReaction.getSpecification ( )  :  ReactionSpecification
HeterolyticCleavagePBReaction.HeterolyticCleavagePBReaction ( )
HeterolyticCleavagePBReaction.initiate ( IMoleculeSet reactants, IMoleculeSet agents )  :  IReactionSet

cdk-1.2.0.jar, HeterolyticCleavageSBReaction.class
package org.openscience.cdk.reaction.type
HeterolyticCleavageSBReaction.getSpecification ( )  :  ReactionSpecification
HeterolyticCleavageSBReaction.HeterolyticCleavageSBReaction ( )
HeterolyticCleavageSBReaction.initiate ( IMoleculeSet reactants, IMoleculeSet agents )  :  IReactionSet

cdk-1.2.0.jar, HomolyticCleavageMechanism.class
package org.openscience.cdk.reaction.mechanism
HomolyticCleavageMechanism.HomolyticCleavageMechanism ( )
HomolyticCleavageMechanism.initiate ( IMoleculeSet moleculeSet, ArrayList atomList, ArrayList bondList )  :  IReaction

cdk-1.2.0.jar, HomolyticCleavageReaction.class
package org.openscience.cdk.reaction.type
HomolyticCleavageReaction.getSpecification ( )  :  ReactionSpecification
HomolyticCleavageReaction.HomolyticCleavageReaction ( )
HomolyticCleavageReaction.initiate ( IMoleculeSet reactants, IMoleculeSet agents )  :  IReactionSet

cdk-1.2.0.jar, HOSECodeGenerator.class
package org.openscience.cdk.tools
HOSECodeGenerator.getSpheres ( IMolecule ac, IAtom root, int noOfSpheres, boolean ringsize )  :  List[ ]

cdk-1.2.0.jar, Hybridization.class
package org.openscience.cdk.interfaces
IAtomType.Hybridization.valueOf ( String name ) [static]  :  IAtomType.Hybridization
IAtomType.Hybridization.values ( ) [static]  :  IAtomType.Hybridization[ ]

cdk-1.2.0.jar, HybridizationNumberAtom.class
package org.openscience.cdk.isomorphism.matchers.smarts
HybridizationNumberAtom.HybridizationNumberAtom ( int hybridizationNumber )
HybridizationNumberAtom.matches ( IAtom atom )  :  boolean
HybridizationNumberAtom.toString ( )  :  String

cdk-1.2.0.jar, HydrogenStrategy.class
package org.xmlcml.cml.element
CMLFormula.HydrogenStrategy.valueOf ( String name ) [static]  :  CMLFormula.HydrogenStrategy
CMLFormula.HydrogenStrategy.values ( ) [static]  :  CMLFormula.HydrogenStrategy[ ]

cdk-1.2.0.jar, IAdductFormula.class
package org.openscience.cdk.interfaces
IAdductFormula.clone ( ) [abstract]  :  Object
IAdductFormula.contains ( IIsotope p1 ) [abstract]  :  boolean
IAdductFormula.getBuilder ( ) [abstract]  :  IChemObjectBuilder
IAdductFormula.getCharge ( ) [abstract]  :  Integer
IAdductFormula.getIsotopeCount ( ) [abstract]  :  int
IAdductFormula.getIsotopeCount ( IIsotope p1 ) [abstract]  :  int
IAdductFormula.isotopes ( ) [abstract]  :  Iterable
IAdductFormula.setCharge ( Integer p1 ) [abstract]  :  void

cdk-1.2.0.jar, IAtom.class
package org.openscience.cdk.interfaces
IAtom.getCharge ( ) [abstract]  :  Double
IAtom.getHydrogenCount ( ) [abstract]  :  Integer
IAtom.getStereoParity ( ) [abstract]  :  Integer
IAtom.setCharge ( Double p1 ) [abstract]  :  void
IAtom.setHydrogenCount ( Integer p1 ) [abstract]  :  void
IAtom.setStereoParity ( Integer p1 ) [abstract]  :  void

cdk-1.2.0.jar, IAtomContainer.class
package org.openscience.cdk.interfaces
IAtomContainer.addBond ( int p1, int p2, IBond.Order p3 ) [abstract]  :  void
IAtomContainer.addBond ( int p1, int p2, IBond.Order p3, int p4 ) [abstract]  :  void
IAtomContainer.atoms ( ) [abstract]  :  Iterable
IAtomContainer.bonds ( ) [abstract]  :  Iterable
IAtomContainer.electronContainers ( ) [abstract]  :  Iterable
IAtomContainer.getMaximumBondOrder ( IAtom p1 ) [abstract]  :  IBond.Order
IAtomContainer.getMinimumBondOrder ( IAtom p1 ) [abstract]  :  IBond.Order
IAtomContainer.lonePairs ( ) [abstract]  :  Iterable
IAtomContainer.singleElectrons ( ) [abstract]  :  Iterable

cdk-1.2.0.jar, IAtomContainerSet.class
package org.openscience.cdk.interfaces
IAtomContainerSet.atomContainers ( ) [abstract]  :  Iterable
IAtomContainerSet.getMultiplier ( IAtomContainer p1 ) [abstract]  :  Double
IAtomContainerSet.getMultiplier ( int p1 ) [abstract]  :  Double
IAtomContainerSet.getMultipliers ( ) [abstract]  :  Double[ ]
IAtomContainerSet.setMultiplier ( IAtomContainer p1, Double p2 ) [abstract]  :  boolean
IAtomContainerSet.setMultiplier ( int p1, Double p2 ) [abstract]  :  void
IAtomContainerSet.setMultipliers ( Double[ ] p1 ) [abstract]  :  boolean

cdk-1.2.0.jar, IAtomType.class
package org.openscience.cdk.interfaces
IAtomType.getBondOrderSum ( ) [abstract]  :  Double
IAtomType.getCovalentRadius ( ) [abstract]  :  Double
IAtomType.getFormalCharge ( ) [abstract]  :  Integer
IAtomType.getFormalNeighbourCount ( ) [abstract]  :  Integer
IAtomType.getHybridization ( ) [abstract]  :  IAtomType.Hybridization
IAtomType.getMaxBondOrder ( ) [abstract]  :  IBond.Order
IAtomType.getValency ( ) [abstract]  :  Integer
IAtomType.setBondOrderSum ( Double p1 ) [abstract]  :  void
IAtomType.setCovalentRadius ( Double p1 ) [abstract]  :  void
IAtomType.setFormalCharge ( Integer p1 ) [abstract]  :  void
IAtomType.setFormalNeighbourCount ( Integer p1 ) [abstract]  :  void
IAtomType.setHybridization ( IAtomType.Hybridization p1 ) [abstract]  :  void
IAtomType.setMaxBondOrder ( IBond.Order p1 ) [abstract]  :  void
IAtomType.setValency ( Integer p1 ) [abstract]  :  void

cdk-1.2.0.jar, IAtomTypeGuesser.class
package org.openscience.cdk.atomtype
IAtomTypeGuesser.possibleAtomTypes ( IAtomContainer p1, IAtom p2 ) [abstract]  :  List

cdk-1.2.0.jar, IAtomTypeMatcher.class
package org.openscience.cdk.atomtype
IAtomTypeMatcher.findMatchingAtomType ( IAtomContainer p1 ) [abstract]  :  IAtomType[ ]

cdk-1.2.0.jar, IBond.class
package org.openscience.cdk.interfaces
IBond.atoms ( ) [abstract]  :  Iterable
IBond.getConnectedAtoms ( IAtom p1 ) [abstract]  :  IAtom[ ]
IBond.getOrder ( ) [abstract]  :  IBond.Order
IBond.setOrder ( IBond.Order p1 ) [abstract]  :  void

cdk-1.2.0.jar, IChemFile.class
package org.openscience.cdk.interfaces
IChemFile.chemSequences ( ) [abstract]  :  Iterable

cdk-1.2.0.jar, IChemModelRelay.class
package org.openscience.cdk.controller
IChemModelRelay.addAtom ( String p1, Point2d p2 ) [abstract]  :  void
IChemModelRelay.getClosestAtom ( Point2d p1 ) [abstract]  :  IAtom
IChemModelRelay.getClosestBond ( Point2d p1 ) [abstract]  :  IBond
IChemModelRelay.getController2DModel ( ) [abstract]  :  IController2DModel
IChemModelRelay.getIChemModel ( ) [abstract]  :  IChemModel
IChemModelRelay.getIJava2DRenderer ( ) [abstract]  :  IJava2DRenderer
IChemModelRelay.removeAtom ( IAtom p1 ) [abstract]  :  void
IChemModelRelay.updateView ( ) [abstract]  :  void

cdk-1.2.0.jar, IChemObject.class
package org.openscience.cdk.interfaces
IChemObject.getProperties ( ) [abstract]  :  Map
IChemObject.setProperties ( Map p1 ) [abstract]  :  void

cdk-1.2.0.jar, IChemObjectBuilder.class
package org.openscience.cdk.interfaces
IChemObjectBuilder.newAdductFormula ( ) [abstract]  :  IAdductFormula
IChemObjectBuilder.newAdductFormula ( IMolecularFormula p1 ) [abstract]  :  IAdductFormula
IChemObjectBuilder.newBond ( IAtom p1, IAtom p2, IBond.Order p3 ) [abstract]  :  IBond
IChemObjectBuilder.newBond ( IAtom p1, IAtom p2, IBond.Order p3, int p4 ) [abstract]  :  IBond
IChemObjectBuilder.newBond ( IAtom[ ] p1 ) [abstract]  :  IBond
IChemObjectBuilder.newBond ( IAtom[ ] p1, IBond.Order p2 ) [abstract]  :  IBond
IChemObjectBuilder.newFragmentAtom ( ) [abstract]  :  IFragmentAtom
IChemObjectBuilder.newMolecularFormula ( ) [abstract]  :  IMolecularFormula
IChemObjectBuilder.newMolecularFormulaSet ( ) [abstract]  :  IMolecularFormulaSet
IChemObjectBuilder.newMolecularFormulaSet ( IMolecularFormula p1 ) [abstract]  :  IMolecularFormulaSet
IChemObjectBuilder.newReactionScheme ( ) [abstract]  :  IReactionScheme

cdk-1.2.0.jar, IChemObjectReader.class
package org.openscience.cdk.io
IChemObjectReader.setReaderMode ( IChemObjectReader.Mode p1 ) [abstract]  :  void

cdk-1.2.0.jar, IChemSequence.class
package org.openscience.cdk.interfaces
IChemSequence.chemModels ( ) [abstract]  :  Iterable

cdk-1.2.0.jar, IController2DModel.class
package org.openscience.cdk.controller
IController2DModel.getAutoUpdateImplicitHydrogens ( ) [abstract]  :  boolean
IController2DModel.getBondPointerLength ( ) [abstract]  :  double
IController2DModel.getCommonElements ( ) [abstract]  :  String[ ]
IController2DModel.getDefaultElementSymbol ( ) [abstract]  :  String
IController2DModel.getDrawElement ( ) [abstract]  :  String
IController2DModel.getDrawMode ( ) [abstract]  :  IController2DModel.DrawMode
IController2DModel.getDrawModeString ( ) [abstract]  :  String
IController2DModel.getRingPointerLength ( ) [abstract]  :  double
IController2DModel.getRingSize ( ) [abstract]  :  int
IController2DModel.getSnapAngle ( ) [abstract]  :  int
IController2DModel.getSnapCartesian ( ) [abstract]  :  int
IController2DModel.getSnapToGridAngle ( ) [abstract]  :  boolean
IController2DModel.getSnapToGridCartesian ( ) [abstract]  :  boolean
IController2DModel.getUndoManager ( ) [abstract]  :  UndoManager
IController2DModel.getUndoSupport ( ) [abstract]  :  UndoableEditSupport
IController2DModel.isMovingAllowed ( ) [abstract]  :  boolean
IController2DModel.setAutoUpdateImplicitHydrogens ( boolean p1 ) [abstract]  :  void
IController2DModel.setBondPointerLength ( double p1 ) [abstract]  :  void
IController2DModel.setCommonElements ( String[ ] p1 ) [abstract]  :  void
IController2DModel.setDefaultElementSymbol ( String p1 ) [abstract]  :  void
IController2DModel.setDrawElement ( String p1 ) [abstract]  :  void
IController2DModel.setDrawMode ( IController2DModel.DrawMode p1 ) [abstract]  :  void
IController2DModel.setMovingAllowed ( boolean p1 ) [abstract]  :  void
IController2DModel.setRingPointerLength ( double p1 ) [abstract]  :  void
IController2DModel.setRingSize ( int p1 ) [abstract]  :  void
IController2DModel.setSnapAngle ( int p1 ) [abstract]  :  void
IController2DModel.setSnapCartesian ( int p1 ) [abstract]  :  void
IController2DModel.setSnapToGridAngle ( boolean p1 ) [abstract]  :  void
IController2DModel.setSnapToGridCartesian ( boolean p1 ) [abstract]  :  void
IController2DModel.setUndoManager ( UndoManager p1 ) [abstract]  :  void
IController2DModel.setUndoSupport ( UndoableEditSupport p1 ) [abstract]  :  void

cdk-1.2.0.jar, IController2DModule.class
package org.openscience.cdk.controller
IController2DModule.mouseClickedDouble ( Point2d p1 ) [abstract]  :  void
IController2DModule.mouseClickedDown ( Point2d p1 ) [abstract]  :  void
IController2DModule.mouseClickedUp ( Point2d p1 ) [abstract]  :  void
IController2DModule.mouseDrag ( Point2d p1, Point2d p2 ) [abstract]  :  void
IController2DModule.mouseEnter ( Point2d p1 ) [abstract]  :  void
IController2DModule.mouseExit ( Point2d p1 ) [abstract]  :  void
IController2DModule.mouseMove ( Point2d p1 ) [abstract]  :  void
IController2DModule.setChemModelRelay ( IChemModelRelay p1 ) [abstract]  :  void

cdk-1.2.0.jar, ICrystal.class
package org.openscience.cdk.interfaces
ICrystal.getZ ( ) [abstract]  :  Integer
ICrystal.setZ ( Integer p1 ) [abstract]  :  void

cdk-1.2.0.jar, IdAttribute.class
package org.xmlcml.cml.attribute
IdAttribute.copy ( )  :  Node
IdAttribute.IdAttribute ( )
IdAttribute.IdAttribute ( Attribute att )
IdAttribute.IdAttribute ( String value )
IdAttribute.setCMLValue ( String value )  :  void

cdk-1.2.0.jar, IDescriptor.class
package org.openscience.cdk.qsar
IDescriptor.getDescriptorNames ( ) [abstract]  :  String[ ]

cdk-1.2.0.jar, IDifferenceList.class
package org.openscience.cdk.tools.diff.tree
IDifferenceList.addChild ( IDifference p1 ) [abstract]  :  void
IDifferenceList.addChildren ( List p1 ) [abstract]  :  void
IDifferenceList.childCount ( ) [abstract]  :  int
IDifferenceList.getChildren ( ) [abstract]  :  Iterable

cdk-1.2.0.jar, IElectronContainer.class
package org.openscience.cdk.interfaces
IElectronContainer.getElectronCount ( ) [abstract]  :  Integer
IElectronContainer.setElectronCount ( Integer p1 ) [abstract]  :  void

cdk-1.2.0.jar, IElectronicPropertyCalculator.class
package org.openscience.cdk.charges
IElectronicPropertyCalculator.calculateCharges ( IAtomContainer p1 ) [abstract]  :  void

cdk-1.2.0.jar, IElement.class
package org.openscience.cdk.interfaces
IElement.getAtomicNumber ( ) [abstract]  :  Integer
IElement.setAtomicNumber ( Integer p1 ) [abstract]  :  void

cdk-1.2.0.jar, IFragmentAtom.class
package org.openscience.cdk.interfaces
IFragmentAtom.getFragment ( ) [abstract]  :  IAtomContainer
IFragmentAtom.isExpanded ( ) [abstract]  :  boolean
IFragmentAtom.setExpanded ( boolean p1 ) [abstract]  :  void
IFragmentAtom.setFragment ( IAtomContainer p1 ) [abstract]  :  void

cdk-1.2.0.jar, IIsotope.class
package org.openscience.cdk.interfaces
IIsotope.getExactMass ( ) [abstract]  :  Double
IIsotope.getMassNumber ( ) [abstract]  :  Integer
IIsotope.getNaturalAbundance ( ) [abstract]  :  Double
IIsotope.setExactMass ( Double p1 ) [abstract]  :  void
IIsotope.setMassNumber ( Integer p1 ) [abstract]  :  void
IIsotope.setNaturalAbundance ( Double p1 ) [abstract]  :  void

cdk-1.2.0.jar, IJava2DRenderer.class
package org.openscience.cdk.renderer
IJava2DRenderer.getCoorFromScreen ( int p1, int p2 ) [abstract]  :  Point2d

cdk-1.2.0.jar, IMapping.class
package org.openscience.cdk.interfaces
IMapping.relatedChemObjects ( ) [abstract]  :  Iterable

cdk-1.2.0.jar, IMolecularFormula.class
package org.openscience.cdk.interfaces
IMolecularFormula.add ( IMolecularFormula p1 ) [abstract]  :  IMolecularFormula
IMolecularFormula.addIsotope ( IIsotope p1 ) [abstract]  :  IMolecularFormula
IMolecularFormula.addIsotope ( IIsotope p1, int p2 ) [abstract]  :  IMolecularFormula
IMolecularFormula.clone ( ) [abstract]  :  Object
IMolecularFormula.contains ( IIsotope p1 ) [abstract]  :  boolean
IMolecularFormula.getBuilder ( ) [abstract]  :  IChemObjectBuilder
IMolecularFormula.getCharge ( ) [abstract]  :  Integer
IMolecularFormula.getIsotopeCount ( ) [abstract]  :  int
IMolecularFormula.getIsotopeCount ( IIsotope p1 ) [abstract]  :  int
IMolecularFormula.getProperties ( ) [abstract]  :  Map
IMolecularFormula.getProperty ( Object p1 ) [abstract]  :  Object
IMolecularFormula.isotopes ( ) [abstract]  :  Iterable
IMolecularFormula.removeAllIsotopes ( ) [abstract]  :  void
IMolecularFormula.removeIsotope ( IIsotope p1 ) [abstract]  :  void
IMolecularFormula.removeProperty ( Object p1 ) [abstract]  :  void
IMolecularFormula.setCharge ( Integer p1 ) [abstract]  :  void
IMolecularFormula.setProperties ( Map p1 ) [abstract]  :  void
IMolecularFormula.setProperty ( Object p1, Object p2 ) [abstract]  :  void

cdk-1.2.0.jar, IMolecularFormulaSet.class
package org.openscience.cdk.interfaces
IMolecularFormulaSet.add ( IMolecularFormulaSet p1 ) [abstract]  :  void
IMolecularFormulaSet.addMolecularFormula ( IMolecularFormula p1 ) [abstract]  :  void
IMolecularFormulaSet.clone ( ) [abstract]  :  Object
IMolecularFormulaSet.contains ( IMolecularFormula p1 ) [abstract]  :  boolean
IMolecularFormulaSet.getBuilder ( ) [abstract]  :  IChemObjectBuilder
IMolecularFormulaSet.getMolecularFormula ( int p1 ) [abstract]  :  IMolecularFormula
IMolecularFormulaSet.molecularFormulas ( ) [abstract]  :  Iterable
IMolecularFormulaSet.removeAllMolecularFormulas ( ) [abstract]  :  void
IMolecularFormulaSet.removeMolecularFormula ( IMolecularFormula p1 ) [abstract]  :  void
IMolecularFormulaSet.removeMolecularFormula ( int p1 ) [abstract]  :  void
IMolecularFormulaSet.size ( ) [abstract]  :  int

cdk-1.2.0.jar, IMoleculeSet.class
package org.openscience.cdk.interfaces
IMoleculeSet.molecules ( ) [abstract]  :  Iterable

cdk-1.2.0.jar, IMouseEventRelay.class
package org.openscience.cdk.controller
IMouseEventRelay.mouseClickedDouble ( int p1, int p2 ) [abstract]  :  void
IMouseEventRelay.mouseClickedDown ( int p1, int p2 ) [abstract]  :  void
IMouseEventRelay.mouseClickedUp ( int p1, int p2 ) [abstract]  :  void
IMouseEventRelay.mouseDrag ( int p1, int p2, int p3, int p4 ) [abstract]  :  void
IMouseEventRelay.mouseEnter ( int p1, int p2 ) [abstract]  :  void
IMouseEventRelay.mouseExit ( int p1, int p2 ) [abstract]  :  void
IMouseEventRelay.mouseMove ( int p1, int p2 ) [abstract]  :  void

cdk-1.2.0.jar, INCHI_BOND_STEREO.class
package net.sf.jniinchi
INCHI_BOND_STEREO.getValue ( int bster ) [static]  :  INCHI_BOND_STEREO

cdk-1.2.0.jar, INCHI_BOND_TYPE.class
package net.sf.jniinchi
INCHI_BOND_TYPE.getValue ( int btype ) [static]  :  INCHI_BOND_TYPE

cdk-1.2.0.jar, INCHI_KEY.class
package net.sf.jniinchi
INCHI_KEY.getIndx ( )  :  int
INCHI_KEY.getList ( ) [static]  :  List
INCHI_KEY.getValue ( int ret ) [static]  :  INCHI_KEY
INCHI_KEY.toString ( )  :  String

cdk-1.2.0.jar, INCHI_KEY_STATUS.class
package net.sf.jniinchi
INCHI_KEY_STATUS.getIndx ( )  :  int
INCHI_KEY_STATUS.getList ( ) [static]  :  List
INCHI_KEY_STATUS.getValue ( int value ) [static]  :  INCHI_KEY_STATUS
INCHI_KEY_STATUS.toString ( )  :  String

cdk-1.2.0.jar, INCHI_PARITY.class
package net.sf.jniinchi
INCHI_PARITY.getValue ( int parity ) [static]  :  INCHI_PARITY

cdk-1.2.0.jar, INCHI_RADICAL.class
package net.sf.jniinchi
INCHI_RADICAL.getValue ( int rad ) [static]  :  INCHI_RADICAL

cdk-1.2.0.jar, INCHI_RET.class
package net.sf.jniinchi
INCHI_RET.getValue ( int ret ) [static]  :  INCHI_RET

cdk-1.2.0.jar, INCHI_STEREOTYPE.class
package net.sf.jniinchi
INCHI_STEREOTYPE.getValue ( int type ) [static]  :  INCHI_STEREOTYPE

cdk-1.2.0.jar, InChIGenerator.class
package org.openscience.cdk.inchi
InChIGenerator.getInchiKey ( )  :  String

cdk-1.2.0.jar, InChIGeneratorFactory.class
package org.openscience.cdk.inchi
InChIGeneratorFactory.getInChIToStructure ( String inchi, IChemObjectBuilder builder )  :  InChIToStructure
InChIGeneratorFactory.getInChIToStructure ( String inchi, IChemObjectBuilder builder, List options )  :  InChIToStructure
InChIGeneratorFactory.getInChIToStructure ( String inchi, IChemObjectBuilder builder, String options )  :  InChIToStructure

cdk-1.2.0.jar, InChIToStructure.class
package org.openscience.cdk.inchi
InChIToStructure.generateAtomContainerFromInchi ( IChemObjectBuilder builder )  :  void
InChIToStructure.InChIToStructure ( String inchi, IChemObjectBuilder builder )
InChIToStructure.InChIToStructure ( String inchi, IChemObjectBuilder builder, List options )
InChIToStructure.InChIToStructure ( String inchi, IChemObjectBuilder builder, String options )

cdk-1.2.0.jar, Index.class
package org.xmlcml.cml.element
CMLReaction.Index.valueOf ( String name ) [static]  :  CMLReaction.Index
CMLReaction.Index.values ( ) [static]  :  CMLReaction.Index[ ]

cdk-1.2.0.jar, InductiveAtomicHardnessDescriptor.class
package org.openscience.cdk.qsar.descriptors.atomic
InductiveAtomicHardnessDescriptor.getDescriptorNames ( )  :  String[ ]

cdk-1.2.0.jar, InductiveAtomicSoftnessDescriptor.class
package org.openscience.cdk.qsar.descriptors.atomic
InductiveAtomicSoftnessDescriptor.getDescriptorNames ( )  :  String[ ]

cdk-1.2.0.jar, InductivePartialCharges.class
package org.openscience.cdk.charges
InductivePartialCharges.calculateCharges ( IAtomContainer container )  :  void

cdk-1.2.0.jar, IntArraySTAttribute.class
package org.xmlcml.cml.base
IntArraySTAttribute.checkValue ( int[ ] ii )  :  void
IntArraySTAttribute.copy ( )  :  Node
IntArraySTAttribute.getCMLValue ( )  :  Object
IntArraySTAttribute.getIntArray ( )  :  int[ ]
IntArraySTAttribute.getJavaGetMethod ( )  :  String
IntArraySTAttribute.getJavaShortClassName ( )  :  String
IntArraySTAttribute.getJavaType ( )  :  String
IntArraySTAttribute.IntArraySTAttribute ( Attribute att )
IntArraySTAttribute.IntArraySTAttribute ( Attribute att, String value )
IntArraySTAttribute.IntArraySTAttribute ( IntArraySTAttribute att )
IntArraySTAttribute.IntArraySTAttribute ( String name )
IntArraySTAttribute.setCMLValue ( int[ ] ii )  :  void
IntArraySTAttribute.setCMLValue ( String s )  :  void
IntArraySTAttribute.split ( String s, String delim ) [static]  :  int[ ]

cdk-1.2.0.jar, IntegerArrayResultType.class
package org.openscience.cdk.qsar.result
IntegerArrayResultType.IntegerArrayResultType ( int size )
IntegerArrayResultType.length ( )  :  int
IntegerArrayResultType.toString ( )  :  String

cdk-1.2.0.jar, IntegerDifference.class
package org.openscience.cdk.tools.diff.tree
IntegerDifference.construct ( String name, Integer first, Integer second ) [static]  :  IDifference
IntegerDifference.toString ( )  :  String

cdk-1.2.0.jar, IntegerResultType.class
package org.openscience.cdk.qsar.result
IntegerResultType.IntegerResultType ( )
IntegerResultType.length ( )  :  int
IntegerResultType.toString ( )  :  String

cdk-1.2.0.jar, IntSet.class
package org.xmlcml.euclid
IntSet.getPermutations ( Integer number ) [static]  :  List

cdk-1.2.0.jar, IntSTAttribute.class
package org.xmlcml.cml.base
IntSTAttribute.checkValue ( int i )  :  void
IntSTAttribute.copy ( )  :  Node
IntSTAttribute.getCMLValue ( )  :  Object
IntSTAttribute.getInt ( )  :  int
IntSTAttribute.getJavaGetMethod ( )  :  String
IntSTAttribute.getJavaShortClassName ( )  :  String
IntSTAttribute.getJavaType ( )  :  String
IntSTAttribute.IntSTAttribute ( Attribute att )
IntSTAttribute.IntSTAttribute ( Attribute att, String value )
IntSTAttribute.IntSTAttribute ( IntSTAttribute att )
IntSTAttribute.IntSTAttribute ( String name )
IntSTAttribute.setCMLValue ( int i )  :  void
IntSTAttribute.setCMLValue ( String s )  :  void

cdk-1.2.0.jar, IonizationPotentialTool.class
package org.openscience.cdk.tools
IonizationPotentialTool.getQSARs ( IAtomContainer container, IAtom atom ) [static]  :  double[ ]
IonizationPotentialTool.getQSARs ( IAtomContainer container, IBond bond ) [static]  :  double[ ]
IonizationPotentialTool.IonizationPotentialTool ( )
IonizationPotentialTool.predictIP ( IAtomContainer container, IAtom atom ) [static]  :  double
IonizationPotentialTool.predictIP ( IAtomContainer container, IBond bond ) [static]  :  double

cdk-1.2.0.jar, IParameterReact.class
package org.openscience.cdk.reaction.type.parameters
IParameterReact.getValue ( ) [abstract]  :  Object
IParameterReact.isSetParameter ( ) [abstract]  :  boolean
IParameterReact.setParameter ( boolean p1 ) [abstract]  :  void
IParameterReact.setValue ( Object p1 ) [abstract]  :  void

cdk-1.2.0.jar, IPAtomicHOSEDescriptor.class
package org.openscience.cdk.qsar.descriptors.atomic
IPAtomicHOSEDescriptor.calculate ( IAtom atom, IAtomContainer container )  :  DescriptorValue
IPAtomicHOSEDescriptor.getDescriptorNames ( )  :  String[ ]
IPAtomicHOSEDescriptor.getParameterNames ( )  :  String[ ]
IPAtomicHOSEDescriptor.getParameters ( )  :  Object[ ]
IPAtomicHOSEDescriptor.getParameterType ( String name )  :  Object
IPAtomicHOSEDescriptor.getSpecification ( )  :  DescriptorSpecification
IPAtomicHOSEDescriptor.IPAtomicHOSEDescriptor ( )
IPAtomicHOSEDescriptor.setParameters ( Object[ ] params )  :  void

cdk-1.2.0.jar, IPAtomicLearningDescriptor.class
package org.openscience.cdk.qsar.descriptors.atomic
IPAtomicLearningDescriptor.calculate ( IAtom atom, IAtomContainer container )  :  DescriptorValue
IPAtomicLearningDescriptor.getDescriptorNames ( )  :  String[ ]
IPAtomicLearningDescriptor.getParameterNames ( )  :  String[ ]
IPAtomicLearningDescriptor.getParameters ( )  :  Object[ ]
IPAtomicLearningDescriptor.getParameterType ( String name )  :  Object
IPAtomicLearningDescriptor.getSpecification ( )  :  DescriptorSpecification
IPAtomicLearningDescriptor.IPAtomicLearningDescriptor ( )
IPAtomicLearningDescriptor.setParameters ( Object[ ] params )  :  void

cdk-1.2.0.jar, IPBondLearningDescriptor.class
package org.openscience.cdk.qsar.descriptors.bond
IPBondLearningDescriptor.calculate ( IBond bond, IAtomContainer atomContainer )  :  DescriptorValue
IPBondLearningDescriptor.getDescriptorNames ( )  :  String[ ]
IPBondLearningDescriptor.getParameterNames ( )  :  String[ ]
IPBondLearningDescriptor.getParameters ( )  :  Object[ ]
IPBondLearningDescriptor.getParameterType ( String name )  :  Object
IPBondLearningDescriptor.getSpecification ( )  :  DescriptorSpecification
IPBondLearningDescriptor.IPBondLearningDescriptor ( )
IPBondLearningDescriptor.setParameters ( Object[ ] params )  :  void

cdk-1.2.0.jar, IPDBAtom.class
package org.openscience.cdk.interfaces
IPDBAtom.getHetAtom ( ) [abstract]  :  Boolean
IPDBAtom.getOccupancy ( ) [abstract]  :  Double
IPDBAtom.getOxt ( ) [abstract]  :  Boolean
IPDBAtom.getSerial ( ) [abstract]  :  Integer
IPDBAtom.getTempFactor ( ) [abstract]  :  Double
IPDBAtom.setHetAtom ( Boolean p1 ) [abstract]  :  void
IPDBAtom.setOccupancy ( Double p1 ) [abstract]  :  void
IPDBAtom.setOxt ( Boolean p1 ) [abstract]  :  void
IPDBAtom.setSerial ( Integer p1 ) [abstract]  :  void
IPDBAtom.setTempFactor ( Double p1 ) [abstract]  :  void

cdk-1.2.0.jar, IPDBStructure.class
package org.openscience.cdk.interfaces
IPDBStructure.getEndChainID ( ) [abstract]  :  Character
IPDBStructure.getEndInsertionCode ( ) [abstract]  :  Character
IPDBStructure.getEndSequenceNumber ( ) [abstract]  :  Integer
IPDBStructure.getStartChainID ( ) [abstract]  :  Character
IPDBStructure.getStartInsertionCode ( ) [abstract]  :  Character
IPDBStructure.getStartSequenceNumber ( ) [abstract]  :  Integer
IPDBStructure.setEndChainID ( Character p1 ) [abstract]  :  void
IPDBStructure.setEndInsertionCode ( Character p1 ) [abstract]  :  void
IPDBStructure.setEndSequenceNumber ( Integer p1 ) [abstract]  :  void
IPDBStructure.setStartChainID ( Character p1 ) [abstract]  :  void
IPDBStructure.setStartInsertionCode ( Character p1 ) [abstract]  :  void
IPDBStructure.setStartSequenceNumber ( Integer p1 ) [abstract]  :  void

cdk-1.2.0.jar, IPMolecularLearningDescriptor.class
package org.openscience.cdk.qsar.descriptors.molecular
IPMolecularLearningDescriptor.calculate ( IAtomContainer atomContainer )  :  DescriptorValue
IPMolecularLearningDescriptor.calculatePlus ( IAtomContainer container )  :  DescriptorValue
IPMolecularLearningDescriptor.getDescriptorNames ( )  :  String[ ]
IPMolecularLearningDescriptor.getDescriptorResultType ( )  :  IDescriptorResult
IPMolecularLearningDescriptor.getParameterNames ( )  :  String[ ]
IPMolecularLearningDescriptor.getParameters ( )  :  Object[ ]
IPMolecularLearningDescriptor.getParameterType ( String name )  :  Object
IPMolecularLearningDescriptor.getSpecification ( )  :  DescriptorSpecification
IPMolecularLearningDescriptor.IPMolecularLearningDescriptor ( )
IPMolecularLearningDescriptor.setParameters ( Object[ ] params )  :  void

cdk-1.2.0.jar, IRandomAccessChemObjectReader.class
package org.openscience.cdk.io.random
IRandomAccessChemObjectReader.first ( ) [abstract]  :  Object
IRandomAccessChemObjectReader.last ( ) [abstract]  :  Object
IRandomAccessChemObjectReader.readRecord ( int p1 ) [abstract]  :  Object
IRandomAccessChemObjectReader.size ( ) [abstract]  :  int

cdk-1.2.0.jar, IReaction.class
package org.openscience.cdk.interfaces
IReaction.addProduct ( IMolecule p1, Double p2 ) [abstract]  :  void
IReaction.addReactant ( IMolecule p1, Double p2 ) [abstract]  :  void
IReaction.getDirection ( ) [abstract]  :  IReaction.Direction
IReaction.getProductCoefficient ( IMolecule p1 ) [abstract]  :  Double
IReaction.getProductCoefficients ( ) [abstract]  :  Double[ ]
IReaction.getReactantCoefficient ( IMolecule p1 ) [abstract]  :  Double
IReaction.getReactantCoefficients ( ) [abstract]  :  Double[ ]
IReaction.mappings ( ) [abstract]  :  Iterable
IReaction.setDirection ( IReaction.Direction p1 ) [abstract]  :  void
IReaction.setProductCoefficient ( IMolecule p1, Double p2 ) [abstract]  :  boolean
IReaction.setProductCoefficients ( Double[ ] p1 ) [abstract]  :  boolean
IReaction.setReactantCoefficient ( IMolecule p1, Double p2 ) [abstract]  :  boolean
IReaction.setReactantCoefficients ( Double[ ] p1 ) [abstract]  :  boolean

cdk-1.2.0.jar, IReactionMechanism.class
package org.openscience.cdk.reaction
IReactionMechanism.initiate ( IMoleculeSet p1, ArrayList p2, ArrayList p3 ) [abstract]  :  IReaction

cdk-1.2.0.jar, IReactionProcess.class
package org.openscience.cdk.reaction
IReactionProcess.getParameterClass ( Class p1 ) [abstract]  :  IParameterReact
IReactionProcess.getParameterList ( ) [abstract]  :  List
IReactionProcess.setParameterList ( List p1 ) [abstract]  :  void

cdk-1.2.0.jar, IReactionScheme.class
package org.openscience.cdk.interfaces
IReactionScheme.add ( IReactionScheme p1 ) [abstract]  :  void
IReactionScheme.clone ( ) [abstract]  :  Object
IReactionScheme.getReactionSchemeCount ( ) [abstract]  :  int
IReactionScheme.reactionSchemes ( ) [abstract]  :  Iterable
IReactionScheme.removeAllReactionSchemes ( ) [abstract]  :  void
IReactionScheme.removeReactionScheme ( IReactionScheme p1 ) [abstract]  :  void

cdk-1.2.0.jar, IReactionSet.class
package org.openscience.cdk.interfaces
IReactionSet.reactions ( ) [abstract]  :  Iterable

cdk-1.2.0.jar, IRingSet.class
package org.openscience.cdk.interfaces
IRingSet.getConnectedRings ( IRing p1 ) [abstract]  :  IRingSet
IRingSet.getRings ( IBond p1 ) [abstract]  :  IRingSet

cdk-1.2.0.jar, IRule.class
package org.openscience.cdk.formula.rules
IRule.getParameters ( ) [abstract]  :  Object[ ]
IRule.setParameters ( Object[ ] p1 ) [abstract]  :  void
IRule.validate ( IMolecularFormula p1 ) [abstract]  :  double

cdk-1.2.0.jar, ISimpleChemObjectReader.class
package org.openscience.cdk.io
ISimpleChemObjectReader.read ( IChemObject p1 ) [abstract]  :  IChemObject

cdk-1.2.0.jar, Isotope.class
package org.openscience.cdk
Isotope.getExactMass ( )  :  Double
Isotope.getMassNumber ( )  :  Integer
Isotope.getNaturalAbundance ( )  :  Double
Isotope.setExactMass ( Double exactMass )  :  void
Isotope.setMassNumber ( Integer massNumber )  :  void
Isotope.setNaturalAbundance ( Double naturalAbundance )  :  void

cdk-1.2.0.jar, IsotopeContainer.class
package org.openscience.cdk.formula
IsotopeContainer.clone ( )  :  Object
IsotopeContainer.getFormula ( )  :  IMolecularFormula
IsotopeContainer.getIntensity ( )  :  double
IsotopeContainer.getMass ( )  :  double
IsotopeContainer.IsotopeContainer ( )
IsotopeContainer.IsotopeContainer ( double mass, double intensity )
IsotopeContainer.IsotopeContainer ( IMolecularFormula formula, double intensity )
IsotopeContainer.setFormula ( IMolecularFormula formula )  :  void
IsotopeContainer.setIntensity ( double intensity )  :  void
IsotopeContainer.setMass ( double mass )  :  void

cdk-1.2.0.jar, IsotopeDiff.class
package org.openscience.cdk.tools.diff
IsotopeDiff.diff ( IChemObject first, IChemObject second ) [static]  :  String
IsotopeDiff.difference ( IChemObject first, IChemObject second ) [static]  :  IDifference
IsotopeDiff.IsotopeDiff ( )

cdk-1.2.0.jar, IsotopeFactory.class
package org.openscience.cdk.config
IsotopeFactory.getNaturalMass ( IElement element )  :  double

cdk-1.2.0.jar, IsotopePattern.class
package org.openscience.cdk.formula
IsotopePattern.addIsotope ( IsotopeContainer isoContainer )  :  void
IsotopePattern.clone ( )  :  Object
IsotopePattern.getCharge ( )  :  double
IsotopePattern.getIsotope ( int position )  :  IsotopeContainer
IsotopePattern.getIsotopes ( )  :  List
IsotopePattern.getMonoIsotope ( )  :  IsotopeContainer
IsotopePattern.getNumberOfIsotopes ( )  :  int
IsotopePattern.IsotopePattern ( )
IsotopePattern.setCharge ( double charge )  :  void
IsotopePattern.setMonoIsotope ( IsotopeContainer isoContainer )  :  void

cdk-1.2.0.jar, IsotopePatternGenerator.class
package org.openscience.cdk.formula
IsotopePatternGenerator.getIsotopes ( IMolecularFormula molFor )  :  IsotopePattern
IsotopePatternGenerator.IsotopePatternGenerator ( )
IsotopePatternGenerator.IsotopePatternGenerator ( double minAb )

cdk-1.2.0.jar, IsotopePatternManipulator.class
package org.openscience.cdk.formula
IsotopePatternManipulator.IsotopePatternManipulator ( )
IsotopePatternManipulator.normalize ( IsotopePattern isotopeP ) [static]  :  IsotopePattern
IsotopePatternManipulator.sortAndNormalizedByIntensity ( IsotopePattern isotopeP ) [static]  :  IsotopePattern
IsotopePatternManipulator.sortByIntensity ( IsotopePattern isotopeP ) [static]  :  IsotopePattern
IsotopePatternManipulator.sortByMass ( IsotopePattern isotopeP ) [static]  :  IsotopePattern

cdk-1.2.0.jar, IsotopePatternRule.class
package org.openscience.cdk.formula.rules
IsotopePatternRule.getParameters ( )  :  Object[ ]
IsotopePatternRule.IsotopePatternRule ( )
IsotopePatternRule.setParameters ( Object[ ] params )  :  void
IsotopePatternRule.validate ( IMolecularFormula formula )  :  double

cdk-1.2.0.jar, IsotopePatternSimilarity.class
package org.openscience.cdk.formula
IsotopePatternSimilarity.compare ( IsotopePattern isoto1, IsotopePattern isoto2 )  :  double
IsotopePatternSimilarity.getTolerance ( )  :  double
IsotopePatternSimilarity.IsotopePatternSimilarity ( )
IsotopePatternSimilarity.seTolerance ( double tolerance )  :  void

cdk-1.2.0.jar, IsProtonInAromaticSystemDescriptor.class
package org.openscience.cdk.qsar.descriptors.atomic
IsProtonInAromaticSystemDescriptor.getDescriptorNames ( )  :  String[ ]

cdk-1.2.0.jar, IsProtonInConjugatedPiSystemDescriptor.class
package org.openscience.cdk.qsar.descriptors.atomic
IsProtonInConjugatedPiSystemDescriptor.getDescriptorNames ( )  :  String[ ]

cdk-1.2.0.jar, IStrand.class
package org.openscience.cdk.interfaces
IStrand.getMonomers ( ) [abstract]  :  Map

cdk-1.2.0.jar, Iterable.class
package org.xmlpull.v1.builder
Iterable.iterator ( ) [abstract]  :  Iterator

cdk-1.2.0.jar, IteratingMDLConformerReader.class
package org.openscience.cdk.io.iterator
IteratingMDLConformerReader.hasNext ( )  :  boolean
IteratingMDLConformerReader.IteratingMDLConformerReader ( InputStream in, IChemObjectBuilder builder )
IteratingMDLConformerReader.IteratingMDLConformerReader ( Reader in, IChemObjectBuilder builder )
IteratingMDLConformerReader.next ( )  :  Object
IteratingMDLConformerReader.remove ( )  :  void

cdk-1.2.0.jar, IteratingMDLReader.class
package org.openscience.cdk.io.iterator
IteratingMDLReader.customizeJob ( )  :  void
IteratingMDLReader.getIOSettings ( )  :  IOSetting[ ]
IteratingMDLReader.next ( )  :  IChemObject
IteratingMDLReader.processIOSettingQuestion ( IOSetting setting )  :  void
IteratingMDLReader.setReader ( InputStream reader )  :  void
IteratingMDLReader.setReader ( Reader reader )  :  void

cdk-1.2.0.jar, IteratingPCCompoundASNReader.class
package org.openscience.cdk.io.iterator
IteratingPCCompoundASNReader.close ( )  :  void
IteratingPCCompoundASNReader.getFormat ( )  :  IResourceFormat
IteratingPCCompoundASNReader.hasNext ( )  :  boolean
IteratingPCCompoundASNReader.IteratingPCCompoundASNReader ( InputStream in, IChemObjectBuilder builder )
IteratingPCCompoundASNReader.IteratingPCCompoundASNReader ( Reader in, IChemObjectBuilder builder )
IteratingPCCompoundASNReader.next ( )  :  IChemObject
IteratingPCCompoundASNReader.next ( )  :  Object
IteratingPCCompoundASNReader.remove ( )  :  void
IteratingPCCompoundASNReader.setReader ( InputStream reader )  :  void
IteratingPCCompoundASNReader.setReader ( Reader reader )  :  void

cdk-1.2.0.jar, IteratingPCCompoundXMLReader.class
package org.openscience.cdk.io.iterator
IteratingPCCompoundXMLReader.close ( )  :  void
IteratingPCCompoundXMLReader.getFormat ( )  :  IResourceFormat
IteratingPCCompoundXMLReader.hasNext ( )  :  boolean
IteratingPCCompoundXMLReader.IteratingPCCompoundXMLReader ( InputStream in, IChemObjectBuilder builder )
IteratingPCCompoundXMLReader.IteratingPCCompoundXMLReader ( Reader in, IChemObjectBuilder builder )
IteratingPCCompoundXMLReader.next ( )  :  IChemObject
IteratingPCCompoundXMLReader.next ( )  :  Object
IteratingPCCompoundXMLReader.remove ( )  :  void
IteratingPCCompoundXMLReader.setReader ( InputStream reader )  :  void
IteratingPCCompoundXMLReader.setReader ( Reader reader )  :  void

cdk-1.2.0.jar, IteratingPCSubstancesXMLReader.class
package org.openscience.cdk.io.iterator
IteratingPCSubstancesXMLReader.close ( )  :  void
IteratingPCSubstancesXMLReader.getFormat ( )  :  IResourceFormat
IteratingPCSubstancesXMLReader.hasNext ( )  :  boolean
IteratingPCSubstancesXMLReader.IteratingPCSubstancesXMLReader ( InputStream in, IChemObjectBuilder builder )
IteratingPCSubstancesXMLReader.IteratingPCSubstancesXMLReader ( Reader in, IChemObjectBuilder builder )
IteratingPCSubstancesXMLReader.next ( )  :  IChemObject
IteratingPCSubstancesXMLReader.next ( )  :  Object
IteratingPCSubstancesXMLReader.remove ( )  :  void
IteratingPCSubstancesXMLReader.setReader ( InputStream reader )  :  void
IteratingPCSubstancesXMLReader.setReader ( Reader reader )  :  void

cdk-1.2.0.jar, IteratingSMILESReader.class
package org.openscience.cdk.io.iterator
IteratingSMILESReader.IteratingSMILESReader ( InputStream in, IChemObjectBuilder builder )
IteratingSMILESReader.IteratingSMILESReader ( Reader in, IChemObjectBuilder builder )
IteratingSMILESReader.next ( )  :  IChemObject
IteratingSMILESReader.setReader ( InputStream reader )  :  void
IteratingSMILESReader.setReader ( Reader reader )  :  void

cdk-1.2.0.jar, IViewEventRelay.class
package org.openscience.cdk.controller
IViewEventRelay.updateView ( ) [abstract]  :  void

cdk-1.2.0.jar, JarSource.class
package net.sf.jnati.deploy.source
JarSource.close ( )  :  void
JarSource.containsFile ( String path )  :  boolean
JarSource.getPath ( )  :  File
JarSource.isLocal ( )  :  boolean
JarSource.JarSource ( File file, Artefact artefact )
JarSource.JarSource ( JarFile jar, Artefact artefact )
JarSource.openFile ( String path )  :  InputStream

cdk-1.2.0.jar, Java2DRenderer.class
package org.openscience.cdk.renderer
Java2DRenderer.createRectangle2D ( IAtomContainer atomCon )  :  Rectangle2D
Java2DRenderer.distance2points ( double x0, double y0, double x1, double y1 ) [static]  :  double
Java2DRenderer.distance2points ( Point2d a, Point2d b ) [static]  :  double
Java2DRenderer.getCoorFromScreen ( int screenX, int screenY )  :  Point2d
Java2DRenderer.getRenderer2DModel ( )  :  Renderer2DModel
Java2DRenderer.getRingSet ( IAtomContainer atomContainer )  :  IRingSet
Java2DRenderer.Java2DRenderer ( Renderer2DModel model )
Java2DRenderer.paintAnyBond ( IBond bond, Color bondColor, Graphics2D graphics )  :  void
Java2DRenderer.paintAtom ( IAtomContainer container, IAtom atom, Graphics2D graphics )  :  void
Java2DRenderer.paintAtoms ( IAtomContainer atomCon, Graphics2D graphics )  :  void
Java2DRenderer.paintAtomSymbol ( IAtom atom, Graphics2D graphics, int alignment, boolean isRadical )  :  void
Java2DRenderer.paintBond ( IBond bond, Color bondColor, Graphics2D graphics )  :  void
Java2DRenderer.paintBonds ( IAtomContainer atomCon, IRingSet ringSet, Graphics2D graphics )  :  void
Java2DRenderer.paintChemModel ( IChemModel model, Graphics2D graphics )  :  void
Java2DRenderer.paintColouredAtomBackground ( IAtom atom, Color color, Graphics2D graphics )  :  void
Java2DRenderer.paintDashedWedgeBond ( IBond bond, Color bondColor, Graphics2D graphics )  :  void
Java2DRenderer.paintDoubleBond ( IBond bond, Color bondColor, Graphics2D graphics )  :  void
Java2DRenderer.paintInnerBond ( IBond bond, IRing ring, Color bondColor, Graphics2D graphics )  :  void
Java2DRenderer.paintMolecule ( IAtomContainer atomCon, Graphics2D graphics )  :  void
Java2DRenderer.paintMolecule ( IAtomContainer atomCon, Graphics2D graphics, Rectangle2D bounds )  :  void
Java2DRenderer.paintMoleculeSet ( IMoleculeSet moleculeSet, Graphics2D graphics )  :  void
Java2DRenderer.paintOneBond ( Line2D line, Color bondColor, Graphics2D graphics )  :  void
Java2DRenderer.paintReaction ( IReaction reaction, Graphics2D graphics )  :  void
Java2DRenderer.paintReactionSet ( IReactionSet reactionSet, Graphics2D graphics )  :  void
Java2DRenderer.paintRingBond ( IBond bond, IRing ring, Color bondColor, Graphics2D graphics )  :  void
Java2DRenderer.paintRingRing ( IRing ring, Color bondColor, Graphics2D graphics )  :  void
Java2DRenderer.paintSingleBond ( IBond bond, Color bondColor, Graphics2D graphics )  :  void
Java2DRenderer.paintTripleBond ( IBond bond, Color bondColor, Graphics2D graphics )  :  void
Java2DRenderer.paintWedgeBond ( IBond bond, Color bondColor, Graphics2D graphics )  :  void
Java2DRenderer.ringIsAromatic ( IRing ring )  :  boolean
Java2DRenderer.setRenderer2DModel ( Renderer2DModel model )  :  void
Java2DRenderer.showClosestAtomOrBond ( IAtomContainer container, Point2d ptSrc ) [static]  :  void

cdk-1.2.0.jar, JniInchiAtom.class
package net.sf.jniinchi
JniInchiAtom.getIsotopicMass ( )  :  int

cdk-1.2.0.jar, JniInchiException.class
package net.sf.jniinchi
JniInchiException.JniInchiException ( Throwable ex )

cdk-1.2.0.jar, JniInchiInput.class
package net.sf.jniinchi
JniInchiInput.JniInchiInput ( JniInchiStructure struct, String opts )

cdk-1.2.0.jar, JniInchiOutput.class
package net.sf.jniinchi
JniInchiOutput.JniInchiOutput ( INCHI_RET ret, String inchi, String auxInfo, String message, String log )
JniInchiOutput.JniInchiOutput ( int ret, String inchi, String auxInfo, String message, String log )
JniInchiOutput.setAuxInfo ( String auxInfo )  :  void
JniInchiOutput.setInchi ( String inchi )  :  void
JniInchiOutput.setLog ( String log )  :  void
JniInchiOutput.setMessage ( String message )  :  void
JniInchiOutput.setRetStatus ( INCHI_RET retStatus )  :  void
JniInchiOutput.toString ( )  :  String

cdk-1.2.0.jar, JniInchiOutputKey.class
package net.sf.jniinchi
JniInchiOutputKey.getCheckChar ( )  :  char
JniInchiOutputKey.getFirstBlock ( )  :  String
JniInchiOutputKey.getFlagChar ( )  :  char
JniInchiOutputKey.getFlagFixedH ( )  :  boolean
JniInchiOutputKey.getFlagIsotopic ( )  :  boolean
JniInchiOutputKey.getFlagStereo ( )  :  boolean
JniInchiOutputKey.getFlagVersion ( )  :  int
JniInchiOutputKey.getKey ( )  :  String
JniInchiOutputKey.getReturnStatus ( )  :  INCHI_KEY
JniInchiOutputKey.getSecondBlock ( )  :  String
JniInchiOutputKey.JniInchiOutputKey ( INCHI_KEY retStatus, String key )
JniInchiOutputKey.JniInchiOutputKey ( int ret, String key )

cdk-1.2.0.jar, JniInchiOutputStructure.class
package net.sf.jniinchi
JniInchiOutputStructure.JniInchiOutputStructure ( INCHI_RET value )
JniInchiOutputStructure.JniInchiOutputStructure ( int ret, String message, String log, long w00, long w01, long w10, long w11 )
JniInchiOutputStructure.setLog ( String log )  :  void
JniInchiOutputStructure.setMessage ( String message )  :  void
JniInchiOutputStructure.setRetStatus ( INCHI_RET retStatus )  :  void
JniInchiOutputStructure.setWarningFlags ( long f00, long f01, long f10, long f11 )  :  void
JniInchiOutputStructure.setWarningFlags ( long[ ][ ] warningFlags )  :  void

cdk-1.2.0.jar, JniInchiStereo0D.class
package net.sf.jniinchi
JniInchiStereo0D.getDisconnectedParity ( )  :  INCHI_PARITY
JniInchiStereo0D.getNeighbor ( int i )  :  JniInchiAtom

cdk-1.2.0.jar, JniInchiWrapper.class
package net.sf.jniinchi
JniInchiWrapper.checkInChIKey ( String key ) [static]  :  INCHI_KEY_STATUS
JniInchiWrapper.getInChIKey ( String inchi ) [static]  :  JniInchiOutputKey
JniInchiWrapper.LibInchiGetVersion ( ) [static]  :  String

cdk-1.2.0.jar, KappaShapeIndicesDescriptor.class
package org.openscience.cdk.qsar.descriptors.molecular
KappaShapeIndicesDescriptor.getDescriptorNames ( )  :  String[ ]

cdk-1.2.0.jar, KierHallSmartsDescriptor.class
package org.openscience.cdk.qsar.descriptors.molecular
KierHallSmartsDescriptor.calculate ( IAtomContainer container )  :  DescriptorValue
KierHallSmartsDescriptor.getDescriptorNames ( )  :  String[ ]
KierHallSmartsDescriptor.getDescriptorResultType ( )  :  IDescriptorResult
KierHallSmartsDescriptor.getParameterNames ( )  :  String[ ]
KierHallSmartsDescriptor.getParameters ( )  :  Object[ ]
KierHallSmartsDescriptor.getParameterType ( String name )  :  Object
KierHallSmartsDescriptor.getSpecification ( )  :  DescriptorSpecification
KierHallSmartsDescriptor.KierHallSmartsDescriptor ( )
KierHallSmartsDescriptor.setParameters ( Object[ ] params )  :  void

cdk-1.2.0.jar, LargestChainDescriptor.class
package org.openscience.cdk.qsar.descriptors.molecular
LargestChainDescriptor.getDescriptorNames ( )  :  String[ ]

cdk-1.2.0.jar, LargestPiSystemDescriptor.class
package org.openscience.cdk.qsar.descriptors.molecular
LargestPiSystemDescriptor.getDescriptorNames ( )  :  String[ ]

cdk-1.2.0.jar, LengthOverBreadthDescriptor.class
package org.openscience.cdk.qsar.descriptors.molecular
LengthOverBreadthDescriptor.getDescriptorNames ( )  :  String[ ]

cdk-1.2.0.jar, Line2.class
package org.xmlcml.euclid
Line2.contains ( Real2 point, double eps, boolean allowExtension )  :  boolean
Line2.flipCoordinates ( )  :  void
Line2.getAngleMadeWith ( Line2 line )  :  Angle
Line2.getDistanceFromPoint ( Real2 point )  :  double
Line2.getFrom ( )  :  Real2
Line2.getIntersection ( Line2 line1 )  :  Real2
Line2.getLambda ( Real2 p )  :  double
Line2.getLength ( )  :  double
Line2.getMidPoint ( )  :  Real2
Line2.getNearestPointOnLine ( Real2 point )  :  Real2
Line2.getSlope ( )  :  double
Line2.getTo ( )  :  Real2
Line2.getUnitVector ( )  :  Vector2
Line2.getVector ( )  :  Vector2
Line2.getXIntercept ( )  :  double
Line2.getXY ( int i )  :  Real2
Line2.getYIntercept ( )  :  double
Line2.Line2 ( Real2 from, Real2 to )
Line2.Line2 ( Real2 from, Vector2 v )
Line2.setXY ( Real2 xy, int i )  :  void
Line2.toString ( )  :  String

cdk-1.2.0.jar, LinearRegressionModel.class
package org.openscience.cdk.qsar.model.R
LinearRegressionModel.build ( )  :  void
LinearRegressionModel.finalize ( )  :  void
LinearRegressionModel.getFitCoefficients ( )  :  double[ ]
LinearRegressionModel.getFitDFResidual ( )  :  int
LinearRegressionModel.getFitFitted ( )  :  double[ ]
LinearRegressionModel.getFitRank ( )  :  int
LinearRegressionModel.getFitResiduals ( )  :  double[ ]
LinearRegressionModel.getPredictDF ( )  :  int
LinearRegressionModel.getPredictLowerBound ( )  :  double[ ]
LinearRegressionModel.getPredictPredicted ( )  :  double[ ]
LinearRegressionModel.getPredictResidualScale ( )  :  double
LinearRegressionModel.getPredictSEPredictions ( )  :  double[ ]
LinearRegressionModel.getPredictUpperBound ( )  :  double[ ]
LinearRegressionModel.LinearRegressionModel ( )
LinearRegressionModel.LinearRegressionModel ( double[ ][ ] xx, double[ ] yy )
LinearRegressionModel.LinearRegressionModel ( double[ ][ ] xx, double[ ] yy, double[ ] weights )
LinearRegressionModel.loadModel ( String fileName )  :  void
LinearRegressionModel.loadModel ( String serializedModel, String modelName )  :  void
LinearRegressionModel.predict ( )  :  void
LinearRegressionModel.setParameters ( String key, Object obj )  :  void
LinearRegressionModel.summary ( )  :  R.LinearRegressionModelSummary
package org.openscience.cdk.qsar.model.R2
LinearRegressionModel.build ( )  :  void
LinearRegressionModel.getAssign ( )  :  int[ ]
LinearRegressionModel.getCoefficients ( )  :  double[ ]
LinearRegressionModel.getDfResidual ( )  :  int
LinearRegressionModel.getEffects ( )  :  double[ ]
LinearRegressionModel.getFittedValues ( )  :  double[ ]
LinearRegressionModel.getModel ( )  :  JRI.RList
LinearRegressionModel.getModelPredict ( )  :  JRI.RList
LinearRegressionModel.getQr ( )  :  JRI.RList
LinearRegressionModel.getRank ( )  :  int
LinearRegressionModel.getResiduals ( )  :  double[ ]
LinearRegressionModel.getXlevels ( )  :  JRI.RList
LinearRegressionModel.LinearRegressionModel ( )
LinearRegressionModel.LinearRegressionModel ( double[ ][ ] xx, double[ ] yy )
LinearRegressionModel.LinearRegressionModel ( double[ ][ ] xx, double[ ] yy, double[ ] weights )
LinearRegressionModel.loadModel ( String fileName )  :  void
LinearRegressionModel.loadModel ( String serializedModel, String modelName )  :  void
LinearRegressionModel.predict ( )  :  void
LinearRegressionModel.setParameters ( String key, Object obj )  :  void
LinearRegressionModel.summary ( )  :  JRI.RList

cdk-1.2.0.jar, LinearRegressionModelFit.class
package org.openscience.cdk.qsar.model.R
LinearRegressionModelFit.getCoefficients ( )  :  double[ ]
LinearRegressionModelFit.getdfResidual ( )  :  int
LinearRegressionModelFit.getFitted ( )  :  double[ ]
LinearRegressionModelFit.getRank ( )  :  int
LinearRegressionModelFit.getResiduals ( )  :  double[ ]
LinearRegressionModelFit.LinearRegressionModelFit ( double[ ] coeff, double[ ] res, double[ ] fitted, int rank, int degreesOfFreedom )
LinearRegressionModelFit.setCoefficients ( double[ ] coeff )  :  void
LinearRegressionModelFit.setdfResidual ( int degreesOfFreedom )  :  void
LinearRegressionModelFit.setFitted ( double[ ] fitted )  :  void
LinearRegressionModelFit.setRank ( int rank )  :  void
LinearRegressionModelFit.setResiduals ( double[ ] residuals )  :  void

cdk-1.2.0.jar, LinearRegressionModelPredict.class
package org.openscience.cdk.qsar.model.R
LinearRegressionModelPredict.getDF ( )  :  int
LinearRegressionModelPredict.getLower ( )  :  double[ ]
LinearRegressionModelPredict.getPredicted ( )  :  double[ ]
LinearRegressionModelPredict.getResidualScale ( )  :  double
LinearRegressionModelPredict.getSEFit ( )  :  double[ ]
LinearRegressionModelPredict.getUpper ( )  :  double[ ]
LinearRegressionModelPredict.LinearRegressionModelPredict ( double predicted, double standardErrors, double lowerBounds, double upperBounds, int degreesOfFreedom, double residualScale )
LinearRegressionModelPredict.LinearRegressionModelPredict ( double[ ] predicted, double[ ] standardErrors, double[ ] lowerBounds, double[ ] upperBounds, int degreesOfFreedom, double residualScale )
LinearRegressionModelPredict.setDF ( int degreesOfFreedom )  :  void
LinearRegressionModelPredict.setLower ( double[ ] lowerBounds )  :  void
LinearRegressionModelPredict.setPredicted ( double[ ] predicted )  :  void
LinearRegressionModelPredict.setResidualScale ( double scale )  :  void
LinearRegressionModelPredict.setSEFit ( double[ ] standardErrors )  :  void
LinearRegressionModelPredict.setUpper ( double[ ] upperBounds )  :  void

cdk-1.2.0.jar, LinearRegressionModelSummary.class
package org.openscience.cdk.qsar.model.R
LinearRegressionModelSummary.getAdjRSQ ( )  :  double
LinearRegressionModelSummary.getCoeff ( )  :  double[ ][ ]
LinearRegressionModelSummary.getFStatistic ( )  :  double
LinearRegressionModelSummary.getFStatisticDF ( )  :  int[ ]
LinearRegressionModelSummary.getResiduals ( )  :  double[ ]
LinearRegressionModelSummary.getRSQ ( )  :  double
LinearRegressionModelSummary.getSigma ( )  :  double[ ]
LinearRegressionModelSummary.LinearRegressionModelSummary ( double[ ] residuals, double[ ] coeff, double sigma, double rsq, double adjrsq, int df, double[ ] fstat, String[ ] coeffRowNames, String[ ] coeffColNames )

cdk-1.2.0.jar, LoadNativeLibraryException.class
package net.sf.jniinchi
LoadNativeLibraryException.LoadNativeLibraryException ( Throwable ex )

cdk-1.2.0.jar, LocalRepository.class
package net.sf.jnati.deploy.repository
LocalRepository.containsArtefact ( Artefact artefact )  :  boolean
LocalRepository.createArtefact ( Artefact artefact )  :  File
LocalRepository.getArtefactSource ( Artefact artefact )  :  List
LocalRepository.LocalRepository ( File root )

cdk-1.2.0.jar, LogicalOperatorAtom.class
package org.openscience.cdk.isomorphism.matchers.smarts
LogicalOperatorAtom.getFlag ( int flagType )  :  boolean
LogicalOperatorAtom.getLeft ( )  :  IQueryAtom
LogicalOperatorAtom.getOperator ( )  :  String
LogicalOperatorAtom.getRight ( )  :  IQueryAtom
LogicalOperatorAtom.LogicalOperatorAtom ( )
LogicalOperatorAtom.matches ( IAtom atom )  :  boolean
LogicalOperatorAtom.setLeft ( IQueryAtom left )  :  void
LogicalOperatorAtom.setOperator ( String name )  :  void
LogicalOperatorAtom.setRight ( IQueryAtom right )  :  void

cdk-1.2.0.jar, LogicalOperatorBond.class
package org.openscience.cdk.isomorphism.matchers.smarts
LogicalOperatorBond.getLeft ( )  :  IQueryBond
LogicalOperatorBond.getOperator ( )  :  String
LogicalOperatorBond.getRight ( )  :  IQueryBond
LogicalOperatorBond.LogicalOperatorBond ( )
LogicalOperatorBond.matches ( IBond bond )  :  boolean
LogicalOperatorBond.setAtoms ( IAtom[ ] atoms )  :  void
LogicalOperatorBond.setLeft ( IQueryBond left )  :  void
LogicalOperatorBond.setOperator ( String name )  :  void
LogicalOperatorBond.setRight ( IQueryBond right )  :  void

cdk-1.2.0.jar, LonePair.class
package org.openscience.cdk
LonePair.getElectronCount ( )  :  Integer

cdk-1.2.0.jar, LonePairDiff.class
package org.openscience.cdk.tools.diff
LonePairDiff.diff ( IChemObject first, IChemObject second ) [static]  :  String
LonePairDiff.difference ( IChemObject first, IChemObject second ) [static]  :  IDifference
LonePairDiff.LonePairDiff ( )

cdk-1.2.0.jar, LonePairElectronChecker.class
package org.openscience.cdk.tools
LonePairElectronChecker.saturate ( IAtom atom, IAtomContainer ac )  :  void
LonePairElectronChecker.saturate ( IAtomContainer atomContainer )  :  void

cdk-1.2.0.jar, LongestAliphaticChainDescriptor.class
package org.openscience.cdk.qsar.descriptors.molecular
LongestAliphaticChainDescriptor.getDescriptorNames ( )  :  String[ ]

cdk-1.2.0.jar, MACCSFingerprinter.class
package org.openscience.cdk.fingerprint
MACCSFingerprinter.getFingerprint ( IAtomContainer atomContainer )  :  BitSet
MACCSFingerprinter.getSize ( )  :  int
MACCSFingerprinter.MACCSFingerprinter ( )

cdk-1.2.0.jar, ManifestReader.class
package net.sf.jnati.deploy.artefact
ManifestReader.ManifestReader ( )
ManifestReader.read ( InputStream is, Artefact artefact )  :  void

cdk-1.2.0.jar, Mapping.class
package org.openscience.cdk
Mapping.relatedChemObjects ( )  :  Iterable
package org.xmlcml.cml.element
CMLReaction.Mapping.valueOf ( String name ) [static]  :  CMLReaction.Mapping
CMLReaction.Mapping.values ( ) [static]  :  CMLReaction.Mapping[ ]

cdk-1.2.0.jar, MassToFormulaTool.class
package org.openscience.cdk.formula
MassToFormulaTool.generate ( double mass )  :  IMolecularFormulaSet
MassToFormulaTool.getRestrictions ( )  :  List
MassToFormulaTool.MassToFormulaTool ( IChemObjectBuilder builder )
MassToFormulaTool.setDefaultRestrictions ( )  :  void
MassToFormulaTool.setRestrictions ( List rulesNew )  :  void

cdk-1.2.0.jar, MDEDescriptor.class
package org.openscience.cdk.qsar.descriptors.molecular
MDEDescriptor.getDescriptorNames ( )  :  String[ ]

cdk-1.2.0.jar, MDLReader.class
package org.openscience.cdk.io
MDLReader.MDLReader ( InputStream in, IChemObjectReader.Mode mode )
MDLReader.MDLReader ( Reader in, IChemObjectReader.Mode mode )

cdk-1.2.0.jar, MDLRXNReader.class
package org.openscience.cdk.io
MDLRXNReader.MDLRXNReader ( InputStream input, IChemObjectReader.Mode mode )
MDLRXNReader.MDLRXNReader ( Reader in, IChemObjectReader.Mode mode )

cdk-1.2.0.jar, MDLRXNV2000Reader.class
package org.openscience.cdk.io
MDLRXNV2000Reader.MDLRXNV2000Reader ( InputStream input, IChemObjectReader.Mode mode )
MDLRXNV2000Reader.MDLRXNV2000Reader ( Reader in, IChemObjectReader.Mode mode )

cdk-1.2.0.jar, MDLRXNV3000Reader.class
package org.openscience.cdk.io
MDLRXNV3000Reader.MDLRXNV3000Reader ( InputStream input, IChemObjectReader.Mode mode )
MDLRXNV3000Reader.MDLRXNV3000Reader ( Reader in, IChemObjectReader.Mode mode )

cdk-1.2.0.jar, MDLV2000Reader.class
package org.openscience.cdk.io
MDLV2000Reader.MDLV2000Reader ( InputStream in, IChemObjectReader.Mode mode )
MDLV2000Reader.MDLV2000Reader ( Reader in, IChemObjectReader.Mode mode )

cdk-1.2.0.jar, MDLV3000Reader.class
package org.openscience.cdk.io
MDLV3000Reader.MDLV3000Reader ( InputStream input, IChemObjectReader.Mode mode )
MDLV3000Reader.MDLV3000Reader ( Reader in, IChemObjectReader.Mode mode )

cdk-1.2.0.jar, MDLWriter.class
package org.openscience.cdk.io
MDLWriter.writeMolecule ( IAtomContainer container )  :  void

cdk-1.2.0.jar, Message.class
package org.xmlcml.cml.element
CMLBond.Message.valueOf ( String name ) [static]  :  CMLBond.Message
CMLBond.Message.values ( ) [static]  :  CMLBond.Message[ ]
CMLBondArray.Message.valueOf ( String name ) [static]  :  CMLBondArray.Message
CMLBondArray.Message.values ( ) [static]  :  CMLBondArray.Message[ ]
package org.xmlcml.euclid
Util.Message.valueOf ( String name ) [static]  :  Util.Message
Util.Message.values ( ) [static]  :  Util.Message[ ]

cdk-1.2.0.jar, MetadataNameAttribute.class
package org.xmlcml.cml.attribute
MetadataNameAttribute.MetadataNameAttribute ( )
MetadataNameAttribute.MetadataNameAttribute ( Attribute att )
MetadataNameAttribute.MetadataNameAttribute ( String name, String value )

cdk-1.2.0.jar, MM2AtomTypeMatcher.class
package org.openscience.cdk.atomtype
MM2AtomTypeMatcher.findMatchingAtomType ( IAtomContainer atomContainer )  :  IAtomType[ ]

cdk-1.2.0.jar, MM2BasedAtomTypePattern.class
package org.openscience.cdk.modeling.builder3d
MM2BasedAtomTypePattern.getAtomTypePatterns ( )  :  List

cdk-1.2.0.jar, MM2BasedParameterSetReader.class
package org.openscience.cdk.modeling.builder3d
MM2BasedParameterSetReader.getAtomTypes ( )  :  List
MM2BasedParameterSetReader.getParamterSet ( )  :  Map

cdk-1.2.0.jar, MMElementRule.class
package org.openscience.cdk.formula.rules
MMElementRule.getParameters ( )  :  Object[ ]
MMElementRule.MMElementRule ( )
MMElementRule.setParameters ( Object[ ] params )  :  void
MMElementRule.validate ( IMolecularFormula formula )  :  double

cdk-1.2.0.jar, MMFF94AtomTypeMatcher.class
package org.openscience.cdk.atomtype
MMFF94AtomTypeMatcher.findMatchingAtomType ( IAtomContainer atomContainer )  :  IAtomType[ ]

cdk-1.2.0.jar, MMFF94BasedAtomTypePattern.class
package org.openscience.cdk.modeling.builder3d
MMFF94BasedAtomTypePattern.getAtomTypePatterns ( )  :  List

cdk-1.2.0.jar, MMFF94BasedParameterSetReader.class
package org.openscience.cdk.modeling.builder3d
MMFF94BasedParameterSetReader.getAtomTypes ( )  :  List
MMFF94BasedParameterSetReader.getParamterSet ( )  :  Map

cdk-1.2.0.jar, MMFF94EnergyFunction.class
package org.openscience.cdk.modeling.forcefield
MMFF94EnergyFunction.MMFF94EnergyFunction ( IAtomContainer molecule, Map mmff94Tables )

cdk-1.2.0.jar, MMFF94ParametersCall.class
package org.openscience.cdk.modeling.builder3d
MMFF94ParametersCall.getAngleData ( String angleType, String id1, String id2, String id3 )  :  List
MMFF94ParametersCall.getBondAngleInteractionData ( String strbndType, String id1, String id2, String id3 )  :  List
MMFF94ParametersCall.getBondData ( String code, String id1, String id2 )  :  List
MMFF94ParametersCall.getDefaultStretchBendData ( int iR, int jR, int kR )  :  List
MMFF94ParametersCall.getTorsionData ( String code, String id1, String id2, String id3, String id4 )  :  List
MMFF94ParametersCall.initialize ( Map parameterSet )  :  void

cdk-1.2.0.jar, MMFF94PartialCharges.class
package org.openscience.cdk.charges
MMFF94PartialCharges.calculateCharges ( IAtomContainer container )  :  void

cdk-1.2.0.jar, Mode.class
package org.openscience.cdk.io
IChemObjectReader.Mode.valueOf ( String name ) [static]  :  IChemObjectReader.Mode
IChemObjectReader.Mode.values ( ) [static]  :  IChemObjectReader.Mode[ ]

cdk-1.2.0.jar, MolecularFormula.class
package org.openscience.cdk.formula
MolecularFormula.add ( IMolecularFormula formula )  :  IMolecularFormula
MolecularFormula.addIsotope ( IIsotope isotope )  :  IMolecularFormula
MolecularFormula.addIsotope ( IIsotope isotope, int count )  :  IMolecularFormula
MolecularFormula.clone ( )  :  Object
MolecularFormula.contains ( IIsotope isotope )  :  boolean
MolecularFormula.getBuilder ( )  :  IChemObjectBuilder
MolecularFormula.getCharge ( )  :  Integer
MolecularFormula.getIsotopeCount ( )  :  int
MolecularFormula.getIsotopeCount ( IIsotope isotope )  :  int
MolecularFormula.getProperties ( )  :  Map
MolecularFormula.getProperty ( Object description )  :  Object
MolecularFormula.isotopes ( )  :  Iterable
MolecularFormula.MolecularFormula ( )
MolecularFormula.removeAllIsotopes ( )  :  void
MolecularFormula.removeIsotope ( IIsotope isotope )  :  void
MolecularFormula.removeProperty ( Object description )  :  void
MolecularFormula.setCharge ( Integer charge )  :  void
MolecularFormula.setProperties ( Map properties )  :  void
MolecularFormula.setProperty ( Object description, Object property )  :  void

cdk-1.2.0.jar, MolecularFormulaChecker.class
package org.openscience.cdk.formula
MolecularFormulaChecker.getRules ( )  :  List
MolecularFormulaChecker.isValid ( IMolecularFormula formula )  :  IMolecularFormula
MolecularFormulaChecker.isValidSum ( IMolecularFormula formula )  :  Double
MolecularFormulaChecker.MolecularFormulaChecker ( List rules )

cdk-1.2.0.jar, MolecularFormulaManipulator.class
package org.openscience.cdk.tools.manipulator
MolecularFormulaManipulator.compare ( IMolecularFormula formula1, IMolecularFormula formula2 ) [static]  :  boolean
MolecularFormulaManipulator.containsElement ( IMolecularFormula formula, IElement element ) [static]  :  boolean
MolecularFormulaManipulator.elements ( IMolecularFormula formula ) [static]  :  List
MolecularFormulaManipulator.generateOrderEle ( ) [static]  :  String[ ]
MolecularFormulaManipulator.getAtomContainer ( IMolecularFormula formula ) [static]  :  IAtomContainer
MolecularFormulaManipulator.getAtomContainer ( IMolecularFormula formula, IAtomContainer atomContainer ) [static]  :  IAtomContainer
MolecularFormulaManipulator.getAtomCount ( IMolecularFormula formula ) [static]  :  int
MolecularFormulaManipulator.getDBE ( IMolecularFormula formula ) [static]  :  double
MolecularFormulaManipulator.getElementCount ( IMolecularFormula formula, IElement element ) [static]  :  int
MolecularFormulaManipulator.getHeavyElements ( IMolecularFormula formula ) [static]  :  List
MolecularFormulaManipulator.getHillString ( IMolecularFormula formula ) [static]  :  String
MolecularFormulaManipulator.getHTML ( IMolecularFormula formula ) [static]  :  String
MolecularFormulaManipulator.getHTML ( IMolecularFormula formula, boolean chargeB, boolean isotopeB ) [static]  :  String
MolecularFormulaManipulator.getIsotopes ( IMolecularFormula formula, IElement element ) [static]  :  List
MolecularFormulaManipulator.getMajorIsotopeMass ( IMolecularFormula formula ) [static]  :  double
MolecularFormulaManipulator.getMajorIsotopeMolecularFormula ( String stringMF, IChemObjectBuilder builder ) [static]  :  IMolecularFormula
MolecularFormulaManipulator.getMolecularFormula ( IAtomContainer atomContainer ) [static]  :  IMolecularFormula
MolecularFormulaManipulator.getMolecularFormula ( IAtomContainer atomContainer, IMolecularFormula formula ) [static]  :  IMolecularFormula
MolecularFormulaManipulator.getMolecularFormula ( String stringMF, IChemObjectBuilder builder ) [static]  :  IMolecularFormula
MolecularFormulaManipulator.getMolecularFormula ( String stringMF, IMolecularFormula formula ) [static]  :  IMolecularFormula
MolecularFormulaManipulator.getNaturalExactMass ( IMolecularFormula formula ) [static]  :  double
MolecularFormulaManipulator.getString ( IMolecularFormula formula ) [static]  :  String
MolecularFormulaManipulator.getString ( IMolecularFormula formula, boolean setOne ) [static]  :  String
MolecularFormulaManipulator.getString ( IMolecularFormula formula, String[ ] orderElements, boolean setOne ) [static]  :  String
MolecularFormulaManipulator.getTotalExactMass ( IMolecularFormula formula ) [static]  :  double
MolecularFormulaManipulator.getTotalMassNumber ( IMolecularFormula formula ) [static]  :  double
MolecularFormulaManipulator.getTotalNaturalAbundance ( IMolecularFormula formula ) [static]  :  double
MolecularFormulaManipulator.MolecularFormulaManipulator ( )
MolecularFormulaManipulator.putInOrder ( String[ ] orderElements, IMolecularFormula formula ) [static]  :  List
MolecularFormulaManipulator.removeElement ( IMolecularFormula formula, IElement element ) [static]  :  IMolecularFormula
MolecularFormulaManipulator.simplifyMolecularFormula ( String formula ) [static]  :  String

cdk-1.2.0.jar, MolecularFormulaRange.class
package org.openscience.cdk.formula
MolecularFormulaRange.addIsotope ( IIsotope isotope, int countMin, int countMax )  :  void
MolecularFormulaRange.clone ( )  :  Object
MolecularFormulaRange.contains ( IIsotope isotope )  :  boolean
MolecularFormulaRange.getIsotopeCount ( )  :  int
MolecularFormulaRange.getIsotopeCountMax ( IIsotope isotope )  :  int
MolecularFormulaRange.getIsotopeCountMin ( IIsotope isotope )  :  int
MolecularFormulaRange.isotopes ( )  :  Iterable
MolecularFormulaRange.MolecularFormulaRange ( )
MolecularFormulaRange.removeAllIsotopes ( )  :  void
MolecularFormulaRange.removeIsotope ( IIsotope isotope )  :  void

cdk-1.2.0.jar, MolecularFormulaRangeManipulator.class
package org.openscience.cdk.tools.manipulator
MolecularFormulaRangeManipulator.getMaximalFormula ( MolecularFormulaRange mfRange, IChemObjectBuilder builder ) [static]  :  IMolecularFormula
MolecularFormulaRangeManipulator.getMinimalFormula ( MolecularFormulaRange mfRange, IChemObjectBuilder builder ) [static]  :  IMolecularFormula
MolecularFormulaRangeManipulator.getRange ( IMolecularFormulaSet mfSet ) [static]  :  MolecularFormulaRange
MolecularFormulaRangeManipulator.MolecularFormulaRangeManipulator ( )

cdk-1.2.0.jar, MolecularFormulaSet.class
package org.openscience.cdk.formula
MolecularFormulaSet.add ( IMolecularFormulaSet formulaSet )  :  void
MolecularFormulaSet.addMolecularFormula ( IMolecularFormula formula )  :  void
MolecularFormulaSet.clone ( )  :  Object
MolecularFormulaSet.contains ( IMolecularFormula formula )  :  boolean
MolecularFormulaSet.getBuilder ( )  :  IChemObjectBuilder
MolecularFormulaSet.getMolecularFormula ( int position )  :  IMolecularFormula
MolecularFormulaSet.iterator ( )  :  Iterator
MolecularFormulaSet.molecularFormulas ( )  :  Iterable
MolecularFormulaSet.MolecularFormulaSet ( )
MolecularFormulaSet.MolecularFormulaSet ( IMolecularFormula formula )
MolecularFormulaSet.removeAllMolecularFormulas ( )  :  void
MolecularFormulaSet.removeMolecularFormula ( IMolecularFormula formula )  :  void
MolecularFormulaSet.removeMolecularFormula ( int position )  :  void
MolecularFormulaSet.size ( )  :  int

cdk-1.2.0.jar, MolecularFormulaSetManipulator.class
package org.openscience.cdk.tools.manipulator
MolecularFormulaSetManipulator.contains ( IMolecularFormulaSet formulaSet, IMolecularFormula formula ) [static]  :  boolean
MolecularFormulaSetManipulator.getMaxOccurrenceElements ( IMolecularFormulaSet mfSet ) [static]  :  IMolecularFormula
MolecularFormulaSetManipulator.getMinOccurrenceElements ( IMolecularFormulaSet mfSet ) [static]  :  IMolecularFormula
MolecularFormulaSetManipulator.MolecularFormulaSetManipulator ( )
MolecularFormulaSetManipulator.remove ( IMolecularFormulaSet formulaSet, IMolecularFormula formulaMin, IMolecularFormula formulaMax ) [static]  :  IMolecularFormulaSet
MolecularFormulaSetManipulator.remove ( IMolecularFormulaSet formulaSet, MolecularFormulaRange formulaRange ) [static]  :  IMolecularFormulaSet

cdk-1.2.0.jar, MoleculeFactory.class
package org.openscience.cdk.templates
MoleculeFactory.make123Triazole ( ) [static]  :  Molecule
MoleculeFactory.make124Triazole ( ) [static]  :  Molecule
MoleculeFactory.makeAdenine ( ) [static]  :  IMolecule
MoleculeFactory.makeCyclobutadiene ( ) [static]  :  Molecule
MoleculeFactory.makeImidazole ( ) [static]  :  Molecule
MoleculeFactory.makeIsothiazole ( ) [static]  :  Molecule
MoleculeFactory.makeIsoxazole ( ) [static]  :  Molecule
MoleculeFactory.makeOxadiazole ( ) [static]  :  Molecule
MoleculeFactory.makeOxazole ( ) [static]  :  Molecule
MoleculeFactory.makePhenylAmine ( ) [static]  :  Molecule
MoleculeFactory.makePiperidine ( ) [static]  :  Molecule
MoleculeFactory.makePyrazole ( ) [static]  :  Molecule
MoleculeFactory.makePyridazine ( ) [static]  :  Molecule
MoleculeFactory.makePyridine ( ) [static]  :  Molecule
MoleculeFactory.makePyridineOxide ( ) [static]  :  Molecule
MoleculeFactory.makePyrimidine ( ) [static]  :  Molecule
MoleculeFactory.makePyrroleAnion ( ) [static]  :  Molecule
MoleculeFactory.makeTetrahydropyran ( ) [static]  :  Molecule
MoleculeFactory.makeTetrazole ( ) [static]  :  Molecule
MoleculeFactory.makeThiadiazole ( ) [static]  :  Molecule
MoleculeFactory.makeTriazine ( ) [static]  :  Molecule

cdk-1.2.0.jar, MoleculePointer.class
package org.xmlcml.cml.element
CMLJoin.MoleculePointer.valueOf ( String name ) [static]  :  CMLJoin.MoleculePointer
CMLJoin.MoleculePointer.values ( ) [static]  :  CMLJoin.MoleculePointer[ ]

cdk-1.2.0.jar, MoleculeSet.class
package org.openscience.cdk
MoleculeSet.molecules ( )  :  Iterable

cdk-1.2.0.jar, MomentOfInertiaDescriptor.class
package org.openscience.cdk.qsar.descriptors.molecular
MomentOfInertiaDescriptor.getDescriptorNames ( )  :  String[ ]

cdk-1.2.0.jar, Monomer.class
package org.openscience.cdk
Monomer.toString ( )  :  String

cdk-1.2.0.jar, MorganNumbersTools.class
package org.openscience.cdk.graph.invariant
MorganNumbersTools.getMorganNumbers ( IAtomContainer atomContainer ) [static]  :  long[ ]

cdk-1.2.0.jar, MXParser.class
package org.xmlpull.mxp1
MXParser.defineEntityReplacementText ( String entityName, String replacementText )  :  void
MXParser.ensureAttributesCapacity ( int size )  :  void
MXParser.ensureElementsCapacity ( )  :  void
MXParser.ensureEntityCapacity ( )  :  void
MXParser.ensureNamespacesCapacity ( int size )  :  void
MXParser.ensurePC ( int end )  :  void
MXParser.fastHash ( char[ ] ch, int off, int len ) [static]  :  int
MXParser.fillBuf ( )  :  void
MXParser.getAttributeCount ( )  :  int
MXParser.getAttributeName ( int index )  :  String
MXParser.getAttributeNamespace ( int index )  :  String
MXParser.getAttributePrefix ( int index )  :  String
MXParser.getAttributeType ( int index )  :  String
MXParser.getAttributeValue ( int index )  :  String
MXParser.getAttributeValue ( String namespace, String name )  :  String
MXParser.getColumnNumber ( )  :  int
MXParser.getDepth ( )  :  int
MXParser.getEventType ( )  :  int
MXParser.getFeature ( String name )  :  boolean
MXParser.getInputEncoding ( )  :  String
MXParser.getLineNumber ( )  :  int
MXParser.getName ( )  :  String
MXParser.getNamespace ( )  :  String
MXParser.getNamespace ( String prefix )  :  String
MXParser.getNamespaceCount ( int depth )  :  int
MXParser.getNamespacePrefix ( int pos )  :  String
MXParser.getNamespaceUri ( int pos )  :  String
MXParser.getPositionDescription ( )  :  String
MXParser.getPrefix ( )  :  String
MXParser.getProperty ( String name )  :  Object
MXParser.getText ( )  :  String
MXParser.getTextCharacters ( int[ ] holderForStartAndLength )  :  char[ ]
MXParser.isAttributeDefault ( int index )  :  boolean
MXParser.isEmptyElementTag ( )  :  boolean
MXParser.isNameChar ( char ch )  :  boolean
MXParser.isNameStartChar ( char ch )  :  boolean
MXParser.isS ( char ch )  :  boolean
MXParser.isWhitespace ( )  :  boolean
MXParser.joinPC ( )  :  void
MXParser.lookuEntityReplacement ( int entitNameLen )  :  char[ ]
MXParser.more ( )  :  char
MXParser.MXParser ( )
MXParser.newString ( char[ ] cbuf, int off, int len )  :  String
MXParser.newStringIntern ( char[ ] cbuf, int off, int len )  :  String
MXParser.next ( )  :  int
MXParser.nextImpl ( )  :  int
MXParser.nextTag ( )  :  int
MXParser.nextText ( )  :  String
MXParser.nextToken ( )  :  int
MXParser.parseAttribute ( )  :  char
MXParser.parseCDSect ( boolean hadCharData )  :  void
MXParser.parseComment ( )  :  void
MXParser.parseDocdecl ( )  :  void
MXParser.parseEndTag ( )  :  int
MXParser.parseEntityRef ( )  :  char[ ]
MXParser.parseEpilog ( )  :  int
MXParser.parsePI ( )  :  boolean
MXParser.parseProlog ( )  :  int
MXParser.parseStartTag ( )  :  int
MXParser.parseXmlDecl ( char ch )  :  void
MXParser.parseXmlDeclWithVersion ( int versionStart, int versionEnd )  :  void
MXParser.printable ( char ch )  :  String
MXParser.printable ( String s )  :  String
MXParser.require ( int type, String namespace, String name )  :  void
MXParser.requireInput ( char ch, char[ ] input )  :  char
MXParser.requireNextS ( )  :  char
MXParser.reset ( )  :  void
MXParser.resetStringCache ( )  :  void
MXParser.setFeature ( String name, boolean state )  :  void
MXParser.setInput ( InputStream inputStream, String inputEncoding )  :  void
MXParser.setInput ( Reader in )  :  void
MXParser.setProperty ( String name, Object value )  :  void
MXParser.skipS ( char ch )  :  char
MXParser.skipSubTree ( )  :  void

cdk-1.2.0.jar, MXParserCachingStrings.class
package org.xmlpull.mxp1
MXParserCachingStrings.clone ( )  :  Object
MXParserCachingStrings.finalize ( )  :  void
MXParserCachingStrings.getFeature ( String name )  :  boolean
MXParserCachingStrings.initStringCache ( )  :  void
MXParserCachingStrings.MXParserCachingStrings ( )
MXParserCachingStrings.newString ( char[ ] cbuf, int off, int len )  :  String
MXParserCachingStrings.newStringIntern ( char[ ] cbuf, int off, int len )  :  String
MXParserCachingStrings.resetStringCache ( )  :  void
MXParserCachingStrings.setFeature ( String name, boolean state )  :  void

cdk-1.2.0.jar, MXParserFactory.class
package org.xmlpull.mxp1
MXParserFactory.MXParserFactory ( )
MXParserFactory.newPullParser ( )  :  XmlPullParser
MXParserFactory.newSerializer ( )  :  XmlSerializer

cdk-1.2.0.jar, MXParserNonValidating.class
package org.xmlpull.mxp1
MXParserNonValidating.getFeature ( String name )  :  boolean
MXParserNonValidating.lookuEntityReplacement ( int entitNameLen )  :  char[ ]
MXParserNonValidating.more ( )  :  char
MXParserNonValidating.MXParserNonValidating ( )
MXParserNonValidating.parseDocdecl ( )  :  void
MXParserNonValidating.processAttlistDecl ( char ch )  :  void
MXParserNonValidating.processElementDecl ( char ch )  :  void
MXParserNonValidating.processEntityDecl ( char ch )  :  void
MXParserNonValidating.processExternalId ( char ch )  :  char
MXParserNonValidating.processInternalSubset ( )  :  void
MXParserNonValidating.processMarkupDecl ( char ch )  :  void
MXParserNonValidating.processNotationDecl ( char ch )  :  void
MXParserNonValidating.processPEReference ( )  :  void
MXParserNonValidating.readName ( char ch )  :  char
MXParserNonValidating.setFeature ( String name, boolean state )  :  void

cdk-1.2.0.jar, MXSerializer.class
package org.xmlpull.mxp1_serializer
MXSerializer.attribute ( String namespace, String name, String value )  :  XmlSerializer
MXSerializer.cdsect ( String text )  :  void
MXSerializer.closeStartTag ( )  :  void
MXSerializer.comment ( String text )  :  void
MXSerializer.docdecl ( String text )  :  void
MXSerializer.endDocument ( )  :  void
MXSerializer.endTag ( String namespace, String name )  :  XmlSerializer
MXSerializer.ensureElementsCapacity ( )  :  void
MXSerializer.ensureNamespacesCapacity ( )  :  void
MXSerializer.entityRef ( String text )  :  void
MXSerializer.flush ( )  :  void
MXSerializer.getDepth ( )  :  int
MXSerializer.getFeature ( String name )  :  boolean
MXSerializer.getName ( )  :  String
MXSerializer.getNamespace ( )  :  String
MXSerializer.getPrefix ( String namespace, boolean generatePrefix )  :  String
MXSerializer.getPrefix ( String namespace, boolean generatePrefix, boolean nonEmpty )  :  String
MXSerializer.getProperty ( String name )  :  Object
MXSerializer.getWriter ( )  :  Writer
MXSerializer.ignorableWhitespace ( String text )  :  void
MXSerializer.lookupOrDeclarePrefix ( String namespace )  :  String
MXSerializer.MXSerializer ( )
MXSerializer.printable ( char ch ) [static]  :  String
MXSerializer.printable ( String s ) [static]  :  String
MXSerializer.processingInstruction ( String text )  :  void
MXSerializer.rebuildIndentationBuf ( )  :  void
MXSerializer.reset ( )  :  void
MXSerializer.setFeature ( String name, boolean state )  :  void
MXSerializer.setOutput ( OutputStream os, String encoding )  :  void
MXSerializer.setOutput ( Writer writer )  :  void
MXSerializer.setPrefix ( String prefix, String namespace )  :  void
MXSerializer.setProperty ( String name, Object value )  :  void
MXSerializer.startDocument ( String encoding, Boolean standalone )  :  void
MXSerializer.startTag ( String namespace, String name )  :  XmlSerializer
MXSerializer.text ( char[ ] buf, int start, int len )  :  XmlSerializer
MXSerializer.text ( String text )  :  XmlSerializer
MXSerializer.writeAttributeValue ( String value, Writer out )  :  void
MXSerializer.writeElementContent ( char[ ] buf, int off, int len, Writer out )  :  void
MXSerializer.writeElementContent ( String text, Writer out )  :  void
MXSerializer.writeIndent ( )  :  void

cdk-1.2.0.jar, NamespaceRefAttribute.class
package org.xmlcml.cml.attribute
NamespaceRefAttribute.createValue ( String prefix, String value ) [static]  :  String
NamespaceRefAttribute.getElement ( )  :  Element
NamespaceRefAttribute.getIdRef ( )  :  String
NamespaceRefAttribute.getLocalName ( String name ) [static]  :  String
NamespaceRefAttribute.getNamespaceURIString ( )  :  String
NamespaceRefAttribute.getPrefix ( )  :  String
NamespaceRefAttribute.getPrefix ( String value ) [static]  :  String
NamespaceRefAttribute.NamespaceRefAttribute ( Attribute att )
NamespaceRefAttribute.NamespaceRefAttribute ( String name )
NamespaceRefAttribute.NamespaceRefAttribute ( String name, String value )
NamespaceRefAttribute.setCMLValue ( String value )  :  void
NamespaceRefAttribute.setUnits ( HasUnits hasUnits, String prefix, String id, String namespaceURI ) [static]  :  void

cdk-1.2.0.jar, NativeArtefactLocator.class
package net.sf.jnati.deploy
NativeArtefactLocator.findArtefact ( String id, String version ) [static]  :  ArtefactLocation
NativeArtefactLocator.getArtefact ( String id, String version )  :  Artefact
NativeArtefactLocator.NativeArtefactLocator ( )

cdk-1.2.0.jar, NativeCodeException.class
package net.sf.jnati
NativeCodeException.NativeCodeException ( String message )
NativeCodeException.NativeCodeException ( String message, Throwable cause )
NativeCodeException.NativeCodeException ( Throwable cause )

cdk-1.2.0.jar, NativeLibraryLoader.class
package net.sf.jnati.deploy
NativeLibraryLoader.loadLibrary ( String id, String version ) [static]  :  void
NativeLibraryLoader.NativeLibraryLoader ( )

cdk-1.2.0.jar, NitrogenRule.class
package org.openscience.cdk.formula.rules
NitrogenRule.getParameters ( )  :  Object[ ]
NitrogenRule.NitrogenRule ( )
NitrogenRule.setParameters ( Object[ ] params )  :  void
NitrogenRule.validate ( IMolecularFormula formula )  :  double

cdk-1.2.0.jar, NNAdductFormula.class
package org.openscience.cdk.nonotify
NNAdductFormula.getBuilder ( )  :  IChemObjectBuilder
NNAdductFormula.NNAdductFormula ( )
NNAdductFormula.NNAdductFormula ( IMolecularFormula formula )

cdk-1.2.0.jar, NNBond.class
package org.openscience.cdk.nonotify
NNBond.NNBond ( IAtom atom1, IAtom atom2, IBond.Order order )
NNBond.NNBond ( IAtom atom1, IAtom atom2, IBond.Order order, int stereo )
NNBond.NNBond ( IAtom[ ] atoms )
NNBond.NNBond ( IAtom[ ] atoms, IBond.Order order )

cdk-1.2.0.jar, NNFragmentAtom.class
package org.openscience.cdk.nonotify
NNFragmentAtom.addListener ( IChemObjectListener col )  :  void
NNFragmentAtom.getBuilder ( )  :  IChemObjectBuilder
NNFragmentAtom.NNFragmentAtom ( )

cdk-1.2.0.jar, NNMolecularFormula.class
package org.openscience.cdk.nonotify
NNMolecularFormula.getBuilder ( )  :  IChemObjectBuilder
NNMolecularFormula.NNMolecularFormula ( )

cdk-1.2.0.jar, NNMolecularFormulaSet.class
package org.openscience.cdk.nonotify
NNMolecularFormulaSet.getBuilder ( )  :  IChemObjectBuilder
NNMolecularFormulaSet.NNMolecularFormulaSet ( )
NNMolecularFormulaSet.NNMolecularFormulaSet ( IMolecularFormula formula )

cdk-1.2.0.jar, NNReactionScheme.class
package org.openscience.cdk.nonotify
NNReactionScheme.addListener ( IChemObjectListener col )  :  void
NNReactionScheme.getBuilder ( )  :  IChemObjectBuilder
NNReactionScheme.NNReactionScheme ( )

cdk-1.2.0.jar, Node.class
package org.openscience.cdk.smiles.smarts.parser
Node.jjtAccept ( SMARTSParserVisitor p1, Object p2 ) [abstract]  :  Object
Node.jjtAddChild ( Node p1, int p2 ) [abstract]  :  void
Node.jjtClose ( ) [abstract]  :  void
Node.jjtGetChild ( int p1 ) [abstract]  :  Node
Node.jjtGetNumChildren ( ) [abstract]  :  int
Node.jjtGetParent ( ) [abstract]  :  Node
Node.jjtOpen ( ) [abstract]  :  void
Node.jjtRemoveChild ( int p1 ) [abstract]  :  void
Node.jjtSetParent ( Node p1 ) [abstract]  :  void

cdk-1.2.0.jar, NonCHHeavyAtom.class
package org.openscience.cdk.isomorphism.matchers.smarts
NonCHHeavyAtom.matches ( IAtom atom )  :  boolean
NonCHHeavyAtom.NonCHHeavyAtom ( )
NonCHHeavyAtom.toString ( )  :  String

cdk-1.2.0.jar, NoNotificationChemObjectBuilder.class
package org.openscience.cdk.nonotify
NoNotificationChemObjectBuilder.newAdductFormula ( )  :  IAdductFormula
NoNotificationChemObjectBuilder.newAdductFormula ( IMolecularFormula formula )  :  IAdductFormula
NoNotificationChemObjectBuilder.newBond ( IAtom atom1, IAtom atom2, IBond.Order order )  :  IBond
NoNotificationChemObjectBuilder.newBond ( IAtom atom1, IAtom atom2, IBond.Order order, int stereo )  :  IBond
NoNotificationChemObjectBuilder.newBond ( IAtom[ ] atoms )  :  IBond
NoNotificationChemObjectBuilder.newBond ( IAtom[ ] atoms, IBond.Order order )  :  IBond
NoNotificationChemObjectBuilder.newFragmentAtom ( )  :  IFragmentAtom
NoNotificationChemObjectBuilder.newMolecularFormula ( )  :  IMolecularFormula
NoNotificationChemObjectBuilder.newMolecularFormulaSet ( )  :  IMolecularFormulaSet
NoNotificationChemObjectBuilder.newMolecularFormulaSet ( IMolecularFormula formula )  :  IMolecularFormulaSet
NoNotificationChemObjectBuilder.newReactionScheme ( )  :  IReactionScheme

cdk-1.2.0.jar, OptionIOSetting.class
package org.openscience.cdk.io.setting
OptionIOSetting.getOptions ( )  :  List
OptionIOSetting.OptionIOSetting ( String name, int level, String question, List settings, String defaultSetting )

cdk-1.2.0.jar, Order.class
package org.openscience.cdk.interfaces
IBond.Order.valueOf ( String name ) [static]  :  IBond.Order
IBond.Order.values ( ) [static]  :  IBond.Order[ ]

cdk-1.2.0.jar, OrderQueryBond.class
package org.openscience.cdk.isomorphism.matchers
OrderQueryBond.OrderQueryBond ( IQueryAtom atom1, IQueryAtom atom2, IBond.Order order )
package org.openscience.cdk.isomorphism.matchers.smarts
OrderQueryBond.OrderQueryBond ( IBond.Order order )

cdk-1.2.0.jar, OrderQueryBondOrderOnly.class
package org.openscience.cdk.isomorphism.matchers
OrderQueryBondOrderOnly.matches ( IBond bond )  :  boolean
OrderQueryBondOrderOnly.OrderQueryBondOrderOnly ( )
OrderQueryBondOrderOnly.OrderQueryBondOrderOnly ( IQueryAtom atom1, IQueryAtom atom2, IBond.Order order )
OrderQueryBondOrderOnly.setAtomAt ( IAtom atom, int position )  :  void
OrderQueryBondOrderOnly.setAtoms ( IAtom[ ] atoms )  :  void

cdk-1.2.0.jar, OWLAtomTypeHandler.class
package org.openscience.cdk.config.atomtypes
OWLAtomTypeHandler.characters ( char[ ] chars, int start, int length )  :  void
OWLAtomTypeHandler.endElement ( String uri, String local, String raw )  :  void
OWLAtomTypeHandler.getAtomTypes ( )  :  List
OWLAtomTypeHandler.OWLAtomTypeHandler ( IChemObjectBuilder build )
OWLAtomTypeHandler.startDocument ( )  :  void
OWLAtomTypeHandler.startElement ( String uri, String local, String raw, Attributes atts )  :  void

cdk-1.2.0.jar, OWLAtomTypeMappingHandler.class
package org.openscience.cdk.config.atomtypes
OWLAtomTypeMappingHandler.characters ( char[ ] chars, int start, int length )  :  void
OWLAtomTypeMappingHandler.endElement ( String uri, String local, String raw )  :  void
OWLAtomTypeMappingHandler.getAtomTypeMappings ( )  :  Map
OWLAtomTypeMappingHandler.OWLAtomTypeMappingHandler ( )
OWLAtomTypeMappingHandler.startDocument ( )  :  void
OWLAtomTypeMappingHandler.startElement ( String uri, String local, String raw, Attributes atts )  :  void

cdk-1.2.0.jar, OWLAtomTypeMappingReader.class
package org.openscience.cdk.config.atomtypes
OWLAtomTypeMappingReader.OWLAtomTypeMappingReader ( Reader input )
OWLAtomTypeMappingReader.readAtomTypeMappings ( )  :  Map

cdk-1.2.0.jar, OWLAtomTypeReader.class
package org.openscience.cdk.config.atomtypes
OWLAtomTypeReader.OWLAtomTypeReader ( Reader input )
OWLAtomTypeReader.readAtomTypes ( IChemObjectBuilder builder )  :  List

cdk-1.2.0.jar, OWLBasedAtomTypeConfigurator.class
package org.openscience.cdk.config
OWLBasedAtomTypeConfigurator.OWLBasedAtomTypeConfigurator ( )
OWLBasedAtomTypeConfigurator.readAtomTypes ( IChemObjectBuilder builder )  :  List
OWLBasedAtomTypeConfigurator.setInputStream ( InputStream ins )  :  void

cdk-1.2.0.jar, OWLReact.class
package org.openscience.cdk.dict
OWLReact.OWLReact ( )
OWLReact.unmarshal ( Element entry, String ownNS ) [static]  :  EntryReact
OWLReact.unmarshal ( Reader reader ) [static]  :  Dictionary

cdk-1.2.0.jar, ParameterReact.class
package org.openscience.cdk.reaction.type.parameters
ParameterReact.getValue ( )  :  Object
ParameterReact.isSetParameter ( )  :  boolean
ParameterReact.ParameterReact ( )
ParameterReact.setParameter ( boolean set )  :  void
ParameterReact.setValue ( Object value )  :  void

cdk-1.2.0.jar, ParseException.class
package org.openscience.cdk.smiles.smarts.parser
ParseException.add_escapes ( String str )  :  String
ParseException.getMessage ( )  :  String
ParseException.ParseException ( )
ParseException.ParseException ( String message )
ParseException.ParseException ( Token currentTokenVal, int[ ][ ] expectedTokenSequencesVal, String[ ] tokenImageVal )

cdk-1.2.0.jar, PartialPiChargeDescriptor.class
package org.openscience.cdk.qsar.descriptors.atomic
PartialPiChargeDescriptor.getDescriptorNames ( )  :  String[ ]

cdk-1.2.0.jar, PartialSigmaChargeDescriptor.class
package org.openscience.cdk.qsar.descriptors.atomic
PartialSigmaChargeDescriptor.getDescriptorNames ( )  :  String[ ]

cdk-1.2.0.jar, PartialTChargeMMFF94Descriptor.class
package org.openscience.cdk.qsar.descriptors.atomic
PartialTChargeMMFF94Descriptor.getDescriptorNames ( )  :  String[ ]

cdk-1.2.0.jar, PartialTChargePEOEDescriptor.class
package org.openscience.cdk.qsar.descriptors.atomic
PartialTChargePEOEDescriptor.getDescriptorNames ( )  :  String[ ]

cdk-1.2.0.jar, PathTools.class
package org.openscience.cdk.graph
PathTools.breadthFirstSearch ( IAtomContainer atomContainer, List sphere, IMolecule molecule ) [static]  :  void
PathTools.breadthFirstSearch ( IAtomContainer atomContainer, List sphere, IMolecule molecule, int max ) [static]  :  void
PathTools.breadthFirstTargetSearch ( IAtomContainer atomContainer, List sphere, IAtom target, int pathLength, int cutOff ) [static]  :  int
PathTools.getPathsOfLengthUpto ( IAtomContainer atomContainer, IAtom start, int length ) [static]  :  List

cdk-1.2.0.jar, PCCompoundXMLReader.class
package org.openscience.cdk.io
PCCompoundXMLReader.accepts ( Class classObject )  :  boolean
PCCompoundXMLReader.close ( )  :  void
PCCompoundXMLReader.getFormat ( )  :  IResourceFormat
PCCompoundXMLReader.PCCompoundXMLReader ( )
PCCompoundXMLReader.PCCompoundXMLReader ( InputStream input )
PCCompoundXMLReader.PCCompoundXMLReader ( Reader input )
PCCompoundXMLReader.read ( IChemObject object )  :  IChemObject
PCCompoundXMLReader.setReader ( InputStream input )  :  void
PCCompoundXMLReader.setReader ( Reader input )  :  void

cdk-1.2.0.jar, PCSubstanceXMLReader.class
package org.openscience.cdk.io
PCSubstanceXMLReader.accepts ( Class classObject )  :  boolean
PCSubstanceXMLReader.close ( )  :  void
PCSubstanceXMLReader.getFormat ( )  :  IResourceFormat
PCSubstanceXMLReader.PCSubstanceXMLReader ( )
PCSubstanceXMLReader.PCSubstanceXMLReader ( InputStream input )
PCSubstanceXMLReader.PCSubstanceXMLReader ( Reader input )
PCSubstanceXMLReader.read ( IChemObject object )  :  IChemObject
PCSubstanceXMLReader.setReader ( InputStream input )  :  void
PCSubstanceXMLReader.setReader ( Reader input )  :  void

cdk-1.2.0.jar, PDBAtom.class
package org.openscience.cdk.protein.data
PDBAtom.getHetAtom ( )  :  Boolean
PDBAtom.getOccupancy ( )  :  Double
PDBAtom.getOxt ( )  :  Boolean
PDBAtom.getSerial ( )  :  Integer
PDBAtom.getTempFactor ( )  :  Double
PDBAtom.setHetAtom ( Boolean newHetAtom )  :  void
PDBAtom.setOccupancy ( Double newOccupancy )  :  void
PDBAtom.setOxt ( Boolean newOxt )  :  void
PDBAtom.setSerial ( Integer newSerial )  :  void
PDBAtom.setTempFactor ( Double newTempFactor )  :  void

cdk-1.2.0.jar, PDBStructure.class
package org.openscience.cdk.protein.data
PDBStructure.getEndChainID ( )  :  Character
PDBStructure.getEndInsertionCode ( )  :  Character
PDBStructure.getEndSequenceNumber ( )  :  Integer
PDBStructure.getStartChainID ( )  :  Character
PDBStructure.getStartInsertionCode ( )  :  Character
PDBStructure.getStartSequenceNumber ( )  :  Integer
PDBStructure.setEndChainID ( Character endChainID )  :  void
PDBStructure.setEndInsertionCode ( Character endInsertionCode )  :  void
PDBStructure.setEndSequenceNumber ( Integer endSequenceNumber )  :  void
PDBStructure.setStartChainID ( Character startChainID )  :  void
PDBStructure.setStartInsertionCode ( Character startInsertionCode )  :  void
PDBStructure.setStartSequenceNumber ( Integer startSequenceNumber )  :  void

cdk-1.2.0.jar, PeakOrGroup.class
package org.xmlcml.cml.interfacex
PeakOrGroup.getAtomRefs ( ) [abstract]  :  String[ ]
PeakOrGroup.getBondRefs ( ) [abstract]  :  String[ ]
PeakOrGroup.getId ( ) [abstract]  :  String
PeakOrGroup.getIntegral ( ) [abstract]  :  String
PeakOrGroup.getPeakHeight ( ) [abstract]  :  double
PeakOrGroup.getPeakMultiplicity ( ) [abstract]  :  String
PeakOrGroup.getPeakShape ( ) [abstract]  :  String
PeakOrGroup.getPeakUnits ( ) [abstract]  :  String
PeakOrGroup.getXMax ( ) [abstract]  :  double
PeakOrGroup.getXMin ( ) [abstract]  :  double
PeakOrGroup.getXUnits ( ) [abstract]  :  String
PeakOrGroup.getXValue ( ) [abstract]  :  double
PeakOrGroup.getXWidth ( ) [abstract]  :  double
PeakOrGroup.getYMax ( ) [abstract]  :  double
PeakOrGroup.getYMin ( ) [abstract]  :  double
PeakOrGroup.getYUnits ( ) [abstract]  :  String
PeakOrGroup.getYValue ( ) [abstract]  :  double
PeakOrGroup.getYWidth ( ) [abstract]  :  double

cdk-1.2.0.jar, PeriodicGroupNumberAtom.class
package org.openscience.cdk.isomorphism.matchers.smarts
PeriodicGroupNumberAtom.matches ( IAtom atom )  :  boolean
PeriodicGroupNumberAtom.PeriodicGroupNumberAtom ( int groupNumber )
PeriodicGroupNumberAtom.toString ( )  :  String

cdk-1.2.0.jar, PeriodicTable.class
package org.openscience.cdk.tools
PeriodicTable.getAtomicNumber ( String symbol ) [static]  :  Integer
PeriodicTable.getCASId ( String symbol ) [static]  :  String
PeriodicTable.getChemicalSeries ( String symbol ) [static]  :  String
PeriodicTable.getCovalentRadius ( String symbol ) [static]  :  Double
PeriodicTable.getGroup ( String symbol ) [static]  :  Integer
PeriodicTable.getName ( String symbol ) [static]  :  String
PeriodicTable.getPaulingElectronegativity ( String symbol ) [static]  :  Double
PeriodicTable.getPeriod ( String symbol ) [static]  :  Integer
PeriodicTable.getPhase ( String symbol ) [static]  :  String
PeriodicTable.getVdwRadius ( String symbol ) [static]  :  Double
PeriodicTable.PeriodicTable ( )

cdk-1.2.0.jar, PeriodicTableElement.class
package org.openscience.cdk
PeriodicTableElement.getCovalentRadius ( )  :  Double
PeriodicTableElement.getGroup ( )  :  Integer
PeriodicTableElement.getPaulingEneg ( )  :  Double
PeriodicTableElement.getPeriod ( )  :  Integer
PeriodicTableElement.getVdwRadius ( )  :  Double
PeriodicTableElement.setCovalentRadius ( Double covalentRadius )  :  void
PeriodicTableElement.setGroup ( Integer group )  :  void
PeriodicTableElement.setPaulingEneg ( Double paulingEneg )  :  void
PeriodicTableElement.setPeriod ( Integer period )  :  void
PeriodicTableElement.setVdwRadius ( Double vdwRadius )  :  void

cdk-1.2.0.jar, PeriodicTablePositionDescriptor.class
package org.openscience.cdk.qsar.descriptors.atomic
PeriodicTablePositionDescriptor.getDescriptorNames ( )  :  String[ ]

cdk-1.2.0.jar, PetitjeanNumberDescriptor.class
package org.openscience.cdk.qsar.descriptors.molecular
PetitjeanNumberDescriptor.getDescriptorNames ( )  :  String[ ]

cdk-1.2.0.jar, PetitjeanShapeIndexDescriptor.class
package org.openscience.cdk.qsar.descriptors.molecular
PetitjeanShapeIndexDescriptor.getDescriptorNames ( )  :  String[ ]

cdk-1.2.0.jar, PharmacophoreAngleBond.class
package org.openscience.cdk.pharmacophore
PharmacophoreAngleBond.getBondLength ( )  :  double
PharmacophoreAngleBond.PharmacophoreAngleBond ( PharmacophoreAtom patom1, PharmacophoreAtom patom2, PharmacophoreAtom patom3 )

cdk-1.2.0.jar, PharmacophoreAtom.class
package org.openscience.cdk.pharmacophore
PharmacophoreAtom.equals ( Object o )  :  boolean
PharmacophoreAtom.getMatchingAtoms ( )  :  int[ ]
PharmacophoreAtom.getSmarts ( )  :  String
PharmacophoreAtom.PharmacophoreAtom ( PharmacophoreAtom pharmacophoreAtom )
PharmacophoreAtom.PharmacophoreAtom ( String smarts, String symbol, Point3d coordinates )
PharmacophoreAtom.setMatchingAtoms ( int[ ] atomIndices )  :  void
PharmacophoreAtom.setSmarts ( String smarts )  :  void

cdk-1.2.0.jar, PharmacophoreBond.class
package org.openscience.cdk.pharmacophore
PharmacophoreBond.getBondLength ( )  :  double
PharmacophoreBond.PharmacophoreBond ( PharmacophoreAtom patom1, PharmacophoreAtom patom2 )

cdk-1.2.0.jar, PharmacophoreMatcher.class
package org.openscience.cdk.pharmacophore
PharmacophoreMatcher.getMatchingPharmacophoreAtoms ( )  :  List
PharmacophoreMatcher.getMatchingPharmacophoreBonds ( )  :  List
PharmacophoreMatcher.getPharmacophoreQuery ( )  :  IQueryAtomContainer
PharmacophoreMatcher.getTargetQueryBondMappings ( )  :  List
PharmacophoreMatcher.getUniqueMatchingPharmacophoreAtoms ( )  :  List
PharmacophoreMatcher.matches ( IAtomContainer atomContainer )  :  boolean
PharmacophoreMatcher.matches ( IAtomContainer atomContainer, boolean initializeTarget )  :  boolean
PharmacophoreMatcher.PharmacophoreMatcher ( )
PharmacophoreMatcher.PharmacophoreMatcher ( IQueryAtomContainer pharmacophoreQuery )
PharmacophoreMatcher.setPharmacophoreQuery ( IQueryAtomContainer query )  :  void

cdk-1.2.0.jar, PharmacophoreQueryAngleBond.class
package org.openscience.cdk.pharmacophore
PharmacophoreQueryAngleBond.getLower ( )  :  double
PharmacophoreQueryAngleBond.getUpper ( )  :  double
PharmacophoreQueryAngleBond.matches ( IBond bond )  :  boolean
PharmacophoreQueryAngleBond.PharmacophoreQueryAngleBond ( )
PharmacophoreQueryAngleBond.PharmacophoreQueryAngleBond ( PharmacophoreQueryAtom atom1, PharmacophoreQueryAtom atom2, PharmacophoreQueryAtom atom3, double angle )
PharmacophoreQueryAngleBond.PharmacophoreQueryAngleBond ( PharmacophoreQueryAtom atom1, PharmacophoreQueryAtom atom2, PharmacophoreQueryAtom atom3, double lower, double upper )

cdk-1.2.0.jar, PharmacophoreQueryAtom.class
package org.openscience.cdk.pharmacophore
PharmacophoreQueryAtom.getSmarts ( )  :  String
PharmacophoreQueryAtom.matches ( IAtom atom )  :  boolean
PharmacophoreQueryAtom.PharmacophoreQueryAtom ( String symbol, String smarts )
PharmacophoreQueryAtom.setOperator ( String ID )  :  void

cdk-1.2.0.jar, PharmacophoreQueryBond.class
package org.openscience.cdk.pharmacophore
PharmacophoreQueryBond.getLower ( )  :  double
PharmacophoreQueryBond.getUpper ( )  :  double
PharmacophoreQueryBond.matches ( IBond bond )  :  boolean
PharmacophoreQueryBond.PharmacophoreQueryBond ( )
PharmacophoreQueryBond.PharmacophoreQueryBond ( PharmacophoreQueryAtom atom1, PharmacophoreQueryAtom atom2, double distance )
PharmacophoreQueryBond.PharmacophoreQueryBond ( PharmacophoreQueryAtom atom1, PharmacophoreQueryAtom atom2, double lower, double upper )

cdk-1.2.0.jar, PharmacophoreUtils.class
package org.openscience.cdk.pharmacophore
PharmacophoreUtils.PharmacophoreUtils ( )
PharmacophoreUtils.readPharmacophoreDefinitions ( InputStream ins ) [static]  :  List
PharmacophoreUtils.readPharmacophoreDefinitions ( String filename ) [static]  :  List
PharmacophoreUtils.writePharmacophoreDefinition ( IQueryAtomContainer query, OutputStream out ) [static]  :  void
PharmacophoreUtils.writePharmacophoreDefinition ( IQueryAtomContainer[ ] queries, OutputStream out ) [static]  :  void
PharmacophoreUtils.writePharmacophoreDefinition ( List queries, OutputStream out ) [static]  :  void

cdk-1.2.0.jar, PiBondingMovementReaction.class
package org.openscience.cdk.reaction.type
PiBondingMovementReaction.getSpecification ( )  :  ReactionSpecification
PiBondingMovementReaction.initiate ( IMoleculeSet reactants, IMoleculeSet agents )  :  IReactionSet
PiBondingMovementReaction.PiBondingMovementReaction ( )

cdk-1.2.0.jar, PiContactDetectionDescriptor.class
package org.openscience.cdk.qsar.descriptors.atompair
PiContactDetectionDescriptor.getDescriptorNames ( )  :  String[ ]

cdk-1.2.0.jar, PiElectronegativity.class
package org.openscience.cdk.charges
PiElectronegativity.calculatePiElectronegativity ( IAtomContainer ac, IAtom atom )  :  double
PiElectronegativity.calculatePiElectronegativity ( IAtomContainer ac, IAtom atom, int maxIterations, int maxResonStruc )  :  double
PiElectronegativity.getMaxIterations ( )  :  int
PiElectronegativity.getMaxResonStruc ( )  :  int
PiElectronegativity.PiElectronegativity ( )
PiElectronegativity.PiElectronegativity ( int maxIterations, int maxResonStruc )
PiElectronegativity.setMaxIterations ( int maxIterations )  :  void
PiElectronegativity.setMaxResonStruc ( int maxResonStruc )  :  void

cdk-1.2.0.jar, PiElectronegativityDescriptor.class
package org.openscience.cdk.qsar.descriptors.atomic
PiElectronegativityDescriptor.getDescriptorNames ( )  :  String[ ]

cdk-1.2.0.jar, PLSRegressionModel.class
package org.openscience.cdk.qsar.model.R
PLSRegressionModel.build ( )  :  void
PLSRegressionModel.finalize ( )  :  void
PLSRegressionModel.getFitB ( )  :  double[ ][ ][ ]
PLSRegressionModel.getFitMethod ( )  :  String
PLSRegressionModel.getFitNComp ( )  :  int[ ]
PLSRegressionModel.getFitRMS ( )  :  double[ ][ ]
PLSRegressionModel.getFitWasValidated ( )  :  boolean
PLSRegressionModel.getFitXLoading ( )  :  double[ ][ ]
PLSRegressionModel.getFitXScores ( )  :  double[ ][ ]
PLSRegressionModel.getFitYLoading ( )  :  double[ ][ ]
PLSRegressionModel.getFitYPred ( )  :  double[ ][ ][ ]
PLSRegressionModel.getFitYScores ( )  :  double[ ][ ]
PLSRegressionModel.getPredictPredicted ( )  :  double[ ][ ]
PLSRegressionModel.getValidationIter ( )  :  int
PLSRegressionModel.getValidationLV ( )  :  int
PLSRegressionModel.getValidationR2 ( )  :  double[ ][ ]
PLSRegressionModel.getValidationRMS ( )  :  double[ ][ ]
PLSRegressionModel.getValidationRMSsd ( )  :  double[ ][ ]
PLSRegressionModel.getValidationYPred ( )  :  double[ ][ ][ ]
PLSRegressionModel.loadModel ( String fileName )  :  void
PLSRegressionModel.loadModel ( String serializedModel, String modelName )  :  void
PLSRegressionModel.PLSRegressionModel ( )
PLSRegressionModel.PLSRegressionModel ( double[ ][ ] xx, double[ ] yy )
PLSRegressionModel.PLSRegressionModel ( double[ ][ ] xx, double[ ][ ] yy )
PLSRegressionModel.predict ( )  :  void
PLSRegressionModel.setParameters ( String key, Object obj )  :  void

cdk-1.2.0.jar, PLSRegressionModelFit.class
package org.openscience.cdk.qsar.model.R
PLSRegressionModelFit.getB ( )  :  double[ ][ ][ ]
PLSRegressionModelFit.getMethod ( )  :  String
PLSRegressionModelFit.getNComp ( )  :  int[ ]
PLSRegressionModelFit.getTrainingRMS ( )  :  double[ ][ ]
PLSRegressionModelFit.getTrainingYPred ( )  :  double[ ][ ][ ]
PLSRegressionModelFit.getValidationIter ( )  :  int
PLSRegressionModelFit.getValidationLV ( )  :  int
PLSRegressionModelFit.getValidationR2 ( )  :  double[ ][ ]
PLSRegressionModelFit.getValidationRMS ( )  :  double[ ][ ]
PLSRegressionModelFit.getValidationRMSSD ( )  :  double[ ][ ]
PLSRegressionModelFit.getValidationYPred ( )  :  double[ ][ ][ ]
PLSRegressionModelFit.getXLoading ( )  :  double[ ][ ]
PLSRegressionModelFit.getXScores ( )  :  double[ ][ ]
PLSRegressionModelFit.getYLoading ( )  :  double[ ][ ]
PLSRegressionModelFit.getYScores ( )  :  double[ ][ ]
PLSRegressionModelFit.PLSRegressionModelFit ( int nobs, int nvar, int npred, int[ ] ncomp, String method )
PLSRegressionModelFit.setTrainingData ( double[ ] B, double[ ] ypred, double[ ] rms, double[ ] xscores, double[ ] yscores, double[ ] xload, double[ ] yload )  :  void
PLSRegressionModelFit.setValidationData ( int niter, int nlv, double[ ] ypred, double[ ] rms, double[ ] rmssd, double[ ] r2 )  :  void
PLSRegressionModelFit.wasValidated ( )  :  boolean

cdk-1.2.0.jar, PLSRegressionModelPredict.class
package org.openscience.cdk.qsar.model.R
PLSRegressionModelPredict.getPredictions ( )  :  double[ ][ ]
PLSRegressionModelPredict.PLSRegressionModelPredict ( int ncol, double[ ] preds )

cdk-1.2.0.jar, Point2dDifference.class
package org.openscience.cdk.tools.diff.tree
Point2dDifference.construct ( String name, Point2d first, Point2d second ) [static]  :  IDifference
Point2dDifference.toString ( )  :  String

cdk-1.2.0.jar, Point3.class
package org.xmlcml.euclid
Point3.equals ( Object that )  :  boolean
Point3.hashCode ( )  :  int
Point3.main ( String[ ] args ) [static]  :  void
Point3.normaliseCrystallographically ( )  :  Vector3

cdk-1.2.0.jar, Point3dDifference.class
package org.openscience.cdk.tools.diff.tree
Point3dDifference.construct ( String name, Point3d first, Point3d second ) [static]  :  IDifference
Point3dDifference.toString ( )  :  String

cdk-1.2.0.jar, Point3Vector.class
package org.xmlcml.euclid
Point3Vector.inertialAxes ( RealArray eigval, RealSquareMatrix eigvect, EuclidRuntimeException illCond )  :  void *DEPRECATED*
Point3Vector.multiplyBy ( double scale )  :  Point3Vector
Point3Vector.multiplyByEquals ( double scale )  :  void
Point3Vector.removeNullValues ( Point3Vector a, Point3Vector b ) [static]  :  void

cdk-1.2.0.jar, Polarizability.class
package org.openscience.cdk.charges
Polarizability.calculateBondPolarizability ( IAtomContainer atomContainer, IBond bond )  :  double
Polarizability.calculateGHEffectiveAtomPolarizability ( IAtomContainer atomContainer, IAtom atom, boolean addExplicitH, int[ ][ ] distanceMatrix )  :  double
Polarizability.calculateGHEffectiveAtomPolarizability ( IAtomContainer atomContainer, IAtom atom, int influenceSphereCutOff, boolean addExplicitH )  :  double

cdk-1.2.0.jar, Position.class
package org.xmlcml.cml.element
CMLLabel.Position.valueOf ( String name ) [static]  :  CMLLabel.Position
CMLLabel.Position.values ( ) [static]  :  CMLLabel.Position[ ]

cdk-1.2.0.jar, Prop.class
package org.xmlcml.cml.element
CMLProperty.Prop.valueOf ( String name ) [static]  :  CMLProperty.Prop
CMLProperty.Prop.values ( ) [static]  :  CMLProperty.Prop[ ]

cdk-1.2.0.jar, ProteinPocketFinder.class
package org.openscience.cdk.protein
ProteinPocketFinder.clusterPSPPocket ( Point3d root, List sub_Pocket, int[ ] dim )  :  List
ProteinPocketFinder.getPockets ( )  :  List

cdk-1.2.0.jar, ProtonAffinityHOSEDescriptor.class
package org.openscience.cdk.qsar.descriptors.atomic
ProtonAffinityHOSEDescriptor.calculate ( IAtom atom, IAtomContainer container )  :  DescriptorValue
ProtonAffinityHOSEDescriptor.getDescriptorNames ( )  :  String[ ]
ProtonAffinityHOSEDescriptor.getParameterNames ( )  :  String[ ]
ProtonAffinityHOSEDescriptor.getParameters ( )  :  Object[ ]
ProtonAffinityHOSEDescriptor.getParameterType ( String name )  :  Object
ProtonAffinityHOSEDescriptor.getSpecification ( )  :  DescriptorSpecification
ProtonAffinityHOSEDescriptor.ProtonAffinityHOSEDescriptor ( )
ProtonAffinityHOSEDescriptor.setParameters ( Object[ ] params )  :  void

cdk-1.2.0.jar, ProtonTotalPartialChargeDescriptor.class
package org.openscience.cdk.qsar.descriptors.atomic
ProtonTotalPartialChargeDescriptor.getDescriptorNames ( )  :  String[ ]

cdk-1.2.0.jar, PseudoAtom.class
package org.openscience.cdk
PseudoAtom.setStereoParity ( Integer stereoParity )  :  void

cdk-1.2.0.jar, PubChemCompoundsXMLFormat.class
package org.openscience.cdk.io.formats
PubChemCompoundsXMLFormat.getFormatName ( )  :  String
PubChemCompoundsXMLFormat.getInstance ( ) [static]  :  IResourceFormat
PubChemCompoundsXMLFormat.getMIMEType ( )  :  String
PubChemCompoundsXMLFormat.getNameExtensions ( )  :  String[ ]
PubChemCompoundsXMLFormat.getPreferredNameExtension ( )  :  String
PubChemCompoundsXMLFormat.getReaderClassName ( )  :  String
PubChemCompoundsXMLFormat.getRequiredDataFeatures ( )  :  int
PubChemCompoundsXMLFormat.getSupportedDataFeatures ( )  :  int
PubChemCompoundsXMLFormat.getWriterClassName ( )  :  String
PubChemCompoundsXMLFormat.isXMLBased ( )  :  boolean
PubChemCompoundsXMLFormat.matches ( int lineNumber, String line )  :  boolean

cdk-1.2.0.jar, PubChemCompoundXMLFormat.class
package org.openscience.cdk.io.formats
PubChemCompoundXMLFormat.getFormatName ( )  :  String
PubChemCompoundXMLFormat.getInstance ( ) [static]  :  IResourceFormat
PubChemCompoundXMLFormat.getMIMEType ( )  :  String
PubChemCompoundXMLFormat.getNameExtensions ( )  :  String[ ]
PubChemCompoundXMLFormat.getPreferredNameExtension ( )  :  String
PubChemCompoundXMLFormat.getReaderClassName ( )  :  String
PubChemCompoundXMLFormat.getRequiredDataFeatures ( )  :  int
PubChemCompoundXMLFormat.getSupportedDataFeatures ( )  :  int
PubChemCompoundXMLFormat.getWriterClassName ( )  :  String
PubChemCompoundXMLFormat.isXMLBased ( )  :  boolean
PubChemCompoundXMLFormat.matches ( int lineNumber, String line )  :  boolean

cdk-1.2.0.jar, PubChemSubstancesASNFormat.class
package org.openscience.cdk.io.formats
PubChemSubstancesASNFormat.getFormatName ( )  :  String
PubChemSubstancesASNFormat.getInstance ( ) [static]  :  IResourceFormat
PubChemSubstancesASNFormat.getMIMEType ( )  :  String
PubChemSubstancesASNFormat.getNameExtensions ( )  :  String[ ]
PubChemSubstancesASNFormat.getPreferredNameExtension ( )  :  String
PubChemSubstancesASNFormat.getReaderClassName ( )  :  String
PubChemSubstancesASNFormat.getRequiredDataFeatures ( )  :  int
PubChemSubstancesASNFormat.getSupportedDataFeatures ( )  :  int
PubChemSubstancesASNFormat.getWriterClassName ( )  :  String
PubChemSubstancesASNFormat.isXMLBased ( )  :  boolean
PubChemSubstancesASNFormat.matches ( int lineNumber, String line )  :  boolean

cdk-1.2.0.jar, PubChemSubstancesXMLFormat.class
package org.openscience.cdk.io.formats
PubChemSubstancesXMLFormat.getFormatName ( )  :  String
PubChemSubstancesXMLFormat.getInstance ( ) [static]  :  IResourceFormat
PubChemSubstancesXMLFormat.getMIMEType ( )  :  String
PubChemSubstancesXMLFormat.getNameExtensions ( )  :  String[ ]
PubChemSubstancesXMLFormat.getPreferredNameExtension ( )  :  String
PubChemSubstancesXMLFormat.getReaderClassName ( )  :  String
PubChemSubstancesXMLFormat.getRequiredDataFeatures ( )  :  int
PubChemSubstancesXMLFormat.getSupportedDataFeatures ( )  :  int
PubChemSubstancesXMLFormat.getWriterClassName ( )  :  String
PubChemSubstancesXMLFormat.isXMLBased ( )  :  boolean
PubChemSubstancesXMLFormat.matches ( int lineNumber, String line )  :  boolean

cdk-1.2.0.jar, PubChemSubstanceXMLFormat.class
package org.openscience.cdk.io.formats
PubChemSubstanceXMLFormat.getFormatName ( )  :  String
PubChemSubstanceXMLFormat.getInstance ( ) [static]  :  IResourceFormat
PubChemSubstanceXMLFormat.getMIMEType ( )  :  String
PubChemSubstanceXMLFormat.getNameExtensions ( )  :  String[ ]
PubChemSubstanceXMLFormat.getPreferredNameExtension ( )  :  String
PubChemSubstanceXMLFormat.getReaderClassName ( )  :  String
PubChemSubstanceXMLFormat.getRequiredDataFeatures ( )  :  int
PubChemSubstanceXMLFormat.getSupportedDataFeatures ( )  :  int
PubChemSubstanceXMLFormat.getWriterClassName ( )  :  String
PubChemSubstanceXMLFormat.isXMLBased ( )  :  boolean
PubChemSubstanceXMLFormat.matches ( int lineNumber, String line )  :  boolean

cdk-1.2.0.jar, PubChemXMLHelper.class
package org.openscience.cdk.io.pubchemxml
PubChemXMLHelper.getCID ( XmlPullParser parser )  :  String
PubChemXMLHelper.getSID ( XmlPullParser parser )  :  String
PubChemXMLHelper.parseAtomCharges ( XmlPullParser parser, IMolecule molecule )  :  void
PubChemXMLHelper.parseAtomElements ( XmlPullParser parser, IMolecule molecule )  :  void
PubChemXMLHelper.parseCompoundsBlock ( XmlPullParser parser )  :  IMoleculeSet
PubChemXMLHelper.parseMolecule ( XmlPullParser parser, IChemObjectBuilder builder )  :  IMolecule
PubChemXMLHelper.parserAtomBlock ( XmlPullParser parser, IMolecule molecule )  :  void
PubChemXMLHelper.parserBondBlock ( XmlPullParser parser, IMolecule molecule )  :  void
PubChemXMLHelper.parserCompoundInfoData ( XmlPullParser parser, IMolecule molecule )  :  void
PubChemXMLHelper.parserCoordBlock ( XmlPullParser parser, IMolecule molecule )  :  void
PubChemXMLHelper.parseSubstance ( XmlPullParser parser )  :  IChemModel
PubChemXMLHelper.PubChemXMLHelper ( IChemObjectBuilder builder )

cdk-1.2.0.jar, QName.class
package javax.xml.namespace
QName.equals ( Object obj )  :  boolean
QName.getLocalPart ( )  :  String
QName.getNamespaceURI ( )  :  String
QName.getPrefix ( )  :  String
QName.hashCode ( )  :  int
QName.QName ( String localPart )
QName.QName ( String namespaceURI, String localPart )
QName.QName ( String namespaceURI, String localPart, String prefix )
QName.toString ( )  :  String
QName.valueOf ( String s ) [static]  :  QName

cdk-1.2.0.jar, QueryAtomContainerCreator.class
package org.openscience.cdk.isomorphism.matchers
QueryAtomContainerCreator.createSymbolAndBondOrderQueryContainer ( IAtomContainer container ) [static]  :  QueryAtomContainer

cdk-1.2.0.jar, RadicalChargeSiteInitiationHReaction.class
package org.openscience.cdk.reaction.type
RadicalChargeSiteInitiationHReaction.getSpecification ( )  :  ReactionSpecification
RadicalChargeSiteInitiationHReaction.initiate ( IMoleculeSet reactants, IMoleculeSet agents )  :  IReactionSet
RadicalChargeSiteInitiationHReaction.RadicalChargeSiteInitiationHReaction ( )

cdk-1.2.0.jar, RadicalChargeSiteInitiationReaction.class
package org.openscience.cdk.reaction.type
RadicalChargeSiteInitiationReaction.getSpecification ( )  :  ReactionSpecification
RadicalChargeSiteInitiationReaction.initiate ( IMoleculeSet reactants, IMoleculeSet agents )  :  IReactionSet
RadicalChargeSiteInitiationReaction.RadicalChargeSiteInitiationReaction ( )

cdk-1.2.0.jar, RadicalSiteHrAlphaReaction.class
package org.openscience.cdk.reaction.type
RadicalSiteHrAlphaReaction.getSpecification ( )  :  ReactionSpecification
RadicalSiteHrAlphaReaction.initiate ( IMoleculeSet reactants, IMoleculeSet agents )  :  IReactionSet
RadicalSiteHrAlphaReaction.RadicalSiteHrAlphaReaction ( )

cdk-1.2.0.jar, RadicalSiteHrBetaReaction.class
package org.openscience.cdk.reaction.type
RadicalSiteHrBetaReaction.getSpecification ( )  :  ReactionSpecification
RadicalSiteHrBetaReaction.initiate ( IMoleculeSet reactants, IMoleculeSet agents )  :  IReactionSet
RadicalSiteHrBetaReaction.RadicalSiteHrBetaReaction ( )

cdk-1.2.0.jar, RadicalSiteHrDeltaReaction.class
package org.openscience.cdk.reaction.type
RadicalSiteHrDeltaReaction.getSpecification ( )  :  ReactionSpecification
RadicalSiteHrDeltaReaction.initiate ( IMoleculeSet reactants, IMoleculeSet agents )  :  IReactionSet
RadicalSiteHrDeltaReaction.RadicalSiteHrDeltaReaction ( )

cdk-1.2.0.jar, RadicalSiteHrGammaReaction.class
package org.openscience.cdk.reaction.type
RadicalSiteHrGammaReaction.getSpecification ( )  :  ReactionSpecification
RadicalSiteHrGammaReaction.initiate ( IMoleculeSet reactants, IMoleculeSet agents )  :  IReactionSet
RadicalSiteHrGammaReaction.RadicalSiteHrGammaReaction ( )

cdk-1.2.0.jar, RadicalSiteIonizationMechanism.class
package org.openscience.cdk.reaction.mechanism
RadicalSiteIonizationMechanism.initiate ( IMoleculeSet moleculeSet, ArrayList atomList, ArrayList bondList )  :  IReaction
RadicalSiteIonizationMechanism.RadicalSiteIonizationMechanism ( )

cdk-1.2.0.jar, RadicalSiteRearrangementMechanism.class
package org.openscience.cdk.reaction.mechanism
RadicalSiteRearrangementMechanism.initiate ( IMoleculeSet moleculeSet, ArrayList atomList, ArrayList bondList )  :  IReaction
RadicalSiteRearrangementMechanism.RadicalSiteRearrangementMechanism ( )

cdk-1.2.0.jar, RadicalSiteRrAlphaReaction.class
package org.openscience.cdk.reaction.type
RadicalSiteRrAlphaReaction.getSpecification ( )  :  ReactionSpecification
RadicalSiteRrAlphaReaction.initiate ( IMoleculeSet reactants, IMoleculeSet agents )  :  IReactionSet
RadicalSiteRrAlphaReaction.RadicalSiteRrAlphaReaction ( )

cdk-1.2.0.jar, RadicalSiteRrBetaReaction.class
package org.openscience.cdk.reaction.type
RadicalSiteRrBetaReaction.getSpecification ( )  :  ReactionSpecification
RadicalSiteRrBetaReaction.initiate ( IMoleculeSet reactants, IMoleculeSet agents )  :  IReactionSet
RadicalSiteRrBetaReaction.RadicalSiteRrBetaReaction ( )

cdk-1.2.0.jar, RadicalSiteRrDeltaReaction.class
package org.openscience.cdk.reaction.type
RadicalSiteRrDeltaReaction.getSpecification ( )  :  ReactionSpecification
RadicalSiteRrDeltaReaction.initiate ( IMoleculeSet reactants, IMoleculeSet agents )  :  IReactionSet
RadicalSiteRrDeltaReaction.RadicalSiteRrDeltaReaction ( )

cdk-1.2.0.jar, RadicalSiteRrGammaReaction.class
package org.openscience.cdk.reaction.type
RadicalSiteRrGammaReaction.getSpecification ( )  :  ReactionSpecification
RadicalSiteRrGammaReaction.initiate ( IMoleculeSet reactants, IMoleculeSet agents )  :  IReactionSet
RadicalSiteRrGammaReaction.RadicalSiteRrGammaReaction ( )

cdk-1.2.0.jar, RadiusType.class
package org.xmlcml.molutil
ChemicalElement.RadiusType.valueOf ( String name ) [static]  :  ChemicalElement.RadiusType
ChemicalElement.RadiusType.values ( ) [static]  :  ChemicalElement.RadiusType[ ]

cdk-1.2.0.jar, RandomAccessReader.class
package org.openscience.cdk.io.random
RandomAccessReader.add ( IChemObject arg0 )  :  void
RandomAccessReader.add ( Object x0 )  :  void
RandomAccessReader.addChemObjectIOListener ( IChemObjectIOListener listener )  :  void
RandomAccessReader.close ( )  :  void
RandomAccessReader.createChemObjectReader ( ) [abstract]  :  ISimpleChemObjectReader
RandomAccessReader.finalize ( )  :  void
RandomAccessReader.first ( )  :  IChemObject
RandomAccessReader.first ( )  :  Object
RandomAccessReader.getChemObjectReader ( )  :  IChemObjectReader
RandomAccessReader.getCurrentRecord ( )  :  int
RandomAccessReader.getIndexFile ( String filename ) [static]  :  File
RandomAccessReader.hasNext ( )  :  boolean
RandomAccessReader.hasPrevious ( )  :  boolean
RandomAccessReader.isIndexCreated ( )  :  boolean
RandomAccessReader.isRecordEnd ( String p1 ) [abstract]  :  boolean
RandomAccessReader.last ( )  :  IChemObject
RandomAccessReader.last ( )  :  Object
RandomAccessReader.loadIndex ( File file )  :  void
RandomAccessReader.makeIndex ( )  :  void
RandomAccessReader.next ( )  :  IChemObject
RandomAccessReader.next ( )  :  Object
RandomAccessReader.nextIndex ( )  :  int
RandomAccessReader.previous ( )  :  IChemObject
RandomAccessReader.previous ( )  :  Object
RandomAccessReader.previousIndex ( )  :  int
RandomAccessReader.processContent ( )  :  IChemObject
RandomAccessReader.RandomAccessReader ( File file, IChemObjectBuilder builder )
RandomAccessReader.RandomAccessReader ( File file, IChemObjectBuilder builder, IReaderListener listener )
RandomAccessReader.readContent ( int record )  :  String
RandomAccessReader.readRecord ( int record )  :  IChemObject
RandomAccessReader.readRecord ( int x0 )  :  Object
RandomAccessReader.removeChemObjectIOListener ( IChemObjectIOListener listener )  :  void
RandomAccessReader.resize ( long[ ][ ] index, int newLength )  :  long[ ][ ]
RandomAccessReader.saveIndex ( File file )  :  void
RandomAccessReader.set ( IChemObject arg0 )  :  void
RandomAccessReader.set ( Object x0 )  :  void
RandomAccessReader.setChemObjectReader ( ISimpleChemObjectReader chemObjectReader )  :  void
RandomAccessReader.setIndexCreated ( boolean indexCreated )  :  void
RandomAccessReader.size ( )  :  int
RandomAccessReader.toString ( )  :  String

cdk-1.2.0.jar, RandomAccessSDFReader.class
package org.openscience.cdk.io.random
RandomAccessSDFReader.accepts ( Class classObject )  :  boolean
RandomAccessSDFReader.createChemObjectReader ( )  :  ISimpleChemObjectReader
RandomAccessSDFReader.getFormat ( )  :  IResourceFormat
RandomAccessSDFReader.isRecordEnd ( String line )  :  boolean
RandomAccessSDFReader.processContent ( )  :  IChemObject
RandomAccessSDFReader.RandomAccessSDFReader ( File file, IChemObjectBuilder builder )
RandomAccessSDFReader.RandomAccessSDFReader ( File file, IChemObjectBuilder builder, IReaderListener listener )
RandomAccessSDFReader.remove ( )  :  void
RandomAccessSDFReader.setReader ( InputStream reader )  :  void
RandomAccessSDFReader.setReader ( Reader reader )  :  void

cdk-1.2.0.jar, RandomNumberGenerator.class
package org.xmlcml.euclid
RandomNumberGenerator.next ( int bits )  :  int
RandomNumberGenerator.nextBeta ( double alpha, double beta )  :  double
RandomNumberGenerator.nextBoolean ( )  :  boolean
RandomNumberGenerator.nextBoolean ( double p )  :  boolean
RandomNumberGenerator.nextChiSq ( )  :  double
RandomNumberGenerator.nextChiSq ( int df )  :  double
RandomNumberGenerator.nextChiSq ( int df, double lambda )  :  double
RandomNumberGenerator.nextExp ( )  :  double
RandomNumberGenerator.nextExp ( double beta )  :  double
RandomNumberGenerator.nextExp ( double beta, double lambda )  :  double
RandomNumberGenerator.nextGamma ( )  :  double
RandomNumberGenerator.nextGamma ( double alpha, double beta )  :  double
RandomNumberGenerator.nextGamma ( double alpha, double beta, double lambda )  :  double
RandomNumberGenerator.nextGaussian ( )  :  double
RandomNumberGenerator.nextGaussian ( double m, double s2 )  :  double
RandomNumberGenerator.nextInt ( )  :  int
RandomNumberGenerator.nextInt ( int n )  :  int
RandomNumberGenerator.nextPoisson ( )  :  int
RandomNumberGenerator.nextPoisson ( double lambda )  :  int
RandomNumberGenerator.nextUniform ( )  :  double
RandomNumberGenerator.nextUniform ( double a, double b )  :  double
RandomNumberGenerator.RandomNumberGenerator ( )
RandomNumberGenerator.RandomNumberGenerator ( long seed )
RandomNumberGenerator.setSeed ( long seed )  :  void

cdk-1.2.0.jar, RandomNumbersTool.class
package org.openscience.cdk.math
RandomNumbersTool.getRandom ( ) [static]  :  Random

cdk-1.2.0.jar, RangeMass.class
package org.openscience.cdk.formula.rules
MMElementRule.RangeMass.valueOf ( String name ) [static]  :  MMElementRule.RangeMass
MMElementRule.RangeMass.values ( ) [static]  :  MMElementRule.RangeMass[ ]

cdk-1.2.0.jar, RConsoleOutputStream.class
package org.rosuda.JRI
RConsoleOutputStream.close ( )  :  void
RConsoleOutputStream.RConsoleOutputStream ( JRI.Rengine p1, int p2 )
RConsoleOutputStream.write ( byte[ ] p1 )  :  void
RConsoleOutputStream.write ( byte[ ] p1, int p2, int p3 )  :  void
RConsoleOutputStream.write ( int p1 )  :  void

cdk-1.2.0.jar, RDBERule.class
package org.openscience.cdk.formula.rules
RDBERule.getParameters ( )  :  Object[ ]
RDBERule.getRDBEValue ( IMolecularFormula formula )  :  List
RDBERule.RDBERule ( )
RDBERule.setParameters ( Object[ ] params )  :  void
RDBERule.validate ( IMolecularFormula formula )  :  double
RDBERule.validate ( IMolecularFormula formula, double value )  :  boolean

cdk-1.2.0.jar, RDFCalculator.class
package org.openscience.cdk.geometry
RDFCalculator.calculate ( IAtomContainer container, IAtom atom )  :  double[ ]

cdk-1.2.0.jar, RDFProtonDescriptor_G3R.class
package org.openscience.cdk.qsar.descriptors.atomic
RDFProtonDescriptor_G3R.getDescriptorNames ( )  :  String[ ]

cdk-1.2.0.jar, RDFProtonDescriptor_GDR.class
package org.openscience.cdk.qsar.descriptors.atomic
RDFProtonDescriptor_GDR.getDescriptorNames ( )  :  String[ ]

cdk-1.2.0.jar, RDFProtonDescriptor_GHR.class
package org.openscience.cdk.qsar.descriptors.atomic
RDFProtonDescriptor_GHR.getDescriptorNames ( )  :  String[ ]

cdk-1.2.0.jar, RDFProtonDescriptor_GHR_topol.class
package org.openscience.cdk.qsar.descriptors.atomic
RDFProtonDescriptor_GHR_topol.getDescriptorNames ( )  :  String[ ]

cdk-1.2.0.jar, RDFProtonDescriptor_GSR.class
package org.openscience.cdk.qsar.descriptors.atomic
RDFProtonDescriptor_GSR.getDescriptorNames ( )  :  String[ ]

cdk-1.2.0.jar, Reaction.class
package org.openscience.cdk
Reaction.addProduct ( IMolecule product, Double coefficient )  :  void
Reaction.addReactant ( IMolecule reactant, Double coefficient )  :  void
Reaction.getDirection ( )  :  IReaction.Direction
Reaction.getProductCoefficient ( IMolecule product )  :  Double
Reaction.getProductCoefficients ( )  :  Double[ ]
Reaction.getReactantCoefficient ( IMolecule reactant )  :  Double
Reaction.getReactantCoefficients ( )  :  Double[ ]
Reaction.mappings ( )  :  Iterable
Reaction.setDirection ( IReaction.Direction direction )  :  void
Reaction.setProductCoefficient ( IMolecule product, Double coefficient )  :  boolean
Reaction.setProductCoefficients ( Double[ ] coefficients )  :  boolean
Reaction.setReactantCoefficient ( IMolecule reactant, Double coefficient )  :  boolean
Reaction.setReactantCoefficients ( Double[ ] coefficients )  :  boolean

cdk-1.2.0.jar, ReactionChain.class
package org.openscience.cdk.reaction
ReactionChain.addReaction ( IReaction reaction, int position )  :  void
ReactionChain.getReaction ( int position )  :  IReaction
ReactionChain.getReactionStep ( IReaction reaction )  :  int
ReactionChain.ReactionChain ( )

cdk-1.2.0.jar, ReactionEngine.class
package org.openscience.cdk.reaction
ReactionEngine.getParameterClass ( Class paramClass )  :  IParameterReact
ReactionEngine.getParameterList ( )  :  List
ReactionEngine.ReactionEngine ( )
ReactionEngine.setParameterList ( List params )  :  void

cdk-1.2.0.jar, ReactionManipulator.class
package org.openscience.cdk.tools.manipulator
ReactionManipulator.getAllIDs ( IReaction reaction ) [static]  :  List

cdk-1.2.0.jar, ReactionScheme.class
package org.openscience.cdk
ReactionScheme.add ( IReactionScheme scheme )  :  void
ReactionScheme.clone ( )  :  Object
ReactionScheme.getReactionSchemeCount ( )  :  int
ReactionScheme.ReactionScheme ( )
ReactionScheme.reactionSchemes ( )  :  Iterable
ReactionScheme.removeAllReactionSchemes ( )  :  void
ReactionScheme.removeReactionScheme ( IReactionScheme scheme )  :  void

cdk-1.2.0.jar, ReactionSchemeManipulator.class
package org.openscience.cdk.tools.manipulator
ReactionSchemeManipulator.createReactionScheme ( IReactionSet reactionSet ) [static]  :  IReactionScheme
ReactionSchemeManipulator.extractTopReactions ( IReactionScheme reactionScheme ) [static]  :  IReactionSet
ReactionSchemeManipulator.getAllIDs ( IReactionScheme scheme ) [static]  :  List
ReactionSchemeManipulator.getAllMolecules ( IReactionScheme scheme ) [static]  :  IMoleculeSet
ReactionSchemeManipulator.getAllMolecules ( IReactionScheme scheme, IMoleculeSet molSet ) [static]  :  IMoleculeSet
ReactionSchemeManipulator.getAllReactions ( IReactionScheme scheme ) [static]  :  IReactionSet
ReactionSchemeManipulator.getMoleculeSet ( IMolecule origenMol, IMolecule finalMol, IReactionScheme reactionScheme ) [static]  :  ArrayList
ReactionSchemeManipulator.ReactionSchemeManipulator ( )

cdk-1.2.0.jar, ReactionSet.class
package org.openscience.cdk
ReactionSet.reactions ( )  :  Iterable

cdk-1.2.0.jar, ReactionSetManipulator.class
package org.openscience.cdk.tools.manipulator
ReactionSetManipulator.getRelevantReactions ( IReactionSet reactSet, IMolecule molecule ) [static]  :  IReactionSet
ReactionSetManipulator.getRelevantReactionsAsProduct ( IReactionSet reactSet, IMolecule molecule ) [static]  :  IReactionSet
ReactionSetManipulator.getRelevantReactionsAsReactant ( IReactionSet reactSet, IMolecule molecule ) [static]  :  IReactionSet

cdk-1.2.0.jar, ReaderFactory.class
package org.openscience.cdk.io
ReaderFactory.createReader ( IChemFormat format )  :  ISimpleChemObjectReader
ReaderFactory.createReader ( InputStream input )  :  ISimpleChemObjectReader
ReaderFactory.createReader ( Reader input )  :  ISimpleChemObjectReader

cdk-1.2.0.jar, Real.class
package org.xmlcml.euclid
Real.isEqual ( double[ ] a, double[ ] b, double epsilon ) [static]  :  boolean
Real.normalize ( double d, int ndec ) [static]  :  double

cdk-1.2.0.jar, Real2.class
package org.xmlcml.euclid
Real2.isOrigin ( )  :  boolean *DEPRECATED*
Real2.isOrigin ( double epsilon )  :  boolean
Real2.multiplyEquals ( double f )  :  void
Real2.plusEquals ( Real2 r2 )  :  void
Real2.Real2 ( double[ ] x )
Real2.Real2 ( String s )
Real2.Real2 ( String s, String delimiter )

cdk-1.2.0.jar, Real2Array.class
package org.xmlcml.euclid
Real2Array.add ( Real2 r2 )  :  void
Real2Array.add ( Real2Array real2Array )  :  void
Real2Array.createFromPairs ( String sss, String delimiter ) [static]  :  Real2Array
Real2Array.deleteElement ( int i )  :  void
Real2Array.get ( int elem )  :  Real2

cdk-1.2.0.jar, Real2Interval.class
package org.xmlcml.euclid
Real2Interval.midPoint ( )  :  Real2
Real2Interval.offsetsTo ( Real2Interval interval2 )  :  double[ ]
Real2Interval.offsetsTo ( Real2Interval interval2, double scale )  :  double[ ]
Real2Interval.offsetsTo ( Real2Interval interval2, double[ ] scales )  :  double[ ]
Real2Interval.Real2Interval ( )
Real2Interval.Real2Interval ( Real2Interval xyInterval )
Real2Interval.Real2Interval ( Real2Range range2 )
Real2Interval.Real2Interval ( RealInterval xInterval, RealInterval yInterval )
Real2Interval.scalesTo ( Real2Interval interval2 )  :  double[ ]
Real2Interval.scaleTo ( Real2Interval interval2 )  :  double

cdk-1.2.0.jar, Real2Range.class
package org.xmlcml.euclid
Real2Range.getCentroid ( )  :  Real2

cdk-1.2.0.jar, Real2Vector.class
package org.xmlcml.euclid
Real2Vector.encloses ( Real2 point )  :  boolean
Real2Vector.flipX ( )  :  void
Real2Vector.flipY ( )  :  void
Real2Vector.getReal2Array ( )  :  Real2Array
Real2Vector.getReal2List ( )  :  List
Real2Vector.getVector ( )  :  List
Real2Vector.getXArray ( )  :  RealArray
Real2Vector.getYArray ( )  :  RealArray
Real2Vector.partOfRegularPolygon ( int nsides, int pointn, double dist0n ) [static]  :  Real2Vector
Real2Vector.Real2Vector ( Real2Array r2a )
Real2Vector.regularPolygon ( int nsides, double rad, double angle ) [static]  :  Real2Vector
Real2Vector.regularPolygon ( int nsides, Real2 p1, Real2 p2, boolean flip ) [static]  :  Real2Vector

cdk-1.2.0.jar, Real3Range.class
package org.xmlcml.euclid
Real3Range.getMaxPoint3 ( )  :  Point3
Real3Range.getMinPoint3 ( )  :  Point3
Real3Range.setRanges ( RealRange xr, RealRange yr, RealRange zr )  :  void
Real3Range.transformEquals ( Transform3 transform )  :  void

cdk-1.2.0.jar, RealArray.class
package org.xmlcml.euclid
RealArray.check ( RealArray array, int size ) [static]  :  void
RealArray.findFirstLocalMaximumafter ( int start, double cutoff )  :  double
RealArray.get ( int elem )  :  double
RealArray.getBaseLine ( )  :  double
RealArray.getNormalDistribution ( double sigma )  :  RealArray
RealArray.getRandomVariate ( RealArray distribution, RealArray cumulativeDistribution )  :  double
RealArray.getSymmetricalArray ( double mid, int nsteps, double halfrange ) [static]  :  RealArray
RealArray.lineSearch ( double probe, RealArray distribution )  :  double
RealArray.round ( double[ ] dd, int ndec ) [static]  :  void
RealArray.setElements ( double[ ] a )  :  void

cdk-1.2.0.jar, RealInterval.class
package org.xmlcml.euclid
RealInterval.getLength ( )  :  double
RealInterval.midPoint ( )  :  double
RealInterval.offsetTo ( RealInterval interval )  :  double
RealInterval.offsetTo ( RealInterval interval, double scale )  :  double
RealInterval.RealInterval ( )
RealInterval.RealInterval ( double x1, double x2 )
RealInterval.RealInterval ( RealInterval interval )
RealInterval.RealInterval ( RealRange range )
RealInterval.scaleTo ( RealInterval interval )  :  double

cdk-1.2.0.jar, RealMatrix.class
package org.xmlcml.euclid
RealMatrix.isZero ( double eps )  :  boolean

cdk-1.2.0.jar, RealRange.class
package org.xmlcml.euclid
RealRange.getMidPoint ( )  :  double
RealRange.getRandomVariate ( )  :  double
RealRange.getScaleTo ( RealRange range )  :  double
RealRange.normalize ( )  :  void
RealRange.RealRange ( double minv, double maxv, boolean normalize )
RealRange.setRange ( double minv, double maxv )  :  void

cdk-1.2.0.jar, RealSquareMatrix.class
package org.xmlcml.euclid
RealSquareMatrix.diagonaliseAndReturnRank ( RealArray eigenvalues, RealSquareMatrix eigenvectors, EuclidRuntimeException illCond )  :  int
RealSquareMatrix.fromLowerTriangle ( RealArray f ) [static]  :  RealSquareMatrix
RealSquareMatrix.fromUpperTriangle ( RealArray f ) [static]  :  RealSquareMatrix
RealSquareMatrix.orthonormalize ( )  :  RealSquareMatrix

cdk-1.2.0.jar, RearrangementAnionReaction.class
package org.openscience.cdk.reaction.type
RearrangementAnionReaction.getSpecification ( )  :  ReactionSpecification
RearrangementAnionReaction.initiate ( IMoleculeSet reactants, IMoleculeSet agents )  :  IReactionSet
RearrangementAnionReaction.RearrangementAnionReaction ( )

cdk-1.2.0.jar, RearrangementCationReaction.class
package org.openscience.cdk.reaction.type
RearrangementCationReaction.getSpecification ( )  :  ReactionSpecification
RearrangementCationReaction.initiate ( IMoleculeSet reactants, IMoleculeSet agents )  :  IReactionSet
RearrangementCationReaction.RearrangementCationReaction ( )

cdk-1.2.0.jar, RearrangementChargeMechanism.class
package org.openscience.cdk.reaction.mechanism
RearrangementChargeMechanism.initiate ( IMoleculeSet moleculeSet, ArrayList atomList, ArrayList bondList )  :  IReaction
RearrangementChargeMechanism.RearrangementChargeMechanism ( )

cdk-1.2.0.jar, RearrangementLonePairReaction.class
package org.openscience.cdk.reaction.type
RearrangementLonePairReaction.getSpecification ( )  :  ReactionSpecification
RearrangementLonePairReaction.initiate ( IMoleculeSet reactants, IMoleculeSet agents )  :  IReactionSet
RearrangementLonePairReaction.RearrangementLonePairReaction ( )

cdk-1.2.0.jar, RearrangementRadicalReaction.class
package org.openscience.cdk.reaction.type
RearrangementRadicalReaction.getSpecification ( )  :  ReactionSpecification
RearrangementRadicalReaction.initiate ( IMoleculeSet reactants, IMoleculeSet agents )  :  IReactionSet
RearrangementRadicalReaction.RearrangementRadicalReaction ( )

cdk-1.2.0.jar, RefAttribute.class
package org.xmlcml.cml.attribute
RefAttribute.process ( CMLElement element ) [static]  :  void
RefAttribute.process ( CMLElement element, RefAttribute ref ) [static]  :  void
RefAttribute.RefAttribute ( )
RefAttribute.RefAttribute ( Attribute att )
RefAttribute.RefAttribute ( String value )
RefAttribute.setCMLValue ( String value )  :  void

cdk-1.2.0.jar, RemoteRepository.class
package net.sf.jnati.deploy.repository
RemoteRepository.getArtefactSource ( Artefact artefact )  :  List
RemoteRepository.RemoteRepository ( URL root )

cdk-1.2.0.jar, RemovingSEofBMechanism.class
package org.openscience.cdk.reaction.mechanism
RemovingSEofBMechanism.initiate ( IMoleculeSet moleculeSet, ArrayList atomList, ArrayList bondList )  :  IReaction
RemovingSEofBMechanism.RemovingSEofBMechanism ( )

cdk-1.2.0.jar, RemovingSEofNBMechanism.class
package org.openscience.cdk.reaction.mechanism
RemovingSEofNBMechanism.initiate ( IMoleculeSet moleculeSet, ArrayList atomList, ArrayList bondList )  :  IReaction
RemovingSEofNBMechanism.RemovingSEofNBMechanism ( )

cdk-1.2.0.jar, Renderer2DModel.class
package org.openscience.cdk.renderer
Renderer2DModel.getColorHash ( )  :  Map
Renderer2DModel.getHighlightRadiusModel ( )  :  double
Renderer2DModel.getLassoPoints ( )  :  List
Renderer2DModel.getRenderingCoordinates ( )  :  Map
Renderer2DModel.getToolTipTextMap ( )  :  Map
Renderer2DModel.setColorHash ( Map colorHash )  :  void
Renderer2DModel.setHighlightRadiusModel ( double highlightRadius )  :  void
Renderer2DModel.setRenderingCoordinates ( Map renderingCoordinates )  :  void
Renderer2DModel.setToolTipTextMap ( Map map )  :  void

cdk-1.2.0.jar, Rengine.class
package org.rosuda.JRI
Rengine.assign ( String p1, boolean[ ] p2 )  :  void
Rengine.assign ( String p1, String[ ] p2 )  :  void
Rengine.createRJavaRef ( Object p1 )  :  JRI.REXP
Rengine.inMainRThread ( ) [static]  :  boolean
Rengine.isStandAlone ( )  :  boolean
Rengine.jriWriteConsole ( String p1, int p2 )  :  void
Rengine.Rengine ( )
Rengine.rniCons ( long p1, long p2, long p3, boolean p4 )  :  long
Rengine.rniGetBoolArrayI ( long p1 )  :  int[ ]
Rengine.rniLCons ( long p1, long p2 )  :  long
Rengine.rniPrint ( String p1, int p2 )  :  void
Rengine.rniPutBoolArray ( boolean[ ] p1 )  :  long
Rengine.rniPutBoolArrayI ( int[ ] p1 )  :  long
Rengine.rniRJavaLock ( )  :  int
Rengine.rniRJavaUnlock ( )  :  int
Rengine.rniSetupRJava ( int p1, int p2 )  :  int

cdk-1.2.0.jar, ResolvingProperties.class
package sea36.util.config
ResolvingProperties.get ( Object key )  :  Object
ResolvingProperties.getProperty ( String key )  :  String
ResolvingProperties.put ( Object key, Object value )  :  Object
ResolvingProperties.ResolvingProperties ( )
ResolvingProperties.ResolvingProperties ( Map params )
ResolvingProperties.ResolvingProperties ( ResolvingProperties defaults )
ResolvingProperties.ResolvingProperties ( ResolvingProperties defaults, Map params )

cdk-1.2.0.jar, REXP.class
package org.rosuda.JRI
REXP.getAttribute ( String p1 )  :  JRI.REXP
REXP.getAttributes ( )  :  JRI.REXP
REXP.REXP ( boolean[ ] p1 )

cdk-1.2.0.jar, RingBond.class
package org.openscience.cdk.isomorphism.matchers.smarts
RingBond.matches ( IBond bond )  :  boolean
RingBond.RingBond ( )

cdk-1.2.0.jar, RingIdentifierAtom.class
package org.openscience.cdk.isomorphism.matchers.smarts
RingIdentifierAtom.getAtom ( )  :  IQueryAtom
RingIdentifierAtom.getRingBond ( )  :  IQueryBond
RingIdentifierAtom.matches ( IAtom atom )  :  boolean
RingIdentifierAtom.RingIdentifierAtom ( )
RingIdentifierAtom.setAtom ( IQueryAtom atom )  :  void
RingIdentifierAtom.setRingBond ( IQueryBond bond )  :  void

cdk-1.2.0.jar, RingManipulator.class
package org.openscience.cdk.tools.manipulator
RingManipulator.markAromaticRings ( IRing ring ) [static]  :  void
RingManipulator.RingManipulator ( )

cdk-1.2.0.jar, RingMembershipAtom.class
package org.openscience.cdk.isomorphism.matchers.smarts
RingMembershipAtom.matches ( IAtom atom )  :  boolean
RingMembershipAtom.RingMembershipAtom ( int num )

cdk-1.2.0.jar, RingPlacer.class
package org.openscience.cdk.layout
RingPlacer.placeRing ( IRing ring, Point2d ringCenter, double bondLength )  :  void

cdk-1.2.0.jar, RingSet.class
package org.openscience.cdk
RingSet.getConnectedRings ( IRing ring )  :  IRingSet
RingSet.getRings ( IBond bond )  :  IRingSet

cdk-1.2.0.jar, RingSetManipulator.class
package org.openscience.cdk.tools.manipulator
RingSetManipulator.getAllInOneContainer ( IRingSet ringSet ) [static]  :  IAtomContainer
RingSetManipulator.getLargestRingSet ( List ringSystems ) [static]  :  IRingSet
RingSetManipulator.markAromaticRings ( IRingSet ringset ) [static]  :  void

cdk-1.2.0.jar, RingSizeComparator.class
package org.openscience.cdk.tools.manipulator
RingSizeComparator.compare ( IRing object1, IRing object2 )  :  int

cdk-1.2.0.jar, RMainLoopCallbacks.class
package org.rosuda.JRI
RMainLoopCallbacks.rWriteConsole ( JRI.Rengine p1, String p2, int p3 ) [abstract]  :  void

cdk-1.2.0.jar, RModel.class
package org.openscience.cdk.qsar.model.R
RModel.build ( ) [abstract]  :  void
RModel.getModelName ( )  :  String
RModel.loadModel ( String p1 ) [abstract]  :  void
RModel.loadModel ( String p1, String p2 ) [abstract]  :  void
RModel.predict ( ) [abstract]  :  void
RModel.RModel ( )
RModel.RModel ( String[ ] args )
RModel.saveModel ( String modelname, String filename ) [static]  :  void
RModel.setModelName ( String newName )  :  void
RModel.setParameters ( String p1, Object p2 ) [abstract]  :  void
package org.openscience.cdk.qsar.model.R2
RModel.build ( ) [abstract]  :  void
RModel.finalize ( )  :  void
RModel.getModelName ( )  :  String
RModel.getModelObject ( )  :  JRI.RList
RModel.getRengine ( ) [static]  :  JRI.Rengine
RModel.getUniqueVariableName ( String prefix )  :  String
RModel.isOfClass ( String objectName, String objectClass )  :  boolean
RModel.loadModel ( String p1 ) [abstract]  :  void
RModel.loadModel ( String p1, String p2 ) [abstract]  :  void
RModel.loadParametersIntoRSession ( )  :  String
RModel.predict ( ) [abstract]  :  void
RModel.removeObject ( String objectName )  :  void
RModel.RModel ( )
RModel.saveModel ( String modelName, String fileName )  :  void
RModel.setModelName ( String newName )  :  void
RModel.setParameters ( String p1, Object p2 ) [abstract]  :  void

cdk-1.2.0.jar, Role.class
package org.xmlcml.cml.base
CMLConstants.Role.valueOf ( String name ) [static]  :  CMLConstants.Role
CMLConstants.Role.values ( ) [static]  :  CMLConstants.Role[ ]

cdk-1.2.0.jar, RotatableBondsCountDescriptor.class
package org.openscience.cdk.qsar.descriptors.molecular
RotatableBondsCountDescriptor.getDescriptorNames ( )  :  String[ ]

cdk-1.2.0.jar, RuleOfFiveDescriptor.class
package org.openscience.cdk.qsar.descriptors.molecular
RuleOfFiveDescriptor.getDescriptorNames ( )  :  String[ ]

cdk-1.2.0.jar, SchemaManager.class
package org.xmlcml.cml.base
SchemaManager.getAttributeGenerator ( )  :  AttributeGenerator
SchemaManager.getElementGenerator ( )  :  ElementGenerator
SchemaManager.getOutdir ( )  :  String
SchemaManager.getTypeGenerator ( )  :  TypeGenerator
SchemaManager.readAndCreateIndexesFromSchemaFiles ( )  :  void
SchemaManager.SchemaManager ( )
SchemaManager.setAttributeGenerator ( AttributeGenerator attributeGenerator )  :  void
SchemaManager.setElementGenerator ( ElementGenerator elementGenerator )  :  void
SchemaManager.setOutdir ( String outdir )  :  void
SchemaManager.setTypeGenerator ( TypeGenerator typeGenerator )  :  void

cdk-1.2.0.jar, SDFWriter.class
package org.openscience.cdk.io
SDFWriter.accepts ( Class classObject )  :  boolean
SDFWriter.close ( )  :  void
SDFWriter.customizeJob ( )  :  void
SDFWriter.getFormat ( )  :  IResourceFormat
SDFWriter.getIOSettings ( )  :  IOSetting[ ]
SDFWriter.SDFWriter ( )
SDFWriter.SDFWriter ( OutputStream output )
SDFWriter.SDFWriter ( Writer out )
SDFWriter.setWriter ( OutputStream output )  :  void
SDFWriter.setWriter ( Writer out )  :  void
SDFWriter.write ( IChemObject object )  :  void

cdk-1.2.0.jar, SetReactionCenter.class
package org.openscience.cdk.reaction.type.parameters
SetReactionCenter.SetReactionCenter ( )

cdk-1.2.0.jar, Severity.class
package org.xmlcml.cml.base
CMLLog.Severity.valueOf ( String name ) [static]  :  CMLLog.Severity
CMLLog.Severity.values ( ) [static]  :  CMLLog.Severity[ ]

cdk-1.2.0.jar, SharingAnionReaction.class
package org.openscience.cdk.reaction.type
SharingAnionReaction.getSpecification ( )  :  ReactionSpecification
SharingAnionReaction.initiate ( IMoleculeSet reactants, IMoleculeSet agents )  :  IReactionSet
SharingAnionReaction.SharingAnionReaction ( )

cdk-1.2.0.jar, SharingChargeDBReaction.class
package org.openscience.cdk.reaction.type
SharingChargeDBReaction.getSpecification ( )  :  ReactionSpecification
SharingChargeDBReaction.initiate ( IMoleculeSet reactants, IMoleculeSet agents )  :  IReactionSet
SharingChargeDBReaction.SharingChargeDBReaction ( )

cdk-1.2.0.jar, SharingChargeSBReaction.class
package org.openscience.cdk.reaction.type
SharingChargeSBReaction.getSpecification ( )  :  ReactionSpecification
SharingChargeSBReaction.initiate ( IMoleculeSet reactants, IMoleculeSet agents )  :  IReactionSet
SharingChargeSBReaction.SharingChargeSBReaction ( )

cdk-1.2.0.jar, SharingElectronMechanism.class
package org.openscience.cdk.reaction.mechanism
SharingElectronMechanism.initiate ( IMoleculeSet moleculeSet, ArrayList atomList, ArrayList bondList )  :  IReaction
SharingElectronMechanism.SharingElectronMechanism ( )

cdk-1.2.0.jar, SharingLonePairReaction.class
package org.openscience.cdk.reaction.type
SharingLonePairReaction.getSpecification ( )  :  ReactionSpecification
SharingLonePairReaction.initiate ( IMoleculeSet reactants, IMoleculeSet agents )  :  IReactionSet
SharingLonePairReaction.SharingLonePairReaction ( )

cdk-1.2.0.jar, SigmaElectronegativityDescriptor.class
package org.openscience.cdk.qsar.descriptors.atomic
SigmaElectronegativityDescriptor.getDescriptorNames ( )  :  String[ ]

cdk-1.2.0.jar, SimpleCharStream.class
package org.openscience.cdk.smiles.smarts.parser
SimpleCharStream.adjustBeginLineColumn ( int newLine, int newCol )  :  void
SimpleCharStream.backup ( int amount )  :  void
SimpleCharStream.BeginToken ( )  :  char
SimpleCharStream.Done ( )  :  void
SimpleCharStream.ExpandBuff ( boolean wrapAround )  :  void
SimpleCharStream.FillBuff ( )  :  void
SimpleCharStream.getBeginColumn ( )  :  int
SimpleCharStream.getBeginLine ( )  :  int
SimpleCharStream.getColumn ( )  :  int *DEPRECATED*
SimpleCharStream.getEndColumn ( )  :  int
SimpleCharStream.getEndLine ( )  :  int
SimpleCharStream.GetImage ( )  :  String
SimpleCharStream.getLine ( )  :  int *DEPRECATED*
SimpleCharStream.GetSuffix ( int len )  :  char[ ]
SimpleCharStream.readChar ( )  :  char
SimpleCharStream.ReInit ( InputStream dstream )  :  void
SimpleCharStream.ReInit ( InputStream dstream, int startline, int startcolumn )  :  void
SimpleCharStream.ReInit ( InputStream dstream, int startline, int startcolumn, int buffersize )  :  void
SimpleCharStream.ReInit ( Reader dstream )  :  void
SimpleCharStream.ReInit ( Reader dstream, int startline, int startcolumn )  :  void
SimpleCharStream.ReInit ( Reader dstream, int startline, int startcolumn, int buffersize )  :  void
SimpleCharStream.SimpleCharStream ( InputStream dstream )
SimpleCharStream.SimpleCharStream ( InputStream dstream, int startline, int startcolumn )
SimpleCharStream.SimpleCharStream ( InputStream dstream, int startline, int startcolumn, int buffersize )
SimpleCharStream.SimpleCharStream ( Reader dstream )
SimpleCharStream.SimpleCharStream ( Reader dstream, int startline, int startcolumn )
SimpleCharStream.SimpleCharStream ( Reader dstream, int startline, int startcolumn, int buffersize )
SimpleCharStream.UpdateLineColumn ( char c )  :  void

cdk-1.2.0.jar, SimpleNode.class
package org.openscience.cdk.smiles.smarts.parser
SimpleNode.childrenAccept ( SMARTSParserVisitor visitor, Object data )  :  Object
SimpleNode.clone ( )  :  Object
SimpleNode.dump ( String prefix )  :  void
SimpleNode.getId ( )  :  int
SimpleNode.getParser ( )  :  SMARTSParser
SimpleNode.jjtAccept ( SMARTSParserVisitor visitor, Object data )  :  Object
SimpleNode.jjtAddChild ( Node n, int i )  :  void
SimpleNode.jjtClose ( )  :  void
SimpleNode.jjtGetChild ( int i )  :  Node
SimpleNode.jjtGetNumChildren ( )  :  int
SimpleNode.jjtGetParent ( )  :  Node
SimpleNode.jjtOpen ( )  :  void
SimpleNode.jjtRemoveChild ( int i )  :  void
SimpleNode.jjtSetParent ( Node n )  :  void
SimpleNode.setId ( int id )  :  void
SimpleNode.setParser ( SMARTSParser parser )  :  void
SimpleNode.SimpleNode ( int i )
SimpleNode.SimpleNode ( SMARTSParser p, int i )
SimpleNode.toString ( )  :  String
SimpleNode.toString ( String prefix )  :  String

cdk-1.2.0.jar, SingleElectron.class
package org.openscience.cdk
SingleElectron.getElectronCount ( )  :  Integer

cdk-1.2.0.jar, SingleElectronDiff.class
package org.openscience.cdk.tools.diff
SingleElectronDiff.diff ( IChemObject first, IChemObject second ) [static]  :  String
SingleElectronDiff.difference ( IChemObject first, IChemObject second ) [static]  :  IDifference
SingleElectronDiff.SingleElectronDiff ( )

cdk-1.2.0.jar, SmallestRingAtom.class
package org.openscience.cdk.isomorphism.matchers.smarts
SmallestRingAtom.matches ( IAtom atom )  :  boolean
SmallestRingAtom.SmallestRingAtom ( int size )

cdk-1.2.0.jar, Smarts2MQLVisitor.class
package org.openscience.cdk.smiles.smarts.parser.visitor
Smarts2MQLVisitor.Smarts2MQLVisitor ( )
Smarts2MQLVisitor.visit ( ASTAliphatic node, Object data )  :  Object
Smarts2MQLVisitor.visit ( ASTAnyAtom node, Object data )  :  Object
Smarts2MQLVisitor.visit ( ASTAromatic node, Object data )  :  Object
Smarts2MQLVisitor.visit ( ASTAtom node, Object data )  :  Object
Smarts2MQLVisitor.visit ( ASTAtomicMass node, Object data )  :  Object
Smarts2MQLVisitor.visit ( ASTAtomicNumber node, Object data )  :  Object
Smarts2MQLVisitor.visit ( ASTCharge node, Object data )  :  Object
Smarts2MQLVisitor.visit ( ASTChirality node, Object data )  :  Object
Smarts2MQLVisitor.visit ( ASTElement node, Object data )  :  Object
Smarts2MQLVisitor.visit ( ASTExplicitAtom node, Object data )  :  Object
Smarts2MQLVisitor.visit ( ASTExplicitConnectivity node, Object data )  :  Object
Smarts2MQLVisitor.visit ( ASTExplicitHighAndBond node, Object data )  :  Object
Smarts2MQLVisitor.visit ( ASTExplicitHighAndExpression node, Object data )  :  Object
Smarts2MQLVisitor.visit ( ASTGroup node, Object data )  :  Object
Smarts2MQLVisitor.visit ( ASTHybrdizationNumber node, Object data )  :  Object
Smarts2MQLVisitor.visit ( ASTImplicitHCount node, Object data )  :  Object
Smarts2MQLVisitor.visit ( ASTImplicitHighAndBond node, Object data )  :  Object
Smarts2MQLVisitor.visit ( ASTImplicitHighAndExpression node, Object data )  :  Object
Smarts2MQLVisitor.visit ( ASTLowAndBond node, Object data )  :  Object
Smarts2MQLVisitor.visit ( ASTLowAndExpression node, Object data )  :  Object
Smarts2MQLVisitor.visit ( ASTNonCHHeavyAtom node, Object data )  :  Object
Smarts2MQLVisitor.visit ( ASTNotBond node, Object data )  :  Object
Smarts2MQLVisitor.visit ( ASTNotExpression node, Object data )  :  Object
Smarts2MQLVisitor.visit ( ASTOrBond node, Object data )  :  Object
Smarts2MQLVisitor.visit ( ASTOrExpression node, Object data )  :  Object
Smarts2MQLVisitor.visit ( ASTPeriodicGroupNumber node, Object data )  :  Object
Smarts2MQLVisitor.visit ( ASTReaction node, Object data )  :  Object
Smarts2MQLVisitor.visit ( ASTRecursiveSmartsExpression node, Object data )  :  Object
Smarts2MQLVisitor.visit ( ASTRingConnectivity node, Object data )  :  Object
Smarts2MQLVisitor.visit ( ASTRingIdentifier node, Object data )  :  Object
Smarts2MQLVisitor.visit ( ASTRingMembership node, Object data )  :  Object
Smarts2MQLVisitor.visit ( ASTSimpleBond node, Object data )  :  Object
Smarts2MQLVisitor.visit ( ASTSmallestRingSize node, Object data )  :  Object
Smarts2MQLVisitor.visit ( ASTSmarts node, Object data )  :  Object
Smarts2MQLVisitor.visit ( ASTStart node, Object data )  :  Object
Smarts2MQLVisitor.visit ( ASTTotalConnectivity node, Object data )  :  Object
Smarts2MQLVisitor.visit ( ASTTotalHCount node, Object data )  :  Object
Smarts2MQLVisitor.visit ( ASTValence node, Object data )  :  Object
Smarts2MQLVisitor.visit ( SimpleNode node, Object data )  :  Object

cdk-1.2.0.jar, SMARTSBond.class
package org.openscience.cdk.isomorphism.matchers.smarts
SMARTSBond.SMARTSBond ( IQueryAtom atom1, IQueryAtom atom2, IBond.Order order )

cdk-1.2.0.jar, SmartsDumpVisitor.class
package org.openscience.cdk.smiles.smarts.parser.visitor
SmartsDumpVisitor.SmartsDumpVisitor ( )
SmartsDumpVisitor.visit ( ASTAliphatic node, Object data )  :  Object
SmartsDumpVisitor.visit ( ASTAnyAtom node, Object data )  :  Object
SmartsDumpVisitor.visit ( ASTAromatic node, Object data )  :  Object
SmartsDumpVisitor.visit ( ASTAtom node, Object data )  :  Object
SmartsDumpVisitor.visit ( ASTAtomicMass node, Object data )  :  Object
SmartsDumpVisitor.visit ( ASTAtomicNumber node, Object data )  :  Object
SmartsDumpVisitor.visit ( ASTCharge node, Object data )  :  Object
SmartsDumpVisitor.visit ( ASTChirality node, Object data )  :  Object
SmartsDumpVisitor.visit ( ASTElement node, Object data )  :  Object
SmartsDumpVisitor.visit ( ASTExplicitAtom node, Object data )  :  Object
SmartsDumpVisitor.visit ( ASTExplicitConnectivity node, Object data )  :  Object
SmartsDumpVisitor.visit ( ASTExplicitHighAndBond node, Object data )  :  Object
SmartsDumpVisitor.visit ( ASTExplicitHighAndExpression node, Object data )  :  Object
SmartsDumpVisitor.visit ( ASTGroup node, Object data )  :  Object
SmartsDumpVisitor.visit ( ASTHybrdizationNumber node, Object data )  :  Object
SmartsDumpVisitor.visit ( ASTImplicitHCount node, Object data )  :  Object
SmartsDumpVisitor.visit ( ASTImplicitHighAndBond node, Object data )  :  Object
SmartsDumpVisitor.visit ( ASTImplicitHighAndExpression node, Object data )  :  Object
SmartsDumpVisitor.visit ( ASTLowAndBond node, Object data )  :  Object
SmartsDumpVisitor.visit ( ASTLowAndExpression node, Object data )  :  Object
SmartsDumpVisitor.visit ( ASTNonCHHeavyAtom node, Object data )  :  Object
SmartsDumpVisitor.visit ( ASTNotBond node, Object data )  :  Object
SmartsDumpVisitor.visit ( ASTNotExpression node, Object data )  :  Object
SmartsDumpVisitor.visit ( ASTOrBond node, Object data )  :  Object
SmartsDumpVisitor.visit ( ASTOrExpression node, Object data )  :  Object
SmartsDumpVisitor.visit ( ASTPeriodicGroupNumber node, Object data )  :  Object
SmartsDumpVisitor.visit ( ASTPrimitiveAtomExpression node, Object data )  :  Object
SmartsDumpVisitor.visit ( ASTReaction node, Object data )  :  Object
SmartsDumpVisitor.visit ( ASTRecursiveSmartsExpression node, Object data )  :  Object
SmartsDumpVisitor.visit ( ASTRingConnectivity node, Object data )  :  Object
SmartsDumpVisitor.visit ( ASTRingIdentifier node, Object data )  :  Object
SmartsDumpVisitor.visit ( ASTRingMembership node, Object data )  :  Object
SmartsDumpVisitor.visit ( ASTSimpleBond node, Object data )  :  Object
SmartsDumpVisitor.visit ( ASTSmallestRingSize node, Object data )  :  Object
SmartsDumpVisitor.visit ( ASTSmarts node, Object data )  :  Object
SmartsDumpVisitor.visit ( ASTStart node, Object data )  :  Object
SmartsDumpVisitor.visit ( ASTTotalConnectivity node, Object data )  :  Object
SmartsDumpVisitor.visit ( ASTTotalHCount node, Object data )  :  Object
SmartsDumpVisitor.visit ( ASTValence node, Object data )  :  Object
SmartsDumpVisitor.visit ( SimpleNode node, Object data )  :  Object

cdk-1.2.0.jar, SMARTSParser.class
package org.openscience.cdk.smiles.smarts.parser
SMARTSParser.Aliphatic ( )  :  void
SMARTSParser.AnyAtom ( )  :  void
SMARTSParser.Aromatic ( )  :  void
SMARTSParser.AtomExpression ( )  :  ASTAtom
SMARTSParser.AtomicMass ( )  :  void
SMARTSParser.AtomicNumber ( )  :  void
SMARTSParser.Charge ( )  :  void
SMARTSParser.Chirality ( )  :  void
SMARTSParser.disable_tracing ( )  :  void
SMARTSParser.enable_tracing ( )  :  void
SMARTSParser.ExplicitAtomExpression ( )  :  void
SMARTSParser.ExplicitConnectivity ( )  :  void
SMARTSParser.ExplicitHighAndBond ( )  :  void
SMARTSParser.ExplicitHighAndExpression ( )  :  void
SMARTSParser.generateParseException ( )  :  ParseException
SMARTSParser.getNextToken ( )  :  Token
SMARTSParser.getToken ( int index )  :  Token
SMARTSParser.GroupExpression ( )  :  void
SMARTSParser.HybridizationNumber ( )  :  void
SMARTSParser.ImplicitHCount ( )  :  void
SMARTSParser.ImplicitHighAndBond ( )  :  void
SMARTSParser.ImplicitHighAndExpression ( )  :  void
SMARTSParser.LowAndBond ( )  :  void
SMARTSParser.LowAndExpression ( )  :  void
SMARTSParser.NoHydrogenElement ( )  :  void
SMARTSParser.NonCHHeavyAtom ( )  :  void
SMARTSParser.NotBond ( )  :  void
SMARTSParser.NotExpression ( )  :  void
SMARTSParser.OrBond ( )  :  void
SMARTSParser.OrExpression ( )  :  void
SMARTSParser.parse ( String smarts ) [static]  :  QueryAtomContainer
SMARTSParser.PeriodicGroupNumber ( )  :  void
SMARTSParser.PrimitiveAtomExpression ( )  :  void
SMARTSParser.ReactionExpression ( )  :  void
SMARTSParser.RecursiveSmartsExpression ( )  :  void
SMARTSParser.ReInit ( InputStream stream )  :  void
SMARTSParser.ReInit ( Reader stream )  :  void
SMARTSParser.ReInit ( SMARTSParserTokenManager tm )  :  void
SMARTSParser.RingConnectivity ( )  :  void
SMARTSParser.RingIdentifier ( )  :  void
SMARTSParser.RingMembership ( )  :  void
SMARTSParser.SimpleBond ( )  :  void
SMARTSParser.SmallestRingSize ( )  :  void
SMARTSParser.SmartsExpression ( )  :  void
SMARTSParser.SMARTSParser ( InputStream stream )
SMARTSParser.SMARTSParser ( Reader stream )
SMARTSParser.SMARTSParser ( SMARTSParserTokenManager tm )
SMARTSParser.Start ( )  :  ASTStart
SMARTSParser.TotalConnectivity ( )  :  void
SMARTSParser.TotalHCount ( )  :  void
SMARTSParser.Valence ( )  :  void

cdk-1.2.0.jar, SMARTSParserTokenManager.class
package org.openscience.cdk.smiles.smarts.parser
SMARTSParserTokenManager.getNextToken ( )  :  Token
SMARTSParserTokenManager.jjFillToken ( )  :  Token
SMARTSParserTokenManager.ReInit ( SimpleCharStream stream )  :  void
SMARTSParserTokenManager.ReInit ( SimpleCharStream stream, int lexState )  :  void
SMARTSParserTokenManager.setDebugStream ( PrintStream ds )  :  void
SMARTSParserTokenManager.SMARTSParserTokenManager ( SimpleCharStream stream )
SMARTSParserTokenManager.SMARTSParserTokenManager ( SimpleCharStream stream, int lexState )
SMARTSParserTokenManager.SwitchTo ( int lexState )  :  void

cdk-1.2.0.jar, SMARTSParserVisitor.class
package org.openscience.cdk.smiles.smarts.parser
SMARTSParserVisitor.visit ( ASTAliphatic p1, Object p2 ) [abstract]  :  Object
SMARTSParserVisitor.visit ( ASTAnyAtom p1, Object p2 ) [abstract]  :  Object
SMARTSParserVisitor.visit ( ASTAromatic p1, Object p2 ) [abstract]  :  Object
SMARTSParserVisitor.visit ( ASTAtom p1, Object p2 ) [abstract]  :  Object
SMARTSParserVisitor.visit ( ASTAtomicMass p1, Object p2 ) [abstract]  :  Object
SMARTSParserVisitor.visit ( ASTAtomicNumber p1, Object p2 ) [abstract]  :  Object
SMARTSParserVisitor.visit ( ASTCharge p1, Object p2 ) [abstract]  :  Object
SMARTSParserVisitor.visit ( ASTChirality p1, Object p2 ) [abstract]  :  Object
SMARTSParserVisitor.visit ( ASTElement p1, Object p2 ) [abstract]  :  Object
SMARTSParserVisitor.visit ( ASTExplicitAtom p1, Object p2 ) [abstract]  :  Object
SMARTSParserVisitor.visit ( ASTExplicitConnectivity p1, Object p2 ) [abstract]  :  Object
SMARTSParserVisitor.visit ( ASTExplicitHighAndBond p1, Object p2 ) [abstract]  :  Object
SMARTSParserVisitor.visit ( ASTExplicitHighAndExpression p1, Object p2 ) [abstract]  :  Object
SMARTSParserVisitor.visit ( ASTGroup p1, Object p2 ) [abstract]  :  Object
SMARTSParserVisitor.visit ( ASTHybrdizationNumber p1, Object p2 ) [abstract]  :  Object
SMARTSParserVisitor.visit ( ASTImplicitHCount p1, Object p2 ) [abstract]  :  Object
SMARTSParserVisitor.visit ( ASTImplicitHighAndBond p1, Object p2 ) [abstract]  :  Object
SMARTSParserVisitor.visit ( ASTImplicitHighAndExpression p1, Object p2 ) [abstract]  :  Object
SMARTSParserVisitor.visit ( ASTLowAndBond p1, Object p2 ) [abstract]  :  Object
SMARTSParserVisitor.visit ( ASTLowAndExpression p1, Object p2 ) [abstract]  :  Object
SMARTSParserVisitor.visit ( ASTNonCHHeavyAtom p1, Object p2 ) [abstract]  :  Object
SMARTSParserVisitor.visit ( ASTNotBond p1, Object p2 ) [abstract]  :  Object
SMARTSParserVisitor.visit ( ASTNotExpression p1, Object p2 ) [abstract]  :  Object
SMARTSParserVisitor.visit ( ASTOrBond p1, Object p2 ) [abstract]  :  Object
SMARTSParserVisitor.visit ( ASTOrExpression p1, Object p2 ) [abstract]  :  Object
SMARTSParserVisitor.visit ( ASTPeriodicGroupNumber p1, Object p2 ) [abstract]  :  Object
SMARTSParserVisitor.visit ( ASTReaction p1, Object p2 ) [abstract]  :  Object
SMARTSParserVisitor.visit ( ASTRecursiveSmartsExpression p1, Object p2 ) [abstract]  :  Object
SMARTSParserVisitor.visit ( ASTRingConnectivity p1, Object p2 ) [abstract]  :  Object
SMARTSParserVisitor.visit ( ASTRingIdentifier p1, Object p2 ) [abstract]  :  Object
SMARTSParserVisitor.visit ( ASTRingMembership p1, Object p2 ) [abstract]  :  Object
SMARTSParserVisitor.visit ( ASTSimpleBond p1, Object p2 ) [abstract]  :  Object
SMARTSParserVisitor.visit ( ASTSmallestRingSize p1, Object p2 ) [abstract]  :  Object
SMARTSParserVisitor.visit ( ASTSmarts p1, Object p2 ) [abstract]  :  Object
SMARTSParserVisitor.visit ( ASTStart p1, Object p2 ) [abstract]  :  Object
SMARTSParserVisitor.visit ( ASTTotalConnectivity p1, Object p2 ) [abstract]  :  Object
SMARTSParserVisitor.visit ( ASTTotalHCount p1, Object p2 ) [abstract]  :  Object
SMARTSParserVisitor.visit ( ASTValence p1, Object p2 ) [abstract]  :  Object
SMARTSParserVisitor.visit ( SimpleNode p1, Object p2 ) [abstract]  :  Object

cdk-1.2.0.jar, SMARTSQueryTool.class
package org.openscience.cdk.smiles.smarts
SMARTSQueryTool.countMatches ( )  :  int
SMARTSQueryTool.getMatchingAtoms ( )  :  List
SMARTSQueryTool.getSmarts ( )  :  String
SMARTSQueryTool.getUniqueMatchingAtoms ( )  :  List
SMARTSQueryTool.matches ( IAtomContainer atomContainer )  :  boolean
SMARTSQueryTool.matches ( IAtomContainer atomContainer, boolean forceInitialization )  :  boolean
SMARTSQueryTool.setSmarts ( String smarts )  :  void
SMARTSQueryTool.SMARTSQueryTool ( String smarts )

cdk-1.2.0.jar, SmartsQueryVisitor.class
package org.openscience.cdk.smiles.smarts.parser.visitor
SmartsQueryVisitor.getRoot ( Node node )  :  ASTStart
SmartsQueryVisitor.SmartsQueryVisitor ( )
SmartsQueryVisitor.visit ( ASTAliphatic node, Object data )  :  Object
SmartsQueryVisitor.visit ( ASTAnyAtom node, Object data )  :  Object
SmartsQueryVisitor.visit ( ASTAromatic node, Object data )  :  Object
SmartsQueryVisitor.visit ( ASTAtom node, Object data )  :  Object
SmartsQueryVisitor.visit ( ASTAtomicMass node, Object data )  :  Object
SmartsQueryVisitor.visit ( ASTAtomicNumber node, Object data )  :  Object
SmartsQueryVisitor.visit ( ASTCharge node, Object data )  :  Object
SmartsQueryVisitor.visit ( ASTChirality node, Object data )  :  Object
SmartsQueryVisitor.visit ( ASTElement node, Object data )  :  Object
SmartsQueryVisitor.visit ( ASTExplicitAtom node, Object data )  :  Object
SmartsQueryVisitor.visit ( ASTExplicitConnectivity node, Object data )  :  Object
SmartsQueryVisitor.visit ( ASTExplicitHighAndBond node, Object data )  :  Object
SmartsQueryVisitor.visit ( ASTExplicitHighAndExpression node, Object data )  :  Object
SmartsQueryVisitor.visit ( ASTGroup node, Object data )  :  Object
SmartsQueryVisitor.visit ( ASTHybrdizationNumber node, Object data )  :  Object
SmartsQueryVisitor.visit ( ASTImplicitHCount node, Object data )  :  Object
SmartsQueryVisitor.visit ( ASTImplicitHighAndBond node, Object data )  :  Object
SmartsQueryVisitor.visit ( ASTImplicitHighAndExpression node, Object data )  :  Object
SmartsQueryVisitor.visit ( ASTLowAndBond node, Object data )  :  Object
SmartsQueryVisitor.visit ( ASTLowAndExpression node, Object data )  :  Object
SmartsQueryVisitor.visit ( ASTNonCHHeavyAtom node, Object data )  :  Object
SmartsQueryVisitor.visit ( ASTNotBond node, Object data )  :  Object
SmartsQueryVisitor.visit ( ASTNotExpression node, Object data )  :  Object
SmartsQueryVisitor.visit ( ASTOrBond node, Object data )  :  Object
SmartsQueryVisitor.visit ( ASTOrExpression node, Object data )  :  Object
SmartsQueryVisitor.visit ( ASTPeriodicGroupNumber node, Object data )  :  Object
SmartsQueryVisitor.visit ( ASTReaction node, Object data )  :  Object
SmartsQueryVisitor.visit ( ASTRecursiveSmartsExpression node, Object data )  :  Object
SmartsQueryVisitor.visit ( ASTRingConnectivity node, Object data )  :  Object
SmartsQueryVisitor.visit ( ASTRingIdentifier node, Object data )  :  Object
SmartsQueryVisitor.visit ( ASTRingMembership node, Object data )  :  Object
SmartsQueryVisitor.visit ( ASTSimpleBond node, Object data )  :  Object
SmartsQueryVisitor.visit ( ASTSmallestRingSize node, Object data )  :  Object
SmartsQueryVisitor.visit ( ASTSmarts node, Object data )  :  Object
SmartsQueryVisitor.visit ( ASTStart node, Object data )  :  Object
SmartsQueryVisitor.visit ( ASTTotalConnectivity node, Object data )  :  Object
SmartsQueryVisitor.visit ( ASTTotalHCount node, Object data )  :  Object
SmartsQueryVisitor.visit ( ASTValence node, Object data )  :  Object
SmartsQueryVisitor.visit ( SimpleNode node, Object data )  :  Object

cdk-1.2.0.jar, SmilesValencyChecker.class
package org.openscience.cdk.tools
SmilesValencyChecker.calculateNumberOfImplicitHydrogens ( IAtom atom, double bondOrderSum, IBond.Order maxBondOrder, int neighbourCount )  :  int
SmilesValencyChecker.couldMatchAtomType ( IAtom atom, double bondOrderSum, IBond.Order maxBondOrder, IAtomType type )  :  boolean
SmilesValencyChecker.saturateByIncreasingBondOrder ( IBond bond, IAtomContainer atomContainer )  :  boolean
SmilesValencyChecker.unsaturateByDecreasingBondOrder ( IBond bond )  :  boolean

cdk-1.2.0.jar, StabilizationCharges.class
package org.openscience.cdk.charges
StabilizationCharges.calculatePositive ( IAtomContainer atomContainer, IAtom atom )  :  double
StabilizationCharges.StabilizationCharges ( )

cdk-1.2.0.jar, StabilizationPlusChargeDescriptor.class
package org.openscience.cdk.qsar.descriptors.atomic
StabilizationPlusChargeDescriptor.calculate ( IAtom atom, IAtomContainer container )  :  DescriptorValue
StabilizationPlusChargeDescriptor.getDescriptorNames ( )  :  String[ ]
StabilizationPlusChargeDescriptor.getParameterNames ( )  :  String[ ]
StabilizationPlusChargeDescriptor.getParameters ( )  :  Object[ ]
StabilizationPlusChargeDescriptor.getParameterType ( String name )  :  Object
StabilizationPlusChargeDescriptor.getSpecification ( )  :  DescriptorSpecification
StabilizationPlusChargeDescriptor.setParameters ( Object[ ] params )  :  void
StabilizationPlusChargeDescriptor.StabilizationPlusChargeDescriptor ( )

cdk-1.2.0.jar, StandardSubstructureSets.class
package org.openscience.cdk.fingerprint
StandardSubstructureSets.getFunctionalGroupSMARTS ( ) [static]  :  String[ ]

cdk-1.2.0.jar, StaticXmlPullParserWrapper.class
package org.xmlpull.v1.wrapper.classic
StaticXmlPullParserWrapper.getAttributeValue ( String name )  :  String
StaticXmlPullParserWrapper.getPIData ( )  :  String
StaticXmlPullParserWrapper.getPITarget ( )  :  String
StaticXmlPullParserWrapper.getRequiredAttributeValue ( String name )  :  String
StaticXmlPullParserWrapper.getRequiredAttributeValue ( String namespace, String name )  :  String
StaticXmlPullParserWrapper.getRequiredElementText ( String namespace, String name )  :  String
StaticXmlPullParserWrapper.isNil ( )  :  boolean
StaticXmlPullParserWrapper.matches ( int type, String namespace, String name )  :  boolean
StaticXmlPullParserWrapper.nextEndTag ( )  :  void
StaticXmlPullParserWrapper.nextEndTag ( String name )  :  void
StaticXmlPullParserWrapper.nextEndTag ( String namespace, String name )  :  void
StaticXmlPullParserWrapper.nextStartTag ( )  :  void
StaticXmlPullParserWrapper.nextStartTag ( String name )  :  void
StaticXmlPullParserWrapper.nextStartTag ( String namespace, String name )  :  void
StaticXmlPullParserWrapper.nextText ( String namespace, String name )  :  String
StaticXmlPullParserWrapper.readDouble ( )  :  double
StaticXmlPullParserWrapper.readDoubleElement ( String namespace, String name )  :  double
StaticXmlPullParserWrapper.readFloat ( )  :  float
StaticXmlPullParserWrapper.readFloatElement ( String namespace, String name )  :  float
StaticXmlPullParserWrapper.readInt ( )  :  int
StaticXmlPullParserWrapper.readIntElement ( String namespace, String name )  :  int
StaticXmlPullParserWrapper.readString ( )  :  String
StaticXmlPullParserWrapper.readStringElemet ( String namespace, String name )  :  String
StaticXmlPullParserWrapper.skipSubTree ( )  :  void
StaticXmlPullParserWrapper.StaticXmlPullParserWrapper ( XmlPullParser pp )

cdk-1.2.0.jar, StaticXmlSerializerWrapper.class
package org.xmlpull.v1.wrapper.classic
StaticXmlSerializerWrapper.attribute ( String name, String value )  :  XmlSerializerWrapper
StaticXmlSerializerWrapper.element ( String elementName, String elementText )  :  XmlSerializerWrapper
StaticXmlSerializerWrapper.element ( String namespace, String elementName, String elementText )  :  XmlSerializerWrapper
StaticXmlSerializerWrapper.endTag ( String name )  :  XmlSerializerWrapper
StaticXmlSerializerWrapper.escapeAttributeValue ( String value )  :  String
StaticXmlSerializerWrapper.escapeText ( String text )  :  String
StaticXmlSerializerWrapper.event ( XmlPullParser pp )  :  void
StaticXmlSerializerWrapper.fragment ( String xmlFragment )  :  void
StaticXmlSerializerWrapper.getCurrentNamespaceForElements ( )  :  String
StaticXmlSerializerWrapper.setCurrentNamespaceForElements ( String value )  :  String
StaticXmlSerializerWrapper.setPrefix ( String prefix, String namespace )  :  void
StaticXmlSerializerWrapper.startTag ( String name )  :  XmlSerializerWrapper
StaticXmlSerializerWrapper.StaticXmlSerializerWrapper ( XmlSerializer xs, XmlPullWrapperFactory wf )
StaticXmlSerializerWrapper.writeDouble ( double d )  :  void
StaticXmlSerializerWrapper.writeDoubleElement ( String namespace, String name, double d )  :  void
StaticXmlSerializerWrapper.writeFloat ( float f )  :  void
StaticXmlSerializerWrapper.writeFloatElement ( String namespace, String name, float f )  :  void
StaticXmlSerializerWrapper.writeInt ( int i )  :  void
StaticXmlSerializerWrapper.writeIntElement ( String namespace, String name, int i )  :  void
StaticXmlSerializerWrapper.writeString ( String s )  :  void
StaticXmlSerializerWrapper.writeStringElement ( String namespace, String name, String s )  :  void

cdk-1.2.0.jar, StereoBond.class
package org.openscience.cdk.isomorphism.matchers.smarts
StereoBond.matches ( IBond bond )  :  boolean
StereoBond.StereoBond ( )

cdk-1.2.0.jar, Strand.class
package org.openscience.cdk
Strand.getMonomers ( )  :  Map

cdk-1.2.0.jar, StretchBendInteractions.class
package org.openscience.cdk.modeling.forcefield
StretchBendInteractions.setMMFF94StretchBendParameters ( IAtomContainer molecule, Map parameterSet, boolean angleBendingFlag )  :  void

cdk-1.2.0.jar, StringArraySTAttribute.class
package org.xmlcml.cml.base
StringArraySTAttribute.checkValue ( String[ ] ss )  :  void
StringArraySTAttribute.copy ( )  :  Node
StringArraySTAttribute.getCMLValue ( )  :  Object
StringArraySTAttribute.getJavaGetMethod ( )  :  String
StringArraySTAttribute.getJavaShortClassName ( )  :  String
StringArraySTAttribute.getJavaType ( )  :  String
StringArraySTAttribute.getStringArray ( )  :  String[ ]
StringArraySTAttribute.setCMLValue ( String s )  :  void
StringArraySTAttribute.setCMLValue ( String[ ] ss )  :  void
StringArraySTAttribute.StringArraySTAttribute ( Attribute att )
StringArraySTAttribute.StringArraySTAttribute ( Attribute att, String value )
StringArraySTAttribute.StringArraySTAttribute ( String name )
StringArraySTAttribute.StringArraySTAttribute ( StringArraySTAttribute att )

cdk-1.2.0.jar, StringDifference.class
package org.openscience.cdk.tools.diff.tree
StringDifference.construct ( String name, String first, String second ) [static]  :  IDifference
StringDifference.toString ( )  :  String

cdk-1.2.0.jar, StringSTAttribute.class
package org.xmlcml.cml.base
StringSTAttribute.checkValue ( String s )  :  void
StringSTAttribute.copy ( )  :  Node
StringSTAttribute.getJavaGetMethod ( )  :  String
StringSTAttribute.getJavaShortClassName ( )  :  String
StringSTAttribute.getJavaType ( )  :  String
StringSTAttribute.getString ( )  :  String
StringSTAttribute.setCMLValue ( String s )  :  void
StringSTAttribute.StringSTAttribute ( Attribute att )
StringSTAttribute.StringSTAttribute ( Attribute att, String value )
StringSTAttribute.StringSTAttribute ( String name )
StringSTAttribute.StringSTAttribute ( StringSTAttribute att )

cdk-1.2.0.jar, StructGenAtomTypeGuesser.class
package org.openscience.cdk.atomtype
StructGenAtomTypeGuesser.possibleAtomTypes ( IAtomContainer atomContainer, IAtom atom )  :  List

cdk-1.2.0.jar, StructGenMatcher.class
package org.openscience.cdk.atomtype
StructGenMatcher.findMatchingAtomType ( IAtomContainer atomContainer )  :  IAtomType[ ]

cdk-1.2.0.jar, StructureResonanceGenerator.class
package org.openscience.cdk.tools
StructureResonanceGenerator.getContainer ( IMolecule molecule, IAtom atom )  :  IAtomContainer
StructureResonanceGenerator.getContainer ( IMolecule molecule, IBond bond )  :  IAtomContainer
StructureResonanceGenerator.getContainers ( IMolecule molecule )  :  IAtomContainerSet
StructureResonanceGenerator.getMaximalStructures ( )  :  int
StructureResonanceGenerator.getReactions ( )  :  List
StructureResonanceGenerator.getStructures ( IMolecule molecule )  :  IMoleculeSet
StructureResonanceGenerator.setDefaultReactions ( )  :  void
StructureResonanceGenerator.setMaximalStructures ( int maxStruct )  :  void
StructureResonanceGenerator.setReactions ( List newReactionsList )  :  void
StructureResonanceGenerator.StructureResonanceGenerator ( boolean lookingSymmetry )

cdk-1.2.0.jar, SubstructureFingerprinter.class
package org.openscience.cdk.fingerprint
SubstructureFingerprinter.SubstructureFingerprinter ( )
SubstructureFingerprinter.SubstructureFingerprinter ( String[ ] smarts )

cdk-1.2.0.jar, SwingEventRelay.class
package org.openscience.cdk.controller
SwingEventRelay.SwingEventRelay ( JComponent painter )
SwingEventRelay.updateView ( )  :  void

cdk-1.2.0.jar, SwingMouseEventRelay.class
package org.openscience.cdk.controller
SwingMouseEventRelay.mouseClicked ( MouseEvent event )  :  void
SwingMouseEventRelay.mouseDragged ( MouseEvent event )  :  void
SwingMouseEventRelay.mouseEntered ( MouseEvent event )  :  void
SwingMouseEventRelay.mouseExited ( MouseEvent event )  :  void
SwingMouseEventRelay.mouseMoved ( MouseEvent event )  :  void
SwingMouseEventRelay.mousePressed ( MouseEvent event )  :  void
SwingMouseEventRelay.mouseReleased ( MouseEvent event )  :  void
SwingMouseEventRelay.SwingMouseEventRelay ( IMouseEventRelay relay )
SwingMouseEventRelay.updateView ( )  :  void

cdk-1.2.0.jar, SybylAtomTypeMatcher.class
package org.openscience.cdk.atomtype
SybylAtomTypeMatcher.findMatchingAtomType ( IAtomContainer atomContainer )  :  IAtomType[ ]
SybylAtomTypeMatcher.findMatchingAtomType ( IAtomContainer atomContainer, IAtom atom )  :  IAtomType
SybylAtomTypeMatcher.getInstance ( IChemObjectBuilder builder ) [static]  :  SybylAtomTypeMatcher

cdk-1.2.0.jar, Symbols.class
package org.openscience.cdk.config
Symbols.getAtomicNumber ( String symbol ) [static]  :  Integer

cdk-1.2.0.jar, SystemTool.class
package net.sf.jnati
SystemTool.getArchitecture ( ) [static]  :  String
SystemTool.getPlatform ( ) [static]  :  String
SystemTool.main ( String[ ] args ) [static]  :  void
SystemTool.SystemTool ( )

cdk-1.2.0.jar, TableType.class
package org.xmlcml.cml.element
CMLTable.TableType.getTableType ( String t ) [static]  :  CMLTable.TableType
CMLTable.TableType.valueOf ( String name ) [static]  :  CMLTable.TableType
CMLTable.TableType.values ( ) [static]  :  CMLTable.TableType[ ]

cdk-1.2.0.jar, TaeAminoAcidDescriptor.class
package org.openscience.cdk.qsar.descriptors.protein
TaeAminoAcidDescriptor.calculate ( IAtomContainer container )  :  DescriptorValue
TaeAminoAcidDescriptor.getDescriptorNames ( )  :  String[ ]
TaeAminoAcidDescriptor.getDescriptorResultType ( )  :  IDescriptorResult
TaeAminoAcidDescriptor.getParameterNames ( )  :  String[ ]
TaeAminoAcidDescriptor.getParameters ( )  :  Object[ ]
TaeAminoAcidDescriptor.getParameterType ( String name )  :  Object
TaeAminoAcidDescriptor.getSpecification ( )  :  DescriptorSpecification
TaeAminoAcidDescriptor.setParameters ( Object[ ] params )  :  void
TaeAminoAcidDescriptor.TaeAminoAcidDescriptor ( )

cdk-1.2.0.jar, TautomerizationMechanism.class
package org.openscience.cdk.reaction.mechanism
TautomerizationMechanism.initiate ( IMoleculeSet moleculeSet, ArrayList atomList, ArrayList bondList )  :  IReaction
TautomerizationMechanism.TautomerizationMechanism ( )

cdk-1.2.0.jar, TautomerizationReaction.class
package org.openscience.cdk.reaction.type
TautomerizationReaction.getSpecification ( )  :  ReactionSpecification
TautomerizationReaction.initiate ( IMoleculeSet reactants, IMoleculeSet agents )  :  IReactionSet
TautomerizationReaction.TautomerizationReaction ( )

cdk-1.2.0.jar, TempJarSource.class
package net.sf.jnati.deploy.source
TempJarSource.close ( )  :  void
TempJarSource.TempJarSource ( File file, Artefact artefact )

cdk-1.2.0.jar, TemplateExtractor.class
package org.openscience.cdk.modeling.builder3d
TemplateExtractor.makeFingerprintsFromSdf ( boolean anyAtom, boolean anyAtomAnyBond, Map timings, BufferedReader fin, int limit )  :  List

cdk-1.2.0.jar, TemplateHandler.class
package org.openscience.cdk.layout
TemplateHandler.removeMolecule ( IAtomContainer molecule )  :  IAtomContainer

cdk-1.2.0.jar, TemplateHandler3D.class
package org.openscience.cdk.modeling.builder3d
TemplateHandler3D.getLargestRingSet ( List ringSystems )  :  IRingSet

cdk-1.2.0.jar, TestClass.class
package org.openscience.cdk.annotations
TestClass.value ( ) [abstract]  :  String

cdk-1.2.0.jar, TestMethod.class
package org.openscience.cdk.annotations
TestMethod.value ( ) [abstract]  :  String

cdk-1.2.0.jar, Token.class
package org.openscience.cdk.smiles.smarts.parser
Token.newToken ( int ofKind ) [static]  :  Token
Token.Token ( )
Token.toString ( )  :  String

cdk-1.2.0.jar, TokenMgrError.class
package org.openscience.cdk.smiles.smarts.parser
TokenMgrError.addEscapes ( String str ) [static]  :  String
TokenMgrError.getMessage ( )  :  String
TokenMgrError.LexicalError ( boolean EOFSeen, int lexState, int errorLine, int errorColumn, String errorAfter, char curChar ) [static]  :  String
TokenMgrError.TokenMgrError ( )
TokenMgrError.TokenMgrError ( boolean EOFSeen, int lexState, int errorLine, int errorColumn, String errorAfter, char curChar, int reason )
TokenMgrError.TokenMgrError ( String message, int reason )

cdk-1.2.0.jar, ToleranceRangeRule.class
package org.openscience.cdk.formula.rules
ToleranceRangeRule.getParameters ( )  :  Object[ ]
ToleranceRangeRule.setParameters ( Object[ ] params )  :  void
ToleranceRangeRule.ToleranceRangeRule ( )
ToleranceRangeRule.validate ( IMolecularFormula formula )  :  double

cdk-1.2.0.jar, Torsions.class
package org.openscience.cdk.modeling.forcefield
Torsions.setMMFF94TorsionsParameters ( IAtomContainer molecule, Map parameterSet )  :  void

cdk-1.2.0.jar, TotalConnectionAtom.class
package org.openscience.cdk.isomorphism.matchers.smarts
TotalConnectionAtom.getTC ( IAtom atom )  :  int

cdk-1.2.0.jar, TotalHCountAtom.class
package org.openscience.cdk.isomorphism.matchers.smarts
TotalHCountAtom.getHC ( IAtom atom )  :  int

cdk-1.2.0.jar, TPSADescriptor.class
package org.openscience.cdk.qsar.descriptors.molecular
TPSADescriptor.getDescriptorNames ( )  :  String[ ]

cdk-1.2.0.jar, Transform2.class
package org.xmlcml.euclid
Transform2.getRotationAboutPoint ( Angle angle, Real2 point ) [static]  :  Transform2
Transform2.getTransformToRotateAndStretchLine ( Real2 pivotPoint, Real2 movingPoint, Real2 targetPoint ) [static]  :  Transform2
Transform2.Transform2 ( Real2 originIn, Real2 dimensionIn, Real2 originOut, Real2 dimensionOut, boolean keepAspectRatio )
Transform2.Transform2 ( Window2 in, Window2 out, boolean keepAspectRatio )

cdk-1.2.0.jar, Transform3.class
package org.xmlcml.euclid
Transform3.checkNotNull ( Transform3 t ) [static]  :  void
Transform3.getCrystallographicString ( )  :  String
Transform3.incrementTranslation ( Vector3 dt )  :  void
Transform3.setTranslation ( Vector3 t )  :  void

cdk-1.2.0.jar, Type.class
package org.xmlcml.cml.element
CMLAmount.Type.valueOf ( String name ) [static]  :  CMLAmount.Type
CMLAmount.Type.values ( ) [static]  :  CMLAmount.Type[ ]
CMLMatrix.Type.valueOf ( String name ) [static]  :  CMLMatrix.Type
CMLMatrix.Type.values ( ) [static]  :  CMLMatrix.Type[ ]
CMLPeakList.Type.valueOf ( String name ) [static]  :  CMLPeakList.Type
CMLPeakList.Type.values ( ) [static]  :  CMLPeakList.Type[ ]
CMLProperty.Type.valueOf ( String name ) [static]  :  CMLProperty.Type
CMLProperty.Type.values ( ) [static]  :  CMLProperty.Type[ ]
ReactionComponent.Type.valueOf ( String name ) [static]  :  ReactionComponent.Type
ReactionComponent.Type.values ( ) [static]  :  ReactionComponent.Type[ ]
package org.xmlcml.molutil
ChemicalElement.Type.valueOf ( String name ) [static]  :  ChemicalElement.Type
ChemicalElement.Type.values ( ) [static]  :  ChemicalElement.Type[ ]

cdk-1.2.0.jar, TypeGenerator.class
package org.xmlcml.cml.base
TypeGenerator.getMap ( )  :  Map
TypeGenerator.indexSchema ( )  :  void
TypeGenerator.readAssembleAndIndexSchema ( String indir )  :  void
TypeGenerator.setMap ( Map map )  :  void
TypeGenerator.TypeGenerator ( SchemaManager schemaManager )

cdk-1.2.0.jar, UndoAdapter.class
package org.openscience.cdk.controller
UndoAdapter.undoableEditHappened ( UndoableEditEvent arg0 )  :  void
UndoAdapter.UndoAdapter ( UndoManager undoManager )

cdk-1.2.0.jar, Units.class
package org.xmlcml.cml.base
CMLConstants.Units.toString ( )  :  String
CMLConstants.Units.valueOf ( String name ) [static]  :  CMLConstants.Units
CMLConstants.Units.values ( ) [static]  :  CMLConstants.Units[ ]

cdk-1.2.0.jar, UnitsAttribute.class
package org.xmlcml.cml.attribute
UnitsAttribute.UnitsAttribute ( )
UnitsAttribute.UnitsAttribute ( Attribute att )
UnitsAttribute.UnitsAttribute ( String value )

cdk-1.2.0.jar, Univariate.class
package org.xmlcml.euclid
Univariate.betainv ( double x, double p, double q ) [static]  :  double
Univariate.fact ( int n ) [static]  :  double
Univariate.fbeta ( double a, double b ) [static]  :  double
Univariate.fgamma ( double c ) [static]  :  double
Univariate.getArray ( )  :  double[ ]
Univariate.getBinCount ( )  :  int
Univariate.getCount ( )  :  int
Univariate.getDeviateValues ( )  :  RealArray
Univariate.getHistogramCounts ( )  :  int[ ]
Univariate.getMax ( )  :  double
Univariate.getMean ( )  :  double
Univariate.getMedian ( )  :  double
Univariate.getMin ( )  :  double
Univariate.getNormalizedValues ( )  :  RealArray
Univariate.getNormalParams ( int count ) [static]  :  Univariate
Univariate.getQuantile ( double q )  :  double
Univariate.getSortedArray ( )  :  double[ ]
Univariate.getStandardDeviation ( )  :  double
Univariate.getStandardError ( )  :  double
Univariate.getVariance ( )  :  double
Univariate.getXValues ( )  :  RealArray
Univariate.lnfact ( int n ) [static]  :  double
Univariate.lnfbeta ( double a, double b ) [static]  :  double
Univariate.lnfgamma ( double c ) [static]  :  double
Univariate.main ( String[ ] args ) [static]  :  void
Univariate.nCr ( int n, int r ) [static]  :  double
Univariate.nPr ( int n, int r ) [static]  :  double
Univariate.pchisq ( double q, double df )  :  double
Univariate.pf ( double x, double df1, double df2 ) [static]  :  double
Univariate.pnorm ( double x, boolean upper, double mu, double sigma2 ) [static]  :  double
Univariate.pnorm ( double z, boolean upper ) [static]  :  double
Univariate.pt ( double t, double df ) [static]  :  double
Univariate.qnorm ( double p ) [static]  :  double
Univariate.qnorm ( double p, boolean upper ) [static]  :  double
Univariate.qnorm ( double p, boolean upper, double mu, double sigma2 ) [static]  :  double
Univariate.qt ( double p, double ndf, boolean lower_tail ) [static]  :  double
Univariate.setArray ( RealArray realArray )  :  void
Univariate.setBinCount ( int binCount )  :  void
Univariate.test ( ) [static]  :  void
Univariate.Univariate ( )
Univariate.Univariate ( RealArray realArray )

cdk-1.2.0.jar, UniversalIsomorphismTester.class
package org.openscience.cdk.isomorphism
UniversalIsomorphismTester.checkSingleAtomCases ( IAtomContainer g1, IAtomContainer g2 ) [static]  :  List

cdk-1.2.0.jar, Util.class
package org.xmlcml.euclid
Util.addElementToStringArray ( String[ ] array, String s ) [static]  :  String[ ]
Util.BUG ( Exception e ) [static]  :  void
Util.BUG ( String msg ) [static]  :  void
Util.BUG ( String msg, Exception e ) [static]  :  void
Util.BUG ( String msg, Throwable t ) [static]  :  void
Util.BUG ( Throwable t ) [static]  :  void
Util.buildPath ( String[ ] parts ) [static]  :  String
Util.convertLatin1ToUTF8 ( char a ) [static]  :  char[ ]
Util.convertUTF8ToLatin1 ( char a, char b ) [static]  :  char
Util.createFile ( File dir, String filename ) [static]  :  void
Util.getCanonicalDate ( String s ) [static]  :  String
Util.getDouble ( String s ) [static]  :  double
Util.getInputStreamFromResource ( String filename ) [static]  :  InputStream
Util.getPrime ( int i ) [static]  :  int
Util.getResource ( String filename ) [static]  :  URL
Util.getResourceFile ( String[ ] path ) [static]  :  File
Util.getTEMP_DIRECTORY ( ) [static]  :  File
Util.getTestOutputDirectory ( Class classx ) [static]  :  File
Util.isFloat ( String s ) [static]  :  boolean
Util.isFloatArray ( String s, String delimiterRegex ) [static]  :  boolean
Util.isInt ( String s ) [static]  :  boolean
Util.isIntArray ( String s, String delimiterRegex ) [static]  :  boolean
Util.output ( String s ) [static]  :  void
Util.removeElementFromStringArray ( String[ ] array, String s ) [static]  :  String[ ]
Util.replaceISOControlsByMnemonic ( String s ) [static]  :  String
Util.replaceNumericEntityByGreekMnemonics ( String s, String ent ) [static]  :  String
Util.replaceNumericEntityByISOLatinString ( String s, String ent ) [static]  :  String
Util.sortByEmbeddedInteger ( List list ) [static]  :  void
Util.splitToDoubleArray ( String s ) [static]  :  double[ ]
Util.throwNYI ( ) [static]  :  void *DEPRECATED*
Util.translateToMnemonic ( char ch ) [static]  :  String
Util.trimFloat ( double dd, int ndec ) [static]  :  double
Util.truncateAndAddEllipsis ( String s, int maxlength ) [static]  :  String
Util.truncateAndAddNewlinesAndEllipsis ( String s, int maxlength ) [static]  :  String

cdk-1.2.0.jar, VAdjMaDescriptor.class
package org.openscience.cdk.qsar.descriptors.molecular
VAdjMaDescriptor.getDescriptorNames ( )  :  String[ ]

cdk-1.2.0.jar, ValidationReport.class
package org.openscience.cdk.validate
ValidationReport.getCDKErrors ( )  :  List
ValidationReport.getErrors ( )  :  List
ValidationReport.getOKs ( )  :  List
ValidationReport.getWarnings ( )  :  List

cdk-1.2.0.jar, VanDerWaalsInteractions.class
package org.openscience.cdk.modeling.forcefield
VanDerWaalsInteractions.setMMFF94VanDerWaalsParameters ( IAtomContainer molecule, Map parameterSet )  :  void

cdk-1.2.0.jar, VdWRadiusDescriptor.class
package org.openscience.cdk.qsar.descriptors.atomic
VdWRadiusDescriptor.getDescriptorNames ( )  :  String[ ]

cdk-1.2.0.jar, Vector2.class
package org.xmlcml.euclid
Vector2.getPerpProduct ( Vector2 v )  :  double
Vector2.isAntiParallelTo ( Vector2 v, double eps )  :  boolean
Vector2.isParallelTo ( Vector2 v, double eps )  :  boolean
Vector2.projectOnto ( Vector2 v2 )  :  Vector2

cdk-1.2.0.jar, Vector3.class
package org.xmlcml.euclid
Vector3.negativeEquals ( )  :  Vector3
Vector3.normalize ( )  :  Vector3
Vector3.plusEquals ( Vector3 v3 )  :  void
Vector3.round ( )  :  Vector3
Vector3.subtractEquals ( Vector3 v3 )  :  void

cdk-1.2.0.jar, Vibration.class
package org.openscience.cdk
Vibration.getAtomVectors ( )  :  Iterator

cdk-1.2.0.jar, WeightDescriptor.class
package org.openscience.cdk.qsar.descriptors.molecular
WeightDescriptor.getDescriptorNames ( )  :  String[ ]

cdk-1.2.0.jar, WeightedPathDescriptor.class
package org.openscience.cdk.qsar.descriptors.molecular
WeightedPathDescriptor.getDescriptorNames ( )  :  String[ ]

cdk-1.2.0.jar, WHIMDescriptor.class
package org.openscience.cdk.qsar.descriptors.molecular
WHIMDescriptor.getDescriptorNames ( )  :  String[ ]

cdk-1.2.0.jar, WienerNumbersDescriptor.class
package org.openscience.cdk.qsar.descriptors.molecular
WienerNumbersDescriptor.getDescriptorNames ( )  :  String[ ]

cdk-1.2.0.jar, Window2.class
package org.xmlcml.euclid
Window2.drawRect ( Graphics g )  :  void
Window2.fillRect ( Graphics g )  :  void
Window2.getDim ( )  :  Real2
Window2.getExtent ( int axis )  :  Real2
Window2.getFarPoint ( )  :  Real2
Window2.getOrigin ( )  :  Real2
Window2.toString ( )  :  String
Window2.transformBy ( Transform2 tr )  :  void
Window2.Window2 ( Real2 origin, Real2 farPoint )

cdk-1.2.0.jar, WriterFactory.class
package org.openscience.cdk.io
WriterFactory.registerWriter ( Class writer )  :  void

cdk-1.2.0.jar, XLogPDescriptor.class
package org.openscience.cdk.qsar.descriptors.molecular
XLogPDescriptor.getDescriptorNames ( )  :  String[ ]

cdk-1.2.0.jar, XmlAttribute.class
package org.xmlpull.v1.builder
XmlAttribute.clone ( ) [abstract]  :  Object
XmlAttribute.getName ( ) [abstract]  :  String
XmlAttribute.getNamespace ( ) [abstract]  :  XmlNamespace
XmlAttribute.getNamespaceName ( ) [abstract]  :  String
XmlAttribute.getOwner ( ) [abstract]  :  XmlElement
XmlAttribute.getType ( ) [abstract]  :  String
XmlAttribute.getValue ( ) [abstract]  :  String
XmlAttribute.isSpecified ( ) [abstract]  :  boolean

cdk-1.2.0.jar, XmlAttributeAdapter.class
package org.xmlpull.v1.builder.adapter
XmlAttributeAdapter.clone ( )  :  Object
XmlAttributeAdapter.getName ( )  :  String
XmlAttributeAdapter.getNamespace ( )  :  XmlNamespace
XmlAttributeAdapter.getNamespaceName ( )  :  String
XmlAttributeAdapter.getOwner ( )  :  XmlElement
XmlAttributeAdapter.getType ( )  :  String
XmlAttributeAdapter.getValue ( )  :  String
XmlAttributeAdapter.isSpecified ( )  :  boolean
XmlAttributeAdapter.XmlAttributeAdapter ( XmlAttribute target )

cdk-1.2.0.jar, XmlBuilderException.class
package org.xmlpull.v1.builder
XmlBuilderException.getDetail ( )  :  Throwable
XmlBuilderException.getMessage ( )  :  String
XmlBuilderException.printStackTrace ( )  :  void
XmlBuilderException.printStackTrace ( PrintStream ps )  :  void
XmlBuilderException.printStackTrace ( PrintWriter pw )  :  void
XmlBuilderException.XmlBuilderException ( String s )
XmlBuilderException.XmlBuilderException ( String s, Throwable thrwble )

cdk-1.2.0.jar, XmlCharacters.class
package org.xmlpull.v1.builder
XmlCharacters.getText ( ) [abstract]  :  String
XmlCharacters.isWhitespaceContent ( ) [abstract]  :  Boolean

cdk-1.2.0.jar, XmlComment.class
package org.xmlpull.v1.builder
XmlComment.getContent ( ) [abstract]  :  String
XmlComment.getParent ( ) [abstract]  :  XmlContainer

cdk-1.2.0.jar, XmlContained.class
package org.xmlpull.v1.builder
XmlContained.getParent ( ) [abstract]  :  XmlContainer
XmlContained.setParent ( XmlContainer p1 ) [abstract]  :  void

cdk-1.2.0.jar, XmlDoctype.class
package org.xmlpull.v1.builder
XmlDoctype.addProcessingInstruction ( String p1, String p2 ) [abstract]  :  XmlProcessingInstruction
XmlDoctype.children ( ) [abstract]  :  Iterator
XmlDoctype.getParent ( ) [abstract]  :  XmlDocument
XmlDoctype.getPublicIdentifier ( ) [abstract]  :  String
XmlDoctype.getSystemIdentifier ( ) [abstract]  :  String
XmlDoctype.removeAllProcessingInstructions ( ) [abstract]  :  void

cdk-1.2.0.jar, XmlDocument.class
package org.xmlpull.v1.builder
XmlDocument.addChild ( Object p1 ) [abstract]  :  void
XmlDocument.addComment ( String p1 ) [abstract]  :  XmlComment
XmlDocument.addDoctype ( String p1, String p2 ) [abstract]  :  XmlDoctype
XmlDocument.addDocumentElement ( String p1 ) [abstract]  :  XmlElement
XmlDocument.addDocumentElement ( XmlNamespace p1, String p2 ) [abstract]  :  XmlElement
XmlDocument.addNotation ( String p1, String p2, String p3, String p4 ) [abstract]  :  XmlNotation
XmlDocument.addProcessingInstruction ( String p1, String p2 ) [abstract]  :  XmlProcessingInstruction
XmlDocument.children ( ) [abstract]  :  Iterable
XmlDocument.clone ( ) [abstract]  :  Object
XmlDocument.element ( XmlNamespace p1, String p2 ) [abstract]  :  XmlElement
XmlDocument.element ( XmlNamespace p1, String p2, boolean p3 ) [abstract]  :  XmlElement
XmlDocument.getBaseUri ( ) [abstract]  :  String
XmlDocument.getCharacterEncodingScheme ( ) [abstract]  :  String
XmlDocument.getDocumentElement ( ) [abstract]  :  XmlElement
XmlDocument.getVersion ( ) [abstract]  :  String
XmlDocument.insertChild ( int p1, Object p2 ) [abstract]  :  void
XmlDocument.isAllDeclarationsProcessed ( ) [abstract]  :  boolean
XmlDocument.isStandalone ( ) [abstract]  :  Boolean
XmlDocument.newComment ( String p1 ) [abstract]  :  XmlComment
XmlDocument.newDoctype ( String p1, String p2 ) [abstract]  :  XmlDoctype
XmlDocument.newProcessingInstruction ( String p1, String p2 ) [abstract]  :  XmlProcessingInstruction
XmlDocument.notations ( ) [abstract]  :  Iterable
XmlDocument.removeAllChildren ( ) [abstract]  :  void
XmlDocument.removeAllNotations ( ) [abstract]  :  void
XmlDocument.removeAllUnparsedEntities ( ) [abstract]  :  void
XmlDocument.requiredElement ( XmlNamespace p1, String p2 ) [abstract]  :  XmlElement
XmlDocument.setCharacterEncodingScheme ( String p1 ) [abstract]  :  void
XmlDocument.setDocumentElement ( XmlElement p1 ) [abstract]  :  void
XmlDocument.unparsedEntities ( ) [abstract]  :  Iterable

cdk-1.2.0.jar, XmlDocumentAdapter.class
package org.xmlpull.v1.builder.adapter
XmlDocumentAdapter.addChild ( Object child )  :  void
XmlDocumentAdapter.addComment ( String content )  :  XmlComment
XmlDocumentAdapter.addDoctype ( String systemIdentifier, String publicIdentifier )  :  XmlDoctype
XmlDocumentAdapter.addDocumentElement ( String name )  :  XmlElement
XmlDocumentAdapter.addDocumentElement ( XmlNamespace namespace, String name )  :  XmlElement
XmlDocumentAdapter.addNotation ( String name, String systemIdentifier, String publicIdentifier, String declarationBaseUri )  :  XmlNotation
XmlDocumentAdapter.addProcessingInstruction ( String target, String content )  :  XmlProcessingInstruction
XmlDocumentAdapter.children ( )  :  Iterable
XmlDocumentAdapter.clone ( )  :  Object
XmlDocumentAdapter.element ( XmlNamespace n, String name )  :  XmlElement
XmlDocumentAdapter.element ( XmlNamespace n, String name, boolean create )  :  XmlElement
XmlDocumentAdapter.getBaseUri ( )  :  String
XmlDocumentAdapter.getCharacterEncodingScheme ( )  :  String
XmlDocumentAdapter.getDocumentElement ( )  :  XmlElement
XmlDocumentAdapter.getVersion ( )  :  String
XmlDocumentAdapter.insertChild ( int pos, Object child )  :  void
XmlDocumentAdapter.isAllDeclarationsProcessed ( )  :  boolean
XmlDocumentAdapter.isStandalone ( )  :  Boolean
XmlDocumentAdapter.newComment ( String content )  :  XmlComment
XmlDocumentAdapter.newDoctype ( String systemIdentifier, String publicIdentifier )  :  XmlDoctype
XmlDocumentAdapter.newProcessingInstruction ( String target, String content )  :  XmlProcessingInstruction
XmlDocumentAdapter.notations ( )  :  Iterable
XmlDocumentAdapter.removeAllChildren ( )  :  void
XmlDocumentAdapter.removeAllNotations ( )  :  void
XmlDocumentAdapter.removeAllUnparsedEntities ( )  :  void
XmlDocumentAdapter.requiredElement ( XmlNamespace n, String name )  :  XmlElement
XmlDocumentAdapter.setCharacterEncodingScheme ( String characterEncoding )  :  void
XmlDocumentAdapter.setDocumentElement ( XmlElement rootElement )  :  void
XmlDocumentAdapter.unparsedEntities ( )  :  Iterable
XmlDocumentAdapter.XmlDocumentAdapter ( XmlDocument target )

cdk-1.2.0.jar, XmlElement.class
package org.xmlpull.v1.builder
XmlElement.addAttribute ( String p1, String p2 ) [abstract]  :  XmlAttribute
XmlElement.addAttribute ( String p1, String p2, String p3, String p4, String p5, boolean p6 ) [abstract]  :  XmlAttribute
XmlElement.addAttribute ( String p1, XmlNamespace p2, String p3, String p4 ) [abstract]  :  XmlAttribute
XmlElement.addAttribute ( String p1, XmlNamespace p2, String p3, String p4, boolean p5 ) [abstract]  :  XmlAttribute
XmlElement.addAttribute ( XmlAttribute p1 ) [abstract]  :  XmlAttribute
XmlElement.addAttribute ( XmlNamespace p1, String p2, String p3 ) [abstract]  :  XmlAttribute
XmlElement.addChild ( int p1, Object p2 ) [abstract]  :  void
XmlElement.addChild ( Object p1 ) [abstract]  :  void
XmlElement.addElement ( int p1, XmlElement p2 ) [abstract]  :  XmlElement
XmlElement.addElement ( String p1 ) [abstract]  :  XmlElement
XmlElement.addElement ( XmlElement p1 ) [abstract]  :  XmlElement
XmlElement.addElement ( XmlNamespace p1, String p2 ) [abstract]  :  XmlElement
XmlElement.attribute ( String p1 ) [abstract]  :  XmlAttribute
XmlElement.attribute ( XmlNamespace p1, String p2 ) [abstract]  :  XmlAttribute
XmlElement.attributes ( ) [abstract]  :  Iterator
XmlElement.children ( ) [abstract]  :  Iterator
XmlElement.clone ( ) [abstract]  :  Object
XmlElement.declareNamespace ( String p1, String p2 ) [abstract]  :  XmlNamespace
XmlElement.declareNamespace ( XmlNamespace p1 ) [abstract]  :  XmlNamespace
XmlElement.element ( int p1 ) [abstract]  :  XmlElement
XmlElement.element ( XmlNamespace p1, String p2 ) [abstract]  :  XmlElement
XmlElement.element ( XmlNamespace p1, String p2, boolean p3 ) [abstract]  :  XmlElement
XmlElement.elements ( XmlNamespace p1, String p2 ) [abstract]  :  Iterable
XmlElement.ensureAttributeCapacity ( int p1 ) [abstract]  :  void
XmlElement.ensureChildrenCapacity ( int p1 ) [abstract]  :  void
XmlElement.ensureNamespaceDeclarationsCapacity ( int p1 ) [abstract]  :  void
XmlElement.findAttribute ( String p1, String p2 ) [abstract]  :  XmlAttribute *DEPRECATED*
XmlElement.findElementByName ( String p1 ) [abstract]  :  XmlElement *DEPRECATED*
XmlElement.findElementByName ( String p1, String p2 ) [abstract]  :  XmlElement *DEPRECATED*
XmlElement.findElementByName ( String p1, String p2, XmlElement p3 ) [abstract]  :  XmlElement *DEPRECATED*
XmlElement.findElementByName ( String p1, XmlElement p2 ) [abstract]  :  XmlElement *DEPRECATED*
XmlElement.getAttributeValue ( String p1, String p2 ) [abstract]  :  String
XmlElement.getBaseUri ( ) [abstract]  :  String
XmlElement.getName ( ) [abstract]  :  String
XmlElement.getNamespace ( ) [abstract]  :  XmlNamespace
XmlElement.getNamespaceName ( ) [abstract]  :  String
XmlElement.getParent ( ) [abstract]  :  XmlContainer
XmlElement.getRoot ( ) [abstract]  :  XmlContainer
XmlElement.hasAttributes ( ) [abstract]  :  boolean
XmlElement.hasChild ( Object p1 ) [abstract]  :  boolean
XmlElement.hasChildren ( ) [abstract]  :  boolean
XmlElement.hasNamespaceDeclarations ( ) [abstract]  :  boolean
XmlElement.insertChild ( int p1, Object p2 ) [abstract]  :  void
XmlElement.lookupNamespaceByName ( String p1 ) [abstract]  :  XmlNamespace
XmlElement.lookupNamespaceByPrefix ( String p1 ) [abstract]  :  XmlNamespace
XmlElement.namespaces ( ) [abstract]  :  Iterator
XmlElement.newElement ( String p1 ) [abstract]  :  XmlElement
XmlElement.newElement ( String p1, String p2 ) [abstract]  :  XmlElement
XmlElement.newElement ( XmlNamespace p1, String p2 ) [abstract]  :  XmlElement
XmlElement.newNamespace ( String p1 ) [abstract]  :  XmlNamespace
XmlElement.newNamespace ( String p1, String p2 ) [abstract]  :  XmlNamespace
XmlElement.removeAllAttributes ( ) [abstract]  :  void
XmlElement.removeAllChildren ( ) [abstract]  :  void
XmlElement.removeAllNamespaceDeclarations ( ) [abstract]  :  void
XmlElement.removeAttribute ( XmlAttribute p1 ) [abstract]  :  void
XmlElement.removeChild ( Object p1 ) [abstract]  :  void
XmlElement.replaceChild ( Object p1, Object p2 ) [abstract]  :  void
XmlElement.replaceChildrenWithText ( String p1 ) [abstract]  :  void
XmlElement.requiredElement ( XmlNamespace p1, String p2 ) [abstract]  :  XmlElement
XmlElement.requiredElementContent ( ) [abstract]  :  Iterable
XmlElement.requiredTextContent ( ) [abstract]  :  String
XmlElement.setBaseUri ( String p1 ) [abstract]  :  void
XmlElement.setName ( String p1 ) [abstract]  :  void
XmlElement.setNamespace ( XmlNamespace p1 ) [abstract]  :  void
XmlElement.setParent ( XmlContainer p1 ) [abstract]  :  void

cdk-1.2.0.jar, XmlElementAdapter.class
package org.xmlpull.v1.builder.adapter
XmlElementAdapter.addAttribute ( String attributeType, String attributePrefix, String attributeNamespace, String attributeName, String attributeValue, boolean specified )  :  XmlAttribute
XmlElementAdapter.addAttribute ( String name, String value )  :  XmlAttribute
XmlElementAdapter.addAttribute ( String type, XmlNamespace namespace, String name, String value )  :  XmlAttribute
XmlElementAdapter.addAttribute ( String type, XmlNamespace namespace, String name, String value, boolean specified )  :  XmlAttribute
XmlElementAdapter.addAttribute ( XmlAttribute attributeValueToAdd )  :  XmlAttribute
XmlElementAdapter.addAttribute ( XmlNamespace namespace, String name, String value )  :  XmlAttribute
XmlElementAdapter.addChild ( int pos, Object child )  :  void
XmlElementAdapter.addChild ( Object child )  :  void
XmlElementAdapter.addElement ( int pos, XmlElement child )  :  XmlElement
XmlElementAdapter.addElement ( String name )  :  XmlElement
XmlElementAdapter.addElement ( XmlElement child )  :  XmlElement
XmlElementAdapter.addElement ( XmlNamespace namespace, String name )  :  XmlElement
XmlElementAdapter.attribute ( String attributeName )  :  XmlAttribute
XmlElementAdapter.attribute ( XmlNamespace attributeNamespaceName, String attributeName )  :  XmlAttribute
XmlElementAdapter.attributes ( )  :  Iterator
XmlElementAdapter.castOrWrap ( XmlElement el, Class adapterClass ) [static]  :  XmlElementAdapter
XmlElementAdapter.children ( )  :  Iterator
XmlElementAdapter.clone ( )  :  Object
XmlElementAdapter.declareNamespace ( String prefix, String namespaceName )  :  XmlNamespace
XmlElementAdapter.declareNamespace ( XmlNamespace namespace )  :  XmlNamespace
XmlElementAdapter.element ( int position )  :  XmlElement
XmlElementAdapter.element ( XmlNamespace n, String name )  :  XmlElement
XmlElementAdapter.element ( XmlNamespace n, String name, boolean create )  :  XmlElement
XmlElementAdapter.elements ( XmlNamespace n, String name )  :  Iterable
XmlElementAdapter.ensureAttributeCapacity ( int minCapacity )  :  void
XmlElementAdapter.ensureChildrenCapacity ( int minCapacity )  :  void
XmlElementAdapter.ensureNamespaceDeclarationsCapacity ( int minCapacity )  :  void
XmlElementAdapter.findAttribute ( String attributeNamespaceName, String attributeName )  :  XmlAttribute
XmlElementAdapter.findElementByName ( String name )  :  XmlElement
XmlElementAdapter.findElementByName ( String name, XmlElement elementToStartLooking )  :  XmlElement
XmlElementAdapter.findElementByName ( String namespaceName, String name )  :  XmlElement
XmlElementAdapter.findElementByName ( String namespaceName, String name, XmlElement elementToStartLooking )  :  XmlElement
XmlElementAdapter.getAttributeValue ( String attributeNamespaceName, String attributeName )  :  String
XmlElementAdapter.getBaseUri ( )  :  String
XmlElementAdapter.getName ( )  :  String
XmlElementAdapter.getNamespace ( )  :  XmlNamespace
XmlElementAdapter.getNamespaceName ( )  :  String
XmlElementAdapter.getParent ( )  :  XmlContainer
XmlElementAdapter.getRoot ( )  :  XmlContainer
XmlElementAdapter.getTarget ( )  :  XmlElement
XmlElementAdapter.getTopAdapter ( )  :  XmlElementAdapter
XmlElementAdapter.hasAttributes ( )  :  boolean
XmlElementAdapter.hasChild ( Object child )  :  boolean
XmlElementAdapter.hasChildren ( )  :  boolean
XmlElementAdapter.hasNamespaceDeclarations ( )  :  boolean
XmlElementAdapter.insertChild ( int pos, Object childToInsert )  :  void
XmlElementAdapter.lookupNamespaceByName ( String namespaceName )  :  XmlNamespace
XmlElementAdapter.lookupNamespaceByPrefix ( String namespacePrefix )  :  XmlNamespace
XmlElementAdapter.namespaces ( )  :  Iterator
XmlElementAdapter.newElement ( String name )  :  XmlElement
XmlElementAdapter.newElement ( String namespaceName, String name )  :  XmlElement
XmlElementAdapter.newElement ( XmlNamespace namespace, String name )  :  XmlElement
XmlElementAdapter.newNamespace ( String namespaceName )  :  XmlNamespace
XmlElementAdapter.newNamespace ( String prefix, String namespaceName )  :  XmlNamespace
XmlElementAdapter.removeAllAttributes ( )  :  void
XmlElementAdapter.removeAllChildren ( )  :  void
XmlElementAdapter.removeAllNamespaceDeclarations ( )  :  void
XmlElementAdapter.removeAttribute ( XmlAttribute attr )  :  void
XmlElementAdapter.removeChild ( Object child )  :  void
XmlElementAdapter.replaceChild ( Object newChild, Object oldChild )  :  void
XmlElementAdapter.replaceChildrenWithText ( String textContent )  :  void
XmlElementAdapter.requiredElement ( XmlNamespace n, String name )  :  XmlElement
XmlElementAdapter.requiredElementContent ( )  :  Iterable
XmlElementAdapter.requiredTextContent ( )  :  String
XmlElementAdapter.setBaseUri ( String baseUri )  :  void
XmlElementAdapter.setName ( String name )  :  void
XmlElementAdapter.setNamespace ( XmlNamespace namespace )  :  void
XmlElementAdapter.setParent ( XmlContainer parent )  :  void
XmlElementAdapter.setTopAdapter ( XmlElementAdapter adapter )  :  void
XmlElementAdapter.XmlElementAdapter ( XmlElement target )

cdk-1.2.0.jar, XmlInfosetBuilder.class
package org.xmlpull.v1.builder
XmlInfosetBuilder.getFactory ( )  :  XmlPullParserFactory
XmlInfosetBuilder.newDocument ( )  :  XmlDocument
XmlInfosetBuilder.newDocument ( String p1, Boolean p2, String p3 ) [abstract]  :  XmlDocument
XmlInfosetBuilder.newFragment ( String p1 ) [abstract]  :  XmlElement
XmlInfosetBuilder.newFragment ( String p1, String p2 ) [abstract]  :  XmlElement
XmlInfosetBuilder.newFragment ( XmlNamespace p1, String p2 ) [abstract]  :  XmlElement
XmlInfosetBuilder.newInstance ( ) [static]  :  XmlInfosetBuilder
XmlInfosetBuilder.newInstance ( XmlPullParserFactory factory ) [static]  :  XmlInfosetBuilder
XmlInfosetBuilder.newNamespace ( String p1 ) [abstract]  :  XmlNamespace
XmlInfosetBuilder.newNamespace ( String p1, String p2 ) [abstract]  :  XmlNamespace
XmlInfosetBuilder.parse ( XmlPullParser p1 ) [abstract]  :  XmlDocument
XmlInfosetBuilder.parseFragementFromInputStream ( InputStream is, String encoding )  :  XmlElement
XmlInfosetBuilder.parseFragment ( XmlPullParser p1 ) [abstract]  :  XmlElement
XmlInfosetBuilder.parseFragmentFromInputStream ( InputStream is )  :  XmlElement
XmlInfosetBuilder.parseFragmentFromReader ( Reader reader )  :  XmlElement
XmlInfosetBuilder.parseInputStream ( InputStream is )  :  XmlDocument
XmlInfosetBuilder.parseInputStream ( InputStream is, String encoding )  :  XmlDocument
XmlInfosetBuilder.parseItem ( XmlPullParser p1 ) [abstract]  :  Object
XmlInfosetBuilder.parseLocation ( String p1 ) [abstract]  :  XmlDocument
XmlInfosetBuilder.parseReader ( Reader reader )  :  XmlDocument
XmlInfosetBuilder.parseStartTag ( XmlPullParser p1 ) [abstract]  :  XmlElement
XmlInfosetBuilder.serialize ( Object p1, XmlSerializer p2 ) [abstract]  :  void
XmlInfosetBuilder.serializeEndTag ( XmlElement p1, XmlSerializer p2 ) [abstract]  :  void
XmlInfosetBuilder.serializeItem ( Object p1, XmlSerializer p2 ) [abstract]  :  void
XmlInfosetBuilder.serializeStartTag ( XmlElement p1, XmlSerializer p2 ) [abstract]  :  void
XmlInfosetBuilder.serializeToOutputStream ( Object item, OutputStream os )  :  void
XmlInfosetBuilder.serializeToOutputStream ( Object item, OutputStream os, String encoding )  :  void
XmlInfosetBuilder.serializeToString ( Object item )  :  String
XmlInfosetBuilder.serializeToWriter ( Object item, Writer writer )  :  void
XmlInfosetBuilder.skipSubTree ( XmlPullParser pp )  :  void
XmlInfosetBuilder.XmlInfosetBuilder ( )

cdk-1.2.0.jar, XmlNamespace.class
package org.xmlpull.v1.builder
XmlNamespace.getNamespaceName ( ) [abstract]  :  String
XmlNamespace.getPrefix ( ) [abstract]  :  String

cdk-1.2.0.jar, XmlNotation.class
package org.xmlpull.v1.builder
XmlNotation.getDeclarationBaseUri ( ) [abstract]  :  String
XmlNotation.getName ( ) [abstract]  :  String
XmlNotation.getPublicIdentifier ( ) [abstract]  :  String
XmlNotation.getSystemIdentifier ( ) [abstract]  :  String

cdk-1.2.0.jar, XmlProcessingInstruction.class
package org.xmlpull.v1.builder
XmlProcessingInstruction.getBaseUri ( ) [abstract]  :  String
XmlProcessingInstruction.getContent ( ) [abstract]  :  String
XmlProcessingInstruction.getNotation ( ) [abstract]  :  XmlNotation
XmlProcessingInstruction.getParent ( ) [abstract]  :  XmlContainer
XmlProcessingInstruction.getTarget ( ) [abstract]  :  String

cdk-1.2.0.jar, XmlPullParser.class
package org.xmlpull.v1
XmlPullParser.defineEntityReplacementText ( String p1, String p2 ) [abstract]  :  void
XmlPullParser.getAttributeCount ( ) [abstract]  :  int
XmlPullParser.getAttributeName ( int p1 ) [abstract]  :  String
XmlPullParser.getAttributeNamespace ( int p1 ) [abstract]  :  String
XmlPullParser.getAttributePrefix ( int p1 ) [abstract]  :  String
XmlPullParser.getAttributeType ( int p1 ) [abstract]  :  String
XmlPullParser.getAttributeValue ( int p1 ) [abstract]  :  String
XmlPullParser.getAttributeValue ( String p1, String p2 ) [abstract]  :  String
XmlPullParser.getColumnNumber ( ) [abstract]  :  int
XmlPullParser.getDepth ( ) [abstract]  :  int
XmlPullParser.getEventType ( ) [abstract]  :  int
XmlPullParser.getFeature ( String p1 ) [abstract]  :  boolean
XmlPullParser.getInputEncoding ( ) [abstract]  :  String
XmlPullParser.getLineNumber ( ) [abstract]  :  int
XmlPullParser.getName ( ) [abstract]  :  String
XmlPullParser.getNamespace ( ) [abstract]  :  String
XmlPullParser.getNamespace ( String p1 ) [abstract]  :  String
XmlPullParser.getNamespaceCount ( int p1 ) [abstract]  :  int
XmlPullParser.getNamespacePrefix ( int p1 ) [abstract]  :  String
XmlPullParser.getNamespaceUri ( int p1 ) [abstract]  :  String
XmlPullParser.getPositionDescription ( ) [abstract]  :  String
XmlPullParser.getPrefix ( ) [abstract]  :  String
XmlPullParser.getProperty ( String p1 ) [abstract]  :  Object
XmlPullParser.getText ( ) [abstract]  :  String
XmlPullParser.getTextCharacters ( int[ ] p1 ) [abstract]  :  char[ ]
XmlPullParser.isAttributeDefault ( int p1 ) [abstract]  :  boolean
XmlPullParser.isEmptyElementTag ( ) [abstract]  :  boolean
XmlPullParser.isWhitespace ( ) [abstract]  :  boolean
XmlPullParser.next ( ) [abstract]  :  int
XmlPullParser.nextTag ( ) [abstract]  :  int
XmlPullParser.nextText ( ) [abstract]  :  String
XmlPullParser.nextToken ( ) [abstract]  :  int
XmlPullParser.require ( int p1, String p2, String p3 ) [abstract]  :  void
XmlPullParser.setFeature ( String p1, boolean p2 ) [abstract]  :  void
XmlPullParser.setInput ( InputStream p1, String p2 ) [abstract]  :  void
XmlPullParser.setInput ( Reader p1 ) [abstract]  :  void
XmlPullParser.setProperty ( String p1, Object p2 ) [abstract]  :  void

cdk-1.2.0.jar, XmlPullParserDelegate.class
package org.xmlpull.v1.wrapper.classic
XmlPullParserDelegate.defineEntityReplacementText ( String entityName, String replacementText )  :  void
XmlPullParserDelegate.getAttributeCount ( )  :  int
XmlPullParserDelegate.getAttributeName ( int index )  :  String
XmlPullParserDelegate.getAttributeNamespace ( int index )  :  String
XmlPullParserDelegate.getAttributePrefix ( int index )  :  String
XmlPullParserDelegate.getAttributeType ( int index )  :  String
XmlPullParserDelegate.getAttributeValue ( int index )  :  String
XmlPullParserDelegate.getAttributeValue ( String namespace, String name )  :  String
XmlPullParserDelegate.getColumnNumber ( )  :  int
XmlPullParserDelegate.getDepth ( )  :  int
XmlPullParserDelegate.getEventType ( )  :  int
XmlPullParserDelegate.getFeature ( String name )  :  boolean
XmlPullParserDelegate.getInputEncoding ( )  :  String
XmlPullParserDelegate.getLineNumber ( )  :  int
XmlPullParserDelegate.getName ( )  :  String
XmlPullParserDelegate.getNamespace ( )  :  String
XmlPullParserDelegate.getNamespace ( String prefix )  :  String
XmlPullParserDelegate.getNamespaceCount ( int depth )  :  int
XmlPullParserDelegate.getNamespacePrefix ( int pos )  :  String
XmlPullParserDelegate.getNamespaceUri ( int pos )  :  String
XmlPullParserDelegate.getPositionDescription ( )  :  String
XmlPullParserDelegate.getPrefix ( )  :  String
XmlPullParserDelegate.getProperty ( String name )  :  Object
XmlPullParserDelegate.getText ( )  :  String
XmlPullParserDelegate.getTextCharacters ( int[ ] holderForStartAndLength )  :  char[ ]
XmlPullParserDelegate.isAttributeDefault ( int index )  :  boolean
XmlPullParserDelegate.isEmptyElementTag ( )  :  boolean
XmlPullParserDelegate.isWhitespace ( )  :  boolean
XmlPullParserDelegate.next ( )  :  int
XmlPullParserDelegate.nextTag ( )  :  int
XmlPullParserDelegate.nextText ( )  :  String
XmlPullParserDelegate.nextToken ( )  :  int
XmlPullParserDelegate.require ( int type, String namespace, String name )  :  void
XmlPullParserDelegate.setFeature ( String name, boolean state )  :  void
XmlPullParserDelegate.setInput ( InputStream inputStream, String inputEncoding )  :  void
XmlPullParserDelegate.setInput ( Reader in )  :  void
XmlPullParserDelegate.setProperty ( String name, Object value )  :  void
XmlPullParserDelegate.XmlPullParserDelegate ( XmlPullParser pp )

cdk-1.2.0.jar, XmlPullParserException.class
package org.xmlpull.v1
XmlPullParserException.getColumnNumber ( )  :  int
XmlPullParserException.getDetail ( )  :  Throwable
XmlPullParserException.getLineNumber ( )  :  int
XmlPullParserException.printStackTrace ( )  :  void
XmlPullParserException.XmlPullParserException ( String msg, XmlPullParser parser, Throwable chain )
XmlPullParserException.XmlPullParserException ( String s )

cdk-1.2.0.jar, XmlPullParserFactory.class
package org.xmlpull.v1
XmlPullParserFactory.getFeature ( String name )  :  boolean
XmlPullParserFactory.isNamespaceAware ( )  :  boolean
XmlPullParserFactory.isValidating ( )  :  boolean
XmlPullParserFactory.newInstance ( ) [static]  :  XmlPullParserFactory
XmlPullParserFactory.newInstance ( String classNames, Class context ) [static]  :  XmlPullParserFactory
XmlPullParserFactory.newPullParser ( )  :  XmlPullParser
XmlPullParserFactory.newSerializer ( )  :  XmlSerializer
XmlPullParserFactory.setFeature ( String name, boolean state )  :  void
XmlPullParserFactory.setNamespaceAware ( boolean awareness )  :  void
XmlPullParserFactory.setValidating ( boolean validating )  :  void
XmlPullParserFactory.XmlPullParserFactory ( )

cdk-1.2.0.jar, XmlPullParserPool.class
package org.xmlpull.v1.parser_pool
XmlPullParserPool.getPullParserFromPool ( )  :  XmlPullParser
XmlPullParserPool.main ( String[ ] args ) [static]  :  void
XmlPullParserPool.newParser ( )  :  XmlPullParser
XmlPullParserPool.returnPullParserToPool ( XmlPullParser pp )  :  void
XmlPullParserPool.XmlPullParserPool ( )
XmlPullParserPool.XmlPullParserPool ( XmlPullParserFactory factory )

cdk-1.2.0.jar, XmlPullParserWrapper.class
package org.xmlpull.v1.wrapper
XmlPullParserWrapper.getAttributeValue ( String p1 ) [abstract]  :  String
XmlPullParserWrapper.getPIData ( ) [abstract]  :  String
XmlPullParserWrapper.getPITarget ( ) [abstract]  :  String
XmlPullParserWrapper.getRequiredAttributeValue ( String p1 ) [abstract]  :  String
XmlPullParserWrapper.getRequiredAttributeValue ( String p1, String p2 ) [abstract]  :  String
XmlPullParserWrapper.getRequiredElementText ( String p1, String p2 ) [abstract]  :  String
XmlPullParserWrapper.isNil ( ) [abstract]  :  boolean
XmlPullParserWrapper.matches ( int p1, String p2, String p3 ) [abstract]  :  boolean
XmlPullParserWrapper.nextEndTag ( ) [abstract]  :  void
XmlPullParserWrapper.nextEndTag ( String p1 ) [abstract]  :  void
XmlPullParserWrapper.nextEndTag ( String p1, String p2 ) [abstract]  :  void
XmlPullParserWrapper.nextStartTag ( ) [abstract]  :  void
XmlPullParserWrapper.nextStartTag ( String p1 ) [abstract]  :  void
XmlPullParserWrapper.nextStartTag ( String p1, String p2 ) [abstract]  :  void
XmlPullParserWrapper.nextText ( String p1, String p2 ) [abstract]  :  String
XmlPullParserWrapper.skipSubTree ( ) [abstract]  :  void

cdk-1.2.0.jar, XmlPullUtil.class
package org.xmlpull.v1.util
XmlPullUtil.getAttributeValue ( XmlPullParser pp, String name ) [static]  :  String
XmlPullUtil.getPIData ( XmlPullParser pp ) [static]  :  String
XmlPullUtil.getPITarget ( XmlPullParser pp ) [static]  :  String
XmlPullUtil.getRequiredAttributeValue ( XmlPullParser pp, String namespace, String name ) [static]  :  String
XmlPullUtil.matches ( XmlPullParser pp, int type, String namespace, String name ) [static]  :  boolean
XmlPullUtil.nextEndTag ( XmlPullParser pp ) [static]  :  void
XmlPullUtil.nextEndTag ( XmlPullParser pp, String namespace, String name ) [static]  :  void
XmlPullUtil.nextStartTag ( XmlPullParser pp ) [static]  :  void
XmlPullUtil.nextStartTag ( XmlPullParser pp, String name ) [static]  :  void
XmlPullUtil.nextStartTag ( XmlPullParser pp, String namespace, String name ) [static]  :  void
XmlPullUtil.nextText ( XmlPullParser pp, String namespace, String name ) [static]  :  String
XmlPullUtil.skipSubTree ( XmlPullParser pp ) [static]  :  void
XmlPullUtil.writeSimpleElement ( XmlSerializer serializer, String namespace, String elementName, String elementText ) [static]  :  void

cdk-1.2.0.jar, XmlPullWrapperFactory.class
package org.xmlpull.v1.wrapper
XmlPullWrapperFactory.getFactory ( )  :  XmlPullParserFactory
XmlPullWrapperFactory.getFeature ( String name )  :  boolean
XmlPullWrapperFactory.isNamespaceAware ( )  :  boolean
XmlPullWrapperFactory.isValidating ( )  :  boolean
XmlPullWrapperFactory.newInstance ( ) [static]  :  XmlPullWrapperFactory
XmlPullWrapperFactory.newInstance ( String classNames, Class context ) [static]  :  XmlPullWrapperFactory
XmlPullWrapperFactory.newInstance ( XmlPullParserFactory factory ) [static]  :  XmlPullWrapperFactory
XmlPullWrapperFactory.newPullParserWrapper ( )  :  XmlPullParserWrapper
XmlPullWrapperFactory.newPullParserWrapper ( XmlPullParser pp )  :  XmlPullParserWrapper
XmlPullWrapperFactory.newSerializerWrapper ( )  :  XmlSerializerWrapper
XmlPullWrapperFactory.newSerializerWrapper ( XmlSerializer xs )  :  XmlSerializerWrapper
XmlPullWrapperFactory.setFeature ( String name, boolean state )  :  void
XmlPullWrapperFactory.setNamespaceAware ( boolean awareness )  :  void
XmlPullWrapperFactory.setValidating ( boolean validating )  :  void
XmlPullWrapperFactory.XmlPullWrapperFactory ( XmlPullParserFactory factory )

cdk-1.2.0.jar, XmlSerializable.class
package org.xmlpull.v1.builder
XmlSerializable.serialize ( XmlSerializer p1 ) [abstract]  :  void

cdk-1.2.0.jar, XmlSerializer.class
package org.xmlpull.v1
XmlSerializer.attribute ( String p1, String p2, String p3 ) [abstract]  :  XmlSerializer
XmlSerializer.cdsect ( String p1 ) [abstract]  :  void
XmlSerializer.comment ( String p1 ) [abstract]  :  void
XmlSerializer.docdecl ( String p1 ) [abstract]  :  void
XmlSerializer.endDocument ( ) [abstract]  :  void
XmlSerializer.endTag ( String p1, String p2 ) [abstract]  :  XmlSerializer
XmlSerializer.entityRef ( String p1 ) [abstract]  :  void
XmlSerializer.flush ( ) [abstract]  :  void
XmlSerializer.getDepth ( ) [abstract]  :  int
XmlSerializer.getFeature ( String p1 ) [abstract]  :  boolean
XmlSerializer.getName ( ) [abstract]  :  String
XmlSerializer.getNamespace ( ) [abstract]  :  String
XmlSerializer.getPrefix ( String p1, boolean p2 ) [abstract]  :  String
XmlSerializer.getProperty ( String p1 ) [abstract]  :  Object
XmlSerializer.ignorableWhitespace ( String p1 ) [abstract]  :  void
XmlSerializer.processingInstruction ( String p1 ) [abstract]  :  void
XmlSerializer.setFeature ( String p1, boolean p2 ) [abstract]  :  void
XmlSerializer.setOutput ( OutputStream p1, String p2 ) [abstract]  :  void
XmlSerializer.setOutput ( Writer p1 ) [abstract]  :  void
XmlSerializer.setPrefix ( String p1, String p2 ) [abstract]  :  void
XmlSerializer.setProperty ( String p1, Object p2 ) [abstract]  :  void
XmlSerializer.startDocument ( String p1, Boolean p2 ) [abstract]  :  void
XmlSerializer.startTag ( String p1, String p2 ) [abstract]  :  XmlSerializer
XmlSerializer.text ( char[ ] p1, int p2, int p3 ) [abstract]  :  XmlSerializer
XmlSerializer.text ( String p1 ) [abstract]  :  XmlSerializer

cdk-1.2.0.jar, XmlSerializerDelegate.class
package org.xmlpull.v1.wrapper.classic
XmlSerializerDelegate.attribute ( String namespace, String name, String value )  :  XmlSerializer
XmlSerializerDelegate.cdsect ( String text )  :  void
XmlSerializerDelegate.comment ( String text )  :  void
XmlSerializerDelegate.docdecl ( String text )  :  void
XmlSerializerDelegate.endDocument ( )  :  void
XmlSerializerDelegate.endTag ( String namespace, String name )  :  XmlSerializer
XmlSerializerDelegate.entityRef ( String text )  :  void
XmlSerializerDelegate.flush ( )  :  void
XmlSerializerDelegate.getDepth ( )  :  int
XmlSerializerDelegate.getFeature ( String name )  :  boolean
XmlSerializerDelegate.getName ( )  :  String
XmlSerializerDelegate.getNamespace ( )  :  String
XmlSerializerDelegate.getPrefix ( String namespace, boolean generatePrefix )  :  String
XmlSerializerDelegate.getProperty ( String name )  :  Object
XmlSerializerDelegate.ignorableWhitespace ( String text )  :  void
XmlSerializerDelegate.processingInstruction ( String text )  :  void
XmlSerializerDelegate.setFeature ( String name, boolean state )  :  void
XmlSerializerDelegate.setOutput ( OutputStream os, String encoding )  :  void
XmlSerializerDelegate.setOutput ( Writer writer )  :  void
XmlSerializerDelegate.setPrefix ( String prefix, String namespace )  :  void
XmlSerializerDelegate.setProperty ( String name, Object value )  :  void
XmlSerializerDelegate.startDocument ( String encoding, Boolean standalone )  :  void
XmlSerializerDelegate.startTag ( String namespace, String name )  :  XmlSerializer
XmlSerializerDelegate.text ( char[ ] buf, int start, int len )  :  XmlSerializer
XmlSerializerDelegate.text ( String text )  :  XmlSerializer
XmlSerializerDelegate.XmlSerializerDelegate ( XmlSerializer serializer )

cdk-1.2.0.jar, XmlSerializerWrapper.class
package org.xmlpull.v1.wrapper
XmlSerializerWrapper.attribute ( String p1, String p2 ) [abstract]  :  XmlSerializerWrapper
XmlSerializerWrapper.element ( String p1, String p2 ) [abstract]  :  XmlSerializerWrapper
XmlSerializerWrapper.element ( String p1, String p2, String p3 ) [abstract]  :  XmlSerializerWrapper
XmlSerializerWrapper.endTag ( String p1 ) [abstract]  :  XmlSerializerWrapper
XmlSerializerWrapper.escapeAttributeValue ( String p1 ) [abstract]  :  String
XmlSerializerWrapper.escapeText ( String p1 ) [abstract]  :  String
XmlSerializerWrapper.event ( XmlPullParser p1 ) [abstract]  :  void
XmlSerializerWrapper.fragment ( String p1 ) [abstract]  :  void
XmlSerializerWrapper.getCurrentNamespaceForElements ( ) [abstract]  :  String
XmlSerializerWrapper.setCurrentNamespaceForElements ( String p1 ) [abstract]  :  String
XmlSerializerWrapper.startTag ( String p1 ) [abstract]  :  XmlSerializerWrapper

cdk-1.2.0.jar, XmlUnexpandedEntityReference.class
package org.xmlpull.v1.builder
XmlUnexpandedEntityReference.getDeclarationBaseUri ( ) [abstract]  :  String
XmlUnexpandedEntityReference.getName ( ) [abstract]  :  String
XmlUnexpandedEntityReference.getParent ( ) [abstract]  :  XmlElement
XmlUnexpandedEntityReference.getPublicIdentifier ( ) [abstract]  :  String
XmlUnexpandedEntityReference.getSystemIdentifier ( ) [abstract]  :  String

cdk-1.2.0.jar, XmlUnparsedEntity.class
package org.xmlpull.v1.builder
XmlUnparsedEntity.getDeclarationBaseUri ( ) [abstract]  :  String
XmlUnparsedEntity.getName ( ) [abstract]  :  String
XmlUnparsedEntity.getNotation ( ) [abstract]  :  XmlNotation
XmlUnparsedEntity.getNotationName ( ) [abstract]  :  String
XmlUnparsedEntity.getPublicIdentifier ( ) [abstract]  :  String
XmlUnparsedEntity.getSystemIdentifier ( ) [abstract]  :  String

cdk-1.2.0.jar, ZagrebIndexDescriptor.class
package org.openscience.cdk.qsar.descriptors.molecular
ZagrebIndexDescriptor.getDescriptorNames ( )  :  String[ ]

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Removed Methods (11701)

cdk-1.0.4.jar, _CollectionManagerStub.class
package org.apache.xindice.client.corba.db
_CollectionManagerStub._CollectionManagerStub ( )
_CollectionManagerStub._ids ( )  :  String[ ]
_CollectionManagerStub.createCollection ( String path, EncodedBuffer config )  :  Collection
_CollectionManagerStub.createIndexer ( EncodedBuffer config )  :  void
_CollectionManagerStub.createXMLObject ( EncodedBuffer config )  :  void
_CollectionManagerStub.dropCollection ( String path )  :  void
_CollectionManagerStub.dropIndexer ( String nam )  :  void
_CollectionManagerStub.dropXMLObject ( String nam )  :  void
_CollectionManagerStub.getCanonicalName ( )  :  String
_CollectionManagerStub.getName ( )  :  String
_CollectionManagerStub.listIndexers ( )  :  String[ ]
_CollectionManagerStub.listXMLObjects ( )  :  String[ ]
_CollectionManagerStub.remove ( )  :  void

cdk-1.0.4.jar, _CollectionStub.class
package org.apache.xindice.client.corba.db
_CollectionStub._CollectionStub ( )
_CollectionStub._ids ( )  :  String[ ]
_CollectionStub.createNewOID ( )  :  String
_CollectionStub.getCanonicalName ( )  :  String
_CollectionStub.getCollection ( String path )  :  Collection
_CollectionStub.getCollectionManager ( )  :  CollectionManager
_CollectionStub.getDocument ( String id, long stamp )  :  EncodedBuffer
_CollectionStub.getDocumentCount ( )  :  int
_CollectionStub.getDocuments ( )  :  DocumentSet
_CollectionStub.getName ( )  :  String
_CollectionStub.getParentCollection ( )  :  Collection
_CollectionStub.insertDocument ( String nam, EncodedBuffer doc )  :  String
_CollectionStub.invokeXMLObject ( String uri )  :  EncodedBuffer
_CollectionStub.listCollections ( )  :  String[ ]
_CollectionStub.listDocuments ( )  :  String[ ]
_CollectionStub.queryCollection ( String style, String query, NamedVal[ ] namespaces, long stamp )  :  EncodedBuffer
_CollectionStub.queryDocument ( String style, String query, NamedVal[ ] namespaces, String id, long stamp )  :  EncodedBuffer
_CollectionStub.remove ( )  :  void
_CollectionStub.removeDocument ( String id )  :  void
_CollectionStub.setDocument ( String id, EncodedBuffer doc )  :  void

cdk-1.0.4.jar, _DatabaseManagerStub.class
package org.apache.xindice.client.corba.db
_DatabaseManagerStub._DatabaseManagerStub ( )
_DatabaseManagerStub._ids ( )  :  String[ ]
_DatabaseManagerStub.getName ( )  :  String
_DatabaseManagerStub.remove ( )  :  void
_DatabaseManagerStub.shutdown ( )  :  void

cdk-1.0.4.jar, _DatabaseStub.class
package org.apache.xindice.client.corba.db
_DatabaseStub._DatabaseStub ( )
_DatabaseStub._ids ( )  :  String[ ]
_DatabaseStub.getCollection ( String path )  :  Collection
_DatabaseStub.getDatabaseManager ( )  :  DatabaseManager
_DatabaseStub.getName ( )  :  String
_DatabaseStub.listCollections ( )  :  String[ ]
_DatabaseStub.remove ( )  :  void

cdk-1.0.4.jar, _DocumentSetStub.class
package org.apache.xindice.client.corba.db
_DocumentSetStub._DocumentSetStub ( )
_DocumentSetStub._ids ( )  :  String[ ]
_DocumentSetStub.getNextDocument ( long stamp )  :  EncodedBuffer
_DocumentSetStub.hasMoreDocuments ( )  :  boolean
_DocumentSetStub.remove ( )  :  void

cdk-1.0.4.jar, _FaultCodesStub.class
package org.apache.xindice.client.corba.db
_FaultCodesStub._FaultCodesStub ( )
_FaultCodesStub._ids ( )  :  String[ ]

cdk-1.0.4.jar, _ServantManagementStub.class
package org.apache.xindice.client.corba.db
_ServantManagementStub._ids ( )  :  String[ ]
_ServantManagementStub._ServantManagementStub ( )
_ServantManagementStub.remove ( )  :  void

cdk-1.0.4.jar, AbstractAlternative.class
package org.xmlcml.cml.element
AbstractAlternative.AbstractAlternative ( )
AbstractAlternative.AbstractAlternative ( AbstractAlternative old )
AbstractAlternative.addAttribute ( Attribute att )  :  void
AbstractAlternative.getAttributeGroupName ( String attributeName )  :  String
AbstractAlternative.getConvention ( )  :  String
AbstractAlternative.getConventionAttribute ( )  :  CMLAttribute
AbstractAlternative.getId ( )  :  String
AbstractAlternative.getIdAttribute ( )  :  CMLAttribute
AbstractAlternative.getType ( )  :  String
AbstractAlternative.getTypeAttribute ( )  :  CMLAttribute
AbstractAlternative.getXMLContent ( )  :  String
AbstractAlternative.setConvention ( String value )  :  void
AbstractAlternative.setId ( String value )  :  void
AbstractAlternative.setType ( String value )  :  void
AbstractAlternative.setXMLContent ( String value )  :  void

cdk-1.0.4.jar, AbstractAnnotation.class
package org.xmlcml.cml.element
AbstractAnnotation.AbstractAnnotation ( )
AbstractAnnotation.AbstractAnnotation ( AbstractAnnotation old )
AbstractAnnotation.addAppinfo ( AbstractAppinfo appinfo )  :  void
AbstractAnnotation.addAttribute ( Attribute att )  :  void
AbstractAnnotation.addDocumentation ( AbstractDocumentation documentation )  :  void
AbstractAnnotation.getAppinfoElements ( )  :  CMLElements
AbstractAnnotation.getDocumentationElements ( )  :  CMLElements

cdk-1.0.4.jar, AbstractAppinfo.class
package org.xmlcml.cml.element
AbstractAppinfo.AbstractAppinfo ( )
AbstractAppinfo.AbstractAppinfo ( AbstractAppinfo old )
AbstractAppinfo.addAttribute ( Attribute att )  :  void
AbstractAppinfo.getAttributeGroupName ( String attributeName )  :  String
AbstractAppinfo.getRole ( )  :  String
AbstractAppinfo.getRoleAttribute ( )  :  CMLAttribute
AbstractAppinfo.setRole ( String value )  :  void

cdk-1.0.4.jar, AbstractArray.class
package org.xmlcml.cml.element
AbstractArray.getErrorValueArray ( )  :  String[ ]
AbstractArray.setErrorValueArray ( String[ ] value )  :  void

cdk-1.0.4.jar, AbstractAtom.class
package org.xmlcml.cml.element
AbstractAtom.addAtomType ( AbstractAtomType atomType )  :  void
AbstractAtom.addElectron ( AbstractElectron electron )  :  void
AbstractAtom.addMatrix ( AbstractMatrix matrix )  :  void
AbstractAtom.addParticle ( AbstractParticle particle )  :  void
AbstractAtom.addVector3 ( AbstractVector3 vector3 )  :  void
AbstractAtom.getAtomTypeElements ( )  :  CMLElements
AbstractAtom.getElectronElements ( )  :  CMLElements
AbstractAtom.getMatrixElements ( )  :  CMLElements
AbstractAtom.getParticleElements ( )  :  CMLElements
AbstractAtom.getVector3Elements ( )  :  CMLElements

cdk-1.0.4.jar, AbstractAtomArray.class
package org.xmlcml.cml.element
AbstractAtomArray.getFormalCharge ( )  :  String[ ]
AbstractAtomArray.getHydrogenCount ( )  :  String[ ]
AbstractAtomArray.getOccupancy ( )  :  String[ ]
AbstractAtomArray.setFormalCharge ( String[ ] value )  :  void
AbstractAtomArray.setHydrogenCount ( String[ ] value )  :  void
AbstractAtomArray.setOccupancy ( String[ ] value )  :  void

cdk-1.0.4.jar, AbstractAttr.class
package org.apache.batik.dom
AbstractAttr.AbstractAttr ( )
AbstractAttr.AbstractAttr ( String p1, AbstractDocument p2 )
AbstractAttr.checkChildType ( Node p1, boolean p2 )  :  void
AbstractAttr.copyInto ( Node p1 )  :  Node
AbstractAttr.deepCopyInto ( Node p1 )  :  Node
AbstractAttr.deepExport ( Node p1, AbstractDocument p2 )  :  Node
AbstractAttr.export ( Node p1, AbstractDocument p2 )  :  Node
AbstractAttr.fireDOMSubtreeModifiedEvent ( )  :  void
AbstractAttr.getName ( )  :  String
AbstractAttr.getNodeName ( )  :  String
AbstractAttr.getNodeType ( )  :  short
AbstractAttr.getNodeValue ( )  :  String
AbstractAttr.getOwnerElement ( )  :  Element
AbstractAttr.getSpecified ( )  :  boolean
AbstractAttr.getValue ( )  :  String
AbstractAttr.nodeAdded ( Node p1 )  :  void
AbstractAttr.nodeToBeRemoved ( Node p1 )  :  void
AbstractAttr.setNodeName ( String p1 )  :  void
AbstractAttr.setNodeValue ( String p1 )  :  void
AbstractAttr.setOwnerElement ( AbstractElement p1 )  :  void
AbstractAttr.setSpecified ( boolean p1 )  :  void
AbstractAttr.setValue ( String p1 )  :  void

cdk-1.0.4.jar, AbstractAttrNS.class
package org.apache.batik.dom
AbstractAttrNS.AbstractAttrNS ( )
AbstractAttrNS.AbstractAttrNS ( String p1, String p2, AbstractDocument p3 )
AbstractAttrNS.copyInto ( Node p1 )  :  Node
AbstractAttrNS.deepCopyInto ( Node p1 )  :  Node
AbstractAttrNS.deepExport ( Node p1, AbstractDocument p2 )  :  Node
AbstractAttrNS.export ( Node p1, AbstractDocument p2 )  :  Node
AbstractAttrNS.getNamespaceURI ( )  :  String

cdk-1.0.4.jar, AbstractBond.class
package org.xmlcml.cml.element
AbstractBond.addBondType ( AbstractBondType bondType )  :  void
AbstractBond.addElectron ( AbstractElectron electron )  :  void
AbstractBond.getBondTypeElements ( )  :  CMLElements
AbstractBond.getElectronElements ( )  :  CMLElements

cdk-1.0.4.jar, AbstractBondDescriptor.class
package org.openscience.cdk.qsar
AbstractBondDescriptor.cacheDescriptorValue ( IBond bond, IAtomContainer container, DescriptorValue value )  :  void
AbstractBondDescriptor.getCachedDescriptorValue ( IBond bond )  :  DescriptorValue

cdk-1.0.4.jar, AbstractCharacterData.class
package org.apache.batik.dom
AbstractCharacterData.AbstractCharacterData ( )
AbstractCharacterData.appendData ( String p1 )  :  void
AbstractCharacterData.checkOffsetCount ( int p1, int p2 )  :  void
AbstractCharacterData.copyInto ( Node p1 )  :  Node
AbstractCharacterData.deepCopyInto ( Node p1 )  :  Node
AbstractCharacterData.deepExport ( Node p1, AbstractDocument p2 )  :  Node
AbstractCharacterData.deleteData ( int p1, int p2 )  :  void
AbstractCharacterData.export ( Node p1, AbstractDocument p2 )  :  Node
AbstractCharacterData.getData ( )  :  String
AbstractCharacterData.getLength ( )  :  int
AbstractCharacterData.getNodeValue ( )  :  String
AbstractCharacterData.insertData ( int p1, String p2 )  :  void
AbstractCharacterData.replaceData ( int p1, int p2, String p3 )  :  void
AbstractCharacterData.setData ( String p1 )  :  void
AbstractCharacterData.setNodeValue ( String p1 )  :  void
AbstractCharacterData.substringData ( int p1, int p2 )  :  String

cdk-1.0.4.jar, AbstractCharDecoder.class
package org.apache.batik.util.io
AbstractCharDecoder.AbstractCharDecoder ( InputStream p1 )
AbstractCharDecoder.charError ( String p1 )  :  void
AbstractCharDecoder.dispose ( )  :  void
AbstractCharDecoder.endOfStreamError ( String p1 )  :  void
AbstractCharDecoder.fillBuffer ( )  :  void
AbstractCharDecoder.readChar ( ) [abstract]  :  int

cdk-1.0.4.jar, AbstractChildNode.class
package org.apache.batik.dom
AbstractChildNode.AbstractChildNode ( )
AbstractChildNode.getNextSibling ( )  :  Node
AbstractChildNode.getParentNode ( )  :  Node
AbstractChildNode.getPreviousSibling ( )  :  Node
AbstractChildNode.setNextSibling ( Node p1 )  :  void
AbstractChildNode.setParentNode ( Node p1 )  :  void
AbstractChildNode.setPreviousSibling ( Node p1 )  :  void

cdk-1.0.4.jar, AbstractColorInterpolationRable.class
package org.apache.batik.ext.awt.image.renderable
AbstractColorInterpolationRable.AbstractColorInterpolationRable ( )
AbstractColorInterpolationRable.AbstractColorInterpolationRable ( Filter p1 )
AbstractColorInterpolationRable.AbstractColorInterpolationRable ( Filter p1, Map p2 )
AbstractColorInterpolationRable.AbstractColorInterpolationRable ( List p1 )
AbstractColorInterpolationRable.AbstractColorInterpolationRable ( List p1, Map p2 )
AbstractColorInterpolationRable.convertSourceCS ( CachableRed p1 )  :  CachableRed
AbstractColorInterpolationRable.convertSourceCS ( RenderedImage p1 )  :  CachableRed
AbstractColorInterpolationRable.getOperationColorSpace ( )  :  ColorSpace
AbstractColorInterpolationRable.isColorSpaceLinear ( )  :  boolean
AbstractColorInterpolationRable.setColorSpaceLinear ( boolean p1 )  :  void

cdk-1.0.4.jar, AbstractComment.class
package org.apache.batik.dom
AbstractComment.AbstractComment ( )
AbstractComment.getNodeName ( )  :  String
AbstractComment.getNodeType ( )  :  short

cdk-1.0.4.jar, AbstractDefinition.class
package org.xmlcml.cml.element
AbstractDefinition.AbstractDefinition ( )
AbstractDefinition.AbstractDefinition ( AbstractDefinition old )
AbstractDefinition.addAttribute ( Attribute att )  :  void

cdk-1.0.4.jar, AbstractDescription.class
package org.xmlcml.cml.element
AbstractDescription.AbstractDescription ( )
AbstractDescription.AbstractDescription ( AbstractDescription old )
AbstractDescription.addAttribute ( Attribute att )  :  void
AbstractDescription.getAttributeGroupName ( String attributeName )  :  String
AbstractDescription.getConvention ( )  :  String
AbstractDescription.getConventionAttribute ( )  :  CMLAttribute
AbstractDescription.getDictRef ( )  :  String
AbstractDescription.getDictRefAttribute ( )  :  CMLAttribute
AbstractDescription.getId ( )  :  String
AbstractDescription.getIdAttribute ( )  :  CMLAttribute
AbstractDescription.getObjectClass ( )  :  String
AbstractDescription.getObjectClassAttribute ( )  :  CMLAttribute
AbstractDescription.getTitle ( )  :  String
AbstractDescription.getTitleAttribute ( )  :  CMLAttribute
AbstractDescription.setConvention ( String value )  :  void
AbstractDescription.setDictRef ( String value )  :  void
AbstractDescription.setId ( String value )  :  void
AbstractDescription.setObjectClass ( String value )  :  void
AbstractDescription.setTitle ( String value )  :  void

cdk-1.0.4.jar, AbstractDictionary.class
package org.xmlcml.cml.element
AbstractDictionary.addAnnotation ( AbstractAnnotation annotation )  :  void
AbstractDictionary.addDescription ( AbstractDescription description )  :  void
AbstractDictionary.addUnitList ( AbstractUnitList unitList )  :  void
AbstractDictionary.getAnnotationElements ( )  :  CMLElements
AbstractDictionary.getDescriptionElements ( )  :  CMLElements
AbstractDictionary.getUnitListElements ( )  :  CMLElements

cdk-1.0.4.jar, AbstractDimension.class
package org.xmlcml.cml.element
AbstractDimension.AbstractDimension ( )
AbstractDimension.AbstractDimension ( AbstractDimension old )
AbstractDimension.addAttribute ( Attribute att )  :  void
AbstractDimension.getAttributeGroupName ( String attributeName )  :  String
AbstractDimension.getDimensionBasis ( )  :  String
AbstractDimension.getDimensionBasisAttribute ( )  :  CMLAttribute
AbstractDimension.getId ( )  :  String
AbstractDimension.getIdAttribute ( )  :  CMLAttribute
AbstractDimension.getName ( )  :  String
AbstractDimension.getNameAttribute ( )  :  CMLAttribute
AbstractDimension.getPower ( )  :  double
AbstractDimension.getPowerAttribute ( )  :  CMLAttribute
AbstractDimension.getPreserve ( )  :  String
AbstractDimension.getPreserveAttribute ( )  :  CMLAttribute
AbstractDimension.setDimensionBasis ( String value )  :  void
AbstractDimension.setId ( String value )  :  void
AbstractDimension.setName ( String value )  :  void
AbstractDimension.setPower ( double value )  :  void
AbstractDimension.setPreserve ( String value )  :  void

cdk-1.0.4.jar, AbstractDocument.class
package org.apache.batik.dom
AbstractDocument.AbstractDocument ( )
AbstractDocument.AbstractDocument ( DOMImplementation p1 )
AbstractDocument.checkChildType ( Node p1, boolean p2 )  :  void
AbstractDocument.cloneNode ( boolean p1 )  :  Node
AbstractDocument.copyInto ( Node p1 )  :  Node
AbstractDocument.createAttribute ( String p1 ) [abstract]  :  Attr
AbstractDocument.createAttributeNS ( String p1, String p2 ) [abstract]  :  Attr
AbstractDocument.createCDATASection ( String p1 ) [abstract]  :  CDATASection
AbstractDocument.createComment ( String p1 ) [abstract]  :  Comment
AbstractDocument.createDocumentFragment ( ) [abstract]  :  DocumentFragment
AbstractDocument.createElement ( String p1 ) [abstract]  :  Element
AbstractDocument.createElementNS ( String p1, String p2 ) [abstract]  :  Element
AbstractDocument.createEntityReference ( String p1 ) [abstract]  :  EntityReference
AbstractDocument.createEvent ( String p1 )  :  Event
AbstractDocument.createNodeIterator ( Node p1, int p2, NodeFilter p3, boolean p4 )  :  NodeIterator
AbstractDocument.createProcessingInstruction ( String p1, String p2 ) [abstract]  :  ProcessingInstruction
AbstractDocument.createTextNode ( String p1 ) [abstract]  :  Text
AbstractDocument.createTreeWalker ( Node p1, int p2, NodeFilter p3, boolean p4 )  :  TreeWalker
AbstractDocument.deepCopyInto ( Node p1 )  :  Node
AbstractDocument.deepExport ( Node p1, Document p2 )  :  Node
AbstractDocument.detachNodeIterator ( NodeIterator p1 )  :  void
AbstractDocument.export ( Node p1, Document p2 )  :  Node
AbstractDocument.formatMessage ( String p1, Object[ ] p2 )  :  String
AbstractDocument.getCurrentDocument ( )  :  AbstractDocument
AbstractDocument.getDoctype ( )  :  DocumentType
AbstractDocument.getDocumentElement ( )  :  Element
AbstractDocument.getElementById ( String p1 ) [abstract]  :  Element
AbstractDocument.getElementsByTagName ( Node p1, String p2 )  :  AbstractParentNode.ElementsByTagName
AbstractDocument.getElementsByTagNameNS ( Node p1, String p2, String p3 )  :  AbstractParentNode.ElementsByTagNameNS
AbstractDocument.getEventsEnabled ( )  :  boolean
AbstractDocument.getImplementation ( )  :  DOMImplementation
AbstractDocument.getLocale ( )  :  Locale
AbstractDocument.getNodeName ( )  :  String
AbstractDocument.getNodeType ( )  :  short
AbstractDocument.importNode ( Node p1, boolean p2 )  :  Node
AbstractDocument.nodeToBeRemoved ( Node p1 )  :  void
AbstractDocument.putElementsByTagName ( Node p1, String p2, AbstractParentNode.ElementsByTagName p3 )  :  void
AbstractDocument.putElementsByTagNameNS ( Node p1, String p2, String p3, AbstractParentNode.ElementsByTagNameNS p4 )  :  void
AbstractDocument.setDoctype ( DocumentType p1 )  :  void
AbstractDocument.setEventsEnabled ( boolean p1 )  :  void
AbstractDocument.setLocale ( Locale p1 )  :  void

cdk-1.0.4.jar, AbstractDocumentation.class
package org.xmlcml.cml.element
AbstractDocumentation.AbstractDocumentation ( )
AbstractDocumentation.AbstractDocumentation ( AbstractDocumentation old )
AbstractDocumentation.addAttribute ( Attribute att )  :  void
AbstractDocumentation.getAttributeGroupName ( String attributeName )  :  String
AbstractDocumentation.getId ( )  :  String
AbstractDocumentation.getIdAttribute ( )  :  CMLAttribute
AbstractDocumentation.getTitle ( )  :  String
AbstractDocumentation.getTitleAttribute ( )  :  CMLAttribute
AbstractDocumentation.setId ( String value )  :  void
AbstractDocumentation.setTitle ( String value )  :  void

cdk-1.0.4.jar, AbstractDocumentFragment.class
package org.apache.batik.dom
AbstractDocumentFragment.AbstractDocumentFragment ( )
AbstractDocumentFragment.checkChildType ( Node p1, boolean p2 )  :  void
AbstractDocumentFragment.getNodeName ( )  :  String
AbstractDocumentFragment.getNodeType ( )  :  short

cdk-1.0.4.jar, AbstractDOMImplementation.class
package org.apache.batik.dom
AbstractDOMImplementation.AbstractDOMImplementation ( )
AbstractDOMImplementation.createDocument ( String p1, String p2, DocumentType p3 ) [abstract]  :  Document
AbstractDOMImplementation.createDocumentEventSupport ( )  :  DocumentEventSupport
AbstractDOMImplementation.createDocumentType ( String p1, String p2, String p3 ) [abstract]  :  DocumentType
AbstractDOMImplementation.hasFeature ( String p1, String p2 )  :  boolean
AbstractDOMImplementation.registerFeature ( String p1, Object p2 )  :  void

cdk-1.0.4.jar, AbstractElement.class
package org.apache.batik.dom
AbstractElement.AbstractElement ( )
AbstractElement.AbstractElement ( String p1, AbstractDocument p2 )
AbstractElement.attrAdded ( Attr p1, String p2 )  :  void
AbstractElement.attrModified ( Attr p1, String p2, String p3 )  :  void
AbstractElement.attrRemoved ( Attr p1, String p2 )  :  void
AbstractElement.checkChildType ( Node p1, boolean p2 )  :  void
AbstractElement.copyInto ( Node p1 )  :  Node
AbstractElement.createAttributes ( )  :  NamedNodeMap
AbstractElement.deepCopyInto ( Node p1 )  :  Node
AbstractElement.deepExport ( Node p1, AbstractDocument p2 )  :  Node
AbstractElement.export ( Node p1, AbstractDocument p2 )  :  Node
AbstractElement.fireDOMAttrModifiedEvent ( String p1, Attr p2, String p3, String p4, short p5 )  :  void
AbstractElement.getAttribute ( String p1 )  :  String
AbstractElement.getAttributeNode ( String p1 )  :  Attr
AbstractElement.getAttributeNodeNS ( String p1, String p2 )  :  Attr
AbstractElement.getAttributeNS ( String p1, String p2 )  :  String
AbstractElement.getAttributes ( )  :  NamedNodeMap
AbstractElement.getNodeType ( )  :  short
AbstractElement.getTagName ( )  :  String
AbstractElement.hasAttribute ( String p1 )  :  boolean
AbstractElement.hasAttributeNS ( String p1, String p2 )  :  boolean
AbstractElement.hasAttributes ( )  :  boolean
AbstractElement.nodeAdded ( Node p1 )  :  void
AbstractElement.nodeToBeRemoved ( Node p1 )  :  void
AbstractElement.normalize ( )  :  void
AbstractElement.removeAttribute ( String p1 )  :  void
AbstractElement.removeAttributeNode ( Attr p1 )  :  Attr
AbstractElement.removeAttributeNS ( String p1, String p2 )  :  void
AbstractElement.setAttribute ( String p1, String p2 )  :  void
AbstractElement.setAttributeNode ( Attr p1 )  :  Attr
AbstractElement.setAttributeNodeNS ( Attr p1 )  :  Attr
AbstractElement.setAttributeNS ( String p1, String p2, String p3 )  :  void

cdk-1.0.4.jar, AbstractElementNS.class
package org.apache.batik.dom
AbstractElementNS.AbstractElementNS ( )
AbstractElementNS.AbstractElementNS ( String p1, String p2, AbstractDocument p3 )
AbstractElementNS.copyInto ( Node p1 )  :  Node
AbstractElementNS.deepCopyInto ( Node p1 )  :  Node
AbstractElementNS.deepExport ( Node p1, AbstractDocument p2 )  :  Node
AbstractElementNS.export ( Node p1, AbstractDocument p2 )  :  Node
AbstractElementNS.getNamespaceURI ( )  :  String

cdk-1.0.4.jar, AbstractEntity.class
package org.apache.batik.dom
AbstractEntity.AbstractEntity ( )
AbstractEntity.checkChildType ( Node p1, boolean p2 )  :  void
AbstractEntity.copyInto ( Node p1 )  :  Node
AbstractEntity.deepCopyInto ( Node p1 )  :  Node
AbstractEntity.deepExport ( Node p1, AbstractDocument p2 )  :  Node
AbstractEntity.export ( Node p1, AbstractDocument p2 )  :  Node
AbstractEntity.getNodeName ( )  :  String
AbstractEntity.getNodeType ( )  :  short
AbstractEntity.getNotationName ( )  :  String
AbstractEntity.getPublicId ( )  :  String
AbstractEntity.getSystemId ( )  :  String
AbstractEntity.setNodeName ( String p1 )  :  void
AbstractEntity.setNotationName ( String p1 )  :  void
AbstractEntity.setPublicId ( String p1 )  :  void
AbstractEntity.setSystemId ( String p1 )  :  void

cdk-1.0.4.jar, AbstractEntityReference.class
package org.apache.batik.dom
AbstractEntityReference.AbstractEntityReference ( )
AbstractEntityReference.AbstractEntityReference ( String p1, AbstractDocument p2 )
AbstractEntityReference.checkChildType ( Node p1, boolean p2 )  :  void
AbstractEntityReference.copyInto ( Node p1 )  :  Node
AbstractEntityReference.deepCopyInto ( Node p1 )  :  Node
AbstractEntityReference.deepExport ( Node p1, AbstractDocument p2 )  :  Node
AbstractEntityReference.export ( Node p1, AbstractDocument p2 )  :  Node
AbstractEntityReference.getNodeName ( )  :  String
AbstractEntityReference.getNodeType ( )  :  short
AbstractEntityReference.setNodeName ( String p1 )  :  void

cdk-1.0.4.jar, AbstractEntry.class
package org.xmlcml.cml.element
AbstractEntry.addAlternative ( AbstractAlternative alternative )  :  void
AbstractEntry.addAnnotation ( AbstractAnnotation annotation )  :  void
AbstractEntry.addDefinition ( AbstractDefinition definition )  :  void
AbstractEntry.addDescription ( AbstractDescription description )  :  void
AbstractEntry.addEnumeration ( AbstractEnumeration enumeration )  :  void
AbstractEntry.addMetadataList ( AbstractMetadataList metadataList )  :  void
AbstractEntry.addRelatedEntry ( AbstractRelatedEntry relatedEntry )  :  void
AbstractEntry.getAlternativeElements ( )  :  CMLElements
AbstractEntry.getAnnotationElements ( )  :  CMLElements
AbstractEntry.getDefinitionElements ( )  :  CMLElements
AbstractEntry.getDescriptionElements ( )  :  CMLElements
AbstractEntry.getEnumerationElements ( )  :  CMLElements
AbstractEntry.getMetadataListElements ( )  :  CMLElements
AbstractEntry.getRelatedEntryElements ( )  :  CMLElements
AbstractEntry.getUnitType ( )  :  String
AbstractEntry.getUnitTypeAttribute ( )  :  CMLAttribute
AbstractEntry.setUnitType ( String value )  :  void

cdk-1.0.4.jar, AbstractEnumeration.class
package org.xmlcml.cml.element
AbstractEnumeration.AbstractEnumeration ( )
AbstractEnumeration.AbstractEnumeration ( AbstractEnumeration old )
AbstractEnumeration.addAnnotation ( AbstractAnnotation annotation )  :  void
AbstractEnumeration.addAttribute ( Attribute att )  :  void
AbstractEnumeration.getAnnotationElements ( )  :  CMLElements
AbstractEnumeration.getAttributeGroupName ( String attributeName )  :  String
AbstractEnumeration.getCMLValue ( )  :  String
AbstractEnumeration.getDefault ( )  :  String
AbstractEnumeration.getDefaultAttribute ( )  :  CMLAttribute
AbstractEnumeration.getDictRef ( )  :  String
AbstractEnumeration.getDictRefAttribute ( )  :  CMLAttribute
AbstractEnumeration.getId ( )  :  String
AbstractEnumeration.getIdAttribute ( )  :  CMLAttribute
AbstractEnumeration.getValueAttribute ( )  :  CMLAttribute
AbstractEnumeration.setCMLValue ( String value )  :  void
AbstractEnumeration.setDefault ( String value )  :  void
AbstractEnumeration.setDictRef ( String value )  :  void
AbstractEnumeration.setId ( String value )  :  void

cdk-1.0.4.jar, AbstractEvent.class
package org.apache.batik.dom.events
AbstractEvent.AbstractEvent ( )
AbstractEvent.getBubbles ( )  :  boolean
AbstractEvent.getCancelable ( )  :  boolean
AbstractEvent.getCurrentTarget ( )  :  EventTarget
AbstractEvent.getEventPhase ( )  :  short
AbstractEvent.getEventPreventDefault ( Event p1 ) [static]  :  boolean
AbstractEvent.getTarget ( )  :  EventTarget
AbstractEvent.getTimeStamp ( )  :  long
AbstractEvent.getType ( )  :  String
AbstractEvent.initEvent ( String p1, boolean p2, boolean p3 )  :  void
AbstractEvent.preventDefault ( )  :  void
AbstractEvent.stopPropagation ( )  :  void

cdk-1.0.4.jar, AbstractFloat.class
package org.xmlcml.cml.element
AbstractFloat.AbstractFloat ( )
AbstractFloat.AbstractFloat ( AbstractFloat old )
AbstractFloat.addAttribute ( Attribute att )  :  void
AbstractFloat.getAttributeGroupName ( String attributeName )  :  String
AbstractFloat.getBuiltin ( )  :  String
AbstractFloat.getBuiltinAttribute ( )  :  CMLAttribute
AbstractFloat.getConvention ( )  :  String
AbstractFloat.getConventionAttribute ( )  :  CMLAttribute
AbstractFloat.getDictRef ( )  :  String
AbstractFloat.getDictRefAttribute ( )  :  CMLAttribute
AbstractFloat.getId ( )  :  String
AbstractFloat.getIdAttribute ( )  :  CMLAttribute
AbstractFloat.getMax ( )  :  String
AbstractFloat.getMaxAttribute ( )  :  CMLAttribute
AbstractFloat.getMin ( )  :  String
AbstractFloat.getMinAttribute ( )  :  CMLAttribute
AbstractFloat.getTitle ( )  :  String
AbstractFloat.getTitleAttribute ( )  :  CMLAttribute
AbstractFloat.getUnits ( )  :  String
AbstractFloat.getUnitsAttribute ( )  :  CMLAttribute
AbstractFloat.getUnitsRef ( )  :  String
AbstractFloat.getUnitsRefAttribute ( )  :  CMLAttribute
AbstractFloat.getXMLContent ( )  :  double
AbstractFloat.setBuiltin ( String value )  :  void
AbstractFloat.setConvention ( String value )  :  void
AbstractFloat.setDictRef ( String value )  :  void
AbstractFloat.setId ( String value )  :  void
AbstractFloat.setMax ( String value )  :  void
AbstractFloat.setMin ( String value )  :  void
AbstractFloat.setTitle ( String value )  :  void
AbstractFloat.setUnits ( String value )  :  void
AbstractFloat.setUnitsRef ( String value )  :  void
AbstractFloat.setXMLContent ( double value )  :  void

cdk-1.0.4.jar, AbstractFloatArray.class
package org.xmlcml.cml.element
AbstractFloatArray.AbstractFloatArray ( )
AbstractFloatArray.AbstractFloatArray ( AbstractFloatArray old )
AbstractFloatArray.addAttribute ( Attribute att )  :  void
AbstractFloatArray.getAttributeGroupName ( String attributeName )  :  String
AbstractFloatArray.getBuiltin ( )  :  String
AbstractFloatArray.getBuiltinAttribute ( )  :  CMLAttribute
AbstractFloatArray.getConvention ( )  :  String
AbstractFloatArray.getConventionAttribute ( )  :  CMLAttribute
AbstractFloatArray.getDictRef ( )  :  String
AbstractFloatArray.getDictRefAttribute ( )  :  CMLAttribute
AbstractFloatArray.getId ( )  :  String
AbstractFloatArray.getIdAttribute ( )  :  CMLAttribute
AbstractFloatArray.getMax ( )  :  String
AbstractFloatArray.getMaxAttribute ( )  :  CMLAttribute
AbstractFloatArray.getMin ( )  :  String
AbstractFloatArray.getMinAttribute ( )  :  CMLAttribute
AbstractFloatArray.getSize ( )  :  int
AbstractFloatArray.getSizeAttribute ( )  :  CMLAttribute
AbstractFloatArray.getTitle ( )  :  String
AbstractFloatArray.getTitleAttribute ( )  :  CMLAttribute
AbstractFloatArray.getUnits ( )  :  String
AbstractFloatArray.getUnitsAttribute ( )  :  CMLAttribute
AbstractFloatArray.getUnitsRef ( )  :  String
AbstractFloatArray.getUnitsRefAttribute ( )  :  CMLAttribute
AbstractFloatArray.getXMLContent ( )  :  String
AbstractFloatArray.setBuiltin ( String value )  :  void
AbstractFloatArray.setConvention ( String value )  :  void
AbstractFloatArray.setDictRef ( String value )  :  void
AbstractFloatArray.setId ( String value )  :  void
AbstractFloatArray.setMax ( String value )  :  void
AbstractFloatArray.setMin ( String value )  :  void
AbstractFloatArray.setSize ( int value )  :  void
AbstractFloatArray.setTitle ( String value )  :  void
AbstractFloatArray.setUnits ( String value )  :  void
AbstractFloatArray.setUnitsRef ( String value )  :  void
AbstractFloatArray.setXMLContent ( String value )  :  void

cdk-1.0.4.jar, AbstractGraphics2D.class
package org.apache.batik.ext.awt.g2d
AbstractGraphics2D.AbstractGraphics2D ( AbstractGraphics2D p1 )
AbstractGraphics2D.AbstractGraphics2D ( boolean p1 )
AbstractGraphics2D.addRenderingHints ( Map p1 )  :  void
AbstractGraphics2D.clearRect ( int p1, int p2, int p3, int p4 )  :  void
AbstractGraphics2D.clip ( Shape p1 )  :  void
AbstractGraphics2D.clipRect ( int p1, int p2, int p3, int p4 )  :  void
AbstractGraphics2D.drawArc ( int p1, int p2, int p3, int p4, int p5, int p6 )  :  void
AbstractGraphics2D.drawGlyphVector ( GlyphVector p1, float p2, float p3 )  :  void
AbstractGraphics2D.drawImage ( BufferedImage p1, BufferedImageOp p2, int p3, int p4 )  :  void
AbstractGraphics2D.drawImage ( Image p1, AffineTransform p2, ImageObserver p3 )  :  boolean
AbstractGraphics2D.drawImage ( Image p1, int p2, int p3, Color p4, ImageObserver p5 )  :  boolean
AbstractGraphics2D.drawImage ( Image p1, int p2, int p3, int p4, int p5, Color p6, ImageObserver p7 )  :  boolean
AbstractGraphics2D.drawImage ( Image p1, int p2, int p3, int p4, int p5, int p6, int p7, int p8, int p9, Color p10, ImageObserver p11 )  :  boolean
AbstractGraphics2D.drawImage ( Image p1, int p2, int p3, int p4, int p5, int p6, int p7, int p8, int p9, ImageObserver p10 )  :  boolean
AbstractGraphics2D.drawLine ( int p1, int p2, int p3, int p4 )  :  void
AbstractGraphics2D.drawOval ( int p1, int p2, int p3, int p4 )  :  void
AbstractGraphics2D.drawPolygon ( int[ ] p1, int[ ] p2, int p3 )  :  void
AbstractGraphics2D.drawPolyline ( int[ ] p1, int[ ] p2, int p3 )  :  void
AbstractGraphics2D.drawRect ( int p1, int p2, int p3, int p4 )  :  void
AbstractGraphics2D.drawRoundRect ( int p1, int p2, int p3, int p4, int p5, int p6 )  :  void
AbstractGraphics2D.drawString ( AttributedCharacterIterator p1, int p2, int p3 )  :  void
AbstractGraphics2D.drawString ( String p1, int p2, int p3 )  :  void
AbstractGraphics2D.fillArc ( int p1, int p2, int p3, int p4, int p5, int p6 )  :  void
AbstractGraphics2D.fillOval ( int p1, int p2, int p3, int p4 )  :  void
AbstractGraphics2D.fillPolygon ( int[ ] p1, int[ ] p2, int p3 )  :  void
AbstractGraphics2D.fillRect ( int p1, int p2, int p3, int p4 )  :  void
AbstractGraphics2D.fillRoundRect ( int p1, int p2, int p3, int p4, int p5, int p6 )  :  void
AbstractGraphics2D.getBackground ( )  :  Color
AbstractGraphics2D.getClip ( )  :  Shape
AbstractGraphics2D.getClipBounds ( )  :  Rectangle
AbstractGraphics2D.getColor ( )  :  Color
AbstractGraphics2D.getComposite ( )  :  Composite
AbstractGraphics2D.getFont ( )  :  Font
AbstractGraphics2D.getFontRenderContext ( )  :  FontRenderContext
AbstractGraphics2D.getPaint ( )  :  Paint
AbstractGraphics2D.getRenderingHint ( RenderingHints.Key p1 )  :  Object
AbstractGraphics2D.getRenderingHints ( )  :  RenderingHints
AbstractGraphics2D.getStroke ( )  :  Stroke
AbstractGraphics2D.getTransform ( )  :  AffineTransform
AbstractGraphics2D.hit ( Rectangle p1, Shape p2, boolean p3 )  :  boolean
AbstractGraphics2D.rotate ( double p1 )  :  void
AbstractGraphics2D.rotate ( double p1, double p2, double p3 )  :  void
AbstractGraphics2D.scale ( double p1, double p2 )  :  void
AbstractGraphics2D.setBackground ( Color p1 )  :  void
AbstractGraphics2D.setClip ( int p1, int p2, int p3, int p4 )  :  void
AbstractGraphics2D.setClip ( Shape p1 )  :  void
AbstractGraphics2D.setColor ( Color p1 )  :  void
AbstractGraphics2D.setComposite ( Composite p1 )  :  void
AbstractGraphics2D.setFont ( Font p1 )  :  void
AbstractGraphics2D.setPaint ( Paint p1 )  :  void
AbstractGraphics2D.setPaintMode ( )  :  void
AbstractGraphics2D.setRenderingHint ( RenderingHints.Key p1, Object p2 )  :  void
AbstractGraphics2D.setRenderingHints ( Map p1 )  :  void
AbstractGraphics2D.setStroke ( Stroke p1 )  :  void
AbstractGraphics2D.setTransform ( AffineTransform p1 )  :  void
AbstractGraphics2D.shear ( double p1, double p2 )  :  void
AbstractGraphics2D.transform ( AffineTransform p1 )  :  void
AbstractGraphics2D.translate ( double p1, double p2 )  :  void
AbstractGraphics2D.translate ( int p1, int p2 )  :  void

cdk-1.0.4.jar, AbstractIdentifier.class
package org.xmlcml.cml.element
AbstractIdentifier.getValueAttribute ( )  :  CMLAttribute

cdk-1.0.4.jar, AbstractImageHandlerEncoder.class
package org.apache.batik.svggen
AbstractImageHandlerEncoder.AbstractImageHandlerEncoder ( String p1, String p2 )
AbstractImageHandlerEncoder.buildBufferedImage ( Dimension p1 ) [abstract]  :  BufferedImage
AbstractImageHandlerEncoder.encodeImage ( BufferedImage p1, File p2 ) [abstract]  :  void
AbstractImageHandlerEncoder.getPrefix ( ) [abstract]  :  String
AbstractImageHandlerEncoder.getSuffix ( ) [abstract]  :  String
AbstractImageHandlerEncoder.handleHREF ( Image p1, Element p2, SVGGeneratorContext p3 )  :  void
AbstractImageHandlerEncoder.handleHREF ( RenderableImage p1, Element p2, SVGGeneratorContext p3 )  :  void
AbstractImageHandlerEncoder.handleHREF ( RenderedImage p1, Element p2, SVGGeneratorContext p3 )  :  void

cdk-1.0.4.jar, AbstractInteger.class
package org.xmlcml.cml.element
AbstractInteger.AbstractInteger ( )
AbstractInteger.AbstractInteger ( AbstractInteger old )
AbstractInteger.addAttribute ( Attribute att )  :  void
AbstractInteger.getAttributeGroupName ( String attributeName )  :  String
AbstractInteger.getBuiltin ( )  :  String
AbstractInteger.getBuiltinAttribute ( )  :  CMLAttribute
AbstractInteger.getConvention ( )  :  String
AbstractInteger.getConventionAttribute ( )  :  CMLAttribute
AbstractInteger.getDictRef ( )  :  String
AbstractInteger.getDictRefAttribute ( )  :  CMLAttribute
AbstractInteger.getId ( )  :  String
AbstractInteger.getIdAttribute ( )  :  CMLAttribute
AbstractInteger.getMax ( )  :  String
AbstractInteger.getMaxAttribute ( )  :  CMLAttribute
AbstractInteger.getMin ( )  :  String
AbstractInteger.getMinAttribute ( )  :  CMLAttribute
AbstractInteger.getTitle ( )  :  String
AbstractInteger.getTitleAttribute ( )  :  CMLAttribute
AbstractInteger.getUnits ( )  :  String
AbstractInteger.getUnitsAttribute ( )  :  CMLAttribute
AbstractInteger.getUnitsRef ( )  :  String
AbstractInteger.getUnitsRefAttribute ( )  :  CMLAttribute
AbstractInteger.getXMLContent ( )  :  int
AbstractInteger.setBuiltin ( String value )  :  void
AbstractInteger.setConvention ( String value )  :  void
AbstractInteger.setDictRef ( String value )  :  void
AbstractInteger.setId ( String value )  :  void
AbstractInteger.setMax ( String value )  :  void
AbstractInteger.setMin ( String value )  :  void
AbstractInteger.setTitle ( String value )  :  void
AbstractInteger.setUnits ( String value )  :  void
AbstractInteger.setUnitsRef ( String value )  :  void
AbstractInteger.setXMLContent ( int value )  :  void

cdk-1.0.4.jar, AbstractIntegerArray.class
package org.xmlcml.cml.element
AbstractIntegerArray.AbstractIntegerArray ( )
AbstractIntegerArray.AbstractIntegerArray ( AbstractIntegerArray old )
AbstractIntegerArray.addAttribute ( Attribute att )  :  void
AbstractIntegerArray.getAttributeGroupName ( String attributeName )  :  String
AbstractIntegerArray.getBuiltin ( )  :  String
AbstractIntegerArray.getBuiltinAttribute ( )  :  CMLAttribute
AbstractIntegerArray.getConvention ( )  :  String
AbstractIntegerArray.getConventionAttribute ( )  :  CMLAttribute
AbstractIntegerArray.getDictRef ( )  :  String
AbstractIntegerArray.getDictRefAttribute ( )  :  CMLAttribute
AbstractIntegerArray.getId ( )  :  String
AbstractIntegerArray.getIdAttribute ( )  :  CMLAttribute
AbstractIntegerArray.getMax ( )  :  String
AbstractIntegerArray.getMaxAttribute ( )  :  CMLAttribute
AbstractIntegerArray.getMin ( )  :  String
AbstractIntegerArray.getMinAttribute ( )  :  CMLAttribute
AbstractIntegerArray.getSize ( )  :  int
AbstractIntegerArray.getSizeAttribute ( )  :  CMLAttribute
AbstractIntegerArray.getTitle ( )  :  String
AbstractIntegerArray.getTitleAttribute ( )  :  CMLAttribute
AbstractIntegerArray.getUnits ( )  :  String
AbstractIntegerArray.getUnitsAttribute ( )  :  CMLAttribute
AbstractIntegerArray.getUnitsRef ( )  :  String
AbstractIntegerArray.getUnitsRefAttribute ( )  :  CMLAttribute
AbstractIntegerArray.getXMLContent ( )  :  String
AbstractIntegerArray.setBuiltin ( String value )  :  void
AbstractIntegerArray.setConvention ( String value )  :  void
AbstractIntegerArray.setDictRef ( String value )  :  void
AbstractIntegerArray.setId ( String value )  :  void
AbstractIntegerArray.setMax ( String value )  :  void
AbstractIntegerArray.setMin ( String value )  :  void
AbstractIntegerArray.setSize ( int value )  :  void
AbstractIntegerArray.setTitle ( String value )  :  void
AbstractIntegerArray.setUnits ( String value )  :  void
AbstractIntegerArray.setUnitsRef ( String value )  :  void
AbstractIntegerArray.setXMLContent ( String value )  :  void

cdk-1.0.4.jar, AbstractLabel.class
package org.xmlcml.cml.element
AbstractLabel.getValueAttribute ( )  :  CMLAttribute

cdk-1.0.4.jar, AbstractLatticeVector.class
package org.xmlcml.cml.element
AbstractLatticeVector.getPeriodic ( )  :  String

cdk-1.0.4.jar, AbstractLight.class
package org.apache.batik.ext.awt.image
AbstractLight.AbstractLight ( Color p1 )
AbstractLight.getColor ( boolean p1 )  :  double[ ]
AbstractLight.getLight ( double p1, double p2, double p3, double[ ] p4 ) [abstract]  :  void
AbstractLight.getLightMap ( double p1, double p2, double p3, double p4, int p5, int p6, double[ ][ ][ ] p7 )  :  double[ ][ ][ ]
AbstractLight.getLightRow ( double p1, double p2, double p3, int p4, double[ ][ ] p5, double[ ][ ] p6 )  :  double[ ][ ]
AbstractLight.isConstant ( )  :  boolean
AbstractLight.setColor ( Color p1 )  :  void
AbstractLight.sRGBToLsRGB ( double p1 ) [static]  :  double

cdk-1.0.4.jar, AbstractMatrix.class
package org.xmlcml.cml.element
AbstractMatrix.getErrorValueArray ( )  :  String[ ]
AbstractMatrix.setErrorValueArray ( String[ ] value )  :  void

cdk-1.0.4.jar, AbstractMechanism.class
package org.xmlcml.cml.element
AbstractMechanism.addDescription ( AbstractDescription description )  :  void
AbstractMechanism.getDescriptionElements ( )  :  CMLElements

cdk-1.0.4.jar, AbstractMolecule.class
package org.xmlcml.cml.element
AbstractMolecule.addAngle ( AbstractAngle angle )  :  void
AbstractMolecule.addCrystal ( AbstractCrystal crystal )  :  void
AbstractMolecule.addElectron ( AbstractElectron electron )  :  void
AbstractMolecule.addIdentifier ( AbstractIdentifier identifier )  :  void
AbstractMolecule.addLength ( AbstractLength length )  :  void
AbstractMolecule.addList ( AbstractList list )  :  void
AbstractMolecule.addMatrix ( AbstractMatrix matrix )  :  void
AbstractMolecule.addMetadataList ( AbstractMetadataList metadataList )  :  void
AbstractMolecule.addSymmetry ( AbstractSymmetry symmetry )  :  void
AbstractMolecule.addTorsion ( AbstractTorsion torsion )  :  void
AbstractMolecule.addZMatrix ( AbstractZMatrix zMatrix )  :  void
AbstractMolecule.getAngleElements ( )  :  CMLElements
AbstractMolecule.getCrystalElements ( )  :  CMLElements
AbstractMolecule.getElectronElements ( )  :  CMLElements
AbstractMolecule.getIdentifierElements ( )  :  CMLElements
AbstractMolecule.getLengthElements ( )  :  CMLElements
AbstractMolecule.getListElements ( )  :  CMLElements
AbstractMolecule.getMatrixElements ( )  :  CMLElements
AbstractMolecule.getMetadataListElements ( )  :  CMLElements
AbstractMolecule.getSymmetryElements ( )  :  CMLElements
AbstractMolecule.getSymmetryOriented ( )  :  String
AbstractMolecule.getTorsionElements ( )  :  CMLElements
AbstractMolecule.getZMatrixElements ( )  :  CMLElements

cdk-1.0.4.jar, AbstractNode.class
package org.apache.batik.dom
AbstractNode.AbstractNode ( )
AbstractNode.addEventListener ( String p1, EventListener p2, boolean p3 )  :  void
AbstractNode.appendChild ( Node p1 )  :  Node
AbstractNode.checkChildType ( Node p1, boolean p2 )  :  void
AbstractNode.cloneNode ( boolean p1 )  :  Node
AbstractNode.copyInto ( Node p1 )  :  Node
AbstractNode.createDOMException ( short p1, String p2, Object[ ] p3 )  :  DOMException
AbstractNode.deepCopyInto ( Node p1 )  :  Node
AbstractNode.deepExport ( Node p1, AbstractDocument p2 )  :  Node
AbstractNode.dispatchEvent ( Event p1 )  :  boolean
AbstractNode.export ( Node p1, AbstractDocument p2 )  :  Node
AbstractNode.fireDOMCharacterDataModifiedEvent ( String p1, String p2 )  :  void
AbstractNode.fireDOMNodeInsertedIntoDocumentEvent ( )  :  void
AbstractNode.fireDOMNodeRemovedFromDocumentEvent ( )  :  void
AbstractNode.getAttributes ( )  :  NamedNodeMap
AbstractNode.getChildNodes ( )  :  NodeList
AbstractNode.getCurrentDocument ( )  :  AbstractDocument
AbstractNode.getEventSupport ( )  :  EventSupport
AbstractNode.getFirstChild ( )  :  Node
AbstractNode.getLastChild ( )  :  Node
AbstractNode.getLocalName ( )  :  String
AbstractNode.getNamespaceURI ( )  :  String
AbstractNode.getNextSibling ( )  :  Node
AbstractNode.getNodeName ( ) [abstract]  :  String
AbstractNode.getNodeType ( ) [abstract]  :  short
AbstractNode.getNodeValue ( )  :  String
AbstractNode.getOwnerDocument ( )  :  Document
AbstractNode.getParentNode ( )  :  Node
AbstractNode.getParentNodeEventTarget ( )  :  NodeEventTarget
AbstractNode.getPrefix ( )  :  String
AbstractNode.getPreviousSibling ( )  :  Node
AbstractNode.hasAttributes ( )  :  boolean
AbstractNode.hasChildNodes ( )  :  boolean
AbstractNode.insertBefore ( Node p1, Node p2 )  :  Node
AbstractNode.isReadonly ( ) [abstract]  :  boolean
AbstractNode.isSupported ( String p1, String p2 )  :  boolean
AbstractNode.newNode ( ) [abstract]  :  Node
AbstractNode.normalize ( )  :  void
AbstractNode.removeChild ( Node p1 )  :  Node
AbstractNode.removeEventListener ( String p1, EventListener p2, boolean p3 )  :  void
AbstractNode.replaceChild ( Node p1, Node p2 )  :  Node
AbstractNode.setNextSibling ( Node p1 )  :  void
AbstractNode.setNodeName ( String p1 )  :  void
AbstractNode.setNodeValue ( String p1 )  :  void
AbstractNode.setOwnerDocument ( Document p1 )  :  void
AbstractNode.setParentNode ( Node p1 )  :  void
AbstractNode.setPrefix ( String p1 )  :  void
AbstractNode.setPreviousSibling ( Node p1 )  :  void
AbstractNode.setReadonly ( boolean p1 ) [abstract]  :  void
AbstractNode.setSpecified ( boolean p1 )  :  void

cdk-1.0.4.jar, AbstractNotation.class
package org.apache.batik.dom
AbstractNotation.AbstractNotation ( )
AbstractNotation.copyInto ( Node p1 )  :  Node
AbstractNotation.deepCopyInto ( Node p1 )  :  Node
AbstractNotation.deepExport ( Node p1, AbstractDocument p2 )  :  Node
AbstractNotation.export ( Node p1, AbstractDocument p2 )  :  Node
AbstractNotation.getNodeName ( )  :  String
AbstractNotation.getNodeType ( )  :  short
AbstractNotation.getPublicId ( )  :  String
AbstractNotation.getSystemId ( )  :  String
AbstractNotation.setNodeName ( String p1 )  :  void
AbstractNotation.setPublicId ( String p1 )  :  void
AbstractNotation.setSystemId ( String p1 )  :  void

cdk-1.0.4.jar, AbstractParameter.class
package org.xmlcml.cml.element
AbstractParameter.getValueAttribute ( )  :  CMLAttribute

cdk-1.0.4.jar, AbstractParentChildNode.class
package org.apache.batik.dom
AbstractParentChildNode.AbstractParentChildNode ( )
AbstractParentChildNode.getNextSibling ( )  :  Node
AbstractParentChildNode.getParentNode ( )  :  Node
AbstractParentChildNode.getPreviousSibling ( )  :  Node
AbstractParentChildNode.setNextSibling ( Node p1 )  :  void
AbstractParentChildNode.setParentNode ( Node p1 )  :  void
AbstractParentChildNode.setPreviousSibling ( Node p1 )  :  void

cdk-1.0.4.jar, AbstractParentNode.class
package org.apache.batik.dom
AbstractParentNode.AbstractParentNode ( )
AbstractParentNode.appendChild ( Node p1 )  :  Node
AbstractParentNode.checkAndRemove ( Node p1, boolean p2 )  :  void
AbstractParentNode.deepCopyInto ( Node p1 )  :  Node
AbstractParentNode.deepExport ( Node p1, AbstractDocument p2 )  :  Node
AbstractParentNode.fireDOMNodeInsertedEvent ( Node p1 )  :  void
AbstractParentNode.fireDOMNodeInsertedIntoDocumentEvent ( )  :  void
AbstractParentNode.fireDOMNodeRemovedEvent ( Node p1 )  :  void
AbstractParentNode.fireDOMNodeRemovedFromDocumentEvent ( )  :  void
AbstractParentNode.fireDOMSubtreeModifiedEvent ( )  :  void
AbstractParentNode.getChildNodes ( )  :  NodeList
AbstractParentNode.getElementsByTagName ( String p1 )  :  NodeList
AbstractParentNode.getElementsByTagNameNS ( String p1, String p2 )  :  NodeList
AbstractParentNode.getFirstChild ( )  :  Node
AbstractParentNode.getLastChild ( )  :  Node
AbstractParentNode.hasChildNodes ( )  :  boolean
AbstractParentNode.insertBefore ( Node p1, Node p2 )  :  Node
AbstractParentNode.nodeAdded ( Node p1 )  :  void
AbstractParentNode.nodeToBeRemoved ( Node p1 )  :  void
AbstractParentNode.normalize ( )  :  void
AbstractParentNode.removeChild ( Node p1 )  :  Node
AbstractParentNode.replaceChild ( Node p1, Node p2 )  :  Node

cdk-1.0.4.jar, AbstractParsedURLProtocolHandler.class
package org.apache.batik.util
AbstractParsedURLProtocolHandler.AbstractParsedURLProtocolHandler ( String p1 )
AbstractParsedURLProtocolHandler.getProtocolHandled ( )  :  String
AbstractParsedURLProtocolHandler.parseURL ( ParsedURL p1, String p2 ) [abstract]  :  ParsedURLData
AbstractParsedURLProtocolHandler.parseURL ( String p1 ) [abstract]  :  ParsedURLData

cdk-1.0.4.jar, AbstractPeak.class
package org.xmlcml.cml.element
AbstractPeak.addMetadataList ( AbstractMetadataList metadataList )  :  void
AbstractPeak.getMetadataListElements ( )  :  CMLElements

cdk-1.0.4.jar, AbstractPeakGroup.class
package org.xmlcml.cml.element
AbstractPeakGroup.addMetadataList ( AbstractMetadataList metadataList )  :  void
AbstractPeakGroup.getMetadataListElements ( )  :  CMLElements

cdk-1.0.4.jar, AbstractPeakList.class
package org.xmlcml.cml.element
AbstractPeakList.addMetadataList ( AbstractMetadataList metadataList )  :  void
AbstractPeakList.getMetadataListElements ( )  :  CMLElements

cdk-1.0.4.jar, AbstractPeakStructure.class
package org.xmlcml.cml.element
AbstractPeakStructure.addMetadataList ( AbstractMetadataList metadataList )  :  void
AbstractPeakStructure.getMetadataListElements ( )  :  CMLElements
AbstractPeakStructure.getValueAttribute ( )  :  CMLAttribute

cdk-1.0.4.jar, AbstractProcessingInstruction.class
package org.apache.batik.dom
AbstractProcessingInstruction.AbstractProcessingInstruction ( )
AbstractProcessingInstruction.copyInto ( Node p1 )  :  Node
AbstractProcessingInstruction.deepCopyInto ( Node p1 )  :  Node
AbstractProcessingInstruction.deepExport ( Node p1, AbstractDocument p2 )  :  Node
AbstractProcessingInstruction.export ( Node p1, AbstractDocument p2 )  :  Node
AbstractProcessingInstruction.getData ( )  :  String
AbstractProcessingInstruction.getNodeName ( )  :  String
AbstractProcessingInstruction.getNodeType ( )  :  short
AbstractProcessingInstruction.getNodeValue ( )  :  String
AbstractProcessingInstruction.getTarget ( ) [abstract]  :  String
AbstractProcessingInstruction.setData ( String p1 )  :  void
AbstractProcessingInstruction.setNodeValue ( String p1 )  :  void

cdk-1.0.4.jar, AbstractProperty.class
package org.xmlcml.cml.element
AbstractProperty.addMatrix ( AbstractMatrix matrix )  :  void
AbstractProperty.addMetadataList ( AbstractMetadataList metadataList )  :  void
AbstractProperty.getMatrixElements ( )  :  CMLElements
AbstractProperty.getMetadataListElements ( )  :  CMLElements

cdk-1.0.4.jar, AbstractPropertyList.class
package org.xmlcml.cml.element
AbstractPropertyList.addMetadataList ( AbstractMetadataList metadataList )  :  void
AbstractPropertyList.addObservation ( AbstractObservation observation )  :  void
AbstractPropertyList.getMetadataListElements ( )  :  CMLElements
AbstractPropertyList.getObservationElements ( )  :  CMLElements

cdk-1.0.4.jar, AbstractRable.class
package org.apache.batik.ext.awt.image.renderable
AbstractRable.AbstractRable ( )
AbstractRable.AbstractRable ( Filter p1 )
AbstractRable.AbstractRable ( Filter p1, Map p2 )
AbstractRable.AbstractRable ( List p1 )
AbstractRable.AbstractRable ( List p1, Map p2 )
AbstractRable.createDefaultRendering ( )  :  RenderedImage
AbstractRable.createRendering ( RenderContext p1 ) [abstract]  :  RenderedImage
AbstractRable.createScaledRendering ( int p1, int p2, RenderingHints p3 )  :  RenderedImage
AbstractRable.getBounds2D ( )  :  Rectangle2D
AbstractRable.getDependencyRegion ( int p1, Rectangle2D p2 )  :  Shape
AbstractRable.getDirtyRegion ( int p1, Rectangle2D p2 )  :  Shape
AbstractRable.getHeight ( )  :  float
AbstractRable.getMinX ( )  :  float
AbstractRable.getMinY ( )  :  float
AbstractRable.getProperty ( String p1 )  :  Object
AbstractRable.getPropertyNames ( )  :  String[ ]
AbstractRable.getSources ( )  :  Vector
AbstractRable.getTimeStamp ( )  :  long
AbstractRable.getWidth ( )  :  float
AbstractRable.init ( Filter p1 )  :  void
AbstractRable.init ( Filter p1, Map p2 )  :  void
AbstractRable.init ( List p1 )  :  void
AbstractRable.init ( List p1, Map p2 )  :  void
AbstractRable.isDynamic ( )  :  boolean
AbstractRable.touch ( )  :  void

cdk-1.0.4.jar, AbstractReactiveCentre.class
package org.xmlcml.cml.element
AbstractReactiveCentre.addDescription ( AbstractDescription description )  :  void
AbstractReactiveCentre.getDescriptionElements ( )  :  CMLElements

cdk-1.0.4.jar, AbstractRed.class
package org.apache.batik.ext.awt.image.rendered
AbstractRed.AbstractRed ( )
AbstractRed.AbstractRed ( CachableRed p1, Map p2 )
AbstractRed.AbstractRed ( CachableRed p1, Rectangle p2, ColorModel p3, SampleModel p4, int p5, int p6, Map p7 )
AbstractRed.AbstractRed ( CachableRed p1, Rectangle p2, ColorModel p3, SampleModel p4, Map p5 )
AbstractRed.AbstractRed ( CachableRed p1, Rectangle p2, Map p3 )
AbstractRed.AbstractRed ( List p1, Rectangle p2, ColorModel p3, SampleModel p4, int p5, int p6, Map p7 )
AbstractRed.AbstractRed ( List p1, Rectangle p2, ColorModel p3, SampleModel p4, Map p5 )
AbstractRed.AbstractRed ( List p1, Rectangle p2, Map p3 )
AbstractRed.AbstractRed ( Rectangle p1, Map p2 )
AbstractRed.copyBand ( Raster p1, int p2, WritableRaster p3, int p4 ) [static]  :  void
AbstractRed.copyData ( WritableRaster p1 ) [abstract]  :  WritableRaster
AbstractRed.copyToRaster ( WritableRaster p1 )  :  void
AbstractRed.getBounds ( )  :  Rectangle
AbstractRed.getColorModel ( )  :  ColorModel
AbstractRed.getData ( )  :  Raster
AbstractRed.getData ( Rectangle p1 )  :  Raster
AbstractRed.getDependencyRegion ( int p1, Rectangle p2 )  :  Shape
AbstractRed.getDirtyRegion ( int p1, Rectangle p2 )  :  Shape
AbstractRed.getHeight ( )  :  int
AbstractRed.getMinTileX ( )  :  int
AbstractRed.getMinTileY ( )  :  int
AbstractRed.getMinX ( )  :  int
AbstractRed.getMinY ( )  :  int
AbstractRed.getNumXTiles ( )  :  int
AbstractRed.getNumYTiles ( )  :  int
AbstractRed.getProperty ( String p1 )  :  Object
AbstractRed.getPropertyNames ( )  :  String[ ]
AbstractRed.getSampleModel ( )  :  SampleModel
AbstractRed.getSources ( )  :  Vector
AbstractRed.getTile ( int p1, int p2 )  :  Raster
AbstractRed.getTileGridXOffset ( )  :  int
AbstractRed.getTileGridYOffset ( )  :  int
AbstractRed.getTileHeight ( )  :  int
AbstractRed.getTileWidth ( )  :  int
AbstractRed.getWidth ( )  :  int
AbstractRed.getXTile ( int p1 )  :  int
AbstractRed.getYTile ( int p1 )  :  int
AbstractRed.init ( CachableRed p1, Rectangle p2, ColorModel p3, SampleModel p4, int p5, int p6, Map p7 )  :  void
AbstractRed.init ( List p1, Rectangle p2, ColorModel p3, SampleModel p4, int p5, int p6, Map p7 )  :  void
AbstractRed.makeTile ( int p1, int p2 )  :  WritableRaster
AbstractRed.updateTileGridInfo ( )  :  void

cdk-1.0.4.jar, AbstractRegistryEntry.class
package org.apache.batik.ext.awt.image.spi
AbstractRegistryEntry.AbstractRegistryEntry ( String p1, float p2, String p3, String p4 )
AbstractRegistryEntry.AbstractRegistryEntry ( String p1, float p2, String[ ] p3, String[ ] p4 )
AbstractRegistryEntry.getFormatName ( )  :  String
AbstractRegistryEntry.getMimeTypes ( )  :  List
AbstractRegistryEntry.getPriority ( )  :  float
AbstractRegistryEntry.getStandardExtensions ( )  :  List

cdk-1.0.4.jar, AbstractScalar.class
package org.xmlcml.cml.element
AbstractScalar.getUnitTypeAttribute ( )  :  CMLAttribute

cdk-1.0.4.jar, AbstractStmml.class
package org.xmlcml.cml.element
AbstractStmml.AbstractStmml ( )
AbstractStmml.AbstractStmml ( AbstractStmml old )
AbstractStmml.addAttribute ( Attribute att )  :  void
AbstractStmml.getAttributeGroupName ( String attributeName )  :  String
AbstractStmml.getConvention ( )  :  String
AbstractStmml.getConventionAttribute ( )  :  CMLAttribute
AbstractStmml.getDictRef ( )  :  String
AbstractStmml.getDictRefAttribute ( )  :  CMLAttribute
AbstractStmml.getId ( )  :  String
AbstractStmml.getIdAttribute ( )  :  CMLAttribute
AbstractStmml.getTitle ( )  :  String
AbstractStmml.getTitleAttribute ( )  :  CMLAttribute
AbstractStmml.setConvention ( String value )  :  void
AbstractStmml.setDictRef ( String value )  :  void
AbstractStmml.setId ( String value )  :  void
AbstractStmml.setTitle ( String value )  :  void

cdk-1.0.4.jar, AbstractString.class
package org.xmlcml.cml.element
AbstractString.AbstractString ( )
AbstractString.AbstractString ( AbstractString old )
AbstractString.addAttribute ( Attribute att )  :  void
AbstractString.getAttributeGroupName ( String attributeName )  :  String
AbstractString.getBuiltin ( )  :  String
AbstractString.getBuiltinAttribute ( )  :  CMLAttribute
AbstractString.getConvention ( )  :  String
AbstractString.getConventionAttribute ( )  :  CMLAttribute
AbstractString.getDictRef ( )  :  String
AbstractString.getDictRefAttribute ( )  :  CMLAttribute
AbstractString.getId ( )  :  String
AbstractString.getIdAttribute ( )  :  CMLAttribute
AbstractString.getTitle ( )  :  String
AbstractString.getTitleAttribute ( )  :  CMLAttribute
AbstractString.getXMLContent ( )  :  String
AbstractString.setBuiltin ( String value )  :  void
AbstractString.setConvention ( String value )  :  void
AbstractString.setDictRef ( String value )  :  void
AbstractString.setId ( String value )  :  void
AbstractString.setTitle ( String value )  :  void
AbstractString.setXMLContent ( String value )  :  void

cdk-1.0.4.jar, AbstractStringArray.class
package org.xmlcml.cml.element
AbstractStringArray.AbstractStringArray ( )
AbstractStringArray.AbstractStringArray ( AbstractStringArray old )
AbstractStringArray.addAttribute ( Attribute att )  :  void
AbstractStringArray.getAttributeGroupName ( String attributeName )  :  String
AbstractStringArray.getBuiltin ( )  :  String
AbstractStringArray.getBuiltinAttribute ( )  :  CMLAttribute
AbstractStringArray.getConvention ( )  :  String
AbstractStringArray.getConventionAttribute ( )  :  CMLAttribute
AbstractStringArray.getDelimiter ( )  :  String
AbstractStringArray.getDelimiterAttribute ( )  :  CMLAttribute
AbstractStringArray.getDictRef ( )  :  String
AbstractStringArray.getDictRefAttribute ( )  :  CMLAttribute
AbstractStringArray.getId ( )  :  String
AbstractStringArray.getIdAttribute ( )  :  CMLAttribute
AbstractStringArray.getMax ( )  :  String
AbstractStringArray.getMaxAttribute ( )  :  CMLAttribute
AbstractStringArray.getMin ( )  :  String
AbstractStringArray.getMinAttribute ( )  :  CMLAttribute
AbstractStringArray.getSize ( )  :  int
AbstractStringArray.getSizeAttribute ( )  :  CMLAttribute
AbstractStringArray.getTitle ( )  :  String
AbstractStringArray.getTitleAttribute ( )  :  CMLAttribute
AbstractStringArray.getXMLContent ( )  :  String
AbstractStringArray.setBuiltin ( String value )  :  void
AbstractStringArray.setConvention ( String value )  :  void
AbstractStringArray.setDelimiter ( String value )  :  void
AbstractStringArray.setDictRef ( String value )  :  void
AbstractStringArray.setId ( String value )  :  void
AbstractStringArray.setMax ( String value )  :  void
AbstractStringArray.setMin ( String value )  :  void
AbstractStringArray.setSize ( int value )  :  void
AbstractStringArray.setTitle ( String value )  :  void
AbstractStringArray.setXMLContent ( String value )  :  void

cdk-1.0.4.jar, AbstractSVGConverter.class
package org.apache.batik.svggen
AbstractSVGConverter.AbstractSVGConverter ( SVGGeneratorContext p1 )
AbstractSVGConverter.doubleString ( double p1 )  :  String
AbstractSVGConverter.getDefinitionSet ( )  :  List
AbstractSVGConverter.toSVG ( GraphicContext p1 ) [abstract]  :  SVGDescriptor

cdk-1.0.4.jar, AbstractSVGFilterConverter.class
package org.apache.batik.svggen
AbstractSVGFilterConverter.AbstractSVGFilterConverter ( SVGGeneratorContext p1 )
AbstractSVGFilterConverter.doubleString ( double p1 )  :  String
AbstractSVGFilterConverter.getDefinitionSet ( )  :  List
AbstractSVGFilterConverter.toSVG ( BufferedImageOp p1, Rectangle p2 ) [abstract]  :  SVGFilterDescriptor

cdk-1.0.4.jar, AbstractTable.class
package org.xmlcml.cml.element
AbstractTable.addArray ( AbstractArray array )  :  void
AbstractTable.addTrow ( AbstractTrow trow )  :  void
AbstractTable.getArrayElements ( )  :  CMLElements
AbstractTable.getDataType ( )  :  String
AbstractTable.getDataTypeAttribute ( )  :  CMLAttribute
AbstractTable.getTrowElements ( )  :  CMLElements
AbstractTable.setDataType ( String value )  :  void

cdk-1.0.4.jar, AbstractTableHeader.class
package org.xmlcml.cml.element
AbstractTableHeader.addTrow ( AbstractTrow trow )  :  void
AbstractTableHeader.getTrowElements ( )  :  CMLElements

cdk-1.0.4.jar, AbstractTableRow.class
package org.xmlcml.cml.element
AbstractTableRow.getDelimiter ( )  :  String
AbstractTableRow.getDelimiterAttribute ( )  :  CMLAttribute
AbstractTableRow.getXMLContent ( )  :  String
AbstractTableRow.setDelimiter ( String value )  :  void
AbstractTableRow.setXMLContent ( String value )  :  void

cdk-1.0.4.jar, AbstractTcell.class
package org.xmlcml.cml.element
AbstractTcell.AbstractTcell ( )
AbstractTcell.AbstractTcell ( AbstractTcell old )
AbstractTcell.addAttribute ( Attribute att )  :  void
AbstractTcell.getAttributeGroupName ( String attributeName )  :  String
AbstractTcell.getConvention ( )  :  String
AbstractTcell.getConventionAttribute ( )  :  CMLAttribute
AbstractTcell.getDataType ( )  :  String
AbstractTcell.getDataTypeAttribute ( )  :  CMLAttribute
AbstractTcell.getDictRef ( )  :  String
AbstractTcell.getDictRefAttribute ( )  :  CMLAttribute
AbstractTcell.getId ( )  :  String
AbstractTcell.getIdAttribute ( )  :  CMLAttribute
AbstractTcell.getTitle ( )  :  String
AbstractTcell.getTitleAttribute ( )  :  CMLAttribute
AbstractTcell.getUnits ( )  :  String
AbstractTcell.getUnitsAttribute ( )  :  CMLAttribute
AbstractTcell.setConvention ( String value )  :  void
AbstractTcell.setDataType ( String value )  :  void
AbstractTcell.setDictRef ( String value )  :  void
AbstractTcell.setId ( String value )  :  void
AbstractTcell.setTitle ( String value )  :  void
AbstractTcell.setUnits ( String value )  :  void

cdk-1.0.4.jar, AbstractTest.class
package org.xmlcml.cml.element.test
AbstractTest.AbstractTest ( )
AbstractTest.severeError ( String p1 ) [static]  :  void

cdk-1.0.4.jar, AbstractText.class
package org.apache.batik.dom
AbstractText.AbstractText ( )
AbstractText.createTextNode ( String p1 ) [abstract]  :  Text
AbstractText.splitText ( int p1 )  :  Text

cdk-1.0.4.jar, AbstractTiledRed.class
package org.apache.batik.ext.awt.image.rendered
AbstractTiledRed.AbstractTiledRed ( )
AbstractTiledRed.AbstractTiledRed ( CachableRed p1, Map p2 )
AbstractTiledRed.AbstractTiledRed ( CachableRed p1, Rectangle p2, ColorModel p3, SampleModel p4, int p5, int p6, Map p7 )
AbstractTiledRed.AbstractTiledRed ( CachableRed p1, Rectangle p2, ColorModel p3, SampleModel p4, Map p5 )
AbstractTiledRed.AbstractTiledRed ( CachableRed p1, Rectangle p2, Map p3 )
AbstractTiledRed.AbstractTiledRed ( List p1, Rectangle p2, ColorModel p3, SampleModel p4, int p5, int p6, Map p7 )
AbstractTiledRed.AbstractTiledRed ( List p1, Rectangle p2, ColorModel p3, SampleModel p4, Map p5 )
AbstractTiledRed.AbstractTiledRed ( List p1, Rectangle p2, Map p3 )
AbstractTiledRed.AbstractTiledRed ( Rectangle p1, Map p2 )
AbstractTiledRed.copyData ( WritableRaster p1 )  :  WritableRaster
AbstractTiledRed.copyToRaster ( WritableRaster p1 )  :  void
AbstractTiledRed.copyToRasterByBlocks ( WritableRaster p1 )  :  void
AbstractTiledRed.createTileStore ( )  :  TileStore
AbstractTiledRed.drawBlock ( TileBlock p1, WritableRaster p2 )  :  void
AbstractTiledRed.drawBlockAndCopy ( TileBlock[ ] p1, WritableRaster p2 )  :  void
AbstractTiledRed.drawBlockInPlace ( TileBlock[ ] p1, WritableRaster p2 )  :  void
AbstractTiledRed.genRect ( WritableRaster p1 ) [abstract]  :  void
AbstractTiledRed.genTile ( int p1, int p2 )  :  Raster
AbstractTiledRed.getData ( Rectangle p1 )  :  Raster
AbstractTiledRed.getDefaultTileSize ( ) [static]  :  int
AbstractTiledRed.getTile ( int p1, int p2 )  :  Raster
AbstractTiledRed.getTileStore ( )  :  TileStore
AbstractTiledRed.init ( CachableRed p1, Rectangle p2, ColorModel p3, SampleModel p4, int p5, int p6, Map p7 )  :  void
AbstractTiledRed.init ( CachableRed p1, Rectangle p2, ColorModel p3, SampleModel p4, int p5, int p6, TileStore p7, Map p8 )  :  void
AbstractTiledRed.init ( List p1, Rectangle p2, ColorModel p3, SampleModel p4, int p5, int p6, Map p7 )  :  void
AbstractTiledRed.setTile ( int p1, int p2, Raster p3 )  :  void
AbstractTiledRed.setTileStore ( TileStore p1 )  :  void

cdk-1.0.4.jar, AbstractTool.class
package org.xmlcml.cml.tools
AbstractTool.AbstractTool ( )

cdk-1.0.4.jar, AbstractTrow.class
package org.xmlcml.cml.element
AbstractTrow.AbstractTrow ( )
AbstractTrow.AbstractTrow ( AbstractTrow old )
AbstractTrow.addAttribute ( Attribute att )  :  void
AbstractTrow.addTcell ( AbstractTcell tcell )  :  void
AbstractTrow.getAttributeGroupName ( String attributeName )  :  String
AbstractTrow.getConvention ( )  :  String
AbstractTrow.getConventionAttribute ( )  :  CMLAttribute
AbstractTrow.getDataType ( )  :  String
AbstractTrow.getDataTypeAttribute ( )  :  CMLAttribute
AbstractTrow.getDictRef ( )  :  String
AbstractTrow.getDictRefAttribute ( )  :  CMLAttribute
AbstractTrow.getId ( )  :  String
AbstractTrow.getIdAttribute ( )  :  CMLAttribute
AbstractTrow.getTcellElements ( )  :  CMLElements
AbstractTrow.getTitle ( )  :  String
AbstractTrow.getTitleAttribute ( )  :  CMLAttribute
AbstractTrow.setConvention ( String value )  :  void
AbstractTrow.setDataType ( String value )  :  void
AbstractTrow.setDictRef ( String value )  :  void
AbstractTrow.setId ( String value )  :  void
AbstractTrow.setTitle ( String value )  :  void

cdk-1.0.4.jar, AbstractUnit.class
package org.xmlcml.cml.element
AbstractUnit.AbstractUnit ( )
AbstractUnit.AbstractUnit ( AbstractUnit old )
AbstractUnit.addAnnotation ( AbstractAnnotation annotation )  :  void
AbstractUnit.addAttribute ( Attribute att )  :  void
AbstractUnit.addDefinition ( AbstractDefinition definition )  :  void
AbstractUnit.addDescription ( AbstractDescription description )  :  void
AbstractUnit.addMetadata ( AbstractMetadata metadata )  :  void
AbstractUnit.addMetadataList ( AbstractMetadataList metadataList )  :  void
AbstractUnit.addUnit ( AbstractUnit unit )  :  void
AbstractUnit.addUnitType ( AbstractUnitType unitType )  :  void
AbstractUnit.getAbbreviation ( )  :  String
AbstractUnit.getAbbreviationAttribute ( )  :  CMLAttribute
AbstractUnit.getAnnotationElements ( )  :  CMLElements
AbstractUnit.getAttributeGroupName ( String attributeName )  :  String
AbstractUnit.getConstantToSI ( )  :  double
AbstractUnit.getConstantToSIAttribute ( )  :  CMLAttribute
AbstractUnit.getDefinitionElements ( )  :  CMLElements
AbstractUnit.getDescriptionElements ( )  :  CMLElements
AbstractUnit.getId ( )  :  String
AbstractUnit.getIdAttribute ( )  :  CMLAttribute
AbstractUnit.getIsSI ( )  :  String
AbstractUnit.getIsSIAttribute ( )  :  CMLAttribute
AbstractUnit.getMetadataElements ( )  :  CMLElements
AbstractUnit.getMetadataListElements ( )  :  CMLElements
AbstractUnit.getMultiplierToData ( )  :  double
AbstractUnit.getMultiplierToDataAttribute ( )  :  CMLAttribute
AbstractUnit.getMultiplierToSI ( )  :  double
AbstractUnit.getMultiplierToSIAttribute ( )  :  CMLAttribute
AbstractUnit.getName ( )  :  String
AbstractUnit.getNameAttribute ( )  :  CMLAttribute
AbstractUnit.getParentSI ( )  :  String
AbstractUnit.getParentSIAttribute ( )  :  CMLAttribute
AbstractUnit.getPower ( )  :  double
AbstractUnit.getPowerAttribute ( )  :  CMLAttribute
AbstractUnit.getSymbol ( )  :  String
AbstractUnit.getSymbolAttribute ( )  :  CMLAttribute
AbstractUnit.getTitle ( )  :  String
AbstractUnit.getTitleAttribute ( )  :  CMLAttribute
AbstractUnit.getUnitElements ( )  :  CMLElements
AbstractUnit.getUnits ( )  :  String
AbstractUnit.getUnitsAttribute ( )  :  CMLAttribute
AbstractUnit.getUnitType ( )  :  String
AbstractUnit.getUnitTypeAttribute ( )  :  CMLAttribute
AbstractUnit.getUnitTypeElements ( )  :  CMLElements
AbstractUnit.setAbbreviation ( String value )  :  void
AbstractUnit.setConstantToSI ( double value )  :  void
AbstractUnit.setId ( String value )  :  void
AbstractUnit.setIsSI ( String value )  :  void
AbstractUnit.setMultiplierToData ( double value )  :  void
AbstractUnit.setMultiplierToSI ( double value )  :  void
AbstractUnit.setName ( String value )  :  void
AbstractUnit.setParentSI ( String value )  :  void
AbstractUnit.setPower ( double value )  :  void
AbstractUnit.setSymbol ( String value )  :  void
AbstractUnit.setTitle ( String value )  :  void
AbstractUnit.setUnits ( String value )  :  void
AbstractUnit.setUnitType ( String value )  :  void

cdk-1.0.4.jar, AbstractUnitList.class
package org.xmlcml.cml.element
AbstractUnitList.AbstractUnitList ( )
AbstractUnitList.AbstractUnitList ( AbstractUnitList old )
AbstractUnitList.addAttribute ( Attribute att )  :  void
AbstractUnitList.addMetadataList ( AbstractMetadataList metadataList )  :  void
AbstractUnitList.addUnit ( AbstractUnit unit )  :  void
AbstractUnitList.addUnitType ( AbstractUnitType unitType )  :  void
AbstractUnitList.getAttributeGroupName ( String attributeName )  :  String
AbstractUnitList.getConvention ( )  :  String
AbstractUnitList.getConventionAttribute ( )  :  CMLAttribute
AbstractUnitList.getDictionaryPrefix ( )  :  String
AbstractUnitList.getDictionaryPrefixAttribute ( )  :  CMLAttribute
AbstractUnitList.getDictRef ( )  :  String
AbstractUnitList.getDictRefAttribute ( )  :  CMLAttribute
AbstractUnitList.getHref ( )  :  String
AbstractUnitList.getHrefAttribute ( )  :  CMLAttribute
AbstractUnitList.getId ( )  :  String
AbstractUnitList.getIdAttribute ( )  :  CMLAttribute
AbstractUnitList.getMetadataListElements ( )  :  CMLElements
AbstractUnitList.getNamespace ( )  :  String
AbstractUnitList.getNamespaceAttribute ( )  :  CMLAttribute
AbstractUnitList.getSiNamespace ( )  :  String
AbstractUnitList.getSiNamespaceAttribute ( )  :  CMLAttribute
AbstractUnitList.getTitle ( )  :  String
AbstractUnitList.getTitleAttribute ( )  :  CMLAttribute
AbstractUnitList.getType ( )  :  String
AbstractUnitList.getTypeAttribute ( )  :  CMLAttribute
AbstractUnitList.getUnitElements ( )  :  CMLElements
AbstractUnitList.getUnitTypeElements ( )  :  CMLElements
AbstractUnitList.setConvention ( String value )  :  void
AbstractUnitList.setDictionaryPrefix ( String value )  :  void
AbstractUnitList.setDictRef ( String value )  :  void
AbstractUnitList.setHref ( String value )  :  void
AbstractUnitList.setId ( String value )  :  void
AbstractUnitList.setNamespace ( String value )  :  void
AbstractUnitList.setSiNamespace ( String value )  :  void
AbstractUnitList.setTitle ( String value )  :  void
AbstractUnitList.setType ( String value )  :  void

cdk-1.0.4.jar, AbstractUnitTest.class
package org.xmlcml.cml.element.test
AbstractUnitTest.AbstractUnitTest ( )
AbstractUnitTest.setUp ( )  :  void
AbstractUnitTest.suite ( ) [static]  :  Test
AbstractUnitTest.testGetParentCMLUnitList ( )  :  void
AbstractUnitTest.testGetParentSIUnit ( )  :  void
AbstractUnitTest.testGetReferencedUnitType ( )  :  void
AbstractUnitTest.testGetSIUnitList ( )  :  void
AbstractUnitTest.testIsSIUnit ( )  :  void

cdk-1.0.4.jar, AbstractUnitType.class
package org.xmlcml.cml.element
AbstractUnitType.AbstractUnitType ( )
AbstractUnitType.AbstractUnitType ( AbstractUnitType old )
AbstractUnitType.addAnnotation ( AbstractAnnotation annotation )  :  void
AbstractUnitType.addAttribute ( Attribute att )  :  void
AbstractUnitType.addDefinition ( AbstractDefinition definition )  :  void
AbstractUnitType.addDescription ( AbstractDescription description )  :  void
AbstractUnitType.addDimension ( AbstractDimension dimension )  :  void
AbstractUnitType.getAbbreviation ( )  :  String
AbstractUnitType.getAbbreviationAttribute ( )  :  CMLAttribute
AbstractUnitType.getAnnotationElements ( )  :  CMLElements
AbstractUnitType.getAttributeGroupName ( String attributeName )  :  String
AbstractUnitType.getDefinitionElements ( )  :  CMLElements
AbstractUnitType.getDescriptionElements ( )  :  CMLElements
AbstractUnitType.getDimensionElements ( )  :  CMLElements
AbstractUnitType.getId ( )  :  String
AbstractUnitType.getIdAttribute ( )  :  CMLAttribute
AbstractUnitType.getName ( )  :  String
AbstractUnitType.getNameAttribute ( )  :  CMLAttribute
AbstractUnitType.getParentSI ( )  :  String
AbstractUnitType.getParentSIAttribute ( )  :  CMLAttribute
AbstractUnitType.getPreserve ( )  :  String
AbstractUnitType.getPreserveAttribute ( )  :  CMLAttribute
AbstractUnitType.getSymbol ( )  :  String
AbstractUnitType.getSymbolAttribute ( )  :  CMLAttribute
AbstractUnitType.getTitle ( )  :  String
AbstractUnitType.getTitleAttribute ( )  :  CMLAttribute
AbstractUnitType.setAbbreviation ( String value )  :  void
AbstractUnitType.setId ( String value )  :  void
AbstractUnitType.setName ( String value )  :  void
AbstractUnitType.setParentSI ( String value )  :  void
AbstractUnitType.setPreserve ( String value )  :  void
AbstractUnitType.setSymbol ( String value )  :  void
AbstractUnitType.setTitle ( String value )  :  void

cdk-1.0.4.jar, AbstractUnitTypeList.class
package org.xmlcml.cml.element
AbstractUnitTypeList.AbstractUnitTypeList ( )
AbstractUnitTypeList.AbstractUnitTypeList ( AbstractUnitTypeList old )
AbstractUnitTypeList.addAttribute ( Attribute att )  :  void
AbstractUnitTypeList.addMetadataList ( AbstractMetadataList metadataList )  :  void
AbstractUnitTypeList.addUnitType ( AbstractUnitType unitType )  :  void
AbstractUnitTypeList.getAttributeGroupName ( String attributeName )  :  String
AbstractUnitTypeList.getConvention ( )  :  String
AbstractUnitTypeList.getConventionAttribute ( )  :  CMLAttribute
AbstractUnitTypeList.getDictionaryPrefix ( )  :  String
AbstractUnitTypeList.getDictionaryPrefixAttribute ( )  :  CMLAttribute
AbstractUnitTypeList.getDictRef ( )  :  String
AbstractUnitTypeList.getDictRefAttribute ( )  :  CMLAttribute
AbstractUnitTypeList.getHref ( )  :  String
AbstractUnitTypeList.getHrefAttribute ( )  :  CMLAttribute
AbstractUnitTypeList.getId ( )  :  String
AbstractUnitTypeList.getIdAttribute ( )  :  CMLAttribute
AbstractUnitTypeList.getMetadataListElements ( )  :  CMLElements
AbstractUnitTypeList.getNamespace ( )  :  String
AbstractUnitTypeList.getNamespaceAttribute ( )  :  CMLAttribute
AbstractUnitTypeList.getSiNamespace ( )  :  String
AbstractUnitTypeList.getSiNamespaceAttribute ( )  :  CMLAttribute
AbstractUnitTypeList.getTitle ( )  :  String
AbstractUnitTypeList.getTitleAttribute ( )  :  CMLAttribute
AbstractUnitTypeList.getUnitTypeElements ( )  :  CMLElements
AbstractUnitTypeList.setConvention ( String value )  :  void
AbstractUnitTypeList.setDictionaryPrefix ( String value )  :  void
AbstractUnitTypeList.setDictRef ( String value )  :  void
AbstractUnitTypeList.setHref ( String value )  :  void
AbstractUnitTypeList.setId ( String value )  :  void
AbstractUnitTypeList.setNamespace ( String value )  :  void
AbstractUnitTypeList.setSiNamespace ( String value )  :  void
AbstractUnitTypeList.setTitle ( String value )  :  void

cdk-1.0.4.jar, AccessDeniedException.class
package org.apache.xindice.core.security
AccessDeniedException.AccessDeniedException ( )
AccessDeniedException.AccessDeniedException ( String message )

cdk-1.0.4.jar, AddAtomsAndBondsEdit.class
package org.openscience.cdk.applications.undoredo
AddAtomsAndBondsEdit.AddAtomsAndBondsEdit ( IChemModel chemModel, IAtomContainer undoRedoContainer, String type, Controller2DModel c2dm )
AddAtomsAndBondsEdit.canRedo ( )  :  boolean
AddAtomsAndBondsEdit.canUndo ( )  :  boolean
AddAtomsAndBondsEdit.getPresentationName ( )  :  String
AddAtomsAndBondsEdit.redo ( )  :  void
AddAtomsAndBondsEdit.undo ( )  :  void
AddAtomsAndBondsEdit.updateAtom ( IAtomContainer container, IAtom atom )  :  void

cdk-1.0.4.jar, AddCollection.class
package org.apache.xindice.tools.command
AddCollection.AddCollection ( )
AddCollection.execute ( Hashtable table )  :  boolean

cdk-1.0.4.jar, AddCollectionXMLObject.class
package org.apache.xindice.tools.command
AddCollectionXMLObject.AddCollectionXMLObject ( )
AddCollectionXMLObject.execute ( Hashtable table )  :  boolean

cdk-1.0.4.jar, AddDocument.class
package org.apache.xindice.tools.command
AddDocument.AddDocument ( )
AddDocument.execute ( Hashtable table )  :  boolean

cdk-1.0.4.jar, AddFuncGroupEdit.class
package org.openscience.cdk.applications.undoredo
AddFuncGroupEdit.AddFuncGroupEdit ( IChemModel chemModel, IAtomContainer oldatom, IAtomContainer addedGroup, String type )
AddFuncGroupEdit.canRedo ( )  :  boolean
AddFuncGroupEdit.canUndo ( )  :  boolean
AddFuncGroupEdit.getPresentationName ( )  :  String
AddFuncGroupEdit.redo ( )  :  void
AddFuncGroupEdit.undo ( )  :  void

cdk-1.0.4.jar, AddHydrogenEdit.class
package org.openscience.cdk.applications.undoredo
AddHydrogenEdit.AddHydrogenEdit ( IChemModel model, IAtomContainer changedAtomsAndBonds )
AddHydrogenEdit.AddHydrogenEdit ( IChemModel model2, HashMap hydrogenAtomMap )
AddHydrogenEdit.canRedo ( )  :  boolean
AddHydrogenEdit.canUndo ( )  :  boolean
AddHydrogenEdit.getPresentationName ( )  :  String
AddHydrogenEdit.redo ( )  :  void
AddHydrogenEdit.undo ( )  :  void

cdk-1.0.4.jar, AddIndexer.class
package org.apache.xindice.tools.command
AddIndexer.AddIndexer ( )
AddIndexer.execute ( Hashtable table )  :  boolean

cdk-1.0.4.jar, AddMultipleDocuments.class
package org.apache.xindice.tools.command
AddMultipleDocuments.AddMultipleDocuments ( )
AddMultipleDocuments.execute ( Hashtable table )  :  boolean

cdk-1.0.4.jar, AdjustBondOrdersEdit.class
package org.openscience.cdk.applications.undoredo
AdjustBondOrdersEdit.AdjustBondOrdersEdit ( HashMap changedBonds )
AdjustBondOrdersEdit.canRedo ( )  :  boolean
AdjustBondOrdersEdit.canUndo ( )  :  boolean
AdjustBondOrdersEdit.getPresentationName ( )  :  String
AdjustBondOrdersEdit.redo ( )  :  void
AdjustBondOrdersEdit.undo ( )  :  void

cdk-1.0.4.jar, AffineRable.class
package org.apache.batik.ext.awt.image.renderable
AffineRable.getAffine ( ) [abstract]  :  AffineTransform
AffineRable.getSource ( ) [abstract]  :  Filter
AffineRable.setAffine ( AffineTransform p1 ) [abstract]  :  void
AffineRable.setSource ( Filter p1 ) [abstract]  :  void

cdk-1.0.4.jar, AffineRable8Bit.class
package org.apache.batik.ext.awt.image.renderable
AffineRable8Bit.AffineRable8Bit ( Filter p1, AffineTransform p2 )
AffineRable8Bit.createRendering ( RenderContext p1 )  :  RenderedImage
AffineRable8Bit.getAffine ( )  :  AffineTransform
AffineRable8Bit.getBounds2D ( )  :  Rectangle2D
AffineRable8Bit.getDependencyRegion ( int p1, Rectangle2D p2 )  :  Shape
AffineRable8Bit.getDirtyRegion ( int p1, Rectangle2D p2 )  :  Shape
AffineRable8Bit.getSource ( )  :  Filter
AffineRable8Bit.paintRable ( Graphics2D p1 )  :  boolean
AffineRable8Bit.setAffine ( AffineTransform p1 )  :  void
AffineRable8Bit.setSource ( Filter p1 )  :  void

cdk-1.0.4.jar, AffineRed.class
package org.apache.batik.ext.awt.image.rendered
AffineRed.AffineRed ( CachableRed p1, AffineTransform p2, RenderingHints p3 )
AffineRed.copyData ( WritableRaster p1 )  :  WritableRaster
AffineRed.fixColorModel ( CachableRed p1 ) [static]  :  ColorModel
AffineRed.fixSampleModel ( CachableRed p1, ColorModel p2, Rectangle p3 )  :  SampleModel
AffineRed.genRect ( WritableRaster p1 )  :  void
AffineRed.getSource ( )  :  CachableRed
AffineRed.getTile ( int p1, int p2 )  :  Raster
AffineRed.getTransform ( )  :  AffineTransform

cdk-1.0.4.jar, AliphaticAtom.class
package org.openscience.cdk.isomorphism.matchers.smarts
AliphaticAtom.getOperator ( )  :  int

cdk-1.0.4.jar, AlphaPreCompositeContext.class
package org.apache.batik.ext.awt.image
SVGComposite.AlphaPreCompositeContext.compose ( Raster p1, Raster p2, WritableRaster p3 )  :  void
SVGComposite.AlphaPreCompositeContext.dispose ( )  :  void
SVGComposite.AlphaPreCompositeContext.precompose ( Raster p1, Raster p2, WritableRaster p3 ) [abstract]  :  void

cdk-1.0.4.jar, AlphaPreCompositeContext_INT_PACK.class
package org.apache.batik.ext.awt.image
SVGComposite.AlphaPreCompositeContext_INT_PACK.precompose ( Raster p1, Raster p2, WritableRaster p3 )  :  void
SVGComposite.AlphaPreCompositeContext_INT_PACK.precompose_INT_PACK ( int p1, int p2, int[ ] p3, int p4, int p5, int[ ] p6, int p7, int p8, int[ ] p9, int p10, int p11 ) [abstract]  :  void

cdk-1.0.4.jar, AlphaRenderer2D.class
package org.openscience.cdk.renderer
AlphaRenderer2D.AlphaRenderer2D ( )
AlphaRenderer2D.AlphaRenderer2D ( Renderer2DModel r2dm )
AlphaRenderer2D.getRingSet ( IAtomContainer atomContainer )  :  IRingSet
AlphaRenderer2D.paintEmptySpace ( int x, int y, int width, int height, int border, Color backColor, Graphics2D g )  :  void
AlphaRenderer2D.paintMolecule ( IAtomContainer atomContainer, Graphics2D graphics )  :  void

cdk-1.0.4.jar, AlreadySelectedException.class
package org.apache.commons.cli
AlreadySelectedException.AlreadySelectedException ( String message )

cdk-1.0.4.jar, AngleBending.class
package org.openscience.cdk.modeling.forcefield
AngleBending.setMMFF94AngleBendingParameters ( IAtomContainer molecule, Hashtable parameterSet, boolean angleBendingFlag )  :  void

cdk-1.0.4.jar, AngleTest.class
package org.xmlcml.euclid.test
AngleTest.AngleTest ( )
AngleTest.setUp ( )  :  void
AngleTest.suite ( ) [static]  :  Test
AngleTest.testAngleAngle ( )  :  void
AngleTest.testAngleDouble ( )  :  void
AngleTest.testAngleDoubleAngleType ( )  :  void
AngleTest.testAngleDoubleDouble ( )  :  void
AngleTest.testAngleDoubleUnits ( )  :  void
AngleTest.testCos ( )  :  void
AngleTest.testGetAngle ( )  :  void
AngleTest.testGetDegrees ( )  :  void
AngleTest.testGetRadian ( )  :  void
AngleTest.testGreaterThanAngle ( )  :  void
AngleTest.testGreaterThanDouble ( )  :  void
AngleTest.testGreaterThanOrEqualsAngle ( )  :  void
AngleTest.testGreaterThanOrEqualsDouble ( )  :  void
AngleTest.testIsEqualToAngle ( )  :  void
AngleTest.testIsEqualToDouble ( )  :  void
AngleTest.testLessThanAngle ( )  :  void
AngleTest.testLessThanDouble ( )  :  void
AngleTest.testLessThanOrEqualsAngle ( )  :  void
AngleTest.testLessThanOrEqualsDouble ( )  :  void
AngleTest.testMultiplyBy ( )  :  void
AngleTest.testNormalise ( )  :  void
AngleTest.testPlus ( )  :  void
AngleTest.testPutDegrees ( )  :  void
AngleTest.testSetRange ( )  :  void
AngleTest.testSin ( )  :  void
AngleTest.testSubtract ( )  :  void
AngleTest.testTan ( )  :  void

cdk-1.0.4.jar, AngularMomentum.class
package org.openscience.cdk.math.qm
AngularMomentum.AngularMomentum ( double J )
AngularMomentum.getIminus ( )  :  Matrix
AngularMomentum.getIplus ( )  :  Matrix
AngularMomentum.getIx ( )  :  IMatrix
AngularMomentum.getIy ( )  :  IMatrix
AngularMomentum.getIz ( )  :  IMatrix
AngularMomentum.getSpinVector ( double theta, double phi )  :  Vector

cdk-1.0.4.jar, Any2LsRGBRed.class
package org.apache.batik.ext.awt.image.rendered
Any2LsRGBRed.Any2LsRGBRed ( CachableRed p1 )
Any2LsRGBRed.copyData ( WritableRaster p1 )  :  WritableRaster
Any2LsRGBRed.fixColorModel ( CachableRed p1 ) [static]  :  ColorModel
Any2LsRGBRed.fixSampleModel ( CachableRed p1 ) [static]  :  SampleModel
Any2LsRGBRed.sRGBToLsRGB ( double p1 ) [static]  :  double

cdk-1.0.4.jar, Any2LumRed.class
package org.apache.batik.ext.awt.image.rendered
Any2LumRed.Any2LumRed ( CachableRed p1 )
Any2LumRed.copyData ( WritableRaster p1 )  :  WritableRaster
Any2LumRed.fixColorModel ( CachableRed p1 ) [static]  :  ColorModel
Any2LumRed.fixSampleModel ( CachableRed p1 ) [static]  :  SampleModel

cdk-1.0.4.jar, Any2sRGBRed.class
package org.apache.batik.ext.awt.image.rendered
Any2sRGBRed.Any2sRGBRed ( CachableRed p1 )
Any2sRGBRed.applyLut_INT ( WritableRaster p1, int[ ] p2 ) [static]  :  WritableRaster
Any2sRGBRed.copyData ( WritableRaster p1 )  :  WritableRaster
Any2sRGBRed.fixColorModel ( CachableRed p1 ) [static]  :  ColorModel
Any2sRGBRed.fixSampleModel ( CachableRed p1 ) [static]  :  SampleModel
Any2sRGBRed.is_INT_PACK_COMP ( SampleModel p1 ) [static]  :  boolean

cdk-1.0.4.jar, AnyAtom.class
package org.openscience.cdk.isomorphism.matchers.smarts
AnyAtom.getOperator ( )  :  int

cdk-1.0.4.jar, AnyOrderQueryBond.class
package org.openscience.cdk.isomorphism.matchers.smarts
AnyOrderQueryBond.AnyOrderQueryBond ( IQueryAtom atom1, IQueryAtom atom2, double order )

cdk-1.0.4.jar, APIException.class
package org.apache.xindice.client.corba.db
APIException.APIException ( )
APIException.APIException ( int faultCode, String faultMessage, String exceptionMessage )
APIException.APIException ( String orb_reason, int faultCode, String faultMessage, String exceptionMessage )

cdk-1.0.4.jar, APIExceptionHelper.class
package org.apache.xindice.client.corba.db
APIExceptionHelper.APIExceptionHelper ( )
APIExceptionHelper.extract ( CORBA.Any a ) [static]  :  APIException
APIExceptionHelper.id ( ) [static]  :  String
APIExceptionHelper.insert ( CORBA.Any a, APIException t ) [static]  :  void
APIExceptionHelper.read ( CORBA.portable.InputStream istream ) [static]  :  APIException
APIExceptionHelper.type ( ) [static]  :  CORBA.TypeCode
APIExceptionHelper.write ( CORBA.portable.OutputStream ostream, APIException value ) [static]  :  void

cdk-1.0.4.jar, APIExceptionHolder.class
package org.apache.xindice.client.corba.db
APIExceptionHolder._read ( CORBA.portable.InputStream istream )  :  void
APIExceptionHolder._type ( )  :  CORBA.TypeCode
APIExceptionHolder._write ( CORBA.portable.OutputStream ostream )  :  void
APIExceptionHolder.APIExceptionHolder ( )
APIExceptionHolder.APIExceptionHolder ( APIException initial )

cdk-1.0.4.jar, APIService.class
package org.apache.xindice.server.services
APIService.APIService ( )
APIService.getName ( )  :  String
APIService.initialize ( )  :  int
APIService.resume ( )  :  int
APIService.run ( )  :  void
APIService.setConfig ( Configuration config )  :  void
APIService.setKernel ( Kernel kernel )  :  void
APIService.setServiceManager ( ServiceManager serviceManager )  :  void
APIService.start ( )  :  int
APIService.status ( )  :  int
APIService.statusMessage ( )  :  String
APIService.stop ( )  :  int
APIService.suspend ( )  :  int
APIService.uninitialize ( )  :  int

cdk-1.0.4.jar, APIVersionTester.class
package org.openscience.cdk.applications
APIVersionTester.APIVersionTester ( )
APIVersionTester.isBiggerOrEqual ( String one, String two ) [static]  :  boolean
APIVersionTester.isSmaller ( String one, String two ) [static]  :  boolean

cdk-1.0.4.jar, ApplicationSecurityEnforcer.class
package org.apache.batik.util
ApplicationSecurityEnforcer.ApplicationSecurityEnforcer ( Class p1, String p2 )
ApplicationSecurityEnforcer.ApplicationSecurityEnforcer ( Class p1, String p2, String p3 ) *DEPRECATED*
ApplicationSecurityEnforcer.enforceSecurity ( boolean p1 )  :  void
ApplicationSecurityEnforcer.getPolicyURL ( )  :  URL
ApplicationSecurityEnforcer.installSecurityManager ( )  :  void

cdk-1.0.4.jar, ARGBChannel.class
package org.apache.batik.ext.awt.image
ARGBChannel.readResolve ( )  :  Object
ARGBChannel.toInt ( )  :  int
ARGBChannel.toString ( )  :  String

cdk-1.0.4.jar, Args.class
package org.apache.xindice.core.objects
Args.get ( String p1 ) [abstract]  :  Variant
Args.list ( ) [abstract]  :  String[ ]

cdk-1.0.4.jar, ArgTokenizer.class
package org.apache.xindice.tools
ArgTokenizer.ArgTokenizer ( String argString )
ArgTokenizer.ArgTokenizer ( String[ ] args )
ArgTokenizer.hasMoreTokens ( )  :  boolean
ArgTokenizer.nextSwitchToken ( )  :  String
ArgTokenizer.nextToken ( )  :  String

cdk-1.0.4.jar, ArithCompositeContext.class
package org.apache.batik.ext.awt.image
SVGComposite.ArithCompositeContext.precompose ( Raster p1, Raster p2, WritableRaster p3 )  :  void

cdk-1.0.4.jar, ArithCompositeContext_INT_PACK.class
package org.apache.batik.ext.awt.image
SVGComposite.ArithCompositeContext_INT_PACK.precompose_INT_PACK ( int p1, int p2, int[ ] p3, int p4, int p5, int[ ] p6, int p7, int p8, int[ ] p9, int p10, int p11 )  :  void

cdk-1.0.4.jar, ArithCompositeContext_INT_PACK_LUT.class
package org.apache.batik.ext.awt.image
SVGComposite.ArithCompositeContext_INT_PACK_LUT.precompose_INT_PACK ( int p1, int p2, int[ ] p3, int p4, int p5, int[ ] p6, int p7, int p8, int[ ] p9, int p10, int p11 )  :  void

cdk-1.0.4.jar, AromaticAtom.class
package org.openscience.cdk.isomorphism.matchers.smarts
AromaticAtom.AromaticAtom ( IAtom m_atom )
AromaticAtom.getOperator ( )  :  int

cdk-1.0.4.jar, AromaticQueryBond.class
package org.openscience.cdk.isomorphism.matchers.smarts
AromaticQueryBond.AromaticQueryBond ( IQueryAtom m_atom1, IQueryAtom m_atom2, double order )

cdk-1.0.4.jar, Arrow.class
package org.openscience.cdk.renderer
Arrow.Arrow ( IAtom atom1, IAtom atom2 )
Arrow.getEnd ( )  :  IAtom
Arrow.getStart ( )  :  IAtom
Arrow.setEnd ( IAtom end )  :  void
Arrow.setStart ( IAtom start )  :  void

cdk-1.0.4.jar, ArrowRenderer2D.class
package org.openscience.cdk.renderer
ArrowRenderer2D.ArrowRenderer2D ( )
ArrowRenderer2D.ArrowRenderer2D ( Renderer2DModel r2dm )
ArrowRenderer2D.contructArc ( Arrow arrow )  :  Arc2D.Double
ArrowRenderer2D.contructArrowHead ( Arc2D.Double arc )  :  Polygon
ArrowRenderer2D.paintArrows ( Arrow[ ] arrows, Graphics2D graphics )  :  void

cdk-1.0.4.jar, ASCIIDecoder.class
package org.apache.batik.util.io
ASCIIDecoder.ASCIIDecoder ( InputStream p1 )
ASCIIDecoder.readChar ( )  :  int

cdk-1.0.4.jar, ASCIIDecoderFactory.class
package org.apache.batik.util.io
StreamNormalizingReader.ASCIIDecoderFactory.createCharDecoder ( InputStream p1 )  :  CharDecoder
StreamNormalizingReader.ASCIIDecoderFactory.StreamNormalizingReader.ASCIIDecoderFactory ( )

cdk-1.0.4.jar, Association.class
package org.openscience.cdk
Association.Association ( Atom atom1, Atom atom2 )
Association.contains ( Atom atom )  :  boolean
Association.getAtomAt ( int position )  :  Atom
Association.getAtoms ( )  :  Atom[ ]
Association.setAtomAt ( Atom atom, int position )  :  void
Association.setAtoms ( Atom[ ] atoms )  :  void

cdk-1.0.4.jar, Atom.class
package org.openscience.cdk
Atom.getCharge ( )  :  double
Atom.getHydrogenCount ( )  :  int
Atom.getStereoParity ( )  :  int
Atom.setCharge ( double charge )  :  void
Atom.setHydrogenCount ( int hydrogenCount )  :  void
Atom.setStereoParity ( int stereoParity )  :  void

cdk-1.0.4.jar, AtomContainer.class
package org.openscience.cdk
AtomContainer.addBond ( int atom1, int atom2, double order )  :  void
AtomContainer.addBond ( int atom1, int atom2, double order, int stereo )  :  void
AtomContainer.atoms ( )  :  Iterator
AtomContainer.bonds ( )  :  Iterator
AtomContainer.electronContainers ( )  :  Iterator
AtomContainer.getMaximumBondOrder ( IAtom atom )  :  double
AtomContainer.getMinimumBondOrder ( IAtom atom )  :  double
AtomContainer.lonePairs ( )  :  Iterator
AtomContainer.singleElectrons ( )  :  Iterator

cdk-1.0.4.jar, AtomContainerEditor.class
package org.openscience.cdk.applications.swing.editor
AtomContainerEditor.applyChanges ( )  :  void
AtomContainerEditor.AtomContainerEditor ( )
AtomContainerEditor.setChemObject ( IChemObject object )  :  void

cdk-1.0.4.jar, AtomContainerSet.class
package org.openscience.cdk
AtomContainerSet.atomContainers ( )  :  Iterator
AtomContainerSet.getMultiplier ( IAtomContainer container )  :  double
AtomContainerSet.getMultiplier ( int number )  :  double
AtomContainerSet.getMultipliers ( )  :  double[ ]
AtomContainerSet.setMultiplier ( IAtomContainer container, double multiplier )  :  boolean
AtomContainerSet.setMultiplier ( int position, double multiplier )  :  void
AtomContainerSet.setMultipliers ( double[ ] newMultipliers )  :  boolean

cdk-1.0.4.jar, AtomEditor.class
package org.openscience.cdk.applications.swing.editor
AtomEditor.applyChanges ( )  :  void
AtomEditor.AtomEditor ( IChemModel chemModel, UndoableEditSupport undoSupport )
AtomEditor.setChemObject ( IChemObject object )  :  void

cdk-1.0.4.jar, AtomicProperties.class
package org.openscience.cdk.tools
AtomicProperties.parseStringIntoList ( String Line, String Delimiter ) [static]  :  LinkedList

cdk-1.0.4.jar, AtomicTable.class
package org.openscience.cdk.applications.swing
AtomicTable.AtomicTable ( IAtomContainer atomContainer )
AtomicTable.display ( )  :  void
AtomicTable.stateChanged ( EventObject e )  :  void

cdk-1.0.4.jar, AtomMatcher.class
package org.xmlcml.cml.tools
AtomMatcher.AtomMatcher ( )
AtomMatcher.createMapFrom2DOverlap ( CMLAtomSet atomSet, CMLAtomSet atomSet1 )  :  CMLMap
AtomMatcher.getAtomMatchStrategy ( )  :  AtomMatcher.Strategy
AtomMatcher.getAtomSetExpansionStrategy ( )  :  AtomMatcher.Strategy
AtomMatcher.getAtomsWithSameMappedNeighbours ( CMLAtomSet atomSet00, CMLAtomSet atomSet, CMLMap currentMap )  :  CMLMap
AtomMatcher.getAtomTreeLevel ( )  :  int
AtomMatcher.getExcludeElementTypes ( )  :  String[ ]
AtomMatcher.getExcludeLigandElementTypes ( )  :  String[ ]
AtomMatcher.getIncludeElementTypes ( )  :  String[ ]
AtomMatcher.getIncludeLigandElementTypes ( )  :  String[ ]
AtomMatcher.getMaximumAtomTreeLevel ( )  :  int
AtomMatcher.getMoleculeMatch ( List molecule0, List molecule1 )  :  CMLMap[ ][ ]
AtomMatcher.isUseCharge ( )  :  boolean
AtomMatcher.isUseLabel ( )  :  boolean
AtomMatcher.mapAtomSets ( CMLAtomSet atomSet0, CMLAtomSet atomSet1 )  :  CMLMap
AtomMatcher.mapGeometricalNeighbours ( CMLAtomSet atomSet, CMLAtomSet atomSet2 )  :  CMLMap
AtomMatcher.mapMolecules ( CMLMolecule molecule0, CMLMolecule molecule1 )  :  CMLMap
AtomMatcher.matchProductsToNextReactants ( CMLReaction reaction0, CMLReaction reaction1 )  :  CMLMap
AtomMatcher.moveReactantProductToSpectator ( CMLReaction reaction )  :  void
AtomMatcher.overlap2D ( CMLAtomSet atomSet1, CMLAtomSet atomSet2 )  :  List
AtomMatcher.overlap2D ( CMLMolecule mol1, CMLMolecule mol2 )  :  List
AtomMatcher.setAtomMatchStrategy ( AtomMatcher.Strategy strategy )  :  void
AtomMatcher.setAtomSetExpansionStrategy ( AtomMatcher.Strategy strategy )  :  void
AtomMatcher.setAtomTreeLevel ( int atomTreeLevel )  :  void
AtomMatcher.setExcludeElementTypes ( String[ ] elementTypes )  :  void
AtomMatcher.setExcludeLigandElementTypes ( String[ ] elementTypes )  :  void
AtomMatcher.setIncludeElementTypes ( String[ ] elementTypes )  :  void
AtomMatcher.setIncludeLigandElementTypes ( String[ ] elementTypes )  :  void
AtomMatcher.setMaximumAtomTreeLevel ( int maximumAtomTreeLevel )  :  void
AtomMatcher.setUseCharge ( boolean useCharge )  :  void
AtomMatcher.setUseLabel ( boolean useLabel )  :  void
AtomMatcher.skipAtom ( CMLAtom atom )  :  boolean
AtomMatcher.skipLigandAtom ( CMLAtom atom )  :  boolean
AtomMatcher.splitAndProcessAtomSets ( CMLMap map, CMLAtomSet fromAtomSet, CMLAtomSet toAtomSet )  :  void
AtomMatcher.splitAndProcessAtomSets ( CMLMap map, CMLMolecule fromMolecule, CMLMolecule toMolecule )  :  void
AtomMatcher.toString ( )  :  String
AtomMatcher.translateProductsToReactants ( CMLReaction reaction )  :  List

cdk-1.0.4.jar, AtomPair.class
package org.xmlcml.cml.tools
AtomPair.AtomPair ( CMLAtom at1, CMLAtom at2 )
AtomPair.getAtom1 ( )  :  CMLAtom
AtomPair.getAtom2 ( )  :  CMLAtom
AtomPair.getAtoms ( )  :  CMLAtom[ ]
AtomPair.toString ( )  :  String

cdk-1.0.4.jar, AtomPlacer.class
package org.openscience.cdk.layout
AtomPlacer.distributePartners ( IAtom atom, IAtomContainer placedNeighbours, Point2d sharedAtomsCenter, IAtomContainer unplacedNeighbours, double bondLength, HashMap renderingCoordinates )  :  void
AtomPlacer.populatePolygonCorners ( Vector atomsToDraw, Point2d rotationCenter, double startAngle, double addAngle, double radius )  :  void
AtomPlacer.populatePolygonCorners ( Vector atomsToDraw, Point2d rotationCenter, double startAngle, double addAngle, double radius, HashMap renderingCoordinates )  :  void

cdk-1.0.4.jar, AtomPlacer3D.class
package org.openscience.cdk.modeling.builder3d
AtomPlacer3D.getPlacedAtom ( IAtomContainer molecule, IAtom atomA, IAtom atomB )  :  IAtom
AtomPlacer3D.getUnplacedAtoms ( IAtomContainer molecule, IAtom atom )  :  IAtomContainer
AtomPlacer3D.getUnplacedHeavyAtom ( IAtomContainer molecule, IAtom atom )  :  IAtom
AtomPlacer3D.initilize ( Hashtable parameterSet )  :  void

cdk-1.0.4.jar, AtomSetTool.class
package org.xmlcml.cml.tools
AtomSetTool.areOrderedAtomSetsDifferent ( CMLAtomSet[ ] atomSets ) [static]  :  boolean
AtomSetTool.AtomSetTool ( CMLAtomSet atomSet )
AtomSetTool.createAtomSet ( List molecules ) [static]  :  CMLAtomSet
AtomSetTool.createValenceAngles ( CMLAtomSet atomSet, boolean calculate, boolean add )  :  List
AtomSetTool.createValenceTorsions ( CMLAtomSet atomSet, boolean calculate, boolean add )  :  List
AtomSetTool.getBondSet ( CMLAtomSet atomSet )  :  CMLBondSet
AtomSetTool.getNearestAtom2OfSameElementType ( CMLAtom atom )  :  CMLAtom
AtomSetTool.getOverlapping3DAtoms ( CMLAtomSet otherSet, CMLElement.CoordinateType type )  :  CMLAtomSet
AtomSetTool.getParent ( CMLAtom atom )  :  CMLAtom
AtomSetTool.removeUnmatchedAtoms ( CMLMap map, CMLAtomSet toAtomSet, String attribute )  :  void
AtomSetTool.resetParents ( )  :  void
AtomSetTool.setParent ( CMLAtom atom, CMLAtom parentAtom )  :  void
AtomSetTool.sprout ( CMLAtomSet atomSet )  :  CMLAtomSet

cdk-1.0.4.jar, AtomSetToolTest.class
package org.xmlcml.cml.tools.test
AtomSetToolTest.AtomSetToolTest ( )
AtomSetToolTest.setUp ( )  :  void
AtomSetToolTest.suite ( ) [static]  :  Test
AtomSetToolTest.testGetOverlapping3DAtomsCMLAtomSet ( )  :  void

cdk-1.0.4.jar, AtomTetrahedralLigandPlacer3D.class
package org.openscience.cdk.modeling.builder3d
AtomTetrahedralLigandPlacer3D.setParameterSet ( Hashtable moleculeParameter )  :  void

cdk-1.0.4.jar, AtomTree.class
package org.xmlcml.cml.tools
AtomTree.AtomTree ( CMLAtom atom )
AtomTree.AtomTree ( CMLAtom parent, CMLAtom atom )
AtomTree.compareTo ( Object o )  :  int
AtomTree.expandTo ( int level )  :  void
AtomTree.getAtomTreeLabelling ( CMLAtomSet atomSet, AtomMatcher atomMatcher ) [static]  :  Map
AtomTree.setUseCharge ( boolean ch )  :  void
AtomTree.setUseExplicitHydrogens ( boolean hyd )  :  void
AtomTree.setUseImplicitHydrogens ( boolean hyd )  :  void
AtomTree.setUseLabel ( boolean lab )  :  void
AtomTree.toString ( )  :  String

cdk-1.0.4.jar, AtomType.class
package org.openscience.cdk
AtomType.getBondOrderSum ( )  :  double
AtomType.getCovalentRadius ( )  :  double
AtomType.getFormalCharge ( )  :  int
AtomType.getFormalNeighbourCount ( )  :  int
AtomType.getHybridization ( )  :  int
AtomType.getMaxBondOrder ( )  :  double
AtomType.getValency ( )  :  int
AtomType.getVanderwaalsRadius ( )  :  double
AtomType.setBondOrderSum ( double bondOrderSum )  :  void
AtomType.setCovalentRadius ( double radius )  :  void
AtomType.setFormalCharge ( int charge )  :  void
AtomType.setFormalNeighbourCount ( int count )  :  void
AtomType.setHybridization ( int hybridization )  :  void
AtomType.setMaxBondOrder ( double maxBondOrder )  :  void
AtomType.setValency ( int valency )  :  void
AtomType.setVanderwaalsRadius ( double radius )  :  void

cdk-1.0.4.jar, AtopCompositeContext.class
package org.apache.batik.ext.awt.image
SVGComposite.AtopCompositeContext.precompose ( Raster p1, Raster p2, WritableRaster p3 )  :  void

cdk-1.0.4.jar, AtopCompositeContext_INT_PACK.class
package org.apache.batik.ext.awt.image
SVGComposite.AtopCompositeContext_INT_PACK.precompose_INT_PACK ( int p1, int p2, int[ ] p3, int p4, int p5, int[ ] p6, int p7, int p8, int[ ] p9, int p10, int p11 )  :  void

cdk-1.0.4.jar, AttributeBaseTest.class
package org.xmlcml.cml.base.test
AttributeBaseTest.AttributeBaseTest ( )

cdk-1.0.4.jar, AttributeTest.class
package org.xmlcml.cml.base.test
AttributeTest.AttributeTest ( )
AttributeTest.main ( String[ ] p1 ) [static]  :  void
AttributeTest.setUp ( )  :  void
AttributeTest.suite ( ) [static]  :  Test
AttributeTest.testCMLAttributeCMLAttribute ( )  :  void
AttributeTest.testCMLAttributeString ( )  :  void
AttributeTest.testCMLAttributeStringString ( )  :  void
AttributeTest.testCompareTo ( )  :  void
AttributeTest.testCopy ( )  :  void
AttributeTest.testCreateSubclassedAttribute ( )  :  void
AttributeTest.testGetCMLValue ( )  :  void
AttributeTest.testGetSetDocumentation ( )  :  void
AttributeTest.testGetSetNamespace ( )  :  void
AttributeTest.testGetSetSchemaType ( )  :  void
AttributeTest.testSetCMLValue ( )  :  void

cdk-1.0.4.jar, AttrImpl.class
package org.apache.xindice.xml.dom
AttrImpl.AttrImpl ( )
AttrImpl.AttrImpl ( NodeImpl parentNode, boolean dirty )
AttrImpl.AttrImpl ( NodeImpl parentNode, byte[ ] data, int pos, int len )
AttrImpl.AttrImpl ( NodeImpl parentNode, String nodeName )
AttrImpl.AttrImpl ( NodeImpl parentNode, String nodeName, String nsURI, short symbolID, String nodeValue )
AttrImpl.checkLoaded ( )  :  void
AttrImpl.getName ( )  :  String
AttrImpl.getNodeType ( )  :  short
AttrImpl.getNodeValue ( )  :  String
AttrImpl.getOwnerElement ( )  :  Element
AttrImpl.getSpecified ( )  :  boolean
AttrImpl.getSymbolID ( )  :  short
AttrImpl.getValue ( )  :  String
AttrImpl.isNodeTypeValid ( short type )  :  boolean
AttrImpl.setNodeValue ( String nodeValue )  :  void
AttrImpl.setSpecified ( boolean specified )  :  void
AttrImpl.setSymbolID ( short symbolID )  :  void
AttrImpl.setValue ( String value )  :  void

cdk-1.0.4.jar, Base64DecodeStream.class
package org.apache.batik.util
Base64DecodeStream.available ( )  :  int
Base64DecodeStream.Base64DecodeStream ( InputStream p1 )
Base64DecodeStream.close ( )  :  void
Base64DecodeStream.markSupported ( )  :  boolean
Base64DecodeStream.read ( )  :  int
Base64DecodeStream.read ( byte[ ] p1, int p2, int p3 )  :  int

cdk-1.0.4.jar, Base64EncoderStream.class
package org.apache.batik.util
Base64EncoderStream.Base64EncoderStream ( OutputStream p1 )
Base64EncoderStream.Base64EncoderStream ( OutputStream p1, boolean p2 )
Base64EncoderStream.close ( )  :  void
Base64EncoderStream.flush ( )  :  void
Base64EncoderStream.write ( byte[ ] p1 )  :  void
Base64EncoderStream.write ( byte[ ] p1, int p2, int p3 )  :  void
Base64EncoderStream.write ( int p1 )  :  void

cdk-1.0.4.jar, BaseTest.class
package org.xmlcml.cml.base.test
BaseTest.assertEqualsCanonically ( String p1, Node p2, Node p3 ) [static]  :  void
BaseTest.assertNotEqualsCanonically ( String p1, Node p2, Node p3 ) [static]  :  void
BaseTest.BaseTest ( )
BaseTest.setUp ( )  :  void
BaseTest.suite ( ) [static]  :  Test
BaseTest.testAssertEqualsCanonically ( )  :  void

cdk-1.0.4.jar, BasicAuthentication.class
package org.apache.xindice.server.components
BasicAuthentication.BasicAuthentication ( )
BasicAuthentication.isPackageFiltered ( String name )  :  boolean
BasicAuthentication.run ( Script script, Gateway gateway )  :  boolean
BasicAuthentication.sendChallenge ( Gateway gateway, String realm )  :  void
BasicAuthentication.setConfig ( Configuration config )  :  void

cdk-1.0.4.jar, BasicParser.class
package org.apache.commons.cli
BasicParser.BasicParser ( )
BasicParser.flatten ( Options options, String[ ] arguments, boolean stopAtNonOption )  :  String[ ]

cdk-1.0.4.jar, BatikSecurityManager.class
package org.apache.batik.util
BatikSecurityManager.BatikSecurityManager ( )
BatikSecurityManager.getClassContext ( )  :  Class[ ]

cdk-1.0.4.jar, Bond.class
package org.openscience.cdk
Bond.atoms ( )  :  Iterator
Bond.Bond ( IAtom atom1, IAtom atom2, double order )
Bond.Bond ( IAtom atom1, IAtom atom2, double order, int stereo )
Bond.getOrder ( )  :  double
Bond.setOrder ( double order )  :  void

cdk-1.0.4.jar, BondChangeEdit.class
package org.openscience.cdk.applications.undoredo
BondChangeEdit.BondChangeEdit ( IChemModel chemModel, IBond formerBond, IBond newBond )
BondChangeEdit.canRedo ( )  :  boolean
BondChangeEdit.canUndo ( )  :  boolean
BondChangeEdit.getPresentationName ( )  :  String
BondChangeEdit.redo ( )  :  void
BondChangeEdit.undo ( )  :  void

cdk-1.0.4.jar, BondEditor.class
package org.openscience.cdk.applications.swing.editor
BondEditor.applyChanges ( )  :  void
BondEditor.BondEditor ( )
BondEditor.setChemObject ( IChemObject object )  :  void

cdk-1.0.4.jar, BondStretching.class
package org.openscience.cdk.modeling.forcefield
BondStretching.setMMFF94BondStretchingParameters ( IAtomContainer molecule, Hashtable parameterSet )  :  void

cdk-1.0.4.jar, BooleanArrayAttribute.class
package org.xmlcml.cml.base
BooleanArrayAttribute.BooleanArrayAttribute ( Attribute att )
BooleanArrayAttribute.BooleanArrayAttribute ( Attribute att, String value )
BooleanArrayAttribute.BooleanArrayAttribute ( BooleanArrayAttribute att )
BooleanArrayAttribute.BooleanArrayAttribute ( String name )
BooleanArrayAttribute.checkValue ( boolean[ ] bb )  :  void
BooleanArrayAttribute.getCMLValue ( )  :  Object
BooleanArrayAttribute.getIntegerArray ( )  :  boolean[ ]
BooleanArrayAttribute.getJavaGetMethod ( )  :  String
BooleanArrayAttribute.getJavaShortClassName ( )  :  String
BooleanArrayAttribute.getJavaType ( )  :  String
BooleanArrayAttribute.setCMLValue ( boolean[ ] bb )  :  void
BooleanArrayAttribute.setCMLValue ( String s )  :  void
BooleanArrayAttribute.split ( String s, String delim ) [static]  :  boolean[ ]

cdk-1.0.4.jar, BooleanAttribute.class
package org.xmlcml.cml.base
BooleanAttribute.BooleanAttribute ( Attribute att )
BooleanAttribute.BooleanAttribute ( Attribute att, String value )
BooleanAttribute.BooleanAttribute ( BooleanAttribute att )
BooleanAttribute.BooleanAttribute ( String name )
BooleanAttribute.checkValue ( boolean b )  :  void
BooleanAttribute.getBoolean ( )  :  boolean
BooleanAttribute.getCMLValue ( )  :  Object
BooleanAttribute.getJavaGetMethod ( )  :  String
BooleanAttribute.getJavaShortClassName ( )  :  String
BooleanAttribute.getJavaType ( )  :  String
BooleanAttribute.setCMLValue ( boolean i )  :  void
BooleanAttribute.setCMLValue ( String s )  :  void

cdk-1.0.4.jar, BracketAtom.class
package org.openscience.cdk.isomorphism.matchers.smarts
BracketAtom.BracketAtom ( )
BracketAtom.toString ( )  :  String

cdk-1.0.4.jar, BreakingBondReaction.class
package org.openscience.cdk.reaction.type
BreakingBondReaction.BreakingBondReaction ( )
BreakingBondReaction.cleanFlagBOND ( IAtomContainer ac )  :  void
BreakingBondReaction.cleanFlagReactiveCenter ( IMolecule molecule )  :  void
BreakingBondReaction.getParameterNames ( )  :  String[ ]
BreakingBondReaction.getParameters ( )  :  Object[ ]
BreakingBondReaction.getParameterType ( String name )  :  Object
BreakingBondReaction.getSpecification ( )  :  ReactionSpecification
BreakingBondReaction.initiate ( IMoleculeSet reactants, IMoleculeSet agents )  :  IReactionSet
BreakingBondReaction.setParameters ( Object[ ] params )  :  void

cdk-1.0.4.jar, BrokenLinkProvider.class
package org.apache.batik.ext.awt.image.spi
BrokenLinkProvider.getBrokenLinkImage ( Object p1, String p2, Object[ ] p3 ) [abstract]  :  Filter

cdk-1.0.4.jar, BTree.class
package org.apache.xindice.core.filer
BTree.addValue ( BTree.BTreeRootInfo root, Value value, long pointer )  :  long
BTree.addValue ( Value value, long pointer )  :  long
BTree.BTree ( )
BTree.BTree ( File file )
BTree.create ( )  :  boolean
BTree.createBTreeRoot ( BTree.BTreeRootInfo root, Value v )  :  BTree.BTreeRootInfo
BTree.createBTreeRoot ( Value v )  :  BTree.BTreeRootInfo
BTree.createFileHeader ( )  :  Paged.FileHeader
BTree.createFileHeader ( boolean read )  :  Paged.FileHeader
BTree.createFileHeader ( long pageCount )  :  Paged.FileHeader
BTree.createFileHeader ( long pageCount, int pageSize )  :  Paged.FileHeader
BTree.createPageHeader ( )  :  Paged.PageHeader
BTree.findBTreeRoot ( BTree.BTreeRootInfo root, Value v )  :  BTree.BTreeRootInfo
BTree.findBTreeRoot ( Value v )  :  BTree.BTreeRootInfo
BTree.findValue ( BTree.BTreeRootInfo root, Value value )  :  long
BTree.findValue ( Value value )  :  long
BTree.getRootNode ( )  :  BTree.BTreeNode
BTree.getRootNode ( BTree.BTreeRootInfo root )  :  BTree.BTreeNode
BTree.open ( )  :  boolean
BTree.query ( BTree.BTreeRootInfo root, IndexQuery query, BTreeCallback callback )  :  void
BTree.query ( IndexQuery query, BTreeCallback callback )  :  void
BTree.removeValue ( BTree.BTreeRootInfo root, Value value )  :  long
BTree.removeValue ( Value value )  :  long
BTree.setRootNode ( BTree.BTreeNode rootNode )  :  void
BTree.setRootNode ( BTree.BTreeRootInfo root, BTree.BTreeNode newRoot )  :  void

cdk-1.0.4.jar, BTreeCallback.class
package org.apache.xindice.core.filer
BTreeCallback.indexInfo ( Value p1, long p2 ) [abstract]  :  boolean

cdk-1.0.4.jar, BTreeCorruptException.class
package org.apache.xindice.core.filer
BTreeCorruptException.BTreeCorruptException ( )
BTreeCorruptException.BTreeCorruptException ( String message )

cdk-1.0.4.jar, BTreeException.class
package org.apache.xindice.core.filer
BTreeException.BTreeException ( int faultCode )
BTreeException.BTreeException ( int faultCode, String message )

cdk-1.0.4.jar, BTreeFileHeader.class
package org.apache.xindice.core.filer
BTree.BTreeFileHeader.BTree.BTreeFileHeader ( BTree p1 )
BTree.BTreeFileHeader.BTree.BTreeFileHeader ( BTree pageCount, long p2 )
BTree.BTreeFileHeader.BTree.BTreeFileHeader ( BTree pageCount, long pageSize, int p3 )
BTree.BTreeFileHeader.BTree.BTreeFileHeader ( BTree read, boolean p2 )
BTree.BTreeFileHeader.getRootPage ( )  :  long
BTree.BTreeFileHeader.read ( RandomAccessFile raf )  :  void
BTree.BTreeFileHeader.setRootPage ( long rootPage )  :  void
BTree.BTreeFileHeader.write ( RandomAccessFile raf )  :  void

cdk-1.0.4.jar, BTreeFiler.class
package org.apache.xindice.core.filer
BTreeFiler.BTreeFiler ( )
BTreeFiler.create ( )  :  boolean
BTreeFiler.createFileHeader ( )  :  Paged.FileHeader
BTreeFiler.createFileHeader ( boolean read )  :  Paged.FileHeader
BTreeFiler.createFileHeader ( long pageCount )  :  Paged.FileHeader
BTreeFiler.createFileHeader ( long pageCount, int pageSize )  :  Paged.FileHeader
BTreeFiler.createPageHeader ( )  :  Paged.PageHeader
BTreeFiler.deleteRecord ( Key key )  :  boolean
BTreeFiler.flush ( )  :  void
BTreeFiler.getConfig ( )  :  Configuration
BTreeFiler.getName ( )  :  String
BTreeFiler.getRecordCount ( )  :  long
BTreeFiler.getRecordSet ( )  :  RecordSet
BTreeFiler.open ( )  :  boolean
BTreeFiler.readRecord ( Key key )  :  Record
BTreeFiler.setCollection ( Collection collection )  :  void
BTreeFiler.setConfig ( Configuration config )  :  void
BTreeFiler.setLocation ( String location )  :  void
BTreeFiler.writeRecord ( Key key, Value value )  :  boolean

cdk-1.0.4.jar, BTreeNotFoundException.class
package org.apache.xindice.core.filer
BTreeNotFoundException.BTreeNotFoundException ( )
BTreeNotFoundException.BTreeNotFoundException ( String message )

cdk-1.0.4.jar, BTreePageHeader.class
package org.apache.xindice.core.filer
BTree.BTreePageHeader.BTree.BTreePageHeader ( BTree dis, DataInputStream p2 )
BTree.BTreePageHeader.BTree.BTreePageHeader ( BTree p1 )
BTree.BTreePageHeader.getPointerCount ( )  :  short
BTree.BTreePageHeader.getValueCount ( )  :  short
BTree.BTreePageHeader.read ( DataInputStream dis )  :  void
BTree.BTreePageHeader.setValueCount ( short valueCount )  :  void
BTree.BTreePageHeader.write ( DataOutputStream dos )  :  void

cdk-1.0.4.jar, BTreeRootInfo.class
package org.apache.xindice.core.filer
BTree.BTreeRootInfo.BTree.BTreeRootInfo ( BTree name, String page, long p3 )
BTree.BTreeRootInfo.BTree.BTreeRootInfo ( BTree name, Value page, long p3 )
BTree.BTreeRootInfo.BTree.BTreeRootInfo ( BTree parent, BTree.BTreeRootInfo name, String page, long p4 )
BTree.BTreeRootInfo.BTree.BTreeRootInfo ( BTree parent, BTree.BTreeRootInfo name, Value page, long p4 )
BTree.BTreeRootInfo.getName ( )  :  Value
BTree.BTreeRootInfo.getPage ( )  :  long
BTree.BTreeRootInfo.getParent ( )  :  BTree.BTreeRootInfo
BTree.BTreeRootInfo.setPage ( long page )  :  void

cdk-1.0.4.jar, BufferedImageCachableRed.class
package org.apache.batik.ext.awt.image.rendered
BufferedImageCachableRed.BufferedImageCachableRed ( BufferedImage p1 )
BufferedImageCachableRed.BufferedImageCachableRed ( BufferedImage p1, int p2, int p3 )
BufferedImageCachableRed.copyData ( WritableRaster p1 )  :  WritableRaster
BufferedImageCachableRed.getBounds ( )  :  Rectangle
BufferedImageCachableRed.getBufferedImage ( )  :  BufferedImage
BufferedImageCachableRed.getData ( )  :  Raster
BufferedImageCachableRed.getData ( Rectangle p1 )  :  Raster
BufferedImageCachableRed.getProperty ( String p1 )  :  Object
BufferedImageCachableRed.getPropertyNames ( )  :  String[ ]
BufferedImageCachableRed.getTile ( int p1, int p2 )  :  Raster

cdk-1.0.4.jar, BufferHelper.class
package org.apache.xindice.client.corba.db
BufferHelper.BufferHelper ( )
BufferHelper.extract ( CORBA.Any a ) [static]  :  byte[ ]
BufferHelper.id ( ) [static]  :  String
BufferHelper.insert ( CORBA.Any a, byte[ ] t ) [static]  :  void
BufferHelper.read ( CORBA.portable.InputStream istream ) [static]  :  byte[ ]
BufferHelper.type ( ) [static]  :  CORBA.TypeCode
BufferHelper.write ( CORBA.portable.OutputStream ostream, byte[ ] value ) [static]  :  void

cdk-1.0.4.jar, BufferHolder.class
package org.apache.xindice.client.corba.db
BufferHolder._read ( CORBA.portable.InputStream istream )  :  void
BufferHolder._type ( )  :  CORBA.TypeCode
BufferHolder._write ( CORBA.portable.OutputStream ostream )  :  void
BufferHolder.BufferHolder ( )
BufferHolder.BufferHolder ( byte[ ] initial )

cdk-1.0.4.jar, BumpMap.class
package org.apache.batik.ext.awt.image.rendered
BumpMap.BumpMap ( RenderedImage p1, double p2, double p3, double p4 )
BumpMap.getNormalArray ( int p1, int p2, int p3, int p4 )  :  double[ ][ ][ ]
BumpMap.getSurfaceScale ( )  :  double

cdk-1.0.4.jar, ByteArrayInput.class
package org.apache.xindice.util
ByteArrayInput.ByteArrayInput ( byte[ ] buf )
ByteArrayInput.ByteArrayInput ( byte[ ] buf, int pos, int count )
ByteArrayInput.getArray ( )  :  byte[ ]
ByteArrayInput.getInputStream ( )  :  InputStream
ByteArrayInput.getPos ( )  :  int
ByteArrayInput.setPos ( int pos )  :  void

cdk-1.0.4.jar, ByteBuffer.class
package org.apache.xindice.util
ByteBuffer.append ( boolean value )  :  void
ByteBuffer.append ( byte value )  :  void
ByteBuffer.append ( byte[ ] value )  :  void
ByteBuffer.append ( ByteBuffer value )  :  void
ByteBuffer.append ( char value )  :  void
ByteBuffer.append ( char[ ] value )  :  void
ByteBuffer.append ( double value )  :  void
ByteBuffer.append ( float value )  :  void
ByteBuffer.append ( int value )  :  void
ByteBuffer.append ( long value )  :  void
ByteBuffer.append ( Object value )  :  void
ByteBuffer.append ( String value )  :  void
ByteBuffer.append ( StringBuffer value )  :  void
ByteBuffer.byteAt ( int index )  :  byte
ByteBuffer.ByteBuffer ( )
ByteBuffer.ByteBuffer ( byte[ ] value )
ByteBuffer.ByteBuffer ( byte[ ] value, boolean copy )
ByteBuffer.ByteBuffer ( int size )
ByteBuffer.ByteBuffer ( String value )
ByteBuffer.ByteBuffer ( StringBuffer value )
ByteBuffer.capacity ( )  :  int
ByteBuffer.chunkTo ( OutputStream out )  :  void
ByteBuffer.chunkTo ( OutputStream out, int chunkSize )  :  void
ByteBuffer.delete ( int pos, int width )  :  void
ByteBuffer.ensureCapacity ( int size )  :  void
ByteBuffer.getInputStream ( )  :  InputStream
ByteBuffer.insert ( boolean value, int pos )  :  void
ByteBuffer.insert ( byte value, int pos )  :  void
ByteBuffer.insert ( byte[ ] value, int pos )  :  void
ByteBuffer.insert ( ByteBuffer value, int pos )  :  void
ByteBuffer.insert ( char value, int pos )  :  void
ByteBuffer.insert ( char[ ] value, int pos )  :  void
ByteBuffer.insert ( double value, int pos )  :  void
ByteBuffer.insert ( float value, int pos )  :  void
ByteBuffer.insert ( int value, int pos )  :  void
ByteBuffer.insert ( long value, int pos )  :  void
ByteBuffer.insert ( Object value, int pos )  :  void
ByteBuffer.insert ( String value, int pos )  :  void
ByteBuffer.insert ( StringBuffer value, int pos )  :  void
ByteBuffer.isLocked ( )  :  boolean
ByteBuffer.length ( )  :  int
ByteBuffer.lock ( )  :  void
ByteBuffer.pack ( )  :  void
ByteBuffer.readFrom ( InputStream in )  :  void
ByteBuffer.replace ( boolean value, int pos, int width )  :  void
ByteBuffer.replace ( byte[ ] value, int pos, int width )  :  void
ByteBuffer.replace ( ByteBuffer value, int pos, int width )  :  void
ByteBuffer.replace ( char value, int pos, int width )  :  void
ByteBuffer.replace ( double value, int pos, int width )  :  void
ByteBuffer.replace ( float value, int pos, int width )  :  void
ByteBuffer.replace ( int value, int pos, int width )  :  void
ByteBuffer.replace ( long value, int pos, int width )  :  void
ByteBuffer.replace ( Object value, int pos, int width )  :  void
ByteBuffer.replace ( String value, int pos, int width )  :  void
ByteBuffer.replace ( StringBuffer value, int pos, int width )  :  void
ByteBuffer.reset ( )  :  void
ByteBuffer.reverse ( )  :  void
ByteBuffer.setByteAt ( int index, byte value )  :  void
ByteBuffer.setLength ( int value )  :  void
ByteBuffer.size ( )  :  int
ByteBuffer.toByteArray ( )  :  byte[ ]
ByteBuffer.toString ( )  :  String
ByteBuffer.write ( byte[ ] b )  :  void
ByteBuffer.write ( byte[ ] b, int off, int len )  :  void
ByteBuffer.write ( int b )  :  void
ByteBuffer.writeTo ( OutputStream out )  :  void

cdk-1.0.4.jar, CachableRed.class
package org.apache.batik.ext.awt.image.rendered
CachableRed.getBounds ( ) [abstract]  :  Rectangle
CachableRed.getDependencyRegion ( int p1, Rectangle p2 ) [abstract]  :  Shape
CachableRed.getDirtyRegion ( int p1, Rectangle p2 ) [abstract]  :  Shape

cdk-1.0.4.jar, CachedImageHandler.class
package org.apache.batik.svggen
CachedImageHandler.getImageCacher ( ) [abstract]  :  ImageCacher

cdk-1.0.4.jar, CachedImageHandlerBase64Encoder.class
package org.apache.batik.svggen
CachedImageHandlerBase64Encoder.CachedImageHandlerBase64Encoder ( )
CachedImageHandlerBase64Encoder.createElement ( SVGGeneratorContext p1 )  :  Element
CachedImageHandlerBase64Encoder.encodeImage ( BufferedImage p1, OutputStream p2 )  :  void
CachedImageHandlerBase64Encoder.getBufferedImageType ( )  :  int
CachedImageHandlerBase64Encoder.getRefPrefix ( )  :  String
CachedImageHandlerBase64Encoder.handleTransform ( Element p1, double p2, double p3, double p4, double p5, double p6, double p7, SVGGeneratorContext p8 )  :  AffineTransform

cdk-1.0.4.jar, CachedImageHandlerJPEGEncoder.class
package org.apache.batik.svggen
CachedImageHandlerJPEGEncoder.CachedImageHandlerJPEGEncoder ( String p1, String p2 )
CachedImageHandlerJPEGEncoder.encodeImage ( BufferedImage p1, OutputStream p2 )  :  void
CachedImageHandlerJPEGEncoder.getBufferedImageType ( )  :  int
CachedImageHandlerJPEGEncoder.getRefPrefix ( )  :  String

cdk-1.0.4.jar, CachedImageHandlerPNGEncoder.class
package org.apache.batik.svggen
CachedImageHandlerPNGEncoder.CachedImageHandlerPNGEncoder ( String p1, String p2 )
CachedImageHandlerPNGEncoder.encodeImage ( BufferedImage p1, OutputStream p2 )  :  void
CachedImageHandlerPNGEncoder.getBufferedImageType ( )  :  int
CachedImageHandlerPNGEncoder.getRefPrefix ( )  :  String

cdk-1.0.4.jar, CannotCreateException.class
package org.apache.xindice.core.indexer
CannotCreateException.CannotCreateException ( )
CannotCreateException.CannotCreateException ( String message )
package org.apache.xindice.core.objects
CannotCreateException.CannotCreateException ( )
CannotCreateException.CannotCreateException ( String message )

cdk-1.0.4.jar, CarbonConnectivityOrderOneDescriptor.class
package org.openscience.cdk.qsar.descriptors.molecular
CarbonConnectivityOrderOneDescriptor.calculate ( IAtomContainer atomContainer )  :  DescriptorValue
CarbonConnectivityOrderOneDescriptor.CarbonConnectivityOrderOneDescriptor ( )
CarbonConnectivityOrderOneDescriptor.getDescriptorResultType ( )  :  IDescriptorResult
CarbonConnectivityOrderOneDescriptor.getParameterNames ( )  :  String[ ]
CarbonConnectivityOrderOneDescriptor.getParameters ( )  :  Object[ ]
CarbonConnectivityOrderOneDescriptor.getParameterType ( String name )  :  Object
CarbonConnectivityOrderOneDescriptor.getSpecification ( )  :  DescriptorSpecification
CarbonConnectivityOrderOneDescriptor.setParameters ( Object[ ] params )  :  void

cdk-1.0.4.jar, CarbonConnectivityOrderZeroDescriptor.class
package org.openscience.cdk.qsar.descriptors.molecular
CarbonConnectivityOrderZeroDescriptor.calculate ( IAtomContainer atomContainer )  :  DescriptorValue
CarbonConnectivityOrderZeroDescriptor.CarbonConnectivityOrderZeroDescriptor ( )
CarbonConnectivityOrderZeroDescriptor.getDescriptorResultType ( )  :  IDescriptorResult
CarbonConnectivityOrderZeroDescriptor.getParameterNames ( )  :  String[ ]
CarbonConnectivityOrderZeroDescriptor.getParameters ( )  :  Object[ ]
CarbonConnectivityOrderZeroDescriptor.getParameterType ( String name )  :  Object
CarbonConnectivityOrderZeroDescriptor.getSpecification ( )  :  DescriptorSpecification
CarbonConnectivityOrderZeroDescriptor.setParameters ( Object[ ] params )  :  void

cdk-1.0.4.jar, CarbonylEliminationReaction.class
package org.openscience.cdk.reaction.type
CarbonylEliminationReaction.cleanFlagBOND ( IAtomContainer ac )  :  void
CarbonylEliminationReaction.getParameterNames ( )  :  String[ ]
CarbonylEliminationReaction.getParameters ( )  :  Object[ ]
CarbonylEliminationReaction.getParameterType ( String name )  :  Object
CarbonylEliminationReaction.setParameters ( Object[ ] params )  :  void

cdk-1.0.4.jar, CDATASectionImpl.class
package org.apache.xindice.xml.dom
CDATASectionImpl.CDATASectionImpl ( )
CDATASectionImpl.CDATASectionImpl ( NodeImpl parentNode, boolean dirty )
CDATASectionImpl.CDATASectionImpl ( NodeImpl parentNode, byte[ ] data, int pos, int len )
CDATASectionImpl.CDATASectionImpl ( NodeImpl parentNode, String nodeValue )
CDATASectionImpl.getNodeName ( )  :  String
CDATASectionImpl.getNodeType ( )  :  short

cdk-1.0.4.jar, CDKPluginManager.class
package org.openscience.cdk.applications.plugin
CDKPluginManager.CDKPluginManager ( String pluginConfigDirName, ICDKEditBus editBus )
CDKPluginManager.CDKPluginManager ( String pluginDirName, String pluginConfigDirName, ICDKEditBus editBus )
CDKPluginManager.closePlugins ( )  :  void
CDKPluginManager.getMenu ( )  :  JMenu
CDKPluginManager.getPlugins ( )  :  Enumeration
CDKPluginManager.loadPlugin ( ClassLoader classLoader, String className )  :  void
CDKPluginManager.loadPlugin ( String className )  :  void
CDKPluginManager.loadPlugins ( String pluginDirName )  :  void
CDKPluginManager.setParentClassLoader ( ClassLoader parentClassLoader )  :  void
CDKPluginManager.stateChanged ( ChemObjectChangeEvent sourceEvent )  :  void

cdk-1.0.4.jar, CDKPopupMenu.class
package org.openscience.cdk.controller
CDKPopupMenu.CDKPopupMenu ( )
CDKPopupMenu.getSource ( )  :  IChemObject
CDKPopupMenu.setSource ( IChemObject object )  :  void

cdk-1.0.4.jar, CDKUtilities.class
package org.openscience.cdk.tools
CDKUtilities.addHydrogens ( IMolecule m ) [static]  :  void
CDKUtilities.makeHydrogensExplicit ( IMolecule molecule ) [static]  :  void

cdk-1.0.4.jar, ChangeAtomSymbolEdit.class
package org.openscience.cdk.applications.undoredo
ChangeAtomSymbolEdit.canRedo ( )  :  boolean
ChangeAtomSymbolEdit.canUndo ( )  :  boolean
ChangeAtomSymbolEdit.ChangeAtomSymbolEdit ( IAtom atomInRange, String formerSymbol, String symbol )
ChangeAtomSymbolEdit.getPresentationName ( )  :  String
ChangeAtomSymbolEdit.redo ( )  :  void
ChangeAtomSymbolEdit.undo ( )  :  void

cdk-1.0.4.jar, ChangeChargeEdit.class
package org.openscience.cdk.applications.undoredo
ChangeChargeEdit.canRedo ( )  :  boolean
ChangeChargeEdit.canUndo ( )  :  boolean
ChangeChargeEdit.ChangeChargeEdit ( IAtom atomInRange, int formerCharge, int newCharge )
ChangeChargeEdit.getPresentationName ( )  :  String
ChangeChargeEdit.redo ( )  :  void
ChangeChargeEdit.undo ( )  :  void

cdk-1.0.4.jar, ChangeCoordsEdit.class
package org.openscience.cdk.applications.undoredo
ChangeCoordsEdit.canRedo ( )  :  boolean
ChangeCoordsEdit.canUndo ( )  :  boolean
ChangeCoordsEdit.ChangeCoordsEdit ( HashMap atomCoordsMap )
ChangeCoordsEdit.getPresentationName ( )  :  String
ChangeCoordsEdit.redo ( )  :  void
ChangeCoordsEdit.undo ( )  :  void

cdk-1.0.4.jar, ChangeIsotopeEdit.class
package org.openscience.cdk.applications.undoredo
ChangeIsotopeEdit.canRedo ( )  :  boolean
ChangeIsotopeEdit.canUndo ( )  :  boolean
ChangeIsotopeEdit.ChangeIsotopeEdit ( IAtom atom, int formerIsotopeNumber, int isotopeNumber )
ChangeIsotopeEdit.getPresentationName ( )  :  String
ChangeIsotopeEdit.redo ( )  :  void
ChangeIsotopeEdit.undo ( )  :  void

cdk-1.0.4.jar, CharacterDataImpl.class
package org.apache.xindice.xml.dom
CharacterDataImpl.appendData ( String arg )  :  void
CharacterDataImpl.CharacterDataImpl ( )
CharacterDataImpl.CharacterDataImpl ( NodeImpl parentNode, boolean dirty )
CharacterDataImpl.CharacterDataImpl ( NodeImpl parentNode, byte[ ] data, int pos, int len )
CharacterDataImpl.CharacterDataImpl ( NodeImpl parentNode, String nodeValue )
CharacterDataImpl.checkLoaded ( )  :  void
CharacterDataImpl.deleteData ( int offset, int count )  :  void
CharacterDataImpl.getData ( )  :  String
CharacterDataImpl.getLength ( )  :  int
CharacterDataImpl.insertData ( int offset, String arg )  :  void
CharacterDataImpl.replaceData ( int offset, int count, String arg )  :  void
CharacterDataImpl.setData ( String data )  :  void
CharacterDataImpl.setNodeValue ( String nodeValue )  :  void
CharacterDataImpl.substringData ( int offset, int count )  :  String

cdk-1.0.4.jar, CharDecoder.class
package org.apache.batik.util.io
CharDecoder.dispose ( ) [abstract]  :  void
CharDecoder.readChar ( ) [abstract]  :  int

cdk-1.0.4.jar, CharDecoderFactory.class
package org.apache.batik.util.io
StreamNormalizingReader.CharDecoderFactory.createCharDecoder ( InputStream p1 ) [abstract]  :  CharDecoder

cdk-1.0.4.jar, ChemFile.class
package org.openscience.cdk
ChemFile.chemSequences ( )  :  Iterator

cdk-1.0.4.jar, ChemicalElementTest.class
package org.xmlcml.molutil.test
ChemicalElementTest.ChemicalElementTest ( )
ChemicalElementTest.setUp ( )  :  void
ChemicalElementTest.suite ( ) [static]  :  Test
ChemicalElementTest.testChemicalElement ( )  :  void
ChemicalElementTest.testGetAtomicNumber ( )  :  void
ChemicalElementTest.testGetAtomicRadius ( )  :  void
ChemicalElementTest.testGetAtomicWeight ( )  :  void
ChemicalElementTest.testGetChemicalElement ( )  :  void
ChemicalElementTest.testGetColor ( )  :  void
ChemicalElementTest.testGetColorString ( )  :  void
ChemicalElementTest.testGetCovalentRadius ( )  :  void
ChemicalElementTest.testGetElectronegativity ( )  :  void
ChemicalElementTest.testGetElectronicGroundState ( )  :  void
ChemicalElementTest.testGetElement ( )  :  void
ChemicalElementTest.testGetGroup ( )  :  void
ChemicalElementTest.testGetIsotopeAbundances ( )  :  void
ChemicalElementTest.testGetIsotopeMasses ( )  :  void
ChemicalElementTest.testGetMainIsotope ( )  :  void
ChemicalElementTest.testGetPeriod ( )  :  void
ChemicalElementTest.testGetSetBondingRadiusTolerance ( )  :  void
ChemicalElementTest.testGetSymbol ( )  :  void
ChemicalElementTest.testGetValenceElectrons ( )  :  void
ChemicalElementTest.testGetVDWRadius ( )  :  void
ChemicalElementTest.testInit ( )  :  void
ChemicalElementTest.testSetAtomicRadius ( )  :  void
ChemicalElementTest.testSetColor ( )  :  void
ChemicalElementTest.testSetCovalentRadius ( )  :  void
ChemicalElementTest.testSetElectronegativity ( )  :  void
ChemicalElementTest.testSetIsotopes ( )  :  void
ChemicalElementTest.testSetVDWRadius ( )  :  void
ChemicalElementTest.testToString ( )  :  void

cdk-1.0.4.jar, ChemObject.class
package org.openscience.cdk
ChemObject.getProperties ( )  :  Hashtable
ChemObject.setProperties ( Hashtable properties )  :  void

cdk-1.0.4.jar, ChemObjectEditor.class
package org.openscience.cdk.applications.swing.editor
ChemObjectEditor.applyChanges ( )  :  void
ChemObjectEditor.ChemObjectEditor ( )
ChemObjectEditor.getMayclose ( )  :  boolean
ChemObjectEditor.setChemObject ( IChemObject object )  :  void

cdk-1.0.4.jar, ChemObjectPropertyEditorTableModel.class
package org.openscience.cdk.applications.swing
ChemObjectPropertyEditorTableModel.ChemObjectPropertyEditorTableModel ( )
ChemObjectPropertyEditorTableModel.getColumnClass ( int col )  :  Class
ChemObjectPropertyEditorTableModel.getColumnCount ( )  :  int
ChemObjectPropertyEditorTableModel.getColumnName ( int col )  :  String
ChemObjectPropertyEditorTableModel.getRowCount ( )  :  int
ChemObjectPropertyEditorTableModel.getValueAt ( int row, int col )  :  Object
ChemObjectPropertyEditorTableModel.isCellEditable ( int row, int column )  :  boolean
ChemObjectPropertyEditorTableModel.setChemObject ( ChemObject object )  :  void
ChemObjectPropertyEditorTableModel.setValueAt ( Object value, int row, int column )  :  void

cdk-1.0.4.jar, ChemObjectTree.class
package org.openscience.cdk.applications.swing
ChemObjectTree.addTreeSelectionListener ( TreeSelectionListener tsl )  :  void
ChemObjectTree.ChemObjectTree ( )
ChemObjectTree.paintChemObject ( IChemObject object )  :  void

cdk-1.0.4.jar, ChemObjectTreeNode.class
package org.openscience.cdk.applications.swing
ChemObjectTreeNode.ChemObjectTreeNode ( IChemObject object )
ChemObjectTreeNode.setUserObject ( )  :  void
ChemObjectTreeNode.toString ( )  :  String

cdk-1.0.4.jar, ChemSequence.class
package org.openscience.cdk
ChemSequence.chemModels ( )  :  Iterator

cdk-1.0.4.jar, ChildNodes.class
package org.apache.batik.dom
AbstractParentNode.ChildNodes.AbstractParentNode.ChildNodes ( AbstractParentNode p1 )
AbstractParentNode.ChildNodes.append ( ExtendedNode p1 )  :  ExtendedNode
AbstractParentNode.ChildNodes.getLength ( )  :  int
AbstractParentNode.ChildNodes.insert ( ExtendedNode p1, ExtendedNode p2 )  :  ExtendedNode
AbstractParentNode.ChildNodes.item ( int p1 )  :  Node
AbstractParentNode.ChildNodes.remove ( ExtendedNode p1 )  :  ExtendedNode
AbstractParentNode.ChildNodes.replace ( ExtendedNode p1, ExtendedNode p2 )  :  ExtendedNode

cdk-1.0.4.jar, ClassDef.class
package org.apache.batik.svggen.font.table
ClassDef.ClassDef ( )
ClassDef.getFormat ( ) [abstract]  :  int
ClassDef.read ( RandomAccessFile p1 ) [static]  :  ClassDef

cdk-1.0.4.jar, ClassDefFormat1.class
package org.apache.batik.svggen.font.table
ClassDefFormat1.ClassDefFormat1 ( RandomAccessFile p1 )
ClassDefFormat1.getFormat ( )  :  int

cdk-1.0.4.jar, ClassDefFormat2.class
package org.apache.batik.svggen.font.table
ClassDefFormat2.ClassDefFormat2 ( RandomAccessFile p1 )
ClassDefFormat2.getFormat ( )  :  int

cdk-1.0.4.jar, ClassFileUtilities.class
package org.apache.batik.util
ClassFileUtilities.ClassFileUtilities ( )
ClassFileUtilities.getClassDependencies ( InputStream p1 ) [static]  :  Set
ClassFileUtilities.getClassDependencies ( String p1, Set p2 ) [static]  :  Set
ClassFileUtilities.getDescriptorClasses ( String p1 ) [static]  :  Set

cdk-1.0.4.jar, ClassFormatException.class
package org.apache.xindice.core.objects
ClassFormatException.ClassFormatException ( )
ClassFormatException.ClassFormatException ( String message )

cdk-1.0.4.jar, CleanerThread.class
package org.apache.batik.util
CleanerThread.CleanerThread ( )
CleanerThread.getReferenceQueue ( ) [static]  :  ReferenceQueue
CleanerThread.run ( )  :  void

cdk-1.0.4.jar, CleanUpEdit.class
package org.openscience.cdk.applications.undoredo
CleanUpEdit.CleanUpEdit ( HashMap atomCoordsMap )
CleanUpEdit.getPresentationName ( )  :  String

cdk-1.0.4.jar, ClearAllEdit.class
package org.openscience.cdk.applications.undoredo
ClearAllEdit.canRedo ( )  :  boolean
ClearAllEdit.canUndo ( )  :  boolean
ClearAllEdit.ClearAllEdit ( IChemModel chemModel, IMoleculeSet som, IReactionSet sor )
ClearAllEdit.redo ( )  :  void
ClearAllEdit.undo ( )  :  void

cdk-1.0.4.jar, CleavageBondMultiReaction.class
package org.openscience.cdk.reaction.type
CleavageBondMultiReaction.cleanFlagBOND ( IAtomContainer ac )  :  void
CleavageBondMultiReaction.CleavageBondMultiReaction ( )
CleavageBondMultiReaction.getParameterNames ( )  :  String[ ]
CleavageBondMultiReaction.getParameters ( )  :  Object[ ]
CleavageBondMultiReaction.getParameterType ( String name )  :  Object
CleavageBondMultiReaction.getSpecification ( )  :  ReactionSpecification
CleavageBondMultiReaction.initiate ( IMoleculeSet reactants, IMoleculeSet agents )  :  IReactionSet
CleavageBondMultiReaction.setParameters ( Object[ ] params )  :  void

cdk-1.0.4.jar, CleavageBondReaction.class
package org.openscience.cdk.reaction.type
CleavageBondReaction.cleanFlagBOND ( IAtomContainer ac )  :  void
CleavageBondReaction.CleavageBondReaction ( )
CleavageBondReaction.getParameterNames ( )  :  String[ ]
CleavageBondReaction.getParameters ( )  :  Object[ ]
CleavageBondReaction.getParameterType ( String name )  :  Object
CleavageBondReaction.getSpecification ( )  :  ReactionSpecification
CleavageBondReaction.initiate ( IMoleculeSet reactants, IMoleculeSet agents )  :  IReactionSet
CleavageBondReaction.setParameters ( Object[ ] params )  :  void

cdk-1.0.4.jar, ClipRable.class
package org.apache.batik.ext.awt.image.renderable
ClipRable.getClipPath ( ) [abstract]  :  Shape
ClipRable.getSource ( ) [abstract]  :  Filter
ClipRable.setClipPath ( Shape p1 ) [abstract]  :  void
ClipRable.setSource ( Filter p1 ) [abstract]  :  void

cdk-1.0.4.jar, ClipRable8Bit.class
package org.apache.batik.ext.awt.image.renderable
ClipRable8Bit.ClipRable8Bit ( Filter p1, Shape p2 )
ClipRable8Bit.createRendering ( RenderContext p1 )  :  RenderedImage
ClipRable8Bit.getBounds2D ( )  :  Rectangle2D
ClipRable8Bit.getClipPath ( )  :  Shape
ClipRable8Bit.getSource ( )  :  Filter
ClipRable8Bit.setClipPath ( Shape p1 )  :  void
ClipRable8Bit.setSource ( Filter p1 )  :  void

cdk-1.0.4.jar, ClosedShellJob.class
package org.openscience.cdk.math.qm
ClosedShellJob.calculate ( )  :  Orbitals
ClosedShellJob.ClosedShellJob ( Orbitals orbitals )
ClosedShellJob.getEnergies ( )  :  Vector

cdk-1.0.4.jar, CmapFormat.class
package org.apache.batik.svggen.font.table
CmapFormat.CmapFormat ( RandomAccessFile p1 )
CmapFormat.create ( int p1, RandomAccessFile p2 ) [static]  :  CmapFormat
CmapFormat.getFormat ( )  :  int
CmapFormat.getLength ( )  :  int
CmapFormat.getVersion ( )  :  int
CmapFormat.mapCharCode ( int p1 ) [abstract]  :  int
CmapFormat.toString ( )  :  String

cdk-1.0.4.jar, CmapFormat0.class
package org.apache.batik.svggen.font.table
CmapFormat0.CmapFormat0 ( RandomAccessFile p1 )
CmapFormat0.mapCharCode ( int p1 )  :  int

cdk-1.0.4.jar, CmapFormat2.class
package org.apache.batik.svggen.font.table
CmapFormat2.CmapFormat2 ( RandomAccessFile p1 )
CmapFormat2.mapCharCode ( int p1 )  :  int

cdk-1.0.4.jar, CmapFormat4.class
package org.apache.batik.svggen.font.table
CmapFormat4.CmapFormat4 ( RandomAccessFile p1 )
CmapFormat4.mapCharCode ( int p1 )  :  int
CmapFormat4.toString ( )  :  String

cdk-1.0.4.jar, CmapFormat6.class
package org.apache.batik.svggen.font.table
CmapFormat6.CmapFormat6 ( RandomAccessFile p1 )
CmapFormat6.mapCharCode ( int p1 )  :  int

cdk-1.0.4.jar, CmapIndexEntry.class
package org.apache.batik.svggen.font.table
CmapIndexEntry.CmapIndexEntry ( RandomAccessFile p1 )
CmapIndexEntry.getEncodingId ( )  :  int
CmapIndexEntry.getOffset ( )  :  int
CmapIndexEntry.getPlatformId ( )  :  int
CmapIndexEntry.toString ( )  :  String

cdk-1.0.4.jar, CmapTable.class
package org.apache.batik.svggen.font.table
CmapTable.CmapTable ( DirectoryEntry p1, RandomAccessFile p2 )
CmapTable.getCmapFormat ( short p1, short p2 )  :  CmapFormat
CmapTable.getType ( )  :  int
CmapTable.toString ( )  :  String

cdk-1.0.4.jar, CMLAlternative.class
package org.xmlcml.cml.element
CMLAlternative.CMLAlternative ( )
CMLAlternative.CMLAlternative ( CMLAlternative old )
CMLAlternative.copy ( )  :  Node
CMLAlternative.makeElementInContext ( Element parent ) [static]  :  CMLAlternative

cdk-1.0.4.jar, CMLAngleTest.class
package org.xmlcml.cml.element.test
CMLAngleTest.CMLAngleTest ( )
CMLAngleTest.setUp ( )  :  void
CMLAngleTest.suite ( ) [static]  :  Test
CMLAngleTest.testAtomHash ( )  :  void
CMLAngleTest.testCMLAngle ( )  :  void
CMLAngleTest.testCopy ( )  :  void
CMLAngleTest.testGetAtoms ( )  :  void
CMLAngleTest.testGetCalculatedAngle ( )  :  void
CMLAngleTest.testGetIndexedAngles ( )  :  void

cdk-1.0.4.jar, CMLAnnotation.class
package org.xmlcml.cml.element
CMLAnnotation.CMLAnnotation ( )
CMLAnnotation.CMLAnnotation ( CMLAnnotation old )
CMLAnnotation.copy ( )  :  Node
CMLAnnotation.makeElementInContext ( Element parent ) [static]  :  CMLAnnotation

cdk-1.0.4.jar, CMLAppinfo.class
package org.xmlcml.cml.element
CMLAppinfo.CMLAppinfo ( )
CMLAppinfo.CMLAppinfo ( CMLAppinfo old )
CMLAppinfo.copy ( )  :  Node
CMLAppinfo.makeElementInContext ( Element parent ) [static]  :  CMLAppinfo

cdk-1.0.4.jar, CMLArray.class
package org.xmlcml.cml.element
CMLArray.convertToSI ( UnitListMap unitListMap )  :  void
CMLArray.getUnit ( UnitListMap unitListMap )  :  CMLUnit
CMLArray.setUnits ( String prefix, String idRef )  :  void

cdk-1.0.4.jar, CMLArrayTest.class
package org.xmlcml.cml.element.test
CMLArrayTest.assertEquals ( String p1, CMLArray p2, CMLArray p3, double p4 ) [static]  :  void
CMLArrayTest.assertEquals ( String p1, double[ ] p2, CMLArray p3, double p4 ) [static]  :  void
CMLArrayTest.assertEquals ( String p1, int[ ] p2, CMLArray p3 ) [static]  :  void
CMLArrayTest.assertEquals ( String p1, String[ ] p2, CMLArray p3 ) [static]  :  void
CMLArrayTest.CMLArrayTest ( )
CMLArrayTest.setUp ( )  :  void
CMLArrayTest.suite ( ) [static]  :  Test
CMLArrayTest.testAppendDouble ( )  :  void
CMLArrayTest.testAppendInt ( )  :  void
CMLArrayTest.testAppendString ( )  :  void
CMLArrayTest.testCheckNumericConformability ( )  :  void
CMLArrayTest.testCMLArray ( )  :  void
CMLArrayTest.testCMLArrayCMLArray ( )  :  void
CMLArrayTest.testCMLArrayDoubleArray ( )  :  void
CMLArrayTest.testCMLArrayDoubleArrayString ( )  :  void
CMLArrayTest.testCMLArrayIntArray ( )  :  void
CMLArrayTest.testCMLArrayIntArrayString ( )  :  void
CMLArrayTest.testCMLArrayStringArray ( )  :  void
CMLArrayTest.testCMLArrayStringArrayString ( )  :  void
CMLArrayTest.testConvertToSI ( )  :  void
CMLArrayTest.testCopy ( )  :  void
CMLArrayTest.testFinishMakingElement ( )  :  void
CMLArrayTest.testGetDataType ( )  :  void
CMLArrayTest.testGetDelimiter ( )  :  void
CMLArrayTest.testGetDoubles ( )  :  void
CMLArrayTest.testGetInts ( )  :  void
CMLArrayTest.testGetSize ( )  :  void
CMLArrayTest.testGetStrings ( )  :  void
CMLArrayTest.testGetStringValues ( )  :  void
CMLArrayTest.testGetUnit ( )  :  void
CMLArrayTest.testGetUnits ( )  :  void
CMLArrayTest.testPlus ( )  :  void
CMLArrayTest.testSetArrayDoubleArray ( )  :  void
CMLArrayTest.testSetArrayIntArray ( )  :  void
CMLArrayTest.testSetArrayStringArray ( )  :  void
CMLArrayTest.testSetDataType ( )  :  void
CMLArrayTest.testSetDelimiter ( )  :  void
CMLArrayTest.testSetUnitsStringString ( )  :  void
CMLArrayTest.testSubtract ( )  :  void

cdk-1.0.4.jar, CMLAtom.class
package org.xmlcml.cml.element
CMLAtom.addCalculatedCoordinatesForHydrogens ( CMLMolecule.HydrogenControl control )  :  void *DEPRECATED*
CMLAtom.calculateSpaceGroupMultiplicity ( CMLSymmetry symmetry )  :  int
CMLAtom.transformFractionalCoordinates ( CMLTransform3 transform )  :  void
CMLAtom.transformFractionalCoordinates ( Transform3 transform )  :  void
CMLAtom.transformXYZ ( CMLTransform3 transform )  :  void
CMLAtom.transformXYZ ( Transform3 transform )  :  void

cdk-1.0.4.jar, CMLAtomicBasisFunctionTest.class
package org.xmlcml.cml.element.test
CMLAtomicBasisFunctionTest.CMLAtomicBasisFunctionTest ( )
CMLAtomicBasisFunctionTest.setUp ( )  :  void
CMLAtomicBasisFunctionTest.suite ( ) [static]  :  Test
CMLAtomicBasisFunctionTest.testCMLAtomicBasisFunctionIntIntIntStringStringString ( )  :  void
CMLAtomicBasisFunctionTest.testGetABFList ( )  :  void

cdk-1.0.4.jar, CMLAtomParityTest.class
package org.xmlcml.cml.element.test
CMLAtomParityTest.CMLAtomParityTest ( )
CMLAtomParityTest.setUp ( )  :  void
CMLAtomParityTest.suite ( ) [static]  :  Test
CMLAtomParityTest.testCopy ( )  :  void
CMLAtomParityTest.testGetAtomRefs4CMLMolecule ( )  :  void
CMLAtomParityTest.testGetIntegerValue ( )  :  void
CMLAtomParityTest.testIsZero ( )  :  void
CMLAtomParityTest.testRearrangeAtomRefs4 ( )  :  void
CMLAtomParityTest.testSetAtomRefs4CMLAtomArray ( )  :  void

cdk-1.0.4.jar, CMLAtomSet.class
package org.xmlcml.cml.element
CMLAtomSet.compliment ( CMLAtomSet atomSet2 )  :  CMLAtomSet
CMLAtomSet.complimentByAtomId ( CMLAtomSet atomSet2 )  :  String[ ]
CMLAtomSet.transform ( Transform3 transform )  :  void
CMLAtomSet.transformFractionalCoordinates ( CMLTransform3 transform )  :  void
CMLAtomSet.transformFractionalCoordinates ( Transform3 transform )  :  void
CMLAtomSet.transformXYZ ( CMLTransform3 transform )  :  void

cdk-1.0.4.jar, CMLAtomSetTest.class
package org.xmlcml.cml.element.test
CMLAtomSetTest.CMLAtomSetTest ( )
CMLAtomSetTest.setUp ( )  :  void
CMLAtomSetTest.suite ( ) [static]  :  Test
CMLAtomSetTest.testAddAtom ( )  :  void
CMLAtomSetTest.testAddAtoms ( )  :  void
CMLAtomSetTest.testAddAtomsCMLAtomArray ( )  :  void
CMLAtomSetTest.testAddAtomSet ( )  :  void
CMLAtomSetTest.testAddAtomsListOfCMLAtom ( )  :  void
CMLAtomSetTest.testCMLAtomSet ( )  :  void
CMLAtomSetTest.testCMLAtomSetCMLAtomArray ( )  :  void
CMLAtomSetTest.testCMLAtomSetCMLAtomSet ( )  :  void
CMLAtomSetTest.testCMLAtomSetCMLMolecule ( )  :  void
CMLAtomSetTest.testCMLAtomSetCMLMoleculeStringArray ( )  :  void
CMLAtomSetTest.testCMLAtomSetListOfCMLAtom ( )  :  void
CMLAtomSetTest.testCMLAtomSetSetOfCMLAtom ( )  :  void
CMLAtomSetTest.testCompareToCMLAtomSet ( )  :  void
CMLAtomSetTest.testCompliment ( )  :  void
CMLAtomSetTest.testComplimentByAtomId ( )  :  void
CMLAtomSetTest.testContains ( )  :  void
CMLAtomSetTest.testExcludeElementTypes ( )  :  void
CMLAtomSetTest.testGetAtomById ( )  :  void
CMLAtomSetTest.testGetAtomIDs ( )  :  void
CMLAtomSetTest.testGetAtoms ( )  :  void
CMLAtomSetTest.testGetAtomSetByElementType ( )  :  void
CMLAtomSetTest.testGetAtomSetById ( )  :  void
CMLAtomSetTest.testGetCalculatedFormalCharge ( )  :  void
CMLAtomSetTest.testGetCalculatedFormula ( )  :  void
CMLAtomSetTest.testGetCentroid2D ( )  :  void
CMLAtomSetTest.testGetCentroid3 ( )  :  void
CMLAtomSetTest.testGetCentroid3D ( )  :  void
CMLAtomSetTest.testGetCoordinates3 ( )  :  void
CMLAtomSetTest.testGetDistanceMatrix ( )  :  void
CMLAtomSetTest.testGetMap ( )  :  void
CMLAtomSetTest.testGetMappedAtom ( )  :  void
CMLAtomSetTest.testGetMappedAtomSet ( )  :  void
CMLAtomSetTest.testGetMolecule ( )  :  void
CMLAtomSetTest.testGetVector2D ( )  :  void
CMLAtomSetTest.testGetVector3D ( )  :  void
CMLAtomSetTest.testIncludeElementTypes ( )  :  void
CMLAtomSetTest.testIntersection ( )  :  void
CMLAtomSetTest.testIntersectionByAtomId ( )  :  void
CMLAtomSetTest.testLabelAtoms ( )  :  void
CMLAtomSetTest.testOverlap2DCentroids ( )  :  void
CMLAtomSetTest.testRemoveAtom ( )  :  void
CMLAtomSetTest.testRemoveAtomById ( )  :  void
CMLAtomSetTest.testRemoveAtomsCMLMapCMLAtomSet ( )  :  void
CMLAtomSetTest.testRemoveAtomsCMLMapDirection ( )  :  void
CMLAtomSetTest.testRemoveAtomSet ( )  :  void
CMLAtomSetTest.testSetChemicalElements ( )  :  void
CMLAtomSetTest.testSetVector2D ( )  :  void
CMLAtomSetTest.testSize ( )  :  void
CMLAtomSetTest.testSplitByElements ( )  :  void
CMLAtomSetTest.testSymmetricDifference ( )  :  void
CMLAtomSetTest.testSymmetricDifferenceByAtomId ( )  :  void
CMLAtomSetTest.testTransform ( )  :  void
CMLAtomSetTest.testTransformCMLTransform3 ( )  :  void
CMLAtomSetTest.testTransformFractionalCoordinatesCMLTransform3 ( )  :  void
CMLAtomSetTest.testTransformFractionalCoordinatesTransform3 ( )  :  void
CMLAtomSetTest.testTransformTransform2 ( )  :  void
CMLAtomSetTest.testTransformTransform3 ( )  :  void
CMLAtomSetTest.testTranslate2D ( )  :  void
CMLAtomSetTest.testTranslate3D ( )  :  void
CMLAtomSetTest.testUnion ( )  :  void
CMLAtomSetTest.testUnionByAtomId ( )  :  void

cdk-1.0.4.jar, CMLAtomTest.class
package org.xmlcml.cml.element.test
CMLAtomTest.CMLAtomTest ( )
CMLAtomTest.setUp ( )  :  void
CMLAtomTest.suite ( ) [static]  :  Test
CMLAtomTest.testAddCalculatedCoordinatesForHydrogens ( )  :  void
CMLAtomTest.testCalculateSpaceGroupMultiplicity ( )  :  void
CMLAtomTest.testCMLAtom ( )  :  void
CMLAtomTest.testCMLAtomCMLAtom ( )  :  void
CMLAtomTest.testCommonElementSerialNumber ( )  :  void
CMLAtomTest.testCompareByAtomicNumber ( )  :  void
CMLAtomTest.testCompareToCMLAtom ( )  :  void
CMLAtomTest.testCopy ( )  :  void
CMLAtomTest.testGet2DCrossProduct ( )  :  void
CMLAtomTest.testGet2DPoint3 ( )  :  void
CMLAtomTest.testGet3DCrossProduct ( )  :  void
CMLAtomTest.testGetAtomicNumber ( )  :  void
CMLAtomTest.testGetChemicalElement ( )  :  void
CMLAtomTest.testGetDistanceTo ( )  :  void
CMLAtomTest.testGetFormalChargeFormalChargeControl ( )  :  void
CMLAtomTest.testGetFractCoord ( )  :  void
CMLAtomTest.testGetHydrogenCount ( )  :  void
CMLAtomTest.testGetMolecule ( )  :  void
CMLAtomTest.testGetMoleculeAncestor ( )  :  void
CMLAtomTest.testGetPoint3 ( )  :  void
CMLAtomTest.testGetSetXYZFract ( )  :  void
CMLAtomTest.testGetValenceElectrons ( )  :  void
CMLAtomTest.testGetVector3 ( )  :  void
CMLAtomTest.testGetXY2 ( )  :  void
CMLAtomTest.testGetXYZ3 ( )  :  void
CMLAtomTest.testHasCoordinates ( )  :  void
CMLAtomTest.testIncreaseXY2 ( )  :  void
CMLAtomTest.testIncreaseXYZ3 ( )  :  void
CMLAtomTest.testIncreaseXYZFract ( )  :  void
CMLAtomTest.testRoundCoords ( )  :  void
CMLAtomTest.testSetAtomId ( )  :  void
CMLAtomTest.testSetXY2 ( )  :  void
CMLAtomTest.testSetXYZ3 ( )  :  void
CMLAtomTest.testTransformCMLTransform3 ( )  :  void
CMLAtomTest.testTransformFractionalCoordinatesCMLTransform3 ( )  :  void
CMLAtomTest.testTransformFractionalCoordinatesTransform3 ( )  :  void
CMLAtomTest.testTransformTransform2 ( )  :  void
CMLAtomTest.testTransformXYZTransform3 ( )  :  void
CMLAtomTest.testUnsetXY2 ( )  :  void
CMLAtomTest.testUnsetXYZ3 ( )  :  void
CMLAtomTest.testUnsetXYZFract ( )  :  void

cdk-1.0.4.jar, CMLAttribute.class
package org.xmlcml.cml.base
CMLAttribute.createSubclassedAttribute ( Attribute att ) [static]  :  CMLAttribute
CMLAttribute.createSubclassedAttribute ( Attribute att, double value ) [static]  :  CMLAttribute
CMLAttribute.createSubclassedAttribute ( Attribute att, double[ ] value ) [static]  :  CMLAttribute
CMLAttribute.createSubclassedAttribute ( Attribute att, int value ) [static]  :  CMLAttribute
CMLAttribute.createSubclassedAttribute ( Attribute att, int[ ] value ) [static]  :  CMLAttribute
CMLAttribute.createSubclassedAttribute ( Attribute att, String value ) [static]  :  CMLAttribute
CMLAttribute.createSubclassedAttribute ( Attribute att, String[ ] value ) [static]  :  CMLAttribute

cdk-1.0.4.jar, CMLAttributeList.class
package org.xmlcml.cml.element
CMLAttributeList.CMLAttributeList ( )
CMLAttributeList.getAttribute ( String name ) [static]  :  CMLAttribute
CMLAttributeList.getSummary ( )  :  String
CMLAttributeList.makeAttributeFromGroupName ( String attributeGroupName, String value, String URI ) [static]  :  Attribute

cdk-1.0.4.jar, CMLBasisSetTest.class
package org.xmlcml.cml.element.test
CMLBasisSetTest.CMLBasisSetTest ( )
CMLBasisSetTest.setUp ( )  :  void
CMLBasisSetTest.suite ( ) [static]  :  Test
CMLBasisSetTest.testBasisSetBasisCMLMolecule ( )  :  void
CMLBasisSetTest.testCMLBasisSetBasisCMLMolecule ( )  :  void
CMLBasisSetTest.testCMLBasisSetCMLBasisSet ( )  :  void
CMLBasisSetTest.testFindHOMO ( )  :  void
CMLBasisSetTest.testGetABFsByL ( )  :  void
CMLBasisSetTest.testGetABFsByLM ( )  :  void
CMLBasisSetTest.testGetABFsByM ( )  :  void
CMLBasisSetTest.testGetABFsByN ( )  :  void
CMLBasisSetTest.testGetABFsBySymbol ( )  :  void
CMLBasisSetTest.testGetElectronCount ( )  :  void
CMLBasisSetTest.testGetString ( )  :  void
CMLBasisSetTest.testSetBasis ( )  :  void
CMLBasisSetTest.testSetMolecularOrbitalCoefficients ( )  :  void

cdk-1.0.4.jar, CMLBond.class
package org.xmlcml.cml.element
CMLBond.areWithinBondingDistance ( CMLAtom atom1, CMLAtom atom2, double radius1, double radius2, double tolerance ) [static]  :  boolean
CMLBond.getAtoms ( CMLMolecule molecule )  :  List
CMLBond.setAtoms2 ( CMLAtom atom1, CMLAtom atom2 )  :  void

cdk-1.0.4.jar, CMLBondSetTest.class
package org.xmlcml.cml.element.test
CMLBondSetTest.CMLBondSetTest ( )
CMLBondSetTest.setUp ( )  :  void
CMLBondSetTest.suite ( ) [static]  :  Test
CMLBondSetTest.testAddBond ( )  :  void
CMLBondSetTest.testAddBonds ( )  :  void
CMLBondSetTest.testAddBondsCMLBondArray ( )  :  void
CMLBondSetTest.testAddBondSet ( )  :  void
CMLBondSetTest.testAddBondsListOfCMLBond ( )  :  void
CMLBondSetTest.testCMLBondSetCMLBondArray ( )  :  void
CMLBondSetTest.testCMLBondSetCMLMolecule ( )  :  void
CMLBondSetTest.testContains ( )  :  void
CMLBondSetTest.testCopy ( )  :  void
CMLBondSetTest.testGetBondById ( )  :  void
CMLBondSetTest.testGetBondIDs ( )  :  void
CMLBondSetTest.testGetBonds ( )  :  void
CMLBondSetTest.testGetBondsById ( )  :  void
CMLBondSetTest.testSize ( )  :  void

cdk-1.0.4.jar, CMLBondStereo.class
package org.xmlcml.cml.element
CMLBondStereo.matchParity ( CMLBondStereo bondStereo, CMLMolecule molecule )  :  int

cdk-1.0.4.jar, CMLBondStereoTest.class
package org.xmlcml.cml.element.test
CMLBondStereoTest.CMLBondStereoTest ( )
CMLBondStereoTest.setUp ( )  :  void
CMLBondStereoTest.suite ( ) [static]  :  Test
CMLBondStereoTest.testCopy ( )  :  void
CMLBondStereoTest.testMatchParity ( )  :  void

cdk-1.0.4.jar, CMLBondTest.class
package org.xmlcml.cml.element.test
CMLBondTest.CMLBondTest ( )
CMLBondTest.setUp ( )  :  void
CMLBondTest.suite ( ) [static]  :  Test
CMLBondTest.testAppendToId ( )  :  void
CMLBondTest.testAreWithinBondingDistanceCMLAtomCMLAtom ( )  :  void
CMLBondTest.testAreWithinBondingDistanceCMLAtomCMLAtomDoubleDouble ( )  :  void
CMLBondTest.testAtomHash ( )  :  void
CMLBondTest.testAtomHashCMLAtomCMLAtom ( )  :  void
CMLBondTest.testAtomHashCMLBond ( )  :  void
CMLBondTest.testAtomHashStringArray ( )  :  void
CMLBondTest.testAtomHashStringString ( )  :  void
CMLBondTest.testClearBondStereo ( )  :  void
CMLBondTest.testCMLBond ( )  :  void
CMLBondTest.testCMLBondCMLAtomCMLAtom ( )  :  void
CMLBondTest.testCMLBondCMLBond ( )  :  void
CMLBondTest.testCopy ( )  :  void
CMLBondTest.testGetAtoms ( )  :  void
CMLBondTest.testGetMolecule ( )  :  void
CMLBondTest.testGetOrder ( )  :  void
CMLBondTest.testGetSetBondStereo ( )  :  void
CMLBondTest.testIncrementOrder ( )  :  void
CMLBondTest.testSetAtoms2 ( )  :  void

cdk-1.0.4.jar, CMLBuilder.class
package org.xmlcml.cml.element
CMLBuilder.build ( File file )  :  Document
CMLBuilder.CMLBuilder ( )
CMLBuilder.CMLBuilder ( boolean validate )
CMLBuilder.CMLBuilder ( boolean validate, NodeFactory nodeFactory )
CMLBuilder.CMLBuilder ( NodeFactory nodeFactory )
CMLBuilder.parseString ( String xmlString )  :  Element

cdk-1.0.4.jar, CMLCellParameterTest.class
package org.xmlcml.cml.element.test
CMLCellParameterTest.assertEquals ( String p1, CMLCellParameter p2, CMLCellParameter p3, double p4 ) [static]  :  void
CMLCellParameterTest.assertEquals ( String p1, String p2, double[ ] p3, CMLCellParameter p4, double p5 ) [static]  :  void
CMLCellParameterTest.CMLCellParameterTest ( )
CMLCellParameterTest.setUp ( )  :  void
CMLCellParameterTest.suite ( ) [static]  :  Test
CMLCellParameterTest.testCMLCellParameterCMLScalarArrayType ( )  :  void
CMLCellParameterTest.testCMLCellParameterListOfCMLScalarType ( )  :  void
CMLCellParameterTest.testCopy ( )  :  void
CMLCellParameterTest.testCreateCMLScalarsCMLElementsOfCMLCellParameter ( )  :  void
CMLCellParameterTest.testCreateCMLScalarsListOfCMLCellParameter ( )  :  void
CMLCellParameterTest.testGetCellParameterCMLElementsOfCMLCellParameterType ( )  :  void
CMLCellParameterTest.testGetCellParameterListOfCMLCellParameterType ( )  :  void

cdk-1.0.4.jar, CMLCrystalTest.class
package org.xmlcml.cml.element.test
CMLCrystalTest.CMLCrystalTest ( )
CMLCrystalTest.setUp ( )  :  void
CMLCrystalTest.suite ( ) [static]  :  Test
CMLCrystalTest.testCMLCrystal ( )  :  void
CMLCrystalTest.testCMLCrystalCMLCrystal ( )  :  void
CMLCrystalTest.testCMLCrystalCMLLattice ( )  :  void
CMLCrystalTest.testCMLCrystalCMLScalarArray ( )  :  void
CMLCrystalTest.testCMLCrystalDoubleArray ( )  :  void
CMLCrystalTest.testGetCellParameterValues ( )  :  void
CMLCrystalTest.testGetCellScalars ( )  :  void
CMLCrystalTest.testGetCellVolume ( )  :  void
CMLCrystalTest.testGetCellVolume1 ( )  :  void
CMLCrystalTest.testGetCellVolume2 ( )  :  void
CMLCrystalTest.testGetLattice ( )  :  void
CMLCrystalTest.testGetOrthogonalizationMatrix ( )  :  void
CMLCrystalTest.testGetPrimitiveLattice ( )  :  void
CMLCrystalTest.testGetPrimitiveLatticeCentering ( )  :  void
CMLCrystalTest.testGetReciprocalCell ( )  :  void
CMLCrystalTest.testGetReciprocalCellVolume ( )  :  void
CMLCrystalTest.testGetReciprocalLattice ( )  :  void
CMLCrystalTest.testSetCellParametersDoubleArray ( )  :  void
CMLCrystalTest.testSetCellParametersDoubleDoubleDoubleDoubleDoubleDouble ( )  :  void

cdk-1.0.4.jar, CMLDefinition.class
package org.xmlcml.cml.element
CMLDefinition.CMLDefinition ( )
CMLDefinition.CMLDefinition ( CMLDefinition old )
CMLDefinition.copy ( )  :  Node
CMLDefinition.makeElementInContext ( Element parent ) [static]  :  CMLDefinition

cdk-1.0.4.jar, CMLDescription.class
package org.xmlcml.cml.element
CMLDescription.CMLDescription ( )
CMLDescription.CMLDescription ( CMLDescription old )
CMLDescription.copy ( )  :  Node
CMLDescription.makeElementInContext ( Element parent ) [static]  :  CMLDescription

cdk-1.0.4.jar, CMLDictionary.class
package org.xmlcml.cml.element
CMLDictionary.createDictionary ( File p1 )  :  GenericDictionary
CMLDictionary.createDictionaryMap ( File file, boolean useSubdirectories )  :  GenericDictionaryMap
CMLDictionary.getGenericEntry ( String p1 )  :  GenericEntry

cdk-1.0.4.jar, CMLDictionaryTest.class
package org.xmlcml.cml.element.test
CMLDictionaryTest.CMLDictionaryTest ( )
CMLDictionaryTest.setUp ( )  :  void
CMLDictionaryTest.suite ( ) [static]  :  Test
CMLDictionaryTest.testAddEntryCMLEntry ( )  :  void
CMLDictionaryTest.testCMLDictionary ( )  :  void
CMLDictionaryTest.testCMLDictionaryCMLDictionary ( )  :  void
CMLDictionaryTest.testCopy ( )  :  void
CMLDictionaryTest.testCreateDictionary ( )  :  void
CMLDictionaryTest.testCreateDictionaryMap ( )  :  void
CMLDictionaryTest.testDictionaryExample ( )  :  void
CMLDictionaryTest.testGetCMLEntry ( )  :  void
CMLDictionaryTest.testGetDictionariesString ( )  :  void
CMLDictionaryTest.testGetDictionaryMapListCMLDictionary ( )  :  void
CMLDictionaryTest.testGetEntry ( )  :  void
CMLDictionaryTest.testIndexEntries ( )  :  void
CMLDictionaryTest.testRemoveEntry ( )  :  void
CMLDictionaryTest.testRemoveEntryById ( )  :  void

cdk-1.0.4.jar, CMLDimension.class
package org.xmlcml.cml.element
CMLDimension.CMLDimension ( )
CMLDimension.CMLDimension ( CMLDimension old )
CMLDimension.copy ( )  :  Node
CMLDimension.getPower ( )  :  double
CMLDimension.makeElementInContext ( Element parent ) [static]  :  CMLDimension

cdk-1.0.4.jar, CMLDimensionTest.class
package org.xmlcml.cml.element.test
CMLDimensionTest.CMLDimensionTest ( )
CMLDimensionTest.setUp ( )  :  void
CMLDimensionTest.suite ( ) [static]  :  Test
CMLDimensionTest.testCopy ( )  :  void
CMLDimensionTest.testGetPower ( )  :  void

cdk-1.0.4.jar, CMLDocumentation.class
package org.xmlcml.cml.element
CMLDocumentation.CMLDocumentation ( )
CMLDocumentation.CMLDocumentation ( CMLDocumentation old )
CMLDocumentation.copy ( )  :  Node
CMLDocumentation.makeElementInContext ( Element parent ) [static]  :  CMLDocumentation

cdk-1.0.4.jar, CMLEigenTest.class
package org.xmlcml.cml.element.test
CMLEigenTest.CMLEigenTest ( )
CMLEigenTest.setUp ( )  :  void
CMLEigenTest.suite ( ) [static]  :  Test
CMLEigenTest.testCMLEigenCMLMatrixCMLArrayOrientation ( )  :  void
CMLEigenTest.testCopy ( )  :  void
CMLEigenTest.testGetEigenvalues ( )  :  void
CMLEigenTest.testGetEigenvector ( )  :  void
CMLEigenTest.testGetEigenvectors ( )  :  void
CMLEigenTest.testGetSize ( )  :  void

cdk-1.0.4.jar, CMLElement.class
package org.xmlcml.cml.base
CMLElement.copyAttributes ( CMLElement element )  :  void
CMLElement.copyChildren ( CMLElement element )  :  void
CMLElement.debug ( OutputStream os )  :  void
CMLElement.getCanonicalString ( Node node ) [static]  :  String
CMLElement.getNamespaceForPrefix ( String prefix )  :  String

cdk-1.0.4.jar, CMLElementTest.class
package org.xmlcml.cml.element.test
CMLElementTest.CMLElementTest ( )
CMLElementTest.main ( String[ ] p1 ) [static]  :  void
CMLElementTest.setUp ( )  :  void
CMLElementTest.suite ( ) [static]  :  Test
CMLElementTest.testAddNamespaceDeclaration ( )  :  void
CMLElementTest.testAppendChildString ( )  :  void
CMLElementTest.testAssertEqualsCanonicallyStringElementElement ( )  :  void
CMLElementTest.testCMLElementCMLElement ( )  :  void
CMLElementTest.testCMLElementString ( )  :  void
CMLElementTest.testCompareTo ( )  :  void
CMLElementTest.testCopy ( )  :  void
CMLElementTest.testElement ( )  :  void
CMLElementTest.testGetChildCMLElement ( )  :  void
CMLElementTest.testGetChildCMLElements ( )  :  void
CMLElementTest.testGetChildCMLElementsString ( )  :  void
CMLElementTest.testGetCMLChildCount ( )  :  void
CMLElementTest.testGetFirstCMLChild ( )  :  void
CMLElementTest.testGetNamespaceDeclarationCount ( )  :  void
CMLElementTest.testGetNamespacePrefixInt ( )  :  void
CMLElementTest.testGetSetProperty ( )  :  void
CMLElementTest.testGetXOMStuff ( )  :  void
CMLElementTest.testInsertChildStringInt ( )  :  void
CMLElementTest.testRemoveAttributeString ( )  :  void
CMLElementTest.testRemoveChildren ( )  :  void
CMLElementTest.testRemoveNamespaceDeclaration ( )  :  void

cdk-1.0.4.jar, CMLEnumeration.class
package org.xmlcml.cml.element
CMLEnumeration.CMLEnumeration ( )
CMLEnumeration.CMLEnumeration ( CMLEnumeration old )
CMLEnumeration.copy ( )  :  Node
CMLEnumeration.makeElementInContext ( Element parent ) [static]  :  CMLEnumeration

cdk-1.0.4.jar, CMLException.class
package org.xmlcml.cml.base
CMLException.CMLException ( )
CMLException.CMLException ( ParsingException e, String msg )
CMLException.CMLException ( String msg )

cdk-1.0.4.jar, CMLFloat.class
package org.xmlcml.cml.element
CMLFloat.CMLFloat ( )
CMLFloat.CMLFloat ( CMLFloat old )
CMLFloat.copy ( )  :  Node
CMLFloat.makeElementInContext ( Element parent ) [static]  :  CMLFloat

cdk-1.0.4.jar, CMLFloatArray.class
package org.xmlcml.cml.element
CMLFloatArray.CMLFloatArray ( )
CMLFloatArray.CMLFloatArray ( CMLFloatArray old )
CMLFloatArray.copy ( )  :  Node
CMLFloatArray.makeElementInContext ( Element parent ) [static]  :  CMLFloatArray

cdk-1.0.4.jar, CMLFormula.class
package org.xmlcml.cml.element
CMLFormula.equalsConcise ( CMLFormula f, double eps )  :  boolean
CMLFormula.generateConcise ( CMLAtomArray atomArray, int formalCharge )  :  String
CMLFormula.getDifference ( CMLFormula form )  :  String

cdk-1.0.4.jar, CMLFormulaTest.class
package org.xmlcml.cml.element.test
CMLFormulaTest.assertEqualsConcise ( String p1, CMLFormula p2, CMLFormula p3, double p4 ) [static]  :  void
CMLFormulaTest.CMLFormulaTest ( )
CMLFormulaTest.setUp ( )  :  void
CMLFormulaTest.suite ( ) [static]  :  Test
CMLFormulaTest.testAdd ( )  :  void
CMLFormulaTest.testAddFormulaCMLFormula ( )  :  void
CMLFormulaTest.testAggregateFormula ( )  :  void
CMLFormulaTest.testAppendChildElement ( )  :  void
CMLFormulaTest.testCheckAtomArrayFormat ( )  :  void
CMLFormulaTest.testCMLFormula ( )  :  void
CMLFormulaTest.testCMLFormulaCMLFormula ( )  :  void
CMLFormulaTest.testCMLFormulaCMLMolecule ( )  :  void
CMLFormulaTest.testCopy ( )  :  void
CMLFormulaTest.testCreateAggregatedFormula ( )  :  void
CMLFormulaTest.testCreateFormulaString ( )  :  void
CMLFormulaTest.testCreateFormulaStringConvention ( )  :  void
CMLFormulaTest.testCreateFormulaStringType ( )  :  void
CMLFormulaTest.testCreateFromString ( )  :  void
CMLFormulaTest.testDebugWriter ( )  :  void
CMLFormulaTest.testDivideBy ( )  :  void
CMLFormulaTest.testEqualsAggregate ( )  :  void
CMLFormulaTest.testEqualsCMLFormulaDouble ( )  :  void
CMLFormulaTest.testEqualsConcise ( )  :  void
CMLFormulaTest.testEqualsFormula ( )  :  void
CMLFormulaTest.testGenerateConcise ( )  :  void
CMLFormulaTest.testGetAggregateFormula ( )  :  void
CMLFormulaTest.testGetCalculatedMass ( )  :  void
CMLFormulaTest.testGetCalculatedMolecularMass ( )  :  void
CMLFormulaTest.testGetConciseNoCharge ( )  :  void
CMLFormulaTest.testGetCount ( )  :  void
CMLFormulaTest.testGetCounts ( )  :  void
CMLFormulaTest.testGetDifference ( )  :  void
CMLFormulaTest.testGetElementCounts ( )  :  void
CMLFormulaTest.testGetElementTypes ( )  :  void
CMLFormulaTest.testGetFormalCharge ( )  :  void
CMLFormulaTest.testGetFormalChargeString ( )  :  void
CMLFormulaTest.testGetFormattedString ( )  :  void
CMLFormulaTest.testGetFormattedStringStringStringBoolean ( )  :  void
CMLFormulaTest.testGetFormattedStringTypeSortBoolean ( )  :  void
CMLFormulaTest.testMultiplyBy ( )  :  void
CMLFormulaTest.testNoAtomArray ( )  :  void
CMLFormulaTest.testNormalize ( )  :  void
CMLFormulaTest.testRemoveChargeFromConcise ( )  :  void
CMLFormulaTest.testSetConcise ( )  :  void
CMLFormulaTest.testSetCount ( )  :  void
CMLFormulaTest.testSetFormalCharge ( )  :  void
CMLFormulaTest.testToFormulaString ( )  :  void
CMLFormulaTest.testWriteHTML ( )  :  void

cdk-1.0.4.jar, CMLIdentifier.class
package org.xmlcml.cml.element
CMLIdentifier.CMLIdentifier ( CMLIdentifier old )

cdk-1.0.4.jar, CMLInteger.class
package org.xmlcml.cml.element
CMLInteger.CMLInteger ( )
CMLInteger.CMLInteger ( CMLInteger old )
CMLInteger.copy ( )  :  Node
CMLInteger.makeElementInContext ( Element parent ) [static]  :  CMLInteger

cdk-1.0.4.jar, CMLIntegerArray.class
package org.xmlcml.cml.element
CMLIntegerArray.CMLIntegerArray ( )
CMLIntegerArray.CMLIntegerArray ( CMLIntegerArray old )
CMLIntegerArray.copy ( )  :  Node
CMLIntegerArray.makeElementInContext ( Element parent ) [static]  :  CMLIntegerArray

cdk-1.0.4.jar, CMLLatticeTest.class
package org.xmlcml.cml.element.test
CMLLatticeTest.CMLLatticeTest ( )
CMLLatticeTest.setUp ( )  :  void
CMLLatticeTest.suite ( ) [static]  :  Test
CMLLatticeTest.testCMLLatticeCMLLatticeVectorArray ( )  :  void
CMLLatticeTest.testCMLLatticeCMLLatticeVectorCMLLatticeVectorCMLLatticeVector ( )  :  void
CMLLatticeTest.testCopy ( )  :  void
CMLLatticeTest.testGetCellParameters ( )  :  void
CMLLatticeTest.testGetCMLVector3 ( )  :  void
CMLLatticeTest.testGetReducedCell ( )  :  void
CMLLatticeTest.testGetString ( )  :  void
CMLLatticeTest.testGetVolume ( )  :  void

cdk-1.0.4.jar, CMLLatticeVectorTest.class
package org.xmlcml.cml.element.test
CMLLatticeVectorTest.assertEquals ( String p1, CMLLatticeVector p2, CMLLatticeVector p3, double p4 ) [static]  :  void
CMLLatticeVectorTest.assertEquals ( String p1, double[ ] p2, CMLLatticeVector p3, double p4 ) [static]  :  void
CMLLatticeVectorTest.CMLLatticeVectorTest ( )
CMLLatticeVectorTest.setUp ( )  :  void
CMLLatticeVectorTest.suite ( ) [static]  :  Test
CMLLatticeVectorTest.testCMLLatticeVectorCMLVector3 ( )  :  void
CMLLatticeVectorTest.testCMLLatticeVectorDoubleArray ( )  :  void
CMLLatticeVectorTest.testCopy ( )  :  void
CMLLatticeVectorTest.testGetCMLVector3 ( )  :  void

cdk-1.0.4.jar, CMLLength.class
package org.xmlcml.cml.element
CMLLength.getAtoms2 ( )  :  CMLAtom[ ]
CMLLength.getIndexedLengths ( CMLLength[ ] length ) [static]  :  Map
CMLLength.getMolecule ( )  :  CMLMolecule
CMLLength.setMolecule ( CMLMolecule molecule )  :  void

cdk-1.0.4.jar, CMLLine3Test.class
package org.xmlcml.cml.element.test
CMLLine3Test.assertEquals ( String p1, CMLLine3 p2, CMLLine3 p3, double p4 ) [static]  :  void
CMLLine3Test.assertEquals ( String p1, CMLPoint3 p2, CMLVector3 p3, CMLLine3 p4, double p5 ) [static]  :  void
CMLLine3Test.CMLLine3Test ( )
CMLLine3Test.setUp ( )  :  void
CMLLine3Test.suite ( ) [static]  :  Test
CMLLine3Test.testCMLLine3 ( )  :  void
CMLLine3Test.testCMLLine3CMLLine3 ( )  :  void
CMLLine3Test.testCMLLine3CMLPoint3CMLPoint3 ( )  :  void
CMLLine3Test.testCMLLine3CMLPoint3CMLVector3 ( )  :  void
CMLLine3Test.testCMLLine3Line3 ( )  :  void
CMLLine3Test.testContainsPoint ( )  :  void
CMLLine3Test.testCopy ( )  :  void
CMLLine3Test.testEqualsCMLLine3 ( )  :  void
CMLLine3Test.testGetClosestPointTo ( )  :  void
CMLLine3Test.testGetDistanceFromPoint ( )  :  void
CMLLine3Test.testGetEuclidLine3 ( )  :  void
CMLLine3Test.testGetIntersectionWith ( )  :  void
CMLLine3Test.testGetString ( )  :  void
CMLLine3Test.testIsAntiparallelTo ( )  :  void
CMLLine3Test.testIsEqualTo ( )  :  void
CMLLine3Test.testIsParallelTo ( )  :  void
CMLLine3Test.testParse ( )  :  void
CMLLine3Test.testSetVector3CMLVector3 ( )  :  void
CMLLine3Test.testSubtract ( )  :  void
CMLLine3Test.testTransform ( )  :  void

cdk-1.0.4.jar, CMLMapTest.class
package org.xmlcml.cml.element.test
CMLMapTest.CMLMapTest ( )
CMLMapTest.setUp ( )  :  void
CMLMapTest.suite ( ) [static]  :  Test
CMLMapTest.testAddLinkCMLLink ( )  :  void
CMLMapTest.testAddMap ( )  :  void
CMLMapTest.testAddUniqueLink ( )  :  void
CMLMapTest.testAnnotateLinks ( )  :  void
CMLMapTest.testCMLMap ( )  :  void
CMLMapTest.testCMLMapCMLMap ( )  :  void
CMLMapTest.testCopy ( )  :  void
CMLMapTest.testGetElementLinks ( )  :  void
CMLMapTest.testGetFromRef ( )  :  void
CMLMapTest.testGetFromRefs ( )  :  void
CMLMapTest.testGetFromRefsListOfString ( )  :  void
CMLMapTest.testGetFromToLink ( )  :  void
CMLMapTest.testGetLink ( )  :  void
CMLMapTest.testGetRef ( )  :  void
CMLMapTest.testGetRefsDirection ( )  :  void
CMLMapTest.testGetRefsListOfStringDirection ( )  :  void
CMLMapTest.testGetRefsString ( )  :  void
CMLMapTest.testGetRefsStringArrayString ( )  :  void
CMLMapTest.testGetReverseToFrom ( )  :  void
CMLMapTest.testGetToFromRef ( )  :  void
CMLMapTest.testGetToFromRefs ( )  :  void
CMLMapTest.testGetToFromRefsStringList ( )  :  void
CMLMapTest.testGetToRef ( )  :  void
CMLMapTest.testGetToRefs ( )  :  void
CMLMapTest.testGetToRefsListOfString ( )  :  void
CMLMapTest.testGetType ( )  :  void
CMLMapTest.testMakeElementInContext ( )  :  void
CMLMapTest.testMergeMap ( )  :  void
CMLMapTest.testRemoveLink ( )  :  void
CMLMapTest.testSetLinkFromContext ( )  :  void
CMLMapTest.testSetLinkFromType ( )  :  void
CMLMapTest.testSetLinkToContext ( )  :  void
CMLMapTest.testSetLinkToFromContext ( )  :  void
CMLMapTest.testSetLinkToFromType ( )  :  void
CMLMapTest.testSetLinkToType ( )  :  void

cdk-1.0.4.jar, CMLMatrix.class
package org.xmlcml.cml.element
CMLMatrix.convertToSI ( UnitListMap unitListMap )  :  void
CMLMatrix.getUnit ( UnitListMap unitListMap )  :  CMLUnit
CMLMatrix.setUnits ( String prefix, String idRef )  :  void

cdk-1.0.4.jar, CMLMatrixTest.class
package org.xmlcml.cml.element.test
CMLMatrixTest.assertEquals ( String p1, CMLMatrix p2, CMLMatrix p3, double p4 ) [static]  :  void
CMLMatrixTest.assertEquals ( String p1, int p2, int p3, double[ ] p4, CMLMatrix p5, double p6 ) [static]  :  void
CMLMatrixTest.assertEquals ( String p1, int p2, int p3, int[ ] p4, CMLMatrix p5 ) [static]  :  void
CMLMatrixTest.CMLMatrixTest ( )
CMLMatrixTest.setUp ( )  :  void
CMLMatrixTest.suite ( ) [static]  :  Test
CMLMatrixTest.testCMLMatrix ( )  :  void
CMLMatrixTest.testCMLMatrixCMLMatrix ( )  :  void
CMLMatrixTest.testCMLMatrixDoubleArrayArray ( )  :  void
CMLMatrixTest.testCMLMatrixIntArrayArray ( )  :  void
CMLMatrixTest.testCMLMatrixIntIntDoubleArray ( )  :  void
CMLMatrixTest.testCMLMatrixIntIntIntArray ( )  :  void
CMLMatrixTest.testConvertToSI ( )  :  void
CMLMatrixTest.testCopy ( )  :  void
CMLMatrixTest.testGetColumns ( )  :  void
CMLMatrixTest.testGetDataType ( )  :  void
CMLMatrixTest.testGetDoubleArray ( )  :  void
CMLMatrixTest.testGetDoubleMatrix ( )  :  void
CMLMatrixTest.testGetEuclidIntMatrix ( )  :  void
CMLMatrixTest.testGetEuclidRealMatrix ( )  :  void
CMLMatrixTest.testGetIntegerArray ( )  :  void
CMLMatrixTest.testGetIntegerMatrix ( )  :  void
CMLMatrixTest.testGetRows ( )  :  void
CMLMatrixTest.testGetUnit ( )  :  void
CMLMatrixTest.testGetUnits ( )  :  void
CMLMatrixTest.testIsEqualTo ( )  :  void
CMLMatrixTest.testIsSquare ( )  :  void
CMLMatrixTest.testMultiply ( )  :  void
CMLMatrixTest.testSetArrayIntIntDoubleArray ( )  :  void
CMLMatrixTest.testSetArrayIntIntIntArray ( )  :  void
CMLMatrixTest.testSetMatrixDoubleArrayArray ( )  :  void
CMLMatrixTest.testSetMatrixIntArrayArray ( )  :  void
CMLMatrixTest.testSetUnitsStringString ( )  :  void

cdk-1.0.4.jar, CMLMetadataList.class
package org.xmlcml.cml.element
CMLMetadataList.checkMetadataNames ( File file, DictionaryMap dictionaryMap ) [static]  :  List

cdk-1.0.4.jar, CMLMetadataListTest.class
package org.xmlcml.cml.element.test
CMLMetadataListTest.CMLMetadataListTest ( )
CMLMetadataListTest.setUp ( )  :  void
CMLMetadataListTest.suite ( ) [static]  :  Test
CMLMetadataListTest.testCheckMetadataNames ( )  :  void
CMLMetadataListTest.testCMLMetadataList ( )  :  void
CMLMetadataListTest.testCMLMetadataListCMLMetadataList ( )  :  void
CMLMetadataListTest.testCopy ( )  :  void
CMLMetadataListTest.testGetMetadataDescendants ( )  :  void
CMLMetadataListTest.testGetMetadataDescendantsByNameListOfCMLMetadataString ( )  :  void
CMLMetadataListTest.testGetMetadataDescendantsByNameListString ( )  :  void
CMLMetadataListTest.testGetMetadataDescendantsByNameString ( )  :  void
CMLMetadataListTest.testGetMetadataDescendantsCMLElement ( )  :  void

cdk-1.0.4.jar, CMLMetadataTest.class
package org.xmlcml.cml.element.test
CMLMetadataTest.CMLMetadataTest ( )
CMLMetadataTest.setUp ( )  :  void
CMLMetadataTest.suite ( ) [static]  :  Test
CMLMetadataTest.testAddAttributeAttribute ( )  :  void
CMLMetadataTest.testCopy ( )  :  void
CMLMetadataTest.testGetMetadataType ( )  :  void
CMLMetadataTest.testGetMetadataTypeAttribute ( )  :  void
CMLMetadataTest.testSetMetadataType ( )  :  void

cdk-1.0.4.jar, CMLMolecule.class
package org.xmlcml.cml.element
CMLMolecule.calculateAndAddFormula ( CMLMolecule.HydrogenControl control )  :  void
CMLMolecule.calculateAndAddSpaceGroupMultiplicity ( CMLSymmetry symmetry )  :  void
CMLMolecule.calculateCentroid3 ( CMLElement.CoordinateType type )  :  Point3
CMLMolecule.calculateFormula ( CMLMolecule.HydrogenControl control )  :  CMLFormula
CMLMolecule.clearWedgeHatchBonds ( )  :  void
CMLMolecule.createCartesiansFromFractionals ( CMLCrystal crystal )  :  void
CMLMolecule.createCartesiansFromFractionals ( RealSquareMatrix orthogonalMatrix )  :  void
CMLMolecule.createCMLMolecule ( Element nonCMLMolecule ) [static]  :  CMLMolecule
CMLMolecule.fragileAddAtom ( CMLAtom atom )  :  void
CMLMolecule.fragileAddBond ( CMLBond bond )  :  void
CMLMolecule.fragileCreateAndAddAtom ( String id )  :  CMLAtom
CMLMolecule.fragileCreateAndAddBond ( CMLAtom atom1, CMLAtom atom2 )  :  CMLBond
CMLMolecule.fragileDeleteAtom ( CMLAtom atom )  :  void
CMLMolecule.fragileDeleteBond ( CMLBond bond )  :  void
CMLMolecule.getAngle ( CMLAtom at0, CMLAtom at1, CMLAtom at2 )  :  CMLAngle
CMLMolecule.getAtomsByIds ( String[ ] ids )  :  List
CMLMolecule.getAtomSet ( )  :  CMLAtomSet
CMLMolecule.getConnectionTable ( )  :  ConnectionTable
CMLMolecule.getCoordinates3 ( CMLElement.CoordinateType type )  :  Point3Vector
CMLMolecule.getMap ( CMLMolecule mol2 )  :  CMLMap
CMLMolecule.getMappedAtom ( CMLMap map, CMLAtom atom0, CMLMap.Direction toFrom )  :  CMLAtom
CMLMolecule.getMolecule ( CMLElement element ) [static]  :  CMLMolecule
CMLMolecule.mustEqual ( CMLElement other )  :  void
CMLMolecule.overlapBonds ( CMLAtom atomTool1A, CMLAtom atomTool1B, CMLAtom atomTool2A, CMLAtom atomTool2B ) [static]  :  Transform3
CMLMolecule.setConnectionTable ( ConnectionTable connectionTable )  :  void
CMLMolecule.setPreferredBondOrders ( )  :  void
CMLMolecule.transform ( CMLSymmetry sym )  :  List
CMLMolecule.transform ( CMLTransform3 transform )  :  void
CMLMolecule.transform ( Transform3 transform )  :  void
CMLMolecule.transformFractionalCoordinates ( CMLSymmetry sym )  :  List
CMLMolecule.transformFractionalCoordinates ( CMLTransform3 transform )  :  void
CMLMolecule.transformFractionalCoordinates ( Transform3 transform )  :  void
CMLMolecule.translate3D ( Vector3 delta3 )  :  void

cdk-1.0.4.jar, CMLMoleculeTest.class
package org.xmlcml.cml.element.test
CMLMoleculeTest.CMLMoleculeTest ( )
CMLMoleculeTest.setUp ( )  :  void
CMLMoleculeTest.suite ( ) [static]  :  Test
CMLMoleculeTest.testAddAtom ( )  :  void
CMLMoleculeTest.testAddBond ( )  :  void
CMLMoleculeTest.testAppendMolecule ( )  :  void
CMLMoleculeTest.testAppendToIds ( )  :  void
CMLMoleculeTest.testCalculateAndAddFormula ( )  :  void
CMLMoleculeTest.testCalculateAndAddSpaceGroupMultiplicity ( )  :  void
CMLMoleculeTest.testCalculateCentroid2D ( )  :  void
CMLMoleculeTest.testCalculateCentroid3 ( )  :  void
CMLMoleculeTest.testCalculateFormula ( )  :  void
CMLMoleculeTest.testClearWedgeHatchBonds ( )  :  void
CMLMoleculeTest.testCMLMolecule ( )  :  void
CMLMoleculeTest.testCMLMoleculeCMLMolecule ( )  :  void
CMLMoleculeTest.testCopy ( )  :  void
CMLMoleculeTest.testCreateAndAddAtomString ( )  :  void
CMLMoleculeTest.testCreateCartesiansFromFractionals ( )  :  void
CMLMoleculeTest.testCreateCartesiansFromFractionalsCMLCrystal ( )  :  void
CMLMoleculeTest.testCreateCartesiansFromFractionalsRealSquareMatrix ( )  :  void
CMLMoleculeTest.testCreateCMLMolecule ( )  :  void
CMLMoleculeTest.testFragileAddAtom ( )  :  void
CMLMoleculeTest.testFragileAddBond ( )  :  void
CMLMoleculeTest.testFragileCreateAndAddAtom ( )  :  void
CMLMoleculeTest.testFragileCreateAndAddBond ( )  :  void
CMLMoleculeTest.testFragileDeleteAtom ( )  :  void
CMLMoleculeTest.testFragileDeleteBond ( )  :  void
CMLMoleculeTest.testGetAngle ( )  :  void
CMLMoleculeTest.testGetAtom ( )  :  void
CMLMoleculeTest.testGetAtomById ( )  :  void
CMLMoleculeTest.testGetAtomByLabel ( )  :  void
CMLMoleculeTest.testGetAtomCount ( )  :  void
CMLMoleculeTest.testGetAtoms ( )  :  void
CMLMoleculeTest.testGetAtomsByIds ( )  :  void
CMLMoleculeTest.testGetAtomSet ( )  :  void
CMLMoleculeTest.testGetBond ( )  :  void
CMLMoleculeTest.testGetBondById ( )  :  void
CMLMoleculeTest.testGetBondCMLAtomCMLAtom ( )  :  void
CMLMoleculeTest.testGetBondCount ( )  :  void
CMLMoleculeTest.testGetBonds ( )  :  void
CMLMoleculeTest.testGetCalculatedFormalCharge ( )  :  void
CMLMoleculeTest.testGetCentroid2D ( )  :  void
CMLMoleculeTest.testGetCentroid3 ( )  :  void
CMLMoleculeTest.testGetConnectionTable ( )  :  void
CMLMoleculeTest.testGetCoordinates2D ( )  :  void
CMLMoleculeTest.testGetCoordinates3 ( )  :  void
CMLMoleculeTest.testGetDescendantsOrMolecule ( )  :  void
CMLMoleculeTest.testGetDoubleBonds ( )  :  void
CMLMoleculeTest.testGetMap ( )  :  void
CMLMoleculeTest.testGetMappedAtom ( )  :  void
CMLMoleculeTest.testGetMolecule ( )  :  void
CMLMoleculeTest.testGetMoleculeAncestor ( )  :  void
CMLMoleculeTest.testGetMoleculeCount ( )  :  void
CMLMoleculeTest.testGetMolecules ( )  :  void
CMLMoleculeTest.testGetVector2D ( )  :  void
CMLMoleculeTest.testGetVector3D ( )  :  void
CMLMoleculeTest.testHasCoordinates ( )  :  void
CMLMoleculeTest.testHasCoords ( )  :  void
CMLMoleculeTest.testIsMoleculeContainer ( )  :  void
CMLMoleculeTest.testMakeElementInContext ( )  :  void
CMLMoleculeTest.testMultiply2DCoordsBy ( )  :  void
CMLMoleculeTest.testMustEqual ( )  :  void
CMLMoleculeTest.testOverlapBonds ( )  :  void
CMLMoleculeTest.testRenameAtomIDs ( )  :  void
CMLMoleculeTest.testRoundCoords ( )  :  void
CMLMoleculeTest.testSetBondOrders ( )  :  void
CMLMoleculeTest.testSetConnectionTable ( )  :  void
CMLMoleculeTest.testSetPreferredBondOrders ( )  :  void
CMLMoleculeTest.testTransformCMLSymmetry ( )  :  void
CMLMoleculeTest.testTransformCMLTransform3 ( )  :  void
CMLMoleculeTest.testTransformFractionalCoordinatesCMLSymmetry ( )  :  void
CMLMoleculeTest.testTransformFractionalCoordinatesCMLTransform3 ( )  :  void
CMLMoleculeTest.testTransformFractionalCoordinatesTransform3 ( )  :  void
CMLMoleculeTest.testTransformTransform3 ( )  :  void
CMLMoleculeTest.testTranslate2D ( )  :  void
CMLMoleculeTest.testTranslate3D ( )  :  void
CMLMoleculeTest.testUnlabelAllAtoms ( )  :  void

cdk-1.0.4.jar, CMLNamespace.class
package org.xmlcml.cml.base
CMLNamespace.CMLNamespace ( )
CMLNamespace.getCurrentNamespaceURI ( ) [static]  :  String
CMLNamespace.isCMLNamespace ( String URI ) [static]  :  boolean
CMLNamespace.setCurrentNamespaceURI ( String n ) [static]  :  void

cdk-1.0.4.jar, CMLNodeFactory.class
package org.xmlcml.cml.element
CMLNodeFactory.CMLNodeFactory ( )
CMLNodeFactory.finishMakingElement ( Element element )  :  Nodes
CMLNodeFactory.main ( String text ) [static]  :  void
CMLNodeFactory.makeAttribute ( String name, String URI, String value, Attribute.Type type )  :  Nodes
CMLNodeFactory.makeText ( String text )  :  Nodes
CMLNodeFactory.startMakingElement ( String name, String namespace )  :  Element

cdk-1.0.4.jar, CMLNodeFactoryTest.class
package org.xmlcml.cml.element.test
CMLNodeFactoryTest.CMLNodeFactoryTest ( )
CMLNodeFactoryTest.setUp ( )  :  void
CMLNodeFactoryTest.suite ( ) [static]  :  Test
CMLNodeFactoryTest.testFinishMakingElementElement ( )  :  void
CMLNodeFactoryTest.testMakeAttributeStringStringStringType ( )  :  void
CMLNodeFactoryTest.testMakeTextString ( )  :  void
CMLNodeFactoryTest.testStartMakingElementStringString ( )  :  void

cdk-1.0.4.jar, CMLParameterList.class
package org.xmlcml.cml.element
CMLParameterList.checkParameterNames ( File file, DictionaryMap dictionaryMap ) [static]  :  List

cdk-1.0.4.jar, CMLParameterListTest.class
package org.xmlcml.cml.element.test
CMLParameterListTest.CMLParameterListTest ( )
CMLParameterListTest.setUp ( )  :  void
CMLParameterListTest.suite ( ) [static]  :  Test
CMLParameterListTest.testCheckParameterNames ( )  :  void
CMLParameterListTest.testCopy ( )  :  void
CMLParameterListTest.testGetParameterDescendants ( )  :  void
CMLParameterListTest.testGetParameterDescendantsByDictRef ( )  :  void
CMLParameterListTest.testGetParameterDescendantsByName ( )  :  void
CMLParameterListTest.testGetParameterDescendantsCMLElement ( )  :  void

cdk-1.0.4.jar, CMLParseTest.class
package org.xmlcml.cml.element.test
CMLParseTest.CMLParseTest ( )
CMLParseTest.setUp ( )  :  void
CMLParseTest.suite ( ) [static]  :  Test
CMLParseTest.testBasicParse ( )  :  void

cdk-1.0.4.jar, CMLPeak.class
package org.xmlcml.cml.element
CMLPeak.getCouplingsFrom ( )  :  List
CMLPeak.getCouplingsFrom ( CMLMolecule molecule )  :  List
CMLPeak.getDerefencedAtoms ( )  :  List

cdk-1.0.4.jar, CMLPeakStructure.class
package org.xmlcml.cml.element
CMLPeakStructure.getCouplingsFrom ( )  :  List

cdk-1.0.4.jar, CMLPeakStructureTest.class
package org.xmlcml.cml.element.test
CMLPeakStructureTest.CMLPeakStructureTest ( )
CMLPeakStructureTest.setUp ( )  :  void
CMLPeakStructureTest.suite ( ) [static]  :  Test
CMLPeakStructureTest.testAtomRefs ( )  :  void
CMLPeakStructureTest.testCopy ( )  :  void
CMLPeakStructureTest.testGetCouplingsFrom ( )  :  void
CMLPeakStructureTest.testGetCouplingsFromCMLMolecule ( )  :  void
CMLPeakStructureTest.testGetPeaks1 ( )  :  void
CMLPeakStructureTest.testGetPeaks2 ( )  :  void
CMLPeakStructureTest.testHasValidNestedPeakStructure ( )  :  void

cdk-1.0.4.jar, CMLPeakTest.class
package org.xmlcml.cml.element.test
CMLPeakTest.CMLPeakTest ( )
CMLPeakTest.setUp ( )  :  void
CMLPeakTest.suite ( ) [static]  :  Test
CMLPeakTest.testCopy ( )  :  void
CMLPeakTest.testGetCouplingsFrom ( )  :  void
CMLPeakTest.testGetCouplingsFromCMLMolecule ( )  :  void
CMLPeakTest.testGetDerefencedAtoms ( )  :  void
CMLPeakTest.testGetDescendantPeaks ( )  :  void
CMLPeakTest.testGetPeaks ( )  :  void

cdk-1.0.4.jar, CMLPlane3Test.class
package org.xmlcml.cml.element.test
CMLPlane3Test.assertEquals ( String p1, CMLPlane3 p2, CMLPlane3 p3, double p4 ) [static]  :  void
CMLPlane3Test.assertEquals ( String p1, double[ ] p2, CMLPlane3 p3, double p4 ) [static]  :  void
CMLPlane3Test.CMLPlane3Test ( )
CMLPlane3Test.setUp ( )  :  void
CMLPlane3Test.suite ( ) [static]  :  Test
CMLPlane3Test.testCMLPlane3 ( )  :  void
CMLPlane3Test.testCMLPlane3CMLLine3CMLPoint3 ( )  :  void
CMLPlane3Test.testCMLPlane3CMLPlane3 ( )  :  void
CMLPlane3Test.testCMLPlane3CMLPoint3CMLPoint3CMLPoint3 ( )  :  void
CMLPlane3Test.testCMLPlane3CMLVector3Double ( )  :  void
CMLPlane3Test.testCMLPlane3DoubleArray ( )  :  void
CMLPlane3Test.testCMLPlane3DoubleArrayDouble ( )  :  void
CMLPlane3Test.testCMLPlane3Plane3 ( )  :  void
CMLPlane3Test.testContainsPoint ( )  :  void
CMLPlane3Test.testCopy ( )  :  void
CMLPlane3Test.testEqualsCMLPlane3 ( )  :  void
CMLPlane3Test.testGetAngleMadeWith ( )  :  void
CMLPlane3Test.testGetArray ( )  :  void
CMLPlane3Test.testGetClosestPointTo ( )  :  void
CMLPlane3Test.testGetDistance ( )  :  void
CMLPlane3Test.testGetDistanceFromPoint ( )  :  void
CMLPlane3Test.testGetEuclidPlane3 ( )  :  void
CMLPlane3Test.testGetIntersectionWithCMLLine3 ( )  :  void
CMLPlane3Test.testGetIntersectionWithCMLPlane3 ( )  :  void
CMLPlane3Test.testGetIntersectionWithCMLPlane3CMLPlane3 ( )  :  void
CMLPlane3Test.testGetVector ( )  :  void
CMLPlane3Test.testIsAntiparallelTo ( )  :  void
CMLPlane3Test.testIsEqualTo ( )  :  void
CMLPlane3Test.testIsParallelTo ( )  :  void
CMLPlane3Test.testNegative ( )  :  void
CMLPlane3Test.testSetArray ( )  :  void
CMLPlane3Test.testSubtract ( )  :  void

cdk-1.0.4.jar, CMLPoint3.class
package org.xmlcml.cml.element
CMLPoint3.normaliseCrystallographically ( )  :  CMLPoint3

cdk-1.0.4.jar, CMLPoint3Test.class
package org.xmlcml.cml.element.test
CMLPoint3Test.assertEquals ( String p1, CMLPoint3 p2, CMLPoint3 p3, double p4 ) [static]  :  void
CMLPoint3Test.assertEquals ( String p1, double[ ] p2, CMLPoint3 p3, double p4 ) [static]  :  void
CMLPoint3Test.CMLPoint3Test ( )
CMLPoint3Test.setUp ( )  :  void
CMLPoint3Test.suite ( ) [static]  :  Test
CMLPoint3Test.testCalculateFromInternalCoordinates ( )  :  void
CMLPoint3Test.testCMLPoint3CMLPoint3 ( )  :  void
CMLPoint3Test.testCMLPoint3DoubleArray ( )  :  void
CMLPoint3Test.testCMLPoint3DoubleDoubleDouble ( )  :  void
CMLPoint3Test.testCMLPoint3Point3 ( )  :  void
CMLPoint3Test.testCopy ( )  :  void
CMLPoint3Test.testDistanceFromLine ( )  :  void
CMLPoint3Test.testDistanceFromPlane ( )  :  void
CMLPoint3Test.testDivideBy ( )  :  void
CMLPoint3Test.testElementAt ( )  :  void
CMLPoint3Test.testEqualsCMLPoint3 ( )  :  void
CMLPoint3Test.testEqualsCrystallographically ( )  :  void
CMLPoint3Test.testGetAngle ( )  :  void
CMLPoint3Test.testGetClosestPointOnLine ( )  :  void
CMLPoint3Test.testGetDistanceFromOrigin ( )  :  void
CMLPoint3Test.testGetDistanceFromPoint ( )  :  void
CMLPoint3Test.testGetEuclidPoint3 ( )  :  void
CMLPoint3Test.testGetMidPoint ( )  :  void
CMLPoint3Test.testGetSquaredDistanceFromPoint ( )  :  void
CMLPoint3Test.testGetString ( )  :  void
CMLPoint3Test.testGetTorsion ( )  :  void
CMLPoint3Test.testGetXYZ3 ( )  :  void
CMLPoint3Test.testIsEqualToCMLPoint3 ( )  :  void
CMLPoint3Test.testIsEqualToCMLPoint3Double ( )  :  void
CMLPoint3Test.testIsInvariant ( )  :  void
CMLPoint3Test.testIsOnLine ( )  :  void
CMLPoint3Test.testIsOnPlane ( )  :  void
CMLPoint3Test.testIsOrigin ( )  :  void
CMLPoint3Test.testMultiplyBy ( )  :  void
CMLPoint3Test.testMultiplyEquals ( )  :  void
CMLPoint3Test.testNormaliseCrystallographically ( )  :  void
CMLPoint3Test.testParse ( )  :  void
CMLPoint3Test.testPlusCMLPoint3 ( )  :  void
CMLPoint3Test.testPlusCMLVector3 ( )  :  void
CMLPoint3Test.testPlusEqualsCMLPoint3 ( )  :  void
CMLPoint3Test.testPlusEqualsCMLVector3 ( )  :  void
CMLPoint3Test.testSetElementAt ( )  :  void
CMLPoint3Test.testSetXYZ3 ( )  :  void
CMLPoint3Test.testSubtractCMLPoint3 ( )  :  void
CMLPoint3Test.testSubtractCMLVector3 ( )  :  void
CMLPoint3Test.testSubtractEqualsCMLPoint3 ( )  :  void
CMLPoint3Test.testSubtractEqualsCMLVector3 ( )  :  void
CMLPoint3Test.testTransform ( )  :  void

cdk-1.0.4.jar, CMLProductListTest.class
package org.xmlcml.cml.element.test
CMLProductListTest.CMLProductListTest ( )
CMLProductListTest.setUp ( )  :  void
CMLProductListTest.suite ( ) [static]  :  Test
CMLProductListTest.testCopy ( )  :  void
CMLProductListTest.testGetAtoms ( )  :  void
CMLProductListTest.testGetBonds ( )  :  void
CMLProductListTest.testGetFormulas ( )  :  void
CMLProductListTest.testGetMolecules ( )  :  void
CMLProductListTest.testGetReactionComponentChildren ( )  :  void
CMLProductListTest.testGetReactionComponentDescendants ( )  :  void

cdk-1.0.4.jar, CMLProductTest.class
package org.xmlcml.cml.element.test
CMLProductTest.CMLProductTest ( )
CMLProductTest.setUp ( )  :  void
CMLProductTest.suite ( ) [static]  :  Test
CMLProductTest.testCopy ( )  :  void
CMLProductTest.testGetAtoms ( )  :  void
CMLProductTest.testGetBonds ( )  :  void
CMLProductTest.testGetFormulas ( )  :  void
CMLProductTest.testGetMolecule ( )  :  void
CMLProductTest.testGetMolecules ( )  :  void
CMLProductTest.testGetOrCreateFormula ( )  :  void
CMLProductTest.testGetReactionComponentChildren ( )  :  void
CMLProductTest.testGetReactionComponentDescendants ( )  :  void

cdk-1.0.4.jar, CMLPropertyList.class
package org.xmlcml.cml.element
CMLPropertyList.checkPropertyNames ( File file, DictionaryMap dictionaryMap ) [static]  :  List

cdk-1.0.4.jar, CMLPropertyListTest.class
package org.xmlcml.cml.element.test
CMLPropertyListTest.CMLPropertyListTest ( )
CMLPropertyListTest.setUp ( )  :  void
CMLPropertyListTest.suite ( ) [static]  :  Test
CMLPropertyListTest.testCheckPropertyNames ( )  :  void
CMLPropertyListTest.testCopy ( )  :  void
CMLPropertyListTest.testGetPropertyDescendants ( )  :  void
CMLPropertyListTest.testGetPropertyDescendantsByDictRef ( )  :  void
CMLPropertyListTest.testGetPropertyDescendantsByName ( )  :  void
CMLPropertyListTest.testGetPropertyDescendantsCMLElement ( )  :  void

cdk-1.0.4.jar, CMLReactantListTest.class
package org.xmlcml.cml.element.test
CMLReactantListTest.CMLReactantListTest ( )
CMLReactantListTest.setUp ( )  :  void
CMLReactantListTest.suite ( ) [static]  :  Test
CMLReactantListTest.testCopy ( )  :  void
CMLReactantListTest.testGetAtoms ( )  :  void
CMLReactantListTest.testGetBonds ( )  :  void
CMLReactantListTest.testGetFormulas ( )  :  void
CMLReactantListTest.testGetMolecules ( )  :  void
CMLReactantListTest.testGetReactionComponentChildren ( )  :  void
CMLReactantListTest.testGetReactionComponentDescendants ( )  :  void

cdk-1.0.4.jar, CMLReactantTest.class
package org.xmlcml.cml.element.test
CMLReactantTest.CMLReactantTest ( )
CMLReactantTest.setUp ( )  :  void
CMLReactantTest.suite ( ) [static]  :  Test
CMLReactantTest.testCopy ( )  :  void
CMLReactantTest.testGetAtoms ( )  :  void
CMLReactantTest.testGetBonds ( )  :  void
CMLReactantTest.testGetFormulas ( )  :  void
CMLReactantTest.testGetMolecule ( )  :  void
CMLReactantTest.testGetMolecules ( )  :  void
CMLReactantTest.testGetOrCreateFormula ( )  :  void
CMLReactantTest.testGetReactionComponentChildren ( )  :  void
CMLReactantTest.testGetReactionComponentDescendants ( )  :  void

cdk-1.0.4.jar, CMLReaction.class
package org.xmlcml.cml.element
CMLReaction.concat ( Elements moleculeNodes1, List m2 )  :  List
CMLReaction.getReactionComponentChildren ( )  :  List
CMLReaction.getReactionComponentDescendants ( )  :  List
CMLReaction.moveSubstancesToReactants ( )  :  void

cdk-1.0.4.jar, CMLReactionComponentTest.class
package org.xmlcml.cml.element.test
CMLReactionComponentTest.CMLReactionComponentTest ( )
CMLReactionComponentTest.setUp ( )  :  void
CMLReactionComponentTest.suite ( ) [static]  :  Test
CMLReactionComponentTest.testGetAtoms ( )  :  void
CMLReactionComponentTest.testGetBonds ( )  :  void
CMLReactionComponentTest.testGetFormulas ( )  :  void
CMLReactionComponentTest.testGetMolecules ( )  :  void
CMLReactionComponentTest.testGetReactionComponentChildren ( )  :  void
CMLReactionComponentTest.testGetReactionComponentDescendants ( )  :  void

cdk-1.0.4.jar, CMLReactionTest.class
package org.xmlcml.cml.element.test
CMLReactionTest.CMLReactionTest ( )
CMLReactionTest.setUp ( )  :  void
CMLReactionTest.suite ( ) [static]  :  Test
CMLReactionTest.testCMLReactionCMLReaction ( )  :  void
CMLReactionTest.testConcat ( )  :  void
CMLReactionTest.testCopy ( )  :  void
CMLReactionTest.testGetAtoms ( )  :  void
CMLReactionTest.testGetBonds ( )  :  void
CMLReactionTest.testGetDescendantProducts ( )  :  void
CMLReactionTest.testGetDescendantReactants ( )  :  void
CMLReactionTest.testGetDescendantSpectators ( )  :  void
CMLReactionTest.testGetFilename ( )  :  void
CMLReactionTest.testGetFormulas ( )  :  void
CMLReactionTest.testGetIdString ( )  :  void
CMLReactionTest.testGetMolecules ( )  :  void
CMLReactionTest.testGetProductList ( )  :  void
CMLReactionTest.testGetReactantList ( )  :  void
CMLReactionTest.testGetReactionComponentChildren ( )  :  void
CMLReactionTest.testGetReactionComponentDescendants ( )  :  void
CMLReactionTest.testGetSpectatorMolecules ( )  :  void
CMLReactionTest.testMergeProductLists ( )  :  void
CMLReactionTest.testMergeReactantLists ( )  :  void
CMLReactionTest.testMoveSubstancesToReactants ( )  :  void
CMLReactionTest.testRemoveOrphanSubstances ( )  :  void

cdk-1.0.4.jar, CMLReader.class
package org.openscience.cdk.io
CMLReader.CMLReader ( Reader input ) *DEPRECATED*

cdk-1.0.4.jar, CMLRuntime.class
package org.xmlcml.cml.base
CMLRuntime.CMLRuntime ( )
CMLRuntime.CMLRuntime ( CMLException exception )
CMLRuntime.CMLRuntime ( ParsingException e, String msg )
CMLRuntime.CMLRuntime ( String msg )

cdk-1.0.4.jar, CMLScalar.class
package org.xmlcml.cml.element
CMLScalar.convertToSI ( UnitListMap unitListMap )  :  void
CMLScalar.getDictRefFromElementOrParent ( )  :  DictRefAttribute
CMLScalar.getUnit ( UnitListMap unitListMap )  :  CMLUnit
CMLScalar.setUnits ( String prefix, String idRef )  :  void

cdk-1.0.4.jar, CMLScalarTest.class
package org.xmlcml.cml.element.test
CMLScalarTest.CMLScalarTest ( )
CMLScalarTest.setUp ( )  :  void
CMLScalarTest.suite ( ) [static]  :  Test
CMLScalarTest.testCMLScalar ( )  :  void
CMLScalarTest.testCMLScalarCMLScalar ( )  :  void
CMLScalarTest.testCMLScalarDouble ( )  :  void
CMLScalarTest.testCMLScalarInt ( )  :  void
CMLScalarTest.testCMLScalarString ( )  :  void
CMLScalarTest.testConvertToSI ( )  :  void
CMLScalarTest.testCopy ( )  :  void
CMLScalarTest.testGetDataType ( )  :  void
CMLScalarTest.testGetDictRefFromElementOrParent ( )  :  void
CMLScalarTest.testGetDouble ( )  :  void
CMLScalarTest.testGetInt ( )  :  void
CMLScalarTest.testGetString ( )  :  void
CMLScalarTest.testGetUnit ( )  :  void
CMLScalarTest.testGetUnits ( )  :  void
CMLScalarTest.testParse ( )  :  void
CMLScalarTest.testPlus ( )  :  void
CMLScalarTest.testPlusEquals ( )  :  void
CMLScalarTest.testSetDataType ( )  :  void
CMLScalarTest.testSetUnitsStringString ( )  :  void
CMLScalarTest.testSetValueDouble ( )  :  void
CMLScalarTest.testSetValueInt ( )  :  void
CMLScalarTest.testSetValueString ( )  :  void
CMLScalarTest.testSubtract ( )  :  void
CMLScalarTest.testSubtractEquals ( )  :  void

cdk-1.0.4.jar, CMLSpectator.class
package org.xmlcml.cml.element
CMLSpectator.getFormula ( )  :  CMLFormula

cdk-1.0.4.jar, CMLSpectatorListTest.class
package org.xmlcml.cml.element.test
CMLSpectatorListTest.CMLSpectatorListTest ( )
CMLSpectatorListTest.setUp ( )  :  void
CMLSpectatorListTest.suite ( ) [static]  :  Test
CMLSpectatorListTest.testCopy ( )  :  void
CMLSpectatorListTest.testGetAtoms ( )  :  void
CMLSpectatorListTest.testGetBonds ( )  :  void
CMLSpectatorListTest.testGetFormulas ( )  :  void
CMLSpectatorListTest.testGetMolecules ( )  :  void
CMLSpectatorListTest.testGetReactionComponentChildren ( )  :  void
CMLSpectatorListTest.testGetReactionComponentDescendants ( )  :  void
CMLSpectatorListTest.testGetSpectatorMolecules ( )  :  void

cdk-1.0.4.jar, CMLSpectatorTest.class
package org.xmlcml.cml.element.test
CMLSpectatorTest.CMLSpectatorTest ( )
CMLSpectatorTest.setUp ( )  :  void
CMLSpectatorTest.suite ( ) [static]  :  Test
CMLSpectatorTest.testCopy ( )  :  void
CMLSpectatorTest.testGetAtoms ( )  :  void
CMLSpectatorTest.testGetBonds ( )  :  void
CMLSpectatorTest.testGetFormula ( )  :  void
CMLSpectatorTest.testGetFormulas ( )  :  void
CMLSpectatorTest.testGetMolecules ( )  :  void
CMLSpectatorTest.testGetReactionComponentChildren ( )  :  void
CMLSpectatorTest.testGetReactionComponentDescendants ( )  :  void
CMLSpectatorTest.testMergeChildMolecules ( )  :  void
CMLSpectatorTest.testMoveLabelledReactantsProducts ( )  :  void

cdk-1.0.4.jar, CMLSpectrumTest.class
package org.xmlcml.cml.element.test
CMLSpectrumTest.CMLSpectrumTest ( )
CMLSpectrumTest.setUp ( )  :  void
CMLSpectrumTest.suite ( ) [static]  :  Test
CMLSpectrumTest.testCMLSpectrum ( )  :  void
CMLSpectrumTest.testCMLSpectrumCMLSpectrum ( )  :  void
CMLSpectrumTest.testCopy ( )  :  void
CMLSpectrumTest.testGetAuntMolecule ( )  :  void
CMLSpectrumTest.testGetCouplingsTo ( )  :  void
CMLSpectrumTest.testGetDescendantPeaks ( )  :  void
CMLSpectrumTest.testGetSiblingMolecule ( )  :  void
CMLSpectrumTest.testGetSpectrum ( )  :  void
CMLSpectrumTest.testReadCMLSpectrum1 ( )  :  void
CMLSpectrumTest.testReadCMLSpectrum3 ( )  :  void
CMLSpectrumTest.testReadCMLSpectrum5 ( )  :  void

cdk-1.0.4.jar, CMLStmml.class
package org.xmlcml.cml.element
CMLStmml.CMLStmml ( )
CMLStmml.CMLStmml ( CMLStmml old )
CMLStmml.copy ( )  :  Node
CMLStmml.makeElementInContext ( Element parent ) [static]  :  CMLStmml

cdk-1.0.4.jar, CMLString.class
package org.xmlcml.cml.element
CMLString.CMLString ( )
CMLString.CMLString ( CMLString old )
CMLString.copy ( )  :  Node
CMLString.makeElementInContext ( Element parent ) [static]  :  CMLString

cdk-1.0.4.jar, CMLStringArray.class
package org.xmlcml.cml.element
CMLStringArray.CMLStringArray ( )
CMLStringArray.CMLStringArray ( CMLStringArray old )
CMLStringArray.copy ( )  :  Node
CMLStringArray.makeElementInContext ( Element parent ) [static]  :  CMLStringArray

cdk-1.0.4.jar, CMLSymmetryTest.class
package org.xmlcml.cml.element.test
CMLSymmetryTest.CMLSymmetryTest ( )
CMLSymmetryTest.setUp ( )  :  void
CMLSymmetryTest.suite ( ) [static]  :  Test
CMLSymmetryTest.testCMLSymmetryListOfCMLTransform3 ( )  :  void
CMLSymmetryTest.testCMLSymmetrymultiplyCMLSymmetry ( )  :  void
CMLSymmetryTest.testCMLSymmetryStringArray ( )  :  void
CMLSymmetryTest.testConvolute ( )  :  void
CMLSymmetryTest.testCopy ( )  :  void
CMLSymmetryTest.testCreateFromXYZStrings ( )  :  void
CMLSymmetryTest.testGetCentering ( )  :  void
CMLSymmetryTest.testGetNonTranslations ( )  :  void
CMLSymmetryTest.testGetPointGroupMultiplicity ( )  :  void
CMLSymmetryTest.testGetPureTranslations ( )  :  void
CMLSymmetryTest.testGetSpaceGroupMultiplicity ( )  :  void
CMLSymmetryTest.testIsEqualTo ( )  :  void
CMLSymmetryTest.testIsGroup ( )  :  void
CMLSymmetryTest.testIsSpaceGroup ( )  :  void
CMLSymmetryTest.testNormalizeCrystallographically ( )  :  void

cdk-1.0.4.jar, CMLTableHeader.class
package org.xmlcml.cml.element
CMLTableHeader.getTitles ( )  :  List

cdk-1.0.4.jar, CMLTableTest.class
package org.xmlcml.cml.element.test
CMLTableTest.CMLTableTest ( )
CMLTableTest.setUp ( )  :  void
CMLTableTest.suite ( ) [static]  :  Test
CMLTableTest.testCopy ( )  :  void
CMLTableTest.testGetColumns ( )  :  void
CMLTableTest.testGetColumnValuesList ( )  :  void
CMLTableTest.testGetRows ( )  :  void
CMLTableTest.testWriteHTML ( )  :  void

cdk-1.0.4.jar, CMLTcell.class
package org.xmlcml.cml.element
CMLTcell.CMLTcell ( )
CMLTcell.CMLTcell ( CMLTcell old )
CMLTcell.copy ( )  :  Node
CMLTcell.makeElementInContext ( Element parent ) [static]  :  CMLTcell
CMLTcell.writeHTML ( Writer w )  :  void

cdk-1.0.4.jar, CMLTorsion.class
package org.xmlcml.cml.element
CMLTorsion.getIndexedTorsions ( CMLTorsion[ ] torsion ) [static]  :  Map

cdk-1.0.4.jar, CMLTorsionTest.class
package org.xmlcml.cml.element.test
CMLTorsionTest.CMLTorsionTest ( )
CMLTorsionTest.setUp ( )  :  void
CMLTorsionTest.suite ( ) [static]  :  Test
CMLTorsionTest.testAtomHash ( )  :  void
CMLTorsionTest.testCopy ( )  :  void
CMLTorsionTest.testGetAtoms ( )  :  void
CMLTorsionTest.testGetCalculatedTorsion ( )  :  void
CMLTorsionTest.testGetIndexedTorsions ( )  :  void

cdk-1.0.4.jar, CMLTransform3Test.class
package org.xmlcml.cml.element.test
CMLTransform3Test.assertEquals ( String p1, CMLTransform3 p2, CMLTransform3 p3, double p4 ) [static]  :  void
CMLTransform3Test.assertEquals ( String p1, double[ ] p2, CMLTransform3 p3, double p4 ) [static]  :  void
CMLTransform3Test.CMLTransform3Test ( )
CMLTransform3Test.suite ( ) [static]  :  Test
CMLTransform3Test.testCMLTransform3 ( )  :  void
CMLTransform3Test.testCMLTransform3CMLLine3Double ( )  :  void
CMLTransform3Test.testCMLTransform3CMLTransform3 ( )  :  void
CMLTransform3Test.testCMLTransform3CMLTransform3CMLPoint3 ( )  :  void
CMLTransform3Test.testCMLTransform3CMLVector3 ( )  :  void
CMLTransform3Test.testCMLTransform3CMLVector3CMLVector3 ( )  :  void
CMLTransform3Test.testCMLTransform3CMLVector3CMLVector3CMLVector3 ( )  :  void
CMLTransform3Test.testCMLTransform3CMLVector3Double ( )  :  void
CMLTransform3Test.testCMLTransform3DoubleArray ( )  :  void
CMLTransform3Test.testCMLTransform3DoubleDoubleDouble ( )  :  void
CMLTransform3Test.testCMLTransform3Int ( )  :  void
CMLTransform3Test.testCMLTransform3IntDouble ( )  :  void
CMLTransform3Test.testCMLTransform3String ( )  :  void
CMLTransform3Test.testCMLTransform3Type ( )  :  void
CMLTransform3Test.testConcatenate ( )  :  void
CMLTransform3Test.testCopy ( )  :  void
CMLTransform3Test.testEqualsCMLTransform3 ( )  :  void
CMLTransform3Test.testGetAxisAndAngle ( )  :  void
CMLTransform3Test.testGetCentreOfRotation ( )  :  void
CMLTransform3Test.testGetEuclidTransform3 ( )  :  void
CMLTransform3Test.testGetMatrix ( )  :  void
CMLTransform3Test.testGetMatrixAsArray ( )  :  void
CMLTransform3Test.testGetRow ( )  :  void
CMLTransform3Test.testGetScales ( )  :  void
CMLTransform3Test.testGetString ( )  :  void
CMLTransform3Test.testGetTransformationType ( )  :  void
CMLTransform3Test.testGetTranslation ( )  :  void
CMLTransform3Test.testHasNonZeroTranslationComponent ( )  :  void
CMLTransform3Test.testIndexOfListCMLTransform3CMLTransform3double ( )  :  void
CMLTransform3Test.testIndexOfListOfCMLTransform3CMLTransform3Double ( )  :  void
CMLTransform3Test.testIsEqualToCMLTransform3 ( )  :  void
CMLTransform3Test.testIsEqualToCMLTransform3Double ( )  :  void
CMLTransform3Test.testIsPureTranslation ( )  :  void
CMLTransform3Test.testIsUnit ( )  :  void
CMLTransform3Test.testNormalizeCrystallographically ( )  :  void
CMLTransform3Test.testParse ( )  :  void
CMLTransform3Test.testSetMatrix ( )  :  void
CMLTransform3Test.testSetTransformationType ( )  :  void
CMLTransform3Test.testTransform ( )  :  void

cdk-1.0.4.jar, CMLTrow.class
package org.xmlcml.cml.element
CMLTrow.CMLTrow ( )
CMLTrow.CMLTrow ( CMLTrow old )
CMLTrow.copy ( )  :  Node
CMLTrow.makeElementInContext ( Element parent ) [static]  :  CMLTrow
CMLTrow.writeHTML ( Writer w )  :  void

cdk-1.0.4.jar, CMLTypeList.class
package org.xmlcml.cml.element
CMLTypeList.CMLTypeList ( )
CMLTypeList.getType ( String name ) [static]  :  CMLType

cdk-1.0.4.jar, CMLUnit.class
package org.xmlcml.cml.element
CMLUnit.CMLUnit ( )
CMLUnit.CMLUnit ( CMLUnit old )
CMLUnit.computeUnit ( UnitListMap unitListMap, boolean addUnitType )  :  void
CMLUnit.copy ( )  :  Node
CMLUnit.getCMLUnitType ( )  :  CMLUnitType
CMLUnit.getId ( )  :  String
CMLUnit.getNamespace ( )  :  String
CMLUnit.getParentCMLUnitList ( )  :  CMLUnitList
CMLUnit.getParentSIUnit ( )  :  CMLUnit
CMLUnit.getPower ( )  :  double
CMLUnit.getSIUnit ( )  :  CMLUnit
CMLUnit.getUnitListMap ( )  :  UnitListMap
CMLUnit.isSIUnit ( )  :  boolean
CMLUnit.makeElementInContext ( Element parent ) [static]  :  CMLUnit
CMLUnit.setUnitListMap ( UnitListMap unitListMap )  :  void
CMLUnit.setUnitsOn ( HasUnits element )  :  void
CMLUnit.writeHTML ( Writer w )  :  void

cdk-1.0.4.jar, CMLUnitList.class
package org.xmlcml.cml.element
CMLUnitList.addUnit ( CMLUnit unit )  :  void
CMLUnitList.CMLUnitList ( )
CMLUnitList.CMLUnitList ( CMLUnitList old )
CMLUnitList.copy ( )  :  Node
CMLUnitList.createDictionary ( File file )  :  GenericDictionary
CMLUnitList.createDictionaryMap ( File file, boolean useSubdirectories )  :  GenericDictionaryMap
CMLUnitList.createUnitList ( File file ) [static]  :  CMLUnitList
CMLUnitList.getGenericEntry ( String id )  :  GenericEntry *DEPRECATED*
CMLUnitList.getSIUnitList ( )  :  CMLUnitList
CMLUnitList.getSIUnitList ( UnitListMap unitListMap )  :  CMLUnitList
CMLUnitList.getUnit ( String id )  :  CMLUnit
CMLUnitList.getUnitListMap ( )  :  UnitListMap
CMLUnitList.indexEntries ( )  :  void
CMLUnitList.isSIUnitList ( )  :  boolean
CMLUnitList.makeElementInContext ( Element parent ) [static]  :  CMLUnitList
CMLUnitList.removeUnit ( CMLUnit unit )  :  void
CMLUnitList.setSIUnitList ( CMLUnitList siUnitList )  :  void
CMLUnitList.setUnitListMap ( UnitListMap unitListMap )  :  void
CMLUnitList.size ( )  :  int
CMLUnitList.writeHTML ( Writer w )  :  void

cdk-1.0.4.jar, CMLUnitListTest.class
package org.xmlcml.cml.element.test
CMLUnitListTest.CMLUnitListTest ( )
CMLUnitListTest.setUp ( )  :  void
CMLUnitListTest.suite ( ) [static]  :  Test
CMLUnitListTest.testAddUnitCMLUnit ( )  :  void
CMLUnitListTest.testAddUnitTypeCMLUnitType ( )  :  void
CMLUnitListTest.testCheckSIUnitList ( )  :  void
CMLUnitListTest.testCMLUnitList ( )  :  void
CMLUnitListTest.testCMLUnitListCMLUnitList ( )  :  void
CMLUnitListTest.testCopy ( )  :  void
CMLUnitListTest.testCreateDictionary ( )  :  void
CMLUnitListTest.testCreateDictionaryMap ( )  :  void
CMLUnitListTest.testCreateUnitList ( )  :  void
CMLUnitListTest.testGetGenericEntry ( )  :  void
CMLUnitListTest.testGetSIUnitList ( )  :  void
CMLUnitListTest.testGetSIUnitListUnitListMap ( )  :  void
CMLUnitListTest.testGetUnit ( )  :  void
CMLUnitListTest.testGetUnitListMap ( )  :  void
CMLUnitListTest.testGetUnitType ( )  :  void
CMLUnitListTest.testIndexEntries ( )  :  void
CMLUnitListTest.testIsSIUnitList ( )  :  void
CMLUnitListTest.testRemoveUnit ( )  :  void
CMLUnitListTest.testRemoveUnitType ( )  :  void
CMLUnitListTest.testSetSIUnitList ( )  :  void
CMLUnitListTest.testSetUnitListMap ( )  :  void
CMLUnitListTest.testSize ( )  :  void
CMLUnitListTest.testWriteHTML ( )  :  void

cdk-1.0.4.jar, CMLUnitTest.class
package org.xmlcml.cml.element.test
CMLUnitTest.CMLUnitTest ( )
CMLUnitTest.setUp ( )  :  void
CMLUnitTest.suite ( ) [static]  :  Test
CMLUnitTest.testComputeUnit ( )  :  void
CMLUnitTest.testComputeUnitUnitListMap ( )  :  void
CMLUnitTest.testCopy ( )  :  void
CMLUnitTest.testGetCMLUnitType ( )  :  void
CMLUnitTest.testGetId ( )  :  void
CMLUnitTest.testGetNamespace ( )  :  void
CMLUnitTest.testGetParentCMLUnitList ( )  :  void
CMLUnitTest.testGetParentSIUnit ( )  :  void
CMLUnitTest.testGetPower ( )  :  void
CMLUnitTest.testGetReferencedUnitType ( )  :  void
CMLUnitTest.testGetSIUnit ( )  :  void
CMLUnitTest.testGetSIUnitList ( )  :  void
CMLUnitTest.testGetUnitListMap ( )  :  void
CMLUnitTest.testIsSIUnit ( )  :  void
CMLUnitTest.testSetUnitListMap ( )  :  void
CMLUnitTest.testSetUnitsOn ( )  :  void
CMLUnitTest.testWriteHTML ( )  :  void

cdk-1.0.4.jar, CMLUnitType.class
package org.xmlcml.cml.element
CMLUnitType.CMLUnitType ( )
CMLUnitType.CMLUnitType ( CMLUnitType old )
CMLUnitType.composeDimensionsFrom ( CMLDimension dimension, int power )  :  void
CMLUnitType.composeDimensionsFrom ( CMLUnitType unitType, int power )  :  void
CMLUnitType.copy ( )  :  Node
CMLUnitType.getId ( )  :  String
CMLUnitType.getParentCMLUnitList ( )  :  CMLUnitList
CMLUnitType.makeElementInContext ( Element parent ) [static]  :  CMLUnitType
CMLUnitType.writeHTML ( Writer w )  :  void

cdk-1.0.4.jar, CMLUnitTypeList.class
package org.xmlcml.cml.element
CMLUnitTypeList.addUnitType ( CMLUnitType unitType )  :  void
CMLUnitTypeList.CMLUnitTypeList ( )
CMLUnitTypeList.CMLUnitTypeList ( CMLUnitTypeList old )
CMLUnitTypeList.copy ( )  :  Node
CMLUnitTypeList.createDictionary ( File file )  :  GenericDictionary
CMLUnitTypeList.createDictionaryMap ( File file, boolean useSubdirectories )  :  GenericDictionaryMap
CMLUnitTypeList.createUnitTypeList ( File file ) [static]  :  CMLUnitTypeList
CMLUnitTypeList.getGenericEntry ( String id )  :  GenericEntry *DEPRECATED*
CMLUnitTypeList.getSIUnitList ( )  :  CMLUnitList
CMLUnitTypeList.getUnitListMap ( )  :  UnitListMap
CMLUnitTypeList.getUnitType ( String id )  :  CMLUnitType
CMLUnitTypeList.indexEntries ( )  :  void
CMLUnitTypeList.makeElementInContext ( Element parent ) [static]  :  CMLUnitTypeList
CMLUnitTypeList.removeUnitType ( CMLUnitType unitType )  :  void
CMLUnitTypeList.setSIUnitList ( CMLUnitList siUnitList )  :  void
CMLUnitTypeList.setUnitListMap ( UnitListMap unitListMap )  :  void
CMLUnitTypeList.size ( )  :  int
CMLUnitTypeList.writeHTML ( Writer w )  :  void

cdk-1.0.4.jar, CMLUnitTypeListTest.class
package org.xmlcml.cml.element.test
CMLUnitTypeListTest.CMLUnitTypeListTest ( )
CMLUnitTypeListTest.setUp ( )  :  void
CMLUnitTypeListTest.suite ( ) [static]  :  Test
CMLUnitTypeListTest.testAddUnitTypeCMLUnitType ( )  :  void
CMLUnitTypeListTest.testCopy ( )  :  void
CMLUnitTypeListTest.testCreateDictionary ( )  :  void
CMLUnitTypeListTest.testCreateDictionaryMap ( )  :  void
CMLUnitTypeListTest.testCreateUnitTypeList ( )  :  void
CMLUnitTypeListTest.testGetSIUnitList ( )  :  void
CMLUnitTypeListTest.testGetUnitListMap ( )  :  void
CMLUnitTypeListTest.testGetUnitType ( )  :  void
CMLUnitTypeListTest.testIndexEntries ( )  :  void
CMLUnitTypeListTest.testRemoveUnitType ( )  :  void
CMLUnitTypeListTest.testSetSIUnitList ( )  :  void
CMLUnitTypeListTest.testSetUnitListMap ( )  :  void
CMLUnitTypeListTest.testSize ( )  :  void
CMLUnitTypeListTest.testWriteHTML ( )  :  void

cdk-1.0.4.jar, CMLUnitTypeTest.class
package org.xmlcml.cml.element.test
CMLUnitTypeTest.CMLUnitTypeTest ( )
CMLUnitTypeTest.setUp ( )  :  void
CMLUnitTypeTest.suite ( ) [static]  :  Test
CMLUnitTypeTest.testComposeDimensionsFromCMLDimensionInt ( )  :  void
CMLUnitTypeTest.testComposeDimensionsFromCMLUnitTypeInt ( )  :  void
CMLUnitTypeTest.testCopy ( )  :  void
CMLUnitTypeTest.testGetId ( )  :  void
CMLUnitTypeTest.testGetParentCMLUnitList ( )  :  void
CMLUnitTypeTest.testWriteHTML ( )  :  void

cdk-1.0.4.jar, CMLUtil.class
package org.xmlcml.cml.base
CMLUtil.addElement ( String[ ] array, String s ) [static]  :  String[ ]
CMLUtil.debug ( Element el, OutputStream os ) [static]  :  void
CMLUtil.nullAttributeName ( ) [static]  :  void
CMLUtil.nullAttributeValue ( String name ) [static]  :  void
CMLUtil.nullValue ( ) [static]  :  void
CMLUtil.removeElement ( String[ ] array, String s ) [static]  :  String[ ]
CMLUtil.toDouble ( String s ) [static]  :  double
CMLUtil.toInt ( String s ) [static]  :  int

cdk-1.0.4.jar, CMLVector3Test.class
package org.xmlcml.cml.element.test
CMLVector3Test.assertEquals ( String p1, CMLVector3 p2, CMLVector3 p3, double p4 ) [static]  :  void
CMLVector3Test.assertEquals ( String p1, double[ ] p2, CMLVector3 p3, double p4 ) [static]  :  void
CMLVector3Test.CMLVector3Test ( )
CMLVector3Test.setUp ( )  :  void
CMLVector3Test.suite ( ) [static]  :  Test
CMLVector3Test.testCMLVector3 ( )  :  void
CMLVector3Test.testCMLVector3CMLPoint3 ( )  :  void
CMLVector3Test.testCMLVector3CMLVector3 ( )  :  void
CMLVector3Test.testCMLVector3DoubleArray ( )  :  void
CMLVector3Test.testCMLVector3DoubleDoubleDouble ( )  :  void
CMLVector3Test.testCMLVector3Vector3 ( )  :  void
CMLVector3Test.testCopy ( )  :  void
CMLVector3Test.testDot ( )  :  void
CMLVector3Test.testElementAt ( )  :  void
CMLVector3Test.testEqualsCMLVector3 ( )  :  void
CMLVector3Test.testGetAngleMadeWith ( )  :  void
CMLVector3Test.testGetCrossProduct ( )  :  void
CMLVector3Test.testGetEuclidVector3 ( )  :  void
CMLVector3Test.testGetLength ( )  :  void
CMLVector3Test.testGetNonColinearVector ( )  :  void
CMLVector3Test.testGetPerpendicularVector ( )  :  void
CMLVector3Test.testGetScalarTripleProduct ( )  :  void
CMLVector3Test.testGetString ( )  :  void
CMLVector3Test.testGetXYZ3 ( )  :  void
CMLVector3Test.testIsColinearVector ( )  :  void
CMLVector3Test.testIsEqualToCMLVector3 ( )  :  void
CMLVector3Test.testIsEqualToCMLVector3Double ( )  :  void
CMLVector3Test.testIsZero ( )  :  void
CMLVector3Test.testLongerThan ( )  :  void
CMLVector3Test.testMultiplyBy ( )  :  void
CMLVector3Test.testNormalize ( )  :  void
CMLVector3Test.testPlus ( )  :  void
CMLVector3Test.testProjectOnto ( )  :  void
CMLVector3Test.testSetElementAt ( )  :  void
CMLVector3Test.testSetXYZ3 ( )  :  void
CMLVector3Test.testSubtract ( )  :  void
CMLVector3Test.testTransform ( )  :  void

cdk-1.0.4.jar, Collection.class
package org.apache.xindice.core
Collection.close ( )  :  boolean
Collection.Collection ( )
Collection.Collection ( Collection collection )
Collection.create ( )  :  boolean
Collection.createCollection ( String path, Configuration config )  :  Collection
Collection.createIndexer ( Configuration config )  :  Indexer
Collection.createNewKey ( Object key )  :  Key
Collection.createNewOID ( )  :  Key
Collection.createXMLObject ( Configuration config )  :  XMLObject
Collection.dispose ( )  :  void
Collection.drop ( )  :  boolean
Collection.dropCollection ( Collection collection )  :  boolean
Collection.dropIndexer ( Indexer index )  :  boolean
Collection.dropXMLObject ( XMLObject xmlObject )  :  boolean
Collection.exists ( )  :  boolean
Collection.flushSymbolTable ( )  :  void
Collection.getCanonicalDocumentName ( Key key )  :  String
Collection.getCanonicalName ( )  :  String
Collection.getCollectionRoot ( )  :  File
Collection.getContainer ( Object docKey )  :  Container
Collection.getDatabase ( )  :  Database
Collection.getDocument ( Object docKey )  :  Document
Collection.getDocumentCount ( )  :  long
Collection.getDocumentSet ( )  :  DocumentSet
Collection.getFiler ( )  :  Filer
Collection.getIndexer ( String name )  :  Indexer
Collection.getIndexManager ( )  :  IndexManager
Collection.getName ( )  :  String
Collection.getObject ( Object key )  :  XMLSerializable
Collection.getParentCollection ( )  :  Collection
Collection.getQueryEngine ( )  :  QueryEngine
Collection.getSymbols ( )  :  SymbolTable
Collection.getSystemCollection ( )  :  SystemCollection
Collection.getXMLObject ( String name )  :  XMLObject
Collection.getXMLObjectManager ( )  :  XMLObjectManager
Collection.insertDocument ( Document document )  :  Key
Collection.insertDocument ( Object docKey, Document document )  :  void
Collection.insertObject ( String key, XMLSerializable obj )  :  void
Collection.insertObject ( XMLSerializable obj )  :  Key
Collection.isOpened ( )  :  boolean
Collection.listDocuments ( )  :  String[ ]
Collection.listIndexers ( )  :  String[ ]
Collection.listXMLObjects ( )  :  String[ ]
Collection.open ( )  :  boolean
Collection.queryCollection ( String style, String query, NamespaceMap nsMap )  :  NodeSet
Collection.queryDocument ( String style, String query, NamespaceMap nsMap, Object key )  :  NodeSet
Collection.remove ( Object key )  :  void
Collection.setCanonicalName ( String canonicalName )  :  void
Collection.setCollectionRoot ( File collectionRoot )  :  void
Collection.setConfig ( Configuration config )  :  void
Collection.setDocument ( Object docKey, Document document )  :  void
Collection.setObject ( Object key, XMLSerializable obj )  :  void
package org.xmldb.api.base
Collection.close ( ) [abstract]  :  void
Collection.createId ( ) [abstract]  :  String
Collection.createResource ( String p1, String p2 ) [abstract]  :  Resource
Collection.getChildCollection ( String p1 ) [abstract]  :  Collection
Collection.getChildCollectionCount ( ) [abstract]  :  int
Collection.getName ( ) [abstract]  :  String
Collection.getParentCollection ( ) [abstract]  :  Collection
Collection.getResource ( String p1 ) [abstract]  :  Resource
Collection.getResourceCount ( ) [abstract]  :  int
Collection.getService ( String p1, String p2 ) [abstract]  :  Service
Collection.getServices ( ) [abstract]  :  Service[ ]
Collection.isOpen ( ) [abstract]  :  boolean
Collection.listChildCollections ( ) [abstract]  :  String[ ]
Collection.listResources ( ) [abstract]  :  String[ ]
Collection.removeResource ( Resource p1 ) [abstract]  :  void
Collection.storeResource ( Resource p1 ) [abstract]  :  void

cdk-1.0.4.jar, CollectionHelper.class
package org.apache.xindice.client.corba.db
CollectionHelper.CollectionHelper ( )
CollectionHelper.extract ( CORBA.Any a ) [static]  :  Collection
CollectionHelper.id ( ) [static]  :  String
CollectionHelper.insert ( CORBA.Any a, Collection t ) [static]  :  void
CollectionHelper.narrow ( CORBA.Object obj ) [static]  :  Collection
CollectionHelper.read ( CORBA.portable.InputStream istream ) [static]  :  Collection
CollectionHelper.type ( ) [static]  :  CORBA.TypeCode
CollectionHelper.unchecked_narrow ( CORBA.Object obj ) [static]  :  Collection
CollectionHelper.write ( CORBA.portable.OutputStream ostream, Collection value ) [static]  :  void

cdk-1.0.4.jar, CollectionHolder.class
package org.apache.xindice.client.corba.db
CollectionHolder._read ( CORBA.portable.InputStream istream )  :  void
CollectionHolder._type ( )  :  CORBA.TypeCode
CollectionHolder._write ( CORBA.portable.OutputStream ostream )  :  void
CollectionHolder.CollectionHolder ( )
CollectionHolder.CollectionHolder ( Collection initial )

cdk-1.0.4.jar, CollectionImpl.class
package org.apache.xindice.client.xmldb
CollectionImpl.checkOpen ( )  :  void
CollectionImpl.close ( )  :  void
CollectionImpl.CollectionImpl ( Collection collection, Database db, DatabaseImpl database )
CollectionImpl.createId ( )  :  String
CollectionImpl.createResource ( String id, String type )  :  Resource
CollectionImpl.getCanonicalName ( )  :  String
CollectionImpl.getChildCollection ( String name )  :  Collection
CollectionImpl.getChildCollectionCount ( )  :  int
CollectionImpl.getName ( )  :  String
CollectionImpl.getParentCollection ( )  :  Collection
CollectionImpl.getResource ( String id )  :  Resource
CollectionImpl.getResourceCount ( )  :  int
CollectionImpl.getServerObject ( )  :  Collection
CollectionImpl.getService ( String name, String version )  :  Service
CollectionImpl.getServices ( )  :  Service[ ]
CollectionImpl.isOpen ( )  :  boolean
CollectionImpl.listChildCollections ( )  :  String[ ]
CollectionImpl.listResources ( )  :  String[ ]
CollectionImpl.registerService ( Service service )  :  void
CollectionImpl.remove ( )  :  void
CollectionImpl.removeResource ( Resource resource )  :  void
CollectionImpl.storeResource ( Resource resource )  :  void

cdk-1.0.4.jar, CollectionManagementService.class
package org.xmldb.api.modules
CollectionManagementService.createCollection ( String p1 ) [abstract]  :  Collection
CollectionManagementService.removeCollection ( String p1 ) [abstract]  :  void

cdk-1.0.4.jar, CollectionManager.class
package org.apache.xindice.client.xmldb.services
CollectionManager.CollectionManager ( CollectionManager manager, Database db, DatabaseImpl database )
CollectionManager.createCollection ( String name )  :  Collection
CollectionManager.createCollection ( String path, Document configuration )  :  Collection
CollectionManager.createIndexer ( Document configuration )  :  void
CollectionManager.createXMLObject ( Document configuration )  :  void
CollectionManager.dropCollection ( String name )  :  void
CollectionManager.dropIndexer ( String name )  :  void
CollectionManager.dropXMLObject ( String name )  :  void
CollectionManager.getCanonicalName ( )  :  String
CollectionManager.getCollectionName ( )  :  String
CollectionManager.getName ( )  :  String
CollectionManager.getServerObject ( )  :  CollectionManager
CollectionManager.getVersion ( )  :  String
CollectionManager.listIndexers ( )  :  String[ ]
CollectionManager.listXMLObjects ( )  :  String[ ]
CollectionManager.remove ( )  :  void
CollectionManager.removeCollection ( String name )  :  void
CollectionManager.setCollection ( Collection col )  :  void
package org.apache.xindice.core
CollectionManager.CollectionManager ( )
CollectionManager.createCollection ( String path, Configuration cfg )  :  Collection
CollectionManager.dispose ( )  :  void
CollectionManager.dropCollection ( Collection collection )  :  boolean
CollectionManager.getCollection ( String path )  :  Collection
CollectionManager.getConfig ( )  :  Configuration
CollectionManager.listCollections ( )  :  String[ ]
CollectionManager.setConfig ( Configuration config )  :  void

cdk-1.0.4.jar, CollectionManagerHelper.class
package org.apache.xindice.client.corba.db
CollectionManagerHelper.CollectionManagerHelper ( )
CollectionManagerHelper.extract ( CORBA.Any a ) [static]  :  CollectionManager
CollectionManagerHelper.id ( ) [static]  :  String
CollectionManagerHelper.insert ( CORBA.Any a, CollectionManager t ) [static]  :  void
CollectionManagerHelper.narrow ( CORBA.Object obj ) [static]  :  CollectionManager
CollectionManagerHelper.read ( CORBA.portable.InputStream istream ) [static]  :  CollectionManager
CollectionManagerHelper.type ( ) [static]  :  CORBA.TypeCode
CollectionManagerHelper.unchecked_narrow ( CORBA.Object obj ) [static]  :  CollectionManager
CollectionManagerHelper.write ( CORBA.portable.OutputStream ostream, CollectionManager value ) [static]  :  void

cdk-1.0.4.jar, CollectionManagerHolder.class
package org.apache.xindice.client.corba.db
CollectionManagerHolder._read ( CORBA.portable.InputStream istream )  :  void
CollectionManagerHolder._type ( )  :  CORBA.TypeCode
CollectionManagerHolder._write ( CORBA.portable.OutputStream ostream )  :  void
CollectionManagerHolder.CollectionManagerHolder ( )
CollectionManagerHolder.CollectionManagerHolder ( CollectionManager initial )

cdk-1.0.4.jar, CollectionManagerOperations.class
package org.apache.xindice.client.corba.db
CollectionManagerOperations.createCollection ( String p1, EncodedBuffer p2 ) [abstract]  :  Collection
CollectionManagerOperations.createIndexer ( EncodedBuffer p1 ) [abstract]  :  void
CollectionManagerOperations.createXMLObject ( EncodedBuffer p1 ) [abstract]  :  void
CollectionManagerOperations.dropCollection ( String p1 ) [abstract]  :  void
CollectionManagerOperations.dropIndexer ( String p1 ) [abstract]  :  void
CollectionManagerOperations.dropXMLObject ( String p1 ) [abstract]  :  void
CollectionManagerOperations.getCanonicalName ( ) [abstract]  :  String
CollectionManagerOperations.getName ( ) [abstract]  :  String
CollectionManagerOperations.listIndexers ( ) [abstract]  :  String[ ]
CollectionManagerOperations.listXMLObjects ( ) [abstract]  :  String[ ]

cdk-1.0.4.jar, CollectionManagerPOA.class
package org.apache.xindice.client.corba.db
CollectionManagerPOA._all_interfaces ( PortableServer.POA poa, byte[ ] objectId )  :  String[ ]
CollectionManagerPOA._invoke ( String opName, CORBA.portable.InputStream _is, CORBA.portable.ResponseHandler handler )  :  CORBA.portable.OutputStream
CollectionManagerPOA._this ( )  :  CollectionManager
CollectionManagerPOA._this ( CORBA.ORB orb )  :  CollectionManager
CollectionManagerPOA.CollectionManagerPOA ( )

cdk-1.0.4.jar, CollectionManagerPOATie.class
package org.apache.xindice.client.corba.db
CollectionManagerPOATie._default_POA ( )  :  PortableServer.POA
CollectionManagerPOATie._delegate ( )  :  CollectionManagerOperations
CollectionManagerPOATie._delegate ( CollectionManagerOperations delegate_ )  :  void
CollectionManagerPOATie.CollectionManagerPOATie ( CollectionManagerOperations tieObject )
CollectionManagerPOATie.CollectionManagerPOATie ( CollectionManagerOperations tieObject, PortableServer.POA poa )
CollectionManagerPOATie.createCollection ( String path, EncodedBuffer config )  :  Collection
CollectionManagerPOATie.createIndexer ( EncodedBuffer config )  :  void
CollectionManagerPOATie.createXMLObject ( EncodedBuffer config )  :  void
CollectionManagerPOATie.dropCollection ( String path )  :  void
CollectionManagerPOATie.dropIndexer ( String nam )  :  void
CollectionManagerPOATie.dropXMLObject ( String nam )  :  void
CollectionManagerPOATie.getCanonicalName ( )  :  String
CollectionManagerPOATie.getName ( )  :  String
CollectionManagerPOATie.listIndexers ( )  :  String[ ]
CollectionManagerPOATie.listXMLObjects ( )  :  String[ ]
CollectionManagerPOATie.remove ( )  :  void

cdk-1.0.4.jar, CollectionManagerServant.class
package org.apache.xindice.client.corba
CollectionManagerServant.CollectionManagerServant ( Collection collection )
CollectionManagerServant.createCollection ( String path, EncodedBuffer config )  :  Collection
CollectionManagerServant.createIndexer ( EncodedBuffer config )  :  void
CollectionManagerServant.createXMLObject ( EncodedBuffer config )  :  void
CollectionManagerServant.dropCollection ( String nam )  :  void
CollectionManagerServant.dropIndexer ( String nam )  :  void
CollectionManagerServant.dropXMLObject ( String nam )  :  void
CollectionManagerServant.getCanonicalName ( )  :  String
CollectionManagerServant.getName ( )  :  String
CollectionManagerServant.listIndexers ( )  :  String[ ]
CollectionManagerServant.listXMLObjects ( )  :  String[ ]
CollectionManagerServant.remove ( )  :  void

cdk-1.0.4.jar, CollectionOperations.class
package org.apache.xindice.client.corba.db
CollectionOperations.createNewOID ( ) [abstract]  :  String
CollectionOperations.getCanonicalName ( ) [abstract]  :  String
CollectionOperations.getCollection ( String p1 ) [abstract]  :  Collection
CollectionOperations.getCollectionManager ( ) [abstract]  :  CollectionManager
CollectionOperations.getDocument ( String p1, long p2 ) [abstract]  :  EncodedBuffer
CollectionOperations.getDocumentCount ( ) [abstract]  :  int
CollectionOperations.getDocuments ( ) [abstract]  :  DocumentSet
CollectionOperations.getName ( ) [abstract]  :  String
CollectionOperations.getParentCollection ( ) [abstract]  :  Collection
CollectionOperations.insertDocument ( String p1, EncodedBuffer p2 ) [abstract]  :  String
CollectionOperations.invokeXMLObject ( String p1 ) [abstract]  :  EncodedBuffer
CollectionOperations.listCollections ( ) [abstract]  :  String[ ]
CollectionOperations.listDocuments ( ) [abstract]  :  String[ ]
CollectionOperations.queryCollection ( String p1, String p2, NamedVal[ ] p3, long p4 ) [abstract]  :  EncodedBuffer
CollectionOperations.queryDocument ( String p1, String p2, NamedVal[ ] p3, String p4, long p5 ) [abstract]  :  EncodedBuffer
CollectionOperations.removeDocument ( String p1 ) [abstract]  :  void
CollectionOperations.setDocument ( String p1, EncodedBuffer p2 ) [abstract]  :  void

cdk-1.0.4.jar, CollectionPOA.class
package org.apache.xindice.client.corba.db
CollectionPOA._all_interfaces ( PortableServer.POA poa, byte[ ] objectId )  :  String[ ]
CollectionPOA._invoke ( String opName, CORBA.portable.InputStream _is, CORBA.portable.ResponseHandler handler )  :  CORBA.portable.OutputStream
CollectionPOA._this ( )  :  Collection
CollectionPOA._this ( CORBA.ORB orb )  :  Collection
CollectionPOA.CollectionPOA ( )

cdk-1.0.4.jar, CollectionPOATie.class
package org.apache.xindice.client.corba.db
CollectionPOATie._default_POA ( )  :  PortableServer.POA
CollectionPOATie._delegate ( )  :  CollectionOperations
CollectionPOATie._delegate ( CollectionOperations delegate_ )  :  void
CollectionPOATie.CollectionPOATie ( CollectionOperations tieObject )
CollectionPOATie.CollectionPOATie ( CollectionOperations tieObject, PortableServer.POA poa )
CollectionPOATie.createNewOID ( )  :  String
CollectionPOATie.getCanonicalName ( )  :  String
CollectionPOATie.getCollection ( String path )  :  Collection
CollectionPOATie.getCollectionManager ( )  :  CollectionManager
CollectionPOATie.getDocument ( String id, long stamp )  :  EncodedBuffer
CollectionPOATie.getDocumentCount ( )  :  int
CollectionPOATie.getDocuments ( )  :  DocumentSet
CollectionPOATie.getName ( )  :  String
CollectionPOATie.getParentCollection ( )  :  Collection
CollectionPOATie.insertDocument ( String nam, EncodedBuffer doc )  :  String
CollectionPOATie.invokeXMLObject ( String uri )  :  EncodedBuffer
CollectionPOATie.listCollections ( )  :  String[ ]
CollectionPOATie.listDocuments ( )  :  String[ ]
CollectionPOATie.queryCollection ( String style, String query, NamedVal[ ] namespaces, long stamp )  :  EncodedBuffer
CollectionPOATie.queryDocument ( String style, String query, NamedVal[ ] namespaces, String id, long stamp )  :  EncodedBuffer
CollectionPOATie.remove ( )  :  void
CollectionPOATie.removeDocument ( String id )  :  void
CollectionPOATie.setDocument ( String id, EncodedBuffer doc )  :  void

cdk-1.0.4.jar, CollectionServant.class
package org.apache.xindice.client.corba
CollectionServant.CollectionServant ( Collection collection )
CollectionServant.createNewOID ( )  :  String
CollectionServant.getCanonicalName ( )  :  String
CollectionServant.getCollection ( String path )  :  Collection
CollectionServant.getCollectionManager ( )  :  CollectionManager
CollectionServant.getDocument ( String id, long stamp )  :  EncodedBuffer
CollectionServant.getDocumentCount ( )  :  int
CollectionServant.getDocuments ( )  :  DocumentSet
CollectionServant.getName ( )  :  String
CollectionServant.getParentCollection ( )  :  Collection
CollectionServant.insertDocument ( String nam, EncodedBuffer doc )  :  String
CollectionServant.invokeXMLObject ( String uri )  :  EncodedBuffer
CollectionServant.listCollections ( )  :  String[ ]
CollectionServant.listDocuments ( )  :  String[ ]
CollectionServant.queryCollection ( String style, String query, NamedVal[ ] namespaces, long stamp )  :  EncodedBuffer
CollectionServant.queryDocument ( String style, String query, NamedVal[ ] namespaces, String id, long stamp )  :  EncodedBuffer
CollectionServant.remove ( )  :  void
CollectionServant.removeDocument ( String id )  :  void
CollectionServant.setDocument ( String id, EncodedBuffer doc )  :  void

cdk-1.0.4.jar, ColorMatrixRable.class
package org.apache.batik.ext.awt.image.renderable
ColorMatrixRable.getMatrix ( ) [abstract]  :  float[ ][ ]
ColorMatrixRable.getSource ( ) [abstract]  :  Filter
ColorMatrixRable.getType ( ) [abstract]  :  int
ColorMatrixRable.setSource ( Filter p1 ) [abstract]  :  void

cdk-1.0.4.jar, ColorMatrixRable8Bit.class
package org.apache.batik.ext.awt.image.renderable
ColorMatrixRable8Bit.buildHueRotate ( float p1 ) [static]  :  ColorMatrixRable
ColorMatrixRable8Bit.buildLuminanceToAlpha ( ) [static]  :  ColorMatrixRable
ColorMatrixRable8Bit.buildMatrix ( float[ ][ ] p1 ) [static]  :  ColorMatrixRable
ColorMatrixRable8Bit.buildSaturate ( float p1 ) [static]  :  ColorMatrixRable
ColorMatrixRable8Bit.createRendering ( RenderContext p1 )  :  RenderedImage
ColorMatrixRable8Bit.getMatrix ( )  :  float[ ][ ]
ColorMatrixRable8Bit.getSource ( )  :  Filter
ColorMatrixRable8Bit.getType ( )  :  int
ColorMatrixRable8Bit.setSource ( Filter p1 )  :  void

cdk-1.0.4.jar, ColorMatrixRed.class
package org.apache.batik.ext.awt.image.rendered
ColorMatrixRed.ColorMatrixRed ( CachableRed p1, float[ ][ ] p2 )
ColorMatrixRed.copyData ( WritableRaster p1 )  :  WritableRaster
ColorMatrixRed.getMatrix ( )  :  float[ ][ ]
ColorMatrixRed.setMatrix ( float[ ][ ] p1 )  :  void

cdk-1.0.4.jar, ColorSpaceEnum.class
package org.apache.batik.ext.awt
MultipleGradientPaint.ColorSpaceEnum.MultipleGradientPaint.ColorSpaceEnum ( )

cdk-1.0.4.jar, ColorSpaceHintKey.class
package org.apache.batik.ext.awt
ColorSpaceHintKey.isCompatibleValue ( Object p1 )  :  boolean

cdk-1.0.4.jar, ColumnAtom.class
package org.openscience.cdk.isomorphism.matchers.smarts
ColumnAtom.ColumnAtom ( )
ColumnAtom.toString ( )  :  String

cdk-1.0.4.jar, Command.class
package org.apache.xindice.tools.command
Command.Command ( )
Command.execute ( Hashtable p1 ) [abstract]  :  boolean
Command.normalizeCollectionURI ( String uri )  :  String
Command.normalizeXindiceURI ( String uri )  :  String

cdk-1.0.4.jar, CommandLine.class
package org.apache.commons.cli
CommandLine.getArgList ( )  :  List
CommandLine.getArgs ( )  :  String[ ]
CommandLine.getOptionObject ( char opt )  :  Object
CommandLine.getOptionObject ( String opt )  :  Object
CommandLine.getOptions ( )  :  Option[ ]
CommandLine.getOptionValue ( char opt )  :  String
CommandLine.getOptionValue ( char opt, String defaultValue )  :  String
CommandLine.getOptionValue ( String opt )  :  String
CommandLine.getOptionValue ( String opt, String defaultValue )  :  String
CommandLine.getOptionValues ( char opt )  :  String[ ]
CommandLine.getOptionValues ( String opt )  :  String[ ]
CommandLine.hasOption ( char opt )  :  boolean
CommandLine.hasOption ( String opt )  :  boolean
CommandLine.iterator ( )  :  Iterator

cdk-1.0.4.jar, CommandLineParser.class
package org.apache.commons.cli
CommandLineParser.parse ( Options p1, String[ ] p2 ) [abstract]  :  CommandLine
CommandLineParser.parse ( Options p1, String[ ] p2, boolean p3 ) [abstract]  :  CommandLine

cdk-1.0.4.jar, CommentImpl.class
package org.apache.xindice.xml.dom
CommentImpl.CommentImpl ( )
CommentImpl.CommentImpl ( NodeImpl parentNode, boolean dirty )
CommentImpl.CommentImpl ( NodeImpl parentNode, byte[ ] data, int pos, int len )
CommentImpl.CommentImpl ( NodeImpl parentNode, String nodeValue )
CommentImpl.getNodeName ( )  :  String
CommentImpl.getNodeType ( )  :  short

cdk-1.0.4.jar, CommonConfigurable.class
package org.apache.xindice.client.xmldb
CommonConfigurable.CommonConfigurable ( )
CommonConfigurable.getProperty ( String name )  :  String
CommonConfigurable.setProperty ( String name, String value )  :  void

cdk-1.0.4.jar, CompilationException.class
package org.apache.xindice.core.query
CompilationException.CompilationException ( )
CompilationException.CompilationException ( String message )

cdk-1.0.4.jar, CompleteCMLTest.class
package org.xmlcml.cml.element.test
CompleteCMLTest.CompleteCMLTest ( )
CompleteCMLTest.main ( String[ ] p1 ) [static]  :  void
CompleteCMLTest.runAll ( ) [static]  :  void
CompleteCMLTest.suite ( ) [static]  :  Test

cdk-1.0.4.jar, Complex.class
package org.openscience.cdk.math
Complex.add ( Complex c )  :  void
Complex.Complex ( Complex c )
Complex.Complex ( double real, double imag )
Complex.div ( Complex c )  :  void
Complex.getImaginaryPart ( )  :  double
Complex.getRealPart ( )  :  double
Complex.mul ( Complex c )  :  void
Complex.setImaginaryPart ( double imag )  :  void
Complex.setRealPart ( double real )  :  void
Complex.sub ( Complex c )  :  void
Complex.toString ( )  :  String

cdk-1.0.4.jar, ComplexTest.class
package org.xmlcml.euclid.test
ComplexTest.ComplexTest ( )
ComplexTest.setUp ( )  :  void
ComplexTest.suite ( ) [static]  :  Test
ComplexTest.testComplex ( )  :  void
ComplexTest.testComplexComplex ( )  :  void
ComplexTest.testComplexDouble ( )  :  void
ComplexTest.testComplexDoubleAngle ( )  :  void
ComplexTest.testComplexDoubleDouble ( )  :  void
ComplexTest.testComplexPolar ( )  :  void
ComplexTest.testComplexReal2 ( )  :  void
ComplexTest.testDivideBy ( )  :  void
ComplexTest.testGetImaginary ( )  :  void
ComplexTest.testGetPolar ( )  :  void
ComplexTest.testGetR ( )  :  void
ComplexTest.testGetReal ( )  :  void
ComplexTest.testGetTheta ( )  :  void
ComplexTest.testMultiply ( )  :  void
ComplexTest.testNegative ( )  :  void
ComplexTest.testSqrt ( )  :  void
ComplexTest.testToString ( )  :  void

cdk-1.0.4.jar, ComponentManager.class
package org.apache.xindice.server
ComponentManager.addComponent ( ScriptComponent p1 ) [abstract]  :  boolean
ComponentManager.addComponent ( ScriptComponent p1, String p2 ) [abstract]  :  boolean
ComponentManager.getComponent ( String p1 ) [abstract]  :  ScriptComponent
ComponentManager.getFilters ( Versioning p1 ) [abstract]  :  ScriptFilter[ ]
ComponentManager.removeComponent ( String p1 ) [abstract]  :  boolean

cdk-1.0.4.jar, ComponentTransferFunction.class
package org.apache.batik.ext.awt.image
ComponentTransferFunction.getAmplitude ( ) [abstract]  :  float
ComponentTransferFunction.getExponent ( ) [abstract]  :  float
ComponentTransferFunction.getIntercept ( ) [abstract]  :  float
ComponentTransferFunction.getOffset ( ) [abstract]  :  float
ComponentTransferFunction.getSlope ( ) [abstract]  :  float
ComponentTransferFunction.getTableValues ( ) [abstract]  :  float[ ]
ComponentTransferFunction.getType ( ) [abstract]  :  int

cdk-1.0.4.jar, ComponentTransferRable.class
package org.apache.batik.ext.awt.image.renderable
ComponentTransferRable.getAlphaFunction ( ) [abstract]  :  ComponentTransferFunction
ComponentTransferRable.getBlueFunction ( ) [abstract]  :  ComponentTransferFunction
ComponentTransferRable.getGreenFunction ( ) [abstract]  :  ComponentTransferFunction
ComponentTransferRable.getRedFunction ( ) [abstract]  :  ComponentTransferFunction
ComponentTransferRable.getSource ( ) [abstract]  :  Filter
ComponentTransferRable.setAlphaFunction ( ComponentTransferFunction p1 ) [abstract]  :  void
ComponentTransferRable.setBlueFunction ( ComponentTransferFunction p1 ) [abstract]  :  void
ComponentTransferRable.setGreenFunction ( ComponentTransferFunction p1 ) [abstract]  :  void
ComponentTransferRable.setRedFunction ( ComponentTransferFunction p1 ) [abstract]  :  void
ComponentTransferRable.setSource ( Filter p1 ) [abstract]  :  void

cdk-1.0.4.jar, ComponentTransferRable8Bit.class
package org.apache.batik.ext.awt.image.renderable
ComponentTransferRable8Bit.ComponentTransferRable8Bit ( Filter p1, ComponentTransferFunction p2, ComponentTransferFunction p3, ComponentTransferFunction p4, ComponentTransferFunction p5 )
ComponentTransferRable8Bit.createRendering ( RenderContext p1 )  :  RenderedImage
ComponentTransferRable8Bit.getAlphaFunction ( )  :  ComponentTransferFunction
ComponentTransferRable8Bit.getBlueFunction ( )  :  ComponentTransferFunction
ComponentTransferRable8Bit.getGreenFunction ( )  :  ComponentTransferFunction
ComponentTransferRable8Bit.getRedFunction ( )  :  ComponentTransferFunction
ComponentTransferRable8Bit.getSource ( )  :  Filter
ComponentTransferRable8Bit.setAlphaFunction ( ComponentTransferFunction p1 )  :  void
ComponentTransferRable8Bit.setBlueFunction ( ComponentTransferFunction p1 )  :  void
ComponentTransferRable8Bit.setGreenFunction ( ComponentTransferFunction p1 )  :  void
ComponentTransferRable8Bit.setRedFunction ( ComponentTransferFunction p1 )  :  void
ComponentTransferRable8Bit.setSource ( Filter p1 )  :  void

cdk-1.0.4.jar, ComponentTransferRed.class
package org.apache.batik.ext.awt.image.rendered
ComponentTransferRed.ComponentTransferRed ( CachableRed p1, TransferFunction[ ] p2, RenderingHints p3 )
ComponentTransferRed.copyData ( WritableRaster p1 )  :  WritableRaster

cdk-1.0.4.jar, CompositeRable.class
package org.apache.batik.ext.awt.image.renderable
CompositeRable.getCompositeRule ( ) [abstract]  :  CompositeRule
CompositeRable.setCompositeRule ( CompositeRule p1 ) [abstract]  :  void
CompositeRable.setSources ( List p1 ) [abstract]  :  void

cdk-1.0.4.jar, CompositeRable8Bit.class
package org.apache.batik.ext.awt.image.renderable
CompositeRable8Bit.CompositeRable8Bit ( List p1, CompositeRule p2, boolean p3 )
CompositeRable8Bit.createRendering ( RenderContext p1 )  :  RenderedImage
CompositeRable8Bit.getCompositeRule ( )  :  CompositeRule
CompositeRable8Bit.paintRable ( Graphics2D p1 )  :  boolean
CompositeRable8Bit.setCompositeRule ( CompositeRule p1 )  :  void
CompositeRable8Bit.setSources ( List p1 )  :  void

cdk-1.0.4.jar, CompositeRed.class
package org.apache.batik.ext.awt.image.rendered
CompositeRed.CompositeRed ( List p1, CompositeRule p2 )
CompositeRed.copyData ( WritableRaster p1 )  :  WritableRaster
CompositeRed.emptyRect ( WritableRaster p1 )  :  void
CompositeRed.fixColorModel ( CachableRed p1 ) [static]  :  ColorModel
CompositeRed.fixSampleModel ( CachableRed p1, ColorModel p2, Rectangle p3 ) [static]  :  SampleModel
CompositeRed.genRect ( WritableRaster p1 )  :  void
CompositeRed.genRect_OVER ( WritableRaster p1 )  :  void
CompositeRed.getTile ( int p1, int p2 )  :  Raster

cdk-1.0.4.jar, CompositeRule.class
package org.apache.batik.ext.awt.image
CompositeRule.ARITHMETIC ( float p1, float p2, float p3, float p4 ) [static]  :  CompositeRule
CompositeRule.getCoefficients ( )  :  float[ ]
CompositeRule.getRule ( )  :  int
CompositeRule.toString ( )  :  String

cdk-1.0.4.jar, CompressedDocument.class
package org.apache.xindice.xml.dom
CompressedDocument.getNodeAtPos ( int p1 ) [abstract]  :  Node
CompressedDocument.getSymbols ( ) [abstract]  :  SymbolTable
CompressedDocument.setSymbols ( SymbolTable p1 ) [abstract]  :  void

cdk-1.0.4.jar, CompressedNode.class
package org.apache.xindice.xml.dom
CompressedNode.getDataBytes ( ) [abstract]  :  byte[ ]
CompressedNode.getDataLen ( ) [abstract]  :  int
CompressedNode.getDataPos ( ) [abstract]  :  int
CompressedNode.getSymbolID ( ) [abstract]  :  short
CompressedNode.isDirty ( ) [abstract]  :  boolean
CompressedNode.isLoaded ( ) [abstract]  :  boolean
CompressedNode.load ( ) [abstract]  :  void
CompressedNode.setDataBytes ( byte[ ] p1 ) [abstract]  :  void
CompressedNode.setDataBytes ( byte[ ] p1, int p2, int p3 ) [abstract]  :  void
CompressedNode.setDataLen ( int p1 ) [abstract]  :  void
CompressedNode.setDataPos ( int p1 ) [abstract]  :  void
CompressedNode.unload ( ) [abstract]  :  void

cdk-1.0.4.jar, CompressionHandler.class
package org.apache.xindice.xml.sax
CompressionHandler.dataBytes ( byte[ ] p1 ) [abstract]  :  void
CompressionHandler.dataLocation ( int p1, int p2 ) [abstract]  :  void
CompressionHandler.symbolID ( short p1 ) [abstract]  :  void
CompressionHandler.symbols ( SymbolTable p1 ) [abstract]  :  void

cdk-1.0.4.jar, ConcreteComponentTransferFunction.class
package org.apache.batik.ext.awt.image
ConcreteComponentTransferFunction.getAmplitude ( )  :  float
ConcreteComponentTransferFunction.getDiscreteTransfer ( float[ ] p1 ) [static]  :  ComponentTransferFunction
ConcreteComponentTransferFunction.getExponent ( )  :  float
ConcreteComponentTransferFunction.getGammaTransfer ( float p1, float p2, float p3 ) [static]  :  ComponentTransferFunction
ConcreteComponentTransferFunction.getIdentityTransfer ( ) [static]  :  ComponentTransferFunction
ConcreteComponentTransferFunction.getIntercept ( )  :  float
ConcreteComponentTransferFunction.getLinearTransfer ( float p1, float p2 ) [static]  :  ComponentTransferFunction
ConcreteComponentTransferFunction.getOffset ( )  :  float
ConcreteComponentTransferFunction.getSlope ( )  :  float
ConcreteComponentTransferFunction.getTableTransfer ( float[ ] p1 ) [static]  :  ComponentTransferFunction
ConcreteComponentTransferFunction.getTableValues ( )  :  float[ ]
ConcreteComponentTransferFunction.getType ( )  :  int

cdk-1.0.4.jar, Configurable.class
package org.apache.xindice.util
Configurable.getConfig ( ) [abstract]  :  Configuration
Configurable.setConfig ( Configuration p1 ) [abstract]  :  void
package org.xmldb.api.base
Configurable.getProperty ( String p1 ) [abstract]  :  String
Configurable.setProperty ( String p1, String p2 ) [abstract]  :  void

cdk-1.0.4.jar, Configuration.class
package org.apache.xindice.util
Configuration.add ( Configuration newConfig )  :  void
Configuration.add ( String name )  :  Configuration
Configuration.Configuration ( Document config )
Configuration.Configuration ( Document config, boolean readOnly )
Configuration.Configuration ( Element config )
Configuration.Configuration ( Element config, boolean readOnly )
Configuration.delete ( )  :  void
Configuration.getAttribute ( String name )  :  String
Configuration.getAttribute ( String name, String defValue )  :  String
Configuration.getBooleanAttribute ( String name )  :  boolean
Configuration.getBooleanAttribute ( String name, boolean defValue )  :  boolean
Configuration.getBooleanValue ( String name )  :  boolean
Configuration.getBooleanValue ( String name, boolean defValue )  :  boolean
Configuration.getByteAttribute ( String name )  :  byte
Configuration.getByteAttribute ( String name, byte defValue )  :  byte
Configuration.getByteValue ( String name )  :  byte
Configuration.getByteValue ( String name, byte defValue )  :  byte
Configuration.getCharAttribute ( String name )  :  char
Configuration.getCharAttribute ( String name, char defValue )  :  char
Configuration.getCharValue ( String name )  :  char
Configuration.getCharValue ( String name, char defValue )  :  char
Configuration.getChild ( String name )  :  Configuration
Configuration.getChild ( String name, boolean create )  :  Configuration
Configuration.getChildren ( )  :  Configuration[ ]
Configuration.getDoubleAttribute ( String name )  :  double
Configuration.getDoubleAttribute ( String name, double defValue )  :  double
Configuration.getDoubleValue ( String name )  :  double
Configuration.getDoubleValue ( String name, double defValue )  :  double
Configuration.getElement ( )  :  Element
Configuration.getFloatAttribute ( String name )  :  float
Configuration.getFloatAttribute ( String name, float defValue )  :  float
Configuration.getFloatValue ( String name )  :  float
Configuration.getFloatValue ( String name, float defValue )  :  float
Configuration.getIntAttribute ( String name )  :  int
Configuration.getIntAttribute ( String name, int defValue )  :  int
Configuration.getIntValue ( String name )  :  int
Configuration.getIntValue ( String name, int defValue )  :  int
Configuration.getLongAttribute ( String name )  :  long
Configuration.getLongAttribute ( String name, long defValue )  :  long
Configuration.getLongValue ( String name )  :  long
Configuration.getLongValue ( String name, long defValue )  :  long
Configuration.getName ( )  :  String
Configuration.getShortAttribute ( String name )  :  short
Configuration.getShortAttribute ( String name, short defValue )  :  short
Configuration.getShortValue ( String name )  :  short
Configuration.getShortValue ( String name, short defValue )  :  short
Configuration.getValue ( )  :  String
Configuration.getValue ( String defValue )  :  String
Configuration.hasAttributes ( )  :  boolean
Configuration.hasChildren ( )  :  boolean
Configuration.hasValue ( )  :  boolean
Configuration.isReadOnly ( )  :  boolean
Configuration.listAttributes ( )  :  String[ ]
Configuration.processChildren ( ConfigurationCallback callback )  :  void
Configuration.processChildren ( String name, ConfigurationCallback callback )  :  void
Configuration.removeAttribute ( String name )  :  void
Configuration.setAttribute ( String name, boolean value )  :  void
Configuration.setAttribute ( String name, byte value )  :  void
Configuration.setAttribute ( String name, char value )  :  void
Configuration.setAttribute ( String name, double value )  :  void
Configuration.setAttribute ( String name, float value )  :  void
Configuration.setAttribute ( String name, int value )  :  void
Configuration.setAttribute ( String name, long value )  :  void
Configuration.setAttribute ( String name, short value )  :  void
Configuration.setAttribute ( String name, String value )  :  void
Configuration.setDirty ( )  :  void
Configuration.setValue ( boolean value )  :  void
Configuration.setValue ( byte value )  :  void
Configuration.setValue ( char value )  :  void
Configuration.setValue ( double value )  :  void
Configuration.setValue ( float value )  :  void
Configuration.setValue ( int value )  :  void
Configuration.setValue ( long value )  :  void
Configuration.setValue ( short value )  :  void
Configuration.setValue ( String value )  :  void

cdk-1.0.4.jar, ConfigurationCallback.class
package org.apache.xindice.util
ConfigurationCallback.process ( Configuration p1 ) [abstract]  :  void

cdk-1.0.4.jar, ConjugatedPiSystemsDetector.class
package org.openscience.cdk.graph.invariant
ConjugatedPiSystemsDetector.detect ( IAtomContainer ac ) [static]  :  AtomContainerSet

cdk-1.0.4.jar, ConnectionCountAtom.class
package org.openscience.cdk.isomorphism.matchers.smarts
ConnectionCountAtom.ConnectionCountAtom ( )
ConnectionCountAtom.getOperator ( )  :  int

cdk-1.0.4.jar, ConnectionTable.class
package org.xmlcml.cml.element
ConnectionTable.addAtom ( CMLAtom p1 ) [abstract]  :  void
ConnectionTable.addBond ( CMLBond p1 ) [abstract]  :  void
ConnectionTable.addSuffixToAtomIDs ( String p1 ) [abstract]  :  void
ConnectionTable.areBonded ( CMLAtom p1, CMLAtom p2 ) [abstract]  :  boolean
ConnectionTable.checkHasAncestorMolecule ( CMLAtom p1 ) [abstract]  :  void
ConnectionTable.checkHasAncestorMolecule ( CMLBond p1 ) [abstract]  :  void
ConnectionTable.contains ( CMLBond p1, CMLAtom p2 ) [abstract]  :  boolean
ConnectionTable.createAndAddAtom ( ) [abstract]  :  CMLAtom
ConnectionTable.createAndAddAtom ( String p1 ) [abstract]  :  CMLAtom
ConnectionTable.createAndAddBond ( CMLAtom p1, CMLAtom p2 ) [abstract]  :  CMLBond
ConnectionTable.createAndAddBond ( String p1, String p2 ) [abstract]  :  CMLBond
ConnectionTable.createSubMolecule ( CMLMolecule p1, String[ ] p2 ) [abstract]  :  CMLMolecule
ConnectionTable.createUniqueAtomId ( ) [abstract]  :  String
ConnectionTable.deleteAllAtoms ( ) [abstract]  :  void
ConnectionTable.deleteAllBonds ( ) [abstract]  :  void
ConnectionTable.deleteAtom ( CMLAtom p1 ) [abstract]  :  void
ConnectionTable.deleteBond ( CMLBond p1 ) [abstract]  :  void
ConnectionTable.flattenMolecules ( ) [abstract]  :  CMLMolecule
ConnectionTable.generateAndSetId ( CMLBond p1 ) [abstract]  :  String
ConnectionTable.generateBondIds ( ) [abstract]  :  void
ConnectionTable.getAtom ( CMLBond p1, int p2 ) [abstract]  :  CMLAtom
ConnectionTable.getAtomById ( String p1 ) [abstract]  :  CMLAtom
ConnectionTable.getAtomId ( CMLBond p1, int p2 ) [abstract]  :  String
ConnectionTable.getAtomMap ( ) [abstract]  :  Map
ConnectionTable.getAtoms ( CMLBond p1 ) [abstract]  :  List
ConnectionTable.getBond ( CMLAtom p1, CMLAtom p2 ) [abstract]  :  CMLBond
ConnectionTable.getBondMap ( ) [abstract]  :  Map
ConnectionTable.getLigandBondList ( CMLAtom p1 ) [abstract]  :  List
ConnectionTable.getLigandBondMap ( ) [abstract]  :  Map
ConnectionTable.getLigandCount ( CMLAtom p1 ) [abstract]  :  int
ConnectionTable.getLigandList ( CMLAtom p1 ) [abstract]  :  List
ConnectionTable.getLigandList ( CMLAtom p1, ChemicalElement p2 ) [abstract]  :  List
ConnectionTable.getLigandList ( CMLAtom p1, String p2 ) [abstract]  :  List
ConnectionTable.getLigandListMap ( ) [abstract]  :  Map
ConnectionTable.getOtherAtom ( CMLBond p1, CMLAtom p2 ) [abstract]  :  CMLAtom
ConnectionTable.getUniqueId ( CMLAtom p1 ) [abstract]  :  String
ConnectionTable.isBondedTo ( CMLAtom p1, CMLAtom p2 ) [abstract]  :  boolean
ConnectionTable.mergeMolecule ( CMLMolecule p1 ) [abstract]  :  void
ConnectionTable.partitionIntoMolecules ( ) [abstract]  :  void
ConnectionTable.renameId ( CMLAtom p1, String p2 ) [abstract]  :  void
ConnectionTable.transferToMolecule ( CMLAtom p1, CMLMolecule p2 ) [abstract]  :  void
ConnectionTable.transferToMolecule ( CMLBond p1, CMLMolecule p2 ) [abstract]  :  void

cdk-1.0.4.jar, ConnectionTableImpl.class
package org.xmlcml.cml.tools
ConnectionTableImpl.addAtom ( CMLAtom atom )  :  void
ConnectionTableImpl.addBond ( CMLBond bond )  :  void
ConnectionTableImpl.addSuffixToAtomIDs ( String suffix )  :  void
ConnectionTableImpl.areBonded ( CMLAtom atom1, CMLAtom atom2 )  :  boolean
ConnectionTableImpl.checkHasAncestorMolecule ( CMLAtom atom )  :  void
ConnectionTableImpl.checkHasAncestorMolecule ( CMLBond bond )  :  void
ConnectionTableImpl.ConnectionTableImpl ( CMLMolecule molecule )
ConnectionTableImpl.contains ( CMLBond bond, CMLAtom atom )  :  boolean
ConnectionTableImpl.createAndAddAtom ( )  :  CMLAtom
ConnectionTableImpl.createAndAddAtom ( String id )  :  CMLAtom
ConnectionTableImpl.createAndAddBond ( CMLAtom atom1, CMLAtom atom2 )  :  CMLBond
ConnectionTableImpl.createAndAddBond ( String atomRef1, String atomRef2 )  :  CMLBond
ConnectionTableImpl.createMolecule ( CMLMolecule molecule, String[ ] atomIds ) [static]  :  CMLMolecule
ConnectionTableImpl.createSubMolecule ( CMLMolecule molecule, String[ ] atomIds )  :  CMLMolecule
ConnectionTableImpl.createUniqueAtomId ( )  :  String
ConnectionTableImpl.deleteAllAtoms ( )  :  void
ConnectionTableImpl.deleteAllBonds ( )  :  void
ConnectionTableImpl.deleteAtom ( CMLAtom atom )  :  void
ConnectionTableImpl.deleteBond ( CMLBond bond )  :  void
ConnectionTableImpl.flattenMolecules ( )  :  CMLMolecule
ConnectionTableImpl.generateAndSetId ( CMLBond bond )  :  String
ConnectionTableImpl.generateBondIds ( )  :  void
ConnectionTableImpl.getAtom ( CMLBond bond, int i )  :  CMLAtom
ConnectionTableImpl.getAtomById ( String id )  :  CMLAtom
ConnectionTableImpl.getAtomId ( CMLBond bond, int i )  :  String
ConnectionTableImpl.getAtomMap ( )  :  Map
ConnectionTableImpl.getAtoms ( CMLBond bond )  :  List
ConnectionTableImpl.getBond ( CMLAtom atom0, CMLAtom atom1 )  :  CMLBond
ConnectionTableImpl.getBondMap ( )  :  Map
ConnectionTableImpl.getLigandBondList ( CMLAtom atom )  :  List
ConnectionTableImpl.getLigandBondMap ( )  :  Map
ConnectionTableImpl.getLigandCount ( CMLAtom atom )  :  int
ConnectionTableImpl.getLigandList ( CMLAtom atom )  :  List
ConnectionTableImpl.getLigandList ( CMLAtom atom, ChemicalElement elem )  :  List
ConnectionTableImpl.getLigandList ( CMLAtom atom, String elementType )  :  List
ConnectionTableImpl.getLigandListMap ( )  :  Map
ConnectionTableImpl.getMolecule ( )  :  CMLMolecule
ConnectionTableImpl.getOtherAtom ( CMLBond bond, CMLAtom atom )  :  CMLAtom
ConnectionTableImpl.getUniqueId ( CMLAtom atom )  :  String
ConnectionTableImpl.isBondedTo ( CMLAtom atom, CMLAtom atom2 )  :  boolean
ConnectionTableImpl.mergeMolecule ( CMLMolecule fromMolecule )  :  void
ConnectionTableImpl.partitionIntoMolecules ( )  :  void
ConnectionTableImpl.renameId ( CMLAtom atom, String newId )  :  void
ConnectionTableImpl.transferToMolecule ( CMLAtom atom, CMLMolecule mol )  :  void
ConnectionTableImpl.transferToMolecule ( CMLBond bond, CMLMolecule mol )  :  void

cdk-1.0.4.jar, ConnectionTableTest.class
package org.xmlcml.cml.tools.test
ConnectionTableTest.ConnectionTableTest ( )
ConnectionTableTest.makeConnectionTable1 ( )  :  void
ConnectionTableTest.makeConnectionTable2 ( )  :  void
ConnectionTableTest.makeConnectionTable3 ( )  :  void
ConnectionTableTest.makeConnectionTable4 ( )  :  void
ConnectionTableTest.makeConnectionTable5 ( )  :  void
ConnectionTableTest.makeConnectionTable5a ( )  :  void
ConnectionTableTest.makeConnectionTable6 ( )  :  void
ConnectionTableTest.makeConnectionTable7 ( )  :  void
ConnectionTableTest.makeConnectionTable8 ( )  :  void
ConnectionTableTest.makeConnectionTable9 ( )  :  void
ConnectionTableTest.makeConnectionTableBond0 ( )  :  void
ConnectionTableTest.makeConnectionTableXmlAtom0 ( )  :  void
ConnectionTableTest.makeConnectionTableXmlBonds ( )  :  void
ConnectionTableTest.makeConnectionTableXomAtom0 ( )  :  void
ConnectionTableTest.setUp ( )  :  void
ConnectionTableTest.suite ( ) [static]  :  Test
ConnectionTableTest.testAddBondCMLBond ( )  :  void
ConnectionTableTest.testAddSuffixToAtomIDs ( )  :  void
ConnectionTableTest.testAppendToIdsMT ( )  :  void
ConnectionTableTest.testBondContains ( )  :  void
ConnectionTableTest.testBondGetAtom ( )  :  void
ConnectionTableTest.testBondGetAtomId ( )  :  void
ConnectionTableTest.testCMLConnectionTableCMLMoleculeStringArray ( )  :  void
ConnectionTableTest.testCreateAndAddBondCMLAtomCMLAtom ( )  :  void
ConnectionTableTest.testCreateAndAddBondStringString ( )  :  void
ConnectionTableTest.testCreateUniqueAtomId ( )  :  void
ConnectionTableTest.testDeleteAllAtoms ( )  :  void
ConnectionTableTest.testDeleteAllBonds ( )  :  void
ConnectionTableTest.testDeleteAtom ( )  :  void
ConnectionTableTest.testDeleteBondCMLBond ( )  :  void
ConnectionTableTest.testDeleteLigand ( )  :  void
ConnectionTableTest.testFlattenMolecules ( )  :  void
ConnectionTableTest.testGenerateBondIds ( )  :  void
ConnectionTableTest.testGenerateId ( )  :  void
ConnectionTableTest.testGetAtomById ( )  :  void
ConnectionTableTest.testGetAtomByLabel ( )  :  void
ConnectionTableTest.testGetBondList ( )  :  void
ConnectionTableTest.testGetLigand ( )  :  void
ConnectionTableTest.testGetLigandBondList ( )  :  void
ConnectionTableTest.testGetLigandCount ( )  :  void
ConnectionTableTest.testGetLigandList ( )  :  void
ConnectionTableTest.testGetLigandVectorString ( )  :  void
ConnectionTableTest.testGetOtherAtom ( )  :  void
ConnectionTableTest.testIsBondedTo ( )  :  void
ConnectionTableTest.testMergeMolecule ( )  :  void
ConnectionTableTest.testPartitionIntoMolecules ( )  :  void

cdk-1.0.4.jar, ConnectionTableTool.class
package org.xmlcml.cml.tools
ConnectionTableTool.clearCyclicBonds ( )  :  void
ConnectionTableTool.ConnectionTableTool ( CMLMolecule molecule )
ConnectionTableTool.getAcyclicDoubleBonds ( )  :  CMLBond[ ]
ConnectionTableTool.getAncestors ( CMLMolecule molecule, CMLAtom atom, CMLAtomSet atomSet )  :  CMLBondSet
ConnectionTableTool.getCyclicBonds ( )  :  List
ConnectionTableTool.getRingNucleiAtomSets ( )  :  List
ConnectionTableTool.getRingNucleiBondSets ( )  :  List

cdk-1.0.4.jar, Container.class
package org.apache.xindice.core
Container.commit ( ) [abstract]  :  void
Container.commit ( Document p1 ) [abstract]  :  void
Container.getCanonicalName ( ) [abstract]  :  String
Container.getCollection ( ) [abstract]  :  Collection
Container.getDocument ( ) [abstract]  :  Document
Container.getKey ( ) [abstract]  :  Key
Container.remove ( ) [abstract]  :  void
Container.rollback ( ) [abstract]  :  Document

cdk-1.0.4.jar, ContainerNodeImpl.class
package org.apache.xindice.xml.dom
ContainerNodeImpl.appendChild ( Node newChild )  :  Node
ContainerNodeImpl.checkLoaded ( )  :  void
ContainerNodeImpl.ContainerNodeImpl ( )
ContainerNodeImpl.ContainerNodeImpl ( NodeImpl parentNode, boolean dirty )
ContainerNodeImpl.ContainerNodeImpl ( NodeImpl parentNode, byte[ ] data, int pos, int len )
ContainerNodeImpl.getChildNodes ( )  :  NodeList
ContainerNodeImpl.getElementById ( String elementId )  :  Element
ContainerNodeImpl.getElementsByTagName ( String name )  :  NodeList
ContainerNodeImpl.getElementsByTagNameNS ( String namespaceURI, String localName )  :  NodeList
ContainerNodeImpl.getFirstChild ( )  :  Node
ContainerNodeImpl.getLastChild ( )  :  Node
ContainerNodeImpl.getNextSibling ( Node node )  :  Node
ContainerNodeImpl.getPreviousSibling ( Node node )  :  Node
ContainerNodeImpl.hasChildNodes ( )  :  boolean
ContainerNodeImpl.insertBefore ( Node newChild, Node refChild )  :  Node
ContainerNodeImpl.isNodeTypeValid ( short type )  :  boolean
ContainerNodeImpl.loadChildren ( SymbolTable st )  :  void
ContainerNodeImpl.normalize ( )  :  void
ContainerNodeImpl.removeChild ( Node oldChild )  :  Node
ContainerNodeImpl.replaceChild ( Node newChild, Node oldChild )  :  Node

cdk-1.0.4.jar, Controller2D.class
package org.openscience.cdk.controller
Controller2D.Controller2D ( IChemModel chemModel, Renderer2DModel r2dm )
Controller2D.Controller2D ( IChemModel chemModel, Renderer2DModel r2dm, Controller2DModel c2dm )
Controller2D.setChemModel ( IChemModel chemModel )  :  void

cdk-1.0.4.jar, Controller2DModel.class
package org.openscience.cdk.controller
Controller2DModel.getDrawMode ( )  :  int
Controller2DModel.setDrawMode ( int drawMode )  :  void

cdk-1.0.4.jar, Controller2DModelEditor.class
package org.openscience.cdk.applications.swing.editor
Controller2DModelEditor.applyChanges ( )  :  void
Controller2DModelEditor.Controller2DModelEditor ( )
Controller2DModelEditor.getModel ( )  :  Controller2DModel
Controller2DModelEditor.setModel ( Controller2DModel model )  :  void

cdk-1.0.4.jar, Convertor.class
package org.openscience.cdk.libio.cml
Convertor.cdkMoleculeSetToCMLList ( IMoleculeSet moleculeSet )  :  CMLList
Convertor.cdkMonomerToCMLMolecule ( Monomer monomer )  :  CMLMolecule
Convertor.cdkPDBPolymerToCMLMolecule ( PDBPolymer pdbPolymer )  :  CMLMolecule

cdk-1.0.4.jar, ConvertToAtomEdit.class
package org.openscience.cdk.applications.undoredo
ConvertToAtomEdit.canRedo ( )  :  boolean
ConvertToAtomEdit.canUndo ( )  :  boolean
ConvertToAtomEdit.ConvertToAtomEdit ( IAtomContainer relevantContainer, IPseudoAtom pseudo, IAtom atom )
ConvertToAtomEdit.getPresentationName ( )  :  String
ConvertToAtomEdit.redo ( )  :  void
ConvertToAtomEdit.undo ( )  :  void

cdk-1.0.4.jar, ConvertToPseudoAtomEdit.class
package org.openscience.cdk.applications.undoredo
ConvertToPseudoAtomEdit.canRedo ( )  :  boolean
ConvertToPseudoAtomEdit.canUndo ( )  :  boolean
ConvertToPseudoAtomEdit.ConvertToPseudoAtomEdit ( IAtomContainer relevantContainer, IAtom atom, IPseudoAtom pseudo )
ConvertToPseudoAtomEdit.getPresentationName ( )  :  String
ConvertToPseudoAtomEdit.redo ( )  :  void
ConvertToPseudoAtomEdit.undo ( )  :  void

cdk-1.0.4.jar, ConvertToRadicalEdit.class
package org.openscience.cdk.applications.undoredo
ConvertToRadicalEdit.canRedo ( )  :  boolean
ConvertToRadicalEdit.canUndo ( )  :  boolean
ConvertToRadicalEdit.ConvertToRadicalEdit ( IAtomContainer relevantContainer, IElectronContainer electronContainer )
ConvertToRadicalEdit.getPresentationName ( )  :  String
ConvertToRadicalEdit.redo ( )  :  void
ConvertToRadicalEdit.undo ( )  :  void

cdk-1.0.4.jar, ConvolveMatrixRable.class
package org.apache.batik.ext.awt.image.renderable
ConvolveMatrixRable.getBias ( ) [abstract]  :  double
ConvolveMatrixRable.getEdgeMode ( ) [abstract]  :  PadMode
ConvolveMatrixRable.getKernel ( ) [abstract]  :  Kernel
ConvolveMatrixRable.getKernelUnitLength ( ) [abstract]  :  double[ ]
ConvolveMatrixRable.getPreserveAlpha ( ) [abstract]  :  boolean
ConvolveMatrixRable.getSource ( ) [abstract]  :  Filter
ConvolveMatrixRable.getTarget ( ) [abstract]  :  Point
ConvolveMatrixRable.setBias ( double p1 ) [abstract]  :  void
ConvolveMatrixRable.setEdgeMode ( PadMode p1 ) [abstract]  :  void
ConvolveMatrixRable.setKernel ( Kernel p1 ) [abstract]  :  void
ConvolveMatrixRable.setKernelUnitLength ( double[ ] p1 ) [abstract]  :  void
ConvolveMatrixRable.setPreserveAlpha ( boolean p1 ) [abstract]  :  void
ConvolveMatrixRable.setSource ( Filter p1 ) [abstract]  :  void
ConvolveMatrixRable.setTarget ( Point p1 ) [abstract]  :  void

cdk-1.0.4.jar, ConvolveMatrixRable8Bit.class
package org.apache.batik.ext.awt.image.renderable
ConvolveMatrixRable8Bit.ConvolveMatrixRable8Bit ( Filter p1 )
ConvolveMatrixRable8Bit.createRendering ( RenderContext p1 )  :  RenderedImage
ConvolveMatrixRable8Bit.fixAlpha ( BufferedImage p1 )  :  void
ConvolveMatrixRable8Bit.fixAlpha_FALLBACK ( WritableRaster p1 )  :  void
ConvolveMatrixRable8Bit.fixAlpha_INT_PACK ( WritableRaster p1 )  :  void
ConvolveMatrixRable8Bit.getBias ( )  :  double
ConvolveMatrixRable8Bit.getEdgeMode ( )  :  PadMode
ConvolveMatrixRable8Bit.getKernel ( )  :  Kernel
ConvolveMatrixRable8Bit.getKernelUnitLength ( )  :  double[ ]
ConvolveMatrixRable8Bit.getPreserveAlpha ( )  :  boolean
ConvolveMatrixRable8Bit.getSource ( )  :  Filter
ConvolveMatrixRable8Bit.getTarget ( )  :  Point
ConvolveMatrixRable8Bit.setBias ( double p1 )  :  void
ConvolveMatrixRable8Bit.setEdgeMode ( PadMode p1 )  :  void
ConvolveMatrixRable8Bit.setKernel ( Kernel p1 )  :  void
ConvolveMatrixRable8Bit.setKernelUnitLength ( double[ ] p1 )  :  void
ConvolveMatrixRable8Bit.setPreserveAlpha ( boolean p1 )  :  void
ConvolveMatrixRable8Bit.setSource ( Filter p1 )  :  void
ConvolveMatrixRable8Bit.setTarget ( Point p1 )  :  void

cdk-1.0.4.jar, Coverage.class
package org.apache.batik.svggen.font.table
Coverage.Coverage ( )
Coverage.findGlyph ( int p1 ) [abstract]  :  int
Coverage.getFormat ( ) [abstract]  :  int
Coverage.read ( RandomAccessFile p1 ) [static]  :  Coverage

cdk-1.0.4.jar, CoverageFormat1.class
package org.apache.batik.svggen.font.table
CoverageFormat1.CoverageFormat1 ( RandomAccessFile p1 )
CoverageFormat1.findGlyph ( int p1 )  :  int
CoverageFormat1.getFormat ( )  :  int

cdk-1.0.4.jar, CoverageFormat2.class
package org.apache.batik.svggen.font.table
CoverageFormat2.CoverageFormat2 ( RandomAccessFile p1 )
CoverageFormat2.findGlyph ( int p1 )  :  int
CoverageFormat2.getFormat ( )  :  int

cdk-1.0.4.jar, Credentials.class
package org.apache.xindice.core.security
Credentials.checkGroup ( String p1 ) [abstract]  :  boolean
Credentials.getGroups ( ) [abstract]  :  ArrayList
Credentials.verify ( ) [abstract]  :  void

cdk-1.0.4.jar, Crystal.class
package org.openscience.cdk
Crystal.getZ ( )  :  int
Crystal.setZ ( int value )  :  void

cdk-1.0.4.jar, CrystalGeometryTools.class
package org.openscience.cdk.geometry
CrystalGeometryTools.fractionalToCartesian ( double[ ] aAxis, double[ ] bAxis, double[ ] cAxis, double[ ] frac ) [static]  :  double[ ] *DEPRECATED*
CrystalGeometryTools.fractionalToCartesian ( double[ ] aAxis, double[ ] bAxis, double[ ] cAxis, Point3d fracPoint ) [static]  :  Point3d *DEPRECATED*

cdk-1.0.4.jar, CrystalTool.class
package org.xmlcml.cml.tools
CrystalTool.applySymmetry ( )  :  void
CrystalTool.calculateCartesiansAndBonds ( )  :  void
CrystalTool.CrystalTool ( CMLMolecule molecule, CMLCrystal crystal )
CrystalTool.CrystalTool ( CMLMolecule molecule, CMLSymmetry symmetry )
CrystalTool.getCrystal ( )  :  CMLCrystal

cdk-1.0.4.jar, CrystalToolTest.class
package org.xmlcml.cml.tools.test
CrystalToolTest.CrystalToolTest ( )
CrystalToolTest.setUp ( )  :  void
CrystalToolTest.suite ( ) [static]  :  Test
CrystalToolTest.testApplySymmetry ( )  :  void
CrystalToolTest.testCalculateCartesiansAndBonds ( )  :  void

cdk-1.0.4.jar, CSSStyleDeclarationFactory.class
package org.apache.batik.dom.util
CSSStyleDeclarationFactory.createCSSStyleDeclaration ( ) [abstract]  :  CSSStyleDeclaration

cdk-1.0.4.jar, CvtTable.class
package org.apache.batik.svggen.font.table
CvtTable.CvtTable ( DirectoryEntry p1, RandomAccessFile p2 )
CvtTable.getType ( )  :  int
CvtTable.getValues ( )  :  short[ ]

cdk-1.0.4.jar, CycleMethodEnum.class
package org.apache.batik.ext.awt
MultipleGradientPaint.CycleMethodEnum.MultipleGradientPaint.CycleMethodEnum ( )

cdk-1.0.4.jar, DADMLReader.class
package org.openscience.cdk.internet
DADMLReader.close ( )  :  void
DADMLReader.DADMLReader ( String superdb )
DADMLReader.getFormat ( )  :  IChemFormat
DADMLReader.read ( ChemObject object )  :  ChemObject
DADMLReader.resolveLink ( URI dadmlRI )  :  URL
DADMLReader.resolveLinks ( URI dadmlRI )  :  Vector
DADMLReader.setQuery ( String indexType, String value )  :  void
DADMLReader.setQuery ( URI query )  :  void
DADMLReader.setReader ( Reader input )  :  void

cdk-1.0.4.jar, DADMLResult.class
package org.openscience.cdk.internet
DADMLResult.DADMLResult ( URL url, FIELD field )
DADMLResult.getField ( )  :  FIELD
DADMLResult.getURL ( )  :  URL
DADMLResult.setField ( FIELD field )  :  void
DADMLResult.setURL ( URL url )  :  void

cdk-1.0.4.jar, DarkenCompositeContext.class
package org.apache.batik.ext.awt.image
SVGComposite.DarkenCompositeContext.precompose ( Raster p1, Raster p2, WritableRaster p3 )  :  void

cdk-1.0.4.jar, DarkenCompositeContext_INT_PACK.class
package org.apache.batik.ext.awt.image
SVGComposite.DarkenCompositeContext_INT_PACK.precompose_INT_PACK ( int p1, int p2, int[ ] p3, int p4, int p5, int[ ] p6, int p7, int p8, int[ ] p9, int p10, int p11 )  :  void

cdk-1.0.4.jar, Database.class
package org.apache.xindice.core
Database.close ( )  :  boolean
Database.Database ( )
Database.flushConfig ( )  :  void
Database.getDatabase ( )  :  Database
Database.getDatabase ( String name ) [static]  :  Database
Database.getDocumentCache ( )  :  DocumentCache
Database.getQueryEngine ( )  :  QueryEngine
Database.getSecurityManager ( )  :  DBSecurityManager
Database.getSystemCollection ( )  :  SystemCollection
Database.getURIMapper ( )  :  URIMapper
Database.getURIMapper ( String uri )  :  URIMapper
Database.listDatabases ( ) [static]  :  String[ ]
Database.setConfig ( Configuration config )  :  void
package org.xmldb.api.base
Database.acceptsURI ( String p1 ) [abstract]  :  boolean
Database.getCollection ( String p1, String p2, String p3 ) [abstract]  :  Collection
Database.getConformanceLevel ( ) [abstract]  :  String
Database.getName ( ) [abstract]  :  String

cdk-1.0.4.jar, DATABASE.class
package org.openscience.dadml
DATABASE.DATABASE ( )
DATABASE.DATABASE ( String url )
DATABASE.getDefinition ( )  :  String
DATABASE.getURL ( )  :  String
DATABASE.setDefinition ( String u )  :  void
DATABASE.setURL ( String u )  :  void

cdk-1.0.4.jar, DatabaseHelper.class
package org.apache.xindice.client.corba.db
DatabaseHelper.DatabaseHelper ( )
DatabaseHelper.extract ( CORBA.Any a ) [static]  :  Database
DatabaseHelper.id ( ) [static]  :  String
DatabaseHelper.insert ( CORBA.Any a, Database t ) [static]  :  void
DatabaseHelper.narrow ( CORBA.Object obj ) [static]  :  Database
DatabaseHelper.read ( CORBA.portable.InputStream istream ) [static]  :  Database
DatabaseHelper.type ( ) [static]  :  CORBA.TypeCode
DatabaseHelper.unchecked_narrow ( CORBA.Object obj ) [static]  :  Database
DatabaseHelper.write ( CORBA.portable.OutputStream ostream, Database value ) [static]  :  void

cdk-1.0.4.jar, DatabaseHolder.class
package org.apache.xindice.client.corba.db
DatabaseHolder._read ( CORBA.portable.InputStream istream )  :  void
DatabaseHolder._type ( )  :  CORBA.TypeCode
DatabaseHolder._write ( CORBA.portable.OutputStream ostream )  :  void
DatabaseHolder.DatabaseHolder ( )
DatabaseHolder.DatabaseHolder ( Database initial )

cdk-1.0.4.jar, DatabaseImpl.class
package org.apache.xindice.client.xmldb
DatabaseImpl.acceptsURI ( String uri )  :  boolean
DatabaseImpl.DatabaseImpl ( )
DatabaseImpl.getCollection ( String uri, String username, String password )  :  Collection
DatabaseImpl.getCollectionFromURI ( String uri )  :  String
DatabaseImpl.getConformanceLevel ( )  :  String
DatabaseImpl.getName ( )  :  String
DatabaseImpl.getNamingNameFromURI ( String uri )  :  String
DatabaseImpl.getNamingURI ( String uri, String instance )  :  String
DatabaseImpl.getOrbConfig ( )  :  Properties
DatabaseImpl.init ( String bootstrapURI, String corbaName )  :  void

cdk-1.0.4.jar, DatabaseInstanceManager.class
package org.apache.xindice.client.xmldb.services
DatabaseInstanceManager.DatabaseInstanceManager ( DatabaseManager manager, Database db, DatabaseImpl database )
DatabaseInstanceManager.getDatabaseName ( )  :  String
DatabaseInstanceManager.getName ( )  :  String
DatabaseInstanceManager.getVersion ( )  :  String
DatabaseInstanceManager.remove ( )  :  void
DatabaseInstanceManager.setCollection ( Collection col )  :  void
DatabaseInstanceManager.shutdown ( )  :  void

cdk-1.0.4.jar, DatabaseManager.class
package org.xmldb.api
DatabaseManager.DatabaseManager ( )
DatabaseManager.deregisterDatabase ( Database p1 ) [static]  :  void
DatabaseManager.getCollection ( String p1 ) [static]  :  Collection
DatabaseManager.getCollection ( String p1, String p2, String p3 ) [static]  :  Collection
DatabaseManager.getConformanceLevel ( String p1 ) [static]  :  String
DatabaseManager.getDatabase ( String p1 ) [static]  :  Database
DatabaseManager.getDatabases ( ) [static]  :  Database[ ]
DatabaseManager.getProperty ( String p1 ) [static]  :  String
DatabaseManager.registerDatabase ( Database p1 ) [static]  :  void
DatabaseManager.setProperty ( String p1, String p2 ) [static]  :  void
DatabaseManager.stripURIPrefix ( String p1 ) [static]  :  String

cdk-1.0.4.jar, DatabaseManagerHelper.class
package org.apache.xindice.client.corba.db
DatabaseManagerHelper.DatabaseManagerHelper ( )
DatabaseManagerHelper.extract ( CORBA.Any a ) [static]  :  DatabaseManager
DatabaseManagerHelper.id ( ) [static]  :  String
DatabaseManagerHelper.insert ( CORBA.Any a, DatabaseManager t ) [static]  :  void
DatabaseManagerHelper.narrow ( CORBA.Object obj ) [static]  :  DatabaseManager
DatabaseManagerHelper.read ( CORBA.portable.InputStream istream ) [static]  :  DatabaseManager
DatabaseManagerHelper.type ( ) [static]  :  CORBA.TypeCode
DatabaseManagerHelper.unchecked_narrow ( CORBA.Object obj ) [static]  :  DatabaseManager
DatabaseManagerHelper.write ( CORBA.portable.OutputStream ostream, DatabaseManager value ) [static]  :  void

cdk-1.0.4.jar, DatabaseManagerHolder.class
package org.apache.xindice.client.corba.db
DatabaseManagerHolder._read ( CORBA.portable.InputStream istream )  :  void
DatabaseManagerHolder._type ( )  :  CORBA.TypeCode
DatabaseManagerHolder._write ( CORBA.portable.OutputStream ostream )  :  void
DatabaseManagerHolder.DatabaseManagerHolder ( )
DatabaseManagerHolder.DatabaseManagerHolder ( DatabaseManager initial )

cdk-1.0.4.jar, DatabaseManagerOperations.class
package org.apache.xindice.client.corba.db
DatabaseManagerOperations.getName ( ) [abstract]  :  String
DatabaseManagerOperations.shutdown ( ) [abstract]  :  void

cdk-1.0.4.jar, DatabaseManagerPOA.class
package org.apache.xindice.client.corba.db
DatabaseManagerPOA._all_interfaces ( PortableServer.POA poa, byte[ ] objectId )  :  String[ ]
DatabaseManagerPOA._invoke ( String opName, CORBA.portable.InputStream _is, CORBA.portable.ResponseHandler handler )  :  CORBA.portable.OutputStream
DatabaseManagerPOA._this ( )  :  DatabaseManager
DatabaseManagerPOA._this ( CORBA.ORB orb )  :  DatabaseManager
DatabaseManagerPOA.DatabaseManagerPOA ( )

cdk-1.0.4.jar, DatabaseManagerPOATie.class
package org.apache.xindice.client.corba.db
DatabaseManagerPOATie._default_POA ( )  :  PortableServer.POA
DatabaseManagerPOATie._delegate ( )  :  DatabaseManagerOperations
DatabaseManagerPOATie._delegate ( DatabaseManagerOperations delegate_ )  :  void
DatabaseManagerPOATie.DatabaseManagerPOATie ( DatabaseManagerOperations tieObject )
DatabaseManagerPOATie.DatabaseManagerPOATie ( DatabaseManagerOperations tieObject, PortableServer.POA poa )
DatabaseManagerPOATie.getName ( )  :  String
DatabaseManagerPOATie.remove ( )  :  void
DatabaseManagerPOATie.shutdown ( )  :  void

cdk-1.0.4.jar, DatabaseManagerServant.class
package org.apache.xindice.client.corba
DatabaseManagerServant.DatabaseManagerServant ( Database db, Kernel kernel )
DatabaseManagerServant.getName ( )  :  String
DatabaseManagerServant.remove ( )  :  void
DatabaseManagerServant.shutdown ( )  :  void

cdk-1.0.4.jar, DatabaseOperations.class
package org.apache.xindice.client.corba.db
DatabaseOperations.getCollection ( String p1 ) [abstract]  :  Collection
DatabaseOperations.getDatabaseManager ( ) [abstract]  :  DatabaseManager
DatabaseOperations.getName ( ) [abstract]  :  String
DatabaseOperations.listCollections ( ) [abstract]  :  String[ ]

cdk-1.0.4.jar, DatabasePOA.class
package org.apache.xindice.client.corba.db
DatabasePOA._all_interfaces ( PortableServer.POA poa, byte[ ] objectId )  :  String[ ]
DatabasePOA._invoke ( String opName, CORBA.portable.InputStream _is, CORBA.portable.ResponseHandler handler )  :  CORBA.portable.OutputStream
DatabasePOA._this ( )  :  Database
DatabasePOA._this ( CORBA.ORB orb )  :  Database
DatabasePOA.DatabasePOA ( )

cdk-1.0.4.jar, DatabasePOATie.class
package org.apache.xindice.client.corba.db
DatabasePOATie._default_POA ( )  :  PortableServer.POA
DatabasePOATie._delegate ( )  :  DatabaseOperations
DatabasePOATie._delegate ( DatabaseOperations delegate_ )  :  void
DatabasePOATie.DatabasePOATie ( DatabaseOperations tieObject )
DatabasePOATie.DatabasePOATie ( DatabaseOperations tieObject, PortableServer.POA poa )
DatabasePOATie.getCollection ( String path )  :  Collection
DatabasePOATie.getDatabaseManager ( )  :  DatabaseManager
DatabasePOATie.getName ( )  :  String
DatabasePOATie.listCollections ( )  :  String[ ]
DatabasePOATie.remove ( )  :  void

cdk-1.0.4.jar, DatabaseServant.class
package org.apache.xindice.client.corba
DatabaseServant.DatabaseServant ( Database db, Kernel kernel )
DatabaseServant.getCollection ( String nam )  :  Collection
DatabaseServant.getDatabaseManager ( )  :  DatabaseManager
DatabaseServant.getName ( )  :  String
DatabaseServant.listCollections ( )  :  String[ ]
DatabaseServant.remove ( )  :  void

cdk-1.0.4.jar, DataHelper.class
package org.apache.xindice.client.corba.db
DataHelper.DataHelper ( )
DataHelper.extract ( CORBA.Any a ) [static]  :  byte[ ]
DataHelper.id ( ) [static]  :  String
DataHelper.insert ( CORBA.Any a, byte[ ] t ) [static]  :  void
DataHelper.read ( CORBA.portable.InputStream istream ) [static]  :  byte[ ]
DataHelper.type ( ) [static]  :  CORBA.TypeCode
DataHelper.write ( CORBA.portable.OutputStream ostream, byte[ ] value ) [static]  :  void

cdk-1.0.4.jar, DataHolder.class
package org.apache.xindice.client.corba.db
DataHolder._read ( CORBA.portable.InputStream istream )  :  void
DataHolder._type ( )  :  CORBA.TypeCode
DataHolder._write ( CORBA.portable.OutputStream ostream )  :  void
DataHolder.DataHolder ( )
DataHolder.DataHolder ( byte[ ] initial )

cdk-1.0.4.jar, DateUtilities.class
package org.apache.xindice.util
DateUtilities.getDateLong ( Date date ) [static]  :  long
DateUtilities.getGMTDate ( String date ) [static]  :  Date
DateUtilities.getGMTString ( Date date ) [static]  :  String

cdk-1.0.4.jar, DBConduit.class
package org.apache.xindice.server.components
DBConduit.DBConduit ( )
DBConduit.executeQuery ( String alias, String sql )  :  DBQueryResult
DBConduit.getAvailableConnections ( String alias )  :  int
DBConduit.getConnection ( String alias )  :  Connection
DBConduit.getCreatedConnections ( String alias )  :  int
DBConduit.getDescription ( String alias )  :  String
DBConduit.getDriver ( String alias )  :  String
DBConduit.getMaximumConnections ( String alias )  :  int
DBConduit.getPingStatement ( String alias )  :  String
DBConduit.getTotalCreatedConnections ( String alias )  :  int
DBConduit.listAliases ( )  :  String[ ]
DBConduit.putConnection ( String alias, Connection connection )  :  void
DBConduit.removeConnection ( String alias, Connection connection )  :  void
DBConduit.setConfig ( Configuration config )  :  void

cdk-1.0.4.jar, DBDATA.class
package org.openscience.dadml
DBDATA.addField ( FIELD f )  :  void
DBDATA.DBDATA ( )
DBDATA.fields ( )  :  Enumeration
DBDATA.getAUTHOR ( )  :  String
DBDATA.getTITLE ( )  :  String
DBDATA.getURL ( )  :  String
DBDATA.setAUTHOR ( String u )  :  void
DBDATA.setTITLE ( String u )  :  void
DBDATA.setURL ( String u )  :  void

cdk-1.0.4.jar, DBDATAFileReader.class
package org.openscience.dadml.filereaders
DBDATAFileReader.DBDATAFileReader ( )
DBDATAFileReader.read ( String url )  :  DBDATA
DBDATAFileReader.read ( String url, String proxyUser, String proxyPwd )  :  DBDATA

cdk-1.0.4.jar, DBDATAHandler.class
package org.openscience.dadml.handlers
DBDATAHandler.DBDATAHandler ( )
DBDATAHandler.endDocument ( )  :  void
DBDATAHandler.returnDBDATA ( )  :  DBDATA
DBDATAHandler.startDocument ( )  :  void
DBDATAHandler.startElement ( String uri, String local, String name, Attributes atts )  :  void

cdk-1.0.4.jar, DBDEF.class
package org.openscience.dadml
DBDEF.addField ( FIELD f )  :  void
DBDEF.DBDEF ( )
DBDEF.fields ( )  :  Enumeration
DBDEF.getAUTHOR ( )  :  String
DBDEF.getTITLE ( )  :  String
DBDEF.getURL ( )  :  String
DBDEF.setAUTHOR ( String u )  :  void
DBDEF.setTITLE ( String u )  :  void
DBDEF.setURL ( String u )  :  void

cdk-1.0.4.jar, DBDEFFileReader.class
package org.openscience.dadml.filereaders
DBDEFFileReader.DBDEFFileReader ( )
DBDEFFileReader.read ( String url )  :  DBDEF
DBDEFFileReader.read ( String url, String proxyUser, String proxyPwd )  :  DBDEF

cdk-1.0.4.jar, DBDEFHandler.class
package org.openscience.dadml.handlers
DBDEFHandler.characters ( char[ ] ch, int start, int length )  :  void
DBDEFHandler.DBDEFHandler ( )
DBDEFHandler.endDocument ( )  :  void
DBDEFHandler.endElement ( String uri, String local, String name )  :  void
DBDEFHandler.returnDBDEF ( )  :  DBDEF
DBDEFHandler.startDocument ( )  :  void
DBDEFHandler.startElement ( String uri, String local, String name, Attributes atts )  :  void

cdk-1.0.4.jar, DBDEFInfo.class
package org.openscience.dadml.tools
DBDEFInfo.DBDEFInfo ( )
DBDEFInfo.getIndices ( DBDEF dbdef ) [static]  :  Vector
DBDEFInfo.hasINDEX ( DBDEF dbdef, String i ) [static]  :  boolean

cdk-1.0.4.jar, DBDEFLIST.class
package org.openscience.dadml
DBDEFLIST.addDBDEF ( DBDEF dbdef )  :  void
DBDEFLIST.DBDEFLIST ( )
DBDEFLIST.elements ( )  :  Enumeration

cdk-1.0.4.jar, DBDEFViewer.class
package org.openscience.dadml.viewers
DBDEFViewer.DBDEFViewer ( )
DBDEFViewer.print ( DBDEF dbdef ) [static]  :  void

cdk-1.0.4.jar, DBDocument.class
package org.apache.xindice.xml.dom
DBDocument.isAuthoring ( ) [abstract]  :  boolean
DBDocument.isCaching ( ) [abstract]  :  boolean
DBDocument.setAuthoring ( boolean p1 ) [abstract]  :  void
DBDocument.setCaching ( boolean p1 ) [abstract]  :  void

cdk-1.0.4.jar, DBException.class
package org.apache.xindice.core
DBException.DBException ( )
DBException.DBException ( int faultCode )
DBException.DBException ( int faultCode, String message )

cdk-1.0.4.jar, DBLIST.class
package org.openscience.dadml
DBLIST.addDatabase ( DATABASE db )  :  void
DBLIST.databases ( )  :  Enumeration
DBLIST.DBLIST ( )
DBLIST.getDatabaseCount ( )  :  int

cdk-1.0.4.jar, DBLISTFileReader.class
package org.openscience.dadml.filereaders
DBLISTFileReader.DBLISTFileReader ( )
DBLISTFileReader.read ( String url )  :  DBLIST
DBLISTFileReader.read ( String url, String proxyUser, String proxyPwd )  :  DBLIST

cdk-1.0.4.jar, DBLISTHandler.class
package org.openscience.dadml.handlers
DBLISTHandler.DBLISTHandler ( )
DBLISTHandler.returnDBLIST ( )  :  DBLIST
DBLISTHandler.startDocument ( )  :  void
DBLISTHandler.startElement ( String uri, String local, String name, Attributes atts )  :  void

cdk-1.0.4.jar, DBLISTViewer.class
package org.openscience.dadml.viewers
DBLISTViewer.DBLISTViewer ( )
DBLISTViewer.print ( DBLIST dblist ) [static]  :  void

cdk-1.0.4.jar, DBNode.class
package org.apache.xindice.xml.dom
DBNode.expandSource ( ) [abstract]  :  void
DBNode.getSource ( ) [abstract]  :  NodeSource
DBNode.setSource ( NodeSource p1 ) [abstract]  :  void

cdk-1.0.4.jar, DBObject.class
package org.apache.xindice.core
DBObject.close ( ) [abstract]  :  boolean
DBObject.create ( ) [abstract]  :  boolean
DBObject.drop ( ) [abstract]  :  boolean
DBObject.exists ( ) [abstract]  :  boolean
DBObject.isOpened ( ) [abstract]  :  boolean
DBObject.open ( ) [abstract]  :  boolean

cdk-1.0.4.jar, DBQueryResult.class
package org.apache.xindice.server.components
DBQueryResult.close ( )  :  void
DBQueryResult.DBQueryResult ( DBConduit conduit, String alias, Connection connection, Statement statement, ResultSet resultset, int rowsAffected )
DBQueryResult.finalize ( )  :  void
DBQueryResult.getResultSet ( )  :  ResultSet
DBQueryResult.getRowsAffected ( )  :  int
DBQueryResult.hasMoreResults ( )  :  boolean
DBQueryResult.hasResultSet ( )  :  boolean
DBQueryResult.hasRowsAffected ( )  :  boolean
DBQueryResult.isClosed ( )  :  boolean
DBQueryResult.remove ( )  :  void

cdk-1.0.4.jar, DBSecurityManager.class
package org.apache.xindice.core.security
DBSecurityManager.authenticate ( String p1, String p2 ) [abstract]  :  Credentials
DBSecurityManager.checkAccess ( String p1, int p2 ) [abstract]  :  void
DBSecurityManager.checkAccess ( String p1, int p2, Credentials p3 ) [abstract]  :  void
DBSecurityManager.logout ( ) [abstract]  :  void
DBSecurityManager.readConfig ( ) [abstract]  :  void
DBSecurityManager.setActive ( ) [abstract]  :  void

cdk-1.0.4.jar, Debug.class
package org.apache.xindice
Debug.Debug ( )
Debug.println ( ) [static]  :  void
Debug.println ( Object message ) [static]  :  void
Debug.println ( Object obj, Object message ) [static]  :  void
Debug.printStackTrace ( Throwable t ) [static]  :  void
Debug.setPrefix ( String debugPrefix ) [static]  :  void
Debug.SetPrintStream ( PrintStream out ) [static]  :  void
Debug.setPrintStream ( PrintStream outStream ) [static]  :  void

cdk-1.0.4.jar, DebugAminoAcid.class
package org.openscience.cdk.debug
DebugAminoAcid.addBond ( int atom1, int atom2, double order )  :  void
DebugAminoAcid.addBond ( int atom1, int atom2, double order, int stereo )  :  void
DebugAminoAcid.setProperties ( Hashtable properties )  :  void

cdk-1.0.4.jar, DebugAtom.class
package org.openscience.cdk.debug
DebugAtom.getVanderwaalsRadius ( )  :  double
DebugAtom.setAtomicNumber ( int atomicNumber )  :  void
DebugAtom.setBondOrderSum ( double bondOrderSum )  :  void
DebugAtom.setCharge ( double charge )  :  void
DebugAtom.setCovalentRadius ( double radius )  :  void
DebugAtom.setExactMass ( double exactMass )  :  void
DebugAtom.setFormalCharge ( int charge )  :  void
DebugAtom.setFormalNeighbourCount ( int count )  :  void
DebugAtom.setHybridization ( int hybridization )  :  void
DebugAtom.setHydrogenCount ( int hydrogenCount )  :  void
DebugAtom.setMassNumber ( int massNumber )  :  void
DebugAtom.setMaxBondOrder ( double maxBondOrder )  :  void
DebugAtom.setNaturalAbundance ( double naturalAbundance )  :  void
DebugAtom.setProperties ( Hashtable properties )  :  void
DebugAtom.setStereoParity ( int stereoParity )  :  void
DebugAtom.setValency ( int valency )  :  void
DebugAtom.setVanderwaalsRadius ( double radius )  :  void

cdk-1.0.4.jar, DebugAtomContainer.class
package org.openscience.cdk.debug
DebugAtomContainer.addBond ( int atom1, int atom2, double order )  :  void
DebugAtomContainer.addBond ( int atom1, int atom2, double order, int stereo )  :  void
DebugAtomContainer.setProperties ( Hashtable properties )  :  void

cdk-1.0.4.jar, DebugAtomContainerSet.class
package org.openscience.cdk.debug
DebugAtomContainerSet.setMultiplier ( IAtomContainer container, double multiplier )  :  boolean
DebugAtomContainerSet.setMultiplier ( int position, double multiplier )  :  void
DebugAtomContainerSet.setMultipliers ( double[ ] newMultipliers )  :  boolean
DebugAtomContainerSet.setProperties ( Hashtable properties )  :  void

cdk-1.0.4.jar, DebugAtomParity.class
package org.openscience.cdk.debug
DebugAtomParity.addListener ( IChemObjectListener col )  :  void
DebugAtomParity.getBuilder ( )  :  IChemObjectBuilder
DebugAtomParity.getFlag ( int flag_type )  :  boolean
DebugAtomParity.getFlags ( )  :  boolean[ ]
DebugAtomParity.getID ( )  :  String
DebugAtomParity.getListenerCount ( )  :  int
DebugAtomParity.getProperties ( )  :  Hashtable
DebugAtomParity.getProperty ( Object description )  :  Object
DebugAtomParity.notifyChanged ( )  :  void
DebugAtomParity.notifyChanged ( IChemObjectChangeEvent evt )  :  void
DebugAtomParity.removeListener ( IChemObjectListener col )  :  void
DebugAtomParity.removeProperty ( Object description )  :  void
DebugAtomParity.setFlag ( int flag_type, boolean flag_value )  :  void
DebugAtomParity.setFlags ( boolean[ ] flagsNew )  :  void
DebugAtomParity.setID ( String identifier )  :  void
DebugAtomParity.setProperties ( Hashtable properties )  :  void
DebugAtomParity.setProperty ( Object description, Object property )  :  void

cdk-1.0.4.jar, DebugAtomType.class
package org.openscience.cdk.debug
DebugAtomType.getVanderwaalsRadius ( )  :  double
DebugAtomType.setAtomicNumber ( int atomicNumber )  :  void
DebugAtomType.setBondOrderSum ( double bondOrderSum )  :  void
DebugAtomType.setCovalentRadius ( double radius )  :  void
DebugAtomType.setExactMass ( double exactMass )  :  void
DebugAtomType.setFormalCharge ( int charge )  :  void
DebugAtomType.setFormalNeighbourCount ( int count )  :  void
DebugAtomType.setHybridization ( int hybridization )  :  void
DebugAtomType.setMassNumber ( int massNumber )  :  void
DebugAtomType.setMaxBondOrder ( double maxBondOrder )  :  void
DebugAtomType.setNaturalAbundance ( double naturalAbundance )  :  void
DebugAtomType.setProperties ( Hashtable properties )  :  void
DebugAtomType.setValency ( int valency )  :  void
DebugAtomType.setVanderwaalsRadius ( double radius )  :  void

cdk-1.0.4.jar, DebugBioPolymer.class
package org.openscience.cdk.debug
DebugBioPolymer.addBond ( int atom1, int atom2, double order )  :  void
DebugBioPolymer.addBond ( int atom1, int atom2, double order, int stereo )  :  void
DebugBioPolymer.setProperties ( Hashtable properties )  :  void

cdk-1.0.4.jar, DebugBond.class
package org.openscience.cdk.debug
DebugBond.DebugBond ( IAtom atom1, IAtom atom2, double order )
DebugBond.DebugBond ( IAtom atom1, IAtom atom2, double order, int stereo )
DebugBond.setElectronCount ( int electronCount )  :  void
DebugBond.setOrder ( double order )  :  void
DebugBond.setProperties ( Hashtable properties )  :  void

cdk-1.0.4.jar, DebugChemFile.class
package org.openscience.cdk.debug
DebugChemFile.setProperties ( Hashtable properties )  :  void

cdk-1.0.4.jar, DebugChemModel.class
package org.openscience.cdk.debug
DebugChemModel.setProperties ( Hashtable properties )  :  void

cdk-1.0.4.jar, DebugChemObject.class
package org.openscience.cdk.debug
DebugChemObject.setProperties ( Hashtable properties )  :  void

cdk-1.0.4.jar, DebugChemObjectBuilder.class
package org.openscience.cdk.debug
DebugChemObjectBuilder.newBond ( IAtom atom1, IAtom atom2, double order )  :  IBond
DebugChemObjectBuilder.newBond ( IAtom atom1, IAtom atom2, double order, int stereo )  :  IBond

cdk-1.0.4.jar, DebugChemSequence.class
package org.openscience.cdk.debug
DebugChemSequence.setProperties ( Hashtable properties )  :  void

cdk-1.0.4.jar, DebugCrystal.class
package org.openscience.cdk.debug
DebugCrystal.addBond ( int atom1, int atom2, double order )  :  void
DebugCrystal.addBond ( int atom1, int atom2, double order, int stereo )  :  void
DebugCrystal.setProperties ( Hashtable properties )  :  void
DebugCrystal.setZ ( int value )  :  void

cdk-1.0.4.jar, DebugElectronContainer.class
package org.openscience.cdk.debug
DebugElectronContainer.setElectronCount ( int electronCount )  :  void
DebugElectronContainer.setProperties ( Hashtable properties )  :  void

cdk-1.0.4.jar, DebugElement.class
package org.openscience.cdk.debug
DebugElement.setAtomicNumber ( int atomicNumber )  :  void
DebugElement.setProperties ( Hashtable properties )  :  void

cdk-1.0.4.jar, DebugIsotope.class
package org.openscience.cdk.debug
DebugIsotope.setAtomicNumber ( int atomicNumber )  :  void
DebugIsotope.setExactMass ( double exactMass )  :  void
DebugIsotope.setMassNumber ( int massNumber )  :  void
DebugIsotope.setNaturalAbundance ( double naturalAbundance )  :  void
DebugIsotope.setProperties ( Hashtable properties )  :  void

cdk-1.0.4.jar, DebugLonePair.class
package org.openscience.cdk.debug
DebugLonePair.setElectronCount ( int electronCount )  :  void
DebugLonePair.setProperties ( Hashtable properties )  :  void

cdk-1.0.4.jar, DebugMapping.class
package org.openscience.cdk.debug
DebugMapping.setProperties ( Hashtable properties )  :  void

cdk-1.0.4.jar, DebugMolecule.class
package org.openscience.cdk.debug
DebugMolecule.addBond ( int atom1, int atom2, double order )  :  void
DebugMolecule.addBond ( int atom1, int atom2, double order, int stereo )  :  void
DebugMolecule.setProperties ( Hashtable properties )  :  void

cdk-1.0.4.jar, DebugMoleculeSet.class
package org.openscience.cdk.debug
DebugMoleculeSet.setMultiplier ( IAtomContainer container, double multiplier )  :  boolean
DebugMoleculeSet.setMultiplier ( int position, double multiplier )  :  void
DebugMoleculeSet.setMultipliers ( double[ ] newMultipliers )  :  boolean
DebugMoleculeSet.setProperties ( Hashtable properties )  :  void

cdk-1.0.4.jar, DebugMonomer.class
package org.openscience.cdk.debug
DebugMonomer.addBond ( int atom1, int atom2, double order )  :  void
DebugMonomer.addBond ( int atom1, int atom2, double order, int stereo )  :  void
DebugMonomer.setProperties ( Hashtable properties )  :  void

cdk-1.0.4.jar, DebugPDBAtom.class
package org.openscience.cdk.debug
DebugPDBAtom.setHetAtom ( boolean newHetAtom )  :  void
DebugPDBAtom.setOccupancy ( double newOccupancy )  :  void
DebugPDBAtom.setOxt ( boolean newOxt )  :  void
DebugPDBAtom.setSerial ( int newSerial )  :  void
DebugPDBAtom.setTempFactor ( double newTempFactor )  :  void

cdk-1.0.4.jar, DebugPDBStructure.class
package org.openscience.cdk.debug
DebugPDBStructure.setEndChainID ( char endChainID )  :  void
DebugPDBStructure.setEndInsertionCode ( char endInsertionCode )  :  void
DebugPDBStructure.setEndSequenceNumber ( int endSequenceNumber )  :  void
DebugPDBStructure.setStartChainID ( char startChainID )  :  void
DebugPDBStructure.setStartInsertionCode ( char startInsertionCode )  :  void
DebugPDBStructure.setStartSequenceNumber ( int startSequenceNumber )  :  void

cdk-1.0.4.jar, DebugPolymer.class
package org.openscience.cdk.debug
DebugPolymer.addBond ( int atom1, int atom2, double order )  :  void
DebugPolymer.addBond ( int atom1, int atom2, double order, int stereo )  :  void
DebugPolymer.setProperties ( Hashtable properties )  :  void

cdk-1.0.4.jar, DebugPseudoAtom.class
package org.openscience.cdk.debug
DebugPseudoAtom.getVanderwaalsRadius ( )  :  double
DebugPseudoAtom.setAtomicNumber ( int atomicNumber )  :  void
DebugPseudoAtom.setBondOrderSum ( double bondOrderSum )  :  void
DebugPseudoAtom.setCharge ( double charge )  :  void
DebugPseudoAtom.setCovalentRadius ( double radius )  :  void
DebugPseudoAtom.setExactMass ( double exactMass )  :  void
DebugPseudoAtom.setFormalCharge ( int charge )  :  void
DebugPseudoAtom.setFormalNeighbourCount ( int count )  :  void
DebugPseudoAtom.setHybridization ( int hybridization )  :  void
DebugPseudoAtom.setHydrogenCount ( int hydrogenCount )  :  void
DebugPseudoAtom.setMassNumber ( int massNumber )  :  void
DebugPseudoAtom.setMaxBondOrder ( double maxBondOrder )  :  void
DebugPseudoAtom.setNaturalAbundance ( double naturalAbundance )  :  void
DebugPseudoAtom.setProperties ( Hashtable properties )  :  void
DebugPseudoAtom.setStereoParity ( int stereoParity )  :  void
DebugPseudoAtom.setValency ( int valency )  :  void
DebugPseudoAtom.setVanderwaalsRadius ( double radius )  :  void

cdk-1.0.4.jar, DebugReaction.class
package org.openscience.cdk.debug
DebugReaction.addProduct ( IMolecule product, double coefficient )  :  void
DebugReaction.addReactant ( IMolecule reactant, double coefficient )  :  void
DebugReaction.setDirection ( int direction )  :  void
DebugReaction.setProductCoefficient ( IMolecule product, double coefficient )  :  boolean
DebugReaction.setProductCoefficients ( double[ ] coefficients )  :  boolean
DebugReaction.setProperties ( Hashtable properties )  :  void
DebugReaction.setReactantCoefficient ( IMolecule reactant, double coefficient )  :  boolean
DebugReaction.setReactantCoefficients ( double[ ] coefficients )  :  boolean

cdk-1.0.4.jar, DebugReactionSet.class
package org.openscience.cdk.debug
DebugReactionSet.setProperties ( Hashtable properties )  :  void

cdk-1.0.4.jar, DebugRing.class
package org.openscience.cdk.debug
DebugRing.addBond ( int atom1, int atom2, double order )  :  void
DebugRing.addBond ( int atom1, int atom2, double order, int stereo )  :  void
DebugRing.setProperties ( Hashtable properties )  :  void

cdk-1.0.4.jar, DebugSingleElectron.class
package org.openscience.cdk.debug
DebugSingleElectron.setElectronCount ( int electronCount )  :  void
DebugSingleElectron.setProperties ( Hashtable properties )  :  void

cdk-1.0.4.jar, DebugStrand.class
package org.openscience.cdk.debug
DebugStrand.addBond ( int atom1, int atom2, double order )  :  void
DebugStrand.addBond ( int atom1, int atom2, double order, int stereo )  :  void
DebugStrand.setProperties ( Hashtable properties )  :  void

cdk-1.0.4.jar, DefaultBrokenLinkProvider.class
package org.apache.batik.ext.awt.image.spi
DefaultBrokenLinkProvider.DefaultBrokenLinkProvider ( )
DefaultBrokenLinkProvider.formatMessage ( Object p1, String p2, Object[ ] p3 ) [static]  :  String
DefaultBrokenLinkProvider.getBrokenLinkImage ( Object p1, String p2, Object[ ] p3 )  :  Filter

cdk-1.0.4.jar, DefaultCachedImageHandler.class
package org.apache.batik.svggen
DefaultCachedImageHandler.buildBufferedImage ( Dimension p1 )  :  BufferedImage
DefaultCachedImageHandler.cacheBufferedImage ( Element p1, BufferedImage p2, SVGGeneratorContext p3 )  :  void
DefaultCachedImageHandler.createElement ( SVGGeneratorContext p1 )  :  Element
DefaultCachedImageHandler.DefaultCachedImageHandler ( )
DefaultCachedImageHandler.encodeImage ( BufferedImage p1, OutputStream p2 ) [abstract]  :  void
DefaultCachedImageHandler.getBufferedImageType ( ) [abstract]  :  int
DefaultCachedImageHandler.getImageCacher ( )  :  ImageCacher
DefaultCachedImageHandler.getRefPrefix ( ) [abstract]  :  String
DefaultCachedImageHandler.handleEmptyImage ( Element p1 )  :  void
DefaultCachedImageHandler.handleHREF ( Image p1, Element p2, SVGGeneratorContext p3 )  :  void
DefaultCachedImageHandler.handleHREF ( RenderableImage p1, Element p2, SVGGeneratorContext p3 )  :  void
DefaultCachedImageHandler.handleHREF ( RenderedImage p1, Element p2, SVGGeneratorContext p3 )  :  void
DefaultCachedImageHandler.handleImage ( Image p1, Element p2, int p3, int p4, int p5, int p6, SVGGeneratorContext p7 )  :  AffineTransform
DefaultCachedImageHandler.handleImage ( RenderableImage p1, Element p2, double p3, double p4, double p5, double p6, SVGGeneratorContext p7 )  :  AffineTransform
DefaultCachedImageHandler.handleImage ( RenderedImage p1, Element p2, int p3, int p4, int p5, int p6, SVGGeneratorContext p7 )  :  AffineTransform
DefaultCachedImageHandler.handleTransform ( Element p1, double p2, double p3, double p4, double p5, double p6, double p7, SVGGeneratorContext p8 )  :  AffineTransform
DefaultCachedImageHandler.setDOMTreeManager ( DOMTreeManager p1 )  :  void

cdk-1.0.4.jar, DefaultChemObjectBuilder.class
package org.openscience.cdk
DefaultChemObjectBuilder.newBond ( IAtom atom1, IAtom atom2, double order )  :  IBond
DefaultChemObjectBuilder.newBond ( IAtom atom1, IAtom atom2, double order, int stereo )  :  IBond

cdk-1.0.4.jar, DefaultErrorHandler.class
package org.apache.batik.svggen
DefaultErrorHandler.DefaultErrorHandler ( )
DefaultErrorHandler.handleError ( SVGGraphics2DIOException p1 )  :  void
DefaultErrorHandler.handleError ( SVGGraphics2DRuntimeException p1 )  :  void

cdk-1.0.4.jar, DefaultExtensionHandler.class
package org.apache.batik.svggen
DefaultExtensionHandler.DefaultExtensionHandler ( )
DefaultExtensionHandler.handleComposite ( Composite p1, SVGGeneratorContext p2 )  :  SVGCompositeDescriptor
DefaultExtensionHandler.handleFilter ( BufferedImageOp p1, Rectangle p2, SVGGeneratorContext p3 )  :  SVGFilterDescriptor
DefaultExtensionHandler.handlePaint ( Paint p1, SVGGeneratorContext p2 )  :  SVGPaintDescriptor

cdk-1.0.4.jar, DefaultGraphics2D.class
package org.apache.batik.ext.awt.g2d
DefaultGraphics2D.copyArea ( int p1, int p2, int p3, int p4, int p5, int p6 )  :  void
DefaultGraphics2D.create ( )  :  Graphics
DefaultGraphics2D.DefaultGraphics2D ( boolean p1 )
DefaultGraphics2D.DefaultGraphics2D ( DefaultGraphics2D p1 )
DefaultGraphics2D.dispose ( )  :  void
DefaultGraphics2D.draw ( Shape p1 )  :  void
DefaultGraphics2D.drawImage ( Image p1, int p2, int p3, ImageObserver p4 )  :  boolean
DefaultGraphics2D.drawImage ( Image p1, int p2, int p3, int p4, int p5, ImageObserver p6 )  :  boolean
DefaultGraphics2D.drawRenderableImage ( RenderableImage p1, AffineTransform p2 )  :  void
DefaultGraphics2D.drawRenderedImage ( RenderedImage p1, AffineTransform p2 )  :  void
DefaultGraphics2D.drawString ( AttributedCharacterIterator p1, float p2, float p3 )  :  void
DefaultGraphics2D.drawString ( String p1, float p2, float p3 )  :  void
DefaultGraphics2D.fill ( Shape p1 )  :  void
DefaultGraphics2D.getDeviceConfiguration ( )  :  GraphicsConfiguration
DefaultGraphics2D.getFontMetrics ( Font p1 )  :  FontMetrics
DefaultGraphics2D.setXORMode ( Color p1 )  :  void

cdk-1.0.4.jar, DefaultImageHandler.class
package org.apache.batik.svggen
DefaultImageHandler.DefaultImageHandler ( )
DefaultImageHandler.handleHREF ( Image p1, Element p2, SVGGeneratorContext p3 )  :  void
DefaultImageHandler.handleHREF ( RenderableImage p1, Element p2, SVGGeneratorContext p3 )  :  void
DefaultImageHandler.handleHREF ( RenderedImage p1, Element p2, SVGGeneratorContext p3 )  :  void
DefaultImageHandler.handleImage ( Image p1, Element p2, SVGGeneratorContext p3 )  :  void
DefaultImageHandler.handleImage ( RenderableImage p1, Element p2, SVGGeneratorContext p3 )  :  void
DefaultImageHandler.handleImage ( RenderedImage p1, Element p2, SVGGeneratorContext p3 )  :  void

cdk-1.0.4.jar, DefaultIteratingChemObjectReader.class
package org.openscience.cdk.io.iterator
DefaultIteratingChemObjectReader.fireFrameRead ( )  :  void

cdk-1.0.4.jar, DefaultStyleHandler.class
package org.apache.batik.svggen
DefaultStyleHandler.appliesTo ( String p1, String p2 )  :  boolean
DefaultStyleHandler.DefaultStyleHandler ( )
DefaultStyleHandler.setStyle ( Element p1, Map p2, SVGGeneratorContext p3 )  :  void

cdk-1.0.4.jar, DeferRable.class
package org.apache.batik.ext.awt.image.renderable
DeferRable.createDefaultRendering ( )  :  RenderedImage
DeferRable.createRendering ( RenderContext p1 )  :  RenderedImage
DeferRable.createScaledRendering ( int p1, int p2, RenderingHints p3 )  :  RenderedImage
DeferRable.DeferRable ( )
DeferRable.getBounds2D ( )  :  Rectangle2D
DeferRable.getDependencyRegion ( int p1, Rectangle2D p2 )  :  Shape
DeferRable.getDirtyRegion ( int p1, Rectangle2D p2 )  :  Shape
DeferRable.getHeight ( )  :  float
DeferRable.getMinX ( )  :  float
DeferRable.getMinY ( )  :  float
DeferRable.getProperty ( String p1 )  :  Object
DeferRable.getPropertyNames ( )  :  String[ ]
DeferRable.getSource ( )  :  Filter
DeferRable.getSources ( )  :  Vector
DeferRable.getTimeStamp ( )  :  long
DeferRable.getWidth ( )  :  float
DeferRable.isDynamic ( )  :  boolean
DeferRable.setBounds ( Rectangle2D p1 )  :  void
DeferRable.setProperties ( Map p1 )  :  void
DeferRable.setSource ( Filter p1 )  :  void

cdk-1.0.4.jar, DegreeAtom.class
package org.openscience.cdk.isomorphism.matchers.smarts
DegreeAtom.DegreeAtom ( )
DegreeAtom.getOperator ( )  :  int

cdk-1.0.4.jar, DeleteCollection.class
package org.apache.xindice.tools.command
DeleteCollection.DeleteCollection ( )
DeleteCollection.execute ( Hashtable table )  :  boolean

cdk-1.0.4.jar, DeleteCollectionXMLObject.class
package org.apache.xindice.tools.command
DeleteCollectionXMLObject.DeleteCollectionXMLObject ( )
DeleteCollectionXMLObject.execute ( Hashtable table )  :  boolean

cdk-1.0.4.jar, DeleteDocument.class
package org.apache.xindice.tools.command
DeleteDocument.DeleteDocument ( )
DeleteDocument.execute ( Hashtable table )  :  boolean

cdk-1.0.4.jar, DeleteIndexer.class
package org.apache.xindice.tools.command
DeleteIndexer.DeleteIndexer ( )
DeleteIndexer.execute ( Hashtable table )  :  boolean

cdk-1.0.4.jar, DeploymentTask.class
package org.apache.xindice.tools
DeploymentTask.DeploymentTask ( )
DeploymentTask.execute ( )  :  void
DeploymentTask.setActivity ( String name )  :  void
DeploymentTask.setClass ( String name )  :  void
DeploymentTask.setCollection ( String name )  :  void
DeploymentTask.setDatabase ( String name )  :  void
DeploymentTask.setHome ( String name )  :  void
DeploymentTask.setName ( String name )  :  void
DeploymentTask.setPath ( String name )  :  void

cdk-1.0.4.jar, DescriptorCalculator.class
package org.openscience.cdk.applications
DescriptorCalculator.DescriptorCalculator ( )
DescriptorCalculator.main ( String[ ] args ) [static]  :  void
DescriptorCalculator.process ( String toProcess )  :  void

cdk-1.0.4.jar, DescriptorValue.class
package org.openscience.cdk.qsar
DescriptorValue.DescriptorValue ( DescriptorSpecification specification, String[ ] parameterNames, Object[ ] parameterSettings, IDescriptorResult value ) *DEPRECATED*

cdk-1.0.4.jar, Device.class
package org.apache.batik.svggen.font.table
Device.Device ( RandomAccessFile p1 )

cdk-1.0.4.jar, Dialog.class
package org.apache.batik.ext.swing
JAffineTransformChooser.Dialog.JAffineTransformChooser.Dialog ( Component p1, String p2, boolean p3, JAffineTransformChooser p4, AffineTransformTracker p5, ActionListener p6 )
JAffineTransformChooser.Dialog.reset ( )  :  void
JAffineTransformChooser.Dialog.setTransform ( AffineTransform p1 )  :  void
JAffineTransformChooser.Dialog.show ( )  :  void
JAffineTransformChooser.Dialog.showDialog ( )  :  AffineTransform

cdk-1.0.4.jar, DictionaryMap.class
package org.xmlcml.cml.element
DictionaryMap.DictionaryMap ( )
DictionaryMap.DictionaryMap ( File dir, boolean useSubdirectories )

cdk-1.0.4.jar, DictRef.class
package org.openscience.cdk.dict
DictRef.getDictRef ( )  :  String

cdk-1.0.4.jar, DictRefAttribute.class
package org.xmlcml.cml.element
DictRefAttribute.checkAttribute ( CMLElement element, GenericDictionaryMap dictionaryMap )  :  List
DictRefAttribute.DictRefAttribute ( )
DictRefAttribute.DictRefAttribute ( Attribute att )
DictRefAttribute.DictRefAttribute ( String name, String value )
DictRefAttribute.getDictRefFromElementOrParent ( CMLElement el ) [static]  :  DictRefAttribute

cdk-1.0.4.jar, DictRefAttributeTest.class
package org.xmlcml.cml.element.test
DictRefAttributeTest.DictRefAttributeTest ( )
DictRefAttributeTest.largeExample ( String p1, int p2 )  :  void
DictRefAttributeTest.setUp ( )  :  void
DictRefAttributeTest.suite ( ) [static]  :  Test
DictRefAttributeTest.test4CDFExample ( )  :  void
DictRefAttributeTest.testGetDictionaries ( )  :  void
DictRefAttributeTest.testGetPrefixAndNamespaceURI ( )  :  void
DictRefAttributeTest.testTacExample ( )  :  void

cdk-1.0.4.jar, DictRefEditorTableModel.class
package org.openscience.cdk.applications.swing
DictRefEditorTableModel.DictRefEditorTableModel ( )
DictRefEditorTableModel.getColumnClass ( int col )  :  Class
DictRefEditorTableModel.getColumnCount ( )  :  int
DictRefEditorTableModel.getColumnName ( int col )  :  String
DictRefEditorTableModel.getRowCount ( )  :  int
DictRefEditorTableModel.getValueAt ( int row, int col )  :  Object
DictRefEditorTableModel.isCellEditable ( int row, int column )  :  boolean
DictRefEditorTableModel.setChemObject ( ChemObject object )  :  void
DictRefEditorTableModel.setValueAt ( Object value, int row, int column )  :  void

cdk-1.0.4.jar, DiffuseLightingRable.class
package org.apache.batik.ext.awt.image.renderable
DiffuseLightingRable.getKd ( ) [abstract]  :  double
DiffuseLightingRable.getKernelUnitLength ( ) [abstract]  :  double[ ]
DiffuseLightingRable.getLight ( ) [abstract]  :  Light
DiffuseLightingRable.getLitRegion ( ) [abstract]  :  Rectangle2D
DiffuseLightingRable.getSource ( ) [abstract]  :  Filter
DiffuseLightingRable.getSurfaceScale ( ) [abstract]  :  double
DiffuseLightingRable.setKd ( double p1 ) [abstract]  :  void
DiffuseLightingRable.setKernelUnitLength ( double[ ] p1 ) [abstract]  :  void
DiffuseLightingRable.setLight ( Light p1 ) [abstract]  :  void
DiffuseLightingRable.setLitRegion ( Rectangle2D p1 ) [abstract]  :  void
DiffuseLightingRable.setSource ( Filter p1 ) [abstract]  :  void
DiffuseLightingRable.setSurfaceScale ( double p1 ) [abstract]  :  void

cdk-1.0.4.jar, DiffuseLightingRable8Bit.class
package org.apache.batik.ext.awt.image.renderable
DiffuseLightingRable8Bit.createRendering ( RenderContext p1 )  :  RenderedImage
DiffuseLightingRable8Bit.DiffuseLightingRable8Bit ( Filter p1, Rectangle2D p2, Light p3, double p4, double p5, double[ ] p6 )
DiffuseLightingRable8Bit.getBounds2D ( )  :  Rectangle2D
DiffuseLightingRable8Bit.getKd ( )  :  double
DiffuseLightingRable8Bit.getKernelUnitLength ( )  :  double[ ]
DiffuseLightingRable8Bit.getLight ( )  :  Light
DiffuseLightingRable8Bit.getLitRegion ( )  :  Rectangle2D
DiffuseLightingRable8Bit.getSource ( )  :  Filter
DiffuseLightingRable8Bit.getSurfaceScale ( )  :  double
DiffuseLightingRable8Bit.setKd ( double p1 )  :  void
DiffuseLightingRable8Bit.setKernelUnitLength ( double[ ] p1 )  :  void
DiffuseLightingRable8Bit.setLight ( Light p1 )  :  void
DiffuseLightingRable8Bit.setLitRegion ( Rectangle2D p1 )  :  void
DiffuseLightingRable8Bit.setSource ( Filter p1 )  :  void
DiffuseLightingRable8Bit.setSurfaceScale ( double p1 )  :  void

cdk-1.0.4.jar, DiffuseLightingRed.class
package org.apache.batik.ext.awt.image.rendered
DiffuseLightingRed.copyData ( WritableRaster p1 )  :  WritableRaster
DiffuseLightingRed.DiffuseLightingRed ( double p1, Light p2, BumpMap p3, Rectangle p4, double p5, double p6, boolean p7 )

cdk-1.0.4.jar, DirectoryClassLoader.class
package org.apache.xindice.util
DirectoryClassLoader.DirectoryClassLoader ( String directory )
DirectoryClassLoader.isModified ( String classname )  :  boolean
DirectoryClassLoader.loadClass ( String classname, boolean resolve )  :  Class

cdk-1.0.4.jar, DirectoryEntry.class
package org.apache.batik.svggen.font.table
DirectoryEntry.DirectoryEntry ( RandomAccessFile p1 )
DirectoryEntry.getChecksum ( )  :  int
DirectoryEntry.getLength ( )  :  int
DirectoryEntry.getOffset ( )  :  int
DirectoryEntry.getTag ( )  :  int
DirectoryEntry.toString ( )  :  String

cdk-1.0.4.jar, DiscreteTransfer.class
package org.apache.batik.ext.awt.image
DiscreteTransfer.DiscreteTransfer ( int[ ] p1 )
DiscreteTransfer.getLookupTable ( )  :  byte[ ]

cdk-1.0.4.jar, Dispatcher.class
package org.apache.batik.util
EventDispatcher.Dispatcher.dispatch ( Object p1, Object p2 ) [abstract]  :  void

cdk-1.0.4.jar, DisplacementChargeFromAcceptorReaction.class
package org.openscience.cdk.reaction.type
DisplacementChargeFromAcceptorReaction.cleanFlagBOND ( IAtomContainer ac )  :  void
DisplacementChargeFromAcceptorReaction.DisplacementChargeFromAcceptorReaction ( )
DisplacementChargeFromAcceptorReaction.getParameterNames ( )  :  String[ ]
DisplacementChargeFromAcceptorReaction.getParameters ( )  :  Object[ ]
DisplacementChargeFromAcceptorReaction.getParameterType ( String name )  :  Object
DisplacementChargeFromAcceptorReaction.getSpecification ( )  :  ReactionSpecification
DisplacementChargeFromAcceptorReaction.initiate ( IMoleculeSet reactants, IMoleculeSet agents )  :  IReactionSet
DisplacementChargeFromAcceptorReaction.setParameters ( Object[ ] params )  :  void

cdk-1.0.4.jar, DisplacementChargeFromDonorReaction.class
package org.openscience.cdk.reaction.type
DisplacementChargeFromDonorReaction.cleanFlagBOND ( IAtomContainer ac )  :  void
DisplacementChargeFromDonorReaction.DisplacementChargeFromDonorReaction ( )
DisplacementChargeFromDonorReaction.getParameterNames ( )  :  String[ ]
DisplacementChargeFromDonorReaction.getParameters ( )  :  Object[ ]
DisplacementChargeFromDonorReaction.getParameterType ( String name )  :  Object
DisplacementChargeFromDonorReaction.getSpecification ( )  :  ReactionSpecification
DisplacementChargeFromDonorReaction.initiate ( IMoleculeSet reactants, IMoleculeSet agents )  :  IReactionSet
DisplacementChargeFromDonorReaction.setParameters ( Object[ ] params )  :  void

cdk-1.0.4.jar, DisplacementMapRable.class
package org.apache.batik.ext.awt.image.renderable
DisplacementMapRable.getScale ( ) [abstract]  :  double
DisplacementMapRable.getXChannelSelector ( ) [abstract]  :  ARGBChannel
DisplacementMapRable.getYChannelSelector ( ) [abstract]  :  ARGBChannel
DisplacementMapRable.setScale ( double p1 ) [abstract]  :  void
DisplacementMapRable.setSources ( List p1 ) [abstract]  :  void
DisplacementMapRable.setXChannelSelector ( ARGBChannel p1 ) [abstract]  :  void
DisplacementMapRable.setYChannelSelector ( ARGBChannel p1 ) [abstract]  :  void

cdk-1.0.4.jar, DisplacementMapRable8Bit.class
package org.apache.batik.ext.awt.image.renderable
DisplacementMapRable8Bit.createRendering ( RenderContext p1 )  :  RenderedImage
DisplacementMapRable8Bit.DisplacementMapRable8Bit ( List p1, double p2, ARGBChannel p3, ARGBChannel p4 )
DisplacementMapRable8Bit.getBounds2D ( )  :  Rectangle2D
DisplacementMapRable8Bit.getDependencyRegion ( int p1, Rectangle2D p2 )  :  Shape
DisplacementMapRable8Bit.getDirtyRegion ( int p1, Rectangle2D p2 )  :  Shape
DisplacementMapRable8Bit.getScale ( )  :  double
DisplacementMapRable8Bit.getXChannelSelector ( )  :  ARGBChannel
DisplacementMapRable8Bit.getYChannelSelector ( )  :  ARGBChannel
DisplacementMapRable8Bit.setScale ( double p1 )  :  void
DisplacementMapRable8Bit.setSources ( List p1 )  :  void
DisplacementMapRable8Bit.setXChannelSelector ( ARGBChannel p1 )  :  void
DisplacementMapRable8Bit.setYChannelSelector ( ARGBChannel p1 )  :  void

cdk-1.0.4.jar, DisplacementMapRed.class
package org.apache.batik.ext.awt.image.rendered
DisplacementMapRed.copyData ( WritableRaster p1 )  :  WritableRaster
DisplacementMapRed.DisplacementMapRed ( CachableRed p1, CachableRed p2, ARGBChannel p3, ARGBChannel p4, float p5, float p6, RenderingHints p7 )
DisplacementMapRed.filterBL ( Raster p1, WritableRaster p2, int[ ] p3, int[ ] p4, int[ ] p5, int[ ] p6 )  :  void
DisplacementMapRed.filterBLPre ( Raster p1, WritableRaster p2, int[ ] p3, int[ ] p4, int[ ] p5, int[ ] p6 )  :  void
DisplacementMapRed.filterNN ( Raster p1, WritableRaster p2, int[ ] p3, int[ ] p4, int[ ] p5, int[ ] p6 )  :  void
DisplacementMapRed.getTile ( int p1, int p2 )  :  Raster
DisplacementMapRed.getXOffsets ( int p1 )  :  DisplacementMapRed.TileOffsets
DisplacementMapRed.getYOffsets ( int p1 )  :  DisplacementMapRed.TileOffsets

cdk-1.0.4.jar, Disposable.class
package org.apache.xindice.util
Disposable.dispose ( ) [abstract]  :  void

cdk-1.0.4.jar, DistantLight.class
package org.apache.batik.ext.awt.image
DistantLight.DistantLight ( double p1, double p2, Color p3 )
DistantLight.getAzimuth ( )  :  double
DistantLight.getElevation ( )  :  double
DistantLight.getLight ( double p1, double p2, double p3, double[ ] p4 )  :  void
DistantLight.getLightRow ( double p1, double p2, double p3, int p4, double[ ][ ] p5, double[ ][ ] p6 )  :  double[ ][ ]
DistantLight.isConstant ( )  :  boolean

cdk-1.0.4.jar, DistLargeInfo.class
package org.openscience.cdk.applications
DistLargeInfo.DistLargeInfo ( )
DistLargeInfo.main ( String[ ] args ) [static]  :  void

cdk-1.0.4.jar, DocumentBuilderFactoryImpl.class
package org.apache.xindice.xml.jaxp
DocumentBuilderFactoryImpl.DocumentBuilderFactoryImpl ( )
DocumentBuilderFactoryImpl.getAttribute ( String name )  :  Object
DocumentBuilderFactoryImpl.newDocumentBuilder ( )  :  DocumentBuilder
DocumentBuilderFactoryImpl.setAttribute ( String name, Object value )  :  void

cdk-1.0.4.jar, DocumentBuilderImpl.class
package org.apache.xindice.xml.jaxp
DocumentBuilderImpl.DocumentBuilderImpl ( )
DocumentBuilderImpl.getDOMImplementation ( )  :  DOMImplementation
DocumentBuilderImpl.isNamespaceAware ( )  :  boolean
DocumentBuilderImpl.isValidating ( )  :  boolean
DocumentBuilderImpl.newDocument ( )  :  Document
DocumentBuilderImpl.parse ( InputSource source )  :  Document
DocumentBuilderImpl.setEntityResolver ( EntityResolver entities )  :  void
DocumentBuilderImpl.setErrorHandler ( ErrorHandler errors )  :  void

cdk-1.0.4.jar, DocumentCache.class
package org.apache.xindice.core
DocumentCache.DocumentCache ( )
DocumentCache.getCacheControl ( Document doc ) [static]  :  int
DocumentCache.getDocument ( Collection col, Key key )  :  Document
DocumentCache.putDocument ( Collection col, Key key, byte[ ] bytes )  :  void
DocumentCache.putDocument ( Collection col, Key key, Document doc )  :  void
DocumentCache.removeDocument ( Collection col, Key key )  :  void

cdk-1.0.4.jar, DocumentDescriptor.class
package org.apache.batik.dom.util
DocumentDescriptor.DocumentDescriptor ( )
DocumentDescriptor.getLocationLine ( Element p1 )  :  int
DocumentDescriptor.getNumberOfElements ( )  :  int
DocumentDescriptor.rehash ( )  :  void
DocumentDescriptor.removeEntry ( DocumentDescriptor.Entry p1 )  :  void
DocumentDescriptor.setLocationLine ( Element p1, int p2 )  :  void

cdk-1.0.4.jar, DocumentEventSupport.class
package org.apache.batik.dom.events
DocumentEventSupport.createEvent ( String p1 )  :  Event
DocumentEventSupport.DocumentEventSupport ( )
DocumentEventSupport.registerEventFactory ( String p1, DocumentEventSupport.EventFactory p2 )  :  void

cdk-1.0.4.jar, DocumentFactory.class
package org.apache.batik.dom.util
DocumentFactory.createDocument ( String p1, String p2, String p3 ) [abstract]  :  Document
DocumentFactory.createDocument ( String p1, String p2, String p3, InputStream p4 ) [abstract]  :  Document
DocumentFactory.createDocument ( String p1, String p2, String p3, Reader p4 ) [abstract]  :  Document
DocumentFactory.createDocument ( String p1, String p2, String p3, XMLReader p4 ) [abstract]  :  Document
DocumentFactory.getDocumentDescriptor ( ) [abstract]  :  DocumentDescriptor
DocumentFactory.isValidating ( ) [abstract]  :  boolean
DocumentFactory.setValidating ( boolean p1 ) [abstract]  :  void

cdk-1.0.4.jar, DocumentFragmentImpl.class
package org.apache.xindice.xml.dom
DocumentFragmentImpl.DocumentFragmentImpl ( )
DocumentFragmentImpl.DocumentFragmentImpl ( NodeImpl parentNode )
DocumentFragmentImpl.getNodeName ( )  :  String
DocumentFragmentImpl.getNodeType ( )  :  short

cdk-1.0.4.jar, DocumentImpl.class
package org.apache.xindice.xml.dom
DocumentImpl.adoptNode ( Node src )  :  Node
DocumentImpl.checkLoaded ( )  :  void
DocumentImpl.createAttribute ( String name )  :  Attr
DocumentImpl.createAttributeNS ( String namespaceURI, String qualifiedName )  :  Attr
DocumentImpl.createCDATASection ( String data )  :  CDATASection
DocumentImpl.createComment ( String data )  :  Comment
DocumentImpl.createDocumentFragment ( )  :  DocumentFragment
DocumentImpl.createElement ( String tagName )  :  Element
DocumentImpl.createElementNS ( String namespaceURI, String qualifiedName )  :  Element
DocumentImpl.createEntityReference ( String name )  :  EntityReference
DocumentImpl.createNodeIterator ( Node root, int whatToShow, NodeFilter filter, boolean entityReferenceExpansion )  :  NodeIterator
DocumentImpl.createProcessingInstruction ( String target, String data )  :  ProcessingInstruction
DocumentImpl.createTextNode ( String data )  :  Text
DocumentImpl.createTreeWalker ( Node root, int whatToShow, NodeFilter filter, boolean entityReferenceExpansion )  :  TreeWalker
DocumentImpl.DocumentImpl ( )
DocumentImpl.DocumentImpl ( byte[ ] data )
DocumentImpl.DocumentImpl ( byte[ ] data, int pos, int len )
DocumentImpl.DocumentImpl ( byte[ ] data, SymbolTable symbols, NodeSource source )
DocumentImpl.DocumentImpl ( Document doc )
DocumentImpl.expandSource ( )  :  void
DocumentImpl.getActualEncoding ( )  :  String
DocumentImpl.getDoctype ( )  :  DocumentType
DocumentImpl.getDocumentElement ( )  :  Element
DocumentImpl.getEncoding ( )  :  String
DocumentImpl.getImplementation ( )  :  DOMImplementation
DocumentImpl.getNodeAtPos ( int pos )  :  Node
DocumentImpl.getNodeName ( )  :  String
DocumentImpl.getNodeType ( )  :  short
DocumentImpl.getStandalone ( )  :  boolean
DocumentImpl.getStrictErrorChecking ( )  :  boolean
DocumentImpl.getSymbols ( )  :  SymbolTable
DocumentImpl.getVersion ( )  :  String
DocumentImpl.importNode ( Node importedNode, boolean deep )  :  Node
DocumentImpl.isAuthoring ( )  :  boolean
DocumentImpl.isCaching ( )  :  boolean
DocumentImpl.isReadOnly ( )  :  boolean
DocumentImpl.setActualEncoding ( String actualEncoding )  :  void
DocumentImpl.setAuthoring ( boolean authoring )  :  void
DocumentImpl.setCaching ( boolean caching )  :  void
DocumentImpl.setDoctype ( DocumentType docType )  :  void
DocumentImpl.setEncoding ( String encoding )  :  void
DocumentImpl.setStandalone ( boolean standalone )  :  void
DocumentImpl.setStrictErrorChecking ( boolean strictErrorChecking )  :  void
DocumentImpl.setSymbols ( SymbolTable symbols )  :  void
DocumentImpl.setVersion ( String version )  :  void

cdk-1.0.4.jar, DocumentInfo.class
package org.xmlcml.cml.element.test
ParserWrapper.DocumentInfo.isIgnorableWhitespace ( Text p1 ) [abstract]  :  boolean

cdk-1.0.4.jar, DocumentSet.class
package org.apache.xindice.core.data
DocumentSet.getNextContainer ( ) [abstract]  :  Container
DocumentSet.getNextDocument ( ) [abstract]  :  Document
DocumentSet.hasMoreDocuments ( ) [abstract]  :  boolean

cdk-1.0.4.jar, DocumentSetHelper.class
package org.apache.xindice.client.corba.db
DocumentSetHelper.DocumentSetHelper ( )
DocumentSetHelper.extract ( CORBA.Any a ) [static]  :  DocumentSet
DocumentSetHelper.id ( ) [static]  :  String
DocumentSetHelper.insert ( CORBA.Any a, DocumentSet t ) [static]  :  void
DocumentSetHelper.narrow ( CORBA.Object obj ) [static]  :  DocumentSet
DocumentSetHelper.read ( CORBA.portable.InputStream istream ) [static]  :  DocumentSet
DocumentSetHelper.type ( ) [static]  :  CORBA.TypeCode
DocumentSetHelper.unchecked_narrow ( CORBA.Object obj ) [static]  :  DocumentSet
DocumentSetHelper.write ( CORBA.portable.OutputStream ostream, DocumentSet value ) [static]  :  void

cdk-1.0.4.jar, DocumentSetHolder.class
package org.apache.xindice.client.corba.db
DocumentSetHolder._read ( CORBA.portable.InputStream istream )  :  void
DocumentSetHolder._type ( )  :  CORBA.TypeCode
DocumentSetHolder._write ( CORBA.portable.OutputStream ostream )  :  void
DocumentSetHolder.DocumentSetHolder ( )
DocumentSetHolder.DocumentSetHolder ( DocumentSet initial )

cdk-1.0.4.jar, DocumentSetOperations.class
package org.apache.xindice.client.corba.db
DocumentSetOperations.getNextDocument ( long p1 ) [abstract]  :  EncodedBuffer
DocumentSetOperations.hasMoreDocuments ( ) [abstract]  :  boolean

cdk-1.0.4.jar, DocumentSetPOA.class
package org.apache.xindice.client.corba.db
DocumentSetPOA._all_interfaces ( PortableServer.POA poa, byte[ ] objectId )  :  String[ ]
DocumentSetPOA._invoke ( String opName, CORBA.portable.InputStream _is, CORBA.portable.ResponseHandler handler )  :  CORBA.portable.OutputStream
DocumentSetPOA._this ( )  :  DocumentSet
DocumentSetPOA._this ( CORBA.ORB orb )  :  DocumentSet
DocumentSetPOA.DocumentSetPOA ( )

cdk-1.0.4.jar, DocumentSetPOATie.class
package org.apache.xindice.client.corba.db
DocumentSetPOATie._default_POA ( )  :  PortableServer.POA
DocumentSetPOATie._delegate ( )  :  DocumentSetOperations
DocumentSetPOATie._delegate ( DocumentSetOperations delegate_ )  :  void
DocumentSetPOATie.DocumentSetPOATie ( DocumentSetOperations tieObject )
DocumentSetPOATie.DocumentSetPOATie ( DocumentSetOperations tieObject, PortableServer.POA poa )
DocumentSetPOATie.getNextDocument ( long stamp )  :  EncodedBuffer
DocumentSetPOATie.hasMoreDocuments ( )  :  boolean
DocumentSetPOATie.remove ( )  :  void

cdk-1.0.4.jar, DocumentSetServant.class
package org.apache.xindice.client.corba
DocumentSetServant.DocumentSetServant ( DocumentSet documentSet )
DocumentSetServant.DocumentSetServant ( DocumentSet documentSet, SymbolSerializer syms )
DocumentSetServant.getNextDocument ( long stamp )  :  EncodedBuffer
DocumentSetServant.hasMoreDocuments ( )  :  boolean
DocumentSetServant.remove ( )  :  void

cdk-1.0.4.jar, DocumentTypeImpl.class
package org.apache.xindice.xml.dom
DocumentTypeImpl.DocumentTypeImpl ( )
DocumentTypeImpl.getEntities ( )  :  NamedNodeMap
DocumentTypeImpl.getInternalSubset ( )  :  String
DocumentTypeImpl.getName ( )  :  String
DocumentTypeImpl.getNodeType ( )  :  short
DocumentTypeImpl.getNotations ( )  :  NamedNodeMap
DocumentTypeImpl.getPublicId ( )  :  String
DocumentTypeImpl.getSystemId ( )  :  String

cdk-1.0.4.jar, DOMCompressor.class
package org.apache.xindice.xml.dom
DOMCompressor.Compress ( Node node, SymbolTable symbols ) [static]  :  byte[ ]
DOMCompressor.DOMCompressor ( OutputStream os, SymbolTable st )
DOMCompressor.writeNode ( Node node )  :  void

cdk-1.0.4.jar, DOMEvent.class
package org.apache.batik.dom.events
DOMEvent.DOMEvent ( )

cdk-1.0.4.jar, DOMGroupManager.class
package org.apache.batik.svggen
DOMGroupManager.addElement ( Element p1 )  :  void
DOMGroupManager.addElement ( Element p1, short p2 )  :  void
DOMGroupManager.DOMGroupManager ( GraphicContext p1, DOMTreeManager p2 )

cdk-1.0.4.jar, DOMImplementationImpl.class
package org.apache.xindice.xml.dom
DOMImplementationImpl.createDocument ( String namespaceURI, String qualifiedName, DocumentType doctype )  :  Document
DOMImplementationImpl.createDocumentType ( String qualifiedName, String publicId, String systemId )  :  DocumentType
DOMImplementationImpl.getInstance ( ) [static]  :  DOMImplementation
DOMImplementationImpl.hasFeature ( String feature, String version )  :  boolean
DOMImplementationImpl.HasFeature ( String feature, String version ) [static]  :  boolean

cdk-1.0.4.jar, DOMKeyEvent.class
package org.apache.batik.dom.events
DOMKeyEvent.DOMKeyEvent ( )
DOMKeyEvent.getAltKey ( )  :  boolean
DOMKeyEvent.getCharCode ( )  :  int
DOMKeyEvent.getCtrlKey ( )  :  boolean
DOMKeyEvent.getKeyCode ( )  :  int
DOMKeyEvent.getMetaKey ( )  :  boolean
DOMKeyEvent.getShiftKey ( )  :  boolean
DOMKeyEvent.initKeyEvent ( String p1, boolean p2, boolean p3, boolean p4, boolean p5, boolean p6, boolean p7, int p8, int p9, AbstractView p10 )  :  void

cdk-1.0.4.jar, DOMMouseEvent.class
package org.apache.batik.dom.events
DOMMouseEvent.DOMMouseEvent ( )
DOMMouseEvent.getAltKey ( )  :  boolean
DOMMouseEvent.getButton ( )  :  short
DOMMouseEvent.getClientX ( )  :  int
DOMMouseEvent.getClientY ( )  :  int
DOMMouseEvent.getCtrlKey ( )  :  boolean
DOMMouseEvent.getMetaKey ( )  :  boolean
DOMMouseEvent.getRelatedTarget ( )  :  EventTarget
DOMMouseEvent.getScreenX ( )  :  int
DOMMouseEvent.getScreenY ( )  :  int
DOMMouseEvent.getShiftKey ( )  :  boolean
DOMMouseEvent.initMouseEvent ( String p1, boolean p2, boolean p3, AbstractView p4, int p5, int p6, int p7, int p8, int p9, boolean p10, boolean p11, boolean p12, boolean p13, short p14, EventTarget p15 )  :  void

cdk-1.0.4.jar, DOMMutationEvent.class
package org.apache.batik.dom.events
DOMMutationEvent.DOMMutationEvent ( )
DOMMutationEvent.getAttrChange ( )  :  short
DOMMutationEvent.getAttrName ( )  :  String
DOMMutationEvent.getNewValue ( )  :  String
DOMMutationEvent.getPrevValue ( )  :  String
DOMMutationEvent.getRelatedNode ( )  :  Node
DOMMutationEvent.initMutationEvent ( String p1, boolean p2, boolean p3, Node p4, String p5, String p6, String p7, short p8 )  :  void

cdk-1.0.4.jar, DOMNodeIterator.class
package org.apache.batik.dom.traversal
DOMNodeIterator.detach ( )  :  void
DOMNodeIterator.DOMNodeIterator ( AbstractDocument p1, Node p2, int p3, NodeFilter p4, boolean p5 )
DOMNodeIterator.getExpandEntityReferences ( )  :  boolean
DOMNodeIterator.getFilter ( )  :  NodeFilter
DOMNodeIterator.getRoot ( )  :  Node
DOMNodeIterator.getWhatToShow ( )  :  int
DOMNodeIterator.nextNode ( )  :  Node
DOMNodeIterator.nodeToBeRemoved ( Node p1 )  :  void
DOMNodeIterator.previousNode ( )  :  Node
DOMNodeIterator.unfilteredNextNode ( )  :  void
DOMNodeIterator.unfilteredPreviousNode ( )  :  void

cdk-1.0.4.jar, DOMParser.class
package org.apache.xindice.xml.dom
DOMParser.attributeDecl ( String eName, String aName, String type, String valueDefault, String value )  :  void
DOMParser.characters ( char[ ] ch, int start, int length )  :  void
DOMParser.comment ( char[ ] ch, int start, int length )  :  void
DOMParser.DOMParser ( )
DOMParser.elementDecl ( String name, String model )  :  void
DOMParser.endCDATA ( )  :  void
DOMParser.endDocument ( )  :  void
DOMParser.endDTD ( )  :  void
DOMParser.endElement ( String uri, String localName, String qName )  :  void
DOMParser.endEntity ( String name )  :  void
DOMParser.error ( SAXParseException e )  :  void
DOMParser.externalEntityDecl ( String name, String publicId, String systemId )  :  void
DOMParser.fatalError ( SAXParseException e )  :  void
DOMParser.getDocument ( )  :  Document
DOMParser.ignorableWhitespace ( char[ ] ch, int start, int length )  :  void
DOMParser.internalEntityDecl ( String name, String value )  :  void
DOMParser.notationDecl ( String name, String publicId, String systemId )  :  void
DOMParser.parse ( byte[ ] xml )  :  void
DOMParser.parse ( InputSource source )  :  void
DOMParser.parse ( InputStream input )  :  void
DOMParser.parse ( Reader input )  :  void
DOMParser.parse ( String xml )  :  void
DOMParser.parse ( Value value )  :  void
DOMParser.processingInstruction ( String target, String data )  :  void
DOMParser.resolveEntity ( String publicId, String systemId )  :  InputSource
DOMParser.setDocumentLocator ( Locator locator )  :  void
DOMParser.setEntityResolver ( EntityResolver entities )  :  void
DOMParser.setErrorHandler ( ErrorHandler errors )  :  void
DOMParser.skippedEntity ( String name )  :  void
DOMParser.startCDATA ( )  :  void
DOMParser.startDocument ( )  :  void
DOMParser.startDTD ( String name, String publicId, String systemId )  :  void
DOMParser.startElement ( String uri, String localName, String qName, Attributes attributes )  :  void
DOMParser.startEntity ( String name )  :  void
DOMParser.startPrefixMapping ( String prefix, String uri )  :  void
DOMParser.toDocument ( byte[ ] xml ) [static]  :  Document
DOMParser.toDocument ( InputSource source ) [static]  :  Document
DOMParser.toDocument ( InputStream input ) [static]  :  Document
DOMParser.toDocument ( Reader input ) [static]  :  Document
DOMParser.toDocument ( String xml ) [static]  :  Document
DOMParser.toDocument ( Value value ) [static]  :  Document
DOMParser.unparsedEntityDecl ( String name, String publicId, String systemId, String notationName )  :  void
DOMParser.warning ( SAXParseException e )  :  void

cdk-1.0.4.jar, DOMTreeManager.class
package org.apache.batik.svggen
DOMTreeManager.addGroupManager ( DOMGroupManager p1 )  :  void
DOMTreeManager.addOtherDef ( Element p1 )  :  void
DOMTreeManager.appendGroup ( Element p1, DOMGroupManager p2 )  :  void
DOMTreeManager.applyDefaultRenderingStyle ( Element p1 )  :  void
DOMTreeManager.DOMTreeManager ( GraphicContext p1, SVGGeneratorContext p2, int p3 )
DOMTreeManager.getDefinitionSet ( )  :  List
DOMTreeManager.getExtensionHandler ( )  :  ExtensionHandler
DOMTreeManager.getFilterConverter ( )  :  SVGBufferedImageOp
DOMTreeManager.getGenericDefinitions ( )  :  Element
DOMTreeManager.getGraphicContextConverter ( )  :  SVGGraphicContextConverter
DOMTreeManager.getRoot ( )  :  Element
DOMTreeManager.getRoot ( Element p1 )  :  Element
DOMTreeManager.getTopLevelGroup ( )  :  Element
DOMTreeManager.getTopLevelGroup ( boolean p1 )  :  Element
DOMTreeManager.removeGroupManager ( DOMGroupManager p1 )  :  void
DOMTreeManager.setTopLevelGroup ( Element p1 )  :  void

cdk-1.0.4.jar, DOMTreeWalker.class
package org.apache.batik.dom.traversal
DOMTreeWalker.acceptNode ( Node p1 )  :  short
DOMTreeWalker.DOMTreeWalker ( Node p1, int p2, NodeFilter p3, boolean p4 )
DOMTreeWalker.firstChild ( )  :  Node
DOMTreeWalker.firstChild ( Node p1 )  :  Node
DOMTreeWalker.getCurrentNode ( )  :  Node
DOMTreeWalker.getExpandEntityReferences ( )  :  boolean
DOMTreeWalker.getFilter ( )  :  NodeFilter
DOMTreeWalker.getRoot ( )  :  Node
DOMTreeWalker.getWhatToShow ( )  :  int
DOMTreeWalker.lastChild ( )  :  Node
DOMTreeWalker.lastChild ( Node p1 )  :  Node
DOMTreeWalker.nextNode ( )  :  Node
DOMTreeWalker.nextSibling ( )  :  Node
DOMTreeWalker.nextSibling ( Node p1, Node p2 )  :  Node
DOMTreeWalker.parentNode ( )  :  Node
DOMTreeWalker.parentNode ( Node p1 )  :  Node
DOMTreeWalker.previousNode ( )  :  Node
DOMTreeWalker.previousSibling ( )  :  Node
DOMTreeWalker.previousSibling ( Node p1, Node p2 )  :  Node
DOMTreeWalker.setCurrentNode ( Node p1 )  :  void

cdk-1.0.4.jar, DOMUIEvent.class
package org.apache.batik.dom.events
DOMUIEvent.DOMUIEvent ( )
DOMUIEvent.getDetail ( )  :  int
DOMUIEvent.getView ( )  :  AbstractView
DOMUIEvent.initUIEvent ( String p1, boolean p2, boolean p3, AbstractView p4, int p5 )  :  void

cdk-1.0.4.jar, DOMUtilities.class
package org.apache.batik.dom.util
DOMUtilities.contentToString ( String p1 ) [static]  :  String
DOMUtilities.deepCloneDocument ( Document p1, DOMImplementation p2 ) [static]  :  Document
DOMUtilities.DOMUtilities ( )
DOMUtilities.getLocalName ( String p1 ) [static]  :  String
DOMUtilities.getPrefix ( String p1 ) [static]  :  String
DOMUtilities.isValidName ( String p1 ) [static]  :  boolean
DOMUtilities.isValidPrefix ( String p1 ) [static]  :  boolean
DOMUtilities.parseStyleSheetPIData ( String p1, HashTable p2 ) [static]  :  void
DOMUtilities.writeDocument ( Document p1, Writer p2 ) [static]  :  void
DOMUtilities.writeNode ( Node p1, Writer p2 ) [static]  :  void

cdk-1.0.4.jar, DoubleArrayAttribute.class
package org.xmlcml.cml.base
DoubleArrayAttribute.checkValue ( double[ ] dd )  :  void
DoubleArrayAttribute.DoubleArrayAttribute ( Attribute att )
DoubleArrayAttribute.DoubleArrayAttribute ( Attribute att, String value )
DoubleArrayAttribute.DoubleArrayAttribute ( DoubleArrayAttribute att )
DoubleArrayAttribute.DoubleArrayAttribute ( String name )
DoubleArrayAttribute.getCMLValue ( )  :  Object
DoubleArrayAttribute.getDoubleArray ( )  :  double[ ]
DoubleArrayAttribute.getJavaGetMethod ( )  :  String
DoubleArrayAttribute.getJavaShortClassName ( )  :  String
DoubleArrayAttribute.getJavaType ( )  :  String
DoubleArrayAttribute.setCMLValue ( double[ ] dd )  :  void
DoubleArrayAttribute.setCMLValue ( String s )  :  void
DoubleArrayAttribute.split ( String s, String delim ) [static]  :  double[ ]

cdk-1.0.4.jar, DoubleArrayAttributeTest.class
package org.xmlcml.cml.base.test
DoubleArrayAttributeTest.DoubleArrayAttributeTest ( )
DoubleArrayAttributeTest.setUp ( )  :  void
DoubleArrayAttributeTest.suite ( ) [static]  :  Test
DoubleArrayAttributeTest.testCheckValue ( )  :  void
DoubleArrayAttributeTest.testDoubleArrayAttributeDoubleArrayAttribute ( )  :  void
DoubleArrayAttributeTest.testGetCMLValue ( )  :  void
DoubleArrayAttributeTest.testGetDoubleArray ( )  :  void
DoubleArrayAttributeTest.testSetCMLValueDoubleArray ( )  :  void
DoubleArrayAttributeTest.testSetCMLValueString ( )  :  void
DoubleArrayAttributeTest.testSplit ( )  :  void

cdk-1.0.4.jar, DoubleAttribute.class
package org.xmlcml.cml.base
DoubleAttribute.checkValue ( double d )  :  void
DoubleAttribute.DoubleAttribute ( Attribute att )
DoubleAttribute.DoubleAttribute ( Attribute att, String value )
DoubleAttribute.DoubleAttribute ( DoubleAttribute att )
DoubleAttribute.DoubleAttribute ( String name )
DoubleAttribute.getDouble ( )  :  double
DoubleAttribute.getJavaGetMethod ( )  :  String
DoubleAttribute.getJavaShortClassName ( )  :  String
DoubleAttribute.getJavaType ( )  :  String
DoubleAttribute.setCMLValue ( double d )  :  void
DoubleAttribute.setCMLValue ( String s )  :  void

cdk-1.0.4.jar, DoubleAttributeTest.class
package org.xmlcml.cml.base.test
DoubleAttributeTest.DoubleAttributeTest ( )
DoubleAttributeTest.setUp ( )  :  void
DoubleAttributeTest.suite ( ) [static]  :  Test
DoubleAttributeTest.testCheckValue ( )  :  void
DoubleAttributeTest.testDoubleAttributeDoubleAttribute ( )  :  void
DoubleAttributeTest.testGetCMLValue ( )  :  void
DoubleAttributeTest.testGetDouble ( )  :  void
DoubleAttributeTest.testSetCMLValueDouble ( )  :  void
DoubleAttributeTest.testSetCMLValueString ( )  :  void

cdk-1.0.4.jar, DoubleDocument.class
package org.apache.batik.ext.swing
DoubleDocument.DoubleDocument ( )
DoubleDocument.getValue ( )  :  double
DoubleDocument.insertString ( int p1, String p2, AttributeSet p3 )  :  void
DoubleDocument.setValue ( double p1 )  :  void

cdk-1.0.4.jar, DoubleTest.class
package org.xmlcml.euclid.test
DoubleTest.assertEquals ( String p1, double[ ] p2, double[ ] p3, double p4 ) [static]  :  void
DoubleTest.assertNotEquals ( String p1, double[ ] p2, double[ ] p3, double p4 ) [static]  :  void
DoubleTest.DoubleTest ( )

cdk-1.0.4.jar, DoublyIndexedTable.class
package org.apache.batik.dom.util
DoublyIndexedTable.DoublyIndexedTable ( )
DoublyIndexedTable.DoublyIndexedTable ( int p1 )
DoublyIndexedTable.get ( Object p1, Object p2 )  :  Object
DoublyIndexedTable.hashCode ( Object p1, Object p2 )  :  int
DoublyIndexedTable.put ( Object p1, Object p2, Object p3 )  :  Object
DoublyIndexedTable.rehash ( )  :  void
DoublyIndexedTable.size ( )  :  int

cdk-1.0.4.jar, DoublyLinkedList.class
package org.apache.batik.util
DoublyLinkedList.add ( DoublyLinkedList.Node p1 )  :  void
DoublyLinkedList.add ( int p1, DoublyLinkedList.Node p2 )  :  void
DoublyLinkedList.DoublyLinkedList ( )
DoublyLinkedList.empty ( )  :  void
DoublyLinkedList.getHead ( )  :  DoublyLinkedList.Node
DoublyLinkedList.getSize ( )  :  int
DoublyLinkedList.getTail ( )  :  DoublyLinkedList.Node
DoublyLinkedList.pop ( )  :  DoublyLinkedList.Node
DoublyLinkedList.push ( DoublyLinkedList.Node p1 )  :  void
DoublyLinkedList.remove ( DoublyLinkedList.Node p1 )  :  void
DoublyLinkedList.touch ( DoublyLinkedList.Node p1 )  :  void
DoublyLinkedList.unpop ( DoublyLinkedList.Node p1 )  :  void
DoublyLinkedList.unpush ( )  :  DoublyLinkedList.Node

cdk-1.0.4.jar, DuplicateIndexException.class
package org.apache.xindice.core.indexer
DuplicateIndexException.DuplicateIndexException ( )
DuplicateIndexException.DuplicateIndexException ( String message )

cdk-1.0.4.jar, DuplicateObjectException.class
package org.apache.xindice.core.objects
DuplicateObjectException.DuplicateObjectException ( )
DuplicateObjectException.DuplicateObjectException ( String message )

cdk-1.0.4.jar, ElectronContainer.class
package org.openscience.cdk
ElectronContainer.getElectronCount ( )  :  int
ElectronContainer.setElectronCount ( int electronCount )  :  void

cdk-1.0.4.jar, ElectronImpactNBEReaction.class
package org.openscience.cdk.reaction.type
ElectronImpactNBEReaction.getParameterNames ( )  :  String[ ]
ElectronImpactNBEReaction.getParameters ( )  :  Object[ ]
ElectronImpactNBEReaction.getParameterType ( String name )  :  Object
ElectronImpactNBEReaction.setParameters ( Object[ ] params )  :  void

cdk-1.0.4.jar, ElectronImpactPDBReaction.class
package org.openscience.cdk.reaction.type
ElectronImpactPDBReaction.cleanFlagBOND ( IAtomContainer ac )  :  void
ElectronImpactPDBReaction.getParameterNames ( )  :  String[ ]
ElectronImpactPDBReaction.getParameters ( )  :  Object[ ]
ElectronImpactPDBReaction.getParameterType ( String name )  :  Object
ElectronImpactPDBReaction.setParameters ( Object[ ] params )  :  void

cdk-1.0.4.jar, ElectrostaticInteractions.class
package org.openscience.cdk.modeling.forcefield
ElectrostaticInteractions.setMMFF94ElectrostaticParameters ( IAtomContainer molecule, Hashtable parameterSet )  :  void

cdk-1.0.4.jar, Element.class
package org.openscience.cdk
Element.getAtomicNumber ( )  :  int
Element.setAtomicNumber ( int atomicNumber )  :  void

cdk-1.0.4.jar, ElementArgs.class
package org.apache.xindice.core.objects
ElementArgs.ElementArgs ( Element elem )
ElementArgs.get ( String name )  :  Variant
ElementArgs.list ( )  :  String[ ]

cdk-1.0.4.jar, ElementButtonAction.class
package org.openscience.cdk.applications.swing
PeriodicTablePanel.ElementButtonAction.actionPerformed ( ActionEvent e )  :  void
PeriodicTablePanel.ElementButtonAction.PeriodicTablePanel.ElementButtonAction ( PeriodicTablePanel p1 )

cdk-1.0.4.jar, ElementImpl.class
package org.apache.xindice.xml.dom
ElementImpl.checkLoaded ( )  :  void
ElementImpl.ElementImpl ( )
ElementImpl.ElementImpl ( NodeImpl parentNode, boolean dirty )
ElementImpl.ElementImpl ( NodeImpl parentNode, byte[ ] data, int pos, int len )
ElementImpl.ElementImpl ( NodeImpl parentNode, String nodeName )
ElementImpl.expandSource ( )  :  void
ElementImpl.getAttribute ( String name )  :  String
ElementImpl.getAttributeNode ( String name )  :  Attr
ElementImpl.getAttributeNodeNS ( String namespaceURI, String localName )  :  Attr
ElementImpl.getAttributeNS ( String namespaceURI, String localName )  :  String
ElementImpl.getAttributes ( )  :  NamedNodeMap
ElementImpl.getNodeType ( )  :  short
ElementImpl.getSymbolID ( )  :  short
ElementImpl.getTagName ( )  :  String
ElementImpl.hasAttribute ( String name )  :  boolean
ElementImpl.hasAttributeNS ( String namespaceURI, String localName )  :  boolean
ElementImpl.hasAttributes ( )  :  boolean
ElementImpl.hasAutoLink ( )  :  boolean
ElementImpl.isNodeTypeValid ( short type )  :  boolean
ElementImpl.loadAttributes ( SymbolTable st )  :  void
ElementImpl.removeAttribute ( String name )  :  void
ElementImpl.removeAttributeNode ( Attr oldAttr )  :  Attr
ElementImpl.removeAttributeNS ( String namespaceURI, String localName )  :  void
ElementImpl.setAttribute ( String name, String value )  :  void
ElementImpl.setAttributeNode ( Attr newAttr )  :  Attr
ElementImpl.setAttributeNodeNS ( Attr newAttr )  :  Attr
ElementImpl.setAttributeNS ( String namespaceURI, String qualifiedName, String value )  :  void

cdk-1.0.4.jar, ElementPTFactory.class
package org.openscience.cdk.config
ElementPTFactory.isElement ( String elementName )  :  boolean

cdk-1.0.4.jar, ElementPTHandler.class
package org.openscience.cdk.config.elements
ElementPTHandler.getElements ( )  :  Vector

cdk-1.0.4.jar, ElementPTReader.class
package org.openscience.cdk.config.elements
ElementPTReader.readElements ( )  :  Vector

cdk-1.0.4.jar, ElementsByTagName.class
package org.apache.batik.dom
AbstractParentNode.ElementsByTagName.AbstractParentNode.ElementsByTagName ( AbstractParentNode p1, String p2 )
AbstractParentNode.ElementsByTagName.append ( Node p1 )  :  void
AbstractParentNode.ElementsByTagName.getLength ( )  :  int
AbstractParentNode.ElementsByTagName.initialize ( )  :  void
AbstractParentNode.ElementsByTagName.invalidate ( )  :  void
AbstractParentNode.ElementsByTagName.item ( int p1 )  :  Node

cdk-1.0.4.jar, ElementsByTagNameNS.class
package org.apache.batik.dom
AbstractParentNode.ElementsByTagNameNS.AbstractParentNode.ElementsByTagNameNS ( AbstractParentNode p1, String p2, String p3 )
AbstractParentNode.ElementsByTagNameNS.append ( Node p1 )  :  void
AbstractParentNode.ElementsByTagNameNS.getLength ( )  :  int
AbstractParentNode.ElementsByTagNameNS.initialize ( )  :  void
AbstractParentNode.ElementsByTagNameNS.invalidate ( )  :  void
AbstractParentNode.ElementsByTagNameNS.item ( int p1 )  :  Node

cdk-1.0.4.jar, ElementsTest.class
package org.xmlcml.cml.element.test
ElementsTest.ElementsTest ( )
ElementsTest.setUp ( )  :  void
ElementsTest.suite ( ) [static]  :  Test
ElementsTest.testCMLElements ( )  :  void
ElementsTest.testGet ( )  :  void
ElementsTest.testGetList ( )  :  void
ElementsTest.testGetType ( )  :  void
ElementsTest.testIterator ( )  :  void
ElementsTest.testSize ( )  :  void

cdk-1.0.4.jar, ElementTest.class
package org.xmlcml.cml.base.test
ElementTest.ElementTest ( )
ElementTest.main ( String[ ] p1 ) [static]  :  void
ElementTest.setUp ( )  :  void
ElementTest.suite ( ) [static]  :  Test
ElementTest.testNamespaceScope ( )  :  void
ElementTest.testParseNoValidate0 ( )  :  void
ElementTest.testParseXomNoSchema1 ( )  :  void
ElementTest.testParseXomXercesValidate ( )  :  void
ElementTest.testXercesValidateXML ( )  :  void

cdk-1.0.4.jar, Embedded.class
package org.apache.batik.svggen
ImageCacher.Embedded.ImageCacher.Embedded ( )
ImageCacher.Embedded.setDOMTreeManager ( DOMTreeManager p1 )  :  void

cdk-1.0.4.jar, EmptyDocumentSet.class
package org.apache.xindice.core.data
EmptyDocumentSet.EmptyDocumentSet ( )
EmptyDocumentSet.getNextContainer ( )  :  Container
EmptyDocumentSet.getNextDocument ( )  :  Document
EmptyDocumentSet.hasMoreDocuments ( )  :  boolean

cdk-1.0.4.jar, EmptyNodeSet.class
package org.apache.xindice.core.data
EmptyNodeSet.EmptyNodeSet ( )
EmptyNodeSet.getNextNode ( )  :  Node
EmptyNodeSet.hasMoreNodes ( )  :  boolean

cdk-1.0.4.jar, EmptyRecordSet.class
package org.apache.xindice.core.data
EmptyRecordSet.EmptyRecordSet ( )
EmptyRecordSet.getNextKey ( )  :  Key
EmptyRecordSet.getNextRecord ( )  :  Record
EmptyRecordSet.getNextValue ( )  :  Value
EmptyRecordSet.hasMoreRecords ( )  :  boolean

cdk-1.0.4.jar, EncodedBuffer.class
package org.apache.xindice.client.corba.db
EncodedBuffer.EncodedBuffer ( )
EncodedBuffer.EncodedBuffer ( long stamp, byte[ ] sym, byte[ ] buf )

cdk-1.0.4.jar, EncodedBufferConverter.class
package org.apache.xindice.client.corba
EncodedBufferConverter.convertFromDocument ( Node node ) [static]  :  EncodedBuffer
EncodedBufferConverter.convertToConfiguration ( EncodedBuffer buffer ) [static]  :  Configuration
EncodedBufferConverter.convertToDocument ( EncodedBuffer buffer ) [static]  :  Document
EncodedBufferConverter.EncodedBufferConverter ( )
EncodedBufferConverter.remove ( )  :  void

cdk-1.0.4.jar, EncodedBufferHelper.class
package org.apache.xindice.client.corba.db
EncodedBufferHelper.EncodedBufferHelper ( )
EncodedBufferHelper.extract ( CORBA.Any a ) [static]  :  EncodedBuffer
EncodedBufferHelper.id ( ) [static]  :  String
EncodedBufferHelper.insert ( CORBA.Any a, EncodedBuffer t ) [static]  :  void
EncodedBufferHelper.read ( CORBA.portable.InputStream istream ) [static]  :  EncodedBuffer
EncodedBufferHelper.type ( ) [static]  :  CORBA.TypeCode
EncodedBufferHelper.write ( CORBA.portable.OutputStream ostream, EncodedBuffer value ) [static]  :  void

cdk-1.0.4.jar, EncodedBufferHolder.class
package org.apache.xindice.client.corba.db
EncodedBufferHolder._read ( CORBA.portable.InputStream istream )  :  void
EncodedBufferHolder._type ( )  :  CORBA.TypeCode
EncodedBufferHolder._write ( CORBA.portable.OutputStream ostream )  :  void
EncodedBufferHolder.EncodedBufferHolder ( )
EncodedBufferHolder.EncodedBufferHolder ( EncodedBuffer initial )

cdk-1.0.4.jar, EncodingUtilities.class
package org.apache.batik.util
EncodingUtilities.EncodingUtilities ( )
EncodingUtilities.javaEncoding ( String p1 ) [static]  :  String

cdk-1.0.4.jar, EntityImpl.class
package org.apache.xindice.xml.dom
EntityImpl.EntityImpl ( )
EntityImpl.EntityImpl ( NodeImpl parentNode, boolean dirty )
EntityImpl.EntityImpl ( NodeImpl parentNode, byte[ ] data, int pos, int len )
EntityImpl.getEncoding ( )  :  String
EntityImpl.getNodeType ( )  :  short
EntityImpl.getNotationName ( )  :  String
EntityImpl.getPublicId ( )  :  String
EntityImpl.getSystemId ( )  :  String
EntityImpl.getVersion ( )  :  String
EntityImpl.setEncoding ( String encoding )  :  void
EntityImpl.setVersion ( String version )  :  void

cdk-1.0.4.jar, EntityReferenceImpl.class
package org.apache.xindice.xml.dom
EntityReferenceImpl.checkLoaded ( )  :  void
EntityReferenceImpl.EntityReferenceImpl ( )
EntityReferenceImpl.EntityReferenceImpl ( NodeImpl parentNode, boolean dirty )
EntityReferenceImpl.EntityReferenceImpl ( NodeImpl parentNode, byte[ ] data, int pos, int len )
EntityReferenceImpl.EntityReferenceImpl ( NodeImpl parentNode, String nodeName )
EntityReferenceImpl.getNodeType ( )  :  short

cdk-1.0.4.jar, Entry.class
package org.apache.batik.dom
AbstractElement.Entry.AbstractElement.Entry ( int p1, String p2, String p3, Node p4, AbstractElement.Entry p5 )
AbstractElement.Entry.match ( String p1, String p2 )  :  boolean
package org.apache.batik.dom.util
DocumentDescriptor.Entry.cleared ( )  :  void
DocumentDescriptor.Entry.DocumentDescriptor.Entry ( DocumentDescriptor p1, int p2, Element p3, int p4, DocumentDescriptor.Entry p5 )
DoublyIndexedTable.Entry.DoublyIndexedTable.Entry ( int p1, Object p2, Object p3, Object p4, DoublyIndexedTable.Entry p5 )
DoublyIndexedTable.Entry.match ( Object p1, Object p2 )  :  boolean
HashTable.Entry.HashTable.Entry ( int p1, Object p2, Object p3, HashTable.Entry p4 )
package org.apache.batik.util
SoftDoublyIndexedTable.Entry.match ( Object p1, Object p2 )  :  boolean
SoftDoublyIndexedTable.Entry.SoftDoublyIndexedTable.Entry ( SoftDoublyIndexedTable p1, int p2, Object p3, Object p4, Object p5, SoftDoublyIndexedTable.Entry p6 )

cdk-1.0.4.jar, EPIWrap.class
package org.apache.batik.ext.awt.geom
ShapeExtender.EPIWrap.currentSegment ( double[ ] p1 )  :  int
ShapeExtender.EPIWrap.currentSegment ( float[ ] p1 )  :  int
ShapeExtender.EPIWrap.getWindingRule ( )  :  int
ShapeExtender.EPIWrap.isDone ( )  :  boolean
ShapeExtender.EPIWrap.next ( )  :  void
ShapeExtender.EPIWrap.ShapeExtender.EPIWrap ( PathIterator p1 )

cdk-1.0.4.jar, ErrorCodes.class
package org.xmldb.api.base
ErrorCodes.ErrorCodes ( )

cdk-1.0.4.jar, ErrorHandler.class
package org.apache.batik.svggen
ErrorHandler.handleError ( SVGGraphics2DIOException p1 ) [abstract]  :  void
ErrorHandler.handleError ( SVGGraphics2DRuntimeException p1 ) [abstract]  :  void

cdk-1.0.4.jar, EuclidConstants1.class
package org.xmlcml.euclid
EuclidConstants1.EuclidConstants1 ( )

cdk-1.0.4.jar, EuclidRuntime.class
package org.xmlcml.euclid
EuclidRuntime.EuclidRuntime ( )
EuclidRuntime.EuclidRuntime ( EuclidException exception )
EuclidRuntime.EuclidRuntime ( String msg )

cdk-1.0.4.jar, EuclidTest.class
package org.xmlcml.euclid.test
EuclidTest.alwaysFail ( String p1 )  :  void
EuclidTest.EuclidTest ( )
EuclidTest.getAssertFormat ( String p1, Object p2, Object p3 ) [static]  :  String
EuclidTest.neverFail ( Exception p1 )  :  void
EuclidTest.neverThrow ( Exception p1 )  :  void

cdk-1.0.4.jar, EventCMLDemo.class
package org.openscience.cdk.applications.demo
EventCMLDemo.EventCMLDemo ( )
EventCMLDemo.main ( String[ ] args ) [static]  :  void
EventCMLDemo.process ( String ifilename )  :  boolean

cdk-1.0.4.jar, EventDispatcher.class
package org.apache.batik.util
EventDispatcher.dispatchEvent ( EventDispatcher.Dispatcher p1, Object[ ] p2, Object p3 ) [static]  :  void
EventDispatcher.EventDispatcher ( )
EventDispatcher.fireEvent ( EventDispatcher.Dispatcher p1, List p2, Object p3, boolean p4 ) [static]  :  void

cdk-1.0.4.jar, EventFactory.class
package org.apache.batik.dom.events
DocumentEventSupport.EventFactory.createEvent ( ) [abstract]  :  Event

cdk-1.0.4.jar, EventListenerList.class
package org.apache.batik.dom.events
EventListenerList.add ( EventListener p1 )  :  void
EventListenerList.contains ( EventListener p1 )  :  boolean
EventListenerList.EventListenerList ( )
EventListenerList.getEventListeners ( )  :  EventListener[ ]
EventListenerList.remove ( EventListener p1 )  :  void
EventListenerList.size ( )  :  int

cdk-1.0.4.jar, EventSupport.class
package org.apache.batik.dom.events
EventSupport.addEventListener ( String p1, EventListener p2, boolean p3 )  :  void
EventSupport.dispatchEvent ( NodeEventTarget p1, Event p2 ) [static]  :  boolean
EventSupport.EventSupport ( )
EventSupport.getEventListeners ( String p1, boolean p2 )  :  EventListenerList
EventSupport.removeEventListener ( String p1, EventListener p2, boolean p3 )  :  void

cdk-1.0.4.jar, ExamplesTest.class
package org.xmlcml.cml.element.test
ExamplesTest.ExamplesTest ( )
ExamplesTest.setUp ( )  :  void
ExamplesTest.suite ( ) [static]  :  Test
ExamplesTest.testValidateX ( )  :  void

cdk-1.0.4.jar, ExportTree.class
package org.apache.xindice.tools.command
ExportTree.execute ( Hashtable table )  :  boolean
ExportTree.ExportTree ( )
ExportTree.parentDir ( String parent )  :  String

cdk-1.0.4.jar, ExtendedFingerprinter.class
package org.openscience.cdk.fingerprint
ExtendedFingerprinter.getFingerprint ( IAtomContainer ac, IRingSet rs )  :  BitSet

cdk-1.0.4.jar, ExtendedGeneralPath.class
package org.apache.batik.ext.awt.geom
ExtendedGeneralPath.append ( ExtendedPathIterator p1, boolean p2 )  :  void
ExtendedGeneralPath.append ( PathIterator p1, boolean p2 )  :  void
ExtendedGeneralPath.append ( Shape p1, boolean p2 )  :  void
ExtendedGeneralPath.arcTo ( double p1, double p2, double p3, boolean p4, boolean p5, double p6, double p7 )  :  void
ExtendedGeneralPath.clone ( )  :  Object
ExtendedGeneralPath.closePath ( )  :  void
ExtendedGeneralPath.computeArc ( double p1, double p2, double p3, double p4, double p5, boolean p6, boolean p7, double p8, double p9 ) [static]  :  Arc2D
ExtendedGeneralPath.contains ( double p1, double p2 )  :  boolean
ExtendedGeneralPath.contains ( double p1, double p2, double p3, double p4 )  :  boolean
ExtendedGeneralPath.contains ( Point2D p1 )  :  boolean
ExtendedGeneralPath.contains ( Rectangle2D p1 )  :  boolean
ExtendedGeneralPath.createTransformedShape ( AffineTransform p1 )  :  Shape
ExtendedGeneralPath.curveTo ( float p1, float p2, float p3, float p4, float p5, float p6 )  :  void
ExtendedGeneralPath.ExtendedGeneralPath ( )
ExtendedGeneralPath.ExtendedGeneralPath ( int p1 )
ExtendedGeneralPath.ExtendedGeneralPath ( int p1, int p2 )
ExtendedGeneralPath.ExtendedGeneralPath ( Shape p1 )
ExtendedGeneralPath.getBounds ( )  :  Rectangle
ExtendedGeneralPath.getBounds2D ( )  :  Rectangle2D
ExtendedGeneralPath.getCurrentPoint ( )  :  Point2D
ExtendedGeneralPath.getExtendedPathIterator ( )  :  ExtendedPathIterator
ExtendedGeneralPath.getPathIterator ( AffineTransform p1 )  :  PathIterator
ExtendedGeneralPath.getPathIterator ( AffineTransform p1, double p2 )  :  PathIterator
ExtendedGeneralPath.getWindingRule ( )  :  int
ExtendedGeneralPath.intersects ( double p1, double p2, double p3, double p4 )  :  boolean
ExtendedGeneralPath.intersects ( Rectangle2D p1 )  :  boolean
ExtendedGeneralPath.lineTo ( float p1, float p2 )  :  void
ExtendedGeneralPath.moveTo ( float p1, float p2 )  :  void
ExtendedGeneralPath.quadTo ( float p1, float p2, float p3, float p4 )  :  void
ExtendedGeneralPath.reset ( )  :  void
ExtendedGeneralPath.setWindingRule ( int p1 )  :  void
ExtendedGeneralPath.transform ( AffineTransform p1 )  :  void

cdk-1.0.4.jar, ExtendedLocalizable.class
package org.apache.batik.i18n
ExtendedLocalizable.getDefaultLocale ( ) [abstract]  :  Locale
ExtendedLocalizable.getLocaleGroup ( ) [abstract]  :  LocaleGroup
ExtendedLocalizable.getResourceBundle ( ) [abstract]  :  ResourceBundle
ExtendedLocalizable.setDefaultLocale ( Locale p1 ) [abstract]  :  void
ExtendedLocalizable.setLocaleGroup ( LocaleGroup p1 ) [abstract]  :  void

cdk-1.0.4.jar, ExtendedNode.class
package org.apache.batik.dom
ExtendedNode.isReadonly ( ) [abstract]  :  boolean
ExtendedNode.setNextSibling ( Node p1 ) [abstract]  :  void
ExtendedNode.setNodeName ( String p1 ) [abstract]  :  void
ExtendedNode.setOwnerDocument ( Document p1 ) [abstract]  :  void
ExtendedNode.setParentNode ( Node p1 ) [abstract]  :  void
ExtendedNode.setPreviousSibling ( Node p1 ) [abstract]  :  void
ExtendedNode.setReadonly ( boolean p1 ) [abstract]  :  void
ExtendedNode.setSpecified ( boolean p1 ) [abstract]  :  void

cdk-1.0.4.jar, ExtendedPathIterator.class
package org.apache.batik.ext.awt.geom
ExtendedPathIterator.currentSegment ( double[ ] p1 ) [abstract]  :  int
ExtendedPathIterator.currentSegment ( float[ ] p1 ) [abstract]  :  int
ExtendedPathIterator.getWindingRule ( ) [abstract]  :  int
ExtendedPathIterator.isDone ( ) [abstract]  :  boolean
ExtendedPathIterator.next ( ) [abstract]  :  void

cdk-1.0.4.jar, ExtendedShape.class
package org.apache.batik.ext.awt.geom
ExtendedShape.getExtendedPathIterator ( ) [abstract]  :  ExtendedPathIterator

cdk-1.0.4.jar, ExtensionHandler.class
package org.apache.batik.svggen
ExtensionHandler.handleComposite ( Composite p1, SVGGeneratorContext p2 ) [abstract]  :  SVGCompositeDescriptor
ExtensionHandler.handleFilter ( BufferedImageOp p1, Rectangle p2, SVGGeneratorContext p3 ) [abstract]  :  SVGFilterDescriptor
ExtensionHandler.handlePaint ( Paint p1, SVGGeneratorContext p2 ) [abstract]  :  SVGPaintDescriptor

cdk-1.0.4.jar, External.class
package org.apache.batik.svggen
ImageCacher.External.ImageCacher.External ( String p1, String p2, String p3 )

cdk-1.0.4.jar, FaultCodes.class
package org.apache.xindice.core
FaultCodes.createAPIException ( Exception e ) [static]  :  APIException
FaultCodes.createAPIException ( int code ) [static]  :  APIException
FaultCodes.createAPIException ( int code, String message ) [static]  :  APIException
FaultCodes.createXMLDBException ( Exception e ) [static]  :  XMLDBException
FaultCodes.getFaultCode ( Exception e ) [static]  :  int
FaultCodes.getFaultCodeSeries ( Exception e ) [static]  :  int
FaultCodes.getFaultCodeType ( Exception e ) [static]  :  int
FaultCodes.getFaultMessage ( Exception e ) [static]  :  String
FaultCodes.getMessage ( int code ) [static]  :  String

cdk-1.0.4.jar, FaultCodesHelper.class
package org.apache.xindice.client.corba.db
FaultCodesHelper.extract ( CORBA.Any a ) [static]  :  FaultCodes
FaultCodesHelper.FaultCodesHelper ( )
FaultCodesHelper.id ( ) [static]  :  String
FaultCodesHelper.insert ( CORBA.Any a, FaultCodes t ) [static]  :  void
FaultCodesHelper.narrow ( CORBA.Object obj ) [static]  :  FaultCodes
FaultCodesHelper.read ( CORBA.portable.InputStream istream ) [static]  :  FaultCodes
FaultCodesHelper.type ( ) [static]  :  CORBA.TypeCode
FaultCodesHelper.unchecked_narrow ( CORBA.Object obj ) [static]  :  FaultCodes
FaultCodesHelper.write ( CORBA.portable.OutputStream ostream, FaultCodes value ) [static]  :  void

cdk-1.0.4.jar, FaultCodesHolder.class
package org.apache.xindice.client.corba.db
FaultCodesHolder._read ( CORBA.portable.InputStream istream )  :  void
FaultCodesHolder._type ( )  :  CORBA.TypeCode
FaultCodesHolder._write ( CORBA.portable.OutputStream ostream )  :  void
FaultCodesHolder.FaultCodesHolder ( )
FaultCodesHolder.FaultCodesHolder ( FaultCodes initial )

cdk-1.0.4.jar, FaultCodesPOA.class
package org.apache.xindice.client.corba.db
FaultCodesPOA._all_interfaces ( PortableServer.POA poa, byte[ ] objectId )  :  String[ ]
FaultCodesPOA._invoke ( String opName, CORBA.portable.InputStream _is, CORBA.portable.ResponseHandler handler )  :  CORBA.portable.OutputStream
FaultCodesPOA._this ( )  :  FaultCodes
FaultCodesPOA._this ( CORBA.ORB orb )  :  FaultCodes
FaultCodesPOA.FaultCodesPOA ( )

cdk-1.0.4.jar, FaultCodesPOATie.class
package org.apache.xindice.client.corba.db
FaultCodesPOATie._default_POA ( )  :  PortableServer.POA
FaultCodesPOATie._delegate ( )  :  FaultCodesOperations
FaultCodesPOATie._delegate ( FaultCodesOperations delegate_ )  :  void
FaultCodesPOATie.FaultCodesPOATie ( FaultCodesOperations tieObject )
FaultCodesPOATie.FaultCodesPOATie ( FaultCodesOperations tieObject, PortableServer.POA poa )

cdk-1.0.4.jar, Feature.class
package org.apache.batik.svggen.font.table
Feature.Feature ( RandomAccessFile p1, int p2 )
Feature.getLookupCount ( )  :  int
Feature.getLookupListIndex ( int p1 )  :  int

cdk-1.0.4.jar, FeatureList.class
package org.apache.batik.svggen.font.table
FeatureList.FeatureList ( RandomAccessFile p1, int p2 )
FeatureList.findFeature ( LangSys p1, String p2 )  :  Feature

cdk-1.0.4.jar, FeatureRecord.class
package org.apache.batik.svggen.font.table
FeatureRecord.FeatureRecord ( RandomAccessFile p1 )
FeatureRecord.getOffset ( )  :  int
FeatureRecord.getTag ( )  :  int

cdk-1.0.4.jar, FIELD.class
package org.openscience.dadml
FIELD.addINDEX ( INDEX a )  :  void
FIELD.FIELD ( )
FIELD.getINDEX ( )  :  Enumeration
FIELD.getMIMETYPE ( )  :  String
FIELD.getNAME ( )  :  String
FIELD.getSOURCE ( )  :  String
FIELD.getTYPE ( )  :  String
FIELD.setMIMETYPE ( String s )  :  void
FIELD.setNAME ( String s )  :  void
FIELD.setSOURCE ( String s )  :  void
FIELD.setTYPE ( String s )  :  void

cdk-1.0.4.jar, FieldTablePanel.class
package org.openscience.cdk.applications.swing
FieldTablePanel.addArea ( String labelText, JComponent component )  :  void
FieldTablePanel.addField ( String labelText, JComponent component )  :  void
FieldTablePanel.FieldTablePanel ( )

cdk-1.0.4.jar, File2Text.class
package org.openscience.cdk.applications
File2Text.File2Text ( )
File2Text.main ( String[ ] args ) [static]  :  void
File2Text.toText ( IChemObjectReader reader ) [static]  :  String

cdk-1.0.4.jar, FileCache.class
package org.apache.xindice.util
FileCache.FileCache ( )
FileCache.getFile ( File file )  :  byte[ ]
FileCache.getFile ( String name )  :  byte[ ]
FileCache.isInCache ( File file )  :  boolean
FileCache.isInCache ( String name )  :  boolean
FileCache.isModified ( File file )  :  boolean
FileCache.isModified ( String name )  :  boolean

cdk-1.0.4.jar, FileCacheSeekableStream.class
package org.apache.batik.ext.awt.image.codec
FileCacheSeekableStream.canSeekBackwards ( )  :  boolean
FileCacheSeekableStream.close ( )  :  void
FileCacheSeekableStream.FileCacheSeekableStream ( InputStream p1 )
FileCacheSeekableStream.getFilePointer ( )  :  long
FileCacheSeekableStream.read ( )  :  int
FileCacheSeekableStream.read ( byte[ ] p1, int p2, int p3 )  :  int
FileCacheSeekableStream.seek ( long p1 )  :  void

cdk-1.0.4.jar, FileConvertor.class
package org.openscience.cdk.applications
FileConvertor.convert ( String ifilename )  :  boolean
FileConvertor.FileConvertor ( )
FileConvertor.listOptionsForIOClass ( String ioClassName )  :  void
FileConvertor.main ( String[ ] args ) [static]  :  void

cdk-1.0.4.jar, FileFormatGuesser.class
package org.openscience.cdk.applications
FileFormatGuesser.FileFormatGuesser ( )
FileFormatGuesser.main ( String[ ] args ) [static]  :  void

cdk-1.0.4.jar, FileHeader.class
package org.apache.xindice.core.filer
Paged.FileHeader.decRecordCount ( )  :  void
Paged.FileHeader.getFirstFreePage ( )  :  long
Paged.FileHeader.getHeaderSize ( )  :  short
Paged.FileHeader.getLastFreePage ( )  :  long
Paged.FileHeader.getMaxKeySize ( )  :  short
Paged.FileHeader.getPageCount ( )  :  long
Paged.FileHeader.getPageHeaderSize ( )  :  byte
Paged.FileHeader.getPageSize ( )  :  int
Paged.FileHeader.getRecordCount ( )  :  long
Paged.FileHeader.getTotalCount ( )  :  long
Paged.FileHeader.getWorkSize ( )  :  int
Paged.FileHeader.incRecordCount ( )  :  void
Paged.FileHeader.isDirty ( )  :  boolean
Paged.FileHeader.Paged.FileHeader ( Paged p1 )
Paged.FileHeader.Paged.FileHeader ( Paged pageCount, long p2 )
Paged.FileHeader.Paged.FileHeader ( Paged pageCount, long pageSize, int p3 )
Paged.FileHeader.Paged.FileHeader ( Paged read, boolean p2 )
Paged.FileHeader.read ( )  :  void
Paged.FileHeader.read ( RandomAccessFile raf )  :  void
Paged.FileHeader.setDirty ( )  :  void
Paged.FileHeader.setFirstFreePage ( long firstFreePage )  :  void
Paged.FileHeader.setHeaderSize ( short headerSize )  :  void
Paged.FileHeader.setLastFreePage ( long lastFreePage )  :  void
Paged.FileHeader.setMaxKeySize ( short maxKeySize )  :  void
Paged.FileHeader.setPageCount ( long pageCount )  :  void
Paged.FileHeader.setPageHeaderSize ( byte pageHeaderSize )  :  void
Paged.FileHeader.setPageSize ( int pageSize )  :  void
Paged.FileHeader.setRecordCount ( long recordCount )  :  void
Paged.FileHeader.setTotalCount ( long totalCount )  :  void
Paged.FileHeader.write ( )  :  void
Paged.FileHeader.write ( RandomAccessFile raf )  :  void

cdk-1.0.4.jar, FileManager.class
package org.apache.xindice.server
FileManager.getFileResource ( String p1 ) [abstract]  :  FileResource
FileManager.getTemporaryFileResource ( ) [abstract]  :  FileResource

cdk-1.0.4.jar, Filer.class
package org.apache.xindice.core.filer
Filer.deleteRecord ( Key p1 ) [abstract]  :  boolean
Filer.flush ( ) [abstract]  :  void
Filer.getRecordCount ( ) [abstract]  :  long
Filer.getRecordSet ( ) [abstract]  :  RecordSet
Filer.readRecord ( Key p1 ) [abstract]  :  Record
Filer.setCollection ( Collection p1 ) [abstract]  :  void
Filer.writeRecord ( Key p1, Value p2 ) [abstract]  :  boolean

cdk-1.0.4.jar, FileResource.class
package org.apache.xindice.server
FileResource.copyStreamTo ( OutputStream p1 ) [abstract]  :  void
FileResource.delete ( ) [abstract]  :  boolean
FileResource.exists ( ) [abstract]  :  boolean
FileResource.getAbsolutePath ( ) [abstract]  :  String
FileResource.getAppendStream ( ) [abstract]  :  OutputStream
FileResource.getCanonicalPath ( ) [abstract]  :  String
FileResource.getChildren ( ) [abstract]  :  FileResource[ ]
FileResource.getInputStream ( ) [abstract]  :  InputStream
FileResource.getName ( ) [abstract]  :  String
FileResource.getOutputStream ( ) [abstract]  :  OutputStream
FileResource.getPath ( ) [abstract]  :  String
FileResource.isDirectory ( ) [abstract]  :  boolean
FileResource.isFile ( ) [abstract]  :  boolean
FileResource.lastModified ( ) [abstract]  :  long
FileResource.length ( ) [abstract]  :  long
FileResource.mkdir ( ) [abstract]  :  boolean
FileResource.mkdirs ( ) [abstract]  :  boolean
FileResource.move ( String p1 ) [abstract]  :  boolean
FileResource.rename ( String p1 ) [abstract]  :  boolean

cdk-1.0.4.jar, FilerException.class
package org.apache.xindice.core.filer
FilerException.FilerException ( int faultCode )
FilerException.FilerException ( int faultCode, String message )

cdk-1.0.4.jar, Filter.class
package org.apache.batik.ext.awt.image.renderable
Filter.getBounds2D ( ) [abstract]  :  Rectangle2D
Filter.getDependencyRegion ( int p1, Rectangle2D p2 ) [abstract]  :  Shape
Filter.getDirtyRegion ( int p1, Rectangle2D p2 ) [abstract]  :  Shape
Filter.getTimeStamp ( ) [abstract]  :  long

cdk-1.0.4.jar, FilterAlphaRable.class
package org.apache.batik.ext.awt.image.renderable
FilterAlphaRable.createRendering ( RenderContext p1 )  :  RenderedImage
FilterAlphaRable.FilterAlphaRable ( Filter p1 )
FilterAlphaRable.getBounds2D ( )  :  Rectangle2D
FilterAlphaRable.getSource ( )  :  Filter

cdk-1.0.4.jar, FilterAlphaRed.class
package org.apache.batik.ext.awt.image.rendered
FilterAlphaRed.copyData ( WritableRaster p1 )  :  WritableRaster
FilterAlphaRed.FilterAlphaRed ( CachableRed p1 )

cdk-1.0.4.jar, FilterAsAlphaRable.class
package org.apache.batik.ext.awt.image.renderable
FilterAsAlphaRable.createRendering ( RenderContext p1 )  :  RenderedImage
FilterAsAlphaRable.FilterAsAlphaRable ( Filter p1 )
FilterAsAlphaRable.getBounds2D ( )  :  Rectangle2D
FilterAsAlphaRable.getSource ( )  :  Filter

cdk-1.0.4.jar, FilterAsAlphaRed.class
package org.apache.batik.ext.awt.image.rendered
FilterAsAlphaRed.copyData ( WritableRaster p1 )  :  WritableRaster
FilterAsAlphaRed.FilterAsAlphaRed ( CachableRed p1 )

cdk-1.0.4.jar, FilterChainRable.class
package org.apache.batik.ext.awt.image.renderable
FilterChainRable.getFilterRegion ( ) [abstract]  :  Rectangle2D
FilterChainRable.getFilterResolutionX ( ) [abstract]  :  int
FilterChainRable.getFilterResolutionY ( ) [abstract]  :  int
FilterChainRable.getSource ( ) [abstract]  :  Filter
FilterChainRable.setFilterRegion ( Rectangle2D p1 ) [abstract]  :  void
FilterChainRable.setFilterResolutionX ( int p1 ) [abstract]  :  void
FilterChainRable.setFilterResolutionY ( int p1 ) [abstract]  :  void
FilterChainRable.setSource ( Filter p1 ) [abstract]  :  void

cdk-1.0.4.jar, FilterChainRable8Bit.class
package org.apache.batik.ext.awt.image.renderable
FilterChainRable8Bit.createRendering ( RenderContext p1 )  :  RenderedImage
FilterChainRable8Bit.FilterChainRable8Bit ( Filter p1, Rectangle2D p2 )
FilterChainRable8Bit.getBounds2D ( )  :  Rectangle2D
FilterChainRable8Bit.getFilterRegion ( )  :  Rectangle2D
FilterChainRable8Bit.getFilterResolutionX ( )  :  int
FilterChainRable8Bit.getFilterResolutionY ( )  :  int
FilterChainRable8Bit.getSource ( )  :  Filter
FilterChainRable8Bit.paintRable ( Graphics2D p1 )  :  boolean
FilterChainRable8Bit.setFilterRegion ( Rectangle2D p1 )  :  void
FilterChainRable8Bit.setFilterResolutionX ( int p1 )  :  void
FilterChainRable8Bit.setFilterResolutionY ( int p1 )  :  void
FilterChainRable8Bit.setSource ( Filter p1 )  :  void

cdk-1.0.4.jar, FilterColorInterpolation.class
package org.apache.batik.ext.awt.image.renderable
FilterColorInterpolation.getOperationColorSpace ( ) [abstract]  :  ColorSpace
FilterColorInterpolation.isColorSpaceLinear ( ) [abstract]  :  boolean
FilterColorInterpolation.setColorSpaceLinear ( boolean p1 ) [abstract]  :  void

cdk-1.0.4.jar, FilterResRable.class
package org.apache.batik.ext.awt.image.renderable
FilterResRable.getFilterResolutionX ( ) [abstract]  :  int
FilterResRable.getFilterResolutionY ( ) [abstract]  :  int
FilterResRable.getSource ( ) [abstract]  :  Filter
FilterResRable.setFilterResolutionX ( int p1 ) [abstract]  :  void
FilterResRable.setFilterResolutionY ( int p1 ) [abstract]  :  void
FilterResRable.setSource ( Filter p1 ) [abstract]  :  void

cdk-1.0.4.jar, FilterResRable8Bit.class
package org.apache.batik.ext.awt.image.renderable
FilterResRable8Bit.allPaintRable ( RenderableImage p1 )  :  boolean
FilterResRable8Bit.createRendering ( RenderContext p1 )  :  RenderedImage
FilterResRable8Bit.distributeAcross ( RenderableImage p1, Graphics2D p2 )  :  boolean
FilterResRable8Bit.FilterResRable8Bit ( )
FilterResRable8Bit.FilterResRable8Bit ( Filter p1, int p2, int p3 )
FilterResRable8Bit.getFilterResolutionX ( )  :  int
FilterResRable8Bit.getFilterResolutionY ( )  :  int
FilterResRable8Bit.getSource ( )  :  Filter
FilterResRable8Bit.paintRable ( Graphics2D p1 )  :  boolean
FilterResRable8Bit.setFilterResolutionX ( int p1 )  :  void
FilterResRable8Bit.setFilterResolutionY ( int p1 )  :  void
FilterResRable8Bit.setSource ( Filter p1 )  :  void

cdk-1.0.4.jar, FingerPrinter.class
package org.openscience.cdk.applications
FingerPrinter.FingerPrinter ( )
FingerPrinter.main ( String[ ] args ) [static]  :  void

cdk-1.0.4.jar, Fingerprinter.class
package org.openscience.cdk.fingerprint
Fingerprinter.findPathes ( IAtomContainer ac, int searchDepth )  :  Map

cdk-1.0.4.jar, FlipEdit.class
package org.openscience.cdk.applications.undoredo
FlipEdit.FlipEdit ( HashMap atomCoordsMap )
FlipEdit.getPresentationName ( )  :  String

cdk-1.0.4.jar, FloodRable.class
package org.apache.batik.ext.awt.image.renderable
FloodRable.getFloodPaint ( ) [abstract]  :  Paint
FloodRable.getFloodRegion ( ) [abstract]  :  Rectangle2D
FloodRable.setFloodPaint ( Paint p1 ) [abstract]  :  void
FloodRable.setFloodRegion ( Rectangle2D p1 ) [abstract]  :  void

cdk-1.0.4.jar, FloodRable8Bit.class
package org.apache.batik.ext.awt.image.renderable
FloodRable8Bit.createRendering ( RenderContext p1 )  :  RenderedImage
FloodRable8Bit.FloodRable8Bit ( Rectangle2D p1, Paint p2 )
FloodRable8Bit.getBounds2D ( )  :  Rectangle2D
FloodRable8Bit.getFloodPaint ( )  :  Paint
FloodRable8Bit.getFloodRegion ( )  :  Rectangle2D
FloodRable8Bit.setFloodPaint ( Paint p1 )  :  void
FloodRable8Bit.setFloodRegion ( Rectangle2D p1 )  :  void

cdk-1.0.4.jar, FloodRed.class
package org.apache.batik.ext.awt.image.rendered
FloodRed.copyData ( WritableRaster p1 )  :  WritableRaster
FloodRed.FloodRed ( Rectangle p1 )
FloodRed.FloodRed ( Rectangle p1, Paint p2 )
FloodRed.getTile ( int p1, int p2 )  :  Raster

cdk-1.0.4.jar, Font.class
package org.apache.batik.svggen.font
Font.create ( ) [static]  :  Font
Font.create ( String p1 ) [static]  :  Font
Font.Font ( )
Font.getAscent ( )  :  int
Font.getCmapTable ( )  :  CmapTable
Font.getDescent ( )  :  int
Font.getGlyph ( int p1 )  :  Glyph
Font.getHeadTable ( )  :  HeadTable
Font.getHheaTable ( )  :  HheaTable
Font.getHmtxTable ( )  :  HmtxTable
Font.getLocaTable ( )  :  LocaTable
Font.getMaxpTable ( )  :  MaxpTable
Font.getNameTable ( )  :  NameTable
Font.getNumGlyphs ( )  :  int
Font.getOS2Table ( )  :  Os2Table
Font.getPath ( )  :  String
Font.getPostTable ( )  :  PostTable
Font.getTable ( int p1 )  :  Table
Font.getTableDirectory ( )  :  TableDirectory
Font.read ( String p1 )  :  void

cdk-1.0.4.jar, ForceFieldConfigurator.class
package org.openscience.cdk.modeling.builder3d
ForceFieldConfigurator.getAtomTypes ( )  :  Vector
ForceFieldConfigurator.getParameterSet ( )  :  Hashtable
ForceFieldConfigurator.setAtomTypes ( Vector atomtypes )  :  void
ForceFieldConfigurator.setParameters ( Hashtable parameterset )  :  void

cdk-1.0.4.jar, FormalChargeAtom.class
package org.openscience.cdk.isomorphism.matchers.smarts
FormalChargeAtom.getOperator ( )  :  int

cdk-1.0.4.jar, FormatRed.class
package org.apache.batik.ext.awt.image.rendered
FormatRed.construct ( CachableRed p1, ColorModel p2 ) [static]  :  CachableRed
FormatRed.copyData ( WritableRaster p1 )  :  WritableRaster
FormatRed.FormatRed ( CachableRed p1, ColorModel p2 )
FormatRed.FormatRed ( CachableRed p1, SampleModel p2 )
FormatRed.getProperty ( String p1 )  :  Object
FormatRed.getPropertyNames ( )  :  String[ ]
FormatRed.getSource ( )  :  CachableRed
FormatRed.makeColorModel ( CachableRed p1, SampleModel p2 ) [static]  :  ColorModel
FormatRed.makeSampleModel ( CachableRed p1, ColorModel p2 ) [static]  :  SampleModel

cdk-1.0.4.jar, ForwardSeekableStream.class
package org.apache.batik.ext.awt.image.codec
ForwardSeekableStream.available ( )  :  int
ForwardSeekableStream.canSeekBackwards ( )  :  boolean
ForwardSeekableStream.close ( )  :  void
ForwardSeekableStream.ForwardSeekableStream ( InputStream p1 )
ForwardSeekableStream.getFilePointer ( )  :  long
ForwardSeekableStream.mark ( int p1 )  :  void
ForwardSeekableStream.markSupported ( )  :  boolean
ForwardSeekableStream.read ( )  :  int
ForwardSeekableStream.read ( byte[ ] p1, int p2, int p3 )  :  int
ForwardSeekableStream.reset ( )  :  void
ForwardSeekableStream.seek ( long p1 )  :  void
ForwardSeekableStream.skip ( long p1 )  :  long

cdk-1.0.4.jar, FourierGridBasis.class
package org.openscience.cdk.math.qm
FourierGridBasis.calcI ( int i, int j, int k, int l )  :  double
FourierGridBasis.calcJ ( int i, int j )  :  double
FourierGridBasis.calcS ( int i, int j )  :  double
FourierGridBasis.calcV ( int i, int j )  :  double
FourierGridBasis.FourierGridBasis ( int N, double minx, double maxx, IFunction potential )
FourierGridBasis.getMaxX ( )  :  double
FourierGridBasis.getMaxY ( )  :  double
FourierGridBasis.getMaxZ ( )  :  double
FourierGridBasis.getMinX ( )  :  double
FourierGridBasis.getMinY ( )  :  double
FourierGridBasis.getMinZ ( )  :  double
FourierGridBasis.getSize ( )  :  int
FourierGridBasis.getValue ( int index, double x, double y, double z )  :  double
FourierGridBasis.getValues ( int index, Matrix m )  :  Vector

cdk-1.0.4.jar, FpgmTable.class
package org.apache.batik.svggen.font.table
FpgmTable.FpgmTable ( DirectoryEntry p1, RandomAccessFile p2 )
FpgmTable.getType ( )  :  int

cdk-1.0.4.jar, Fragment.class
package org.openscience.cdk
Fragment.Fragment ( )
Fragment.getFreeValences ( )  :  int
Fragment.getTitle ( )  :  String
Fragment.setFreeValences ( int count )  :  void
Fragment.setTitle ( String title )  :  void

cdk-1.0.4.jar, FSFiler.class
package org.apache.xindice.core.filer
FSFiler.close ( )  :  boolean
FSFiler.create ( )  :  boolean
FSFiler.deleteRecord ( Key key )  :  boolean
FSFiler.drop ( )  :  boolean
FSFiler.exists ( )  :  boolean
FSFiler.flush ( )  :  void
FSFiler.FSFiler ( )
FSFiler.getName ( )  :  String
FSFiler.getRecordCount ( )  :  long
FSFiler.getRecordSet ( )  :  RecordSet
FSFiler.isOpened ( )  :  boolean
FSFiler.open ( )  :  boolean
FSFiler.readRecord ( Key key )  :  Record
FSFiler.setCollection ( Collection collection )  :  void
FSFiler.setConfig ( Configuration config )  :  void
FSFiler.writeRecord ( Key key, Value value )  :  boolean

cdk-1.0.4.jar, GammaTransfer.class
package org.apache.batik.ext.awt.image
GammaTransfer.GammaTransfer ( float p1, float p2, float p3 )
GammaTransfer.getLookupTable ( )  :  byte[ ]

cdk-1.0.4.jar, GasteigerPEPEPartialCharges.class
package org.openscience.cdk.charges
GasteigerPEPEPartialCharges.setMaxGasteigerIters ( double iters )  :  void

cdk-1.0.4.jar, Gateway.class
package org.apache.xindice.server
Gateway.enumCookies ( )  :  Iterator
Gateway.enumFormValues ( )  :  Iterator
Gateway.enumObjects ( )  :  Iterator
Gateway.enumRequestHeader ( )  :  Iterator
Gateway.enumResponseHeader ( )  :  Iterator
Gateway.Gateway ( )
Gateway.getComponent ( String name )  :  ScriptComponent
Gateway.getContent ( ) [abstract]  :  ByteBuffer
Gateway.getCookie ( String key )  :  String
Gateway.getCurrentGateway ( ) [static]  :  Gateway
Gateway.getFileResource ( String filename )  :  FileResource
Gateway.getFormValue ( String key )  :  String
Gateway.getGatewayType ( ) [abstract]  :  String
Gateway.getHeaderContent ( int p1 ) [abstract]  :  ByteBuffer
Gateway.getInputStream ( ) [abstract]  :  InputStream
Gateway.getNativeOutputStream ( ) [abstract]  :  OutputStream
Gateway.getObject ( String name )  :  Object
Gateway.getOutputStream ( ) [abstract]  :  OutputStream
Gateway.getPathAlias ( ) [abstract]  :  String
Gateway.getRequestHeader ( String key )  :  String
Gateway.getResource ( String name )  :  Object
Gateway.getResource ( Versioning versioning, String name )  :  Object
Gateway.getResponseHeader ( String key )  :  String
Gateway.getRootURL ( ) [abstract]  :  String
Gateway.getScriptBase ( ) [abstract]  :  String
Gateway.getScriptName ( ) [abstract]  :  String
Gateway.getScriptPath ( ) [abstract]  :  String
Gateway.getSessionKey ( )  :  String
Gateway.getTemporaryFileResource ( )  :  FileResource
Gateway.getUser ( )  :  User
Gateway.init ( )  :  void
Gateway.isCookieNull ( String key )  :  boolean
Gateway.isFormValueNull ( String key )  :  boolean
Gateway.isObjectNull ( String name )  :  boolean
Gateway.isRequestHeaderNull ( String key )  :  boolean
Gateway.isResponseHeaderNull ( String key )  :  boolean
Gateway.logMessage ( int type, String message )  :  void
Gateway.redirectLocal ( String p1 ) [abstract]  :  void
Gateway.redirectRemote ( String p1 ) [abstract]  :  void
Gateway.removeAllObjects ( )  :  void
Gateway.removeCookie ( String key )  :  void
Gateway.removeFormValue ( String key )  :  void
Gateway.removeObject ( String name )  :  void
Gateway.removeResource ( String name )  :  void
Gateway.removeResource ( Versioning versioning, String name )  :  void
Gateway.removeResponseHeader ( String key )  :  void
Gateway.resetOutputStream ( ) [abstract]  :  void
Gateway.runScript ( String name )  :  void
Gateway.send ( ) [abstract]  :  void
Gateway.send ( int p1 ) [abstract]  :  void
Gateway.sendError ( ) [abstract]  :  void
Gateway.sendError ( int p1 ) [abstract]  :  void
Gateway.sendError ( int p1, String p2 ) [abstract]  :  void
Gateway.sendException ( String p1, Exception p2 ) [abstract]  :  void
Gateway.setCookie ( String key, String value )  :  void
Gateway.setCookie ( String key, String value, Date expires )  :  void
Gateway.setCookie ( String key, String value, Date expires, String path )  :  void
Gateway.setCookie ( String key, String value, Date expires, String path, String domain )  :  void
Gateway.setCookie ( String key, String value, Date expires, String path, String domain, boolean secure )  :  void
Gateway.setCurrentGateway ( Gateway gateway ) [static]  :  void
Gateway.setFormValue ( String key, String value )  :  void
Gateway.setKernel ( Kernel kernel )  :  void
Gateway.setObject ( String name, Object object )  :  void
Gateway.setRequestHeader ( String key, String value )  :  void
Gateway.setResource ( String name, Object object )  :  void
Gateway.setResource ( Versioning versioning, String name, Object object )  :  void
Gateway.setResponseHeader ( String key, String value )  :  void

cdk-1.0.4.jar, GaussianBlurRable.class
package org.apache.batik.ext.awt.image.renderable
GaussianBlurRable.getSource ( ) [abstract]  :  Filter
GaussianBlurRable.getStdDeviationX ( ) [abstract]  :  double
GaussianBlurRable.getStdDeviationY ( ) [abstract]  :  double
GaussianBlurRable.setSource ( Filter p1 ) [abstract]  :  void
GaussianBlurRable.setStdDeviationX ( double p1 ) [abstract]  :  void
GaussianBlurRable.setStdDeviationY ( double p1 ) [abstract]  :  void

cdk-1.0.4.jar, GaussianBlurRable8Bit.class
package org.apache.batik.ext.awt.image.renderable
GaussianBlurRable8Bit.createRendering ( RenderContext p1 )  :  RenderedImage
GaussianBlurRable8Bit.eps_abs_eq ( double p1, double p2 ) [static]  :  boolean
GaussianBlurRable8Bit.eps_eq ( double p1, double p2 ) [static]  :  boolean
GaussianBlurRable8Bit.GaussianBlurRable8Bit ( Filter p1, double p2, double p3 )
GaussianBlurRable8Bit.getBounds2D ( )  :  Rectangle2D
GaussianBlurRable8Bit.getDependencyRegion ( int p1, Rectangle2D p2 )  :  Shape
GaussianBlurRable8Bit.getDirtyRegion ( int p1, Rectangle2D p2 )  :  Shape
GaussianBlurRable8Bit.getSource ( )  :  Filter
GaussianBlurRable8Bit.getStdDeviationX ( )  :  double
GaussianBlurRable8Bit.getStdDeviationY ( )  :  double
GaussianBlurRable8Bit.setSource ( Filter p1 )  :  void
GaussianBlurRable8Bit.setStdDeviationX ( double p1 )  :  void
GaussianBlurRable8Bit.setStdDeviationY ( double p1 )  :  void

cdk-1.0.4.jar, GaussianBlurRed8Bit.class
package org.apache.batik.ext.awt.image.rendered
GaussianBlurRed8Bit.copyData ( WritableRaster p1 )  :  WritableRaster
GaussianBlurRed8Bit.fixColorModel ( CachableRed p1 ) [static]  :  ColorModel
GaussianBlurRed8Bit.GaussianBlurRed8Bit ( CachableRed p1, double p2, double p3, RenderingHints p4 )
GaussianBlurRed8Bit.GaussianBlurRed8Bit ( CachableRed p1, double p2, RenderingHints p3 )
GaussianBlurRed8Bit.surroundPixels ( double p1 ) [static]  :  int
GaussianBlurRed8Bit.surroundPixels ( double p1, RenderingHints p2 ) [static]  :  int

cdk-1.0.4.jar, GaussiansBasis.class
package org.openscience.cdk.math.qm
GaussiansBasis.calcD ( double normi, double normj, double alphai, double alphaj, Vector ri, Vector rj )  :  double
GaussiansBasis.calcG ( int n, double t, double alphai, double alphaj, double xi, double xj, double xN )  :  double
GaussiansBasis.calcG ( int n, int m, double u, double alphai, double alphaj, double alphak, double alphal, double xi, double xj, double xk, double xl )  :  double
GaussiansBasis.calcI ( int i, int j, int k, int l )  :  double
GaussiansBasis.calcI ( int ni, int nj, int nk, int nl, double u, double alphai, double alphaj, double alphak, double alphal, double xi, double xj, double xk, double xl )  :  double
GaussiansBasis.calcJ ( int i, int j )  :  double
GaussiansBasis.calcJ ( int ni, int nj, double alphai, double alphaj, double xi, double xj )  :  double
GaussiansBasis.calcS ( int i, int j )  :  double
GaussiansBasis.calcV ( int i, int j )  :  double
GaussiansBasis.calcV ( int i, int j, Vector rN, double Z )  :  double
GaussiansBasis.GaussiansBasis ( )
GaussiansBasis.GaussiansBasis ( int[ ] nx, int[ ] ny, int[ ] nz, double[ ] alpha, Vector[ ] r, IAtom[ ] atoms )
GaussiansBasis.getMaxX ( )  :  double
GaussiansBasis.getMaxY ( )  :  double
GaussiansBasis.getMaxZ ( )  :  double
GaussiansBasis.getMinX ( )  :  double
GaussiansBasis.getMinY ( )  :  double
GaussiansBasis.getMinZ ( )  :  double
GaussiansBasis.getPosition ( int index )  :  Vector
GaussiansBasis.getSize ( )  :  int
GaussiansBasis.getValue ( int index, double x, double y, double z )  :  double
GaussiansBasis.getValues ( int index, Matrix m )  :  Vector
GaussiansBasis.setBasis ( int[ ] nx, int[ ] ny, int[ ] nz, double[ ] alpha, Vector[ ] r, IAtom[ ] atoms )  :  void

cdk-1.0.4.jar, GenericAttr.class
package org.apache.batik.dom
GenericAttr.GenericAttr ( )
GenericAttr.GenericAttr ( String p1, AbstractDocument p2 )
GenericAttr.isReadonly ( )  :  boolean
GenericAttr.newNode ( )  :  Node
GenericAttr.setReadonly ( boolean p1 )  :  void

cdk-1.0.4.jar, GenericAttrNS.class
package org.apache.batik.dom
GenericAttrNS.GenericAttrNS ( )
GenericAttrNS.GenericAttrNS ( String p1, String p2, AbstractDocument p3 )
GenericAttrNS.isReadonly ( )  :  boolean
GenericAttrNS.newNode ( )  :  Node
GenericAttrNS.setReadonly ( boolean p1 )  :  void

cdk-1.0.4.jar, GenericCDATASection.class
package org.apache.batik.dom
GenericCDATASection.createTextNode ( String p1 )  :  Text
GenericCDATASection.GenericCDATASection ( )
GenericCDATASection.GenericCDATASection ( String p1, AbstractDocument p2 )
GenericCDATASection.getNodeName ( )  :  String
GenericCDATASection.getNodeType ( )  :  short
GenericCDATASection.isReadonly ( )  :  boolean
GenericCDATASection.newNode ( )  :  Node
GenericCDATASection.setReadonly ( boolean p1 )  :  void

cdk-1.0.4.jar, GenericComment.class
package org.apache.batik.dom
GenericComment.GenericComment ( )
GenericComment.GenericComment ( String p1, AbstractDocument p2 )
GenericComment.isReadonly ( )  :  boolean
GenericComment.newNode ( )  :  Node
GenericComment.setReadonly ( boolean p1 )  :  void

cdk-1.0.4.jar, GenericDecoder.class
package org.apache.batik.util.io
GenericDecoder.dispose ( )  :  void
GenericDecoder.GenericDecoder ( InputStream p1, String p2 )
GenericDecoder.GenericDecoder ( Reader p1 )
GenericDecoder.readChar ( )  :  int

cdk-1.0.4.jar, GenericDictionary.class
package org.xmlcml.cml.element
GenericDictionary.createDictionary ( File p1 ) [abstract]  :  GenericDictionary
GenericDictionary.createDictionaryMap ( File p1, boolean p2 ) [abstract]  :  GenericDictionaryMap
GenericDictionary.getGenericEntry ( String p1 ) [abstract]  :  GenericEntry
GenericDictionary.getNamespace ( ) [abstract]  :  String
GenericDictionary.getTitle ( ) [abstract]  :  String
GenericDictionary.indexEntries ( ) [abstract]  :  void

cdk-1.0.4.jar, GenericDictionaryMap.class
package org.xmlcml.cml.element
GenericDictionaryMap.GenericDictionaryMap ( )
GenericDictionaryMap.GenericDictionaryMap ( File dir, boolean useSubdirectories, GenericDictionary genericDictionary )
GenericDictionaryMap.getDictionary ( NamespaceRefAttribute namespaceRefAttribute )  :  GenericDictionary
GenericDictionaryMap.getDictionary ( String namespaceURI )  :  GenericDictionary
GenericDictionaryMap.getEntry ( NamespaceRefAttribute namespaceRefAttribute )  :  GenericEntry

cdk-1.0.4.jar, GenericDocument.class
package org.apache.batik.dom
GenericDocument.createAttribute ( String p1 )  :  Attr
GenericDocument.createAttributeNS ( String p1, String p2 )  :  Attr
GenericDocument.createCDATASection ( String p1 )  :  CDATASection
GenericDocument.createComment ( String p1 )  :  Comment
GenericDocument.createDocumentFragment ( )  :  DocumentFragment
GenericDocument.createElement ( String p1 )  :  Element
GenericDocument.createElementNS ( String p1, String p2 )  :  Element
GenericDocument.createEntityReference ( String p1 )  :  EntityReference
GenericDocument.createProcessingInstruction ( String p1, String p2 )  :  ProcessingInstruction
GenericDocument.createTextNode ( String p1 )  :  Text
GenericDocument.GenericDocument ( )
GenericDocument.GenericDocument ( DocumentType p1, DOMImplementation p2 )
GenericDocument.getById ( String p1, Node p2 ) [static]  :  Element
GenericDocument.getElementById ( String p1 )  :  Element
GenericDocument.isReadonly ( )  :  boolean
GenericDocument.newNode ( )  :  Node
GenericDocument.setReadonly ( boolean p1 )  :  void

cdk-1.0.4.jar, GenericDocumentFragment.class
package org.apache.batik.dom
GenericDocumentFragment.GenericDocumentFragment ( )
GenericDocumentFragment.GenericDocumentFragment ( AbstractDocument p1 )
GenericDocumentFragment.isReadonly ( )  :  boolean
GenericDocumentFragment.newNode ( )  :  Node
GenericDocumentFragment.setReadonly ( boolean p1 )  :  void

cdk-1.0.4.jar, GenericDOMImplementation.class
package org.apache.batik.dom
GenericDOMImplementation.createDocument ( String p1, String p2, DocumentType p3 )  :  Document
GenericDOMImplementation.createDocumentType ( String p1, String p2, String p3 )  :  DocumentType
GenericDOMImplementation.GenericDOMImplementation ( )
GenericDOMImplementation.getDOMImplementation ( ) [static]  :  DOMImplementation

cdk-1.0.4.jar, GenericElement.class
package org.apache.batik.dom
GenericElement.copyInto ( Node p1 )  :  Node
GenericElement.deepCopyInto ( Node p1 )  :  Node
GenericElement.deepExport ( Node p1, AbstractDocument p2 )  :  Node
GenericElement.export ( Node p1, AbstractDocument p2 )  :  Node
GenericElement.GenericElement ( )
GenericElement.GenericElement ( String p1, AbstractDocument p2 )
GenericElement.getNodeName ( )  :  String
GenericElement.isReadonly ( )  :  boolean
GenericElement.newNode ( )  :  Node
GenericElement.setNodeName ( String p1 )  :  void
GenericElement.setReadonly ( boolean p1 )  :  void

cdk-1.0.4.jar, GenericElementNS.class
package org.apache.batik.dom
GenericElementNS.copyInto ( Node p1 )  :  Node
GenericElementNS.deepCopyInto ( Node p1 )  :  Node
GenericElementNS.deepExport ( Node p1, AbstractDocument p2 )  :  Node
GenericElementNS.export ( Node p1, AbstractDocument p2 )  :  Node
GenericElementNS.GenericElementNS ( )
GenericElementNS.GenericElementNS ( String p1, String p2, AbstractDocument p3 )
GenericElementNS.getNodeName ( )  :  String
GenericElementNS.isReadonly ( )  :  boolean
GenericElementNS.newNode ( )  :  Node
GenericElementNS.setNodeName ( String p1 )  :  void
GenericElementNS.setReadonly ( boolean p1 )  :  void

cdk-1.0.4.jar, GenericEntity.class
package org.apache.batik.dom
GenericEntity.GenericEntity ( )
GenericEntity.GenericEntity ( String p1, String p2, String p3, AbstractDocument p4 )
GenericEntity.isReadonly ( )  :  boolean
GenericEntity.newNode ( )  :  Node
GenericEntity.setReadonly ( boolean p1 )  :  void

cdk-1.0.4.jar, GenericEntityReference.class
package org.apache.batik.dom
GenericEntityReference.GenericEntityReference ( )
GenericEntityReference.GenericEntityReference ( String p1, AbstractDocument p2 )
GenericEntityReference.isReadonly ( )  :  boolean
GenericEntityReference.newNode ( )  :  Node
GenericEntityReference.setReadonly ( boolean p1 )  :  void

cdk-1.0.4.jar, GenericImageHandler.class
package org.apache.batik.svggen
GenericImageHandler.createElement ( SVGGeneratorContext p1 ) [abstract]  :  Element
GenericImageHandler.handleImage ( Image p1, Element p2, int p3, int p4, int p5, int p6, SVGGeneratorContext p7 ) [abstract]  :  AffineTransform
GenericImageHandler.handleImage ( RenderableImage p1, Element p2, double p3, double p4, double p5, double p6, SVGGeneratorContext p7 ) [abstract]  :  AffineTransform
GenericImageHandler.handleImage ( RenderedImage p1, Element p2, int p3, int p4, int p5, int p6, SVGGeneratorContext p7 ) [abstract]  :  AffineTransform
GenericImageHandler.setDOMTreeManager ( DOMTreeManager p1 ) [abstract]  :  void

cdk-1.0.4.jar, GenericNotation.class
package org.apache.batik.dom
GenericNotation.GenericNotation ( )
GenericNotation.GenericNotation ( String p1, String p2, String p3, AbstractDocument p4 )
GenericNotation.isReadonly ( )  :  boolean
GenericNotation.newNode ( )  :  Node
GenericNotation.setReadonly ( boolean p1 )  :  void

cdk-1.0.4.jar, GenericProcessingInstruction.class
package org.apache.batik.dom
GenericProcessingInstruction.copyInto ( Node p1 )  :  Node
GenericProcessingInstruction.deepCopyInto ( Node p1 )  :  Node
GenericProcessingInstruction.deepExport ( Node p1, AbstractDocument p2 )  :  Node
GenericProcessingInstruction.export ( Node p1, AbstractDocument p2 )  :  Node
GenericProcessingInstruction.GenericProcessingInstruction ( )
GenericProcessingInstruction.GenericProcessingInstruction ( String p1, String p2, AbstractDocument p3 )
GenericProcessingInstruction.getTarget ( )  :  String
GenericProcessingInstruction.isReadonly ( )  :  boolean
GenericProcessingInstruction.newNode ( )  :  Node
GenericProcessingInstruction.setNodeName ( String p1 )  :  void
GenericProcessingInstruction.setReadonly ( boolean p1 )  :  void
GenericProcessingInstruction.setTarget ( String p1 )  :  void

cdk-1.0.4.jar, GenericText.class
package org.apache.batik.dom
GenericText.createTextNode ( String p1 )  :  Text
GenericText.GenericText ( )
GenericText.GenericText ( String p1, AbstractDocument p2 )
GenericText.getNodeName ( )  :  String
GenericText.getNodeType ( )  :  short
GenericText.isReadonly ( )  :  boolean
GenericText.newNode ( )  :  Node
GenericText.setReadonly ( boolean p1 )  :  void

cdk-1.0.4.jar, GenericUnitListMap.class
package org.xmlcml.cml.element
GenericUnitListMap.GenericUnitListMap ( )
GenericUnitListMap.GenericUnitListMap ( File dir, String type, boolean useSubdirectories )
GenericUnitListMap.getDictionaries ( File dir, String type, boolean useSubdirectories )  :  void
GenericUnitListMap.getUnit ( UnitAttribute unitAttribute )  :  CMLUnit
GenericUnitListMap.getUnitList ( String namespaceURI )  :  CMLUnitList
GenericUnitListMap.getUnitList ( UnitAttribute unitAttribute )  :  CMLUnitList

cdk-1.0.4.jar, GeometricMinimizer.class
package org.openscience.cdk.modeling.forcefield
GeometricMinimizer.getPotentialParameterSet ( )  :  Hashtable

cdk-1.0.4.jar, GeometryTool.class
package org.xmlcml.cml.tools
GeometryTool.add2DCoordinates ( )  :  void
GeometryTool.add2DCoordinates ( CMLMolecule.HydrogenControl control )  :  void
GeometryTool.addCalculated2DCoordinatesForHydrogens ( )  :  void
GeometryTool.addCalculated3DCoordinates ( )  :  void
GeometryTool.addCalculatedCoordinatesForHydrogens ( CMLElement.CoordinateType type )  :  void
GeometryTool.calculateCoordsFromZMatrix ( )  :  void
GeometryTool.calculateGeometry ( boolean calculate, boolean add )  :  void
GeometryTool.compareGeometries ( CMLMolecule mol1 )  :  void
GeometryTool.createValenceAngles ( boolean calculate, boolean add )  :  List
GeometryTool.createValenceAngles ( CMLAtomSet atomSet, boolean calculate, boolean add )  :  List
GeometryTool.createValenceLengths ( boolean calculate, boolean add )  :  List
GeometryTool.createValenceLengths ( CMLAtomSet atomSet, boolean calculate, boolean add )  :  List
GeometryTool.createValenceTorsions ( boolean calculate, boolean add )  :  List
GeometryTool.createValenceTorsions ( CMLAtomSet atomSet, boolean calculate, boolean add )  :  List
GeometryTool.flip2D ( CMLBond bond, CMLAtom atom )  :  void
GeometryTool.GeometryTool ( CMLMolecule molecule )
GeometryTool.getNonBondedMatrix ( )  :  IntSquareMatrix
GeometryTool.layoutDoubleBonds ( )  :  void

cdk-1.0.4.jar, GeometryTools.class
package org.openscience.cdk.geometry
GeometryTools.center ( IAtomContainer atomCon, Dimension areaDim, HashMap renderingCoordinates ) [static]  :  void
GeometryTools.center ( IReaction reaction, Dimension areaDim, HashMap renderingCoordinates ) [static]  :  void
GeometryTools.get2DCenter ( IAtom[ ] atoms, HashMap renderingCoordinates ) [static]  :  Point2d
GeometryTools.get2DCenter ( IAtomContainer container, HashMap renderingCoordinates ) [static]  :  Point2d
GeometryTools.get2DCenter ( Iterator atoms, HashMap renderingCoordinates ) [static]  :  Point2d
GeometryTools.get2DCentreOfMass ( IAtomContainer ac, HashMap renderingCoordinates ) [static]  :  Point2d
GeometryTools.get2DDimension ( IAtomContainer atomCon, HashMap renderingCoordinates ) [static]  :  Dimension
GeometryTools.get2DDimension ( IMoleculeSet setOfMolecules, HashMap renderingCoordinates ) [static]  :  Dimension
GeometryTools.getBestAlignmentForLabel ( IAtomContainer container, IAtom atom, HashMap renderingCoordinates ) [static]  :  int
GeometryTools.getBondCoordinates ( IBond bond, HashMap renderingCoordinates ) [static]  :  int[ ]
GeometryTools.getBondLengthAverage ( IAtomContainer ac, HashMap renderingCoordinates ) [static]  :  double
GeometryTools.getClosestAtom ( int xPosition, int yPosition, IChemModel model, IAtom ignore, HashMap renderingCoordinates ) [static]  :  IAtom
GeometryTools.getClosestBond ( int xPosition, int yPosition, IAtomContainer atomCon, HashMap renderingCoordinates ) [static]  :  IBond
GeometryTools.getLength2D ( IBond bond, HashMap renderingCoordinates ) [static]  :  double
GeometryTools.getMinMax ( IAtomContainer container, HashMap renderingCoordinates ) [static]  :  double[ ]
GeometryTools.getMinMax ( IMoleculeSet setOfMolecules, HashMap renderingCoordinates ) [static]  :  double[ ]
GeometryTools.getScaleFactor ( IAtomContainer ac, double bondLength, HashMap renderingCoordinates ) [static]  :  double
GeometryTools.has2DCoordinatesNew ( IChemModel model ) [static]  :  int
GeometryTools.has3DCoordinates ( IChemModel model ) [static]  :  boolean
GeometryTools.makeRenderingCoordinates ( IMoleculeSet molset, HashMap renderingCoordinates ) [static]  :  void
GeometryTools.scaleMolecule ( IAtomContainer atomCon, Dimension areaDim, double fillFactor, HashMap renderingCoordinates ) [static]  :  void
GeometryTools.scaleMolecule ( IAtomContainer atomCon, double scaleFactor, HashMap renderingCoordinates ) [static]  :  void
GeometryTools.sortBy2DDistance ( IAtom[ ] atoms, Point2d point, HashMap renderingCoordinates ) [static]  :  void
GeometryTools.translate2D ( IAtomContainer atomCon, double transX, double transY, HashMap renderingCoordinates ) [static]  :  void
GeometryTools.translate2D ( IAtomContainer atomCon, Vector2d vector, HashMap renderingCoordinates ) [static]  :  void
GeometryTools.translate2D ( IReaction reaction, double transX, double transY, HashMap renderingCoordinates ) [static]  :  void
GeometryTools.translate2D ( IReaction reaction, Vector2d vector, HashMap renderingCoordinates ) [static]  :  void
GeometryTools.translate2DCenterTo ( IAtomContainer container, Point2d p, HashMap renderingCoordinates ) [static]  :  void
GeometryTools.translate2DCentreOfMassTo ( IAtomContainer atomCon, Point2d p, HashMap renderingCoordinates ) [static]  :  void
GeometryTools.translateAllPositive ( IAtomContainer atomCon, HashMap renderingCoordinates ) [static]  :  void
GeometryTools.translateAllPositive ( IReaction reaction, HashMap renderingCoordinates ) [static]  :  void

cdk-1.0.4.jar, GeometryToolsInternalCoordinates.class
package org.openscience.cdk.geometry
GeometryToolsInternalCoordinates.calculatePerpendicularUnitVector ( Point2d p1, Point2d p2 ) [static]  :  Vector2d
GeometryToolsInternalCoordinates.center ( IAtomContainer atomCon, Dimension areaDim ) [static]  :  void
GeometryToolsInternalCoordinates.distanceCalculator ( int[ ] coords, double dist ) [static]  :  int[ ]
GeometryToolsInternalCoordinates.findClosestInSpace ( IAtomContainer ac, IAtom a, int max ) [static]  :  Vector
GeometryToolsInternalCoordinates.GeometryToolsInternalCoordinates ( )
GeometryToolsInternalCoordinates.get2DCenter ( IAtom[ ] atoms ) [static]  :  Point2d
GeometryToolsInternalCoordinates.get2DCenter ( IAtomContainer container ) [static]  :  Point2d
GeometryToolsInternalCoordinates.get2DCenter ( IRingSet ringSet ) [static]  :  Point2d
GeometryToolsInternalCoordinates.get2DCenter ( Iterator atoms ) [static]  :  Point2d
GeometryToolsInternalCoordinates.get2DCentreOfMass ( IAtomContainer ac ) [static]  :  Point2d
GeometryToolsInternalCoordinates.get2DDimension ( IAtomContainer atomCon ) [static]  :  Dimension
GeometryToolsInternalCoordinates.get3DCenter ( IAtomContainer ac ) [static]  :  Point3d
GeometryToolsInternalCoordinates.get3DCentreOfMass ( IAtomContainer ac ) [static]  :  Point3d
GeometryToolsInternalCoordinates.getAllAtomRMSD ( IAtomContainer firstAtomContainer, IAtomContainer secondAtomContainer, Map mappedAtoms, boolean Coords3d ) [static]  :  double
GeometryToolsInternalCoordinates.getAngle ( double xDiff, double yDiff ) [static]  :  double
GeometryToolsInternalCoordinates.getAngleRMSD ( IAtomContainer firstAtomContainer, IAtomContainer secondAtomContainer, Map mappedAtoms ) [static]  :  double
GeometryToolsInternalCoordinates.getBestAlignmentForLabel ( IAtomContainer container, IAtom atom ) [static]  :  int
GeometryToolsInternalCoordinates.getBondCoordinates ( IBond bond ) [static]  :  int[ ]
GeometryToolsInternalCoordinates.getBondLengthAverage ( IAtomContainer ac ) [static]  :  double
GeometryToolsInternalCoordinates.getBondLengthAverage3D ( IAtomContainer ac ) [static]  :  double
GeometryToolsInternalCoordinates.getBondLengthRMSD ( IAtomContainer firstAtomContainer, IAtomContainer secondAtomContainer, Map mappedAtoms, boolean Coords3d ) [static]  :  double
GeometryToolsInternalCoordinates.getClosestAtom ( int xPosition, int yPosition, IAtomContainer atomCon ) [static]  :  IAtom
GeometryToolsInternalCoordinates.getClosestBond ( int xPosition, int yPosition, IAtomContainer atomCon ) [static]  :  IBond
GeometryToolsInternalCoordinates.getHeavyAtomRMSD ( IAtomContainer firstAtomContainer, IAtomContainer secondAtomContainer, Map mappedAtoms, boolean hetAtomOnly, boolean Coords3d ) [static]  :  double
GeometryToolsInternalCoordinates.getLength2D ( IBond bond ) [static]  :  double
GeometryToolsInternalCoordinates.getMinMax ( IAtomContainer container ) [static]  :  double[ ]
GeometryToolsInternalCoordinates.getNormalizationFactor ( IAtomContainer container ) [static]  :  double
GeometryToolsInternalCoordinates.getScaleFactor ( IAtomContainer ac, double bondLength ) [static]  :  double
GeometryToolsInternalCoordinates.has2DCoordinates ( IAtom a ) [static]  :  boolean
GeometryToolsInternalCoordinates.has2DCoordinates ( IAtomContainer m ) [static]  :  boolean
GeometryToolsInternalCoordinates.has2DCoordinates ( IBond b ) [static]  :  boolean
GeometryToolsInternalCoordinates.has2DCoordinatesNew ( IAtomContainer ac ) [static]  :  int
GeometryToolsInternalCoordinates.has3DCoordinates ( IAtomContainer ac ) [static]  :  boolean
GeometryToolsInternalCoordinates.mapAtomsOfAlignedStructures ( IAtomContainer firstAtomContainer, IAtomContainer secondAtomContainer, double searchRadius, Map mappedAtoms ) [static]  :  Map
GeometryToolsInternalCoordinates.mapAtomsOfAlignedStructures ( IAtomContainer firstAtomContainer, IAtomContainer secondAtomContainer, Map mappedAtoms ) [static]  :  Map
GeometryToolsInternalCoordinates.normalize ( Point3d point ) [static]  :  void
GeometryToolsInternalCoordinates.rotate ( IAtom atom, Point3d p1, Point3d p2, double angle ) [static]  :  void
GeometryToolsInternalCoordinates.rotate ( IAtomContainer atomCon, Point2d center, double angle ) [static]  :  void
GeometryToolsInternalCoordinates.scaleMolecule ( IAtomContainer atomCon, Dimension areaDim, double fillFactor ) [static]  :  void
GeometryToolsInternalCoordinates.scaleMolecule ( IAtomContainer atomCon, double scaleFactor ) [static]  :  void
GeometryToolsInternalCoordinates.sortBy2DDistance ( IAtom[ ] atoms, Point2d point ) [static]  :  void
GeometryToolsInternalCoordinates.translate2D ( IAtomContainer atomCon, double transX, double transY ) [static]  :  void
GeometryToolsInternalCoordinates.translate2D ( IAtomContainer atomCon, Vector2d vector ) [static]  :  void
GeometryToolsInternalCoordinates.translate2DCenterTo ( IAtomContainer container, Point2d p ) [static]  :  void
GeometryToolsInternalCoordinates.translate2DCentreOfMassTo ( IAtomContainer atomCon, Point2d p ) [static]  :  void
GeometryToolsInternalCoordinates.translateAllPositive ( IAtomContainer atomCon ) [static]  :  void

cdk-1.0.4.jar, GeometryToolTest.class
package org.xmlcml.cml.tools.test
GeometryToolTest.GeometryToolTest ( )
GeometryToolTest.makeConnectionTable1 ( )  :  void
GeometryToolTest.makeConnectionTable2 ( )  :  void
GeometryToolTest.makeConnectionTable3 ( )  :  void
GeometryToolTest.makeConnectionTable4 ( )  :  void
GeometryToolTest.makeConnectionTable5 ( )  :  void
GeometryToolTest.makeConnectionTable5a ( )  :  void
GeometryToolTest.makeConnectionTable6 ( )  :  void
GeometryToolTest.makeConnectionTable7 ( )  :  void
GeometryToolTest.makeConnectionTable8 ( )  :  void
GeometryToolTest.makeConnectionTable9 ( )  :  void
GeometryToolTest.makeConnectionTableBond0 ( )  :  void
GeometryToolTest.makeConnectionTableXmlAtom0 ( )  :  void
GeometryToolTest.makeConnectionTableXmlBonds ( )  :  void
GeometryToolTest.makeConnectionTableXomAtom0 ( )  :  void
GeometryToolTest.setUp ( )  :  void
GeometryToolTest.suite ( ) [static]  :  Test
GeometryToolTest.testAddBondCMLBond ( )  :  void
GeometryToolTest.testAddSuffixToAtomIDs ( )  :  void
GeometryToolTest.testAppendToIdsMT ( )  :  void
GeometryToolTest.testBondContains ( )  :  void
GeometryToolTest.testBondGetAtom ( )  :  void
GeometryToolTest.testBondGetAtomId ( )  :  void
GeometryToolTest.testCalculateBondedAtoms ( )  :  void
GeometryToolTest.testCalculateBondOrdersFromXYZ3 ( )  :  void
GeometryToolTest.testCalculateBondsFromXYZ3 ( )  :  void
GeometryToolTest.testCMLConnectionTableCMLMoleculeStringArray ( )  :  void
GeometryToolTest.testCreateAndAddBondCMLAtomCMLAtom ( )  :  void
GeometryToolTest.testCreateAndAddBondStringString ( )  :  void
GeometryToolTest.testCreateUniqueAtomId ( )  :  void
GeometryToolTest.testCreateValenceAngles ( )  :  void
GeometryToolTest.testCreateValenceLengths ( )  :  void
GeometryToolTest.testCreateValenceLengthsAtomSet ( )  :  void
GeometryToolTest.testCreateValenceTorsions ( )  :  void
GeometryToolTest.testDeleteAllAtoms ( )  :  void
GeometryToolTest.testDeleteAllBonds ( )  :  void
GeometryToolTest.testDeleteAtom ( )  :  void
GeometryToolTest.testGenerateBondIds ( )  :  void
GeometryToolTest.testGenerateId ( )  :  void
GeometryToolTest.testGetAtomById ( )  :  void
GeometryToolTest.testGetAtomByLabel ( )  :  void
GeometryToolTest.testGetAverageBondDistance ( )  :  void
GeometryToolTest.testGetBondList ( )  :  void
GeometryToolTest.testGetLigandCount ( )  :  void
GeometryToolTest.testGetLigandList ( )  :  void
GeometryToolTest.testGetOtherAtom ( )  :  void
GeometryToolTest.testIsBondedTo ( )  :  void
GeometryToolTest.testMergeMolecule ( )  :  void
GeometryToolTest.testPartitionIntoMolecules ( )  :  void
GeometryToolTest.testRemoveOverlapping3DAtomsCMLAtomSet ( )  :  void

cdk-1.0.4.jar, GeomTest.class
package org.xmlcml.euclid.test
GeomTest.GeomTest ( )
GeomTest.setUp ( )  :  void
GeomTest.suite ( ) [static]  :  Test
GeomTest.testDummy ( )  :  void

cdk-1.0.4.jar, GeomTestBase.class
package org.xmlcml.cml.element.test
GeomTestBase.GeomTestBase ( )
GeomTestBase.setUp ( )  :  void

cdk-1.0.4.jar, GET.class
package org.apache.xindice.server.methods
GET.GET ( )
GET.run ( Gateway gateway )  :  void
GET.setConfig ( Configuration config )  :  void

cdk-1.0.4.jar, GlyfCompositeComp.class
package org.apache.batik.svggen.font.table
GlyfCompositeComp.getArgument1 ( )  :  short
GlyfCompositeComp.getArgument2 ( )  :  short
GlyfCompositeComp.getFirstContour ( )  :  int
GlyfCompositeComp.getFirstIndex ( )  :  int
GlyfCompositeComp.getFlags ( )  :  short
GlyfCompositeComp.getGlyphIndex ( )  :  short
GlyfCompositeComp.getScale01 ( )  :  double
GlyfCompositeComp.getScale10 ( )  :  double
GlyfCompositeComp.getXScale ( )  :  double
GlyfCompositeComp.getXTranslate ( )  :  int
GlyfCompositeComp.getYScale ( )  :  double
GlyfCompositeComp.getYTranslate ( )  :  int
GlyfCompositeComp.GlyfCompositeComp ( int p1, int p2, ByteArrayInputStream p3 )
GlyfCompositeComp.scaleX ( int p1, int p2 )  :  int
GlyfCompositeComp.scaleY ( int p1, int p2 )  :  int

cdk-1.0.4.jar, GlyfCompositeDescript.class
package org.apache.batik.svggen.font.table
GlyfCompositeDescript.getComponentCount ( )  :  int
GlyfCompositeDescript.getComponentIndex ( int p1 )  :  int
GlyfCompositeDescript.getCompositeComp ( int p1 )  :  GlyfCompositeComp
GlyfCompositeDescript.getCompositeCompEndPt ( int p1 )  :  GlyfCompositeComp
GlyfCompositeDescript.getContourCount ( )  :  int
GlyfCompositeDescript.getEndPtOfContours ( int p1 )  :  int
GlyfCompositeDescript.getFlags ( int p1 )  :  byte
GlyfCompositeDescript.getPointCount ( )  :  int
GlyfCompositeDescript.getXCoordinate ( int p1 )  :  short
GlyfCompositeDescript.getYCoordinate ( int p1 )  :  short
GlyfCompositeDescript.GlyfCompositeDescript ( GlyfTable p1, ByteArrayInputStream p2 )
GlyfCompositeDescript.isComposite ( )  :  boolean

cdk-1.0.4.jar, GlyfDescript.class
package org.apache.batik.svggen.font.table
GlyfDescript.getContourCount ( ) [abstract]  :  int
GlyfDescript.getEndPtOfContours ( int p1 ) [abstract]  :  int
GlyfDescript.getFlags ( int p1 ) [abstract]  :  byte
GlyfDescript.getNumberOfContours ( )  :  int
GlyfDescript.getPointCount ( ) [abstract]  :  int
GlyfDescript.getXCoordinate ( int p1 ) [abstract]  :  short
GlyfDescript.getXMaximum ( )  :  short
GlyfDescript.getXMinimum ( )  :  short
GlyfDescript.getYCoordinate ( int p1 ) [abstract]  :  short
GlyfDescript.getYMaximum ( )  :  short
GlyfDescript.getYMinimum ( )  :  short
GlyfDescript.GlyfDescript ( GlyfTable p1, short p2, ByteArrayInputStream p3 )
GlyfDescript.isComposite ( ) [abstract]  :  boolean

cdk-1.0.4.jar, GlyfSimpleDescript.class
package org.apache.batik.svggen.font.table
GlyfSimpleDescript.getContourCount ( )  :  int
GlyfSimpleDescript.getEndPtOfContours ( int p1 )  :  int
GlyfSimpleDescript.getFlags ( int p1 )  :  byte
GlyfSimpleDescript.getPointCount ( )  :  int
GlyfSimpleDescript.getXCoordinate ( int p1 )  :  short
GlyfSimpleDescript.getYCoordinate ( int p1 )  :  short
GlyfSimpleDescript.GlyfSimpleDescript ( GlyfTable p1, short p2, ByteArrayInputStream p3 )
GlyfSimpleDescript.isComposite ( )  :  boolean

cdk-1.0.4.jar, GlyfTable.class
package org.apache.batik.svggen.font.table
GlyfTable.getDescription ( int p1 )  :  GlyfDescript
GlyfTable.getType ( )  :  int
GlyfTable.GlyfTable ( DirectoryEntry p1, RandomAccessFile p2 )
GlyfTable.init ( int p1, LocaTable p2 )  :  void

cdk-1.0.4.jar, Glyph.class
package org.apache.batik.svggen.font
Glyph.getAdvanceWidth ( )  :  int
Glyph.getLeftSideBearing ( )  :  short
Glyph.getPoint ( int p1 )  :  Point
Glyph.getPointCount ( )  :  int
Glyph.Glyph ( GlyphDescription p1, short p2, int p3 )
Glyph.reset ( )  :  void
Glyph.scale ( int p1 )  :  void

cdk-1.0.4.jar, GlyphDescription.class
package org.apache.batik.svggen.font.table
GlyphDescription.getContourCount ( ) [abstract]  :  int
GlyphDescription.getEndPtOfContours ( int p1 ) [abstract]  :  int
GlyphDescription.getFlags ( int p1 ) [abstract]  :  byte
GlyphDescription.getPointCount ( ) [abstract]  :  int
GlyphDescription.getXCoordinate ( int p1 ) [abstract]  :  short
GlyphDescription.getXMaximum ( ) [abstract]  :  short
GlyphDescription.getXMinimum ( ) [abstract]  :  short
GlyphDescription.getYCoordinate ( int p1 ) [abstract]  :  short
GlyphDescription.getYMaximum ( ) [abstract]  :  short
GlyphDescription.getYMinimum ( ) [abstract]  :  short
GlyphDescription.isComposite ( ) [abstract]  :  boolean

cdk-1.0.4.jar, GnuParser.class
package org.apache.commons.cli
GnuParser.flatten ( Options options, String[ ] arguments, boolean stopAtNonOption )  :  String[ ]
GnuParser.GnuParser ( )

cdk-1.0.4.jar, GposTable.class
package org.apache.batik.svggen.font.table
GposTable.getType ( )  :  int
GposTable.GposTable ( DirectoryEntry p1, RandomAccessFile p2 )
GposTable.toString ( )  :  String

cdk-1.0.4.jar, GraphicContext.class
package org.apache.batik.ext.awt.g2d
GraphicContext.addRenderingHints ( Map p1 )  :  void
GraphicContext.clip ( Shape p1 )  :  void
GraphicContext.clipRect ( int p1, int p2, int p3, int p4 )  :  void
GraphicContext.clone ( )  :  Object
GraphicContext.getBackground ( )  :  Color
GraphicContext.getClip ( )  :  Shape
GraphicContext.getClipBounds ( )  :  Rectangle
GraphicContext.getColor ( )  :  Color
GraphicContext.getComposite ( )  :  Composite
GraphicContext.getFont ( )  :  Font
GraphicContext.getFontRenderContext ( )  :  FontRenderContext
GraphicContext.getPaint ( )  :  Paint
GraphicContext.getRenderingHint ( RenderingHints.Key p1 )  :  Object
GraphicContext.getRenderingHints ( )  :  RenderingHints
GraphicContext.getStroke ( )  :  Stroke
GraphicContext.getTransform ( )  :  AffineTransform
GraphicContext.getTransformStack ( )  :  TransformStackElement[ ]
GraphicContext.GraphicContext ( )
GraphicContext.GraphicContext ( AffineTransform p1 )
GraphicContext.isTransformStackValid ( )  :  boolean
GraphicContext.rotate ( double p1 )  :  void
GraphicContext.rotate ( double p1, double p2, double p3 )  :  void
GraphicContext.scale ( double p1, double p2 )  :  void
GraphicContext.setBackground ( Color p1 )  :  void
GraphicContext.setClip ( int p1, int p2, int p3, int p4 )  :  void
GraphicContext.setClip ( Shape p1 )  :  void
GraphicContext.setColor ( Color p1 )  :  void
GraphicContext.setComposite ( Composite p1 )  :  void
GraphicContext.setFont ( Font p1 )  :  void
GraphicContext.setPaint ( Paint p1 )  :  void
GraphicContext.setRenderingHint ( RenderingHints.Key p1, Object p2 )  :  void
GraphicContext.setRenderingHints ( Map p1 )  :  void
GraphicContext.setStroke ( Stroke p1 )  :  void
GraphicContext.setTransform ( AffineTransform p1 )  :  void
GraphicContext.shear ( double p1, double p2 )  :  void
GraphicContext.transform ( AffineTransform p1 )  :  void
GraphicContext.translate ( double p1, double p2 )  :  void
GraphicContext.translate ( int p1, int p2 )  :  void
GraphicContext.validateTransformStack ( )  :  void

cdk-1.0.4.jar, GraphicContextDefaults.class
package org.apache.batik.svggen
SVGGeneratorContext.GraphicContextDefaults.getBackground ( )  :  Color
SVGGeneratorContext.GraphicContextDefaults.getClip ( )  :  Shape
SVGGeneratorContext.GraphicContextDefaults.getComposite ( )  :  Composite
SVGGeneratorContext.GraphicContextDefaults.getFont ( )  :  Font
SVGGeneratorContext.GraphicContextDefaults.getPaint ( )  :  Paint
SVGGeneratorContext.GraphicContextDefaults.getRenderingHints ( )  :  RenderingHints
SVGGeneratorContext.GraphicContextDefaults.getStroke ( )  :  Stroke
SVGGeneratorContext.GraphicContextDefaults.setBackground ( Color p1 )  :  void
SVGGeneratorContext.GraphicContextDefaults.setClip ( Shape p1 )  :  void
SVGGeneratorContext.GraphicContextDefaults.setComposite ( Composite p1 )  :  void
SVGGeneratorContext.GraphicContextDefaults.setFont ( Font p1 )  :  void
SVGGeneratorContext.GraphicContextDefaults.setPaint ( Paint p1 )  :  void
SVGGeneratorContext.GraphicContextDefaults.setRenderingHints ( RenderingHints p1 )  :  void
SVGGeneratorContext.GraphicContextDefaults.setStroke ( Stroke p1 )  :  void
SVGGeneratorContext.GraphicContextDefaults.SVGGeneratorContext.GraphicContextDefaults ( )

cdk-1.0.4.jar, GraphicsUtil.class
package org.apache.batik.ext.awt.image
GraphicsUtil.coerceColorModel ( ColorModel p1, boolean p2 ) [static]  :  ColorModel
GraphicsUtil.coerceData ( WritableRaster p1, ColorModel p2, boolean p3 ) [static]  :  ColorModel
GraphicsUtil.convertToLsRGB ( CachableRed p1 ) [static]  :  CachableRed
GraphicsUtil.convertTosRGB ( CachableRed p1 ) [static]  :  CachableRed
GraphicsUtil.copyBand ( Raster p1, int p2, WritableRaster p3, int p4 ) [static]  :  void
GraphicsUtil.copyBand ( Raster p1, Rectangle p2, int p3, WritableRaster p4, Rectangle p5, int p6 ) [static]  :  void
GraphicsUtil.copyData ( BufferedImage p1, BufferedImage p2 ) [static]  :  void
GraphicsUtil.copyData ( BufferedImage p1, Rectangle p2, BufferedImage p3, Point p4 ) [static]  :  void
GraphicsUtil.copyData ( Raster p1, WritableRaster p2 ) [static]  :  void
GraphicsUtil.copyData_FALLBACK ( Raster p1, WritableRaster p2 ) [static]  :  void
GraphicsUtil.copyData_INT_PACK ( Raster p1, WritableRaster p2 ) [static]  :  void
GraphicsUtil.copyRaster ( Raster p1 ) [static]  :  WritableRaster
GraphicsUtil.copyRaster ( Raster p1, int p2, int p3 ) [static]  :  WritableRaster
GraphicsUtil.createGraphics ( BufferedImage p1 ) [static]  :  Graphics2D
GraphicsUtil.createGraphics ( BufferedImage p1, RenderingHints p2 ) [static]  :  Graphics2D
GraphicsUtil.divide_BYTE_COMP_Data ( WritableRaster p1 ) [static]  :  void
GraphicsUtil.divide_INT_PACK_Data ( WritableRaster p1 ) [static]  :  void
GraphicsUtil.drawImage ( Graphics2D p1, CachableRed p2 ) [static]  :  void
GraphicsUtil.drawImage ( Graphics2D p1, RenderableImage p2 ) [static]  :  void
GraphicsUtil.drawImage ( Graphics2D p1, RenderableImage p2, RenderContext p3 ) [static]  :  void
GraphicsUtil.drawImage ( Graphics2D p1, RenderedImage p2 ) [static]  :  void
GraphicsUtil.getDestination ( Graphics2D p1 ) [static]  :  BufferedImage
GraphicsUtil.getDestinationBounds ( Graphics2D p1 ) [static]  :  Rectangle
GraphicsUtil.getDestinationColorModel ( Graphics2D p1 ) [static]  :  ColorModel
GraphicsUtil.getDestinationColorSpace ( Graphics2D p1 ) [static]  :  ColorSpace
GraphicsUtil.GraphicsUtil ( )
GraphicsUtil.is_BYTE_COMP_Data ( SampleModel p1 ) [static]  :  boolean
GraphicsUtil.is_INT_PACK_Data ( SampleModel p1, boolean p2 ) [static]  :  boolean
GraphicsUtil.makeLinear_sRGBCM ( boolean p1 ) [static]  :  ColorModel
GraphicsUtil.makeLinearBufferedImage ( int p1, int p2, boolean p3 ) [static]  :  BufferedImage
GraphicsUtil.makeRasterWritable ( Raster p1 ) [static]  :  WritableRaster
GraphicsUtil.makeRasterWritable ( Raster p1, int p2, int p3 ) [static]  :  WritableRaster
GraphicsUtil.mult_BYTE_COMP_Data ( WritableRaster p1 ) [static]  :  void
GraphicsUtil.mult_INT_PACK_Data ( WritableRaster p1 ) [static]  :  void
GraphicsUtil.wrap ( RenderedImage p1 ) [static]  :  CachableRed

cdk-1.0.4.jar, GraphRenderer.class
package org.openscience.cdk.applications.swing
GraphRenderer.GraphRenderer ( GraphRendererModel model )
GraphRenderer.paintComponent ( Graphics g )  :  void
GraphRenderer.translateX ( double x )  :  int
GraphRenderer.translateY ( double y )  :  int

cdk-1.0.4.jar, GraphRendererModel.class
package org.openscience.cdk.renderer
GraphRendererModel.addFunction ( IFunction function )  :  void
GraphRendererModel.addFunction ( IFunction function, Color color )  :  void
GraphRendererModel.getDisplayMode ( )  :  int
GraphRendererModel.getFunction ( int index )  :  IFunction
GraphRendererModel.getFunctionColor ( int index )  :  Color
GraphRendererModel.getFunctionsSize ( )  :  int
GraphRendererModel.getTitle ( )  :  String
GraphRendererModel.getXMax ( )  :  double
GraphRendererModel.getXMin ( )  :  double
GraphRendererModel.getXTitle ( )  :  String
GraphRendererModel.getYMax ( )  :  double
GraphRendererModel.getYMin ( )  :  double
GraphRendererModel.getYTitle ( )  :  String
GraphRendererModel.GraphRendererModel ( )
GraphRendererModel.setDisplayMode ( int mode )  :  void
GraphRendererModel.setTitle ( String string )  :  void
GraphRendererModel.setX ( double xmin, double xmax )  :  void
GraphRendererModel.setXTitle ( String string )  :  void
GraphRendererModel.setY ( double ymin, double ymax )  :  void
GraphRendererModel.setYTitle ( String string )  :  void

cdk-1.0.4.jar, Gray.class
package org.apache.batik.ext.awt.image.codec
PNGEncodeParam.Gray.getBackgroundGray ( )  :  int
PNGEncodeParam.Gray.getBitShift ( )  :  int
PNGEncodeParam.Gray.getTransparentGray ( )  :  int
PNGEncodeParam.Gray.isBackgroundSet ( )  :  boolean
PNGEncodeParam.Gray.isBitDepthSet ( )  :  boolean
PNGEncodeParam.Gray.isBitShiftSet ( )  :  boolean
PNGEncodeParam.Gray.PNGEncodeParam.Gray ( )
PNGEncodeParam.Gray.setBackgroundGray ( int p1 )  :  void
PNGEncodeParam.Gray.setBitDepth ( int p1 )  :  void
PNGEncodeParam.Gray.setBitShift ( int p1 )  :  void
PNGEncodeParam.Gray.setTransparentGray ( int p1 )  :  void
PNGEncodeParam.Gray.unsetBackground ( )  :  void
PNGEncodeParam.Gray.unsetBitShift ( )  :  void

cdk-1.0.4.jar, GsubTable.class
package org.apache.batik.svggen.font.table
GsubTable.getFeatureList ( )  :  FeatureList
GsubTable.getLookupList ( )  :  LookupList
GsubTable.getScriptList ( )  :  ScriptList
GsubTable.getType ( )  :  int
GsubTable.GsubTable ( DirectoryEntry p1, RandomAccessFile p2 )
GsubTable.read ( int p1, RandomAccessFile p2, int p3 )  :  LookupSubtable
GsubTable.toString ( )  :  String

cdk-1.0.4.jar, HashFiler.class
package org.apache.xindice.core.filer
HashFiler.create ( )  :  boolean
HashFiler.createFileHeader ( )  :  Paged.FileHeader
HashFiler.createFileHeader ( boolean read )  :  Paged.FileHeader
HashFiler.createFileHeader ( long pageCount )  :  Paged.FileHeader
HashFiler.createFileHeader ( long pageCount, int pageSize )  :  Paged.FileHeader
HashFiler.createPageHeader ( )  :  Paged.PageHeader
HashFiler.deleteRecord ( Key key )  :  boolean
HashFiler.flush ( )  :  void
HashFiler.getConfig ( )  :  Configuration
HashFiler.getName ( )  :  String
HashFiler.getRecordCount ( )  :  long
HashFiler.getRecordSet ( )  :  RecordSet
HashFiler.HashFiler ( )
HashFiler.open ( )  :  boolean
HashFiler.readRecord ( Key key )  :  Record
HashFiler.setCollection ( Collection collection )  :  void
HashFiler.setConfig ( Configuration config )  :  void
HashFiler.setLocation ( String location )  :  void
HashFiler.writeRecord ( Key key, Value value )  :  boolean

cdk-1.0.4.jar, HashTable.class
package org.apache.batik.dom.util
HashTable.clear ( )  :  void
HashTable.get ( Object p1 )  :  Object
HashTable.HashTable ( )
HashTable.HashTable ( HashTable p1 )
HashTable.HashTable ( int p1 )
HashTable.item ( int p1 )  :  Object
HashTable.key ( int p1 )  :  Object
HashTable.put ( Object p1, Object p2 )  :  Object
HashTable.rehash ( )  :  void
HashTable.remove ( Object p1 )  :  Object
HashTable.size ( )  :  int

cdk-1.0.4.jar, HashTableStack.class
package org.apache.batik.dom.util
HashTableStack.get ( String p1 )  :  String
HashTableStack.HashTableStack ( )
HashTableStack.pop ( )  :  void
HashTableStack.push ( )  :  void
HashTableStack.put ( String p1, Object p2 )  :  String

cdk-1.0.4.jar, HasUnits.class
package org.xmlcml.cml.element
HasUnits.convertToSI ( UnitListMap p1 ) [abstract]  :  void
HasUnits.setUnits ( String p1, String p2 ) [abstract]  :  void

cdk-1.0.4.jar, HeadTable.class
package org.apache.batik.svggen.font.table
HeadTable.getCheckSumAdjustment ( )  :  int
HeadTable.getCreated ( )  :  long
HeadTable.getFlags ( )  :  short
HeadTable.getFontDirectionHint ( )  :  short
HeadTable.getFontRevision ( )  :  int
HeadTable.getGlyphDataFormat ( )  :  short
HeadTable.getIndexToLocFormat ( )  :  short
HeadTable.getLowestRecPPEM ( )  :  short
HeadTable.getMacStyle ( )  :  short
HeadTable.getModified ( )  :  long
HeadTable.getType ( )  :  int
HeadTable.getUnitsPerEm ( )  :  short
HeadTable.getVersionNumber ( )  :  int
HeadTable.getXMax ( )  :  short
HeadTable.getXMin ( )  :  short
HeadTable.getYMax ( )  :  short
HeadTable.getYMin ( )  :  short
HeadTable.HeadTable ( DirectoryEntry p1, RandomAccessFile p2 )
HeadTable.toString ( )  :  String

cdk-1.0.4.jar, HelpFormatter.class
package org.apache.commons.cli
HelpFormatter.createPadding ( int len )  :  String
HelpFormatter.findWrapPos ( String text, int width, int startPos )  :  int
HelpFormatter.HelpFormatter ( )
HelpFormatter.printHelp ( int width, String cmdLineSyntax, String header, Options options, String footer )  :  void
HelpFormatter.printHelp ( int width, String cmdLineSyntax, String header, Options options, String footer, boolean autoUsage )  :  void
HelpFormatter.printHelp ( PrintWriter pw, int width, String cmdLineSyntax, String header, Options options, int leftPad, int descPad, String footer )  :  void
HelpFormatter.printHelp ( PrintWriter pw, int width, String cmdLineSyntax, String header, Options options, int leftPad, int descPad, String footer, boolean autoUsage )  :  void
HelpFormatter.printHelp ( String cmdLineSyntax, Options options )  :  void
HelpFormatter.printHelp ( String cmdLineSyntax, Options options, boolean autoUsage )  :  void
HelpFormatter.printHelp ( String cmdLineSyntax, String header, Options options, String footer )  :  void
HelpFormatter.printHelp ( String cmdLineSyntax, String header, Options options, String footer, boolean autoUsage )  :  void
HelpFormatter.printOptions ( PrintWriter pw, int width, Options options, int leftPad, int descPad )  :  void
HelpFormatter.printUsage ( PrintWriter pw, int width, String app, Options options )  :  void
HelpFormatter.printUsage ( PrintWriter pw, int width, String cmdLineSyntax )  :  void
HelpFormatter.printWrapped ( PrintWriter pw, int width, int nextLineTabStop, String text )  :  void
HelpFormatter.printWrapped ( PrintWriter pw, int width, String text )  :  void
HelpFormatter.renderOptions ( StringBuffer sb, int width, Options options, int leftPad, int descPad )  :  StringBuffer
HelpFormatter.renderWrappedText ( StringBuffer sb, int width, int nextLineTabStop, String text )  :  StringBuffer
HelpFormatter.rtrim ( String s )  :  String

cdk-1.0.4.jar, HheaTable.class
package org.apache.batik.svggen.font.table
HheaTable.getAdvanceWidthMax ( )  :  short
HheaTable.getAscender ( )  :  short
HheaTable.getCaretSlopeRise ( )  :  short
HheaTable.getCaretSlopeRun ( )  :  short
HheaTable.getDescender ( )  :  short
HheaTable.getLineGap ( )  :  short
HheaTable.getMetricDataFormat ( )  :  short
HheaTable.getMinLeftSideBearing ( )  :  short
HheaTable.getMinRightSideBearing ( )  :  short
HheaTable.getNumberOfHMetrics ( )  :  short
HheaTable.getType ( )  :  int
HheaTable.getXMaxExtent ( )  :  short
HheaTable.HheaTable ( DirectoryEntry p1, RandomAccessFile p2 )

cdk-1.0.4.jar, HmtxTable.class
package org.apache.batik.svggen.font.table
HmtxTable.getAdvanceWidth ( int p1 )  :  int
HmtxTable.getLeftSideBearing ( int p1 )  :  short
HmtxTable.getType ( )  :  int
HmtxTable.HmtxTable ( DirectoryEntry p1, RandomAccessFile p2 )
HmtxTable.init ( int p1, int p2 )  :  void

cdk-1.0.4.jar, HOSECodeGenerator.class
package org.openscience.cdk.tools
HOSECodeGenerator.getSpheres ( Molecule ac, IAtom root, int noOfSpheres, boolean ringsize )  :  List[ ]

cdk-1.0.4.jar, HTTPServer.class
package org.apache.xindice.server.services
HTTPServer.getProtocol ( )  :  String
HTTPServer.HTTPServer ( )
HTTPServer.initialize ( )  :  int
HTTPServer.run ( )  :  void
HTTPServer.setConfig ( Configuration config )  :  void

cdk-1.0.4.jar, HueckelAromaticityDetector.class
package org.openscience.cdk.aromaticity
HueckelAromaticityDetector.detectAromaticity ( IAtomContainer atomContainer ) [static]  :  boolean
HueckelAromaticityDetector.detectAromaticity ( IAtomContainer atomContainer, boolean removeAromatictyFlags ) [static]  :  boolean
HueckelAromaticityDetector.detectAromaticity ( IAtomContainer atomContainer, boolean removeAromatictyFlags, AllRingsFinder arf ) [static]  :  boolean
HueckelAromaticityDetector.detectAromaticity ( IAtomContainer atomContainer, IRingSet ringSet ) [static]  :  boolean
HueckelAromaticityDetector.detectAromaticity ( IAtomContainer atomContainer, IRingSet ringSet, boolean removeAromaticityFlags ) [static]  :  boolean
HueckelAromaticityDetector.getRingSet ( ) [static]  :  IRingSet
HueckelAromaticityDetector.HueckelAromaticityDetector ( )
HueckelAromaticityDetector.setRingFlags ( IRingSet ringset ) [static]  :  void
HueckelAromaticityDetector.setTimeout ( long timeout ) [static]  :  void

cdk-1.0.4.jar, HybridizationMatcher.class
package org.openscience.cdk.atomtype
HybridizationMatcher.findMatchingAtomType ( IAtomContainer atomContainer, IAtom atom )  :  IAtomType
HybridizationMatcher.HybridizationMatcher ( )

cdk-1.0.4.jar, HybridizationStateATMatcher.class
package org.openscience.cdk.atomtype
HybridizationStateATMatcher.findMatchingAtomType ( IAtomContainer atomContainer, IAtom atom )  :  IAtomType
HybridizationStateATMatcher.HybridizationStateATMatcher ( )

cdk-1.0.4.jar, HydrogenAdder.class
package org.openscience.cdk.tools
HydrogenAdder.addExplicitHydrogensToSatisfyValency ( IAtomContainer container, IAtom atom )  :  IAtomContainer
HydrogenAdder.addExplicitHydrogensToSatisfyValency ( IAtomContainer container, IAtom atom, IAtomContainer totalContainer )  :  IAtomContainer
HydrogenAdder.addExplicitHydrogensToSatisfyValency ( IAtomContainer container, IAtom atom, int count, IAtomContainer totalContainer )  :  IAtomContainer
HydrogenAdder.addExplicitHydrogensToSatisfyValency ( IAtomContainer molecule )  :  IAtomContainer
HydrogenAdder.addHydrogensToSatisfyValency ( IAtomContainer container, IAtom atom, IAtomContainer totalContainer )  :  IAtomContainer *DEPRECATED*
HydrogenAdder.addHydrogensToSatisfyValency ( IMolecule molecule )  :  IAtomContainer
HydrogenAdder.addImplicitHydrogensToSatisfyValency ( IAtomContainer container )  :  HashMap
HydrogenAdder.addImplicitHydrogensToSatisfyValency ( IAtomContainer container, IAtom atom )  :  int[ ]
HydrogenAdder.HydrogenAdder ( )
HydrogenAdder.HydrogenAdder ( IValencyChecker valencyChecker )
HydrogenAdder.HydrogenAdder ( String valencyCheckerInterfaceClassName )

cdk-1.0.4.jar, HydrogenPlacer.class
package org.openscience.cdk.layout
HydrogenPlacer.placeHydrogens2D ( IAtomContainer atomContainer, double bondLength, HashMap renderingCoordinates )  :  void
HydrogenPlacer.placeHydrogens2D ( IAtomContainer atomContainer, IAtom atom, double bondLength, HashMap renderingCoordinates )  :  void

cdk-1.0.4.jar, HydrogenRearrangementDeltaReaction.class
package org.openscience.cdk.reaction.type
HydrogenRearrangementDeltaReaction.getParameterNames ( )  :  String[ ]
HydrogenRearrangementDeltaReaction.getParameters ( )  :  Object[ ]
HydrogenRearrangementDeltaReaction.getParameterType ( String name )  :  Object
HydrogenRearrangementDeltaReaction.getSpecification ( )  :  ReactionSpecification
HydrogenRearrangementDeltaReaction.HydrogenRearrangementDeltaReaction ( )
HydrogenRearrangementDeltaReaction.initiate ( IMoleculeSet reactants, IMoleculeSet agents )  :  IReactionSet
HydrogenRearrangementDeltaReaction.setParameters ( Object[ ] params )  :  void

cdk-1.0.4.jar, HydrogenRearrangementGammaReaction.class
package org.openscience.cdk.reaction.type
HydrogenRearrangementGammaReaction.getParameterNames ( )  :  String[ ]
HydrogenRearrangementGammaReaction.getParameters ( )  :  Object[ ]
HydrogenRearrangementGammaReaction.getParameterType ( String name )  :  Object
HydrogenRearrangementGammaReaction.getSpecification ( )  :  ReactionSpecification
HydrogenRearrangementGammaReaction.HydrogenRearrangementGammaReaction ( )
HydrogenRearrangementGammaReaction.initiate ( IMoleculeSet reactants, IMoleculeSet agents )  :  IReactionSet
HydrogenRearrangementGammaReaction.setParameters ( Object[ ] params )  :  void

cdk-1.0.4.jar, HyperconjugationReaction.class
package org.openscience.cdk.reaction.type
HyperconjugationReaction.getParameterNames ( )  :  String[ ]
HyperconjugationReaction.getParameters ( )  :  Object[ ]
HyperconjugationReaction.getParameterType ( String name )  :  Object
HyperconjugationReaction.setParameters ( Object[ ] params )  :  void

cdk-1.0.4.jar, IAtom.class
package org.openscience.cdk.interfaces
IAtom.getCharge ( ) [abstract]  :  double
IAtom.getHydrogenCount ( ) [abstract]  :  int
IAtom.getStereoParity ( ) [abstract]  :  int
IAtom.setCharge ( double p1 ) [abstract]  :  void
IAtom.setHydrogenCount ( int p1 ) [abstract]  :  void
IAtom.setStereoParity ( int p1 ) [abstract]  :  void

cdk-1.0.4.jar, IAtomContainer.class
package org.openscience.cdk.interfaces
IAtomContainer.addBond ( int p1, int p2, double p3 ) [abstract]  :  void
IAtomContainer.addBond ( int p1, int p2, double p3, int p4 ) [abstract]  :  void
IAtomContainer.atoms ( ) [abstract]  :  Iterator
IAtomContainer.bonds ( ) [abstract]  :  Iterator
IAtomContainer.electronContainers ( ) [abstract]  :  Iterator
IAtomContainer.getMaximumBondOrder ( IAtom p1 ) [abstract]  :  double
IAtomContainer.getMinimumBondOrder ( IAtom p1 ) [abstract]  :  double
IAtomContainer.lonePairs ( ) [abstract]  :  Iterator
IAtomContainer.singleElectrons ( ) [abstract]  :  Iterator

cdk-1.0.4.jar, IAtomContainerSet.class
package org.openscience.cdk.interfaces
IAtomContainerSet.atomContainers ( ) [abstract]  :  Iterator
IAtomContainerSet.getMultiplier ( IAtomContainer p1 ) [abstract]  :  double
IAtomContainerSet.getMultiplier ( int p1 ) [abstract]  :  double
IAtomContainerSet.getMultipliers ( ) [abstract]  :  double[ ]
IAtomContainerSet.setMultiplier ( IAtomContainer p1, double p2 ) [abstract]  :  boolean
IAtomContainerSet.setMultiplier ( int p1, double p2 ) [abstract]  :  void
IAtomContainerSet.setMultipliers ( double[ ] p1 ) [abstract]  :  boolean

cdk-1.0.4.jar, IAtomType.class
package org.openscience.cdk.interfaces
IAtomType.getBondOrderSum ( ) [abstract]  :  double
IAtomType.getCovalentRadius ( ) [abstract]  :  double
IAtomType.getFormalCharge ( ) [abstract]  :  int
IAtomType.getFormalNeighbourCount ( ) [abstract]  :  int
IAtomType.getHybridization ( ) [abstract]  :  int
IAtomType.getMaxBondOrder ( ) [abstract]  :  double
IAtomType.getValency ( ) [abstract]  :  int
IAtomType.getVanderwaalsRadius ( ) [abstract]  :  double
IAtomType.setBondOrderSum ( double p1 ) [abstract]  :  void
IAtomType.setCovalentRadius ( double p1 ) [abstract]  :  void
IAtomType.setFormalCharge ( int p1 ) [abstract]  :  void
IAtomType.setFormalNeighbourCount ( int p1 ) [abstract]  :  void
IAtomType.setHybridization ( int p1 ) [abstract]  :  void
IAtomType.setMaxBondOrder ( double p1 ) [abstract]  :  void
IAtomType.setValency ( int p1 ) [abstract]  :  void
IAtomType.setVanderwaalsRadius ( double p1 ) [abstract]  :  void

cdk-1.0.4.jar, IAtomTypeGuesser.class
package org.openscience.cdk.atomtype
IAtomTypeGuesser.possbibleAtomTypes ( IAtomContainer p1, IAtom p2 ) [abstract]  :  List

cdk-1.0.4.jar, IBasis.class
package org.openscience.cdk.math.qm
IBasis.calcI ( int p1, int p2, int p3, int p4 ) [abstract]  :  double
IBasis.calcJ ( int p1, int p2 ) [abstract]  :  double
IBasis.calcS ( int p1, int p2 ) [abstract]  :  double
IBasis.calcV ( int p1, int p2 ) [abstract]  :  double
IBasis.getMaxX ( ) [abstract]  :  double
IBasis.getMaxY ( ) [abstract]  :  double
IBasis.getMaxZ ( ) [abstract]  :  double
IBasis.getMinX ( ) [abstract]  :  double
IBasis.getMinY ( ) [abstract]  :  double
IBasis.getMinZ ( ) [abstract]  :  double
IBasis.getSize ( ) [abstract]  :  int
IBasis.getValue ( int p1, double p2, double p3, double p4 ) [abstract]  :  double
IBasis.getValues ( int p1, Matrix p2 ) [abstract]  :  Vector

cdk-1.0.4.jar, IBond.class
package org.openscience.cdk.interfaces
IBond.atoms ( ) [abstract]  :  Iterator
IBond.getOrder ( ) [abstract]  :  double
IBond.setOrder ( double p1 ) [abstract]  :  void

cdk-1.0.4.jar, ICCColorSpaceExt.class
package org.apache.batik.ext.awt.color
ICCColorSpaceExt.absoluteColorimetricToRGB ( float[ ] p1 )  :  float[ ]
ICCColorSpaceExt.ICCColorSpaceExt ( ICC_Profile p1, int p2 )
ICCColorSpaceExt.intendedToRGB ( float[ ] p1 )  :  float[ ]
ICCColorSpaceExt.perceptualToRGB ( float[ ] p1 )  :  float[ ]
ICCColorSpaceExt.relativeColorimetricToRGB ( float[ ] p1 )  :  float[ ]
ICCColorSpaceExt.saturationToRGB ( float[ ] p1 )  :  float[ ]

cdk-1.0.4.jar, ICDKEditBus.class
package org.openscience.cdk.applications.plugin
ICDKEditBus.getAPIVersion ( ) [abstract]  :  String
ICDKEditBus.getChemFile ( ) [abstract]  :  IChemFile
ICDKEditBus.getChemModel ( ) [abstract]  :  IChemModel
ICDKEditBus.runScript ( String p1, String p2 ) [abstract]  :  void
ICDKEditBus.showChemFile ( IChemFile p1 ) [abstract]  :  void
ICDKEditBus.showChemFile ( Reader p1 ) [abstract]  :  void
ICDKEditBus.showChemModel ( IChemModel p1 ) [abstract]  :  void

cdk-1.0.4.jar, ICDKPlugin.class
package org.openscience.cdk.applications.plugin
ICDKPlugin.getAPIVersion ( ) [abstract]  :  String
ICDKPlugin.getMenu ( ) [abstract]  :  JMenu
ICDKPlugin.getName ( ) [abstract]  :  String
ICDKPlugin.getPluginConfigPanel ( ) [abstract]  :  JPanel
ICDKPlugin.getPluginLicense ( ) [abstract]  :  String
ICDKPlugin.getPluginPanel ( ) [abstract]  :  JPanel
ICDKPlugin.getPluginVersion ( ) [abstract]  :  String
ICDKPlugin.setEditBus ( ICDKEditBus p1 ) [abstract]  :  void
ICDKPlugin.setPropertyDirectory ( String p1 ) [abstract]  :  void
ICDKPlugin.start ( ) [abstract]  :  void
ICDKPlugin.stateChanged ( IChemObjectChangeEvent p1 ) [abstract]  :  void
ICDKPlugin.stop ( ) [abstract]  :  void

cdk-1.0.4.jar, IChemFile.class
package org.openscience.cdk.interfaces
IChemFile.chemSequences ( ) [abstract]  :  Iterator

cdk-1.0.4.jar, IChemObject.class
package org.openscience.cdk.interfaces
IChemObject.getProperties ( ) [abstract]  :  Hashtable
IChemObject.setProperties ( Hashtable p1 ) [abstract]  :  void

cdk-1.0.4.jar, IChemObjectBuilder.class
package org.openscience.cdk.interfaces
IChemObjectBuilder.newBond ( IAtom p1, IAtom p2, double p3 ) [abstract]  :  IBond
IChemObjectBuilder.newBond ( IAtom p1, IAtom p2, double p3, int p4 ) [abstract]  :  IBond

cdk-1.0.4.jar, IChemObjectReader.class
package org.openscience.cdk.io
IChemObjectReader.read ( IChemObject p1 ) [abstract]  :  IChemObject

cdk-1.0.4.jar, IChemSequence.class
package org.openscience.cdk.interfaces
IChemSequence.chemModels ( ) [abstract]  :  Iterator

cdk-1.0.4.jar, ICrystal.class
package org.openscience.cdk.interfaces
ICrystal.getZ ( ) [abstract]  :  int
ICrystal.setZ ( int p1 ) [abstract]  :  void

cdk-1.0.4.jar, IdentityTransfer.class
package org.apache.batik.ext.awt.image
IdentityTransfer.getLookupTable ( )  :  byte[ ]
IdentityTransfer.IdentityTransfer ( )

cdk-1.0.4.jar, IElectronContainer.class
package org.openscience.cdk.interfaces
IElectronContainer.getElectronCount ( ) [abstract]  :  int
IElectronContainer.setElectronCount ( int p1 ) [abstract]  :  void

cdk-1.0.4.jar, IElement.class
package org.openscience.cdk.interfaces
IElement.getAtomicNumber ( ) [abstract]  :  int
IElement.setAtomicNumber ( int p1 ) [abstract]  :  void

cdk-1.0.4.jar, IFunction.class
package org.openscience.cdk.math
IFunction.getValue ( double p1, double p2, double p3 ) [abstract]  :  double
IFunction.getValues ( Matrix p1 ) [abstract]  :  Vector

cdk-1.0.4.jar, IIsotope.class
package org.openscience.cdk.interfaces
IIsotope.getExactMass ( ) [abstract]  :  double
IIsotope.getMassNumber ( ) [abstract]  :  int
IIsotope.getNaturalAbundance ( ) [abstract]  :  double
IIsotope.setExactMass ( double p1 ) [abstract]  :  void
IIsotope.setMassNumber ( int p1 ) [abstract]  :  void
IIsotope.setNaturalAbundance ( double p1 ) [abstract]  :  void

cdk-1.0.4.jar, ImageCacher.class
package org.apache.batik.svggen
ImageCacher.getDOMTreeManager ( )  :  DOMTreeManager
ImageCacher.ImageCacher ( )
ImageCacher.ImageCacher ( DOMTreeManager p1 )
ImageCacher.lookup ( ByteArrayOutputStream p1, int p2, int p3, SVGGeneratorContext p4 )  :  String
ImageCacher.setDOMTreeManager ( DOMTreeManager p1 )  :  void

cdk-1.0.4.jar, ImageDecoder.class
package org.apache.batik.ext.awt.image.codec
ImageDecoder.decodeAsRaster ( ) [abstract]  :  Raster
ImageDecoder.decodeAsRaster ( int p1 ) [abstract]  :  Raster
ImageDecoder.decodeAsRenderedImage ( ) [abstract]  :  RenderedImage
ImageDecoder.decodeAsRenderedImage ( int p1 ) [abstract]  :  RenderedImage
ImageDecoder.getInputStream ( ) [abstract]  :  SeekableStream
ImageDecoder.getNumPages ( ) [abstract]  :  int
ImageDecoder.getParam ( ) [abstract]  :  ImageDecodeParam
ImageDecoder.setParam ( ImageDecodeParam p1 ) [abstract]  :  void

cdk-1.0.4.jar, ImageDecoderImpl.class
package org.apache.batik.ext.awt.image.codec
ImageDecoderImpl.decodeAsRaster ( )  :  Raster
ImageDecoderImpl.decodeAsRaster ( int p1 )  :  Raster
ImageDecoderImpl.decodeAsRenderedImage ( )  :  RenderedImage
ImageDecoderImpl.decodeAsRenderedImage ( int p1 ) [abstract]  :  RenderedImage
ImageDecoderImpl.getInputStream ( )  :  SeekableStream
ImageDecoderImpl.getNumPages ( )  :  int
ImageDecoderImpl.getParam ( )  :  ImageDecodeParam
ImageDecoderImpl.ImageDecoderImpl ( InputStream p1, ImageDecodeParam p2 )
ImageDecoderImpl.ImageDecoderImpl ( SeekableStream p1, ImageDecodeParam p2 )
ImageDecoderImpl.setParam ( ImageDecodeParam p1 )  :  void

cdk-1.0.4.jar, ImageEncoder.class
package org.apache.batik.ext.awt.image.codec
ImageEncoder.encode ( Raster p1, ColorModel p2 ) [abstract]  :  void
ImageEncoder.encode ( RenderedImage p1 ) [abstract]  :  void
ImageEncoder.getOutputStream ( ) [abstract]  :  OutputStream
ImageEncoder.getParam ( ) [abstract]  :  ImageEncodeParam
ImageEncoder.setParam ( ImageEncodeParam p1 ) [abstract]  :  void

cdk-1.0.4.jar, ImageEncoderImpl.class
package org.apache.batik.ext.awt.image.codec
ImageEncoderImpl.encode ( Raster p1, ColorModel p2 )  :  void
ImageEncoderImpl.encode ( RenderedImage p1 ) [abstract]  :  void
ImageEncoderImpl.getOutputStream ( )  :  OutputStream
ImageEncoderImpl.getParam ( )  :  ImageEncodeParam
ImageEncoderImpl.ImageEncoderImpl ( OutputStream p1, ImageEncodeParam p2 )
ImageEncoderImpl.setParam ( ImageEncodeParam p1 )  :  void

cdk-1.0.4.jar, ImageHandler.class
package org.apache.batik.svggen
ImageHandler.handleImage ( Image p1, Element p2, SVGGeneratorContext p3 ) [abstract]  :  void
ImageHandler.handleImage ( RenderableImage p1, Element p2, SVGGeneratorContext p3 ) [abstract]  :  void
ImageHandler.handleImage ( RenderedImage p1, Element p2, SVGGeneratorContext p3 ) [abstract]  :  void

cdk-1.0.4.jar, ImageHandlerBase64Encoder.class
package org.apache.batik.svggen
ImageHandlerBase64Encoder.buildBufferedImage ( Dimension p1 )  :  BufferedImage
ImageHandlerBase64Encoder.encodeImage ( RenderedImage p1, OutputStream p2 )  :  void
ImageHandlerBase64Encoder.handleEmptyImage ( Element p1 )  :  void
ImageHandlerBase64Encoder.handleHREF ( Image p1, Element p2, SVGGeneratorContext p3 )  :  void
ImageHandlerBase64Encoder.handleHREF ( RenderableImage p1, Element p2, SVGGeneratorContext p3 )  :  void
ImageHandlerBase64Encoder.handleHREF ( RenderedImage p1, Element p2, SVGGeneratorContext p3 )  :  void
ImageHandlerBase64Encoder.ImageHandlerBase64Encoder ( )

cdk-1.0.4.jar, ImageHandlerJPEGEncoder.class
package org.apache.batik.svggen
ImageHandlerJPEGEncoder.buildBufferedImage ( Dimension p1 )  :  BufferedImage
ImageHandlerJPEGEncoder.encodeImage ( BufferedImage p1, File p2 )  :  void
ImageHandlerJPEGEncoder.getPrefix ( )  :  String
ImageHandlerJPEGEncoder.getSuffix ( )  :  String
ImageHandlerJPEGEncoder.ImageHandlerJPEGEncoder ( String p1, String p2 )

cdk-1.0.4.jar, ImageHandlerPNGEncoder.class
package org.apache.batik.svggen
ImageHandlerPNGEncoder.buildBufferedImage ( Dimension p1 )  :  BufferedImage
ImageHandlerPNGEncoder.encodeImage ( BufferedImage p1, File p2 )  :  void
ImageHandlerPNGEncoder.getPrefix ( )  :  String
ImageHandlerPNGEncoder.getSuffix ( )  :  String
ImageHandlerPNGEncoder.ImageHandlerPNGEncoder ( String p1, String p2 )

cdk-1.0.4.jar, ImageTagRegistry.class
package org.apache.batik.ext.awt.image.spi
ImageTagRegistry.checkCache ( ParsedURL p1, ICCColorSpaceExt p2 )  :  Filter
ImageTagRegistry.flushCache ( )  :  void
ImageTagRegistry.getBrokenLinkImage ( Object p1, String p2, Object[ ] p3 ) [static]  :  Filter
ImageTagRegistry.getRegisteredExtensions ( )  :  List
ImageTagRegistry.getRegisteredMimeTypes ( )  :  List
ImageTagRegistry.getRegistry ( ) [static]  :  ImageTagRegistry
ImageTagRegistry.ImageTagRegistry ( )
ImageTagRegistry.ImageTagRegistry ( URLImageCache p1, URLImageCache p2 )
ImageTagRegistry.readStream ( InputStream p1 )  :  Filter
ImageTagRegistry.readStream ( InputStream p1, ICCColorSpaceExt p2 )  :  Filter
ImageTagRegistry.readURL ( InputStream p1, ParsedURL p2, ICCColorSpaceExt p3, boolean p4, boolean p5 )  :  Filter
ImageTagRegistry.readURL ( ParsedURL p1 )  :  Filter
ImageTagRegistry.readURL ( ParsedURL p1, ICCColorSpaceExt p2 )  :  Filter
ImageTagRegistry.register ( RegistryEntry p1 )  :  void
ImageTagRegistry.setBrokenLinkProvider ( BrokenLinkProvider p1 ) [static]  :  void

cdk-1.0.4.jar, IMapping.class
package org.openscience.cdk.interfaces
IMapping.relatedChemObjects ( ) [abstract]  :  Iterator

cdk-1.0.4.jar, IMatrix.class
package org.openscience.cdk.math
IMatrix.add ( IMatrix b )  :  IMatrix
IMatrix.add ( IMatrix b, IMatrix result )  :  void
IMatrix.contraction ( )  :  Complex
IMatrix.duplicate ( )  :  IMatrix
IMatrix.duplicate ( IMatrix result )  :  void
IMatrix.getColumns ( )  :  int
IMatrix.getRows ( )  :  int
IMatrix.getVectorFromColumn ( int index )  :  IVector
IMatrix.getVectorFromDiagonal ( )  :  IVector
IMatrix.getVectorFromRow ( int index )  :  IVector
IMatrix.IMatrix ( int rows, int columns )
IMatrix.IMatrix ( Matrix m )
IMatrix.mul ( Complex a )  :  IMatrix
IMatrix.mul ( Complex a, IMatrix result )  :  void
IMatrix.mul ( IMatrix b )  :  IMatrix
IMatrix.mul ( IMatrix b, IMatrix result )  :  void
IMatrix.mul ( IVector a )  :  IVector
IMatrix.mul ( IVector a, IVector result )  :  void
IMatrix.reshape ( int newrows, int newcolumns )  :  void
IMatrix.similar ( IMatrix U )  :  IMatrix
IMatrix.similar ( IMatrix U, IMatrix result )  :  void
IMatrix.sub ( IMatrix b )  :  IMatrix
IMatrix.sub ( IMatrix b, IMatrix result )  :  void
IMatrix.toString ( )  :  String
IMatrix.transpose ( )  :  IMatrix
IMatrix.transpose ( IMatrix result )  :  void

cdk-1.0.4.jar, IMoleculeSet.class
package org.openscience.cdk.interfaces
IMoleculeSet.molecules ( ) [abstract]  :  Iterator

cdk-1.0.4.jar, ImplicitHCountAtom.class
package org.openscience.cdk.isomorphism.matchers.smarts
ImplicitHCountAtom.getOperator ( )  :  int
ImplicitHCountAtom.ImplicitHCountAtom ( )

cdk-1.0.4.jar, ImportTree.class
package org.apache.xindice.tools.command
ImportTree.createCollection ( String baseCollection, String newCollection )  :  String
ImportTree.execute ( Hashtable table )  :  boolean
ImportTree.importFile ( String baseCollection, String path, String name )  :  void
ImportTree.ImportTree ( )

cdk-1.0.4.jar, InChIGeneratorFactory.class
package org.openscience.cdk.inchi
InChIGeneratorFactory.getInChIToStructure ( String inchi )  :  InChIToStructure
InChIGeneratorFactory.getInChIToStructure ( String inchi, List options )  :  InChIToStructure
InChIGeneratorFactory.getInChIToStructure ( String inchi, String options )  :  InChIToStructure

cdk-1.0.4.jar, INChIReader.class
package org.openscience.cdk.io
INChIReader.INChIReader ( Reader input ) *DEPRECATED*

cdk-1.0.4.jar, InChIToStructure.class
package org.openscience.cdk.inchi
InChIToStructure.generateAtomContainerFromInchi ( )  :  void
InChIToStructure.InChIToStructure ( String inchi )
InChIToStructure.InChIToStructure ( String inchi, List options )
InChIToStructure.InChIToStructure ( String inchi, String options )

cdk-1.0.4.jar, InCompositeContext.class
package org.apache.batik.ext.awt.image
SVGComposite.InCompositeContext.precompose ( Raster p1, Raster p2, WritableRaster p3 )  :  void

cdk-1.0.4.jar, InCompositeContext_INT_PACK.class
package org.apache.batik.ext.awt.image
SVGComposite.InCompositeContext_INT_PACK.precompose_INT_PACK ( int p1, int p2, int[ ] p3, int p4, int p5, int[ ] p6, int p7, int p8, int[ ] p9, int p10, int p11 )  :  void

cdk-1.0.4.jar, INDEX.class
package org.openscience.dadml
INDEX.getACCESS_PREFIX ( )  :  String
INDEX.getACCESS_SUFFIX ( )  :  String
INDEX.getACCESS_TYPE ( )  :  String
INDEX.getDATA_URL ( )  :  String
INDEX.getTYPE ( )  :  String
INDEX.INDEX ( )
INDEX.setACCESS_PREFIX ( String s )  :  void
INDEX.setACCESS_SUFFIX ( String s )  :  void
INDEX.setACCESS_TYPE ( String s )  :  void
INDEX.setDATA_URL ( String s )  :  void
INDEX.setTYPE ( String s )  :  void

cdk-1.0.4.jar, Indexer.class
package org.apache.xindice.core.indexer
Indexer.add ( String p1, Key p2, int p3, int p4, short p5, short p6 ) [abstract]  :  void
Indexer.flush ( ) [abstract]  :  void
Indexer.getIndexStyle ( ) [abstract]  :  String
Indexer.getPattern ( ) [abstract]  :  String
Indexer.queryMatches ( IndexQuery p1 ) [abstract]  :  IndexMatch[ ]
Indexer.remove ( String p1, Key p2, int p3, int p4, short p5, short p6 ) [abstract]  :  void
Indexer.setCollection ( Collection p1 ) [abstract]  :  void

cdk-1.0.4.jar, IndexerException.class
package org.apache.xindice.core.indexer
IndexerException.IndexerException ( int faultCode )
IndexerException.IndexerException ( int faultCode, String message )

cdk-1.0.4.jar, IndexImage.class
package org.apache.batik.ext.awt.image.rendered
IndexImage.getIndexedImage ( BufferedImage p1, int p2 ) [static]  :  BufferedImage
IndexImage.IndexImage ( )

cdk-1.0.4.jar, IndexManager.class
package org.apache.xindice.core.indexer
IndexManager.addDocument ( Key key, Document doc )  :  void
IndexManager.create ( Configuration cfg )  :  Indexer
IndexManager.drop ( String name )  :  boolean
IndexManager.get ( String name )  :  Indexer
IndexManager.getBestIndexer ( String style, IndexPattern pattern )  :  Indexer
IndexManager.IndexManager ( Collection collection )
IndexManager.list ( )  :  String[ ]
IndexManager.register ( Class c, Configuration cfg )  :  Indexer
IndexManager.removeDocument ( Key key, Document doc )  :  void
IndexManager.setConfig ( Configuration config )  :  void
IndexManager.unregister ( String name )  :  void

cdk-1.0.4.jar, IndexMatch.class
package org.apache.xindice.core.indexer
IndexMatch.compareTo ( Object obj )  :  int
IndexMatch.getAttribute ( )  :  short
IndexMatch.getElement ( )  :  short
IndexMatch.getKey ( )  :  Key
IndexMatch.getLength ( )  :  int
IndexMatch.getPosition ( )  :  int
IndexMatch.IndexMatch ( )
IndexMatch.IndexMatch ( Key key, IndexPattern pattern )
IndexMatch.IndexMatch ( Key key, int pos, int len )
IndexMatch.IndexMatch ( Key key, int pos, int len, short elem, short attr )
IndexMatch.toString ( )  :  String

cdk-1.0.4.jar, IndexPattern.class
package org.apache.xindice.core.indexer
IndexPattern.equals ( Object obj )  :  boolean
IndexPattern.getAttributeID ( )  :  short
IndexPattern.getAttributeName ( )  :  String
IndexPattern.getElementID ( )  :  short
IndexPattern.getElementName ( )  :  String
IndexPattern.getMatchLevel ( IndexPattern p )  :  int
IndexPattern.hashCode ( )  :  int
IndexPattern.IndexPattern ( SymbolTable symbols, short elemID )
IndexPattern.IndexPattern ( SymbolTable symbols, short elemID, short attrID )
IndexPattern.IndexPattern ( SymbolTable symbols, short elemID, String attrName )
IndexPattern.IndexPattern ( SymbolTable symbols, String pattern, NamespaceMap nsMap )
IndexPattern.read ( DataInputStream dis )  :  void
IndexPattern.write ( DataOutputStream dos )  :  void

cdk-1.0.4.jar, IndexQuery.class
package org.apache.xindice.core.indexer
IndexQuery.getLength ( )  :  int
IndexQuery.getOperator ( )  :  int
IndexQuery.getPattern ( )  :  IndexPattern
IndexQuery.getValue ( int index )  :  Value
IndexQuery.getValues ( )  :  Value[ ]
IndexQuery.IndexQuery ( IndexPattern pattern )
IndexQuery.IndexQuery ( IndexPattern pattern, int op, String val1 )
IndexQuery.IndexQuery ( IndexPattern pattern, int op, String val1, String val2 )
IndexQuery.IndexQuery ( IndexPattern pattern, int op, Value val1 )
IndexQuery.IndexQuery ( IndexPattern pattern, int op, Value val1, Value val2 )
IndexQuery.IndexQuery ( IndexPattern pattern, int op, Value[ ] vals )
IndexQuery.IndexQuery ( IndexPattern pattern, String val1 )
IndexQuery.IndexQuery ( IndexPattern pattern, String val1, String val2 )
IndexQuery.IndexQuery ( IndexPattern pattern, Value val1 )
IndexQuery.IndexQuery ( IndexPattern pattern, Value val1, Value val2 )
IndexQuery.IndexQuery ( IndexPattern pattern, Value[ ] vals )
IndexQuery.testValue ( String value )  :  boolean
IndexQuery.testValue ( Value value )  :  boolean

cdk-1.0.4.jar, IndexQueryANY.class
package org.apache.xindice.core.indexer.helpers
IndexQueryANY.getOperator ( )  :  int
IndexQueryANY.IndexQueryANY ( IndexPattern pattern )
IndexQueryANY.testValue ( Value value )  :  boolean

cdk-1.0.4.jar, IndexQueryBW.class
package org.apache.xindice.core.indexer.helpers
IndexQueryBW.getOperator ( )  :  int
IndexQueryBW.IndexQueryBW ( IndexPattern pattern, String val1, String val2 )
IndexQueryBW.IndexQueryBW ( IndexPattern pattern, Value val1, Value val2 )
IndexQueryBW.testValue ( Value value )  :  boolean

cdk-1.0.4.jar, IndexQueryBWX.class
package org.apache.xindice.core.indexer.helpers
IndexQueryBWX.getOperator ( )  :  int
IndexQueryBWX.IndexQueryBWX ( IndexPattern pattern, String val1, String val2 )
IndexQueryBWX.IndexQueryBWX ( IndexPattern pattern, Value val1, Value val2 )
IndexQueryBWX.testValue ( Value value )  :  boolean

cdk-1.0.4.jar, IndexQueryEQ.class
package org.apache.xindice.core.indexer.helpers
IndexQueryEQ.getOperator ( )  :  int
IndexQueryEQ.IndexQueryEQ ( IndexPattern pattern, String val1 )
IndexQueryEQ.IndexQueryEQ ( IndexPattern pattern, Value val1 )
IndexQueryEQ.testValue ( Value value )  :  boolean

cdk-1.0.4.jar, IndexQueryGEQ.class
package org.apache.xindice.core.indexer.helpers
IndexQueryGEQ.getOperator ( )  :  int
IndexQueryGEQ.IndexQueryGEQ ( IndexPattern pattern, String val1 )
IndexQueryGEQ.IndexQueryGEQ ( IndexPattern pattern, Value val1 )
IndexQueryGEQ.testValue ( Value value )  :  boolean

cdk-1.0.4.jar, IndexQueryGT.class
package org.apache.xindice.core.indexer.helpers
IndexQueryGT.getOperator ( )  :  int
IndexQueryGT.IndexQueryGT ( IndexPattern pattern, String val1 )
IndexQueryGT.IndexQueryGT ( IndexPattern pattern, Value val1 )
IndexQueryGT.testValue ( Value value )  :  boolean

cdk-1.0.4.jar, IndexQueryIN.class
package org.apache.xindice.core.indexer.helpers
IndexQueryIN.getOperator ( )  :  int
IndexQueryIN.IndexQueryIN ( IndexPattern pattern, Value[ ] vals )
IndexQueryIN.testValue ( Value value )  :  boolean

cdk-1.0.4.jar, IndexQueryLEQ.class
package org.apache.xindice.core.indexer.helpers
IndexQueryLEQ.getOperator ( )  :  int
IndexQueryLEQ.IndexQueryLEQ ( IndexPattern pattern, String val1 )
IndexQueryLEQ.IndexQueryLEQ ( IndexPattern pattern, Value val1 )
IndexQueryLEQ.testValue ( Value value )  :  boolean

cdk-1.0.4.jar, IndexQueryLT.class
package org.apache.xindice.core.indexer.helpers
IndexQueryLT.getOperator ( )  :  int
IndexQueryLT.IndexQueryLT ( IndexPattern pattern, String val1 )
IndexQueryLT.IndexQueryLT ( IndexPattern pattern, Value val1 )
IndexQueryLT.testValue ( Value value )  :  boolean

cdk-1.0.4.jar, IndexQueryNBW.class
package org.apache.xindice.core.indexer.helpers
IndexQueryNBW.getOperator ( )  :  int
IndexQueryNBW.IndexQueryNBW ( IndexPattern pattern, String val1, String val2 )
IndexQueryNBW.IndexQueryNBW ( IndexPattern pattern, Value val1, Value val2 )
IndexQueryNBW.testValue ( Value value )  :  boolean

cdk-1.0.4.jar, IndexQueryNBWX.class
package org.apache.xindice.core.indexer.helpers
IndexQueryNBWX.getOperator ( )  :  int
IndexQueryNBWX.IndexQueryNBWX ( IndexPattern pattern, String val1, String val2 )
IndexQueryNBWX.IndexQueryNBWX ( IndexPattern pattern, Value val1, Value val2 )
IndexQueryNBWX.testValue ( Value value )  :  boolean

cdk-1.0.4.jar, IndexQueryNEQ.class
package org.apache.xindice.core.indexer.helpers
IndexQueryNEQ.getOperator ( )  :  int
IndexQueryNEQ.IndexQueryNEQ ( IndexPattern pattern, String val1 )
IndexQueryNEQ.IndexQueryNEQ ( IndexPattern pattern, Value val1 )
IndexQueryNEQ.testValue ( Value value )  :  boolean

cdk-1.0.4.jar, IndexQueryNIN.class
package org.apache.xindice.core.indexer.helpers
IndexQueryNIN.getOperator ( )  :  int
IndexQueryNIN.IndexQueryNIN ( IndexPattern pattern, Value[ ] vals )
IndexQueryNIN.testValue ( Value value )  :  boolean

cdk-1.0.4.jar, IndexQueryNSW.class
package org.apache.xindice.core.indexer.helpers
IndexQueryNSW.getOperator ( )  :  int
IndexQueryNSW.IndexQueryNSW ( IndexPattern pattern, String val1 )
IndexQueryNSW.IndexQueryNSW ( IndexPattern pattern, Value val1 )
IndexQueryNSW.testValue ( Value value )  :  boolean

cdk-1.0.4.jar, IndexQuerySW.class
package org.apache.xindice.core.indexer.helpers
IndexQuerySW.getOperator ( )  :  int
IndexQuerySW.IndexQuerySW ( IndexPattern pattern, String val1 )
IndexQuerySW.IndexQuerySW ( IndexPattern pattern, Value val1 )
IndexQuerySW.testValue ( Value value )  :  boolean

cdk-1.0.4.jar, InsetsManager.class
package org.apache.batik.ext.swing
JGridBagPanel.InsetsManager.getInsets ( int p1, int p2 ) [abstract]  :  Insets

cdk-1.0.4.jar, Int2RangeTest.class
package org.xmlcml.euclid.test
Int2RangeTest.Int2RangeTest ( )
Int2RangeTest.main ( String[ ] p1 ) [static]  :  void
Int2RangeTest.setUp ( )  :  void
Int2RangeTest.suite ( ) [static]  :  Test
Int2RangeTest.testAdd ( )  :  void
Int2RangeTest.testGetXRange ( )  :  void
Int2RangeTest.testGetYRange ( )  :  void
Int2RangeTest.testIncludesInt2 ( )  :  void
Int2RangeTest.testIncludesInt2Range ( )  :  void
Int2RangeTest.testInt2Range ( )  :  void
Int2RangeTest.testInt2RangeInt2Range ( )  :  void
Int2RangeTest.testInt2RangeIntRangeIntRange ( )  :  void
Int2RangeTest.testIntersectionWith ( )  :  void
Int2RangeTest.testIsEqualTo ( )  :  void
Int2RangeTest.testIsValid ( )  :  void
Int2RangeTest.testPlus ( )  :  void

cdk-1.0.4.jar, Int2Test.class
package org.xmlcml.euclid.test
Int2Test.Int2Test ( )
Int2Test.setUp ( )  :  void
Int2Test.suite ( ) [static]  :  Test
Int2Test.testClear ( )  :  void
Int2Test.testDotProduct ( )  :  void
Int2Test.testElementAt ( )  :  void
Int2Test.testGetMidPoint ( )  :  void
Int2Test.testGetX ( )  :  void
Int2Test.testGetY ( )  :  void
Int2Test.testInt2 ( )  :  void
Int2Test.testInt2Int2 ( )  :  void
Int2Test.testInt2IntInt ( )  :  void
Int2Test.testIsEqualTo ( )  :  void
Int2Test.testMultiplyBy ( )  :  void
Int2Test.testNegative ( )  :  void
Int2Test.testPlus ( )  :  void
Int2Test.testSetX ( )  :  void
Int2Test.testSetY ( )  :  void
Int2Test.testSortAscending ( )  :  void
Int2Test.testSortDescending ( )  :  void
Int2Test.testSubtract ( )  :  void
Int2Test.testSwap ( )  :  void
Int2Test.testToString ( )  :  void

cdk-1.0.4.jar, IntArrayAttribute.class
package org.xmlcml.cml.base
IntArrayAttribute.checkValue ( int[ ] ii )  :  void
IntArrayAttribute.getCMLValue ( )  :  Object
IntArrayAttribute.getIntegerArray ( )  :  int[ ]
IntArrayAttribute.getJavaGetMethod ( )  :  String
IntArrayAttribute.getJavaShortClassName ( )  :  String
IntArrayAttribute.getJavaType ( )  :  String
IntArrayAttribute.IntArrayAttribute ( Attribute att )
IntArrayAttribute.IntArrayAttribute ( Attribute att, String value )
IntArrayAttribute.IntArrayAttribute ( IntArrayAttribute att )
IntArrayAttribute.IntArrayAttribute ( String name )
IntArrayAttribute.setCMLValue ( int[ ] ii )  :  void
IntArrayAttribute.setCMLValue ( String s )  :  void
IntArrayAttribute.split ( String s, String delim ) [static]  :  int[ ]

cdk-1.0.4.jar, IntArrayAttributeTest.class
package org.xmlcml.cml.base.test
IntArrayAttributeTest.IntArrayAttributeTest ( )
IntArrayAttributeTest.setUp ( )  :  void
IntArrayAttributeTest.suite ( ) [static]  :  Test
IntArrayAttributeTest.testCheckValue ( )  :  void
IntArrayAttributeTest.testGetCMLValue ( )  :  void
IntArrayAttributeTest.testGetIntArray ( )  :  void
IntArrayAttributeTest.testIntArrayAttributeIntArrayAttribute ( )  :  void
IntArrayAttributeTest.testSetCMLValueIntArray ( )  :  void
IntArrayAttributeTest.testSetCMLValueString ( )  :  void
IntArrayAttributeTest.testSplit ( )  :  void

cdk-1.0.4.jar, IntArrayTest.class
package org.xmlcml.euclid.test
IntArrayTest.assertEquals ( String p1, int[ ] p2, IntArray p3 ) [static]  :  void
IntArrayTest.assertEquals ( String p1, IntArray p2, IntArray p3 ) [static]  :  void
IntArrayTest.IntArrayTest ( )
IntArrayTest.setUp ( )  :  void
IntArrayTest.suite ( ) [static]  :  Test
IntArrayTest.testAbsSumAllElements ( )  :  void
IntArrayTest.testAddArray ( )  :  void
IntArrayTest.testAddElement ( )  :  void
IntArrayTest.testClearArray ( )  :  void
IntArrayTest.testCumulativeSum ( )  :  void
IntArrayTest.testDeleteElement ( )  :  void
IntArrayTest.testDeleteElementsIntInt ( )  :  void
IntArrayTest.testDotProduct ( )  :  void
IntArrayTest.testElementAt ( )  :  void
IntArrayTest.testEqualsIntArrayDouble ( )  :  void
IntArrayTest.testGetArray ( )  :  void
IntArrayTest.testGetMax ( )  :  void
IntArrayTest.testGetMin ( )  :  void
IntArrayTest.testGetRange ( )  :  void
IntArrayTest.testGetReorderedArray ( )  :  void
IntArrayTest.testGetReverseArray ( )  :  void
IntArrayTest.testGetStringValues ( )  :  void
IntArrayTest.testGetSubArray ( )  :  void
IntArrayTest.testIndexOfLargestElement ( )  :  void
IntArrayTest.testIndexOfSmallestElement ( )  :  void
IntArrayTest.testIndexSortAscending ( )  :  void
IntArrayTest.testIndexSortDescending ( )  :  void
IntArrayTest.testInnerProduct ( )  :  void
IntArrayTest.testInRange ( )  :  void
IntArrayTest.testInsertArray ( )  :  void
IntArrayTest.testInsertElementAt ( )  :  void
IntArrayTest.testIntArray ( )  :  void
IntArrayTest.testIntArrayDoubleArray ( )  :  void
IntArrayTest.testIntArrayInt ( )  :  void
IntArrayTest.testIntArrayIntArray ( )  :  void
IntArrayTest.testIntArrayIntArrayIntArray ( )  :  void
IntArrayTest.testIntArrayIntArrayIntInt ( )  :  void
IntArrayTest.testIntArrayIntDouble ( )  :  void
IntArrayTest.testIntArrayIntDoubleArray ( )  :  void
IntArrayTest.testIntArrayIntDoubleDouble ( )  :  void
IntArrayTest.testIntArrayString ( )  :  void
IntArrayTest.testIntArrayStringArray ( )  :  void
IntArrayTest.testIsClear ( )  :  void
IntArrayTest.testIsEqualTo ( )  :  void
IntArrayTest.testLargestElement ( )  :  void
IntArrayTest.testMultiplyBy ( )  :  void
IntArrayTest.testNegative ( )  :  void
IntArrayTest.testOutOfRange ( )  :  void
IntArrayTest.testPlus ( )  :  void
IntArrayTest.testReverse ( )  :  void
IntArrayTest.testSetAllElements ( )  :  void
IntArrayTest.testSetElementAt ( )  :  void
IntArrayTest.testSetElements ( )  :  void
IntArrayTest.testSize ( )  :  void
IntArrayTest.testSmallestElement ( )  :  void
IntArrayTest.testSortAscending ( )  :  void
IntArrayTest.testSortDescending ( )  :  void
IntArrayTest.testSubtract ( )  :  void
IntArrayTest.testSubtractEquals ( )  :  void
IntArrayTest.testSumAllElements ( )  :  void
IntArrayTest.testTrim ( )  :  void

cdk-1.0.4.jar, IntAttribute.class
package org.xmlcml.cml.base
IntAttribute.checkValue ( int i )  :  void
IntAttribute.getCMLValue ( )  :  Object
IntAttribute.getInt ( )  :  int
IntAttribute.getJavaGetMethod ( )  :  String
IntAttribute.getJavaShortClassName ( )  :  String
IntAttribute.getJavaType ( )  :  String
IntAttribute.IntAttribute ( Attribute att )
IntAttribute.IntAttribute ( Attribute att, String value )
IntAttribute.IntAttribute ( IntAttribute att )
IntAttribute.IntAttribute ( String name )
IntAttribute.setCMLValue ( int i )  :  void
IntAttribute.setCMLValue ( String s )  :  void

cdk-1.0.4.jar, IntAttributeTest.class
package org.xmlcml.cml.base.test
IntAttributeTest.IntAttributeTest ( )
IntAttributeTest.setUp ( )  :  void
IntAttributeTest.suite ( ) [static]  :  Test
IntAttributeTest.testCheckValue ( )  :  void
IntAttributeTest.testGetCMLValue ( )  :  void
IntAttributeTest.testGetInt ( )  :  void
IntAttributeTest.testIntAttributeIntAttribute ( )  :  void
IntAttributeTest.testSetCMLValueInt ( )  :  void
IntAttributeTest.testSetCMLValueString ( )  :  void

cdk-1.0.4.jar, InterruptableSmilesParser.class
package org.openscience.cdk.smiles
InterruptableSmilesParser.InterruptableSmilesParser ( IChemObjectBuilder builder )
InterruptableSmilesParser.parseSmiles ( String smiles, long timeout )  :  IMolecule

cdk-1.0.4.jar, IntMatrixTest.class
package org.xmlcml.euclid.test
IntMatrixTest.assertEquals ( String p1, int p2, int p3, int[ ] p4, IntMatrix p5 ) [static]  :  void
IntMatrixTest.assertEquals ( String p1, IntMatrix p2, IntMatrix p3 ) [static]  :  void
IntMatrixTest.IntMatrixTest ( )
IntMatrixTest.setUp ( )  :  void
IntMatrixTest.suite ( ) [static]  :  Test
IntMatrixTest.testAppendColumnDataIntArray ( )  :  void
IntMatrixTest.testAppendColumnDataIntMatrix ( )  :  void
IntMatrixTest.testAppendRowDataIntArray ( )  :  void
IntMatrixTest.testAppendRowDataIntMatrix ( )  :  void
IntMatrixTest.testClearMatrix ( )  :  void
IntMatrixTest.testColumnwiseDivide ( )  :  void
IntMatrixTest.testDeleteColumn ( )  :  void
IntMatrixTest.testDeleteColumns ( )  :  void
IntMatrixTest.testDeleteRow ( )  :  void
IntMatrixTest.testDeleteRows ( )  :  void
IntMatrixTest.testElementAtInt2 ( )  :  void
IntMatrixTest.testElementAtIntInt ( )  :  void
IntMatrixTest.testElementsInRange ( )  :  void
IntMatrixTest.testExtractColumnData ( )  :  void
IntMatrixTest.testExtractRowData ( )  :  void
IntMatrixTest.testExtractSubMatrixData ( )  :  void
IntMatrixTest.testGetFormat ( )  :  void
IntMatrixTest.testGetIntMatrix ( )  :  void
IntMatrixTest.testGetMatrix ( )  :  void
IntMatrixTest.testGetMatrixAsArray ( )  :  void
IntMatrixTest.testGetRowsCols ( )  :  void
IntMatrixTest.testGetTranspose ( )  :  void
IntMatrixTest.testIndexOfLargestElement ( )  :  void
IntMatrixTest.testIndexOfLargestElementInColumn ( )  :  void
IntMatrixTest.testIndexOfLargestElementInRow ( )  :  void
IntMatrixTest.testIndexOfSmallestElement ( )  :  void
IntMatrixTest.testIndexOfSmallestElementInColumn ( )  :  void
IntMatrixTest.testIndexOfSmallestElementInRow ( )  :  void
IntMatrixTest.testInsertColumnDataIntIntArray ( )  :  void
IntMatrixTest.testInsertColumnDataIntIntMatrix ( )  :  void
IntMatrixTest.testInsertColumns ( )  :  void
IntMatrixTest.testInsertRowDataIntIntArray ( )  :  void
IntMatrixTest.testInsertRowDataIntIntMatrix ( )  :  void
IntMatrixTest.testInsertRows ( )  :  void
IntMatrixTest.testIntMatrix ( )  :  void
IntMatrixTest.testIntMatrixIntegerArrayArray ( )  :  void
IntMatrixTest.testIntMatrixIntInt ( )  :  void
IntMatrixTest.testIntMatrixIntIntInteger ( )  :  void
IntMatrixTest.testIntMatrixIntIntIntegerArray ( )  :  void
IntMatrixTest.testIntMatrixIntMatrix ( )  :  void
IntMatrixTest.testIntMatrixIntMatrixIntIntIntInt ( )  :  void
IntMatrixTest.testIsEqualTo ( )  :  void
IntMatrixTest.testIsSquare ( )  :  void
IntMatrixTest.testLargestElement ( )  :  void
IntMatrixTest.testLargestElementInColumn ( )  :  void
IntMatrixTest.testLargestElementInRow ( )  :  void
IntMatrixTest.testMultiplyBy ( )  :  void
IntMatrixTest.testMultiplyEquals ( )  :  void
IntMatrixTest.testMultiplyIntArray ( )  :  void
IntMatrixTest.testMultiplyIntMatrix ( )  :  void
IntMatrixTest.testNegative ( )  :  void
IntMatrixTest.testPlus ( )  :  void
IntMatrixTest.testReorderColumnsBy ( )  :  void
IntMatrixTest.testReorderRowsBy ( )  :  void
IntMatrixTest.testReplaceColumnDataIntIntArray ( )  :  void
IntMatrixTest.testReplaceColumnDataIntIntegerArray ( )  :  void
IntMatrixTest.testReplaceColumnDataIntIntMatrix ( )  :  void
IntMatrixTest.testReplaceRowDataIntIntArray ( )  :  void
IntMatrixTest.testReplaceRowDataIntIntegerArray ( )  :  void
IntMatrixTest.testReplaceRowDataIntIntMatrix ( )  :  void
IntMatrixTest.testReplaceSubMatrixData ( )  :  void
IntMatrixTest.testSetAllElements ( )  :  void
IntMatrixTest.testSetElementAt ( )  :  void
IntMatrixTest.testSetFormat ( )  :  void
IntMatrixTest.testSmallestElement ( )  :  void
IntMatrixTest.testSmallestElementInColumn ( )  :  void
IntMatrixTest.testSmallestElementInRow ( )  :  void
IntMatrixTest.testSubtract ( )  :  void
IntMatrixTest.testWriteXML ( )  :  void

cdk-1.0.4.jar, IntRangeTest.class
package org.xmlcml.euclid.test
IntRangeTest.IntRangeTest ( )
IntRangeTest.main ( String[ ] p1 ) [static]  :  void
IntRangeTest.setUp ( )  :  void
IntRangeTest.suite ( ) [static]  :  Test
IntRangeTest.testAdd ( )  :  void
IntRangeTest.testContains ( )  :  void
IntRangeTest.testGetMax ( )  :  void
IntRangeTest.testGetMin ( )  :  void
IntRangeTest.testGetRange ( )  :  void
IntRangeTest.testIncludesInt ( )  :  void
IntRangeTest.testIncludesIntRange ( )  :  void
IntRangeTest.testIntersectionWith ( )  :  void
IntRangeTest.testIntRange ( )  :  void
IntRangeTest.testIntRangeIntInt ( )  :  void
IntRangeTest.testIntRangeIntRange ( )  :  void
IntRangeTest.testIsEqualTo ( )  :  void
IntRangeTest.testIsValid ( )  :  void
IntRangeTest.testPlus ( )  :  void

cdk-1.0.4.jar, IntSetTest.class
package org.xmlcml.euclid.test
IntSetTest.assertEquals ( String p1, int[ ] p2, IntSet p3 ) [static]  :  void
IntSetTest.assertEquals ( String p1, IntSet p2, IntSet p3 ) [static]  :  void
IntSetTest.IntSetTest ( )
IntSetTest.setUp ( )  :  void
IntSetTest.suite ( ) [static]  :  Test
IntSetTest.testAddElement ( )  :  void
IntSetTest.testAddRange ( )  :  void
IntSetTest.testAddSet ( )  :  void
IntSetTest.testContains ( )  :  void
IntSetTest.testElementAt ( )  :  void
IntSetTest.testGetElements ( )  :  void
IntSetTest.testGetIntArray ( )  :  void
IntSetTest.testIntersectionWith ( )  :  void
IntSetTest.testIntSet ( )  :  void
IntSetTest.testIntSetInt ( )  :  void
IntSetTest.testIntSetIntArray ( )  :  void
IntSetTest.testIntSetIntInt ( )  :  void
IntSetTest.testIntSetIntSet ( )  :  void
IntSetTest.testIntSetIntSetIntSet ( )  :  void
IntSetTest.testInverseMap ( )  :  void
IntSetTest.testIsEqualTo ( )  :  void
IntSetTest.testNotIn ( )  :  void
IntSetTest.testSetMax ( )  :  void
IntSetTest.testSetMin ( )  :  void
IntSetTest.testSize ( )  :  void
IntSetTest.testSortAscending ( )  :  void

cdk-1.0.4.jar, IntSquareMatrixTest.class
package org.xmlcml.euclid.test
IntSquareMatrixTest.IntSquareMatrixTest ( )
IntSquareMatrixTest.setUp ( )  :  void
IntSquareMatrixTest.suite ( ) [static]  :  Test
IntSquareMatrixTest.testCopyLowerToUpper ( )  :  void
IntSquareMatrixTest.testCopyUpperToLower ( )  :  void
IntSquareMatrixTest.testDiagonal ( )  :  void
IntSquareMatrixTest.testIntSquareMatrix ( )  :  void
IntSquareMatrixTest.testIntSquareMatrixInt ( )  :  void
IntSquareMatrixTest.testIntSquareMatrixIntegerArrayArray ( )  :  void
IntSquareMatrixTest.testIntSquareMatrixIntInteger ( )  :  void
IntSquareMatrixTest.testIntSquareMatrixIntIntegerArray ( )  :  void
IntSquareMatrixTest.testIntSquareMatrixIntMatrix ( )  :  void
IntSquareMatrixTest.testIntSquareMatrixIntMatrixIntIntInt ( )  :  void
IntSquareMatrixTest.testIntSquareMatrixIntSquareMatrix ( )  :  void
IntSquareMatrixTest.testIsEqualToIntSquareMatrix ( )  :  void
IntSquareMatrixTest.testIsLowerTriangular ( )  :  void
IntSquareMatrixTest.testIsOrthogonal ( )  :  void
IntSquareMatrixTest.testIsSymmetric ( )  :  void
IntSquareMatrixTest.testIsUnit ( )  :  void
IntSquareMatrixTest.testIsUpperTriangular ( )  :  void
IntSquareMatrixTest.testLowerTriangle ( )  :  void
IntSquareMatrixTest.testMultiplyIntSquareMatrix ( )  :  void
IntSquareMatrixTest.testOuterProduct ( )  :  void
IntSquareMatrixTest.testPlusIntSquareMatrix ( )  :  void
IntSquareMatrixTest.testSubtractIntSquareMatrix ( )  :  void
IntSquareMatrixTest.testTranspose ( )  :  void

cdk-1.0.4.jar, IntTest.class
package org.xmlcml.euclid.test
IntTest.assertEquals ( String p1, int[ ] p2, int[ ] p3 ) [static]  :  void
IntTest.assertNotEquals ( String p1, int[ ] p2, int[ ] p3 ) [static]  :  void
IntTest.IntTest ( )
IntTest.suite ( ) [static]  :  Test
IntTest.testInitArray ( )  :  void
IntTest.testZeroArray ( )  :  void

cdk-1.0.4.jar, InvalidContextException.class
package org.apache.xindice.core.objects
InvalidContextException.InvalidContextException ( )
InvalidContextException.InvalidContextException ( String message )

cdk-1.0.4.jar, InvalidCredentialsException.class
package org.apache.xindice.core.security
InvalidCredentialsException.InvalidCredentialsException ( )
InvalidCredentialsException.InvalidCredentialsException ( String message )

cdk-1.0.4.jar, InvalidPasswordException.class
package org.apache.xindice.core.security
InvalidPasswordException.InvalidPasswordException ( )
InvalidPasswordException.InvalidPasswordException ( String message )

cdk-1.0.4.jar, InvokeXmlObject.class
package org.apache.xindice.tools.command
InvokeXmlObject.execute ( Hashtable table )  :  boolean
InvokeXmlObject.InvokeXmlObject ( )

cdk-1.0.4.jar, IPAtomicDescriptor.class
package org.openscience.cdk.qsar.descriptors.atomic
IPAtomicDescriptor.calculate ( IAtom atom, IAtomContainer atomContainer )  :  DescriptorValue
IPAtomicDescriptor.getParameterNames ( )  :  String[ ]
IPAtomicDescriptor.getParameters ( )  :  Object[ ]
IPAtomicDescriptor.getParameterType ( String name )  :  Object
IPAtomicDescriptor.getReactionSet ( )  :  IReactionSet
IPAtomicDescriptor.getSpecification ( )  :  DescriptorSpecification
IPAtomicDescriptor.IPAtomicDescriptor ( )
IPAtomicDescriptor.setParameters ( Object[ ] params )  :  void

cdk-1.0.4.jar, IPBondDescriptor.class
package org.openscience.cdk.qsar.descriptors.bond
IPBondDescriptor.calculate ( IBond bond, IAtomContainer atomContainer )  :  DescriptorValue
IPBondDescriptor.getParameterNames ( )  :  String[ ]
IPBondDescriptor.getParameters ( )  :  Object[ ]
IPBondDescriptor.getParameterType ( String name )  :  Object
IPBondDescriptor.getReactionSet ( )  :  IReactionSet
IPBondDescriptor.getSpecification ( )  :  DescriptorSpecification
IPBondDescriptor.IPBondDescriptor ( )
IPBondDescriptor.setParameters ( Object[ ] params )  :  void

cdk-1.0.4.jar, IPDBAtom.class
package org.openscience.cdk.interfaces
IPDBAtom.getHetAtom ( ) [abstract]  :  boolean
IPDBAtom.getOccupancy ( ) [abstract]  :  double
IPDBAtom.getOxt ( ) [abstract]  :  boolean
IPDBAtom.getSerial ( ) [abstract]  :  int
IPDBAtom.getTempFactor ( ) [abstract]  :  double
IPDBAtom.setHetAtom ( boolean p1 ) [abstract]  :  void
IPDBAtom.setOccupancy ( double p1 ) [abstract]  :  void
IPDBAtom.setOxt ( boolean p1 ) [abstract]  :  void
IPDBAtom.setSerial ( int p1 ) [abstract]  :  void
IPDBAtom.setTempFactor ( double p1 ) [abstract]  :  void

cdk-1.0.4.jar, IPDBStructure.class
package org.openscience.cdk.interfaces
IPDBStructure.getEndChainID ( ) [abstract]  :  char
IPDBStructure.getEndInsertionCode ( ) [abstract]  :  char
IPDBStructure.getEndSequenceNumber ( ) [abstract]  :  int
IPDBStructure.getStartChainID ( ) [abstract]  :  char
IPDBStructure.getStartInsertionCode ( ) [abstract]  :  char
IPDBStructure.getStartSequenceNumber ( ) [abstract]  :  int
IPDBStructure.setEndChainID ( char p1 ) [abstract]  :  void
IPDBStructure.setEndInsertionCode ( char p1 ) [abstract]  :  void
IPDBStructure.setEndSequenceNumber ( int p1 ) [abstract]  :  void
IPDBStructure.setStartChainID ( char p1 ) [abstract]  :  void
IPDBStructure.setStartInsertionCode ( char p1 ) [abstract]  :  void
IPDBStructure.setStartSequenceNumber ( int p1 ) [abstract]  :  void

cdk-1.0.4.jar, IPMolecularDescriptor.class
package org.openscience.cdk.qsar.descriptors.molecular
IPMolecularDescriptor.calculate ( IAtomContainer atomContainer )  :  DescriptorValue
IPMolecularDescriptor.calculatePlus ( IAtomContainer atomContainer )  :  DescriptorValue
IPMolecularDescriptor.getDescriptorResultType ( )  :  IDescriptorResult
IPMolecularDescriptor.getParameterNames ( )  :  String[ ]
IPMolecularDescriptor.getParameters ( )  :  Object[ ]
IPMolecularDescriptor.getParameterType ( String name )  :  Object
IPMolecularDescriptor.getReactionSet ( )  :  IReactionSet
IPMolecularDescriptor.getSpecification ( )  :  DescriptorSpecification
IPMolecularDescriptor.IPMolecularDescriptor ( )
IPMolecularDescriptor.setParameters ( Object[ ] params )  :  void

cdk-1.0.4.jar, IQueryAtom.class
package org.openscience.cdk.isomorphism.matchers
IQueryAtom.setOperator ( String p1 ) [abstract]  :  void

cdk-1.0.4.jar, IReaction.class
package org.openscience.cdk.interfaces
IReaction.addProduct ( IMolecule p1, double p2 ) [abstract]  :  void
IReaction.addReactant ( IMolecule p1, double p2 ) [abstract]  :  void
IReaction.getDirection ( ) [abstract]  :  int
IReaction.getProductCoefficient ( IMolecule p1 ) [abstract]  :  double
IReaction.getProductCoefficients ( ) [abstract]  :  double[ ]
IReaction.getReactantCoefficient ( IMolecule p1 ) [abstract]  :  double
IReaction.getReactantCoefficients ( ) [abstract]  :  double[ ]
IReaction.mappings ( ) [abstract]  :  Iterator
IReaction.setDirection ( int p1 ) [abstract]  :  void
IReaction.setProductCoefficient ( IMolecule p1, double p2 ) [abstract]  :  boolean
IReaction.setProductCoefficients ( double[ ] p1 ) [abstract]  :  boolean
IReaction.setReactantCoefficient ( IMolecule p1, double p2 ) [abstract]  :  boolean
IReaction.setReactantCoefficients ( double[ ] p1 ) [abstract]  :  boolean

cdk-1.0.4.jar, IReactionProcess.class
package org.openscience.cdk.reaction
IReactionProcess.getParameterNames ( ) [abstract]  :  String[ ]
IReactionProcess.getParameters ( ) [abstract]  :  Object[ ]
IReactionProcess.getParameterType ( String p1 ) [abstract]  :  Object
IReactionProcess.setParameters ( Object[ ] p1 ) [abstract]  :  void

cdk-1.0.4.jar, IReactionSet.class
package org.openscience.cdk.interfaces
IReactionSet.reactions ( ) [abstract]  :  Iterator

cdk-1.0.4.jar, IRingSet.class
package org.openscience.cdk.interfaces
IRingSet.getConnectedRings ( IRing p1 ) [abstract]  :  List
IRingSet.getRings ( IBond p1 ) [abstract]  :  List

cdk-1.0.4.jar, ISO_8859_1Decoder.class
package org.apache.batik.util.io
ISO_8859_1Decoder.ISO_8859_1Decoder ( InputStream p1 )
ISO_8859_1Decoder.readChar ( )  :  int

cdk-1.0.4.jar, ISO_8859_1DecoderFactory.class
package org.apache.batik.util.io
StreamNormalizingReader.ISO_8859_1DecoderFactory.createCharDecoder ( InputStream p1 )  :  CharDecoder
StreamNormalizingReader.ISO_8859_1DecoderFactory.StreamNormalizingReader.ISO_8859_1DecoderFactory ( )

cdk-1.0.4.jar, Isotope.class
package org.openscience.cdk
Isotope.getExactMass ( )  :  double
Isotope.getMassNumber ( )  :  int
Isotope.getNaturalAbundance ( )  :  double
Isotope.setExactMass ( double exactMass )  :  void
Isotope.setMassNumber ( int massNumber )  :  void
Isotope.setNaturalAbundance ( double naturalAbundance )  :  void

cdk-1.0.4.jar, IsotopeGenerator.class
package org.openscience.cdk.tools
IsotopeGenerator.getIsotopes ( IAtomContainer container )  :  IAtomContainerSet
IsotopeGenerator.IsotopeGenerator ( )
IsotopeGenerator.IsotopeGenerator ( double minAb )

cdk-1.0.4.jar, IStrand.class
package org.openscience.cdk.interfaces
IStrand.getMonomers ( ) [abstract]  :  Hashtable

cdk-1.0.4.jar, IteratingSMILESReader.class
package org.openscience.cdk.io.iterator
IteratingSMILESReader.IteratingSMILESReader ( Reader in )

cdk-1.0.4.jar, IUndoRedoHandler.class
package org.openscience.cdk.applications.undoredo
IUndoRedoHandler.postEdit ( UndoableEdit p1 ) [abstract]  :  void

cdk-1.0.4.jar, IValencyChecker.class
package org.openscience.cdk.tools
IValencyChecker.calculateNumberOfImplicitHydrogens ( IAtom p1, IAtomContainer p2 ) [abstract]  :  int

cdk-1.0.4.jar, IVector.class
package org.openscience.cdk.math
IVector.add ( IVector b )  :  IVector
IVector.add ( IVector b, IVector result )  :  void
IVector.dot ( IVector b )  :  Complex
IVector.duplicate ( )  :  IVector
IVector.duplicate ( IVector result )  :  void
IVector.getSize ( )  :  int
IVector.IVector ( int size )
IVector.mul ( double b )  :  IVector
IVector.mul ( double b, IVector result )  :  void
IVector.reshape ( int newsize )  :  void
IVector.sub ( IVector b )  :  IVector
IVector.sub ( IVector b, IVector result )  :  void
IVector.toString ( )  :  String

cdk-1.0.4.jar, IWekaModel.class
package org.openscience.cdk.qsar.model.weka
IWekaModel.getOptions ( ) [abstract]  :  String[ ]
IWekaModel.getPredictPredicted ( ) [abstract]  :  Object[ ]
IWekaModel.setOptions ( String[ ] p1 ) [abstract]  :  void
IWekaModel.setParameters ( Object[ ][ ] p1 ) [abstract]  :  void
IWekaModel.setParametersCDK ( String p1 ) [abstract]  :  void

cdk-1.0.4.jar, JAffineTransformChooser.class
package org.apache.batik.ext.swing
JAffineTransformChooser.addToPanelAtRow ( String p1, Document p2, String p3, JGridBagPanel p4, int p5 )  :  void
JAffineTransformChooser.build ( )  :  void
JAffineTransformChooser.buildPanel ( String p1, String p2, Document p3, String p4, Document p5, String p6, String p7, boolean p8 )  :  Component
JAffineTransformChooser.buildRotatePanel ( )  :  Component
JAffineTransformChooser.createDialog ( Component p1, String p2 ) [static]  :  JAffineTransformChooser.Dialog
JAffineTransformChooser.getAffineTransform ( )  :  AffineTransform
JAffineTransformChooser.JAffineTransformChooser ( )
JAffineTransformChooser.main ( String[ ] p1 ) [static]  :  void
JAffineTransformChooser.setAffineTransform ( AffineTransform p1 )  :  void
JAffineTransformChooser.setPanelBorder ( JComponent p1, String p2 )  :  void
JAffineTransformChooser.showDialog ( Component p1, String p2 ) [static]  :  AffineTransform

cdk-1.0.4.jar, JCPUndoRedoHandler.class
package org.openscience.cdk.applications.undoredo
JCPUndoRedoHandler.JCPUndoRedoHandler ( Controller2DModel c2dm )
JCPUndoRedoHandler.postEdit ( UndoableEdit edit )  :  void
JCPUndoRedoHandler.setC2dm ( Controller2DModel c2dm )  :  void

cdk-1.0.4.jar, JDKRegistryEntry.class
package org.apache.batik.ext.awt.image.spi
JDKRegistryEntry.handleURL ( ParsedURL p1, boolean p2 )  :  Filter
JDKRegistryEntry.isCompatibleURL ( ParsedURL p1 )  :  boolean
JDKRegistryEntry.JDKRegistryEntry ( )
JDKRegistryEntry.loadImage ( Image p1, DeferRable p2 )  :  RenderedImage

cdk-1.0.4.jar, JExternalFrame.class
package org.openscience.cdk.applications.swing
JExternalFrame.dispose ( )  :  void
JExternalFrame.JExternalFrame ( )
JExternalFrame.show ( Component comp )  :  void

cdk-1.0.4.jar, JFontChooser.class
package com.ozten.font
JFontChooser.getAvailableFont ( ) [static]  :  Font
JFontChooser.getFontSizes ( )  :  String[ ]
JFontChooser.getJDialog ( )  :  JDialog
JFontChooser.getPreviewFont ( )  :  Font
JFontChooser.getPreviewText ( )  :  JTextArea
JFontChooser.getSystemFonts ( ) [static]  :  String[ ]
JFontChooser.JFontChooser ( )
JFontChooser.JFontChooser ( Font init )
JFontChooser.JFontChooser ( Font init, String sampleText )
JFontChooser.main ( String[ ] args ) [static]  :  void
JFontChooser.setJDialog ( JDialog d )  :  void
JFontChooser.setPreviewFont ( Font f )  :  void
JFontChooser.setPreviewText ( String s )  :  void
JFontChooser.showDialog ( Component c ) [static]  :  Font
JFontChooser.showDialog ( Component c, String title ) [static]  :  Font
JFontChooser.showDialog ( Component c, String title, String sampleText ) [static]  :  Font
JFontChooser.showDialog ( Component component, String title, String sampleText, Font initial ) [static]  :  Font

cdk-1.0.4.jar, JFontChooserTest.class
package com.ozten.font
JFontChooserTest.JFontChooserTest ( String p1 )
JFontChooserTest.main ( String[ ] p1 ) [static]  :  void
JFontChooserTest.setUp ( )  :  void
JFontChooserTest.suite ( ) [static]  :  Test
JFontChooserTest.testAvailableFont ( )  :  void
JFontChooserTest.testDefaultConstructor ( )  :  void
JFontChooserTest.testFontConstructor ( )  :  void

cdk-1.0.4.jar, JGridBagPanel.class
package org.apache.batik.ext.swing
JGridBagPanel.add ( Component p1, int p2, int p3, int p4, int p5, int p6, int p7, double p8, double p9 )  :  void
JGridBagPanel.JGridBagPanel ( )
JGridBagPanel.JGridBagPanel ( JGridBagPanel.InsetsManager p1 )
JGridBagPanel.setLayout ( LayoutManager p1 )  :  void

cdk-1.0.4.jar, JniInchiNativeCodeLoader.class
package net.sf.jniinchi
JniInchiNativeCodeLoader.getLoader ( ) [static]  :  JniInchiNativeCodeLoader
JniInchiNativeCodeLoader.load ( )  :  void
JniInchiNativeCodeLoader.setDebug ( boolean debug ) [static]  :  void

cdk-1.0.4.jar, JniInchiOutput.class
package net.sf.jniinchi
JniInchiOutput.JniInchiOutput ( )

cdk-1.0.4.jar, JniInchiOutputStructure.class
package net.sf.jniinchi
JniInchiOutputStructure.JniInchiOutputStructure ( )

cdk-1.0.4.jar, JniInchiWrapper.class
package net.sf.jniinchi
JniInchiWrapper.LibInchiGetVersionMajor ( ) [static]  :  int
JniInchiWrapper.LibInchiGetVersionMinor ( ) [static]  :  int

cdk-1.0.4.jar, JPEGRegistryEntry.class
package org.apache.batik.ext.awt.image.spi
JPEGRegistryEntry.handleStream ( InputStream p1, ParsedURL p2, boolean p3 )  :  Filter
JPEGRegistryEntry.JPEGRegistryEntry ( )

cdk-1.0.4.jar, KEGGConverter.class
package org.xmlcml.cml.legacy.react
KEGGConverter.KEGGConverter ( )
KEGGConverter.read ( LineNumberReader br )  :  Document

cdk-1.0.4.jar, Kernel.class
package org.apache.xindice.server
Kernel.addComponent ( ScriptComponent component )  :  boolean
Kernel.addComponent ( ScriptComponent component, String name )  :  boolean
Kernel.addScript ( String name, Script script )  :  boolean
Kernel.addService ( Service service )  :  boolean
Kernel.addTask ( Task task, long interval )  :  void
Kernel.deleteUser ( String username )  :  void
Kernel.disposeOf ( Object obj ) [static]  :  void
Kernel.getCommonConfig ( )  :  Configuration
Kernel.getComponent ( String name )  :  ScriptComponent
Kernel.getFileResource ( String filename )  :  FileResource
Kernel.getFilters ( Versioning versioning )  :  ScriptFilter[ ]
Kernel.getResource ( String name )  :  Object
Kernel.getResource ( Versioning versioning, String name )  :  Object
Kernel.getScript ( String name )  :  Script
Kernel.getService ( String name )  :  Service
Kernel.getTemporaryFileResource ( )  :  FileResource
Kernel.getUser ( String username )  :  User
Kernel.isRunning ( )  :  boolean
Kernel.Kernel ( )
Kernel.Kernel ( String name )
Kernel.Kernel ( String name, boolean exit )
Kernel.listServices ( )  :  String[ ]
Kernel.listUsers ( )  :  String[ ]
Kernel.listUsers ( String startsWith )  :  String[ ]
Kernel.lockResource ( String name )  :  void
Kernel.lockResource ( Versioning versioning, String name )  :  void
Kernel.logMessage ( int type, String host, String message )  :  void
Kernel.logMessage ( int type, String host, String user, String message )  :  void
Kernel.logMessage ( int type, String message )  :  void
Kernel.newUser ( )  :  User
Kernel.removeComponent ( String name )  :  boolean
Kernel.removeResource ( String name )  :  void
Kernel.removeResource ( Versioning versioning, String name )  :  void
Kernel.removeScript ( String name )  :  void
Kernel.removeService ( Service service )  :  boolean
Kernel.removeTask ( Task task )  :  void
Kernel.run ( )  :  void
Kernel.runScript ( Script script, Gateway gateway, boolean useFilters )  :  void
Kernel.runScript ( String name, Gateway gateway, boolean useFilters )  :  void
Kernel.setKernelOf ( Object obj )  :  void
Kernel.setResource ( String name, Object object )  :  void
Kernel.setResource ( Versioning versioning, String name, Object object )  :  void
Kernel.setUser ( User user )  :  void
Kernel.shutDown ( int exitCode )  :  void
Kernel.shutDown ( int exitCode, boolean exit )  :  void
Kernel.startServices ( )  :  boolean
Kernel.stopServices ( )  :  void
Kernel.unlockResource ( String name )  :  void
Kernel.unlockResource ( Versioning versioning, String name )  :  void

cdk-1.0.4.jar, KernelAccess.class
package org.apache.xindice.server
KernelAccess.setKernel ( Kernel p1 ) [abstract]  :  void

cdk-1.0.4.jar, KerningPair.class
package org.apache.batik.svggen.font.table
KerningPair.getLeft ( )  :  int
KerningPair.getRight ( )  :  int
KerningPair.getValue ( )  :  short
KerningPair.KerningPair ( RandomAccessFile p1 )

cdk-1.0.4.jar, KernSubtable.class
package org.apache.batik.svggen.font.table
KernSubtable.getKerningPair ( int p1 ) [abstract]  :  KerningPair
KernSubtable.getKerningPairCount ( ) [abstract]  :  int
KernSubtable.KernSubtable ( )
KernSubtable.read ( RandomAccessFile p1 ) [static]  :  KernSubtable

cdk-1.0.4.jar, KernSubtableFormat0.class
package org.apache.batik.svggen.font.table
KernSubtableFormat0.getKerningPair ( int p1 )  :  KerningPair
KernSubtableFormat0.getKerningPairCount ( )  :  int
KernSubtableFormat0.KernSubtableFormat0 ( RandomAccessFile p1 )

cdk-1.0.4.jar, KernSubtableFormat2.class
package org.apache.batik.svggen.font.table
KernSubtableFormat2.getKerningPair ( int p1 )  :  KerningPair
KernSubtableFormat2.getKerningPairCount ( )  :  int
KernSubtableFormat2.KernSubtableFormat2 ( RandomAccessFile p1 )

cdk-1.0.4.jar, KernTable.class
package org.apache.batik.svggen.font.table
KernTable.getSubtable ( int p1 )  :  KernSubtable
KernTable.getSubtableCount ( )  :  int
KernTable.getType ( )  :  int
KernTable.KernTable ( DirectoryEntry p1, RandomAccessFile p2 )

cdk-1.0.4.jar, Key.class
package org.apache.xindice.core.data
Key.equals ( Object obj )  :  boolean
Key.equals ( Value value )  :  boolean
Key.getHash ( )  :  int
Key.hashCode ( )  :  int
Key.Key ( byte[ ] data )
Key.Key ( byte[ ] data, int pos, int len )
Key.Key ( String data )
Key.Key ( Value value )

cdk-1.0.4.jar, KeyEventFactory.class
package org.apache.batik.dom.events
DocumentEventSupport.KeyEventFactory.createEvent ( )  :  Event
DocumentEventSupport.KeyEventFactory.DocumentEventSupport.KeyEventFactory ( )

cdk-1.0.4.jar, KeyHelper.class
package org.apache.xindice.client.corba.db
KeyHelper.extract ( CORBA.Any a ) [static]  :  byte[ ]
KeyHelper.id ( ) [static]  :  String
KeyHelper.insert ( CORBA.Any a, byte[ ] t ) [static]  :  void
KeyHelper.KeyHelper ( )
KeyHelper.read ( CORBA.portable.InputStream istream ) [static]  :  byte[ ]
KeyHelper.type ( ) [static]  :  CORBA.TypeCode
KeyHelper.write ( CORBA.portable.OutputStream ostream, byte[ ] value ) [static]  :  void

cdk-1.0.4.jar, KeyHolder.class
package org.apache.xindice.client.corba.db
KeyHolder._read ( CORBA.portable.InputStream istream )  :  void
KeyHolder._type ( )  :  CORBA.TypeCode
KeyHolder._write ( CORBA.portable.OutputStream ostream )  :  void
KeyHolder.KeyHolder ( )
KeyHolder.KeyHolder ( byte[ ] initial )

cdk-1.0.4.jar, LangSys.class
package org.apache.batik.svggen.font.table
LangSys.isFeatureIndexed ( int p1 )  :  boolean
LangSys.LangSys ( RandomAccessFile p1 )

cdk-1.0.4.jar, LangSysRecord.class
package org.apache.batik.svggen.font.table
LangSysRecord.getOffset ( )  :  int
LangSysRecord.getTag ( )  :  int
LangSysRecord.LangSysRecord ( RandomAccessFile p1 )

cdk-1.0.4.jar, LargestChainDescriptor.class
package org.openscience.cdk.qsar.descriptors.molecular
LargestChainDescriptor.breadthFirstSearch ( IAtomContainer container, Vector sphere, Vector path )  :  void

cdk-1.0.4.jar, LargestPiSystemDescriptor.class
package org.openscience.cdk.qsar.descriptors.molecular
LargestPiSystemDescriptor.breadthFirstSearch ( IAtomContainer container, Vector sphere, Vector path )  :  void

cdk-1.0.4.jar, Ligature.class
package org.apache.batik.svggen.font.table
Ligature.getGlyphCount ( )  :  int
Ligature.getGlyphId ( int p1 )  :  int
Ligature.Ligature ( RandomAccessFile p1 )

cdk-1.0.4.jar, LigatureSet.class
package org.apache.batik.svggen.font.table
LigatureSet.LigatureSet ( RandomAccessFile p1, int p2 )

cdk-1.0.4.jar, LigatureSubst.class
package org.apache.batik.svggen.font.table
LigatureSubst.LigatureSubst ( )
LigatureSubst.read ( RandomAccessFile p1, int p2 ) [static]  :  LigatureSubst

cdk-1.0.4.jar, LigatureSubstFormat1.class
package org.apache.batik.svggen.font.table
LigatureSubstFormat1.getFormat ( )  :  int
LigatureSubstFormat1.LigatureSubstFormat1 ( RandomAccessFile p1, int p2 )

cdk-1.0.4.jar, Light.class
package org.apache.batik.ext.awt.image
Light.getColor ( boolean p1 ) [abstract]  :  double[ ]
Light.getLight ( double p1, double p2, double p3, double[ ] p4 ) [abstract]  :  void
Light.getLightMap ( double p1, double p2, double p3, double p4, int p5, int p6, double[ ][ ][ ] p7 ) [abstract]  :  double[ ][ ][ ]
Light.getLightRow ( double p1, double p2, double p3, int p4, double[ ][ ] p5, double[ ][ ] p6 ) [abstract]  :  double[ ][ ]
Light.isConstant ( ) [abstract]  :  boolean
Light.setColor ( Color p1 ) [abstract]  :  void

cdk-1.0.4.jar, LightenCompositeContext.class
package org.apache.batik.ext.awt.image
SVGComposite.LightenCompositeContext.precompose ( Raster p1, Raster p2, WritableRaster p3 )  :  void

cdk-1.0.4.jar, LightenCompositeContext_INT_PACK.class
package org.apache.batik.ext.awt.image
SVGComposite.LightenCompositeContext_INT_PACK.precompose_INT_PACK ( int p1, int p2, int[ ] p3, int p4, int p5, int[ ] p6, int p7, int p8, int[ ] p9, int p10, int p11 )  :  void

cdk-1.0.4.jar, Line3Test.class
package org.xmlcml.euclid.test
Line3Test.assertEquals ( String p1, Line3 p2, Line3 p3, double p4 ) [static]  :  void
Line3Test.assertEquals ( String p1, Point3 p2, Vector3 p3, Line3 p4, double p5 ) [static]  :  void
Line3Test.Line3Test ( )
Line3Test.setUp ( )  :  void
Line3Test.suite ( ) [static]  :  Test
Line3Test.testContainsPoint ( )  :  void
Line3Test.testGetClosestPointTo ( )  :  void
Line3Test.testGetDistanceFromPoint ( )  :  void
Line3Test.testGetIntersectionWith ( )  :  void
Line3Test.testIsAntiparallelTo ( )  :  void
Line3Test.testIsEqualTo ( )  :  void
Line3Test.testIsParallelTo ( )  :  void
Line3Test.testLine3 ( )  :  void
Line3Test.testLine3Line3 ( )  :  void
Line3Test.testLine3Point3Point3 ( )  :  void
Line3Test.testLine3Point3Vector3 ( )  :  void
Line3Test.testNegative ( )  :  void
Line3Test.testTransform ( )  :  void

cdk-1.0.4.jar, LinearGradientPaint.class
package org.apache.batik.ext.awt
LinearGradientPaint.createContext ( ColorModel p1, Rectangle p2, Rectangle2D p3, AffineTransform p4, RenderingHints p5 )  :  PaintContext
LinearGradientPaint.getEndPoint ( )  :  Point2D
LinearGradientPaint.getStartPoint ( )  :  Point2D
LinearGradientPaint.LinearGradientPaint ( float p1, float p2, float p3, float p4, float[ ] p5, Color[ ] p6 )
LinearGradientPaint.LinearGradientPaint ( float p1, float p2, float p3, float p4, float[ ] p5, Color[ ] p6, MultipleGradientPaint.CycleMethodEnum p7 )
LinearGradientPaint.LinearGradientPaint ( Point2D p1, Point2D p2, float[ ] p3, Color[ ] p4 )
LinearGradientPaint.LinearGradientPaint ( Point2D p1, Point2D p2, float[ ] p3, Color[ ] p4, MultipleGradientPaint.CycleMethodEnum p5, MultipleGradientPaint.ColorSpaceEnum p6 )
LinearGradientPaint.LinearGradientPaint ( Point2D p1, Point2D p2, float[ ] p3, Color[ ] p4, MultipleGradientPaint.CycleMethodEnum p5, MultipleGradientPaint.ColorSpaceEnum p6, AffineTransform p7 )

cdk-1.0.4.jar, LinearTransfer.class
package org.apache.batik.ext.awt.image
LinearTransfer.getLookupTable ( )  :  byte[ ]
LinearTransfer.LinearTransfer ( float p1, float p2 )

cdk-1.0.4.jar, Link.class
package org.apache.batik.dom.util
HashTableStack.Link.HashTableStack.Link ( HashTableStack.Link p1 )
package org.apache.batik.util
RunnableQueue.Link.RunnableQueue.Link ( Runnable p1 )
RunnableQueue.Link.unlock ( )  :  void

cdk-1.0.4.jar, ListCollectionDocuments.class
package org.apache.xindice.tools.command
ListCollectionDocuments.execute ( Hashtable table )  :  boolean
ListCollectionDocuments.ListCollectionDocuments ( )

cdk-1.0.4.jar, ListCollections.class
package org.apache.xindice.tools.command
ListCollections.execute ( Hashtable table )  :  boolean
ListCollections.ListCollections ( )

cdk-1.0.4.jar, ListCollectionXMLObjects.class
package org.apache.xindice.tools.command
ListCollectionXMLObjects.execute ( Hashtable table )  :  boolean
ListCollectionXMLObjects.ListCollectionXMLObjects ( )

cdk-1.0.4.jar, ListeningTableModel.class
package org.openscience.cdk.applications.swing
ListeningTableModel.getColumnClass ( int aColumn )  :  Class
ListeningTableModel.getColumnCount ( )  :  int
ListeningTableModel.getColumnName ( int aColumn )  :  String
ListeningTableModel.getRowCount ( )  :  int
ListeningTableModel.getValueAt ( int aRow, int aColumn )  :  Object
ListeningTableModel.isCellEditable ( int row, int column )  :  boolean
ListeningTableModel.ListeningTableModel ( TableModel model )
ListeningTableModel.setValueAt ( Object aValue, int aRow, int aColumn )  :  void
ListeningTableModel.tableChanged ( TableModelEvent event )  :  void

cdk-1.0.4.jar, ListIndexers.class
package org.apache.xindice.tools.command
ListIndexers.execute ( Hashtable table )  :  boolean
ListIndexers.ListIndexers ( )

cdk-1.0.4.jar, LocaleGroup.class
package org.apache.batik.i18n
LocaleGroup.getLocale ( )  :  Locale
LocaleGroup.LocaleGroup ( )
LocaleGroup.setLocale ( Locale p1 )  :  void

cdk-1.0.4.jar, Localizable.class
package org.apache.batik.i18n
Localizable.formatMessage ( String p1, Object[ ] p2 ) [abstract]  :  String
Localizable.getLocale ( ) [abstract]  :  Locale
Localizable.setLocale ( Locale p1 ) [abstract]  :  void

cdk-1.0.4.jar, LocalizableSupport.class
package org.apache.batik.i18n
LocalizableSupport.formatMessage ( String p1, Object[ ] p2 )  :  String
LocalizableSupport.getDefaultLocale ( )  :  Locale
LocalizableSupport.getLocale ( )  :  Locale
LocalizableSupport.getLocaleGroup ( )  :  LocaleGroup
LocalizableSupport.getResourceBundle ( )  :  ResourceBundle
LocalizableSupport.LocalizableSupport ( String p1 )
LocalizableSupport.LocalizableSupport ( String p1, ClassLoader p2 )
LocalizableSupport.setDefaultLocale ( Locale p1 )  :  void
LocalizableSupport.setLocale ( Locale p1 )  :  void
LocalizableSupport.setLocaleGroup ( LocaleGroup p1 )  :  void

cdk-1.0.4.jar, LocalSecurityManager.class
package org.apache.xindice.core.security
LocalSecurityManager.authenticate ( String username, String password )  :  Credentials
LocalSecurityManager.checkAccess ( String resource, int requestedAccess )  :  void
LocalSecurityManager.checkAccess ( String resource, int requestedAccess, Credentials cred )  :  void
LocalSecurityManager.getConfig ( )  :  Configuration
LocalSecurityManager.getName ( )  :  String
LocalSecurityManager.handleCollection ( String base, Configuration config )  :  void
LocalSecurityManager.handleConfig ( String resourceName, Configuration config )  :  void
LocalSecurityManager.LocalSecurityManager ( Database db, boolean disabled )
LocalSecurityManager.logout ( )  :  void
LocalSecurityManager.processChildren ( String resourceName, String childContainer, String child, Configuration config )  :  void
LocalSecurityManager.readConfig ( )  :  void
LocalSecurityManager.setActive ( )  :  void
LocalSecurityManager.setConfig ( Configuration config )  :  void

cdk-1.0.4.jar, LocaTable.class
package org.apache.batik.svggen.font.table
LocaTable.getOffset ( int p1 )  :  int
LocaTable.getType ( )  :  int
LocaTable.init ( int p1, boolean p2 )  :  void
LocaTable.LocaTable ( DirectoryEntry p1, RandomAccessFile p2 )

cdk-1.0.4.jar, LockableLink.class
package org.apache.batik.util
RunnableQueue.LockableLink.isLocked ( )  :  boolean
RunnableQueue.LockableLink.lock ( )  :  void
RunnableQueue.LockableLink.RunnableQueue.LockableLink ( Runnable p1 )
RunnableQueue.LockableLink.unlock ( )  :  void

cdk-1.0.4.jar, LockManager.class
package org.apache.xindice.util
LockManager.acquireExclusiveLock ( long id )  :  void
LockManager.acquireExclusiveLock ( Object key )  :  void
LockManager.acquireSharedLock ( long id )  :  void
LockManager.acquireSharedLock ( Object key )  :  void
LockManager.LockManager ( int maxLocks )
LockManager.releaseExclusiveLock ( long id )  :  void
LockManager.releaseExclusiveLock ( Object key )  :  void
LockManager.releaseSharedLock ( long id )  :  void
LockManager.releaseSharedLock ( Object key )  :  void

cdk-1.0.4.jar, LogManager.class
package org.apache.xindice.server
LogManager.logMessage ( int p1, String p2 ) [abstract]  :  void
LogManager.logMessage ( int p1, String p2, String p3 ) [abstract]  :  void
LogManager.logMessage ( int p1, String p2, String p3, String p4 ) [abstract]  :  void

cdk-1.0.4.jar, LonePairElectronChecker.class
package org.openscience.cdk.tools
LonePairElectronChecker.getAtomTypeFactory ( IChemObjectBuilder builder )  :  AtomTypeFactory
LonePairElectronChecker.LonePairElectronChecker ( String atomTypeList )
LonePairElectronChecker.newSaturate ( IAtom atom, IAtomContainer ac )  :  void
LonePairElectronChecker.newSaturate ( IAtomContainer atomContainer )  :  void

cdk-1.0.4.jar, LongestAliphaticChainDescriptor.class
package org.openscience.cdk.qsar.descriptors.molecular
LongestAliphaticChainDescriptor.breadthFirstSearch ( IAtomContainer container, Vector sphere, Vector path )  :  void

cdk-1.0.4.jar, Lookup.class
package org.apache.batik.svggen.font.table
Lookup.getSubtable ( int p1 )  :  LookupSubtable
Lookup.getSubtableCount ( )  :  int
Lookup.getType ( )  :  int
Lookup.Lookup ( LookupSubtableFactory p1, RandomAccessFile p2, int p3 )

cdk-1.0.4.jar, LookupList.class
package org.apache.batik.svggen.font.table
LookupList.getLookup ( Feature p1, int p2 )  :  Lookup
LookupList.LookupList ( RandomAccessFile p1, int p2, LookupSubtableFactory p3 )

cdk-1.0.4.jar, LookupSubtable.class
package org.apache.batik.svggen.font.table
LookupSubtable.LookupSubtable ( )

cdk-1.0.4.jar, LookupSubtableFactory.class
package org.apache.batik.svggen.font.table
LookupSubtableFactory.read ( int p1, RandomAccessFile p2, int p3 ) [abstract]  :  LookupSubtable

cdk-1.0.4.jar, LRUCache.class
package org.apache.batik.ext.awt.image.rendered
LRUCache.add ( LRUCache.LRUObj p1 )  :  void
LRUCache.flush ( )  :  void
LRUCache.getUsed ( )  :  int
LRUCache.LRUCache ( int p1 )
LRUCache.print ( )  :  void
LRUCache.remove ( LRUCache.LRUObj p1 )  :  void
LRUCache.setSize ( int p1 )  :  void
LRUCache.touch ( LRUCache.LRUObj p1 )  :  void

cdk-1.0.4.jar, LRUNode.class
package org.apache.batik.ext.awt.image.rendered
LRUCache.LRUNode.getObj ( )  :  LRUCache.LRUObj
LRUCache.LRUNode.LRUCache.LRUNode ( LRUCache p1 )
LRUCache.LRUNode.setObj ( LRUCache.LRUObj p1 )  :  void

cdk-1.0.4.jar, LRUObj.class
package org.apache.batik.ext.awt.image.rendered
LRUCache.LRUObj.lruGet ( ) [abstract]  :  LRUCache.LRUNode
LRUCache.LRUObj.lruRemove ( ) [abstract]  :  void
LRUCache.LRUObj.lruSet ( LRUCache.LRUNode p1 ) [abstract]  :  void

cdk-1.0.4.jar, MACiEFormat.class
package org.openscience.cdk.io.formats
MACiEFormat.getFormatName ( )  :  String
MACiEFormat.getInstance ( ) [static]  :  IResourceFormat
MACiEFormat.getMIMEType ( )  :  String
MACiEFormat.getNameExtensions ( )  :  String[ ]
MACiEFormat.getPreferredNameExtension ( )  :  String
MACiEFormat.getReaderClassName ( )  :  String
MACiEFormat.getRequiredDataFeatures ( )  :  int
MACiEFormat.getSupportedDataFeatures ( )  :  int
MACiEFormat.getWriterClassName ( )  :  String
MACiEFormat.isXMLBased ( )  :  boolean
MACiEFormat.matches ( int lineNumber, String line )  :  boolean

cdk-1.0.4.jar, MACiEReader.class
package org.openscience.cdk.io
MACiEReader.accepts ( Class classObject )  :  boolean
MACiEReader.accepts ( IChemObject object )  :  boolean
MACiEReader.close ( )  :  void
MACiEReader.getFormat ( )  :  IResourceFormat
MACiEReader.getIOSettings ( )  :  IOSetting[ ]
MACiEReader.MACiEReader ( )
MACiEReader.MACiEReader ( InputStream input )
MACiEReader.MACiEReader ( Reader in )
MACiEReader.read ( IChemObject object )  :  IChemObject
MACiEReader.setReader ( InputStream input )  :  void
MACiEReader.setReader ( Reader input )  :  void

cdk-1.0.4.jar, MagicNumber.class
package org.apache.batik.ext.awt.image.spi
MagicNumberRegistryEntry.MagicNumber.MagicNumberRegistryEntry.MagicNumber ( int p1, byte[ ] p2 )

cdk-1.0.4.jar, MagicNumberRegistryEntry.class
package org.apache.batik.ext.awt.image.spi
MagicNumberRegistryEntry.getReadlimit ( )  :  int
MagicNumberRegistryEntry.handleStream ( InputStream p1, ParsedURL p2, boolean p3 ) [abstract]  :  Filter
MagicNumberRegistryEntry.isCompatibleStream ( InputStream p1 )  :  boolean
MagicNumberRegistryEntry.MagicNumberRegistryEntry ( String p1, String p2, String p3, int p4, byte[ ] p5 )
MagicNumberRegistryEntry.MagicNumberRegistryEntry ( String p1, String p2, String p3, MagicNumberRegistryEntry.MagicNumber[ ] p4 )
MagicNumberRegistryEntry.MagicNumberRegistryEntry ( String p1, String[ ] p2, String[ ] p3, int p4, byte[ ] p5 )
MagicNumberRegistryEntry.MagicNumberRegistryEntry ( String p1, String[ ] p2, String[ ] p3, MagicNumberRegistryEntry.MagicNumber[ ] p4 )
MagicNumberRegistryEntry.MagicNumberRegistryEntry ( String p1, String[ ] p2, String[ ] p3, MagicNumberRegistryEntry.MagicNumber[ ] p4, float p5 )

cdk-1.0.4.jar, ManagedObject.class
package org.apache.xindice.client.xmldb
ManagedObject.remove ( ) [abstract]  :  void

cdk-1.0.4.jar, ManagerService.class
package org.apache.xindice.server
ManagerService.setServiceManager ( ServiceManager p1 ) [abstract]  :  void

cdk-1.0.4.jar, MapArgs.class
package org.apache.xindice.core.objects
MapArgs.get ( String name )  :  Variant
MapArgs.list ( )  :  String[ ]
MapArgs.MapArgs ( Map map )

cdk-1.0.4.jar, Mapping.class
package org.openscience.cdk
Mapping.relatedChemObjects ( )  :  Iterator

cdk-1.0.4.jar, Matrix.class
package org.openscience.cdk.math
Matrix.add ( Matrix b )  :  Matrix
Matrix.contraction ( )  :  double
Matrix.diagonalize ( int nrot )  :  Matrix
Matrix.duplicate ( )  :  Matrix
Matrix.elimination ( Matrix matrix, Vector vector ) [static]  :  Vector
Matrix.getColumns ( )  :  int
Matrix.getRows ( )  :  int
Matrix.getVectorFromColumn ( int index )  :  Vector
Matrix.getVectorFromDiagonal ( )  :  Vector
Matrix.getVectorFromRow ( int index )  :  Vector
Matrix.Matrix ( double[ ][ ] array )
Matrix.Matrix ( int rows, int columns )
Matrix.mul ( double a )  :  Matrix
Matrix.mul ( Matrix b )  :  Matrix
Matrix.mul ( Vector a )  :  Vector
Matrix.normalize ( Matrix S )  :  Matrix
Matrix.orthonormalize ( Matrix S )  :  Matrix
Matrix.similar ( Matrix U )  :  Matrix
Matrix.sub ( Matrix b )  :  Matrix
Matrix.toString ( )  :  String
Matrix.transpose ( )  :  Matrix

cdk-1.0.4.jar, MatrixTest.class
package org.xmlcml.euclid.test
MatrixTest.assertEquals ( String p1, IntMatrix p2, IntMatrix p3 ) [static]  :  void
MatrixTest.assertEquals ( String p1, RealMatrix p2, RealMatrix p3, double p4 ) [static]  :  void
MatrixTest.MatrixTest ( )
MatrixTest.setUp ( )  :  void
MatrixTest.suite ( ) [static]  :  Test
MatrixTest.testIntMatrix ( )  :  void
MatrixTest.testRealMatrix ( )  :  void

cdk-1.0.4.jar, MaxpTable.class
package org.apache.batik.svggen.font.table
MaxpTable.getMaxComponentDepth ( )  :  int
MaxpTable.getMaxComponentElements ( )  :  int
MaxpTable.getMaxCompositeContours ( )  :  int
MaxpTable.getMaxCompositePoints ( )  :  int
MaxpTable.getMaxContours ( )  :  int
MaxpTable.getMaxFunctionDefs ( )  :  int
MaxpTable.getMaxInstructionDefs ( )  :  int
MaxpTable.getMaxPoints ( )  :  int
MaxpTable.getMaxSizeOfInstructions ( )  :  int
MaxpTable.getMaxStackElements ( )  :  int
MaxpTable.getMaxStorage ( )  :  int
MaxpTable.getMaxTwilightPoints ( )  :  int
MaxpTable.getMaxZones ( )  :  int
MaxpTable.getNumGlyphs ( )  :  int
MaxpTable.getType ( )  :  int
MaxpTable.MaxpTable ( DirectoryEntry p1, RandomAccessFile p2 )

cdk-1.0.4.jar, MD5.class
package org.apache.xindice.util
MD5.md ( String pswd ) [static]  :  String
MD5.MD5 ( )

cdk-1.0.4.jar, MDLConverter.class
package org.xmlcml.cml.legacy.molecule
MDLConverter.getVersion ( )  :  String
MDLConverter.main ( String[ ] args ) [static]  :  void
MDLConverter.MDLConverter ( )
MDLConverter.readMOL ( Reader reader )  :  CMLMolecule
MDLConverter.readXML ( Reader reader )  :  Document
MDLConverter.setVersion ( String version )  :  void
MDLConverter.writeMOL ( Writer writer )  :  void
MDLConverter.writeMOL ( Writer writer, CMLMolecule mol )  :  void
MDLConverter.writeXML ( OutputStream os )  :  void

cdk-1.0.4.jar, MDLConverterTest.class
package org.xmlcml.cml.legacy.molecule.test
MDLConverterTest.main ( String[ ] p1 ) [static]  :  void
MDLConverterTest.MDLConverterTest ( )
MDLConverterTest.suite ( ) [static]  :  Test
MDLConverterTest.testCMLtoMOL ( )  :  void
MDLConverterTest.testCMLtoMOLv3 ( )  :  void
MDLConverterTest.testMOLroundtrip ( )  :  void
MDLConverterTest.testMOLtoCML ( )  :  void
MDLConverterTest.testMOLv3roundtrip ( )  :  void
MDLConverterTest.testMOLv3toCML ( )  :  void

cdk-1.0.4.jar, MDLWriter.class
package org.openscience.cdk.io
MDLWriter.dontWriteAromatic ( )  :  void
MDLWriter.setSdFields ( Map map )  :  void
MDLWriter.writeMolecule ( IMolecule container )  :  void

cdk-1.0.4.jar, MemFiler.class
package org.apache.xindice.core.filer
MemFiler.close ( )  :  boolean
MemFiler.create ( )  :  boolean
MemFiler.deleteRecord ( Key key )  :  boolean
MemFiler.drop ( )  :  boolean
MemFiler.exists ( )  :  boolean
MemFiler.flush ( )  :  void
MemFiler.getName ( )  :  String
MemFiler.getRecordCount ( )  :  long
MemFiler.getRecordSet ( )  :  RecordSet
MemFiler.isOpened ( )  :  boolean
MemFiler.MemFiler ( )
MemFiler.MemFiler ( Map hashTable )
MemFiler.MemFiler ( Map hashTable, boolean readOnly )
MemFiler.open ( )  :  boolean
MemFiler.readRecord ( Key key )  :  Record
MemFiler.setCollection ( Collection collection )  :  void
MemFiler.writeRecord ( Key key, Value value )  :  boolean

cdk-1.0.4.jar, MemoryCacheSeekableStream.class
package org.apache.batik.ext.awt.image.codec
MemoryCacheSeekableStream.canSeekBackwards ( )  :  boolean
MemoryCacheSeekableStream.getFilePointer ( )  :  long
MemoryCacheSeekableStream.MemoryCacheSeekableStream ( InputStream p1 )
MemoryCacheSeekableStream.read ( )  :  int
MemoryCacheSeekableStream.read ( byte[ ] p1, int p2, int p3 )  :  int
MemoryCacheSeekableStream.seek ( long p1 )  :  void

cdk-1.0.4.jar, MergeMoleculesEdit.class
package org.openscience.cdk.applications.undoredo
MergeMoleculesEdit.canRedo ( )  :  boolean
MergeMoleculesEdit.canUndo ( )  :  boolean
MergeMoleculesEdit.getPresentationName ( )  :  String
MergeMoleculesEdit.MergeMoleculesEdit ( IChemModel chemModel, ArrayList undoredoContainer, String type )
MergeMoleculesEdit.redo ( )  :  void
MergeMoleculesEdit.undo ( )  :  void

cdk-1.0.4.jar, Messages.class
package org.apache.batik.ext.swing
Messages.formatMessage ( String p1, Object[ ] p2 ) [static]  :  String
Messages.getLocale ( ) [static]  :  Locale
Messages.getString ( String p1 ) [static]  :  String
Messages.Messages ( )
Messages.setLocale ( Locale p1 ) [static]  :  void
package org.apache.batik.svggen.font
Messages.formatMessage ( String p1, Object[ ] p2 ) [static]  :  String
Messages.getLocale ( ) [static]  :  Locale
Messages.Messages ( )
Messages.setLocale ( Locale p1 ) [static]  :  void
package org.apache.batik.util
Messages.formatMessage ( String p1, Object[ ] p2 ) [static]  :  String
Messages.getCharacter ( String p1 ) [static]  :  int
Messages.getInteger ( String p1 ) [static]  :  int
Messages.getLocale ( ) [static]  :  Locale
Messages.getString ( String p1 ) [static]  :  String
Messages.Messages ( )
Messages.setLocale ( Locale p1 ) [static]  :  void
package org.apache.batik.util.io
Messages.formatMessage ( String p1, Object[ ] p2 ) [static]  :  String
Messages.getLocale ( ) [static]  :  Locale
Messages.Messages ( )
Messages.setLocale ( Locale p1 ) [static]  :  void
package org.apache.batik.util.resources
Messages.formatMessage ( String p1, Object[ ] p2 ) [static]  :  String
Messages.getLocale ( ) [static]  :  Locale
Messages.Messages ( )
Messages.setLocale ( Locale p1 ) [static]  :  void

cdk-1.0.4.jar, MetadataNameAttribute.class
package org.xmlcml.cml.element
MetadataNameAttribute.checkAttribute ( CMLElement element, GenericDictionaryMap dictionaryMap )  :  List
MetadataNameAttribute.MetadataNameAttribute ( )
MetadataNameAttribute.MetadataNameAttribute ( Attribute att )
MetadataNameAttribute.MetadataNameAttribute ( String name, String value )

cdk-1.0.4.jar, MethodNotFoundException.class
package org.apache.xindice.core.objects
MethodNotFoundException.MethodNotFoundException ( )
MethodNotFoundException.MethodNotFoundException ( String message )

cdk-1.0.4.jar, MFAnalyser.class
package org.openscience.cdk.tools
MFAnalyser.analyseAtomContainer ( IAtomContainer ac )  :  String
MFAnalyser.generateElementFormula ( IMolecule mol, String[ ] elements ) [static]  :  String
MFAnalyser.getAtomContainer ( )  :  IAtomContainer
MFAnalyser.getAtomCount ( String thisElement )  :  int
MFAnalyser.getCanonicalMass ( )  :  float
MFAnalyser.getCanonicalMass ( IElement element ) [static]  :  double
MFAnalyser.getDBE ( )  :  float
MFAnalyser.getElementCount ( )  :  int
MFAnalyser.getElements ( )  :  List
MFAnalyser.getFormulaHashtable ( )  :  Map
MFAnalyser.getHeavyAtoms ( )  :  List
MFAnalyser.getHTMLMolecularFormula ( )  :  String
MFAnalyser.getHTMLMolecularFormulaWithCharge ( )  :  String
MFAnalyser.getMass ( )  :  float
MFAnalyser.getMolecularFormula ( )  :  String
MFAnalyser.getNaturalMass ( )  :  float
MFAnalyser.getNaturalMass ( IElement element ) [static]  :  double
MFAnalyser.MFAnalyser ( IAtomContainer ac )
MFAnalyser.MFAnalyser ( IAtomContainer ac, boolean useboth )
MFAnalyser.MFAnalyser ( String MF, IAtomContainer target )
MFAnalyser.removeHydrogensPreserveMultiplyBonded ( )  :  IAtomContainer

cdk-1.0.4.jar, MiscTest.class
package org.xmlcml.cml.element.test
MiscTest.MiscTest ( )
MiscTest.setUp ( )  :  void
MiscTest.suite ( ) [static]  :  Test
MiscTest.testXomText ( )  :  void

cdk-1.0.4.jar, MissingArgumentException.class
package org.apache.commons.cli
MissingArgumentException.MissingArgumentException ( String message )

cdk-1.0.4.jar, MissingOptionException.class
package org.apache.commons.cli
MissingOptionException.MissingOptionException ( String message )

cdk-1.0.4.jar, MM2BasedAtomTypePattern.class
package org.openscience.cdk.modeling.builder3d
MM2BasedAtomTypePattern.getAtomTypePatterns ( )  :  Vector

cdk-1.0.4.jar, MM2BasedParameterSetReader.class
package org.openscience.cdk.modeling.builder3d
MM2BasedParameterSetReader.getAtomTypes ( )  :  Vector
MM2BasedParameterSetReader.getParamterSet ( )  :  Hashtable

cdk-1.0.4.jar, MMFF94BasedAtomTypePattern.class
package org.openscience.cdk.modeling.builder3d
MMFF94BasedAtomTypePattern.getAtomTypePatterns ( )  :  Vector

cdk-1.0.4.jar, MMFF94BasedParameterSetReader.class
package org.openscience.cdk.modeling.builder3d
MMFF94BasedParameterSetReader.getAtomTypes ( )  :  Vector
MMFF94BasedParameterSetReader.getParamterSet ( )  :  Hashtable

cdk-1.0.4.jar, MMFF94EnergyFunction.class
package org.openscience.cdk.modeling.forcefield
MMFF94EnergyFunction.MMFF94EnergyFunction ( IAtomContainer molecule, Hashtable mmff94Tables )

cdk-1.0.4.jar, MMFF94ParametersCall.class
package org.openscience.cdk.modeling.builder3d
MMFF94ParametersCall.getAngleData ( String angleType, String id1, String id2, String id3 )  :  Vector
MMFF94ParametersCall.getBondAngleInteractionData ( String strbndType, String id1, String id2, String id3 )  :  Vector
MMFF94ParametersCall.getBondData ( String code, String id1, String id2 )  :  Vector
MMFF94ParametersCall.getDefaultStretchBendData ( int iR, int jR, int kR )  :  Vector
MMFF94ParametersCall.getTorsionData ( String code, String id1, String id2, String id3, String id4 )  :  Vector
MMFF94ParametersCall.initialize ( Hashtable parameterSet )  :  void

cdk-1.0.4.jar, MoleculeAtomBondTest.class
package org.xmlcml.cml.element.test
MoleculeAtomBondTest.makeCrystal ( )  :  void
MoleculeAtomBondTest.makeMol1 ( )  :  void
MoleculeAtomBondTest.makeMol2 ( )  :  void
MoleculeAtomBondTest.makeMol3 ( )  :  void
MoleculeAtomBondTest.makeMol4 ( )  :  void
MoleculeAtomBondTest.makeMol5 ( )  :  void
MoleculeAtomBondTest.makeMol5a ( )  :  void
MoleculeAtomBondTest.makeMol6 ( )  :  void
MoleculeAtomBondTest.makeMol7 ( )  :  void
MoleculeAtomBondTest.makeMol8 ( )  :  void
MoleculeAtomBondTest.makeMol9 ( )  :  void
MoleculeAtomBondTest.MoleculeAtomBondTest ( )
MoleculeAtomBondTest.setUp ( )  :  void
MoleculeAtomBondTest.testParse ( )  :  void

cdk-1.0.4.jar, MoleculeListPanel.class
package org.openscience.cdk.applications.swing
MoleculeListPanel.addStructure ( MoleculeViewer2D moleculeViewer )  :  void
MoleculeListPanel.addStructure ( MoleculeViewer2D moleculeViewer, String title )  :  void
MoleculeListPanel.clear ( )  :  void
MoleculeListPanel.getMolViewDim ( )  :  Dimension
MoleculeListPanel.MoleculeListPanel ( )
MoleculeListPanel.setMolViewDim ( Dimension molViewDim )  :  void

cdk-1.0.4.jar, MoleculeListViewer.class
package org.openscience.cdk.applications.swing
MoleculeListViewer.addStructure ( IMolecule molecule, boolean generateCoordinates, boolean drawNumbers, String title )  :  void
MoleculeListViewer.addStructure ( IMolecule molecule, String title )  :  void
MoleculeListViewer.addStructure ( IMolecule molecule, String title, boolean generateCoordinates, boolean drawNumbers )  :  void
MoleculeListViewer.addStructure ( MoleculeViewer2D moleculeViewer )  :  void
MoleculeListViewer.addStructure ( MoleculeViewer2D moleculeViewer, String title )  :  void
MoleculeListViewer.clear ( )  :  void
MoleculeListViewer.getMolViewDim ( )  :  Dimension
MoleculeListViewer.main ( String[ ] args ) [static]  :  void
MoleculeListViewer.MoleculeListViewer ( )
MoleculeListViewer.paint ( Graphics graphics )  :  void
MoleculeListViewer.setMolViewDim ( Dimension molViewDim )  :  void

cdk-1.0.4.jar, MoleculeSet.class
package org.openscience.cdk
MoleculeSet.molecules ( )  :  Iterator

cdk-1.0.4.jar, MoleculesTable.class
package org.openscience.cdk.applications.swing
MoleculesTable.display ( )  :  void
MoleculesTable.MoleculesTable ( IMoleculeSet set )
MoleculesTable.stateChanged ( EventObject e )  :  void

cdk-1.0.4.jar, MoleculeTool.class
package org.xmlcml.cml.tools
MoleculeTool.addSuffixToAtomIDs ( String suffix )  :  void
MoleculeTool.addWedgeHatchBond ( CMLAtom atom )  :  void
MoleculeTool.adjustBondOrdersAndChargesToValency ( PiSystemManager piSystemManager )  :  void
MoleculeTool.adjustBondOrdersToValency ( PiSystemManager piSystemManager )  :  void
MoleculeTool.adjustHydrogenCountsToValency ( CMLAtom atom, CMLMolecule.HydrogenControl control )  :  void
MoleculeTool.adjustHydrogenCountsToValency ( CMLMolecule.HydrogenControl control )  :  void
MoleculeTool.appendToId ( CMLAtom atom, String s )  :  void
MoleculeTool.calculate3DCoordinatesForLigands ( CMLAtom atom, int geometry, double length, double angle )  :  CMLAtomSet
MoleculeTool.calculateBondedAtoms ( )  :  void
MoleculeTool.calculateBondLength ( CMLBond bond, CMLElement.CoordinateType type )  :  double
MoleculeTool.calculateBondOrdersFromXYZ3 ( )  :  void
MoleculeTool.calculateBondsToAndJoin ( CMLMolecule molecule2 )  :  boolean
MoleculeTool.contractExplicitHydrogens ( CMLAtom atom, CMLMolecule.HydrogenControl control )  :  void
MoleculeTool.contractExplicitHydrogens ( CMLMolecule.HydrogenControl control )  :  void
MoleculeTool.createMolecule ( CMLMolecule molecule, String[ ] atomIds ) [static]  :  CMLMolecule
MoleculeTool.createPrioritizedLigand ( CMLAtom atom, CMLAtomSet atomSetTool, CMLAtom upstreamAtom )  :  void
MoleculeTool.createValenceLengths ( CMLAtomSet atomSet, boolean calculate, boolean add )  :  List
MoleculeTool.deleteHydrogen ( CMLAtom atom )  :  void
MoleculeTool.distributeMolecularChargeToN4 ( )  :  void
MoleculeTool.expandImplicitHydrogens ( CMLAtom atom, CMLMolecule.HydrogenControl control )  :  void
MoleculeTool.expandImplicitHydrogens ( CMLMolecule.HydrogenControl control )  :  void
MoleculeTool.generateBondIds ( )  :  void
MoleculeTool.getAtomRefs4 ( CMLBond bond )  :  CMLAtom[ ]
MoleculeTool.getAtomSet ( CMLBondSet bondSet )  :  CMLAtomSet
MoleculeTool.getAtomsWithSameMappedNeighbours00 ( AtomMatcher atomMatcher, CMLAtomSet atomSet1, CMLAtomSet atomSet2, CMLMap from1to2map )  :  AtomPair
MoleculeTool.getAverage2DBondLength ( CMLBondSet bondSet, String[ ] excludeElements, String[ ] includeElements )  :  double
MoleculeTool.getAverageBondLength ( CMLElement.CoordinateType type )  :  double
MoleculeTool.getBondOrderSum ( CMLAtom atom )  :  int
MoleculeTool.getBondSet ( CMLAtomSet atomSet )  :  CMLBondSet
MoleculeTool.getClockwiseLigands ( CMLAtom atom, CMLAtom[ ] atom4 )  :  CMLAtom[ ]
MoleculeTool.getClonedMolecule ( CMLAtomSet atomSet, CMLBondSet bondSet )  :  CMLMolecule
MoleculeTool.getDoubleBondEquivalents ( CMLAtom atom, CMLElement.FormalChargeControl fcd )  :  int
MoleculeTool.getDownstreamAtoms ( CMLAtom atom, CMLAtomSet atomSet, CMLAtom otherAtom )  :  void
MoleculeTool.getDownstreamAtoms ( CMLBond bond, CMLAtom atom )  :  CMLAtomSet
MoleculeTool.getGeometricHybridization ( CMLAtom atom )  :  CMLElement.Hybridization
MoleculeTool.getHydrogenValencyGroup ( CMLAtom atom )  :  int
MoleculeTool.getLoneElectronCount ( CMLAtom atom )  :  int
MoleculeTool.getMappedBondViaAtoms ( CMLMap map, CMLBond bond0, CMLMap.Direction toFrom )  :  CMLBond
MoleculeTool.getMaximumId ( String prefix )  :  int
MoleculeTool.getNewLigandsSortedByAtomicNumber ( CMLAtom atom, CMLAtomSet markedAtoms )  :  CMLAtom[ ]
MoleculeTool.getNonHydrogenLigandList ( CMLAtom atom )  :  List
MoleculeTool.getPrioritizedLigand ( CMLAtom atom, CMLAtom ligandAt )  :  CMLAtomSet
MoleculeTool.getPrioritizedLigands ( CMLAtom atom )  :  CMLAtomSet[ ]
MoleculeTool.getSenseOf3Ligands ( CMLAtom atom, CMLAtom[ ] array )  :  double
MoleculeTool.getSubstituentLigandList ( CMLBond bond, CMLAtom atom )  :  List
MoleculeTool.getSumNonHydrogenBondOrder ( CMLAtom atom )  :  int
MoleculeTool.markSpecial ( )  :  void
MoleculeTool.markupCommonMolecules ( )  :  boolean
MoleculeTool.MoleculeTool ( CMLMolecule molecule )
MoleculeTool.removeOverlapping3DAtoms ( CMLMolecule mol, CMLElement.CoordinateType type )  :  void
MoleculeTool.sprout ( CMLAtomSet atomSet )  :  CMLAtomSet
MoleculeTool.transferChargeToFreePiElectrons ( )  :  void

cdk-1.0.4.jar, MoleculeToolTest.class
package org.xmlcml.cml.tools.test
MoleculeToolTest.makeMoleculeTool1 ( )  :  void
MoleculeToolTest.makeMoleculeTool2 ( )  :  void
MoleculeToolTest.makeMoleculeTool3 ( )  :  void
MoleculeToolTest.makeMoleculeTool4 ( )  :  void
MoleculeToolTest.makeMoleculeTool5 ( )  :  void
MoleculeToolTest.makeMoleculeTool5a ( )  :  void
MoleculeToolTest.makeMoleculeTool6 ( )  :  void
MoleculeToolTest.makeMoleculeTool7 ( )  :  void
MoleculeToolTest.makeMoleculeTool8 ( )  :  void
MoleculeToolTest.makeMoleculeTool9 ( )  :  void
MoleculeToolTest.makeMoleculeToolBond0 ( )  :  void
MoleculeToolTest.makeMoleculeToolXmlAtom0 ( )  :  void
MoleculeToolTest.makeMoleculeToolXmlBonds ( )  :  void
MoleculeToolTest.makeMoleculeToolXomAtom0 ( )  :  void
MoleculeToolTest.MoleculeToolTest ( )
MoleculeToolTest.setUp ( )  :  void
MoleculeToolTest.suite ( ) [static]  :  Test
MoleculeToolTest.testAddCoords ( ) [static]  :  void
MoleculeToolTest.testAdjustBondOrdersAndChargesToValency ( )  :  void
MoleculeToolTest.testAdjustBondOrdersToValency ( )  :  void
MoleculeToolTest.testAdjustHydrogenCountsToValency ( )  :  void
MoleculeToolTest.testDeleteHydrogen ( )  :  void
MoleculeToolTest.testDistributeMolecularChargeToN4 ( )  :  void
MoleculeToolTest.testExpandImplicitHydrogens ( )  :  void
MoleculeToolTest.testGetBondOrderSum ( )  :  void
MoleculeToolTest.testGetDoubleBondEquivalents ( )  :  void
MoleculeToolTest.testGetDoubleBonds ( )  :  void
MoleculeToolTest.testGetGeometricHybridization ( )  :  void
MoleculeToolTest.testGetHydrogenLigand ( )  :  void
MoleculeToolTest.testGetHydrogenValencyGroup ( )  :  void
MoleculeToolTest.testGetSumNonHydrogenBondOrder ( )  :  void
MoleculeToolTest.testMarkupCommonMolecules ( )  :  void
MoleculeToolTest.testSetBondOrders ( )  :  void
MoleculeToolTest.testSetGeometricHybridization ( )  :  void
MoleculeToolTest.testSetPreferredBondOrders ( )  :  void
MoleculeToolTest.testTransferChargeToFreePiElectrons ( )  :  void

cdk-1.0.4.jar, MoleculeViewer2D.class
package org.openscience.cdk.applications.swing
MoleculeViewer2D.display ( )  :  void
MoleculeViewer2D.display ( IMolecule molecule, boolean generateCoordinates ) [static]  :  void
MoleculeViewer2D.display ( IMolecule molecule, boolean generateCoordinates, boolean drawNumbers ) [static]  :  void
MoleculeViewer2D.display ( IMolecule molecule, boolean generateCoordinates, boolean drawNumbers, int closeOperation, String title ) [static]  :  void
MoleculeViewer2D.display ( IMolecule molecule, boolean generateCoordinates, String title ) [static]  :  void
MoleculeViewer2D.getAtomContainer ( )  :  IAtomContainer
MoleculeViewer2D.getFrame ( )  :  JFrame
MoleculeViewer2D.getRenderer2DModel ( )  :  Renderer2DModel
MoleculeViewer2D.getViewer ( IMolecule molecule, boolean generateCoordinates, boolean drawNumbers ) [static]  :  MoleculeViewer2D
MoleculeViewer2D.main ( String[ ] args ) [static]  :  void
MoleculeViewer2D.MoleculeViewer2D ( )
MoleculeViewer2D.MoleculeViewer2D ( IAtomContainer atomContainer )
MoleculeViewer2D.MoleculeViewer2D ( IAtomContainer atomContainer, Renderer2DModel r2dm )
MoleculeViewer2D.paint ( Graphics graphics )  :  void
MoleculeViewer2D.setAtomContainer ( IAtomContainer atomContainer )  :  void
MoleculeViewer2D.setFrame ( JFrame frame )  :  void
MoleculeViewer2D.setRenderer2DModel ( Renderer2DModel r2dm )  :  void
MoleculeViewer2D.stateChanged ( EventObject eventObject )  :  void

cdk-1.0.4.jar, MoleculeViewer2DPanel.class
package org.openscience.cdk.applications.swing
MoleculeViewer2DPanel.display ( MoleculeViewer2DPanel moleculeViewer, IMolecule molecule, boolean generateCoordinates ) [static]  :  void
MoleculeViewer2DPanel.display ( MoleculeViewer2DPanel moleculeViewer, IMolecule molecule, boolean generateCoordinates, boolean drawNumbers ) [static]  :  MoleculeViewer2DPanel
MoleculeViewer2DPanel.getAtomContainer ( )  :  IAtomContainer
MoleculeViewer2DPanel.getRenderer2DModel ( )  :  Renderer2DModel
MoleculeViewer2DPanel.main ( String[ ] args ) [static]  :  void
MoleculeViewer2DPanel.MoleculeViewer2DPanel ( )
MoleculeViewer2DPanel.MoleculeViewer2DPanel ( IAtomContainer atomContainer )
MoleculeViewer2DPanel.MoleculeViewer2DPanel ( IAtomContainer atomContainer, Renderer2DModel r2dm )
MoleculeViewer2DPanel.paint ( Graphics graphics )  :  void
MoleculeViewer2DPanel.setAtomContainer ( IAtomContainer atomContainer )  :  void
MoleculeViewer2DPanel.setRenderer2DModel ( Renderer2DModel r2dm )  :  void
MoleculeViewer2DPanel.stateChanged ( EventObject eventObject )  :  void

cdk-1.0.4.jar, Morgan.class
package org.xmlcml.cml.tools
Morgan.getAtomSetList ( )  :  List
Morgan.getMorganList ( )  :  List
Morgan.getNumber ( CMLAtom atom ) [static]  :  int
Morgan.Morgan ( CMLAtomSet atomSet )
Morgan.Morgan ( CMLMolecule molecule )
Morgan.setAlgorithm ( String alg )  :  void

cdk-1.0.4.jar, MorganNumbersTools.class
package org.openscience.cdk.graph.invariant
MorganNumbersTools.getLongMorganNumbers ( IAtomContainer atomContainer ) [static]  :  long[ ]
MorganNumbersTools.getMorganNumbers ( IAtomContainer atomContainer ) [static]  :  int[ ] *DEPRECATED*

cdk-1.0.4.jar, MorphologyOp.class
package org.apache.batik.ext.awt.image.rendered
MorphologyOp.createCompatibleDestImage ( BufferedImage p1, ColorModel p2 )  :  BufferedImage
MorphologyOp.createCompatibleDestRaster ( Raster p1 )  :  WritableRaster
MorphologyOp.filter ( BufferedImage p1, BufferedImage p2 )  :  BufferedImage
MorphologyOp.filter ( Raster p1, WritableRaster p2 )  :  WritableRaster
MorphologyOp.getBounds2D ( BufferedImage p1 )  :  Rectangle2D
MorphologyOp.getBounds2D ( Raster p1 )  :  Rectangle2D
MorphologyOp.getPoint2D ( Point2D p1, Point2D p2 )  :  Point2D
MorphologyOp.getRenderingHints ( )  :  RenderingHints
MorphologyOp.MorphologyOp ( int p1, int p2, boolean p3 )

cdk-1.0.4.jar, MorphologyRable.class
package org.apache.batik.ext.awt.image.renderable
MorphologyRable.getDoDilation ( ) [abstract]  :  boolean
MorphologyRable.getRadiusX ( ) [abstract]  :  double
MorphologyRable.getRadiusY ( ) [abstract]  :  double
MorphologyRable.getSource ( ) [abstract]  :  Filter
MorphologyRable.setDoDilation ( boolean p1 ) [abstract]  :  void
MorphologyRable.setRadiusX ( double p1 ) [abstract]  :  void
MorphologyRable.setRadiusY ( double p1 ) [abstract]  :  void
MorphologyRable.setSource ( Filter p1 ) [abstract]  :  void

cdk-1.0.4.jar, MorphologyRable8Bit.class
package org.apache.batik.ext.awt.image.renderable
MorphologyRable8Bit.createRendering ( RenderContext p1 )  :  RenderedImage
MorphologyRable8Bit.getBounds2D ( )  :  Rectangle2D
MorphologyRable8Bit.getDependencyRegion ( int p1, Rectangle2D p2 )  :  Shape
MorphologyRable8Bit.getDirtyRegion ( int p1, Rectangle2D p2 )  :  Shape
MorphologyRable8Bit.getDoDilation ( )  :  boolean
MorphologyRable8Bit.getRadiusX ( )  :  double
MorphologyRable8Bit.getRadiusY ( )  :  double
MorphologyRable8Bit.getSource ( )  :  Filter
MorphologyRable8Bit.MorphologyRable8Bit ( Filter p1, double p2, double p3, boolean p4 )
MorphologyRable8Bit.setDoDilation ( boolean p1 )  :  void
MorphologyRable8Bit.setRadiusX ( double p1 )  :  void
MorphologyRable8Bit.setRadiusY ( double p1 )  :  void
MorphologyRable8Bit.setSource ( Filter p1 )  :  void

cdk-1.0.4.jar, MouseEventFactory.class
package org.apache.batik.dom.events
DocumentEventSupport.MouseEventFactory.createEvent ( )  :  Event
DocumentEventSupport.MouseEventFactory.DocumentEventSupport.MouseEventFactory ( )

cdk-1.0.4.jar, MoveAtomEdit.class
package org.openscience.cdk.applications.undoredo
MoveAtomEdit.canRedo ( )  :  boolean
MoveAtomEdit.canUndo ( )  :  boolean
MoveAtomEdit.MoveAtomEdit ( IAtomContainer undoRedoContainer, int deltaX, int deltaY, HashMap renderingCoordinates )
MoveAtomEdit.redo ( )  :  void
MoveAtomEdit.undo ( )  :  void

cdk-1.0.4.jar, MultipleGradientPaint.class
package org.apache.batik.ext.awt
MultipleGradientPaint.createContext ( ColorModel p1, Rectangle p2, Rectangle2D p3, AffineTransform p4, RenderingHints p5 ) [abstract]  :  PaintContext
MultipleGradientPaint.getColors ( )  :  Color[ ]
MultipleGradientPaint.getColorSpace ( )  :  MultipleGradientPaint.ColorSpaceEnum
MultipleGradientPaint.getCycleMethod ( )  :  MultipleGradientPaint.CycleMethodEnum
MultipleGradientPaint.getFractions ( )  :  float[ ]
MultipleGradientPaint.getTransform ( )  :  AffineTransform
MultipleGradientPaint.getTransparency ( )  :  int
MultipleGradientPaint.MultipleGradientPaint ( float[ ] p1, Color[ ] p2, MultipleGradientPaint.CycleMethodEnum p3, MultipleGradientPaint.ColorSpaceEnum p4, AffineTransform p5 )

cdk-1.0.4.jar, MultiplyAlphaRed.class
package org.apache.batik.ext.awt.image.rendered
MultiplyAlphaRed.copyData ( WritableRaster p1 )  :  WritableRaster
MultiplyAlphaRed.fixColorModel ( CachableRed p1 ) [static]  :  ColorModel
MultiplyAlphaRed.fixSampleModel ( CachableRed p1 ) [static]  :  SampleModel
MultiplyAlphaRed.INT_PACK_BYTE_COMP_Impl ( WritableRaster p1 )  :  WritableRaster
MultiplyAlphaRed.is_INT_PACK_BYTE_COMP ( SampleModel p1, SampleModel p2 )  :  boolean
MultiplyAlphaRed.makeBounds ( CachableRed p1, CachableRed p2 ) [static]  :  Rectangle
MultiplyAlphaRed.makeList ( CachableRed p1, CachableRed p2 ) [static]  :  List
MultiplyAlphaRed.MultiplyAlphaRed ( CachableRed p1, CachableRed p2 )

cdk-1.0.4.jar, MultiplyCompositeContext.class
package org.apache.batik.ext.awt.image
SVGComposite.MultiplyCompositeContext.precompose ( Raster p1, Raster p2, WritableRaster p3 )  :  void

cdk-1.0.4.jar, MultiplyCompositeContext_INT_PACK.class
package org.apache.batik.ext.awt.image
SVGComposite.MultiplyCompositeContext_INT_PACK.precompose_INT_PACK ( int p1, int p2, int[ ] p3, int p4, int p5, int[ ] p6, int p7, int p8, int[ ] p9, int p10, int p11 )  :  void

cdk-1.0.4.jar, MutationEventFactory.class
package org.apache.batik.dom.events
DocumentEventSupport.MutationEventFactory.createEvent ( )  :  Event
DocumentEventSupport.MutationEventFactory.DocumentEventSupport.MutationEventFactory ( )

cdk-1.0.4.jar, MyImgObs.class
package org.apache.batik.ext.awt.image.spi
JDKRegistryEntry.MyImgObs.clear ( )  :  void
JDKRegistryEntry.MyImgObs.imageUpdate ( Image p1, int p2, int p3, int p4, int p5, int p6 )  :  boolean
JDKRegistryEntry.MyImgObs.JDKRegistryEntry.MyImgObs ( JDKRegistryEntry p1 )
JDKRegistryEntry.MyImgObs.waitTilHeightDone ( )  :  void
JDKRegistryEntry.MyImgObs.waitTilImageDone ( )  :  void
JDKRegistryEntry.MyImgObs.waitTilWidthDone ( )  :  void
JDKRegistryEntry.MyImgObs.waitTilWidthHeightDone ( )  :  void

cdk-1.0.4.jar, Named.class
package org.apache.xindice.util
Named.getName ( ) [abstract]  :  String

cdk-1.0.4.jar, NamedNodeHashMap.class
package org.apache.batik.dom
AbstractElement.NamedNodeHashMap.AbstractElement.NamedNodeHashMap ( AbstractElement p1 )
AbstractElement.NamedNodeHashMap.checkNode ( Node p1 )  :  void
AbstractElement.NamedNodeHashMap.get ( String p1, String p2 )  :  Node
AbstractElement.NamedNodeHashMap.getLength ( )  :  int
AbstractElement.NamedNodeHashMap.getNamedItem ( String p1 )  :  Node
AbstractElement.NamedNodeHashMap.getNamedItemNS ( String p1, String p2 )  :  Node
AbstractElement.NamedNodeHashMap.hashCode ( String p1, String p2 )  :  int
AbstractElement.NamedNodeHashMap.item ( int p1 )  :  Node
AbstractElement.NamedNodeHashMap.put ( String p1, String p2, Node p3 )  :  Node
AbstractElement.NamedNodeHashMap.rehash ( )  :  void
AbstractElement.NamedNodeHashMap.remove ( String p1, String p2 )  :  Node
AbstractElement.NamedNodeHashMap.removeNamedItem ( String p1 )  :  Node
AbstractElement.NamedNodeHashMap.removeNamedItemNS ( String p1, String p2 )  :  Node
AbstractElement.NamedNodeHashMap.setNamedItem ( Node p1 )  :  Node
AbstractElement.NamedNodeHashMap.setNamedItem ( String p1, String p2, Node p3 )  :  Node
AbstractElement.NamedNodeHashMap.setNamedItemNS ( Node p1 )  :  Node

cdk-1.0.4.jar, NamedNodeMapImpl.class
package org.apache.xindice.xml.dom
NamedNodeMapImpl.getNamedItem ( String name )  :  Node
NamedNodeMapImpl.getNamedItemNS ( String namespaceURI, String localName )  :  Node
NamedNodeMapImpl.NamedNodeMapImpl ( NodeImpl owner )
NamedNodeMapImpl.removeNamedItem ( String name )  :  Node
NamedNodeMapImpl.removeNamedItemNS ( String namespaceURI, String localName )  :  Node
NamedNodeMapImpl.setNamedItem ( Node arg )  :  Node
NamedNodeMapImpl.setNamedItemNS ( Node arg )  :  Node

cdk-1.0.4.jar, NamedProfileCache.class
package org.apache.batik.ext.awt.color
NamedProfileCache.clear ( String p1 )  :  void
NamedProfileCache.getDefaultCache ( ) [static]  :  NamedProfileCache
NamedProfileCache.isDone ( String p1 )  :  boolean
NamedProfileCache.isPresent ( String p1 )  :  boolean
NamedProfileCache.NamedProfileCache ( )
NamedProfileCache.put ( String p1, ICCColorSpaceExt p2 )  :  void
NamedProfileCache.request ( String p1 )  :  ICCColorSpaceExt

cdk-1.0.4.jar, NamedVal.class
package org.apache.xindice.client.corba.db
NamedVal.NamedVal ( )
NamedVal.NamedVal ( String nam, String val )

cdk-1.0.4.jar, NamedValHelper.class
package org.apache.xindice.client.corba.db
NamedValHelper.extract ( CORBA.Any a ) [static]  :  NamedVal
NamedValHelper.id ( ) [static]  :  String
NamedValHelper.insert ( CORBA.Any a, NamedVal t ) [static]  :  void
NamedValHelper.NamedValHelper ( )
NamedValHelper.read ( CORBA.portable.InputStream istream ) [static]  :  NamedVal
NamedValHelper.type ( ) [static]  :  CORBA.TypeCode
NamedValHelper.write ( CORBA.portable.OutputStream ostream, NamedVal value ) [static]  :  void

cdk-1.0.4.jar, NamedValHolder.class
package org.apache.xindice.client.corba.db
NamedValHolder._read ( CORBA.portable.InputStream istream )  :  void
NamedValHolder._type ( )  :  CORBA.TypeCode
NamedValHolder._write ( CORBA.portable.OutputStream ostream )  :  void
NamedValHolder.NamedValHolder ( )
NamedValHolder.NamedValHolder ( NamedVal initial )

cdk-1.0.4.jar, NamedValsHelper.class
package org.apache.xindice.client.corba.db
NamedValsHelper.extract ( CORBA.Any a ) [static]  :  NamedVal[ ]
NamedValsHelper.id ( ) [static]  :  String
NamedValsHelper.insert ( CORBA.Any a, NamedVal[ ] t ) [static]  :  void
NamedValsHelper.NamedValsHelper ( )
NamedValsHelper.read ( CORBA.portable.InputStream istream ) [static]  :  NamedVal[ ]
NamedValsHelper.type ( ) [static]  :  CORBA.TypeCode
NamedValsHelper.write ( CORBA.portable.OutputStream ostream, NamedVal[ ] value ) [static]  :  void

cdk-1.0.4.jar, NamedValsHolder.class
package org.apache.xindice.client.corba.db
NamedValsHolder._read ( CORBA.portable.InputStream istream )  :  void
NamedValsHolder._type ( )  :  CORBA.TypeCode
NamedValsHolder._write ( CORBA.portable.OutputStream ostream )  :  void
NamedValsHolder.NamedValsHolder ( )
NamedValsHolder.NamedValsHolder ( NamedVal[ ] initial )

cdk-1.0.4.jar, NameHelper.class
package org.apache.xindice.client.corba.db
NameHelper.extract ( CORBA.Any a ) [static]  :  String
NameHelper.id ( ) [static]  :  String
NameHelper.insert ( CORBA.Any a, String t ) [static]  :  void
NameHelper.NameHelper ( )
NameHelper.read ( CORBA.portable.InputStream istream ) [static]  :  String
NameHelper.type ( ) [static]  :  CORBA.TypeCode
NameHelper.write ( CORBA.portable.OutputStream ostream, String value ) [static]  :  void

cdk-1.0.4.jar, NameIndexer.class
package org.apache.xindice.core.indexer
NameIndexer.add ( String value, Key key, int pos, int len, short elemID, short attrID )  :  void
NameIndexer.flush ( )  :  void
NameIndexer.getConfig ( )  :  Configuration
NameIndexer.getIndexStyle ( )  :  String
NameIndexer.getName ( )  :  String
NameIndexer.getPattern ( )  :  String
NameIndexer.NameIndexer ( )
NameIndexer.queryMatches ( IndexQuery query )  :  IndexMatch[ ]
NameIndexer.remove ( String value, Key key, int pos, int len, short elemID, short attrID )  :  void
NameIndexer.setCollection ( Collection collection )  :  void
NameIndexer.setConfig ( Configuration config )  :  void
NameIndexer.setLocation ( String location )  :  void

cdk-1.0.4.jar, NameRecord.class
package org.apache.batik.svggen.font.table
NameRecord.getEncodingId ( )  :  short
NameRecord.getLanguageId ( )  :  short
NameRecord.getNameId ( )  :  short
NameRecord.getPlatformId ( )  :  short
NameRecord.getRecordString ( )  :  String
NameRecord.loadString ( RandomAccessFile p1, int p2 )  :  void
NameRecord.NameRecord ( RandomAccessFile p1 )

cdk-1.0.4.jar, NamesHelper.class
package org.apache.xindice.client.corba.db
NamesHelper.extract ( CORBA.Any a ) [static]  :  String[ ]
NamesHelper.id ( ) [static]  :  String
NamesHelper.insert ( CORBA.Any a, String[ ] t ) [static]  :  void
NamesHelper.NamesHelper ( )
NamesHelper.read ( CORBA.portable.InputStream istream ) [static]  :  String[ ]
NamesHelper.type ( ) [static]  :  CORBA.TypeCode
NamesHelper.write ( CORBA.portable.OutputStream ostream, String[ ] value ) [static]  :  void

cdk-1.0.4.jar, NamesHolder.class
package org.apache.xindice.client.corba.db
NamesHolder._read ( CORBA.portable.InputStream istream )  :  void
NamesHolder._type ( )  :  CORBA.TypeCode
NamesHolder._write ( CORBA.portable.OutputStream ostream )  :  void
NamesHolder.NamesHolder ( )
NamesHolder.NamesHolder ( String[ ] initial )

cdk-1.0.4.jar, NamespaceMap.class
package org.apache.xindice.xml
NamespaceMap.clearNamespaces ( )  :  void
NamespaceMap.getContextNode ( )  :  Node
NamespaceMap.getDefaultNamespaceURI ( )  :  String
NamespaceMap.getNamespaceURI ( String prefix )  :  String
NamespaceMap.includeNamespaces ( Map nsMap, boolean override )  :  void
NamespaceMap.NamespaceMap ( )
NamespaceMap.removeDefaultNamespace ( )  :  void
NamespaceMap.removeNamespace ( String prefix )  :  void
NamespaceMap.setDefaultNamespace ( String uri )  :  void
NamespaceMap.setNamespace ( String prefix, String uri )  :  void

cdk-1.0.4.jar, NamespaceRefAttribute.class
package org.xmlcml.cml.element
NamespaceRefAttribute.check ( CMLElement element, String name, String attributeName, GenericDictionaryMap dictionaryMap )  :  List
NamespaceRefAttribute.checkAttribute ( CMLElement p1, GenericDictionaryMap p2 ) [abstract]  :  List
NamespaceRefAttribute.checkAttribute ( File file, GenericDictionaryMap dictionaryMap )  :  List
NamespaceRefAttribute.createValue ( String prefix, String value ) [static]  :  String
NamespaceRefAttribute.getDictionary ( GenericDictionaryMap dictionaryMap )  :  GenericDictionary
NamespaceRefAttribute.getElement ( )  :  Element
NamespaceRefAttribute.getEntry ( GenericDictionaryMap dictionaryMap )  :  GenericEntry
NamespaceRefAttribute.getIdRef ( )  :  String
NamespaceRefAttribute.getNamespaceURIString ( )  :  String
NamespaceRefAttribute.getPrefix ( )  :  String
NamespaceRefAttribute.NamespaceRefAttribute ( Attribute att )
NamespaceRefAttribute.NamespaceRefAttribute ( String name )
NamespaceRefAttribute.NamespaceRefAttribute ( String name, String value )
NamespaceRefAttribute.setCMLValue ( String value )  :  void

cdk-1.0.4.jar, NameTable.class
package org.apache.batik.svggen.font.table
NameTable.getRecord ( short p1 )  :  String
NameTable.getType ( )  :  int
NameTable.NameTable ( DirectoryEntry p1, RandomAccessFile p2 )

cdk-1.0.4.jar, NNAtomParity.class
package org.openscience.cdk.nonotify
NNAtomParity.addListener ( IChemObjectListener col )  :  void
NNAtomParity.getBuilder ( )  :  IChemObjectBuilder

cdk-1.0.4.jar, NNBond.class
package org.openscience.cdk.nonotify
NNBond.NNBond ( IAtom atom1, IAtom atom2, double order )
NNBond.NNBond ( IAtom atom1, IAtom atom2, double order, int stereo )

cdk-1.0.4.jar, Node.class
package org.apache.batik.util
DoublyLinkedList.Node.DoublyLinkedList.Node ( )
DoublyLinkedList.Node.getNext ( )  :  DoublyLinkedList.Node
DoublyLinkedList.Node.getPrev ( )  :  DoublyLinkedList.Node
DoublyLinkedList.Node.insertBefore ( DoublyLinkedList.Node p1 )  :  void
DoublyLinkedList.Node.setNext ( DoublyLinkedList.Node p1 )  :  void
DoublyLinkedList.Node.setPrev ( DoublyLinkedList.Node p1 )  :  void
DoublyLinkedList.Node.unlink ( )  :  void

cdk-1.0.4.jar, NodeEventTarget.class
package org.apache.batik.dom.events
NodeEventTarget.getEventSupport ( ) [abstract]  :  EventSupport
NodeEventTarget.getParentNodeEventTarget ( ) [abstract]  :  NodeEventTarget

cdk-1.0.4.jar, NodeImpl.class
package org.apache.xindice.xml.dom
NodeImpl.appendChild ( Node newChild )  :  Node
NodeImpl.checkLoaded ( )  :  void
NodeImpl.checkReadOnly ( )  :  void
NodeImpl.cloneNode ( boolean deep )  :  Node
NodeImpl.expandSource ( )  :  void
NodeImpl.getAttributes ( )  :  NamedNodeMap
NodeImpl.getChildNodes ( )  :  NodeList
NodeImpl.getDataBytes ( )  :  byte[ ]
NodeImpl.getDataLen ( )  :  int
NodeImpl.getDataPos ( )  :  int
NodeImpl.getFirstChild ( )  :  Node
NodeImpl.getKey ( )  :  Object
NodeImpl.getLastChild ( )  :  Node
NodeImpl.getLocalName ( )  :  String
NodeImpl.getNamespaceURI ( )  :  String
NodeImpl.getNextSibling ( )  :  Node
NodeImpl.getNextSibling ( Node node )  :  Node
NodeImpl.getNodeName ( )  :  String
NodeImpl.getNodeType ( ) [abstract]  :  short
NodeImpl.getNodeValue ( )  :  String
NodeImpl.getOwnerDocument ( )  :  Document
NodeImpl.getParentNode ( )  :  Node
NodeImpl.getPrefix ( )  :  String
NodeImpl.getPreviousSibling ( )  :  Node
NodeImpl.getPreviousSibling ( Node node )  :  Node
NodeImpl.getSource ( )  :  NodeSource
NodeImpl.getSymbolID ( )  :  short
NodeImpl.getUserData ( String key )  :  Object
NodeImpl.hasAttributes ( )  :  boolean
NodeImpl.hasChildNodes ( )  :  boolean
NodeImpl.insertBefore ( Node newChild, Node refChild )  :  Node
NodeImpl.isDefined ( )  :  boolean
NodeImpl.isDirty ( )  :  boolean
NodeImpl.isLoaded ( )  :  boolean
NodeImpl.isSameNode ( Node other )  :  boolean
NodeImpl.isSupported ( String feature, String version )  :  boolean
NodeImpl.load ( )  :  void
NodeImpl.lookupDefaultNamespaceURI ( )  :  String
NodeImpl.lookupNamespacePrefix ( String namespaceURI )  :  String
NodeImpl.lookupNamespaceURI ( String prefix )  :  String
NodeImpl.NodeImpl ( )
NodeImpl.NodeImpl ( byte[ ] data, int pos, int len )
NodeImpl.NodeImpl ( NodeImpl parentNode, boolean dirty )
NodeImpl.NodeImpl ( NodeImpl parentNode, byte[ ] data, int pos, int len )
NodeImpl.normalize ( )  :  void
NodeImpl.normalizeNS ( )  :  void
NodeImpl.removeChild ( Node oldChild )  :  Node
NodeImpl.replaceChild ( Node newChild, Node oldChild )  :  Node
NodeImpl.setDataBytes ( byte[ ] data )  :  void
NodeImpl.setDataBytes ( byte[ ] data, int pos, int len )  :  void
NodeImpl.setDataLen ( int len )  :  void
NodeImpl.setDataPos ( int pos )  :  void
NodeImpl.setDirty ( )  :  void
NodeImpl.setNodeName ( String nodeName )  :  void
NodeImpl.setNodeValue ( String nodeValue )  :  void
NodeImpl.setParentNode ( NodeImpl parentNode )  :  void
NodeImpl.setPrefix ( String prefix )  :  void
NodeImpl.setSource ( NodeSource source )  :  void
NodeImpl.setUserData ( Object data, String key )  :  Object
NodeImpl.unload ( )  :  void

cdk-1.0.4.jar, NodeListImpl.class
package org.apache.xindice.xml.dom
NodeListImpl.getLength ( )  :  int
NodeListImpl.item ( int index )  :  Node
NodeListImpl.NodeListImpl ( NodeImpl owner )

cdk-1.0.4.jar, NodeListSet.class
package org.apache.xindice.core.query
NodeListSet.getNextNode ( )  :  Node
NodeListSet.hasMoreNodes ( )  :  boolean
NodeListSet.NodeListSet ( NodeList list )

cdk-1.0.4.jar, NodeSet.class
package org.apache.xindice.core.data
NodeSet.getNextNode ( ) [abstract]  :  Node
NodeSet.hasMoreNodes ( ) [abstract]  :  boolean

cdk-1.0.4.jar, NodeSource.class
package org.apache.xindice.xml
NodeSource.getCanonicalName ( )  :  String
NodeSource.getCollection ( )  :  Collection
NodeSource.getKey ( )  :  Key
NodeSource.NodeSource ( Collection collection )
NodeSource.NodeSource ( Collection collection, Key key )

cdk-1.0.4.jar, NoNotificationChemObjectBuilder.class
package org.openscience.cdk.nonotify
NoNotificationChemObjectBuilder.newBond ( IAtom atom1, IAtom atom2, double order )  :  IBond
NoNotificationChemObjectBuilder.newBond ( IAtom atom1, IAtom atom2, double order, int stereo )  :  IBond

cdk-1.0.4.jar, NormalizingReader.class
package org.apache.batik.util.io
NormalizingReader.getColumn ( ) [abstract]  :  int
NormalizingReader.getLine ( ) [abstract]  :  int
NormalizingReader.NormalizingReader ( )
NormalizingReader.read ( char[ ] p1, int p2, int p3 )  :  int

cdk-1.0.4.jar, NotationImpl.class
package org.apache.xindice.xml.dom
NotationImpl.getNodeType ( )  :  short
NotationImpl.getPublicId ( )  :  String
NotationImpl.getSystemId ( )  :  String
NotationImpl.NotationImpl ( )
NotationImpl.NotationImpl ( NodeImpl parentNode, boolean dirty )
NotationImpl.NotationImpl ( NodeImpl parentNode, byte[ ] data, int pos, int len )

cdk-1.0.4.jar, NumericalSurface.class
package org.openscience.cdk.geometry.surface
NumericalSurface.NumericalSurface ( IAtomContainer atomContainer, double solvent_radius, int tesslevel, String vdwRadiusFile )

cdk-1.0.4.jar, ObjectPool.class
package org.apache.xindice.util
ObjectPool.createObject ( ) [abstract]  :  Poolable
ObjectPool.getObject ( )  :  Poolable
ObjectPool.isEmpty ( )  :  boolean
ObjectPool.ObjectPool ( )
ObjectPool.putObject ( Poolable object )  :  void

cdk-1.0.4.jar, ObjectQueue.class
package org.apache.xindice.util
ObjectQueue.add ( Object value )  :  void
ObjectQueue.clear ( )  :  void
ObjectQueue.isEmpty ( )  :  boolean
ObjectQueue.ObjectQueue ( )
ObjectQueue.peek ( )  :  Object
ObjectQueue.remove ( )  :  Object
ObjectQueue.size ( )  :  int

cdk-1.0.4.jar, ObjectStack.class
package org.apache.xindice.util
ObjectStack.clear ( )  :  void
ObjectStack.isEmpty ( )  :  boolean
ObjectStack.ObjectStack ( )
ObjectStack.peek ( )  :  Object
ObjectStack.pop ( )  :  Object
ObjectStack.push ( Object value )  :  void
ObjectStack.size ( )  :  int

cdk-1.0.4.jar, OffsetRable.class
package org.apache.batik.ext.awt.image.renderable
OffsetRable.getSource ( ) [abstract]  :  Filter
OffsetRable.getXoffset ( ) [abstract]  :  double
OffsetRable.getYoffset ( ) [abstract]  :  double
OffsetRable.setSource ( Filter p1 ) [abstract]  :  void
OffsetRable.setXoffset ( double p1 ) [abstract]  :  void
OffsetRable.setYoffset ( double p1 ) [abstract]  :  void

cdk-1.0.4.jar, OneElectronJob.class
package org.openscience.cdk.math.qm
OneElectronJob.calculate ( )  :  Orbitals
OneElectronJob.getEnergies ( )  :  Vector
OneElectronJob.OneElectronJob ( Orbitals orbitals )

cdk-1.0.4.jar, OperatorContainer.class
package org.openscience.cdk.isomorphism.matchers.smarts
OperatorContainer.addElement ( String str )  :  void
OperatorContainer.hasMoreElements ( )  :  boolean
OperatorContainer.nextElement ( )  :  String
OperatorContainer.OperatorContainer ( )
OperatorContainer.size ( )  :  int

cdk-1.0.4.jar, Option.class
package org.apache.commons.cli
Option.addValue ( String value )  :  boolean
Option.clone ( )  :  Object
Option.getArgName ( )  :  String
Option.getArgs ( )  :  int
Option.getDescription ( )  :  String
Option.getId ( )  :  int
Option.getLongOpt ( )  :  String
Option.getOpt ( )  :  String
Option.getType ( )  :  Object
Option.getValue ( )  :  String
Option.getValue ( int index )  :  String
Option.getValue ( String defaultValue )  :  String
Option.getValues ( )  :  String[ ]
Option.getValueSeparator ( )  :  char
Option.getValuesList ( )  :  List
Option.hasArg ( )  :  boolean
Option.hasArgName ( )  :  boolean
Option.hasArgs ( )  :  boolean
Option.hasLongOpt ( )  :  boolean
Option.hasOptionalArg ( )  :  boolean
Option.isRequired ( )  :  boolean
Option.Option ( String opt, boolean hasArg, String description )
Option.Option ( String opt, String description )
Option.Option ( String opt, String longOpt, boolean hasArg, String description )
Option.setArgName ( String argName )  :  void
Option.setArgs ( int num )  :  void
Option.setLongOpt ( String longOpt )  :  void
Option.setOptionalArg ( boolean optionalArg )  :  void
Option.setRequired ( boolean required )  :  void
Option.setType ( Object type )  :  void
Option.setValueSeparator ( char sep )  :  void
Option.toString ( )  :  String

cdk-1.0.4.jar, OptionBuilder.class
package org.apache.commons.cli
OptionBuilder.create ( ) [static]  :  Option
OptionBuilder.create ( char opt ) [static]  :  Option
OptionBuilder.create ( String opt ) [static]  :  Option
OptionBuilder.hasArg ( ) [static]  :  OptionBuilder
OptionBuilder.hasArg ( boolean hasArg ) [static]  :  OptionBuilder
OptionBuilder.hasArgs ( ) [static]  :  OptionBuilder
OptionBuilder.hasArgs ( int num ) [static]  :  OptionBuilder
OptionBuilder.hasOptionalArg ( ) [static]  :  OptionBuilder
OptionBuilder.hasOptionalArgs ( ) [static]  :  OptionBuilder
OptionBuilder.hasOptionalArgs ( int numArgs ) [static]  :  OptionBuilder
OptionBuilder.isRequired ( ) [static]  :  OptionBuilder
OptionBuilder.isRequired ( boolean required ) [static]  :  OptionBuilder
OptionBuilder.withArgName ( String name ) [static]  :  OptionBuilder
OptionBuilder.withDescription ( String description ) [static]  :  OptionBuilder
OptionBuilder.withLongOpt ( String longopt ) [static]  :  OptionBuilder
OptionBuilder.withType ( Object type ) [static]  :  OptionBuilder
OptionBuilder.withValueSeparator ( ) [static]  :  OptionBuilder
OptionBuilder.withValueSeparator ( char sep ) [static]  :  OptionBuilder

cdk-1.0.4.jar, OptionGroup.class
package org.apache.commons.cli
OptionGroup.addOption ( Option opt )  :  OptionGroup
OptionGroup.getNames ( )  :  Collection
OptionGroup.getOptions ( )  :  Collection
OptionGroup.getSelected ( )  :  String
OptionGroup.isRequired ( )  :  boolean
OptionGroup.OptionGroup ( )
OptionGroup.setRequired ( boolean required )  :  void
OptionGroup.setSelected ( Option opt )  :  void
OptionGroup.toString ( )  :  String

cdk-1.0.4.jar, OptionIOSetting.class
package org.openscience.cdk.io.setting
OptionIOSetting.getOptions ( )  :  Vector
OptionIOSetting.OptionIOSetting ( String name, int level, String question, Vector settings, String defaultSetting )

cdk-1.0.4.jar, Options.class
package org.apache.commons.cli
Options.addOption ( Option opt )  :  Options
Options.addOption ( String opt, boolean hasArg, String description )  :  Options
Options.addOption ( String opt, String longOpt, boolean hasArg, String description )  :  Options
Options.addOptionGroup ( OptionGroup group )  :  Options
Options.getOption ( String opt )  :  Option
Options.getOptionGroup ( Option opt )  :  OptionGroup
Options.getOptions ( )  :  Collection
Options.getRequiredOptions ( )  :  List
Options.hasOption ( String opt )  :  boolean
Options.Options ( )
Options.toString ( )  :  String

cdk-1.0.4.jar, Orbitals.class
package org.openscience.cdk.math.qm
Orbitals.getBasis ( )  :  IBasis
Orbitals.getCoefficients ( )  :  Matrix
Orbitals.getCountBasis ( )  :  int
Orbitals.getCountElectrons ( )  :  int
Orbitals.getCountOrbitals ( )  :  int
Orbitals.getValue ( int index, double x, double y, double z )  :  double
Orbitals.getValues ( int index, Matrix m )  :  Vector
Orbitals.Orbitals ( IBasis basis )
Orbitals.Orbitals ( IBasis basis, Matrix C )
Orbitals.setCoefficients ( Matrix C )  :  void
Orbitals.setCountElectrons ( int count )  :  void

cdk-1.0.4.jar, OrderQueryBond.class
package org.openscience.cdk.isomorphism.matchers
OrderQueryBond.OrderQueryBond ( IQueryAtom atom1, IQueryAtom atom2, double order )
package org.openscience.cdk.isomorphism.matchers.smarts
OrderQueryBond.OrderQueryBond ( )
OrderQueryBond.OrderQueryBond ( IQueryAtom atom1, IQueryAtom atom2, double order )

cdk-1.0.4.jar, Os2Table.class
package org.apache.batik.svggen.font.table
Os2Table.getAvgCharWidth ( )  :  short
Os2Table.getCodePageRange1 ( )  :  int
Os2Table.getCodePageRange2 ( )  :  int
Os2Table.getFamilyClass ( )  :  short
Os2Table.getFirstCharIndex ( )  :  int
Os2Table.getLastCharIndex ( )  :  int
Os2Table.getLicenseType ( )  :  short
Os2Table.getPanose ( )  :  Panose
Os2Table.getSelection ( )  :  short
Os2Table.getStrikeoutPosition ( )  :  short
Os2Table.getStrikeoutSize ( )  :  short
Os2Table.getSubscriptXOffset ( )  :  short
Os2Table.getSubscriptXSize ( )  :  short
Os2Table.getSubscriptYOffset ( )  :  short
Os2Table.getSubscriptYSize ( )  :  short
Os2Table.getSuperscriptXOffset ( )  :  short
Os2Table.getSuperscriptXSize ( )  :  short
Os2Table.getSuperscriptYOffset ( )  :  short
Os2Table.getSuperscriptYSize ( )  :  short
Os2Table.getType ( )  :  int
Os2Table.getTypoAscender ( )  :  short
Os2Table.getTypoDescender ( )  :  short
Os2Table.getTypoLineGap ( )  :  short
Os2Table.getUnicodeRange1 ( )  :  int
Os2Table.getUnicodeRange2 ( )  :  int
Os2Table.getUnicodeRange3 ( )  :  int
Os2Table.getUnicodeRange4 ( )  :  int
Os2Table.getVendorID ( )  :  int
Os2Table.getVersion ( )  :  int
Os2Table.getWeightClass ( )  :  int
Os2Table.getWidthClass ( )  :  int
Os2Table.getWinAscent ( )  :  int
Os2Table.getWinDescent ( )  :  int
Os2Table.Os2Table ( DirectoryEntry p1, RandomAccessFile p2 )

cdk-1.0.4.jar, OutCompositeContext.class
package org.apache.batik.ext.awt.image
SVGComposite.OutCompositeContext.precompose ( Raster p1, Raster p2, WritableRaster p3 )  :  void

cdk-1.0.4.jar, OutCompositeContext_INT_PACK.class
package org.apache.batik.ext.awt.image
SVGComposite.OutCompositeContext_INT_PACK.precompose_INT_PACK ( int p1, int p2, int[ ] p3, int p4, int p5, int[ ] p6, int p7, int p8, int[ ] p9, int p10, int p11 )  :  void

cdk-1.0.4.jar, OverCompositeContext.class
package org.apache.batik.ext.awt.image
SVGComposite.OverCompositeContext.precompose ( Raster p1, Raster p2, WritableRaster p3 )  :  void

cdk-1.0.4.jar, OverCompositeContext_INT_PACK.class
package org.apache.batik.ext.awt.image
SVGComposite.OverCompositeContext_INT_PACK.precompose_INT_PACK ( int p1, int p2, int[ ] p3, int p4, int p5, int[ ] p6, int p7, int p8, int[ ] p9, int p10, int p11 )  :  void

cdk-1.0.4.jar, OverCompositeContext_INT_PACK_NA.class
package org.apache.batik.ext.awt.image
SVGComposite.OverCompositeContext_INT_PACK_NA.precompose_INT_PACK ( int p1, int p2, int[ ] p3, int p4, int p5, int[ ] p6, int p7, int p8, int[ ] p9, int p10, int p11 )  :  void

cdk-1.0.4.jar, OverCompositeContext_INT_PACK_UNPRE.class
package org.apache.batik.ext.awt.image
SVGComposite.OverCompositeContext_INT_PACK_UNPRE.compose ( Raster p1, Raster p2, WritableRaster p3 )  :  void
SVGComposite.OverCompositeContext_INT_PACK_UNPRE.precompose_INT_PACK ( int p1, int p2, int[ ] p3, int p4, int p5, int[ ] p6, int p7, int p8, int[ ] p9, int p10, int p11 )  :  void

cdk-1.0.4.jar, OverCompositeContext_NA.class
package org.apache.batik.ext.awt.image
SVGComposite.OverCompositeContext_NA.precompose ( Raster p1, Raster p2, WritableRaster p3 )  :  void

cdk-1.0.4.jar, PadMode.class
package org.apache.batik.ext.awt.image
PadMode.getMode ( )  :  int

cdk-1.0.4.jar, PadRable.class
package org.apache.batik.ext.awt.image.renderable
PadRable.getPadMode ( ) [abstract]  :  PadMode
PadRable.getPadRect ( ) [abstract]  :  Rectangle2D
PadRable.getSource ( ) [abstract]  :  Filter
PadRable.setPadMode ( PadMode p1 ) [abstract]  :  void
PadRable.setPadRect ( Rectangle2D p1 ) [abstract]  :  void
PadRable.setSource ( Filter p1 ) [abstract]  :  void

cdk-1.0.4.jar, PadRable8Bit.class
package org.apache.batik.ext.awt.image.renderable
PadRable8Bit.createRendering ( RenderContext p1 )  :  RenderedImage
PadRable8Bit.getBounds2D ( )  :  Rectangle2D
PadRable8Bit.getDependencyRegion ( int p1, Rectangle2D p2 )  :  Shape
PadRable8Bit.getDirtyRegion ( int p1, Rectangle2D p2 )  :  Shape
PadRable8Bit.getPadMode ( )  :  PadMode
PadRable8Bit.getPadRect ( )  :  Rectangle2D
PadRable8Bit.getSource ( )  :  Filter
PadRable8Bit.PadRable8Bit ( Filter p1, Rectangle2D p2, PadMode p3 )
PadRable8Bit.paintRable ( Graphics2D p1 )  :  boolean
PadRable8Bit.setPadMode ( PadMode p1 )  :  void
PadRable8Bit.setPadRect ( Rectangle2D p1 )  :  void
PadRable8Bit.setSource ( Filter p1 )  :  void

cdk-1.0.4.jar, PadRed.class
package org.apache.batik.ext.awt.image.rendered
PadRed.copyData ( WritableRaster p1 )  :  WritableRaster
PadRed.fixSampleModel ( CachableRed p1, Rectangle p2 ) [static]  :  SampleModel
PadRed.handleReplicate ( WritableRaster p1 )  :  void
PadRed.handleWrap ( WritableRaster p1 )  :  void
PadRed.handleZero ( WritableRaster p1 )  :  void
PadRed.PadRed ( CachableRed p1, Rectangle p2, PadMode p3, RenderingHints p4 )

cdk-1.0.4.jar, Page.class
package org.apache.xindice.core.filer
Paged.Page.compareTo ( Object o )  :  int
Paged.Page.flush ( )  :  void
Paged.Page.getKey ( )  :  Key
Paged.Page.getPageHeader ( )  :  Paged.PageHeader
Paged.Page.getPageNum ( )  :  long
Paged.Page.Paged.Page ( Paged p1 )
Paged.Page.Paged.Page ( Paged pageNum, long p2 )
Paged.Page.read ( )  :  void
Paged.Page.setKey ( Key key )  :  void
Paged.Page.setPageNum ( long pageNum )  :  void
Paged.Page.streamFrom ( InputStream is )  :  void
Paged.Page.streamTo ( OutputStream os )  :  void
Paged.Page.write ( )  :  void

cdk-1.0.4.jar, Paged.class
package org.apache.xindice.core.filer
Paged.checkOpened ( )  :  void
Paged.close ( )  :  boolean
Paged.create ( )  :  boolean
Paged.createFileHeader ( ) [abstract]  :  Paged.FileHeader
Paged.createFileHeader ( boolean p1 ) [abstract]  :  Paged.FileHeader
Paged.createFileHeader ( long p1 ) [abstract]  :  Paged.FileHeader
Paged.createFileHeader ( long p1, int p2 ) [abstract]  :  Paged.FileHeader
Paged.createPageHeader ( ) [abstract]  :  Paged.PageHeader
Paged.deleteArrayInt ( int[ ] vals, int idx ) [static]  :  int[ ]
Paged.deleteArrayLong ( long[ ] vals, int idx ) [static]  :  long[ ]
Paged.deleteArrayShort ( short[ ] vals, int idx ) [static]  :  short[ ]
Paged.deleteArrayValue ( Value[ ] vals, int idx ) [static]  :  Value[ ]
Paged.drop ( )  :  boolean
Paged.exists ( )  :  boolean
Paged.flush ( )  :  void
Paged.getFile ( )  :  File
Paged.getFileHeader ( )  :  Paged.FileHeader
Paged.getFreePage ( )  :  Paged.Page
Paged.getPage ( Long lp )  :  Paged.Page
Paged.getPage ( long pageNum )  :  Paged.Page
Paged.insertArrayInt ( int[ ] vals, int val, int idx ) [static]  :  int[ ]
Paged.insertArrayLong ( long[ ] vals, long val, int idx ) [static]  :  long[ ]
Paged.insertArrayShort ( short[ ] vals, short val, int idx ) [static]  :  short[ ]
Paged.insertArrayValue ( Value[ ] vals, Value val, int idx ) [static]  :  Value[ ]
Paged.isOpened ( )  :  boolean
Paged.open ( )  :  boolean
Paged.Paged ( )
Paged.Paged ( File file )
Paged.readValue ( long page )  :  Value
Paged.readValue ( Paged.Page page )  :  Value
Paged.setFile ( File file )  :  void
Paged.unlinkPages ( long pageNum )  :  void
Paged.unlinkPages ( Paged.Page page )  :  void
Paged.writeValue ( long page, Value value )  :  void
Paged.writeValue ( Paged.Page page, Value value )  :  void

cdk-1.0.4.jar, PageHeader.class
package org.apache.xindice.core.filer
Paged.PageHeader.getDataLen ( )  :  int
Paged.PageHeader.getKeyHash ( )  :  int
Paged.PageHeader.getKeyLen ( )  :  short
Paged.PageHeader.getNextPage ( )  :  long
Paged.PageHeader.getRecordLen ( )  :  int
Paged.PageHeader.getStatus ( )  :  byte
Paged.PageHeader.isDirty ( )  :  boolean
Paged.PageHeader.Paged.PageHeader ( Paged dis, DataInputStream p2 )
Paged.PageHeader.Paged.PageHeader ( Paged p1 )
Paged.PageHeader.read ( DataInputStream dis )  :  void
Paged.PageHeader.setDataLen ( int dataLen )  :  void
Paged.PageHeader.setDirty ( )  :  void
Paged.PageHeader.setKey ( Key key )  :  void
Paged.PageHeader.setKeyHash ( int keyHash )  :  void
Paged.PageHeader.setKeyLen ( short keyLen )  :  void
Paged.PageHeader.setNextPage ( long nextPage )  :  void
Paged.PageHeader.setRecordLen ( int recordLen )  :  void
Paged.PageHeader.setStatus ( byte status )  :  void
Paged.PageHeader.write ( DataOutputStream dos )  :  void

cdk-1.0.4.jar, PaintRable.class
package org.apache.batik.ext.awt.image.renderable
PaintRable.paintRable ( Graphics2D p1 ) [abstract]  :  boolean

cdk-1.0.4.jar, Palette.class
package org.apache.batik.ext.awt.image.codec
PNGEncodeParam.Palette.getBackgroundPaletteIndex ( )  :  int
PNGEncodeParam.Palette.getPalette ( )  :  int[ ]
PNGEncodeParam.Palette.getPaletteTransparency ( )  :  byte[ ]
PNGEncodeParam.Palette.isBackgroundSet ( )  :  boolean
PNGEncodeParam.Palette.isPaletteSet ( )  :  boolean
PNGEncodeParam.Palette.PNGEncodeParam.Palette ( )
PNGEncodeParam.Palette.setBackgroundPaletteIndex ( int p1 )  :  void
PNGEncodeParam.Palette.setBitDepth ( int p1 )  :  void
PNGEncodeParam.Palette.setPalette ( int[ ] p1 )  :  void
PNGEncodeParam.Palette.setPaletteTransparency ( byte[ ] p1 )  :  void
PNGEncodeParam.Palette.unsetBackground ( )  :  void
PNGEncodeParam.Palette.unsetPalette ( )  :  void

cdk-1.0.4.jar, Panose.class
package org.apache.batik.svggen.font.table
Panose.getArmStyle ( )  :  byte
Panose.getContrast ( )  :  byte
Panose.getFamilyType ( )  :  byte
Panose.getLetterForm ( )  :  byte
Panose.getMidline ( )  :  byte
Panose.getProportion ( )  :  byte
Panose.getSerifStyle ( )  :  byte
Panose.getStrokeVariation ( )  :  byte
Panose.getWeight ( )  :  byte
Panose.getXHeight ( )  :  byte
Panose.Panose ( byte[ ] p1 )
Panose.toString ( )  :  String

cdk-1.0.4.jar, ParameterException.class
package org.apache.xindice.server
ParameterException.getName ( )  :  String
ParameterException.getValue ( )  :  String
ParameterException.ParameterException ( String name, String value, String message )
ParameterException.toString ( )  :  String

cdk-1.0.4.jar, ParentSIAttribute.class
package org.xmlcml.cml.element
ParentSIAttribute.checkAttribute ( CMLElement element, GenericDictionaryMap dictionaryMap )  :  List
ParentSIAttribute.ParentSIAttribute ( )
ParentSIAttribute.ParentSIAttribute ( Attribute att )
ParentSIAttribute.ParentSIAttribute ( String name, String value )

cdk-1.0.4.jar, ParsedURL.class
package org.apache.batik.util
ParsedURL.checkGZIP ( InputStream p1 ) [static]  :  InputStream
ParsedURL.complete ( )  :  boolean
ParsedURL.equals ( Object p1 )  :  boolean
ParsedURL.getContentEncoding ( )  :  String
ParsedURL.getContentType ( )  :  String
ParsedURL.getGlobalUserAgent ( ) [static]  :  String
ParsedURL.getHandler ( String p1 ) [static]  :  ParsedURLProtocolHandler
ParsedURL.getHost ( )  :  String
ParsedURL.getPath ( )  :  String
ParsedURL.getPort ( )  :  int
ParsedURL.getPortStr ( )  :  String
ParsedURL.getProtocol ( )  :  String
ParsedURL.getProtocol ( String p1 ) [static]  :  String
ParsedURL.getRef ( )  :  String
ParsedURL.getUserAgent ( )  :  String
ParsedURL.hashCode ( )  :  int
ParsedURL.openStream ( )  :  InputStream
ParsedURL.openStream ( Iterator p1 )  :  InputStream
ParsedURL.openStream ( String p1 )  :  InputStream
ParsedURL.openStream ( String[ ] p1 )  :  InputStream
ParsedURL.openStreamRaw ( )  :  InputStream
ParsedURL.openStreamRaw ( Iterator p1 )  :  InputStream
ParsedURL.openStreamRaw ( String p1 )  :  InputStream
ParsedURL.openStreamRaw ( String[ ] p1 )  :  InputStream
ParsedURL.ParsedURL ( ParsedURL p1, String p2 )
ParsedURL.ParsedURL ( String p1 )
ParsedURL.ParsedURL ( String p1, String p2 )
ParsedURL.ParsedURL ( URL p1 )
ParsedURL.ParsedURL ( URL p1, String p2 )
ParsedURL.parseURL ( ParsedURL p1, String p2 ) [static]  :  ParsedURLData
ParsedURL.parseURL ( String p1 ) [static]  :  ParsedURLData
ParsedURL.parseURL ( String p1, String p2 ) [static]  :  ParsedURLData
ParsedURL.registerHandler ( ParsedURLProtocolHandler p1 ) [static]  :  void
ParsedURL.sameFile ( ParsedURL p1 )  :  boolean
ParsedURL.setGlobalUserAgent ( String p1 ) [static]  :  void
ParsedURL.setUserAgent ( String p1 )  :  void
ParsedURL.toString ( )  :  String

cdk-1.0.4.jar, ParsedURLData.class
package org.apache.batik.util
ParsedURLData.buildURL ( )  :  URL
ParsedURLData.checkGZIP ( InputStream p1 ) [static]  :  InputStream
ParsedURLData.complete ( )  :  boolean
ParsedURLData.equals ( Object p1 )  :  boolean
ParsedURLData.getContentEncoding ( String p1 )  :  String
ParsedURLData.getContentType ( String p1 )  :  String
ParsedURLData.getPortStr ( )  :  String
ParsedURLData.hashCode ( )  :  int
ParsedURLData.openStream ( String p1, Iterator p2 )  :  InputStream
ParsedURLData.openStreamInternal ( String p1, Iterator p2, Iterator p3 )  :  InputStream
ParsedURLData.openStreamRaw ( String p1, Iterator p2 )  :  InputStream
ParsedURLData.ParsedURLData ( )
ParsedURLData.ParsedURLData ( URL p1 )
ParsedURLData.sameFile ( ParsedURLData p1 )  :  boolean
ParsedURLData.toString ( )  :  String

cdk-1.0.4.jar, ParsedURLDataProtocolHandler.class
package org.apache.batik.util
ParsedURLDataProtocolHandler.ParsedURLDataProtocolHandler ( )
ParsedURLDataProtocolHandler.parseURL ( ParsedURL p1, String p2 )  :  ParsedURLData
ParsedURLDataProtocolHandler.parseURL ( String p1 )  :  ParsedURLData

cdk-1.0.4.jar, ParsedURLDefaultProtocolHandler.class
package org.apache.batik.util
ParsedURLDefaultProtocolHandler.charToHex ( int p1 ) [static]  :  int
ParsedURLDefaultProtocolHandler.constructParsedURLData ( )  :  ParsedURLData
ParsedURLDefaultProtocolHandler.constructParsedURLData ( URL p1 )  :  ParsedURLData
ParsedURLDefaultProtocolHandler.ParsedURLDefaultProtocolHandler ( )
ParsedURLDefaultProtocolHandler.ParsedURLDefaultProtocolHandler ( String p1 )
ParsedURLDefaultProtocolHandler.parseURL ( ParsedURL p1, String p2 )  :  ParsedURLData
ParsedURLDefaultProtocolHandler.parseURL ( String p1 )  :  ParsedURLData
ParsedURLDefaultProtocolHandler.unescapeStr ( String p1 ) [static]  :  String

cdk-1.0.4.jar, ParsedURLJarProtocolHandler.class
package org.apache.batik.util
ParsedURLJarProtocolHandler.ParsedURLJarProtocolHandler ( )
ParsedURLJarProtocolHandler.parseURL ( ParsedURL p1, String p2 )  :  ParsedURLData

cdk-1.0.4.jar, ParsedURLProtocolHandler.class
package org.apache.batik.util
ParsedURLProtocolHandler.getProtocolHandled ( ) [abstract]  :  String
ParsedURLProtocolHandler.parseURL ( ParsedURL p1, String p2 ) [abstract]  :  ParsedURLData
ParsedURLProtocolHandler.parseURL ( String p1 ) [abstract]  :  ParsedURLData

cdk-1.0.4.jar, ParseException.class
package org.apache.commons.cli
ParseException.ParseException ( String message )

cdk-1.0.4.jar, Parser.class
package org.apache.commons.cli
Parser.flatten ( Options p1, String[ ] p2, boolean p3 ) [abstract]  :  String[ ]
Parser.parse ( Options options, String[ ] arguments )  :  CommandLine
Parser.parse ( Options opts, String[ ] arguments, boolean stopAtNonOption )  :  CommandLine
Parser.Parser ( )
Parser.processArgs ( Option opt, ListIterator iter )  :  void

cdk-1.0.4.jar, ParserWrapper.class
package org.xmlcml.cml.element.test
ParserWrapper.getDocumentInfo ( ) [abstract]  :  ParserWrapper.DocumentInfo
ParserWrapper.parse ( String p1 ) [abstract]  :  Document
ParserWrapper.setFeature ( String p1, boolean p2 ) [abstract]  :  void

cdk-1.0.4.jar, PasswordCredentials.class
package org.apache.xindice.core.security
PasswordCredentials.checkGroup ( String group )  :  boolean
PasswordCredentials.getGroups ( )  :  ArrayList
PasswordCredentials.getPassword ( )  :  String
PasswordCredentials.getUsername ( )  :  String
PasswordCredentials.PasswordCredentials ( String username, String password, Database db )
PasswordCredentials.verify ( )  :  void

cdk-1.0.4.jar, PathLength.class
package org.apache.batik.ext.awt.geom
PathLength.angleAtLength ( float p1 )  :  float
PathLength.getPath ( )  :  Shape
PathLength.initialise ( )  :  void
PathLength.lengthOfPath ( )  :  float
PathLength.main ( String[ ] p1 ) [static]  :  void
PathLength.PathLength ( Shape p1 )
PathLength.pointAtLength ( float p1 )  :  Point2D
PathLength.setPath ( Shape p1 )  :  void

cdk-1.0.4.jar, PathSegment.class
package org.apache.batik.ext.awt.geom
PathLength.PathSegment.getLength ( )  :  float
PathLength.PathSegment.getSegType ( )  :  int
PathLength.PathSegment.getX ( )  :  float
PathLength.PathSegment.getY ( )  :  float
PathLength.PathSegment.PathLength.PathSegment ( PathLength p1, int p2, float p3, float p4, float p5 )
PathLength.PathSegment.setLength ( float p1 )  :  void
PathLength.PathSegment.setSegType ( int p1 )  :  void
PathLength.PathSegment.setX ( float p1 )  :  void
PathLength.PathSegment.setY ( float p1 )  :  void

cdk-1.0.4.jar, PathTools.class
package org.openscience.cdk.graph
PathTools.breadthFirstSearch ( IAtomContainer ac, Vector sphere, IMolecule molecule ) [static]  :  void
PathTools.breadthFirstSearch ( IAtomContainer ac, Vector sphere, IMolecule molecule, int max ) [static]  :  void
PathTools.breadthFirstTargetSearch ( IAtomContainer ac, Vector sphere, IAtom target, int pathLength, int cutOff ) [static]  :  int

cdk-1.0.4.jar, PatternOptionBuilder.class
package org.apache.commons.cli
PatternOptionBuilder.getValueClass ( char ch ) [static]  :  Object
PatternOptionBuilder.isValueCode ( char ch ) [static]  :  boolean
PatternOptionBuilder.parsePattern ( String pattern ) [static]  :  Options
PatternOptionBuilder.PatternOptionBuilder ( )

cdk-1.0.4.jar, PDBAtom.class
package org.openscience.cdk.protein.data
PDBAtom.getHetAtom ( )  :  boolean
PDBAtom.getOccupancy ( )  :  double
PDBAtom.getOxt ( )  :  boolean
PDBAtom.getSerial ( )  :  int
PDBAtom.getTempFactor ( )  :  double
PDBAtom.setHetAtom ( boolean newHetAtom )  :  void
PDBAtom.setOccupancy ( double newOccupancy )  :  void
PDBAtom.setOxt ( boolean newOxt )  :  void
PDBAtom.setSerial ( int newSerial )  :  void
PDBAtom.setTempFactor ( double newTempFactor )  :  void

cdk-1.0.4.jar, PDBStructure.class
package org.openscience.cdk.protein.data
PDBStructure.getEndChainID ( )  :  char
PDBStructure.getEndInsertionCode ( )  :  char
PDBStructure.getEndSequenceNumber ( )  :  int
PDBStructure.getStartChainID ( )  :  char
PDBStructure.getStartInsertionCode ( )  :  char
PDBStructure.getStartSequenceNumber ( )  :  int
PDBStructure.setEndChainID ( char endChainID )  :  void
PDBStructure.setEndInsertionCode ( char endInsertionCode )  :  void
PDBStructure.setEndSequenceNumber ( int endSequenceNumber )  :  void
PDBStructure.setStartChainID ( char startChainID )  :  void
PDBStructure.setStartInsertionCode ( char startInsertionCode )  :  void
PDBStructure.setStartSequenceNumber ( int startSequenceNumber )  :  void

cdk-1.0.4.jar, PDBValidator.class
package org.openscience.cdk.validate
PDBValidator.PDBValidator ( )
PDBValidator.validateChemModel ( IChemModel subject )  :  ValidationReport

cdk-1.0.4.jar, PeakSpectrumTest.class
package org.xmlcml.cml.element.test
PeakSpectrumTest.PeakSpectrumTest ( )
PeakSpectrumTest.readSpectrum ( int p1 )  :  CMLSpectrum
PeakSpectrumTest.setUp ( )  :  void
PeakSpectrumTest.testDummy1 ( )  :  void

cdk-1.0.4.jar, PeriodicTableElement.class
package org.openscience.cdk
PeriodicTableElement.configure ( PeriodicTableElement elementPT ) [static]  :  Element
PeriodicTableElement.getGroup ( )  :  String
PeriodicTableElement.getPeriod ( )  :  String
PeriodicTableElement.setGroup ( String group )  :  void
PeriodicTableElement.setPeriod ( String period )  :  void

cdk-1.0.4.jar, PeriodicTablePanel.class
package org.openscience.cdk.applications.swing
PeriodicTablePanel.addCDKChangeListener ( ICDKChangeListener listener )  :  void
PeriodicTablePanel.fireChange ( )  :  void
PeriodicTablePanel.getSelectedElement ( )  :  Element
PeriodicTablePanel.getTextButton ( PeriodicTableElement element, String color )  :  String
PeriodicTablePanel.PeriodicTablePanel ( )
PeriodicTablePanel.removeCDKChangeListener ( ICDKChangeListener listener )  :  void
PeriodicTablePanel.setControlViewer ( int controlViewer )  :  void
PeriodicTablePanel.setSelectedElement ( PeriodicTableElement selectedElement )  :  void

cdk-1.0.4.jar, Permission.class
package org.apache.xindice.core.security
Permission.mapType ( String name ) [static]  :  int
Permission.Permission ( )

cdk-1.0.4.jar, PhantomReferenceCleared.class
package org.apache.batik.util
CleanerThread.PhantomReferenceCleared.CleanerThread.PhantomReferenceCleared ( Object p1 )
CleanerThread.PhantomReferenceCleared.cleared ( ) [abstract]  :  void

cdk-1.0.4.jar, PiSystem.class
package org.xmlcml.cml.tools
PiSystem.generatePiSystemList ( )  :  List
PiSystem.getPiSystemManager ( )  :  PiSystemManager
PiSystem.getSize ( )  :  int
PiSystem.getSortedAtomList ( )  :  List
PiSystem.identifyDoubleBonds ( )  :  List
PiSystem.PiSystem ( List atoms )
PiSystem.PiSystem ( Map piMap )
PiSystem.PiSystem ( MoleculeTool moleculeTool, List atoms )
PiSystem.setPiSystemManager ( PiSystemManager piSystemManager )  :  void
PiSystem.toString ( )  :  String

cdk-1.0.4.jar, PiSystemManager.class
package org.xmlcml.cml.tools
PiSystemManager.getFormalChargeControl ( )  :  CMLElement.FormalChargeControl
PiSystemManager.getKnownCharge ( )  :  int
PiSystemManager.getKnownUnpaired ( )  :  int
PiSystemManager.isDistributeCharge ( )  :  boolean
PiSystemManager.isGuessUnpaired ( )  :  boolean
PiSystemManager.isUpdateBonds ( )  :  boolean
PiSystemManager.PiSystemManager ( )
PiSystemManager.PiSystemManager ( PiSystemManager piSystemManager )
PiSystemManager.setDistributeCharge ( boolean distributeCharge )  :  void
PiSystemManager.setFormalChargeControl ( CMLElement.FormalChargeControl fcd )  :  void
PiSystemManager.setGuessUnpaired ( boolean guessUnpaired )  :  void
PiSystemManager.setKnownCharge ( int knownCharge )  :  void
PiSystemManager.setKnownUnpaired ( int knownUnpaired )  :  void
PiSystemManager.setUpdateBonds ( boolean updateBonds )  :  void

cdk-1.0.4.jar, Plane3Test.class
package org.xmlcml.euclid.test
Plane3Test.assertEquals ( String p1, double[ ] p2, Plane3 p3, double p4 ) [static]  :  void
Plane3Test.assertEquals ( String p1, Plane3 p2, Plane3 p3, double p4 ) [static]  :  void
Plane3Test.Plane3Test ( )
Plane3Test.setUp ( )  :  void
Plane3Test.suite ( ) [static]  :  Test
Plane3Test.testContainsPoint ( )  :  void
Plane3Test.testGetAngleMadeWith ( )  :  void
Plane3Test.testGetClosestPointTo ( )  :  void
Plane3Test.testGetDistance ( )  :  void
Plane3Test.testGetDistanceFromPoint ( )  :  void
Plane3Test.testGetIntersectionWithLine3 ( )  :  void
Plane3Test.testGetIntersectionWithPlane3 ( )  :  void
Plane3Test.testGetIntersectionWithPlane3Plane3 ( )  :  void
Plane3Test.testGetVector ( )  :  void
Plane3Test.testIsAntiparallelTo ( )  :  void
Plane3Test.testIsEqualTo ( )  :  void
Plane3Test.testIsParallelTo ( )  :  void
Plane3Test.testNegative ( )  :  void
Plane3Test.testPlane3 ( )  :  void
Plane3Test.testPlane3DoubleArray ( )  :  void
Plane3Test.testPlane3DoubleArrayDouble ( )  :  void
Plane3Test.testPlane3DoubleDoubleDoubleDouble ( )  :  void
Plane3Test.testPlane3Line3Point3 ( )  :  void
Plane3Test.testPlane3Plane3 ( )  :  void
Plane3Test.testPlane3Point3Point3Point3 ( )  :  void
Plane3Test.testPlane3Vector3Double ( )  :  void
Plane3Test.testSubtract ( )  :  void

cdk-1.0.4.jar, PluginClassLoader.class
package org.openscience.cdk.applications.plugin
PluginClassLoader.loadClass ( String name )  :  Class
PluginClassLoader.PluginClassLoader ( URL url )
PluginClassLoader.PluginClassLoader ( URL url, ClassLoader parent )

cdk-1.0.4.jar, PNGDecodeParam.class
package org.apache.batik.ext.awt.image.codec
PNGDecodeParam.getDisplayExponent ( )  :  float
PNGDecodeParam.getEncodeParam ( )  :  PNGEncodeParam
PNGDecodeParam.getExpandGrayAlpha ( )  :  boolean
PNGDecodeParam.getExpandPalette ( )  :  boolean
PNGDecodeParam.getGenerateEncodeParam ( )  :  boolean
PNGDecodeParam.getOutput8BitGray ( )  :  boolean
PNGDecodeParam.getPerformGammaCorrection ( )  :  boolean
PNGDecodeParam.getSuppressAlpha ( )  :  boolean
PNGDecodeParam.getUserExponent ( )  :  float
PNGDecodeParam.PNGDecodeParam ( )
PNGDecodeParam.setDisplayExponent ( float p1 )  :  void
PNGDecodeParam.setEncodeParam ( PNGEncodeParam p1 )  :  void
PNGDecodeParam.setExpandGrayAlpha ( boolean p1 )  :  void
PNGDecodeParam.setExpandPalette ( boolean p1 )  :  void
PNGDecodeParam.setGenerateEncodeParam ( boolean p1 )  :  void
PNGDecodeParam.setOutput8BitGray ( boolean p1 )  :  void
PNGDecodeParam.setPerformGammaCorrection ( boolean p1 )  :  void
PNGDecodeParam.setSuppressAlpha ( boolean p1 )  :  void
PNGDecodeParam.setUserExponent ( float p1 )  :  void

cdk-1.0.4.jar, PNGEncodeParam.class
package org.apache.batik.ext.awt.image.codec
PNGEncodeParam.addPrivateChunk ( String p1, byte[ ] p2 )  :  void
PNGEncodeParam.filterRow ( byte[ ] p1, byte[ ] p2, byte[ ][ ] p3, int p4, int p5 )  :  int
PNGEncodeParam.getBitDepth ( )  :  int
PNGEncodeParam.getChromaticity ( )  :  float[ ]
PNGEncodeParam.getCompressedText ( )  :  String[ ]
PNGEncodeParam.getDefaultEncodeParam ( RenderedImage p1 ) [static]  :  PNGEncodeParam
PNGEncodeParam.getGamma ( )  :  float
PNGEncodeParam.getICCProfileData ( )  :  byte[ ]
PNGEncodeParam.getInterlacing ( )  :  boolean
PNGEncodeParam.getModificationTime ( )  :  Date
PNGEncodeParam.getNumPrivateChunks ( )  :  int
PNGEncodeParam.getPaletteHistogram ( )  :  int[ ]
PNGEncodeParam.getPhysicalDimension ( )  :  int[ ]
PNGEncodeParam.getPrivateChunkData ( int p1 )  :  byte[ ]
PNGEncodeParam.getPrivateChunkType ( int p1 )  :  String
PNGEncodeParam.getSignificantBits ( )  :  int[ ]
PNGEncodeParam.getSRGBIntent ( )  :  int
PNGEncodeParam.getSuggestedPalette ( )  :  PNGSuggestedPaletteEntry[ ]
PNGEncodeParam.getText ( )  :  String[ ]
PNGEncodeParam.isBackgroundSet ( )  :  boolean
PNGEncodeParam.isChromaticitySet ( )  :  boolean
PNGEncodeParam.isCompressedTextSet ( )  :  boolean
PNGEncodeParam.isGammaSet ( )  :  boolean
PNGEncodeParam.isICCProfileDataSet ( )  :  boolean
PNGEncodeParam.isModificationTimeSet ( )  :  boolean
PNGEncodeParam.isPaletteHistogramSet ( )  :  boolean
PNGEncodeParam.isPhysicalDimensionSet ( )  :  boolean
PNGEncodeParam.isSignificantBitsSet ( )  :  boolean
PNGEncodeParam.isSRGBIntentSet ( )  :  boolean
PNGEncodeParam.isSuggestedPaletteSet ( )  :  boolean
PNGEncodeParam.isTextSet ( )  :  boolean
PNGEncodeParam.isTransparencySet ( )  :  boolean
PNGEncodeParam.paethPredictor ( int p1, int p2, int p3 ) [static]  :  int
PNGEncodeParam.PNGEncodeParam ( )
PNGEncodeParam.removeAllPrivateChunks ( )  :  void
PNGEncodeParam.removeUnsafeToCopyPrivateChunks ( )  :  void
PNGEncodeParam.setBitDepth ( int p1 ) [abstract]  :  void
PNGEncodeParam.setChromaticity ( float p1, float p2, float p3, float p4, float p5, float p6, float p7, float p8 )  :  void
PNGEncodeParam.setChromaticity ( float[ ] p1 )  :  void
PNGEncodeParam.setCompressedText ( String[ ] p1 )  :  void
PNGEncodeParam.setGamma ( float p1 )  :  void
PNGEncodeParam.setICCProfileData ( byte[ ] p1 )  :  void
PNGEncodeParam.setInterlacing ( boolean p1 )  :  void
PNGEncodeParam.setModificationTime ( Date p1 )  :  void
PNGEncodeParam.setPaletteHistogram ( int[ ] p1 )  :  void
PNGEncodeParam.setPhysicalDimension ( int p1, int p2, int p3 )  :  void
PNGEncodeParam.setPhysicalDimension ( int[ ] p1 )  :  void
PNGEncodeParam.setSignificantBits ( int[ ] p1 )  :  void
PNGEncodeParam.setSRGBIntent ( int p1 )  :  void
PNGEncodeParam.setSuggestedPalette ( PNGSuggestedPaletteEntry[ ] p1 )  :  void
PNGEncodeParam.setText ( String[ ] p1 )  :  void
PNGEncodeParam.unsetBackground ( )  :  void
PNGEncodeParam.unsetBitDepth ( )  :  void
PNGEncodeParam.unsetChromaticity ( )  :  void
PNGEncodeParam.unsetCompressedText ( )  :  void
PNGEncodeParam.unsetGamma ( )  :  void
PNGEncodeParam.unsetICCProfileData ( )  :  void
PNGEncodeParam.unsetModificationTime ( )  :  void
PNGEncodeParam.unsetPaletteHistogram ( )  :  void
PNGEncodeParam.unsetPhysicalDimension ( )  :  void
PNGEncodeParam.unsetSignificantBits ( )  :  void
PNGEncodeParam.unsetSRGBIntent ( )  :  void
PNGEncodeParam.unsetSuggestedPalette ( )  :  void
PNGEncodeParam.unsetText ( )  :  void
PNGEncodeParam.unsetTransparency ( )  :  void

cdk-1.0.4.jar, PNGImageDecoder.class
package org.apache.batik.ext.awt.image.codec
PNGImageDecoder.decodeAsRenderedImage ( int p1 )  :  RenderedImage
PNGImageDecoder.PNGImageDecoder ( InputStream p1, PNGDecodeParam p2 )

cdk-1.0.4.jar, PNGImageEncoder.class
package org.apache.batik.ext.awt.image.codec
PNGImageEncoder.encode ( RenderedImage p1 )  :  void
PNGImageEncoder.PNGImageEncoder ( OutputStream p1, PNGEncodeParam p2 )

cdk-1.0.4.jar, PNGRed.class
package org.apache.batik.ext.awt.image.codec
PNGRed.copyData ( WritableRaster p1 )  :  WritableRaster
PNGRed.createComponentColorModel ( SampleModel p1 ) [static]  :  ColorModel
PNGRed.getTile ( int p1, int p2 )  :  Raster
PNGRed.PNGRed ( InputStream p1 )
PNGRed.PNGRed ( InputStream p1, PNGDecodeParam p2 )

cdk-1.0.4.jar, PNGRegistryEntry.class
package org.apache.batik.ext.awt.image.spi
PNGRegistryEntry.handleStream ( InputStream p1, ParsedURL p2, boolean p3 )  :  Filter
PNGRegistryEntry.PNGRegistryEntry ( )

cdk-1.0.4.jar, PNGSuggestedPaletteEntry.class
package org.apache.batik.ext.awt.image.codec
PNGSuggestedPaletteEntry.PNGSuggestedPaletteEntry ( )

cdk-1.0.4.jar, Point.class
package org.apache.batik.svggen.font
Point.Point ( int p1, int p2, boolean p3, boolean p4 )

cdk-1.0.4.jar, Point2.class
package org.xmlcml.euclid
Point2.clone ( double[ ] f )  :  Point2
Point2.clone ( Point2 p )  :  Point2
Point2.divideBy ( double f )  :  Point2
Point2.getArray ( )  :  double[ ]
Point2.getDistanceFromOrigin ( )  :  double
Point2.getDistanceFromPoint ( Point2 p )  :  double
Point2.getMidPoint ( Point2 p2 )  :  Point2
Point2.getSquaredDistanceFromPoint ( Point2 p2 )  :  double
Point2.isEqualTo ( Point2 p )  :  boolean
Point2.plus ( Point2 p )  :  Point2
Point2.plusEquals ( Point2 pt )  :  void
Point2.reflect ( )  :  void
Point2.setElementAt ( int n, double d )  :  void
Point2.subtractEquals ( Point2 pt )  :  void

cdk-1.0.4.jar, Point3.class
package org.xmlcml.euclid
Point3.normaliseCrystallographically ( )  :  Point3

cdk-1.0.4.jar, Point3Test.class
package org.xmlcml.euclid.test
Point3Test.assertEquals ( String p1, double[ ] p2, Point3 p3, double p4 ) [static]  :  void
Point3Test.assertEquals ( String p1, Point3 p2, Point3 p3, double p4 ) [static]  :  void
Point3Test.Point3Test ( )
Point3Test.setUp ( )  :  void
Point3Test.suite ( ) [static]  :  Test
Point3Test.testCalculateFromInternalCoordinates ( )  :  void
Point3Test.testClear ( )  :  void
Point3Test.testDistanceFromLine ( )  :  void
Point3Test.testDistanceFromPlane ( )  :  void
Point3Test.testDivideBy ( )  :  void
Point3Test.testDivideEquals ( )  :  void
Point3Test.testElementAt ( )  :  void
Point3Test.testEqualsCrystallographically ( )  :  void
Point3Test.testGetAngle ( )  :  void
Point3Test.testGetArray ( )  :  void
Point3Test.testGetClosestPointOnLine ( )  :  void
Point3Test.testGetDistanceFromOrigin ( )  :  void
Point3Test.testGetDistanceFromPoint ( )  :  void
Point3Test.testGetMidPoint ( )  :  void
Point3Test.testGetSquaredDistanceFromPoint ( )  :  void
Point3Test.testGetTorsion ( )  :  void
Point3Test.testIsEqualToPoint3 ( )  :  void
Point3Test.testIsEqualToPoint3Double ( )  :  void
Point3Test.testIsInvariant ( )  :  void
Point3Test.testIsOnLine ( )  :  void
Point3Test.testIsOrigin ( )  :  void
Point3Test.testMultiplyBy ( )  :  void
Point3Test.testMultiplyEquals ( )  :  void
Point3Test.testNormaliseCrystallographically ( )  :  void
Point3Test.testPlusEqualsPoint3 ( )  :  void
Point3Test.testPlusEqualsVector3 ( )  :  void
Point3Test.testPlusPoint3 ( )  :  void
Point3Test.testPlusVector3 ( )  :  void
Point3Test.testPoint3 ( )  :  void
Point3Test.testPoint3DoubleArray ( )  :  void
Point3Test.testPoint3DoubleDoubleDouble ( )  :  void
Point3Test.testPoint3Point3 ( )  :  void
Point3Test.testPoint3Vector3 ( )  :  void
Point3Test.testReflect ( )  :  void
Point3Test.testSetElementAt ( )  :  void
Point3Test.testSubtractEqualsPoint3 ( )  :  void
Point3Test.testSubtractEqualsVector3 ( )  :  void
Point3Test.testSubtractPoint3 ( )  :  void
Point3Test.testSubtractVector3 ( )  :  void
Point3Test.testTransform ( )  :  void
Point3Test.testTransformEquals ( )  :  void

cdk-1.0.4.jar, Point3Vector.class
package org.xmlcml.euclid
Point3Vector.inertialAxes ( RealArray eigval, RealSquareMatrix eigvect, EuclidException illCond )  :  void

cdk-1.0.4.jar, Point3VectorTest.class
package org.xmlcml.euclid.test
Point3VectorTest.assertEquals ( String p1, double[ ] p2, Point3Vector p3, double p4 ) [static]  :  void
Point3VectorTest.assertEquals ( String p1, Point3Vector p2, Point3Vector p3, double p4 ) [static]  :  void
Point3VectorTest.Point3VectorTest ( )
Point3VectorTest.setUp ( )  :  void
Point3VectorTest.suite ( ) [static]  :  Test
Point3VectorTest.testAdd ( )  :  void
Point3VectorTest.testAddElement ( )  :  void
Point3VectorTest.testAlign3PointVectors ( )  :  void
Point3VectorTest.testAlignUsing3Points ( )  :  void
Point3VectorTest.testAngleIntIntInt ( )  :  void
Point3VectorTest.testAngleIntSet ( )  :  void
Point3VectorTest.testBestPlane ( )  :  void
Point3VectorTest.testDeviationsFromPlane ( )  :  void
Point3VectorTest.testDistanceIntInt ( )  :  void
Point3VectorTest.testDistanceIntSet ( )  :  void
Point3VectorTest.testElementAt ( )  :  void
Point3VectorTest.testFitTo ( )  :  void
Point3VectorTest.testGet ( )  :  void
Point3VectorTest.testGet3SeparatedPoints ( )  :  void
Point3VectorTest.testGetCentroid ( )  :  void
Point3VectorTest.testGetCoordinateIntAxis3 ( )  :  void
Point3VectorTest.testGetDistanceMatrix ( )  :  void
Point3VectorTest.testGetFurthestPointFrom ( )  :  void
Point3VectorTest.testGetLine ( )  :  void
Point3VectorTest.testGetPoint3 ( )  :  void
Point3VectorTest.testGetPointMakingSmallestAngle ( )  :  void
Point3VectorTest.testGetRange ( )  :  void
Point3VectorTest.testGetRange3 ( )  :  void
Point3VectorTest.testGetSigmaDeltaSquared ( )  :  void
Point3VectorTest.testGetXYZ ( )  :  void
Point3VectorTest.testGetXYZAxis3 ( )  :  void
Point3VectorTest.testInertialAxes ( )  :  void
Point3VectorTest.testInertialTensor ( )  :  void
Point3VectorTest.testMoveToCentroid ( )  :  void
Point3VectorTest.testPlusPoint3Vector ( )  :  void
Point3VectorTest.testPlusVector3 ( )  :  void
Point3VectorTest.testPoint3Vector ( )  :  void
Point3VectorTest.testPoint3VectorDoubleArray ( )  :  void
Point3VectorTest.testPoint3VectorIntDoubleArrayDoubleArrayDoubleArray ( )  :  void
Point3VectorTest.testPoint3VectorPoint3Vector ( )  :  void
Point3VectorTest.testPoint3VectorRealArray ( )  :  void
Point3VectorTest.testRms ( )  :  void
Point3VectorTest.testRoughAlign ( )  :  void
Point3VectorTest.testSetElementAtPoint3Int ( )  :  void
Point3VectorTest.testSetElementAtVector3Int ( )  :  void
Point3VectorTest.testSize ( )  :  void
Point3VectorTest.testSubArray ( )  :  void
Point3VectorTest.testSubtractPoint3Vector ( )  :  void
Point3VectorTest.testSubtractVector3 ( )  :  void
Point3VectorTest.testTorsionIntIntIntInt ( )  :  void
Point3VectorTest.testTorsionIntSet ( )  :  void
Point3VectorTest.testTransformTransform3 ( )  :  void
Point3VectorTest.testTransformTransform3IntSet ( )  :  void

cdk-1.0.4.jar, PointLight.class
package org.apache.batik.ext.awt.image
PointLight.getLight ( double p1, double p2, double p3, double[ ] p4 )  :  void
PointLight.getLightX ( )  :  double
PointLight.getLightY ( )  :  double
PointLight.getLightZ ( )  :  double
PointLight.isConstant ( )  :  boolean
PointLight.PointLight ( double p1, double p2, double p3, Color p4 )

cdk-1.0.4.jar, Polarizability.class
package org.openscience.cdk.charges
Polarizability.calculateBondPolarizability ( IAtomContainer atomContainer, Bond bond )  :  double
Polarizability.calculateGHEffectiveAtomPolarizability ( IAtomContainer atomContainer, IAtom atom, int influenceSphereCutOff )  :  double

cdk-1.0.4.jar, PolarTest.class
package org.xmlcml.euclid.test
PolarTest.main ( String[ ] p1 ) [static]  :  void
PolarTest.PolarTest ( )
PolarTest.setUp ( )  :  void
PolarTest.suite ( ) [static]  :  Test
PolarTest.testDivideBy ( )  :  void
PolarTest.testGetR ( )  :  void
PolarTest.testGetTheta ( )  :  void
PolarTest.testGetX ( )  :  void
PolarTest.testGetXY ( )  :  void
PolarTest.testGetY ( )  :  void
PolarTest.testIsEqualTo ( )  :  void
PolarTest.testMultiplyByDouble ( )  :  void
PolarTest.testMultiplyByPolar ( )  :  void
PolarTest.testPlus ( )  :  void
PolarTest.testPolar ( )  :  void
PolarTest.testPolarComplex ( )  :  void
PolarTest.testPolarDoubleAngle ( )  :  void
PolarTest.testPolarDoubleDouble ( )  :  void
PolarTest.testPolarPolar ( )  :  void
PolarTest.testSubtract ( )  :  void
PolarTest.testSubtractPolar ( )  :  void

cdk-1.0.4.jar, Poolable.class
package org.apache.xindice.util
Poolable.reclaim ( ) [abstract]  :  void
Poolable.setPool ( ObjectPool p1 ) [abstract]  :  void

cdk-1.0.4.jar, PopupController2D.class
package org.openscience.cdk.controller
PopupController2D.getPopupMenu ( Class classSearched )  :  CDKPopupMenu
PopupController2D.mousePressed ( MouseEvent event )  :  void
PopupController2D.PopupController2D ( IChemModel chemModel, Renderer2DModel r2dm )
PopupController2D.PopupController2D ( IChemModel chemModel, Renderer2DModel r2dm, Controller2DModel c2dm )
PopupController2D.PopupController2D ( IChemModel chemModel, Renderer2DModel r2dm, Controller2DModel c2dm, Vector lastAction, JButton moveButton, HashMap funcgroups )
PopupController2D.setPopupMenu ( Class someClass, CDKPopupMenu menu )  :  void

cdk-1.0.4.jar, PosixParser.class
package org.apache.commons.cli
PosixParser.burstToken ( String token, boolean stopAtNonOption )  :  void
PosixParser.flatten ( Options options, String[ ] arguments, boolean stopAtNonOption )  :  String[ ]
PosixParser.PosixParser ( )

cdk-1.0.4.jar, PostTable.class
package org.apache.batik.svggen.font.table
PostTable.getGlyphName ( int p1 )  :  String
PostTable.getType ( )  :  int
PostTable.PostTable ( DirectoryEntry p1, RandomAccessFile p2 )

cdk-1.0.4.jar, PreferenceManager.class
package org.apache.batik.util
PreferenceManager.getBoolean ( String p1 )  :  boolean
PreferenceManager.getColor ( String p1 )  :  Color
PreferenceManager.getDimension ( String p1 )  :  Dimension
PreferenceManager.getFile ( String p1 )  :  File
PreferenceManager.getFiles ( String p1 )  :  File[ ]
PreferenceManager.getFloat ( String p1 )  :  float
PreferenceManager.getFont ( String p1 )  :  Font
PreferenceManager.getInteger ( String p1 )  :  int
PreferenceManager.getPoint ( String p1 )  :  Point
PreferenceManager.getPreferenceDirectory ( ) [static]  :  String
PreferenceManager.getRectangle ( String p1 )  :  Rectangle
PreferenceManager.getString ( String p1 )  :  String
PreferenceManager.getStrings ( String p1 )  :  String[ ]
PreferenceManager.getSystemProperty ( String p1 ) [static]  :  String
PreferenceManager.getURL ( String p1 )  :  URL
PreferenceManager.getURLs ( String p1 )  :  URL[ ]
PreferenceManager.load ( )  :  void
PreferenceManager.PreferenceManager ( String p1 )
PreferenceManager.PreferenceManager ( String p1, Map p2 )
PreferenceManager.save ( )  :  void
PreferenceManager.setBoolean ( String p1, boolean p2 )  :  void
PreferenceManager.setColor ( String p1, Color p2 )  :  void
PreferenceManager.setDimension ( String p1, Dimension p2 )  :  void
PreferenceManager.setFile ( String p1, File p2 )  :  void
PreferenceManager.setFiles ( String p1, File[ ] p2 )  :  void
PreferenceManager.setFloat ( String p1, float p2 )  :  void
PreferenceManager.setFont ( String p1, Font p2 )  :  void
PreferenceManager.setInteger ( String p1, int p2 )  :  void
PreferenceManager.setPoint ( String p1, Point p2 )  :  void
PreferenceManager.setPreferenceDirectory ( String p1 ) [static]  :  void
PreferenceManager.setRectangle ( String p1, Rectangle p2 )  :  void
PreferenceManager.setString ( String p1, String p2 )  :  void
PreferenceManager.setStrings ( String p1, String[ ] p2 )  :  void
PreferenceManager.setURL ( String p1, URL p2 )  :  void
PreferenceManager.setURLs ( String p1, URL[ ] p2 )  :  void

cdk-1.0.4.jar, PreInfo.class
package org.apache.batik.dom.util
SAXDocumentFactory.PreInfo.createNode ( Document p1 ) [abstract]  :  Node

cdk-1.0.4.jar, PrepTable.class
package org.apache.batik.svggen.font.table
PrepTable.getType ( )  :  int
PrepTable.PrepTable ( DirectoryEntry p1, RandomAccessFile p2 )

cdk-1.0.4.jar, ProcessingException.class
package org.apache.xindice.core.query
ProcessingException.ProcessingException ( )
ProcessingException.ProcessingException ( String message )

cdk-1.0.4.jar, ProcessingInstructionImpl.class
package org.apache.xindice.xml.dom
ProcessingInstructionImpl.checkLoaded ( )  :  void
ProcessingInstructionImpl.getData ( )  :  String
ProcessingInstructionImpl.getNodeType ( )  :  short
ProcessingInstructionImpl.getTarget ( )  :  String
ProcessingInstructionImpl.ProcessingInstructionImpl ( )
ProcessingInstructionImpl.ProcessingInstructionImpl ( NodeImpl parentNode, boolean dirty )
ProcessingInstructionImpl.ProcessingInstructionImpl ( NodeImpl parentNode, byte[ ] data, int pos, int len )
ProcessingInstructionImpl.ProcessingInstructionImpl ( NodeImpl parentNode, String nodeName, String nodeValue )
ProcessingInstructionImpl.setData ( String data )  :  void
ProcessingInstructionImpl.setNodeValue ( String nodeValue )  :  void

cdk-1.0.4.jar, ProfileRable.class
package org.apache.batik.ext.awt.image.renderable
ProfileRable.createRendering ( RenderContext p1 )  :  RenderedImage
ProfileRable.getColorSpace ( )  :  ICCColorSpaceExt
ProfileRable.getSource ( )  :  Filter
ProfileRable.ProfileRable ( Filter p1, ICCColorSpaceExt p2 )
ProfileRable.setColorSpace ( ICCColorSpaceExt p1 )  :  void
ProfileRable.setSource ( Filter p1 )  :  void

cdk-1.0.4.jar, ProfileRed.class
package org.apache.batik.ext.awt.image.rendered
ProfileRed.copyData ( WritableRaster p1 )  :  WritableRaster
ProfileRed.getSource ( )  :  CachableRed
ProfileRed.ProfileRed ( CachableRed p1, ICCColorSpaceExt p2 )

cdk-1.0.4.jar, Program.class
package org.apache.batik.svggen.font.table
Program.getInstructions ( )  :  short[ ]
Program.Program ( )
Program.readInstructions ( ByteArrayInputStream p1, int p2 )  :  void
Program.readInstructions ( RandomAccessFile p1, int p2 )  :  void

cdk-1.0.4.jar, PropertyUtil.class
package org.apache.batik.ext.awt.image.codec
PropertyUtil.getString ( String p1 ) [static]  :  String
PropertyUtil.PropertyUtil ( )

cdk-1.0.4.jar, ProteinPocketFinder.class
package org.openscience.cdk.protein
ProteinPocketFinder.clusterPSPPocket ( Point3d root, Vector sub_Pocket, int[ ] dim )  :  Vector
ProteinPocketFinder.getPockets ( )  :  Vector

cdk-1.0.4.jar, PseudoAtom.class
package org.openscience.cdk
PseudoAtom.setCharge ( double charge )  :  void
PseudoAtom.setExactMass ( double mass )  :  void
PseudoAtom.setFormalCharge ( int charge )  :  void
PseudoAtom.setHydrogenCount ( int hydrogenCount )  :  void
PseudoAtom.setStereoParity ( int stereoParity )  :  void

cdk-1.0.4.jar, PseudoAtomEditor.class
package org.openscience.cdk.applications.swing.editor
PseudoAtomEditor.applyChanges ( )  :  void
PseudoAtomEditor.PseudoAtomEditor ( )
PseudoAtomEditor.setChemObject ( IChemObject object )  :  void

cdk-1.0.4.jar, PUT.class
package org.apache.xindice.server.methods
PUT.getAccessMethods ( )  :  int
PUT.PUT ( )
PUT.run ( Gateway gateway )  :  void
PUT.setConfig ( Configuration config )  :  void

cdk-1.0.4.jar, Quaternion.class
package org.openscience.cdk.math
Quaternion.add ( Quaternion q )  :  Quaternion
Quaternion.div ( Quaternion q )  :  Quaternion
Quaternion.fromRotationMatrix ( Matrix m ) [static]  :  Quaternion
Quaternion.mag ( )  :  double
Quaternion.mag_sq ( )  :  double
Quaternion.mul ( double v )  :  Quaternion
Quaternion.mul ( Quaternion q )  :  Quaternion
Quaternion.negate ( )  :  Quaternion
Quaternion.normalize ( )  :  Quaternion
Quaternion.Quaternion ( )
Quaternion.Quaternion ( double a, double b, double c, double d )
Quaternion.Quaternion ( double latitude, double longitude, double angle )
Quaternion.Quaternion ( Vector axis, double angle )
Quaternion.sqrt ( )  :  Quaternion
Quaternion.sub ( Quaternion q )  :  Quaternion
Quaternion.toRotationMatrix ( )  :  Matrix
Quaternion.toString ( )  :  String

cdk-1.0.4.jar, Query.class
package org.apache.xindice.core.query
Query.execute ( ) [abstract]  :  NodeSet
Query.getKeySet ( ) [abstract]  :  Key[ ]
Query.getNamespaceMap ( ) [abstract]  :  NamespaceMap
Query.getQueryContext ( ) [abstract]  :  Collection
Query.getQueryString ( ) [abstract]  :  String
Query.getQueryStyle ( ) [abstract]  :  String

cdk-1.0.4.jar, QueryAtomContainer.class
package org.openscience.cdk.isomorphism.matchers
QueryAtomContainer.setOperator ( String ID )  :  void

cdk-1.0.4.jar, QueryEngine.class
package org.apache.xindice.core.query
QueryEngine.andKeySets ( Key[ ][ ] keySets ) [static]  :  Key[ ]
QueryEngine.compileQuery ( Collection col, String style, String query, NamespaceMap nsMap, Key[ ] keys )  :  Query
QueryEngine.expandEntities ( String value ) [static]  :  String
QueryEngine.getDatabase ( )  :  Database
QueryEngine.getUniqueKeys ( IndexMatch[ ] matches ) [static]  :  Key[ ]
QueryEngine.listStyles ( )  :  String[ ]
QueryEngine.normalizeString ( String value ) [static]  :  String
QueryEngine.orKeySets ( Key[ ][ ] keySets ) [static]  :  Key[ ]
QueryEngine.query ( Collection col, String style, String query, NamespaceMap nsMap, Key[ ] keys )  :  NodeSet
QueryEngine.QueryEngine ( Database db )
QueryEngine.setConfig ( Configuration config )  :  void

cdk-1.0.4.jar, QueryException.class
package org.apache.xindice.core.query
QueryException.QueryException ( int faultCode )
QueryException.QueryException ( int faultCode, String message )

cdk-1.0.4.jar, QueryResolver.class
package org.apache.xindice.core.query
QueryResolver.compileQuery ( Collection p1, String p2, NamespaceMap p3, Key[ ] p4 ) [abstract]  :  Query
QueryResolver.getQueryStyle ( ) [abstract]  :  String
QueryResolver.query ( Collection p1, String p2, NamespaceMap p3, Key[ ] p4 ) [abstract]  :  NodeSet
QueryResolver.setQueryEngine ( QueryEngine p1 ) [abstract]  :  void

cdk-1.0.4.jar, RadialGradientPaint.class
package org.apache.batik.ext.awt
RadialGradientPaint.createContext ( ColorModel p1, Rectangle p2, Rectangle2D p3, AffineTransform p4, RenderingHints p5 )  :  PaintContext
RadialGradientPaint.getCenterPoint ( )  :  Point2D
RadialGradientPaint.getFocusPoint ( )  :  Point2D
RadialGradientPaint.getRadius ( )  :  float
RadialGradientPaint.RadialGradientPaint ( float p1, float p2, float p3, float p4, float p5, float[ ] p6, Color[ ] p7 )
RadialGradientPaint.RadialGradientPaint ( float p1, float p2, float p3, float[ ] p4, Color[ ] p5 )
RadialGradientPaint.RadialGradientPaint ( Point2D p1, float p2, float[ ] p3, Color[ ] p4 )
RadialGradientPaint.RadialGradientPaint ( Point2D p1, float p2, Point2D p3, float[ ] p4, Color[ ] p5 )
RadialGradientPaint.RadialGradientPaint ( Point2D p1, float p2, Point2D p3, float[ ] p4, Color[ ] p5, MultipleGradientPaint.CycleMethodEnum p6, MultipleGradientPaint.ColorSpaceEnum p7 )
RadialGradientPaint.RadialGradientPaint ( Point2D p1, float p2, Point2D p3, float[ ] p4, Color[ ] p5, MultipleGradientPaint.CycleMethodEnum p6, MultipleGradientPaint.ColorSpaceEnum p7, AffineTransform p8 )
RadialGradientPaint.RadialGradientPaint ( Rectangle2D p1, float[ ] p2, Color[ ] p3 )

cdk-1.0.4.jar, RadicalSiteInitiationHReaction.class
package org.openscience.cdk.reaction.type
RadicalSiteInitiationHReaction.cleanFlagBOND ( IAtomContainer ac )  :  void
RadicalSiteInitiationHReaction.cleanFlagReactiveCenter ( IAtomContainer ac )  :  void
RadicalSiteInitiationHReaction.getParameterNames ( )  :  String[ ]
RadicalSiteInitiationHReaction.getParameters ( )  :  Object[ ]
RadicalSiteInitiationHReaction.getParameterType ( String name )  :  Object
RadicalSiteInitiationHReaction.setParameters ( Object[ ] params )  :  void

cdk-1.0.4.jar, RadicalSiteInitiationReaction.class
package org.openscience.cdk.reaction.type
RadicalSiteInitiationReaction.cleanFlagBOND ( IAtomContainer ac )  :  void
RadicalSiteInitiationReaction.getParameterNames ( )  :  String[ ]
RadicalSiteInitiationReaction.getParameters ( )  :  Object[ ]
RadicalSiteInitiationReaction.getParameterType ( String name )  :  Object
RadicalSiteInitiationReaction.setParameters ( Object[ ] params )  :  void

cdk-1.0.4.jar, RandomNumbersTool.class
package org.openscience.cdk.math
RandomNumbersTool.exponentialFloat ( float mean ) [static]  :  float

cdk-1.0.4.jar, RangeRecord.class
package org.apache.batik.svggen.font.table
RangeRecord.getCoverageIndex ( int p1 )  :  int
RangeRecord.isInRange ( int p1 )  :  boolean
RangeRecord.RangeRecord ( RandomAccessFile p1 )

cdk-1.0.4.jar, RDFCalculator.class
package org.openscience.cdk.geometry
RDFCalculator.calculate ( AtomContainer container, Atom atom )  :  double[ ]

cdk-1.0.4.jar, RDFConverter.class
package org.xmlcml.cml.legacy.react
RDFConverter.getVersion ( )  :  String
RDFConverter.main ( String[ ] args ) [static]  :  void
RDFConverter.output ( Writer writer )  :  String
RDFConverter.RDFConverter ( )
RDFConverter.RDFConverter ( String id )
RDFConverter.read ( Document doc, LineNumberReader br )  :  Document
RDFConverter.read ( LineNumberReader br )  :  Document
RDFConverter.readFileHeader ( LineNumberReader br )  :  void
RDFConverter.writeData ( Writer writer )  :  String

cdk-1.0.4.jar, Reaction.class
package org.openscience.cdk
Reaction.addProduct ( IMolecule product, double coefficient )  :  void
Reaction.addReactant ( IMolecule reactant, double coefficient )  :  void
Reaction.getDirection ( )  :  int
Reaction.getProductCoefficient ( IMolecule product )  :  double
Reaction.getProductCoefficients ( )  :  double[ ]
Reaction.getReactantCoefficient ( IMolecule reactant )  :  double
Reaction.getReactantCoefficients ( )  :  double[ ]
Reaction.mappings ( )  :  Iterator
Reaction.setDirection ( int direction )  :  void
Reaction.setProductCoefficient ( IMolecule product, double coefficient )  :  boolean
Reaction.setProductCoefficients ( double[ ] coefficients )  :  boolean
Reaction.setReactantCoefficient ( IMolecule reactant, double coefficient )  :  boolean
Reaction.setReactantCoefficients ( double[ ] coefficients )  :  boolean

cdk-1.0.4.jar, ReactionAllTestBase.class
package org.xmlcml.cml.element.test
ReactionAllTestBase.makeMultiProductReactantLists ( )  :  void
ReactionAllTestBase.makeXmlReact2 ( )  :  void
ReactionAllTestBase.ReactionAllTestBase ( )
ReactionAllTestBase.setUp ( )  :  void

cdk-1.0.4.jar, ReactionComponent.class
package org.xmlcml.cml.element
ReactionComponent.getReactionComponentChildren ( ) [abstract]  :  List
ReactionComponent.getReactionComponentDescendants ( ) [abstract]  :  List

cdk-1.0.4.jar, ReactionEditor.class
package org.openscience.cdk.applications.swing.editor
ReactionEditor.applyChanges ( )  :  void
ReactionEditor.ReactionEditor ( )
ReactionEditor.setChemObject ( IChemObject object )  :  void

cdk-1.0.4.jar, ReactionManipulator.class
package org.openscience.cdk.tools.manipulator
ReactionManipulator.getAllIDs ( IReaction reaction ) [static]  :  Vector

cdk-1.0.4.jar, ReactionSet.class
package org.openscience.cdk
ReactionSet.reactions ( )  :  Iterator

cdk-1.0.4.jar, ReactionTool.class
package org.xmlcml.cml.tools
ReactionTool.analyzeReaction ( )  :  String
ReactionTool.getAggregateFormula ( ReactionComponent prodReact ) [static]  :  CMLFormula
ReactionTool.getAtoms ( CMLElement element ) [static]  :  List
ReactionTool.getBonds ( CMLElement element ) [static]  :  List
ReactionTool.getMolecules ( CMLElement element ) [static]  :  List
ReactionTool.getMoleculesIncludingSpectators ( String reactantProduct )  :  List
ReactionTool.mapReactantsToProducts ( CMLReaction reaction, String control )  :  CMLList
ReactionTool.outputBalance ( Writer w )  :  void
ReactionTool.outputReaction ( Writer w )  :  void
ReactionTool.partitionIntoMolecules ( )  :  void
ReactionTool.ReactionTool ( CMLReaction reaction )
ReactionTool.translateSpectatorProductsToReactants ( CMLSpectatorList spectatorList )  :  void

cdk-1.0.4.jar, ReactionToolTest.class
package org.xmlcml.cml.tools.test
ReactionToolTest.ReactionToolTest ( )
ReactionToolTest.setUp ( )  :  void
ReactionToolTest.suite ( ) [static]  :  Test
ReactionToolTest.testGetMoleculesIncludingSpectators ( )  :  void
ReactionToolTest.testMapReactantsToProducts ( )  :  void
ReactionToolTest.testMatchProductsToNextReactants ( )  :  void
ReactionToolTest.testMoveReactantProductToSpectator ( )  :  void
ReactionToolTest.testOutputBalance ( )  :  void
ReactionToolTest.testOutputReaction ( )  :  void
ReactionToolTest.testPartitionIntoMolecules ( )  :  void
ReactionToolTest.testProductReactantGetFormula ( )  :  void
ReactionToolTest.testSplitAndReorganizeMolecules ( )  :  void
ReactionToolTest.testTranslateProductsToReactants ( )  :  void

cdk-1.0.4.jar, ReaderFactory.class
package org.openscience.cdk.io
ReaderFactory.createReader ( IChemFormat format )  :  IChemObjectReader
ReaderFactory.createReader ( InputStream input )  :  IChemObjectReader
ReaderFactory.createReader ( Reader input )  :  IChemObjectReader
ReaderFactory.guessFormat ( BufferedReader input )  :  IChemFormat
ReaderFactory.guessFormat ( InputStream input )  :  IChemFormat

cdk-1.0.4.jar, ReadOnlyException.class
package org.apache.xindice.util
ReadOnlyException.ReadOnlyException ( )
ReadOnlyException.ReadOnlyException ( String message )
ReadOnlyException.ReadOnlyException ( String message, Throwable wrapped )

cdk-1.0.4.jar, Real2ArrayTest.class
package org.xmlcml.euclid.test
Real2ArrayTest.Real2ArrayTest ( )
Real2ArrayTest.setUp ( )  :  void
Real2ArrayTest.suite ( ) [static]  :  Test
Real2ArrayTest.testElementAt ( )  :  void
Real2ArrayTest.testGetRange2 ( )  :  void
Real2ArrayTest.testGetXArray ( )  :  void
Real2ArrayTest.testGetYArray ( )  :  void
Real2ArrayTest.testReal2Array ( )  :  void
Real2ArrayTest.testReal2ArrayRealArrayRealArray ( )  :  void
Real2ArrayTest.testSize ( )  :  void

cdk-1.0.4.jar, Real2RangeTest.class
package org.xmlcml.euclid.test
Real2RangeTest.Real2RangeTest ( )
Real2RangeTest.setUp ( )  :  void
Real2RangeTest.suite ( ) [static]  :  Test
Real2RangeTest.testAdd ( )  :  void
Real2RangeTest.testGetXRange ( )  :  void
Real2RangeTest.testGetYRange ( )  :  void
Real2RangeTest.testIncludesReal2 ( )  :  void
Real2RangeTest.testIncludesReal2Range ( )  :  void
Real2RangeTest.testIntersectionWith ( )  :  void
Real2RangeTest.testIsEqualTo ( )  :  void
Real2RangeTest.testIsValid ( )  :  void
Real2RangeTest.testPlus ( )  :  void
Real2RangeTest.testReal2Range ( )  :  void
Real2RangeTest.testReal2RangeReal2Range ( )  :  void
Real2RangeTest.testReal2RangeRealRangeRealRange ( )  :  void

cdk-1.0.4.jar, Real2Test.class
package org.xmlcml.euclid.test
Real2Test.assertEquals ( String p1, double[ ] p2, Real2 p3, double p4 ) [static]  :  void
Real2Test.assertEquals ( String p1, Real2 p2, Real2 p3, double p4 ) [static]  :  void
Real2Test.Real2Test ( )
Real2Test.setUp ( )  :  void
Real2Test.suite ( ) [static]  :  Test
Real2Test.testClear ( )  :  void
Real2Test.testDotProduct ( )  :  void
Real2Test.testElementAt ( )  :  void
Real2Test.testGetAngle ( )  :  void
Real2Test.testGetAngleReal2Real2Real2 ( )  :  void
Real2Test.testGetCentroid ( )  :  void
Real2Test.testGetDistance ( )  :  void
Real2Test.testGetDistanceMatrix ( )  :  void
Real2Test.testGetLength ( )  :  void
Real2Test.testGetMidPoint ( )  :  void
Real2Test.testGetSerialOfNearestPoint ( )  :  void
Real2Test.testGetSquaredDistance ( )  :  void
Real2Test.testGetTransformed ( )  :  void
Real2Test.testGetUnitVector ( )  :  void
Real2Test.testGetX ( )  :  void
Real2Test.testGetY ( )  :  void
Real2Test.testIsEqualTo ( )  :  void
Real2Test.testMakePoint ( )  :  void
Real2Test.testMultiplyBy ( )  :  void
Real2Test.testNegative ( )  :  void
Real2Test.testPlus ( )  :  void
Real2Test.testReal2 ( )  :  void
Real2Test.testReal2Real2 ( )  :  void
Real2Test.testReal2RealReal ( )  :  void
Real2Test.testSetX ( )  :  void
Real2Test.testSetY ( )  :  void
Real2Test.testSortAscending ( )  :  void
Real2Test.testSortDescending ( )  :  void
Real2Test.testSubtract ( )  :  void
Real2Test.testSwap ( )  :  void
Real2Test.testToString ( )  :  void
Real2Test.testTransformBy ( )  :  void

cdk-1.0.4.jar, Real2VectorTest.class
package org.xmlcml.euclid.test
Real2VectorTest.assertEquals ( String p1, double[ ] p2, Real2Vector p3, double p4 ) [static]  :  void
Real2VectorTest.assertEquals ( String p1, Real2Vector p2, Real2Vector p3, double p4 ) [static]  :  void
Real2VectorTest.Real2VectorTest ( )
Real2VectorTest.setUp ( )  :  void
Real2VectorTest.suite ( ) [static]  :  Test
Real2VectorTest.testAdd ( )  :  void
Real2VectorTest.testAngleIntIntInt ( )  :  void
Real2VectorTest.testAngleIntSet ( )  :  void
Real2VectorTest.testDistanceIntInt ( )  :  void
Real2VectorTest.testDistanceIntSet ( )  :  void
Real2VectorTest.testGetCentroid ( )  :  void
Real2VectorTest.testGetClosestPoint ( )  :  void
Real2VectorTest.testGetCoordinate ( )  :  void
Real2VectorTest.testGetDistanceMatrix ( )  :  void
Real2VectorTest.testGetPoint ( )  :  void
Real2VectorTest.testGetRange ( )  :  void
Real2VectorTest.testGetRange2 ( )  :  void
Real2VectorTest.testGetReal2 ( )  :  void
Real2VectorTest.testGetSerialOfNearestPoint ( )  :  void
Real2VectorTest.testGetSquaredDifference ( )  :  void
Real2VectorTest.testGetSquaredDistances ( )  :  void
Real2VectorTest.testGetXorY ( )  :  void
Real2VectorTest.testGetXY ( )  :  void
Real2VectorTest.testMultiplyBy ( )  :  void
Real2VectorTest.testPlus ( )  :  void
Real2VectorTest.testReal2Vector ( )  :  void
Real2VectorTest.testReal2VectorDoubleArray ( )  :  void
Real2VectorTest.testReal2VectorIntDoubleArrayDoubleArray ( )  :  void
Real2VectorTest.testReal2VectorReal2Vector ( )  :  void
Real2VectorTest.testReal2VectorRealArray ( )  :  void
Real2VectorTest.testRegularPolygon ( )  :  void
Real2VectorTest.testRotateAboutCentroid ( )  :  void
Real2VectorTest.testSet ( )  :  void
Real2VectorTest.testSortAscending ( )  :  void
Real2VectorTest.testSubArray ( )  :  void
Real2VectorTest.testSubSet ( )  :  void
Real2VectorTest.testSubtract ( )  :  void
Real2VectorTest.testSwapXY ( )  :  void
Real2VectorTest.testTransformBy ( )  :  void
Real2VectorTest.testTranslateBy ( )  :  void

cdk-1.0.4.jar, Real3RangeTest.class
package org.xmlcml.euclid.test
Real3RangeTest.Real3RangeTest ( )
Real3RangeTest.setUp ( )  :  void
Real3RangeTest.suite ( ) [static]  :  Test
Real3RangeTest.testAddAxis3Double ( )  :  void
Real3RangeTest.testAddPoint3 ( )  :  void
Real3RangeTest.testGetXYZRange ( )  :  void
Real3RangeTest.testIncludes ( )  :  void
Real3RangeTest.testIsEqualTo ( )  :  void
Real3RangeTest.testPlus ( )  :  void
Real3RangeTest.testReal3Range ( )  :  void
Real3RangeTest.testReal3RangeReal3Range ( )  :  void
Real3RangeTest.testReal3RangeRealRangeRealRangeRealRange ( )  :  void

cdk-1.0.4.jar, RealArrayTest.class
package org.xmlcml.euclid.test
RealArrayTest.assertEquals ( String p1, double[ ] p2, RealArray p3, double p4 ) [static]  :  void
RealArrayTest.assertEquals ( String p1, RealArray p2, RealArray p3, double p4 ) [static]  :  void
RealArrayTest.main ( String[ ] p1 ) [static]  :  void
RealArrayTest.RealArrayTest ( )
RealArrayTest.setUp ( )  :  void
RealArrayTest.suite ( ) [static]  :  Test
RealArrayTest.testAbsSumAllElements ( )  :  void
RealArrayTest.testAddArray ( )  :  void
RealArrayTest.testAddElement ( )  :  void
RealArrayTest.testAddScalar ( )  :  void
RealArrayTest.testApplyFilter ( )  :  void
RealArrayTest.testClearArray ( )  :  void
RealArrayTest.testCumulativeSum ( )  :  void
RealArrayTest.testDeleteElement ( )  :  void
RealArrayTest.testDeleteElementsIntInt ( )  :  void
RealArrayTest.testDotProduct ( )  :  void
RealArrayTest.testElementAt ( )  :  void
RealArrayTest.testEqualsRealArrayDouble ( )  :  void
RealArrayTest.testEuclideanLength ( )  :  void
RealArrayTest.testGetArray ( )  :  void
RealArrayTest.testGetFilter ( )  :  void
RealArrayTest.testGetMax ( )  :  void
RealArrayTest.testGetMin ( )  :  void
RealArrayTest.testGetRange ( )  :  void
RealArrayTest.testGetReorderedArray ( )  :  void
RealArrayTest.testGetReverseArray ( )  :  void
RealArrayTest.testGetStringValues ( )  :  void
RealArrayTest.testGetSubArray ( )  :  void
RealArrayTest.testIndexOfLargestElement ( )  :  void
RealArrayTest.testIndexOfSmallestElement ( )  :  void
RealArrayTest.testIndexSortAscending ( )  :  void
RealArrayTest.testIndexSortDescending ( )  :  void
RealArrayTest.testInnerProduct ( )  :  void
RealArrayTest.testInRange ( )  :  void
RealArrayTest.testInsertArray ( )  :  void
RealArrayTest.testInsertElementAt ( )  :  void
RealArrayTest.testIsClear ( )  :  void
RealArrayTest.testIsEqualTo ( )  :  void
RealArrayTest.testLargestElement ( )  :  void
RealArrayTest.testMultiplyBy ( )  :  void
RealArrayTest.testNegative ( )  :  void
RealArrayTest.testOutOfRange ( )  :  void
RealArrayTest.testPlus ( )  :  void
RealArrayTest.testPlusEquals ( )  :  void
RealArrayTest.testRealArray ( )  :  void
RealArrayTest.testRealArrayDoubleArray ( )  :  void
RealArrayTest.testRealArrayInt ( )  :  void
RealArrayTest.testRealArrayIntArray ( )  :  void
RealArrayTest.testRealArrayIntDouble ( )  :  void
RealArrayTest.testRealArrayIntDoubleArray ( )  :  void
RealArrayTest.testRealArrayIntDoubleDouble ( )  :  void
RealArrayTest.testRealArrayIntStringDouble ( )  :  void
RealArrayTest.testRealArrayRealArray ( )  :  void
RealArrayTest.testRealArrayRealArrayIntArray ( )  :  void
RealArrayTest.testRealArrayRealArrayIntInt ( )  :  void
RealArrayTest.testRealArrayString ( )  :  void
RealArrayTest.testRealArrayStringArray ( )  :  void
RealArrayTest.testReverse ( )  :  void
RealArrayTest.testRms ( )  :  void
RealArrayTest.testSetAllElements ( )  :  void
RealArrayTest.testSetElementAt ( )  :  void
RealArrayTest.testSetElements ( )  :  void
RealArrayTest.testSize ( )  :  void
RealArrayTest.testSmallestElement ( )  :  void
RealArrayTest.testSortAscending ( )  :  void
RealArrayTest.testSortDescending ( )  :  void
RealArrayTest.testSubtract ( )  :  void
RealArrayTest.testSubtractEquals ( )  :  void
RealArrayTest.testSumAllElements ( )  :  void
RealArrayTest.testTrim ( )  :  void
RealArrayTest.testUnitVector ( )  :  void

cdk-1.0.4.jar, RealMatrixTest.class
package org.xmlcml.euclid.test
RealMatrixTest.assertEquals ( String p1, int p2, int p3, double[ ] p4, RealMatrix p5, double p6 ) [static]  :  void
RealMatrixTest.assertEquals ( String p1, RealMatrix p2, RealMatrix p3, double p4 ) [static]  :  void
RealMatrixTest.RealMatrixTest ( )
RealMatrixTest.setUp ( )  :  void
RealMatrixTest.suite ( ) [static]  :  Test
RealMatrixTest.testAppendColumnDataRealArray ( )  :  void
RealMatrixTest.testAppendColumnDataRealMatrix ( )  :  void
RealMatrixTest.testAppendRowDataRealArray ( )  :  void
RealMatrixTest.testAppendRowDataRealMatrix ( )  :  void
RealMatrixTest.testClearMatrix ( )  :  void
RealMatrixTest.testColumnwiseDivide ( )  :  void
RealMatrixTest.testDeleteColumn ( )  :  void
RealMatrixTest.testDeleteColumns ( )  :  void
RealMatrixTest.testDeleteRow ( )  :  void
RealMatrixTest.testDeleteRows ( )  :  void
RealMatrixTest.testElementAtInt2 ( )  :  void
RealMatrixTest.testElementAtIntInt ( )  :  void
RealMatrixTest.testElementsInRange ( )  :  void
RealMatrixTest.testEuclideanColumnLength ( )  :  void
RealMatrixTest.testEuclideanColumnLengths ( )  :  void
RealMatrixTest.testEuclideanRowLength ( )  :  void
RealMatrixTest.testEuclideanRowLengths ( )  :  void
RealMatrixTest.testExtractColumnData ( )  :  void
RealMatrixTest.testExtractColumns ( )  :  void
RealMatrixTest.testExtractRowData ( )  :  void
RealMatrixTest.testExtractRows ( )  :  void
RealMatrixTest.testExtractSubMatrixData ( )  :  void
RealMatrixTest.testGetFormat ( )  :  void
RealMatrixTest.testGetIntMatrix ( )  :  void
RealMatrixTest.testGetMatrix ( )  :  void
RealMatrixTest.testGetMatrixAsArray ( )  :  void
RealMatrixTest.testGetRowsCols ( )  :  void
RealMatrixTest.testGetTranspose ( )  :  void
RealMatrixTest.testIndexOfLargestElement ( )  :  void
RealMatrixTest.testIndexOfLargestElementInColumn ( )  :  void
RealMatrixTest.testIndexOfLargestElementInRow ( )  :  void
RealMatrixTest.testIndexOfSmallestElement ( )  :  void
RealMatrixTest.testIndexOfSmallestElementInColumn ( )  :  void
RealMatrixTest.testIndexOfSmallestElementInRow ( )  :  void
RealMatrixTest.testInsertColumnDataIntRealArray ( )  :  void
RealMatrixTest.testInsertColumnDataIntRealMatrix ( )  :  void
RealMatrixTest.testInsertColumns ( )  :  void
RealMatrixTest.testInsertRowDataIntRealArray ( )  :  void
RealMatrixTest.testInsertRowDataIntRealMatrix ( )  :  void
RealMatrixTest.testInsertRows ( )  :  void
RealMatrixTest.testIsEqualTo ( )  :  void
RealMatrixTest.testIsOrthogonal ( )  :  void
RealMatrixTest.testIsSquare ( )  :  void
RealMatrixTest.testLargestElement ( )  :  void
RealMatrixTest.testLargestElementInColumn ( )  :  void
RealMatrixTest.testLargestElementInRow ( )  :  void
RealMatrixTest.testMultiplyBy ( )  :  void
RealMatrixTest.testMultiplyEquals ( )  :  void
RealMatrixTest.testMultiplyRealArray ( )  :  void
RealMatrixTest.testMultiplyRealMatrix ( )  :  void
RealMatrixTest.testNegative ( )  :  void
RealMatrixTest.testNormaliseByColumns ( )  :  void
RealMatrixTest.testNormaliseByRows ( )  :  void
RealMatrixTest.testPlus ( )  :  void
RealMatrixTest.testRealMatrix ( )  :  void
RealMatrixTest.testRealMatrixDoubleArrayArray ( )  :  void
RealMatrixTest.testRealMatrixIntInt ( )  :  void
RealMatrixTest.testRealMatrixIntIntDouble ( )  :  void
RealMatrixTest.testRealMatrixIntIntDoubleArray ( )  :  void
RealMatrixTest.testRealMatrixIntMatrix ( )  :  void
RealMatrixTest.testRealMatrixRealMatrix ( )  :  void
RealMatrixTest.testRealMatrixRealMatrixIntIntIntInt ( )  :  void
RealMatrixTest.testReorderColumnsBy ( )  :  void
RealMatrixTest.testReorderRowsBy ( )  :  void
RealMatrixTest.testReplaceColumnDataIntDoubleArray ( )  :  void
RealMatrixTest.testReplaceColumnDataIntRealArray ( )  :  void
RealMatrixTest.testReplaceColumnDataIntRealMatrix ( )  :  void
RealMatrixTest.testReplaceRowDataIntDoubleArray ( )  :  void
RealMatrixTest.testReplaceRowDataIntRealArray ( )  :  void
RealMatrixTest.testReplaceRowDataIntRealMatrix ( )  :  void
RealMatrixTest.testReplaceSubMatrixData ( )  :  void
RealMatrixTest.testSetAllElements ( )  :  void
RealMatrixTest.testSetElementAt ( )  :  void
RealMatrixTest.testSetFormat ( )  :  void
RealMatrixTest.testSmallestElement ( )  :  void
RealMatrixTest.testSmallestElementInColumn ( )  :  void
RealMatrixTest.testSmallestElementInRow ( )  :  void
RealMatrixTest.testSubtract ( )  :  void
RealMatrixTest.testWriteXML ( )  :  void

cdk-1.0.4.jar, RealRangeTest.class
package org.xmlcml.euclid.test
RealRangeTest.main ( String[ ] p1 ) [static]  :  void
RealRangeTest.RealRangeTest ( )
RealRangeTest.setUp ( )  :  void
RealRangeTest.suite ( ) [static]  :  Test
RealRangeTest.testAdd ( )  :  void
RealRangeTest.testContains ( )  :  void
RealRangeTest.testGetMax ( )  :  void
RealRangeTest.testGetMin ( )  :  void
RealRangeTest.testGetRange ( )  :  void
RealRangeTest.testIncludesReal ( )  :  void
RealRangeTest.testIncludesRealRange ( )  :  void
RealRangeTest.testIntsectionWith ( )  :  void
RealRangeTest.testIsEqualTo ( )  :  void
RealRangeTest.testIsValid ( )  :  void
RealRangeTest.testPlus ( )  :  void
RealRangeTest.testRealRange ( )  :  void
RealRangeTest.testRealRangeIntRange ( )  :  void
RealRangeTest.testRealRangeRealRange ( )  :  void
RealRangeTest.testRealRangeRealReal ( )  :  void

cdk-1.0.4.jar, RealSquareMatrix.class
package org.xmlcml.euclid
RealSquareMatrix.diagonaliseAndReturnRank ( RealArray eigenvalues, RealSquareMatrix eigenvectors, EuclidException illCond )  :  int
RealSquareMatrix.orthonormalise ( )  :  RealSquareMatrix

cdk-1.0.4.jar, RealSquareMatrixTest.class
package org.xmlcml.euclid.test
RealSquareMatrixTest.assertEquals ( String p1, int p2, double[ ] p3, RealSquareMatrix p4, double p5 ) [static]  :  void
RealSquareMatrixTest.assertEquals ( String p1, RealSquareMatrix p2, RealSquareMatrix p3, double p4 ) [static]  :  void
RealSquareMatrixTest.RealSquareMatrixTest ( )
RealSquareMatrixTest.setUp ( )  :  void
RealSquareMatrixTest.suite ( ) [static]  :  Test
RealSquareMatrixTest.testCopyLowerToUpper ( )  :  void
RealSquareMatrixTest.testCopyUpperToLower ( )  :  void
RealSquareMatrixTest.testDeterminant ( )  :  void
RealSquareMatrixTest.testDiagonal ( )  :  void
RealSquareMatrixTest.testGetCrystallographicOrthogonalisation ( )  :  void
RealSquareMatrixTest.testGetInverse ( )  :  void
RealSquareMatrixTest.testIsEqualToRealSquareMatrix ( )  :  void
RealSquareMatrixTest.testIsImproperRotation ( )  :  void
RealSquareMatrixTest.testIsLowerTriangular ( )  :  void
RealSquareMatrixTest.testIsOrthogonal ( )  :  void
RealSquareMatrixTest.testIsSymmetric ( )  :  void
RealSquareMatrixTest.testIsUnit ( )  :  void
RealSquareMatrixTest.testIsUnitary ( )  :  void
RealSquareMatrixTest.testIsUpperTriangular ( )  :  void
RealSquareMatrixTest.testLowerTriangle ( )  :  void
RealSquareMatrixTest.testMultiplyRealSquareMatrix ( )  :  void
RealSquareMatrixTest.testOrthogonalise ( )  :  void
RealSquareMatrixTest.testOrthonormalise ( )  :  void
RealSquareMatrixTest.testOuterProduct ( )  :  void
RealSquareMatrixTest.testPlusRealSquareMatrix ( )  :  void
RealSquareMatrixTest.testRealSquareMatrix ( )  :  void
RealSquareMatrixTest.testRealSquareMatrixDoubleArrayArray ( )  :  void
RealSquareMatrixTest.testRealSquareMatrixInt ( )  :  void
RealSquareMatrixTest.testRealSquareMatrixIntDouble ( )  :  void
RealSquareMatrixTest.testRealSquareMatrixIntDoubleArray ( )  :  void
RealSquareMatrixTest.testRealSquareMatrixRealMatrix ( )  :  void
RealSquareMatrixTest.testRealSquareMatrixRealMatrixIntIntInt ( )  :  void
RealSquareMatrixTest.testRealSquareMatrixRealSquareMatrix ( )  :  void
RealSquareMatrixTest.testSubtractRealSquareMatrix ( )  :  void
RealSquareMatrixTest.testTrace ( )  :  void
RealSquareMatrixTest.testTranspose ( )  :  void

cdk-1.0.4.jar, RealTest.class
package org.xmlcml.euclid.test
RealTest.RealTest ( )
RealTest.setUp ( )  :  void
RealTest.suite ( ) [static]  :  Test
RealTest.testInitArray ( )  :  void
RealTest.testZeroArray ( )  :  void

cdk-1.0.4.jar, RearrangementAnion1Reaction.class
package org.openscience.cdk.reaction.type
RearrangementAnion1Reaction.cleanFlagBOND ( IAtomContainer ac )  :  void
RearrangementAnion1Reaction.getParameterNames ( )  :  String[ ]
RearrangementAnion1Reaction.getParameters ( )  :  Object[ ]
RearrangementAnion1Reaction.getParameterType ( String name )  :  Object
RearrangementAnion1Reaction.getSpecification ( )  :  ReactionSpecification
RearrangementAnion1Reaction.initiate ( IMoleculeSet reactants, IMoleculeSet agents )  :  IReactionSet
RearrangementAnion1Reaction.RearrangementAnion1Reaction ( )
RearrangementAnion1Reaction.setParameters ( Object[ ] params )  :  void

cdk-1.0.4.jar, RearrangementAnion2Reaction.class
package org.openscience.cdk.reaction.type
RearrangementAnion2Reaction.cleanFlagBOND ( IAtomContainer ac )  :  void
RearrangementAnion2Reaction.getParameterNames ( )  :  String[ ]
RearrangementAnion2Reaction.getParameters ( )  :  Object[ ]
RearrangementAnion2Reaction.getParameterType ( String name )  :  Object
RearrangementAnion2Reaction.getSpecification ( )  :  ReactionSpecification
RearrangementAnion2Reaction.initiate ( IMoleculeSet reactants, IMoleculeSet agents )  :  IReactionSet
RearrangementAnion2Reaction.RearrangementAnion2Reaction ( )
RearrangementAnion2Reaction.setParameters ( Object[ ] params )  :  void

cdk-1.0.4.jar, RearrangementAnion3Reaction.class
package org.openscience.cdk.reaction.type
RearrangementAnion3Reaction.cleanFlagBOND ( IAtomContainer ac )  :  void
RearrangementAnion3Reaction.getParameterNames ( )  :  String[ ]
RearrangementAnion3Reaction.getParameters ( )  :  Object[ ]
RearrangementAnion3Reaction.getParameterType ( String name )  :  Object
RearrangementAnion3Reaction.getSpecification ( )  :  ReactionSpecification
RearrangementAnion3Reaction.initiate ( IMoleculeSet reactants, IMoleculeSet agents )  :  IReactionSet
RearrangementAnion3Reaction.RearrangementAnion3Reaction ( )
RearrangementAnion3Reaction.setParameters ( Object[ ] params )  :  void

cdk-1.0.4.jar, RearrangementCation1Reaction.class
package org.openscience.cdk.reaction.type
RearrangementCation1Reaction.cleanFlagBOND ( IAtomContainer ac )  :  void
RearrangementCation1Reaction.getParameterNames ( )  :  String[ ]
RearrangementCation1Reaction.getParameters ( )  :  Object[ ]
RearrangementCation1Reaction.getParameterType ( String name )  :  Object
RearrangementCation1Reaction.getSpecification ( )  :  ReactionSpecification
RearrangementCation1Reaction.initiate ( IMoleculeSet reactants, IMoleculeSet agents )  :  IReactionSet
RearrangementCation1Reaction.RearrangementCation1Reaction ( )
RearrangementCation1Reaction.setParameters ( Object[ ] params )  :  void

cdk-1.0.4.jar, RearrangementCation2Reaction.class
package org.openscience.cdk.reaction.type
RearrangementCation2Reaction.cleanFlagBOND ( IAtomContainer ac )  :  void
RearrangementCation2Reaction.getParameterNames ( )  :  String[ ]
RearrangementCation2Reaction.getParameters ( )  :  Object[ ]
RearrangementCation2Reaction.getParameterType ( String name )  :  Object
RearrangementCation2Reaction.getSpecification ( )  :  ReactionSpecification
RearrangementCation2Reaction.initiate ( IMoleculeSet reactants, IMoleculeSet agents )  :  IReactionSet
RearrangementCation2Reaction.RearrangementCation2Reaction ( )
RearrangementCation2Reaction.setParameters ( Object[ ] params )  :  void

cdk-1.0.4.jar, RearrangementCation3Reaction.class
package org.openscience.cdk.reaction.type
RearrangementCation3Reaction.cleanFlagBOND ( IAtomContainer ac )  :  void
RearrangementCation3Reaction.cleanFlagReactiveCenter ( IMolecule molecule )  :  void
RearrangementCation3Reaction.getParameterNames ( )  :  String[ ]
RearrangementCation3Reaction.getParameters ( )  :  Object[ ]
RearrangementCation3Reaction.getParameterType ( String name )  :  Object
RearrangementCation3Reaction.getSpecification ( )  :  ReactionSpecification
RearrangementCation3Reaction.initiate ( IMoleculeSet reactants, IMoleculeSet agents )  :  IReactionSet
RearrangementCation3Reaction.RearrangementCation3Reaction ( )
RearrangementCation3Reaction.setParameters ( Object[ ] params )  :  void

cdk-1.0.4.jar, RearrangementRadical1Reaction.class
package org.openscience.cdk.reaction.type
RearrangementRadical1Reaction.cleanFlagBOND ( IAtomContainer ac )  :  void
RearrangementRadical1Reaction.getParameterNames ( )  :  String[ ]
RearrangementRadical1Reaction.getParameters ( )  :  Object[ ]
RearrangementRadical1Reaction.getParameterType ( String name )  :  Object
RearrangementRadical1Reaction.getSpecification ( )  :  ReactionSpecification
RearrangementRadical1Reaction.initiate ( IMoleculeSet reactants, IMoleculeSet agents )  :  IReactionSet
RearrangementRadical1Reaction.RearrangementRadical1Reaction ( )
RearrangementRadical1Reaction.setParameters ( Object[ ] params )  :  void

cdk-1.0.4.jar, RearrangementRadical2Reaction.class
package org.openscience.cdk.reaction.type
RearrangementRadical2Reaction.cleanFlagBOND ( IAtomContainer ac )  :  void
RearrangementRadical2Reaction.getParameterNames ( )  :  String[ ]
RearrangementRadical2Reaction.getParameters ( )  :  Object[ ]
RearrangementRadical2Reaction.getParameterType ( String name )  :  Object
RearrangementRadical2Reaction.getSpecification ( )  :  ReactionSpecification
RearrangementRadical2Reaction.initiate ( IMoleculeSet reactants, IMoleculeSet agents )  :  IReactionSet
RearrangementRadical2Reaction.RearrangementRadical2Reaction ( )
RearrangementRadical2Reaction.setParameters ( Object[ ] params )  :  void

cdk-1.0.4.jar, RearrangementRadical3Reaction.class
package org.openscience.cdk.reaction.type
RearrangementRadical3Reaction.cleanFlagBOND ( IAtomContainer ac )  :  void
RearrangementRadical3Reaction.getParameterNames ( )  :  String[ ]
RearrangementRadical3Reaction.getParameters ( )  :  Object[ ]
RearrangementRadical3Reaction.getParameterType ( String name )  :  Object
RearrangementRadical3Reaction.getSpecification ( )  :  ReactionSpecification
RearrangementRadical3Reaction.initiate ( IMoleculeSet reactants, IMoleculeSet agents )  :  IReactionSet
RearrangementRadical3Reaction.RearrangementRadical3Reaction ( )
RearrangementRadical3Reaction.setParameters ( Object[ ] params )  :  void

cdk-1.0.4.jar, Record.class
package org.apache.xindice.core.data
Record.getKey ( )  :  Key
Record.getMetaData ( Object name )  :  Object
Record.getValue ( )  :  Value
Record.Record ( )
Record.Record ( Key key, Value value )
Record.Record ( Key key, Value value, Map meta )
Record.setValue ( String value )  :  void
Record.setValue ( Value value )  :  void

cdk-1.0.4.jar, RecordSet.class
package org.apache.xindice.core.data
RecordSet.getNextKey ( ) [abstract]  :  Key
RecordSet.getNextRecord ( ) [abstract]  :  Record
RecordSet.getNextValue ( ) [abstract]  :  Value
RecordSet.hasMoreRecords ( ) [abstract]  :  boolean

cdk-1.0.4.jar, RectListManager.class
package org.apache.batik.ext.awt.geom
RectListManager.add ( Object p1 )  :  boolean
RectListManager.add ( Rectangle p1 )  :  void
RectListManager.add ( Rectangle p1, int p2, int p3 )  :  void
RectListManager.add ( RectListManager p1 )  :  void
RectListManager.addAll ( Collection p1 )  :  boolean
RectListManager.clear ( )  :  void
RectListManager.clone ( )  :  Object
RectListManager.contains ( Object p1 )  :  boolean
RectListManager.containsAll ( Collection p1 )  :  boolean
RectListManager.containsAll ( RectListManager p1 )  :  boolean
RectListManager.copy ( )  :  RectListManager
RectListManager.ensureCapacity ( int p1 )  :  void
RectListManager.getBounds ( )  :  Rectangle
RectListManager.insertRects ( Rectangle[ ] p1, int p2, int p3, int p4 )  :  void
RectListManager.isEmpty ( )  :  boolean
RectListManager.iterator ( )  :  Iterator
RectListManager.listIterator ( )  :  ListIterator
RectListManager.mergeRects ( int p1, int p2 )  :  void
RectListManager.RectListManager ( )
RectListManager.RectListManager ( Collection p1 )
RectListManager.RectListManager ( int p1 )
RectListManager.RectListManager ( Rectangle p1 )
RectListManager.RectListManager ( Rectangle[ ] p1 )
RectListManager.RectListManager ( Rectangle[ ] p1, int p2, int p3 )
RectListManager.RectListManager ( RectListManager p1 )
RectListManager.remove ( Object p1 )  :  boolean
RectListManager.remove ( Rectangle p1 )  :  boolean
RectListManager.removeAll ( Collection p1 )  :  boolean
RectListManager.removeAll ( RectListManager p1 )  :  boolean
RectListManager.retainAll ( Collection p1 )  :  boolean
RectListManager.retainAll ( RectListManager p1 )  :  boolean
RectListManager.size ( )  :  int
RectListManager.splitRect ( Rectangle p1, Rectangle p2, Rectangle[ ] p3 )  :  void
RectListManager.subtract ( RectListManager p1, int p2, int p3 )  :  void
RectListManager.toArray ( )  :  Object[ ]
RectListManager.toArray ( Object[ ] p1 )  :  Object[ ]

cdk-1.0.4.jar, RecurseAtom.class
package org.openscience.cdk.isomorphism.matchers.smarts
RecurseAtom.RecurseAtom ( )

cdk-1.0.4.jar, RedRable.class
package org.apache.batik.ext.awt.image.renderable
RedRable.createDefaultRendering ( )  :  RenderedImage
RedRable.createRendering ( RenderContext p1 )  :  RenderedImage
RedRable.getBounds2D ( )  :  Rectangle2D
RedRable.getProperty ( String p1 )  :  Object
RedRable.getPropertyNames ( )  :  String[ ]
RedRable.getSource ( )  :  CachableRed
RedRable.RedRable ( CachableRed p1 )

cdk-1.0.4.jar, ReferenceCleared.class
package org.apache.batik.util
CleanerThread.ReferenceCleared.cleared ( ) [abstract]  :  void

cdk-1.0.4.jar, Reflectable.class
package org.apache.xindice.core.objects
Reflectable.getReflector ( ) [abstract]  :  Reflector
Reflectable.queryInterface ( ) [abstract]  :  Document

cdk-1.0.4.jar, Reflector.class
package org.apache.xindice.core.objects
Reflector.addMethod ( String name, String[ ] params )  :  void
Reflector.addMethod ( String name, String[ ] params, String[ ] defaults )  :  void
Reflector.addMethod ( String name, String[ ] params, String[ ] defaults, String[ ] errors )  :  void
Reflector.getParamDefault ( String method, String param )  :  String
Reflector.getParamType ( String method, String param )  :  int
Reflector.getReturnType ( String method )  :  int
Reflector.invoke ( Reflectable obj, String name, Args params )  :  Object
Reflector.invoke ( Reflectable obj, String name, Element element )  :  Object
Reflector.invoke ( Reflectable obj, String name, Object[ ] params )  :  Object
Reflector.invoke ( Reflectable obj, String name, Variant[ ] args )  :  Object
Reflector.isParamArray ( String method, String param )  :  boolean
Reflector.listMethodParams ( String name )  :  String[ ]
Reflector.listMethods ( )  :  String[ ]
Reflector.reflect ( Class c )  :  void
Reflector.Reflector ( )
Reflector.Reflector ( Class c )

cdk-1.0.4.jar, RegistryEntry.class
package org.apache.batik.ext.awt.image.spi
RegistryEntry.getFormatName ( ) [abstract]  :  String
RegistryEntry.getMimeTypes ( ) [abstract]  :  List
RegistryEntry.getPriority ( ) [abstract]  :  float
RegistryEntry.getStandardExtensions ( ) [abstract]  :  List

cdk-1.0.4.jar, RemoveAtomsAndBondsEdit.class
package org.openscience.cdk.applications.undoredo
RemoveAtomsAndBondsEdit.canRedo ( )  :  boolean
RemoveAtomsAndBondsEdit.canUndo ( )  :  boolean
RemoveAtomsAndBondsEdit.getPresentationName ( )  :  String
RemoveAtomsAndBondsEdit.redo ( )  :  void
RemoveAtomsAndBondsEdit.RemoveAtomsAndBondsEdit ( IChemModel chemModel, IAtomContainer undoRedoContainer, String type )
RemoveAtomsAndBondsEdit.undo ( )  :  void

cdk-1.0.4.jar, RenderedImageCachableRed.class
package org.apache.batik.ext.awt.image.rendered
RenderedImageCachableRed.copyData ( WritableRaster p1 )  :  WritableRaster
RenderedImageCachableRed.getBounds ( )  :  Rectangle
RenderedImageCachableRed.getColorModel ( )  :  ColorModel
RenderedImageCachableRed.getData ( )  :  Raster
RenderedImageCachableRed.getData ( Rectangle p1 )  :  Raster
RenderedImageCachableRed.getDependencyRegion ( int p1, Rectangle p2 )  :  Shape
RenderedImageCachableRed.getDirtyRegion ( int p1, Rectangle p2 )  :  Shape
RenderedImageCachableRed.getHeight ( )  :  int
RenderedImageCachableRed.getMinTileX ( )  :  int
RenderedImageCachableRed.getMinTileY ( )  :  int
RenderedImageCachableRed.getMinX ( )  :  int
RenderedImageCachableRed.getMinY ( )  :  int
RenderedImageCachableRed.getNumXTiles ( )  :  int
RenderedImageCachableRed.getNumYTiles ( )  :  int
RenderedImageCachableRed.getProperty ( String p1 )  :  Object
RenderedImageCachableRed.getPropertyNames ( )  :  String[ ]
RenderedImageCachableRed.getSampleModel ( )  :  SampleModel
RenderedImageCachableRed.getSources ( )  :  Vector
RenderedImageCachableRed.getTile ( int p1, int p2 )  :  Raster
RenderedImageCachableRed.getTileGridXOffset ( )  :  int
RenderedImageCachableRed.getTileGridYOffset ( )  :  int
RenderedImageCachableRed.getTileHeight ( )  :  int
RenderedImageCachableRed.getTileWidth ( )  :  int
RenderedImageCachableRed.getWidth ( )  :  int
RenderedImageCachableRed.RenderedImageCachableRed ( RenderedImage p1 )
RenderedImageCachableRed.wrap ( RenderedImage p1 ) [static]  :  CachableRed

cdk-1.0.4.jar, Renderer2D.class
package org.openscience.cdk.renderer
Renderer2D.paintChemModel ( IChemModel model, Graphics2D graphics )  :  void
Renderer2D.paintMoleculeSet ( IMoleculeSet moleculeSet, Graphics2D graphics )  :  void
Renderer2D.paintMoleculeSet ( IMoleculeSet moleculeSet, Graphics2D graphics, boolean split )  :  void
Renderer2D.paintReaction ( IReaction reaction, Graphics2D graphics )  :  void
Renderer2D.paintReactionSet ( IReactionSet reactionSet, Graphics2D graphics )  :  void
Renderer2D.Renderer2D ( )
Renderer2D.Renderer2D ( Renderer2DModel r2dm )

cdk-1.0.4.jar, Renderer2DModel.class
package org.openscience.cdk.renderer
Renderer2DModel.getColorHash ( )  :  Hashtable
Renderer2DModel.getLassoPoints ( )  :  Vector
Renderer2DModel.getRenderingCoordinates ( )  :  HashMap
Renderer2DModel.getToolTipTextMap ( )  :  HashMap
Renderer2DModel.setColorHash ( Hashtable colorHash )  :  void
Renderer2DModel.setRenderingCoordinates ( HashMap renderingCoordinates )  :  void
Renderer2DModel.setToolTipTextMap ( HashMap map )  :  void

cdk-1.0.4.jar, Rengine.class
package org.rosuda.JRI
Rengine.jriWriteConsole ( String p1 )  :  void

cdk-1.0.4.jar, ResonancePositiveChargeDescriptor.class
package org.openscience.cdk.qsar.descriptors.bond
ResonancePositiveChargeDescriptor.calculate ( IBond bond, IAtomContainer atomContainer )  :  DescriptorValue
ResonancePositiveChargeDescriptor.cleanFlagReactiveCenter ( IMolecule molecule )  :  void
ResonancePositiveChargeDescriptor.getParameterNames ( )  :  String[ ]
ResonancePositiveChargeDescriptor.getParameters ( )  :  Object[ ]
ResonancePositiveChargeDescriptor.getParameterType ( String name )  :  Object
ResonancePositiveChargeDescriptor.getSpecification ( )  :  DescriptorSpecification
ResonancePositiveChargeDescriptor.ResonancePositiveChargeDescriptor ( )
ResonancePositiveChargeDescriptor.setParameters ( Object[ ] params )  :  void

cdk-1.0.4.jar, Resource.class
package org.xmldb.api.base
Resource.getContent ( ) [abstract]  :  Object
Resource.getId ( ) [abstract]  :  String
Resource.getParentCollection ( ) [abstract]  :  Collection
Resource.getResourceType ( ) [abstract]  :  String
Resource.setContent ( Object p1 ) [abstract]  :  void

cdk-1.0.4.jar, ResourceIterator.class
package org.xmldb.api.base
ResourceIterator.hasMoreResources ( ) [abstract]  :  boolean
ResourceIterator.nextResource ( ) [abstract]  :  Resource

cdk-1.0.4.jar, ResourceIteratorImpl.class
package org.apache.xindice.client.xmldb
ResourceIteratorImpl.hasMoreResources ( )  :  boolean
ResourceIteratorImpl.nextResource ( )  :  Resource
ResourceIteratorImpl.ResourceIteratorImpl ( List resources )

cdk-1.0.4.jar, ResourceManager.class
package org.apache.xindice.server
ResourceManager.getResource ( String p1 ) [abstract]  :  Object
ResourceManager.getResource ( Versioning p1, String p2 ) [abstract]  :  Object
ResourceManager.lockResource ( String p1 ) [abstract]  :  void
ResourceManager.lockResource ( Versioning p1, String p2 ) [abstract]  :  void
ResourceManager.removeResource ( String p1 ) [abstract]  :  void
ResourceManager.removeResource ( Versioning p1, String p2 ) [abstract]  :  void
ResourceManager.setResource ( String p1, Object p2 ) [abstract]  :  void
ResourceManager.setResource ( Versioning p1, String p2, Object p3 ) [abstract]  :  void
ResourceManager.unlockResource ( String p1 ) [abstract]  :  void
ResourceManager.unlockResource ( Versioning p1, String p2 ) [abstract]  :  void

cdk-1.0.4.jar, ResourcePermissions.class
package org.apache.xindice.core.security
ResourcePermissions.addPermission ( ArrayList list, String group )  :  ArrayList
ResourcePermissions.addPermissionAllow ( int type, String group )  :  void
ResourcePermissions.addPermissionDeny ( int type, String group )  :  void
ResourcePermissions.checkPermission ( ArrayList list, String group )  :  boolean
ResourcePermissions.checkPermission ( int access, int type, String group )  :  boolean
ResourcePermissions.getConfig ( )  :  Configuration
ResourcePermissions.ResourcePermissions ( String resource )
ResourcePermissions.setConfig ( Configuration config )  :  void

cdk-1.0.4.jar, Resources.class
package org.apache.batik.ext.swing
Resources.formatMessage ( String p1, Object[ ] p2 ) [static]  :  String
Resources.getInteger ( String p1 ) [static]  :  int
Resources.getLocale ( ) [static]  :  Locale
Resources.getString ( String p1 ) [static]  :  String
Resources.Resources ( )
Resources.setLocale ( Locale p1 ) [static]  :  void

cdk-1.0.4.jar, ResourceSet.class
package org.xmldb.api.base
ResourceSet.addResource ( Resource p1 ) [abstract]  :  void
ResourceSet.clear ( ) [abstract]  :  void
ResourceSet.getIterator ( ) [abstract]  :  ResourceIterator
ResourceSet.getMembersAsResource ( ) [abstract]  :  Resource
ResourceSet.getResource ( long p1 ) [abstract]  :  Resource
ResourceSet.getSize ( ) [abstract]  :  long
ResourceSet.removeResource ( long p1 ) [abstract]  :  void

cdk-1.0.4.jar, ResourceSetImpl.class
package org.apache.xindice.client.xmldb
ResourceSetImpl.addResource ( Resource res )  :  void
ResourceSetImpl.clear ( )  :  void
ResourceSetImpl.getIterator ( )  :  ResourceIterator
ResourceSetImpl.getMembersAsResource ( )  :  Resource
ResourceSetImpl.getResource ( long index )  :  Resource
ResourceSetImpl.getSize ( )  :  long
ResourceSetImpl.initResources ( Document document )  :  void
ResourceSetImpl.removeResource ( long index )  :  void
ResourceSetImpl.ResourceSetImpl ( Collection collection, Document doc )
ResourceSetImpl.ResourceSetImpl ( Collection collection, SymbolTable symbols, byte[ ] bytes )

cdk-1.0.4.jar, RetrieveDocument.class
package org.apache.xindice.tools.command
RetrieveDocument.execute ( Hashtable table )  :  boolean
RetrieveDocument.RetrieveDocument ( )

cdk-1.0.4.jar, REXP.class
package org.rosuda.JRI
REXP.getAttribute ( )  :  JRI.REXP

cdk-1.0.4.jar, RGB.class
package org.apache.batik.ext.awt.image.codec
PNGEncodeParam.RGB.getBackgroundRGB ( )  :  int[ ]
PNGEncodeParam.RGB.getTransparentRGB ( )  :  int[ ]
PNGEncodeParam.RGB.isBackgroundSet ( )  :  boolean
PNGEncodeParam.RGB.PNGEncodeParam.RGB ( )
PNGEncodeParam.RGB.setBackgroundRGB ( int[ ] p1 )  :  void
PNGEncodeParam.RGB.setBitDepth ( int p1 )  :  void
PNGEncodeParam.RGB.setTransparentRGB ( int[ ] p1 )  :  void
PNGEncodeParam.RGB.unsetBackground ( )  :  void

cdk-1.0.4.jar, RingAtom.class
package org.openscience.cdk.isomorphism.matchers.smarts
RingAtom.getOperator ( )  :  int
RingAtom.RingAtom ( )

cdk-1.0.4.jar, RingSet.class
package org.openscience.cdk
RingSet.getConnectedRings ( IRing ring )  :  List
RingSet.getRings ( IBond bond )  :  List

cdk-1.0.4.jar, RMainLoopCallbacks.class
package org.rosuda.JRI
RMainLoopCallbacks.rWriteConsole ( JRI.Rengine p1, String p2 ) [abstract]  :  void

cdk-1.0.4.jar, RunHandler.class
package org.apache.batik.util
RunnableQueue.RunHandler.executionResumed ( RunnableQueue p1 ) [abstract]  :  void
RunnableQueue.RunHandler.executionSuspended ( RunnableQueue p1 ) [abstract]  :  void
RunnableQueue.RunHandler.runnableInvoked ( RunnableQueue p1, Runnable p2 ) [abstract]  :  void

cdk-1.0.4.jar, RunnableQueue.class
package org.apache.batik.util
RunnableQueue.createRunnableQueue ( ) [static]  :  RunnableQueue
RunnableQueue.executionResumed ( )  :  void
RunnableQueue.executionSuspended ( )  :  void
RunnableQueue.getIteratorLock ( )  :  Object
RunnableQueue.getQueueState ( )  :  RunnableQueue.RunnableQueueState
RunnableQueue.getRunHandler ( )  :  RunnableQueue.RunHandler
RunnableQueue.getThread ( )  :  Thread
RunnableQueue.invokeAndWait ( Runnable p1 )  :  void
RunnableQueue.invokeLater ( Runnable p1 )  :  void
RunnableQueue.iterator ( )  :  Iterator
RunnableQueue.preemptAndWait ( Runnable p1 )  :  void
RunnableQueue.preemptLater ( Runnable p1 )  :  void
RunnableQueue.resumeExecution ( )  :  void
RunnableQueue.run ( )  :  void
RunnableQueue.runnableInvoked ( Runnable p1 )  :  void
RunnableQueue.RunnableQueue ( )
RunnableQueue.setRunHandler ( RunnableQueue.RunHandler p1 )  :  void
RunnableQueue.suspendExecution ( boolean p1 )  :  void

cdk-1.0.4.jar, RunnableQueueState.class
package org.apache.batik.util
RunnableQueue.RunnableQueueState.getValue ( )  :  String
RunnableQueue.RunnableQueueState.toString ( )  :  String

cdk-1.0.4.jar, RXNConverter.class
package org.xmlcml.cml.legacy.react
RXNConverter.getInDir ( )  :  String
RXNConverter.getOutDir ( )  :  String
RXNConverter.getVersion ( )  :  String
RXNConverter.main ( String[ ] args ) [static]  :  void
RXNConverter.output ( Writer writer )  :  String
RXNConverter.parse ( File infile ) [static]  :  Document
RXNConverter.process ( )  :  void
RXNConverter.read ( Document doc, LineNumberReader br )  :  Document
RXNConverter.read ( LineNumberReader br )  :  Document
RXNConverter.readFileHeader ( LineNumberReader br )  :  void
RXNConverter.readReaction ( Document doc, LineNumberReader br )  :  CMLReaction
RXNConverter.readReaction ( LineNumberReader br )  :  CMLReaction
RXNConverter.RXNConverter ( )
RXNConverter.RXNConverter ( String reactionId )
RXNConverter.setInDir ( String inDir )  :  void
RXNConverter.setOutDir ( String outDir )  :  void
RXNConverter.splitAndReorganizeMolecules ( CMLElement parent, Elements childMolecules, int count, String id ) [static]  :  List
RXNConverter.writeData ( Writer writer )  :  String

cdk-1.0.4.jar, SAXDocumentFactory.class
package org.apache.batik.dom.util
SAXDocumentFactory.characters ( char[ ] p1, int p2, int p3 )  :  void
SAXDocumentFactory.comment ( char[ ] p1, int p2, int p3 )  :  void
SAXDocumentFactory.createDocument ( InputSource p1 )  :  Document
SAXDocumentFactory.createDocument ( String p1 )  :  Document
SAXDocumentFactory.createDocument ( String p1, InputStream p2 )  :  Document
SAXDocumentFactory.createDocument ( String p1, Reader p2 )  :  Document
SAXDocumentFactory.createDocument ( String p1, String p2, String p3 )  :  Document
SAXDocumentFactory.createDocument ( String p1, String p2, String p3, InputSource p4 )  :  Document
SAXDocumentFactory.createDocument ( String p1, String p2, String p3, InputStream p4 )  :  Document
SAXDocumentFactory.createDocument ( String p1, String p2, String p3, Reader p4 )  :  Document
SAXDocumentFactory.createDocument ( String p1, String p2, String p3, XMLReader p4 )  :  Document
SAXDocumentFactory.endCDATA ( )  :  void
SAXDocumentFactory.endDTD ( )  :  void
SAXDocumentFactory.endElement ( String p1, String p2, String p3 )  :  void
SAXDocumentFactory.endEntity ( String p1 )  :  void
SAXDocumentFactory.error ( SAXParseException p1 )  :  void
SAXDocumentFactory.fatalError ( SAXParseException p1 )  :  void
SAXDocumentFactory.getDocumentDescriptor ( )  :  DocumentDescriptor
SAXDocumentFactory.isValidating ( )  :  boolean
SAXDocumentFactory.processingInstruction ( String p1, String p2 )  :  void
SAXDocumentFactory.SAXDocumentFactory ( DOMImplementation p1, String p2 )
SAXDocumentFactory.SAXDocumentFactory ( DOMImplementation p1, String p2, boolean p3 )
SAXDocumentFactory.setDocumentLocator ( Locator p1 )  :  void
SAXDocumentFactory.setErrorHandler ( ErrorHandler p1 )  :  void
SAXDocumentFactory.setValidating ( boolean p1 )  :  void
SAXDocumentFactory.startCDATA ( )  :  void
SAXDocumentFactory.startDocument ( )  :  void
SAXDocumentFactory.startDTD ( String p1, String p2, String p3 )  :  void
SAXDocumentFactory.startElement ( String p1, String p2, String p3, Attributes p4 )  :  void
SAXDocumentFactory.startEntity ( String p1 )  :  void
SAXDocumentFactory.warning ( SAXParseException p1 )  :  void

cdk-1.0.4.jar, SAXEventGenerator.class
package org.apache.xindice.xml.sax
SAXEventGenerator.getContentHandler ( )  :  ContentHandler
SAXEventGenerator.getDTDHandler ( )  :  DTDHandler
SAXEventGenerator.getEntityResolver ( )  :  EntityResolver
SAXEventGenerator.getErrorHandler ( )  :  ErrorHandler
SAXEventGenerator.getFeature ( String name )  :  boolean
SAXEventGenerator.getProperty ( String name )  :  Object
SAXEventGenerator.parse ( InputSource input )  :  void
SAXEventGenerator.parse ( String systemId )  :  void
SAXEventGenerator.processContainer ( boolean element, int pos, int len )  :  boolean
SAXEventGenerator.SAXEventGenerator ( Document doc )
SAXEventGenerator.SAXEventGenerator ( SymbolTable symbols, byte[ ] data )
SAXEventGenerator.SAXEventGenerator ( SymbolTable symbols, byte[ ] data, int pos, int len )
SAXEventGenerator.setContentHandler ( ContentHandler handler )  :  void
SAXEventGenerator.setDTDHandler ( DTDHandler handler )  :  void
SAXEventGenerator.setEntityResolver ( EntityResolver resolver )  :  void
SAXEventGenerator.setErrorHandler ( ErrorHandler handler )  :  void
SAXEventGenerator.setFeature ( String name, boolean value )  :  void
SAXEventGenerator.setProperty ( String name, Object value )  :  void
SAXEventGenerator.start ( )  :  boolean
SAXEventGenerator.stop ( )  :  void

cdk-1.0.4.jar, ScreenCompositeContext.class
package org.apache.batik.ext.awt.image
SVGComposite.ScreenCompositeContext.precompose ( Raster p1, Raster p2, WritableRaster p3 )  :  void

cdk-1.0.4.jar, ScreenCompositeContext_INT_PACK.class
package org.apache.batik.ext.awt.image
SVGComposite.ScreenCompositeContext_INT_PACK.precompose_INT_PACK ( int p1, int p2, int[ ] p3, int p4, int p5, int[ ] p6, int p7, int p8, int[ ] p9, int p10, int p11 )  :  void

cdk-1.0.4.jar, Script.class
package org.apache.batik.svggen.font.table
Script.getDefaultLangSys ( )  :  LangSys
Script.Script ( RandomAccessFile p1, int p2 )
package org.apache.xindice.server
Script.getAccessMethods ( ) [abstract]  :  int
Script.run ( Gateway p1 ) [abstract]  :  void

cdk-1.0.4.jar, ScriptFilter.class
package org.apache.xindice.server
ScriptFilter.isPackageFiltered ( String p1 ) [abstract]  :  boolean
ScriptFilter.run ( Script p1, Gateway p2 ) [abstract]  :  boolean

cdk-1.0.4.jar, ScriptList.class
package org.apache.batik.svggen.font.table
ScriptList.findScript ( String p1 )  :  Script
ScriptList.getScriptCount ( )  :  int
ScriptList.getScriptRecord ( int p1 )  :  ScriptRecord
ScriptList.ScriptList ( RandomAccessFile p1, int p2 )

cdk-1.0.4.jar, ScriptManager.class
package org.apache.xindice.server
ScriptManager.addScript ( String p1, Script p2 ) [abstract]  :  boolean
ScriptManager.getScript ( String p1 ) [abstract]  :  Script
ScriptManager.removeScript ( String p1 ) [abstract]  :  void
ScriptManager.runScript ( Script p1, Gateway p2, boolean p3 ) [abstract]  :  void
ScriptManager.runScript ( String p1, Gateway p2, boolean p3 ) [abstract]  :  void

cdk-1.0.4.jar, ScriptRecord.class
package org.apache.batik.svggen.font.table
ScriptRecord.getOffset ( )  :  int
ScriptRecord.getTag ( )  :  int
ScriptRecord.ScriptRecord ( RandomAccessFile p1 )

cdk-1.0.4.jar, SDFConverter.class
package org.xmlcml.cml.legacy.molecule
SDFConverter.getAddOrder ( )  :  boolean
SDFConverter.getDocument ( )  :  Document
SDFConverter.getJoin ( )  :  boolean
SDFConverter.getVersion ( )  :  String
SDFConverter.main ( String[ ] args ) [static]  :  void
SDFConverter.read ( Document doc, Reader reader )  :  Document
SDFConverter.readSDF ( Reader reader )  :  Document
SDFConverter.readXML ( Reader r )  :  Document
SDFConverter.SDFConverter ( )
SDFConverter.setAddOrder ( boolean addOrder )  :  void
SDFConverter.setDocument ( Document doc )  :  void
SDFConverter.setJoin ( boolean join )  :  void
SDFConverter.setVvv ( boolean vvv )  :  void
SDFConverter.usage ( PrintStream out ) [static]  :  void
SDFConverter.write ( Writer writer )  :  void
SDFConverter.writeData ( Writer writer, CMLMolecule mol )  :  void

cdk-1.0.4.jar, SDFSubstructureFinder.class
package org.openscience.cdk.applications
SDFSubstructureFinder.main ( String[ ] args ) [static]  :  void
SDFSubstructureFinder.SDFSubstructureFinder ( )

cdk-1.0.4.jar, SecurityException.class
package org.apache.xindice.core.security
SecurityException.SecurityException ( int faultCode )
SecurityException.SecurityException ( int faultCode, String message )

cdk-1.0.4.jar, SeekableOutputStream.class
package org.apache.batik.ext.awt.image.codec
SeekableOutputStream.close ( )  :  void
SeekableOutputStream.flush ( )  :  void
SeekableOutputStream.getFilePointer ( )  :  long
SeekableOutputStream.seek ( long p1 )  :  void
SeekableOutputStream.SeekableOutputStream ( RandomAccessFile p1 )
SeekableOutputStream.write ( byte[ ] p1 )  :  void
SeekableOutputStream.write ( byte[ ] p1, int p2, int p3 )  :  void
SeekableOutputStream.write ( int p1 )  :  void

cdk-1.0.4.jar, SeekableStream.class
package org.apache.batik.ext.awt.image.codec
SeekableStream.canSeekBackwards ( )  :  boolean
SeekableStream.finalize ( )  :  void
SeekableStream.getFilePointer ( ) [abstract]  :  long
SeekableStream.mark ( int p1 )  :  void
SeekableStream.markSupported ( )  :  boolean
SeekableStream.read ( ) [abstract]  :  int
SeekableStream.read ( byte[ ] p1, int p2, int p3 ) [abstract]  :  int
SeekableStream.readBoolean ( )  :  boolean
SeekableStream.readByte ( )  :  byte
SeekableStream.readChar ( )  :  char
SeekableStream.readCharLE ( )  :  char
SeekableStream.readDouble ( )  :  double
SeekableStream.readDoubleLE ( )  :  double
SeekableStream.readFloat ( )  :  float
SeekableStream.readFloatLE ( )  :  float
SeekableStream.readFully ( byte[ ] p1 )  :  void
SeekableStream.readFully ( byte[ ] p1, int p2, int p3 )  :  void
SeekableStream.readInt ( )  :  int
SeekableStream.readIntLE ( )  :  int
SeekableStream.readLine ( )  :  String
SeekableStream.readLong ( )  :  long
SeekableStream.readLongLE ( )  :  long
SeekableStream.readShort ( )  :  short
SeekableStream.readShortLE ( )  :  short
SeekableStream.readUnsignedByte ( )  :  int
SeekableStream.readUnsignedInt ( )  :  long
SeekableStream.readUnsignedIntLE ( )  :  long
SeekableStream.readUnsignedShort ( )  :  int
SeekableStream.readUnsignedShortLE ( )  :  int
SeekableStream.readUTF ( )  :  String
SeekableStream.reset ( )  :  void
SeekableStream.seek ( long p1 ) [abstract]  :  void
SeekableStream.SeekableStream ( )
SeekableStream.skipBytes ( int p1 )  :  int
SeekableStream.wrapInputStream ( InputStream p1, boolean p2 ) [static]  :  SeekableStream

cdk-1.0.4.jar, Sequencer.class
package org.apache.xindice.core.system
Sequencer.create ( String name )  :  void
Sequencer.createValue ( String name, long value )  :  void
Sequencer.next ( String name )  :  long
Sequencer.remove ( String name )  :  void
Sequencer.reset ( String name, long value )  :  void
Sequencer.Sequencer ( )

cdk-1.0.4.jar, ServantManagementHelper.class
package org.apache.xindice.client.corba.db
ServantManagementHelper.extract ( CORBA.Any a ) [static]  :  ServantManagement
ServantManagementHelper.id ( ) [static]  :  String
ServantManagementHelper.insert ( CORBA.Any a, ServantManagement t ) [static]  :  void
ServantManagementHelper.narrow ( CORBA.Object obj ) [static]  :  ServantManagement
ServantManagementHelper.read ( CORBA.portable.InputStream istream ) [static]  :  ServantManagement
ServantManagementHelper.ServantManagementHelper ( )
ServantManagementHelper.type ( ) [static]  :  CORBA.TypeCode
ServantManagementHelper.unchecked_narrow ( CORBA.Object obj ) [static]  :  ServantManagement
ServantManagementHelper.write ( CORBA.portable.OutputStream ostream, ServantManagement value ) [static]  :  void

cdk-1.0.4.jar, ServantManagementHolder.class
package org.apache.xindice.client.corba.db
ServantManagementHolder._read ( CORBA.portable.InputStream istream )  :  void
ServantManagementHolder._type ( )  :  CORBA.TypeCode
ServantManagementHolder._write ( CORBA.portable.OutputStream ostream )  :  void
ServantManagementHolder.ServantManagementHolder ( )
ServantManagementHolder.ServantManagementHolder ( ServantManagement initial )

cdk-1.0.4.jar, ServantManagementOperations.class
package org.apache.xindice.client.corba.db
ServantManagementOperations.remove ( ) [abstract]  :  void

cdk-1.0.4.jar, ServantManagementPOA.class
package org.apache.xindice.client.corba.db
ServantManagementPOA._all_interfaces ( PortableServer.POA poa, byte[ ] objectId )  :  String[ ]
ServantManagementPOA._invoke ( String opName, CORBA.portable.InputStream _is, CORBA.portable.ResponseHandler handler )  :  CORBA.portable.OutputStream
ServantManagementPOA._this ( )  :  ServantManagement
ServantManagementPOA._this ( CORBA.ORB orb )  :  ServantManagement
ServantManagementPOA.ServantManagementPOA ( )

cdk-1.0.4.jar, ServantManagementPOATie.class
package org.apache.xindice.client.corba.db
ServantManagementPOATie._default_POA ( )  :  PortableServer.POA
ServantManagementPOATie._delegate ( )  :  ServantManagementOperations
ServantManagementPOATie._delegate ( ServantManagementOperations delegate_ )  :  void
ServantManagementPOATie.remove ( )  :  void
ServantManagementPOATie.ServantManagementPOATie ( ServantManagementOperations tieObject )
ServantManagementPOATie.ServantManagementPOATie ( ServantManagementOperations tieObject, PortableServer.POA poa )

cdk-1.0.4.jar, Service.class
package org.apache.batik.util
Service.providers ( Class p1 ) [static]  :  Iterator
Service.Service ( )
package org.apache.xindice.server
Service.initialize ( ) [abstract]  :  int
Service.resume ( ) [abstract]  :  int
Service.start ( ) [abstract]  :  int
Service.status ( ) [abstract]  :  int
Service.statusMessage ( ) [abstract]  :  String
Service.stop ( ) [abstract]  :  int
Service.suspend ( ) [abstract]  :  int
Service.uninitialize ( ) [abstract]  :  int
package org.xmldb.api.base
Service.getName ( ) [abstract]  :  String
Service.getVersion ( ) [abstract]  :  String
Service.setCollection ( Collection p1 ) [abstract]  :  void

cdk-1.0.4.jar, ServiceManager.class
package org.apache.xindice.server
ServiceManager.addService ( Service p1 ) [abstract]  :  boolean
ServiceManager.getService ( String p1 ) [abstract]  :  Service
ServiceManager.listServices ( ) [abstract]  :  String[ ]
ServiceManager.removeService ( Service p1 ) [abstract]  :  boolean
ServiceManager.startServices ( ) [abstract]  :  boolean
ServiceManager.stopServices ( ) [abstract]  :  void

cdk-1.0.4.jar, ShapeExtender.class
package org.apache.batik.ext.awt.geom
ShapeExtender.contains ( double p1, double p2 )  :  boolean
ShapeExtender.contains ( double p1, double p2, double p3, double p4 )  :  boolean
ShapeExtender.contains ( Point2D p1 )  :  boolean
ShapeExtender.contains ( Rectangle2D p1 )  :  boolean
ShapeExtender.getBounds ( )  :  Rectangle
ShapeExtender.getBounds2D ( )  :  Rectangle2D
ShapeExtender.getExtendedPathIterator ( )  :  ExtendedPathIterator
ShapeExtender.getPathIterator ( AffineTransform p1 )  :  PathIterator
ShapeExtender.getPathIterator ( AffineTransform p1, double p2 )  :  PathIterator
ShapeExtender.intersects ( double p1, double p2, double p3, double p4 )  :  boolean
ShapeExtender.intersects ( Rectangle2D p1 )  :  boolean
ShapeExtender.ShapeExtender ( Shape p1 )

cdk-1.0.4.jar, Shutdown.class
package org.apache.xindice.tools.command
Shutdown.execute ( Hashtable table )  :  boolean
Shutdown.Shutdown ( )

cdk-1.0.4.jar, SimpleBasisSet.class
package org.openscience.cdk.math.qm
SimpleBasisSet.SimpleBasisSet ( IAtom[ ] atoms )

cdk-1.0.4.jar, SimpleConfigurable.class
package org.apache.xindice.util
SimpleConfigurable.getConfig ( )  :  Configuration
SimpleConfigurable.setConfig ( Configuration config )  :  void
SimpleConfigurable.SimpleConfigurable ( )
SimpleConfigurable.SimpleConfigurable ( Configuration config )

cdk-1.0.4.jar, SimpleController2D.class
package org.openscience.cdk.controller
SimpleController2D.mousePressed ( MouseEvent event )  :  void
SimpleController2D.mouseReleased ( MouseEvent event )  :  void
SimpleController2D.SimpleController2D ( )
SimpleController2D.SimpleController2D ( Controller2DModel c2dm )
SimpleController2D.SimpleController2D ( Renderer2DModel r2dm, Controller2DModel c2dm )

cdk-1.0.4.jar, SimpleEventFactory.class
package org.apache.batik.dom.events
DocumentEventSupport.SimpleEventFactory.createEvent ( )  :  Event
DocumentEventSupport.SimpleEventFactory.DocumentEventSupport.SimpleEventFactory ( )

cdk-1.0.4.jar, SimpleImageHandler.class
package org.apache.batik.svggen
SimpleImageHandler.createElement ( SVGGeneratorContext p1 )  :  Element
SimpleImageHandler.handleEmptyImage ( Element p1 )  :  void
SimpleImageHandler.handleImage ( Image p1, Element p2, int p3, int p4, int p5, int p6, SVGGeneratorContext p7 )  :  AffineTransform
SimpleImageHandler.handleImage ( RenderableImage p1, Element p2, double p3, double p4, double p5, double p6, SVGGeneratorContext p7 )  :  AffineTransform
SimpleImageHandler.handleImage ( RenderedImage p1, Element p2, int p3, int p4, int p5, int p6, SVGGeneratorContext p7 )  :  AffineTransform
SimpleImageHandler.setDOMTreeManager ( DOMTreeManager p1 )  :  void
SimpleImageHandler.setImageAttributes ( Element p1, double p2, double p3, double p4, double p5, SVGGeneratorContext p6 )  :  void
SimpleImageHandler.SimpleImageHandler ( ImageHandler p1 )

cdk-1.0.4.jar, SimpleReflectable.class
package org.apache.xindice.core.objects
SimpleReflectable.getName ( )  :  String
SimpleReflectable.getReflector ( )  :  Reflector
SimpleReflectable.queryInterface ( )  :  Document
SimpleReflectable.reclaim ( )  :  void
SimpleReflectable.setConfig ( Configuration config )  :  void
SimpleReflectable.setPool ( ObjectPool pool )  :  void
SimpleReflectable.SimpleReflectable ( )

cdk-1.0.4.jar, SimpleRenderedImage.class
package org.apache.batik.ext.awt.image.codec
SimpleRenderedImage.copyData ( WritableRaster p1 )  :  WritableRaster
SimpleRenderedImage.getBounds ( )  :  Rectangle
SimpleRenderedImage.getColorModel ( )  :  ColorModel
SimpleRenderedImage.getData ( )  :  Raster
SimpleRenderedImage.getData ( Rectangle p1 )  :  Raster
SimpleRenderedImage.getHeight ( )  :  int
SimpleRenderedImage.getMaxTileX ( )  :  int
SimpleRenderedImage.getMaxTileY ( )  :  int
SimpleRenderedImage.getMaxX ( )  :  int
SimpleRenderedImage.getMaxY ( )  :  int
SimpleRenderedImage.getMinTileX ( )  :  int
SimpleRenderedImage.getMinTileY ( )  :  int
SimpleRenderedImage.getMinX ( )  :  int
SimpleRenderedImage.getMinY ( )  :  int
SimpleRenderedImage.getNumXTiles ( )  :  int
SimpleRenderedImage.getNumYTiles ( )  :  int
SimpleRenderedImage.getProperty ( String p1 )  :  Object
SimpleRenderedImage.getPropertyNames ( )  :  String[ ]
SimpleRenderedImage.getPropertyNames ( String p1 )  :  String[ ]
SimpleRenderedImage.getSampleModel ( )  :  SampleModel
SimpleRenderedImage.getSources ( )  :  Vector
SimpleRenderedImage.getTile ( int p1, int p2 ) [abstract]  :  Raster
SimpleRenderedImage.getTileGridXOffset ( )  :  int
SimpleRenderedImage.getTileGridYOffset ( )  :  int
SimpleRenderedImage.getTileHeight ( )  :  int
SimpleRenderedImage.getTileWidth ( )  :  int
SimpleRenderedImage.getWidth ( )  :  int
SimpleRenderedImage.SimpleRenderedImage ( )
SimpleRenderedImage.tileXToX ( int p1 )  :  int
SimpleRenderedImage.tileXToX ( int p1, int p2, int p3 ) [static]  :  int
SimpleRenderedImage.tileYToY ( int p1 )  :  int
SimpleRenderedImage.tileYToY ( int p1, int p2, int p3 ) [static]  :  int
SimpleRenderedImage.XToTileX ( int p1 )  :  int
SimpleRenderedImage.XToTileX ( int p1, int p2, int p3 ) [static]  :  int
SimpleRenderedImage.YToTileY ( int p1 )  :  int
SimpleRenderedImage.YToTileY ( int p1, int p2, int p3 ) [static]  :  int

cdk-1.0.4.jar, SimpleRenderer2D.class
package org.openscience.cdk.renderer
SimpleRenderer2D.paintMolecule ( IAtomContainer atomCon, Graphics2D graphics )  :  void
SimpleRenderer2D.paintMolecule ( IAtomContainer atomCon, Graphics2D graphics, boolean split, boolean redossr )  :  void
SimpleRenderer2D.paintMolecule ( IAtomContainer atomCon, Graphics2D graphics, Rectangle2D bounds )  :  void
SimpleRenderer2D.redoSSSR ( List moleculesList )  :  void
SimpleRenderer2D.SimpleRenderer2D ( )
SimpleRenderer2D.SimpleRenderer2D ( Renderer2DModel r2dm )

cdk-1.0.4.jar, SimpleScript.class
package org.apache.xindice.server
SimpleScript.getAccessMethods ( )  :  int
SimpleScript.run ( Gateway gateway )  :  void
SimpleScript.SimpleScript ( )

cdk-1.0.4.jar, SimpleScriptComponent.class
package org.apache.xindice.server
SimpleScriptComponent.dispose ( )  :  void
SimpleScriptComponent.getName ( )  :  String
SimpleScriptComponent.getPackageName ( )  :  String
SimpleScriptComponent.getVersion ( )  :  float
SimpleScriptComponent.setKernel ( Kernel kernel )  :  void
SimpleScriptComponent.SimpleScriptComponent ( )

cdk-1.0.4.jar, SimpleXMLObject.class
package org.apache.xindice.core.objects
SimpleXMLObject.getCollection ( )  :  Collection
SimpleXMLObject.setCollection ( Collection collection )  :  void
SimpleXMLObject.SimpleXMLObject ( )

cdk-1.0.4.jar, SingleSubst.class
package org.apache.batik.svggen.font.table
SingleSubst.getFormat ( ) [abstract]  :  int
SingleSubst.read ( RandomAccessFile p1, int p2 ) [static]  :  SingleSubst
SingleSubst.SingleSubst ( )
SingleSubst.substitute ( int p1 ) [abstract]  :  int

cdk-1.0.4.jar, SingleSubstFormat1.class
package org.apache.batik.svggen.font.table
SingleSubstFormat1.getFormat ( )  :  int
SingleSubstFormat1.SingleSubstFormat1 ( RandomAccessFile p1, int p2 )
SingleSubstFormat1.substitute ( int p1 )  :  int

cdk-1.0.4.jar, SingleSubstFormat2.class
package org.apache.batik.svggen.font.table
SingleSubstFormat2.getFormat ( )  :  int
SingleSubstFormat2.SingleSubstFormat2 ( RandomAccessFile p1, int p2 )
SingleSubstFormat2.substitute ( int p1 )  :  int

cdk-1.0.4.jar, SingleTileRenderedImage.class
package org.apache.batik.ext.awt.image.codec
SingleTileRenderedImage.getTile ( int p1, int p2 )  :  Raster
SingleTileRenderedImage.SingleTileRenderedImage ( Raster p1, ColorModel p2 )

cdk-1.0.4.jar, SMARTSAtom.class
package org.openscience.cdk.isomorphism.matchers.smarts
SMARTSAtom.setOperator ( String str )  :  void

cdk-1.0.4.jar, SMARTSBond.class
package org.openscience.cdk.isomorphism.matchers.smarts
SMARTSBond.SMARTSBond ( IQueryAtom atom1, IQueryAtom atom2, double order )

cdk-1.0.4.jar, SMARTSOperatorAtom.class
package org.openscience.cdk.isomorphism.matchers.smarts
SMARTSOperatorAtom.matches ( IAtom atom )  :  boolean
SMARTSOperatorAtom.SMARTSOperatorAtom ( IQueryAtomContainer m_IQAT )
SMARTSOperatorAtom.SMARTSOperatorAtom ( IQueryAtomContainer m_IQAT, OperatorContainer m_OPC )
SMARTSOperatorAtom.toString ( )  :  String

cdk-1.0.4.jar, SmilesParser.class
package org.openscience.cdk.smiles
SmilesParser.isInterrupted ( )  :  boolean
SmilesParser.setInterrupted ( boolean interrupted )  :  void
SmilesParser.SmilesParser ( ) *DEPRECATED*

cdk-1.0.4.jar, SmilesValencyChecker.class
package org.openscience.cdk.tools
SmilesValencyChecker.calculateNumberOfImplicitHydrogens ( IAtom atom, double bondOrderSum, double maxBondOrder, int neighbourCount )  :  int
SmilesValencyChecker.couldMatchAtomType ( IAtom atom, double bondOrderSum, double maxBondOrder, IAtomType type )  :  boolean
SmilesValencyChecker.saturateByIncreasingBondOrder ( IBond bond, IAtomContainer atomContainer, double increment )  :  boolean
SmilesValencyChecker.unsaturateByDecreasingBondOrder ( IBond bond, double decrement )  :  boolean

cdk-1.0.4.jar, SmilesViewerforDeterministicGenerator.class
package org.openscience.cdk.applications.demo
SmilesViewerforDeterministicGenerator.actionPerformed ( ActionEvent e )  :  void
SmilesViewerforDeterministicGenerator.getAWindowAdapter ( )  :  WindowAdapter
SmilesViewerforDeterministicGenerator.init ( )  :  void
SmilesViewerforDeterministicGenerator.main ( String[ ] args ) [static]  :  void
SmilesViewerforDeterministicGenerator.SmilesViewerforDeterministicGenerator ( )

cdk-1.0.4.jar, SocketServer.class
package org.apache.xindice.server.services
SocketServer.createServerSocket ( )  :  boolean
SocketServer.getHostname ( )  :  String
SocketServer.getName ( )  :  String
SocketServer.getPort ( )  :  int
SocketServer.getProtocol ( ) [abstract]  :  String
SocketServer.initialize ( ) [abstract]  :  int
SocketServer.resume ( )  :  int
SocketServer.run ( ) [abstract]  :  void
SocketServer.setConfig ( Configuration config )  :  void
SocketServer.setKernel ( Kernel kernel )  :  void
SocketServer.setNotified ( )  :  void
SocketServer.setStatus ( int status )  :  void
SocketServer.setStatus ( int status, String statusmsg )  :  void
SocketServer.setStatusMessage ( String statusmsg )  :  void
SocketServer.SocketServer ( )
SocketServer.start ( )  :  int
SocketServer.status ( )  :  int
SocketServer.statusMessage ( )  :  String
SocketServer.stop ( )  :  int
SocketServer.suspend ( )  :  int
SocketServer.uninitialize ( )  :  int

cdk-1.0.4.jar, SoftDoublyIndexedTable.class
package org.apache.batik.util
SoftDoublyIndexedTable.clear ( )  :  void
SoftDoublyIndexedTable.get ( Object p1, Object p2 )  :  Object
SoftDoublyIndexedTable.hashCode ( Object p1, Object p2 )  :  int
SoftDoublyIndexedTable.put ( Object p1, Object p2, Object p3 )  :  Object
SoftDoublyIndexedTable.rehash ( )  :  void
SoftDoublyIndexedTable.removeClearedEntries ( )  :  void
SoftDoublyIndexedTable.size ( )  :  int
SoftDoublyIndexedTable.SoftDoublyIndexedTable ( )
SoftDoublyIndexedTable.SoftDoublyIndexedTable ( int p1 )

cdk-1.0.4.jar, SoftReferenceCache.class
package org.apache.batik.util
SoftReferenceCache.clearImpl ( Object p1 )  :  void
SoftReferenceCache.flush ( )  :  void
SoftReferenceCache.isDoneImpl ( Object p1 )  :  boolean
SoftReferenceCache.isPresentImpl ( Object p1 )  :  boolean
SoftReferenceCache.putImpl ( Object p1, Object p2 )  :  void
SoftReferenceCache.requestImpl ( Object p1 )  :  Object
SoftReferenceCache.SoftReferenceCache ( )

cdk-1.0.4.jar, SoftReferenceCleared.class
package org.apache.batik.util
CleanerThread.SoftReferenceCleared.CleanerThread.SoftReferenceCleared ( Object p1 )
CleanerThread.SoftReferenceCleared.cleared ( ) [abstract]  :  void

cdk-1.0.4.jar, SortedTableModel.class
package org.openscience.cdk.applications.swing
SortedTableModel.addMouseListenerToHeaderInTable ( JTable table )  :  void
SortedTableModel.addPropertyChangeListener ( PropertyChangeListener listener )  :  void
SortedTableModel.getSortedColumn ( )  :  int
SortedTableModel.getSortedIndex ( int aRow )  :  int
SortedTableModel.getValueAt ( int aRow, int aColumn )  :  Object
SortedTableModel.initializeIndexes ( )  :  void
SortedTableModel.isAscending ( )  :  boolean
SortedTableModel.removePropertyChangeListener ( PropertyChangeListener listener )  :  void
SortedTableModel.setValueAt ( Object aValue, int aRow, int aColumn )  :  void
SortedTableModel.sortByColumn ( int column )  :  void
SortedTableModel.sortByColumn ( int column, boolean ascending )  :  void
SortedTableModel.SortedTableModel ( TableModel model )
SortedTableModel.tableChanged ( TableModelEvent e )  :  void

cdk-1.0.4.jar, SpanningTree.class
package org.openscience.cdk.graph
SpanningTree.clear ( )  :  void
SpanningTree.resetFlags ( IAtomContainer ac ) [static]  :  void

cdk-1.0.4.jar, SpecialAttribute.class
package org.xmlcml.cml.element
SpecialAttribute.createSubclassedAttribute ( CMLElement parent, Attribute attribute ) [static]  :  Attribute
SpecialAttribute.getSummary ( )  :  String
SpecialAttribute.SpecialAttribute ( )

cdk-1.0.4.jar, SpecularLightingRable.class
package org.apache.batik.ext.awt.image.renderable
SpecularLightingRable.getKernelUnitLength ( ) [abstract]  :  double[ ]
SpecularLightingRable.getKs ( ) [abstract]  :  double
SpecularLightingRable.getLight ( ) [abstract]  :  Light
SpecularLightingRable.getLitRegion ( ) [abstract]  :  Rectangle2D
SpecularLightingRable.getSource ( ) [abstract]  :  Filter
SpecularLightingRable.getSpecularExponent ( ) [abstract]  :  double
SpecularLightingRable.getSurfaceScale ( ) [abstract]  :  double
SpecularLightingRable.setKernelUnitLength ( double[ ] p1 ) [abstract]  :  void
SpecularLightingRable.setKs ( double p1 ) [abstract]  :  void
SpecularLightingRable.setLight ( Light p1 ) [abstract]  :  void
SpecularLightingRable.setLitRegion ( Rectangle2D p1 ) [abstract]  :  void
SpecularLightingRable.setSource ( Filter p1 ) [abstract]  :  void
SpecularLightingRable.setSpecularExponent ( double p1 ) [abstract]  :  void
SpecularLightingRable.setSurfaceScale ( double p1 ) [abstract]  :  void

cdk-1.0.4.jar, SpecularLightingRable8Bit.class
package org.apache.batik.ext.awt.image.renderable
SpecularLightingRable8Bit.createRendering ( RenderContext p1 )  :  RenderedImage
SpecularLightingRable8Bit.getBounds2D ( )  :  Rectangle2D
SpecularLightingRable8Bit.getKernelUnitLength ( )  :  double[ ]
SpecularLightingRable8Bit.getKs ( )  :  double
SpecularLightingRable8Bit.getLight ( )  :  Light
SpecularLightingRable8Bit.getLitRegion ( )  :  Rectangle2D
SpecularLightingRable8Bit.getSource ( )  :  Filter
SpecularLightingRable8Bit.getSpecularExponent ( )  :  double
SpecularLightingRable8Bit.getSurfaceScale ( )  :  double
SpecularLightingRable8Bit.setKernelUnitLength ( double[ ] p1 )  :  void
SpecularLightingRable8Bit.setKs ( double p1 )  :  void
SpecularLightingRable8Bit.setLight ( Light p1 )  :  void
SpecularLightingRable8Bit.setLitRegion ( Rectangle2D p1 )  :  void
SpecularLightingRable8Bit.setSource ( Filter p1 )  :  void
SpecularLightingRable8Bit.setSpecularExponent ( double p1 )  :  void
SpecularLightingRable8Bit.setSurfaceScale ( double p1 )  :  void
SpecularLightingRable8Bit.SpecularLightingRable8Bit ( Filter p1, Rectangle2D p2, Light p3, double p4, double p5, double p6, double[ ] p7 )

cdk-1.0.4.jar, SpecularLightingRed.class
package org.apache.batik.ext.awt.image.rendered
SpecularLightingRed.copyData ( WritableRaster p1 )  :  WritableRaster
SpecularLightingRed.genRect ( WritableRaster p1 )  :  void
SpecularLightingRed.SpecularLightingRed ( double p1, double p2, Light p3, BumpMap p4, Rectangle p5, double p6, double p7, boolean p8 )

cdk-1.0.4.jar, SpotLight.class
package org.apache.batik.ext.awt.image
SpotLight.getLight ( double p1, double p2, double p3, double[ ] p4 )  :  void
SpotLight.getLightX ( )  :  double
SpotLight.getLightY ( )  :  double
SpotLight.getLightZ ( )  :  double
SpotLight.getLimitingConeAngle ( )  :  double
SpotLight.getPointAtX ( )  :  double
SpotLight.getPointAtY ( )  :  double
SpotLight.getPointAtZ ( )  :  double
SpotLight.getSpecularExponent ( )  :  double
SpotLight.isConstant ( )  :  boolean
SpotLight.SpotLight ( double p1, double p2, double p3, double p4, double p5, double p6, double p7, double p8, Color p9 )

cdk-1.0.4.jar, SSSRFinder.class
package org.openscience.cdk.ringsearch
SSSRFinder.findSSSR ( IAtomContainer ac ) [static]  :  IRingSet *DEPRECATED*
SSSRFinder.SSSRFinder ( ) *DEPRECATED*

cdk-1.0.4.jar, Standalone.class
package org.xmlcml.cml.element.test
Standalone.main ( String[ ] p1 ) [static]  :  void
Standalone.Standalone ( )
Standalone.Test1 ( ) [static]  :  void

cdk-1.0.4.jar, StandardSubstructureSets.class
package org.openscience.cdk.fingerprint
StandardSubstructureSets.getFunctionalGroupSubstructureSet ( ) [static]  :  IAtomContainerSet

cdk-1.0.4.jar, StdComponentManager.class
package org.apache.xindice.server.standard
StdComponentManager.addComponent ( ScriptComponent component )  :  boolean
StdComponentManager.addComponent ( ScriptComponent component, String name )  :  boolean
StdComponentManager.dispose ( )  :  void
StdComponentManager.getComponent ( String name )  :  ScriptComponent
StdComponentManager.getConfig ( )  :  Configuration
StdComponentManager.getFilters ( Versioning versioning )  :  ScriptFilter[ ]
StdComponentManager.removeComponent ( String name )  :  boolean
StdComponentManager.setConfig ( Configuration config )  :  void
StdComponentManager.setKernel ( Kernel kernel )  :  void
StdComponentManager.StdComponentManager ( )

cdk-1.0.4.jar, StdFileManager.class
package org.apache.xindice.server.standard
StdFileManager.getConfig ( )  :  Configuration
StdFileManager.getFileResource ( String filename )  :  FileResource
StdFileManager.getTemporaryFileResource ( )  :  FileResource
StdFileManager.setConfig ( Configuration config )  :  void
StdFileManager.setKernel ( Kernel kernel )  :  void
StdFileManager.StdFileManager ( )

cdk-1.0.4.jar, StdLogManager.class
package org.apache.xindice.server.standard
StdLogManager.dispose ( )  :  void
StdLogManager.getConfig ( )  :  Configuration
StdLogManager.logMessage ( int type, String host, String message )  :  void
StdLogManager.logMessage ( int type, String host, String user, String message )  :  void
StdLogManager.logMessage ( int type, String message )  :  void
StdLogManager.runTask ( )  :  void
StdLogManager.setConfig ( Configuration config )  :  void
StdLogManager.setKernel ( Kernel kernel )  :  void
StdLogManager.StdLogManager ( )

cdk-1.0.4.jar, StdResourceManager.class
package org.apache.xindice.server.standard
StdResourceManager.dispose ( )  :  void
StdResourceManager.getConfig ( )  :  Configuration
StdResourceManager.getResource ( String name )  :  Object
StdResourceManager.getResource ( Versioning versioning, String name )  :  Object
StdResourceManager.lockResource ( String name )  :  void
StdResourceManager.lockResource ( Versioning versioning, String name )  :  void
StdResourceManager.removeResource ( String name )  :  void
StdResourceManager.removeResource ( Versioning versioning, String name )  :  void
StdResourceManager.runTask ( )  :  void
StdResourceManager.setConfig ( Configuration config )  :  void
StdResourceManager.setKernel ( Kernel kernel )  :  void
StdResourceManager.setResource ( String name, Object object )  :  void
StdResourceManager.setResource ( Versioning versioning, String name, Object object )  :  void
StdResourceManager.StdResourceManager ( )
StdResourceManager.unlockResource ( String name )  :  void
StdResourceManager.unlockResource ( Versioning versioning, String name )  :  void

cdk-1.0.4.jar, StdScriptManager.class
package org.apache.xindice.server.standard
StdScriptManager.addScript ( String name, Script script )  :  boolean
StdScriptManager.dispose ( )  :  void
StdScriptManager.getConfig ( )  :  Configuration
StdScriptManager.getScript ( String name )  :  Script
StdScriptManager.removeScript ( String name )  :  void
StdScriptManager.runScript ( Script script, Gateway gateway, boolean useFilters )  :  void
StdScriptManager.runScript ( String name, Gateway gateway, boolean useFilters )  :  void
StdScriptManager.setConfig ( Configuration config )  :  void
StdScriptManager.setKernel ( Kernel kernel )  :  void
StdScriptManager.StdScriptManager ( )

cdk-1.0.4.jar, StdServiceManager.class
package org.apache.xindice.server.standard
StdServiceManager.addService ( Service service )  :  boolean
StdServiceManager.dispose ( )  :  void
StdServiceManager.getConfig ( )  :  Configuration
StdServiceManager.getService ( String name )  :  Service
StdServiceManager.listServices ( )  :  String[ ]
StdServiceManager.removeService ( Service service )  :  boolean
StdServiceManager.setConfig ( Configuration config )  :  void
StdServiceManager.setKernel ( Kernel kernel )  :  void
StdServiceManager.startServices ( )  :  boolean
StdServiceManager.StdServiceManager ( )
StdServiceManager.stopServices ( )  :  void

cdk-1.0.4.jar, StdUserManager.class
package org.apache.xindice.server.standard
StdUserManager.deleteUser ( String username )  :  void
StdUserManager.getConfig ( )  :  Configuration
StdUserManager.getUser ( String username )  :  User
StdUserManager.listUsers ( )  :  String[ ]
StdUserManager.listUsers ( String startsWith )  :  String[ ]
StdUserManager.newUser ( )  :  User
StdUserManager.setConfig ( Configuration config )  :  void
StdUserManager.setKernel ( Kernel kernel )  :  void
StdUserManager.setUser ( User user )  :  void
StdUserManager.StdUserManager ( )

cdk-1.0.4.jar, StereochemistryTool.class
package org.xmlcml.cml.tools
StereochemistryTool.add2DStereo ( )  :  void
StereochemistryTool.add3DStereo ( )  :  void
StereochemistryTool.addWedgeHatch ( )  :  void
StereochemistryTool.addWedgeHatchBonds ( )  :  void
StereochemistryTool.calculate3DStereo ( CMLBond bond, CMLAtom ligand0, CMLAtom ligand1 )  :  String
StereochemistryTool.calculateAtomParity ( CMLAtom atom )  :  CMLAtomParity
StereochemistryTool.flip2D ( CMLBond bond )  :  void
StereochemistryTool.get2DBondStereo ( CMLBond bond )  :  CMLBondStereo
StereochemistryTool.get2DLigandScalarProduct ( CMLAtom atom0, CMLAtom atom1, CMLAtom ligand01, CMLAtom ligand02 ) [static]  :  double
StereochemistryTool.get3DBondStereo ( CMLBond bond )  :  CMLBondStereo
StereochemistryTool.get3DLigandScalarProduct ( CMLAtom atom0, CMLAtom atom1, CMLAtom ligand01, CMLAtom ligand02 )  :  double
StereochemistryTool.getChiralAtoms ( )  :  List
StereochemistryTool.isChiralCentre ( CMLAtom atom )  :  boolean
StereochemistryTool.layoutDoubleBond ( CMLBond bond )  :  void
StereochemistryTool.StereochemistryTool ( CMLMolecule molecule )

cdk-1.0.4.jar, StereochemistryToolTest.class
package org.xmlcml.cml.tools.test
StereochemistryToolTest.makeConnectionTable1 ( )  :  void
StereochemistryToolTest.makeConnectionTable2 ( )  :  void
StereochemistryToolTest.makeConnectionTable3 ( )  :  void
StereochemistryToolTest.makeConnectionTable4 ( )  :  void
StereochemistryToolTest.makeConnectionTable5 ( )  :  void
StereochemistryToolTest.makeConnectionTable5a ( )  :  void
StereochemistryToolTest.makeConnectionTable6 ( )  :  void
StereochemistryToolTest.makeConnectionTable7 ( )  :  void
StereochemistryToolTest.makeConnectionTable8 ( )  :  void
StereochemistryToolTest.makeConnectionTable9 ( )  :  void
StereochemistryToolTest.makeConnectionTableBond0 ( )  :  void
StereochemistryToolTest.makeConnectionTableXmlAtom0 ( )  :  void
StereochemistryToolTest.makeConnectionTableXmlBonds ( )  :  void
StereochemistryToolTest.makeConnectionTableXomAtom0 ( )  :  void
StereochemistryToolTest.setUp ( )  :  void
StereochemistryToolTest.StereochemistryToolTest ( )
StereochemistryToolTest.suite ( ) [static]  :  Test
StereochemistryToolTest.testAddBondCMLBond ( )  :  void
StereochemistryToolTest.testAddSuffixToAtomIDs ( )  :  void
StereochemistryToolTest.testAppendToIdsMT ( )  :  void
StereochemistryToolTest.testBondContains ( )  :  void
StereochemistryToolTest.testBondGetAtom ( )  :  void
StereochemistryToolTest.testBondGetAtomId ( )  :  void
StereochemistryToolTest.testCalculateBondedAtoms ( )  :  void
StereochemistryToolTest.testCalculateBondOrdersFromXYZ3 ( )  :  void
StereochemistryToolTest.testCalculateBondsFromXYZ3 ( )  :  void
StereochemistryToolTest.testCMLConnectionTableCMLMoleculeStringArray ( )  :  void
StereochemistryToolTest.testCreateAndAddBondCMLAtomCMLAtom ( )  :  void
StereochemistryToolTest.testCreateAndAddBondStringString ( )  :  void
StereochemistryToolTest.testCreateUniqueAtomId ( )  :  void
StereochemistryToolTest.testCreateValenceAngles ( )  :  void
StereochemistryToolTest.testCreateValenceLengthsAtomSet ( )  :  void
StereochemistryToolTest.testDeleteAllAtoms ( )  :  void
StereochemistryToolTest.testDeleteAllBonds ( )  :  void
StereochemistryToolTest.testDeleteAtom ( )  :  void
StereochemistryToolTest.testGenerateBondIds ( )  :  void
StereochemistryToolTest.testGenerateId ( )  :  void
StereochemistryToolTest.testGetAtomById ( )  :  void
StereochemistryToolTest.testGetAtomByLabel ( )  :  void
StereochemistryToolTest.testGetAverageBondDistance ( )  :  void
StereochemistryToolTest.testGetBondList ( )  :  void
StereochemistryToolTest.testGetLigandCount ( )  :  void
StereochemistryToolTest.testGetLigandList ( )  :  void
StereochemistryToolTest.testGetOtherAtom ( )  :  void
StereochemistryToolTest.testIsBondedTo ( )  :  void
StereochemistryToolTest.testMergeMolecule ( )  :  void
StereochemistryToolTest.testPartitionIntoMolecules ( )  :  void
StereochemistryToolTest.testRemoveOverlapping3DAtomsCMLAtomSet ( )  :  void

cdk-1.0.4.jar, Stopwatch.class
package org.apache.xindice
Stopwatch.cancel ( )  :  void
Stopwatch.elapsed ( )  :  long
Stopwatch.reset ( )  :  void
Stopwatch.start ( )  :  void
Stopwatch.stop ( )  :  long
Stopwatch.Stopwatch ( )
Stopwatch.Stopwatch ( boolean immediate )
Stopwatch.Stopwatch ( String label )
Stopwatch.Stopwatch ( String label, boolean immediate )
Stopwatch.toString ( )  :  String
Stopwatch.total ( )  :  long

cdk-1.0.4.jar, Strand.class
package org.openscience.cdk
Strand.getMonomers ( )  :  Hashtable

cdk-1.0.4.jar, Strategy.class
package org.xmlcml.cml.tools
AtomMatcher.Strategy.toString ( )  :  String
AtomMatcher.Strategy.valueOf ( String p1 ) [static]  :  AtomMatcher.Strategy
AtomMatcher.Strategy.values ( ) [static]  :  AtomMatcher.Strategy[ ]

cdk-1.0.4.jar, Streamable.class
package org.apache.xindice.core.filer
Streamable.read ( DataInputStream p1 ) [abstract]  :  void
Streamable.write ( DataOutputStream p1 ) [abstract]  :  void

cdk-1.0.4.jar, StreamNormalizingReader.class
package org.apache.batik.util.io
StreamNormalizingReader.close ( )  :  void
StreamNormalizingReader.createCharDecoder ( InputStream p1, String p2 )  :  CharDecoder
StreamNormalizingReader.getColumn ( )  :  int
StreamNormalizingReader.getLine ( )  :  int
StreamNormalizingReader.read ( )  :  int
StreamNormalizingReader.StreamNormalizingReader ( )
StreamNormalizingReader.StreamNormalizingReader ( InputStream p1 )
StreamNormalizingReader.StreamNormalizingReader ( InputStream p1, String p2 )
StreamNormalizingReader.StreamNormalizingReader ( Reader p1 )

cdk-1.0.4.jar, StreamRegistryEntry.class
package org.apache.batik.ext.awt.image.spi
StreamRegistryEntry.getReadlimit ( ) [abstract]  :  int
StreamRegistryEntry.handleStream ( InputStream p1, ParsedURL p2, boolean p3 ) [abstract]  :  Filter
StreamRegistryEntry.isCompatibleStream ( InputStream p1 ) [abstract]  :  boolean

cdk-1.0.4.jar, StretchBendInteractions.class
package org.openscience.cdk.modeling.forcefield
StretchBendInteractions.setMMFF94StretchBendParameters ( IAtomContainer molecule, Hashtable parameterSet, boolean angleBendingFlag )  :  void

cdk-1.0.4.jar, StringArrayAttribute.class
package org.xmlcml.cml.base
StringArrayAttribute.checkValue ( String[ ] ss )  :  void
StringArrayAttribute.getCMLValue ( )  :  Object
StringArrayAttribute.getJavaGetMethod ( )  :  String
StringArrayAttribute.getJavaShortClassName ( )  :  String
StringArrayAttribute.getJavaType ( )  :  String
StringArrayAttribute.getStringArray ( )  :  String[ ]
StringArrayAttribute.setCMLValue ( String s )  :  void
StringArrayAttribute.setCMLValue ( String[ ] ss )  :  void
StringArrayAttribute.StringArrayAttribute ( Attribute att )
StringArrayAttribute.StringArrayAttribute ( Attribute att, String value )
StringArrayAttribute.StringArrayAttribute ( String name )
StringArrayAttribute.StringArrayAttribute ( StringArrayAttribute att )

cdk-1.0.4.jar, StringArrayAttributeTest.class
package org.xmlcml.cml.base.test
StringArrayAttributeTest.setUp ( )  :  void
StringArrayAttributeTest.StringArrayAttributeTest ( )
StringArrayAttributeTest.suite ( ) [static]  :  Test
StringArrayAttributeTest.testCheckValue ( )  :  void
StringArrayAttributeTest.testGetCMLValue ( )  :  void
StringArrayAttributeTest.testGetStringArray ( )  :  void
StringArrayAttributeTest.testSetCMLValueString ( )  :  void
StringArrayAttributeTest.testSetCMLValueStringArray ( )  :  void
StringArrayAttributeTest.testStringArrayAttributeStringArrayAttribute ( )  :  void

cdk-1.0.4.jar, StringAttribute.class
package org.xmlcml.cml.base
StringAttribute.checkValue ( String s )  :  void
StringAttribute.getJavaGetMethod ( )  :  String
StringAttribute.getJavaShortClassName ( )  :  String
StringAttribute.getJavaType ( )  :  String
StringAttribute.getString ( )  :  String
StringAttribute.setCMLValue ( String s )  :  void
StringAttribute.StringAttribute ( Attribute att )
StringAttribute.StringAttribute ( Attribute att, String value )
StringAttribute.StringAttribute ( String name )
StringAttribute.StringAttribute ( StringAttribute att )

cdk-1.0.4.jar, StringAttributeTest.class
package org.xmlcml.cml.base.test
StringAttributeTest.setUp ( )  :  void
StringAttributeTest.StringAttributeTest ( )
StringAttributeTest.suite ( ) [static]  :  Test
StringAttributeTest.testCheckValue ( )  :  void
StringAttributeTest.testGetCMLValue ( )  :  void
StringAttributeTest.testGetString ( )  :  void
StringAttributeTest.testSetCMLValueString ( )  :  void
StringAttributeTest.testSetCMLValueStringX ( )  :  void
StringAttributeTest.testStringAttributeStringAttribute ( )  :  void

cdk-1.0.4.jar, StringDecoder.class
package org.apache.batik.util.io
StringDecoder.dispose ( )  :  void
StringDecoder.readChar ( )  :  int
StringDecoder.StringDecoder ( String p1 )

cdk-1.0.4.jar, StringNormalizingReader.class
package org.apache.batik.util.io
StringNormalizingReader.close ( )  :  void
StringNormalizingReader.getColumn ( )  :  int
StringNormalizingReader.getLine ( )  :  int
StringNormalizingReader.read ( )  :  int
StringNormalizingReader.StringNormalizingReader ( String p1 )

cdk-1.0.4.jar, StringSerializer.class
package org.apache.xindice.tools.command
StringSerializer.characters ( char[ ] data, int start, int len )  :  void
StringSerializer.comment ( char[ ] data, int start, int len )  :  void
StringSerializer.endCDATA ( )  :  void
StringSerializer.endDocument ( )  :  void
StringSerializer.endDTD ( )  :  void
StringSerializer.endElement ( String namespaceUri, String localName, String qName )  :  void
StringSerializer.endEntity ( String entity )  :  void
StringSerializer.endPrefixMapping ( String prefix )  :  void
StringSerializer.ignorableWhitespace ( char[ ] data, int start, int len )  :  void
StringSerializer.processingInstruction ( String target, String data )  :  void
StringSerializer.setDocumentLocator ( Locator locator )  :  void
StringSerializer.skippedEntity ( String entity )  :  void
StringSerializer.startCDATA ( )  :  void
StringSerializer.startDocument ( )  :  void
StringSerializer.startDTD ( String docType, String systemID, String publicID )  :  void
StringSerializer.startElement ( String namespaceUri, String localName, String qName, Attributes att )  :  void
StringSerializer.startEntity ( String entity )  :  void
StringSerializer.startPrefixMapping ( String prefix, String uri )  :  void
StringSerializer.StringSerializer ( String outputEncoding )
StringSerializer.toString ( )  :  String

cdk-1.0.4.jar, StringTest.class
package org.xmlcml.euclid.test
StringTest.assertEquals ( String p1, String[ ] p2, String[ ] p3 ) [static]  :  void
StringTest.assertNotEquals ( String p1, String[ ] p2, String[ ] p3 ) [static]  :  void
StringTest.StringTest ( )

cdk-1.0.4.jar, StringUtilities.class
package org.apache.xindice.util
StringUtilities.findWhiteSpace ( String value ) [static]  :  int
StringUtilities.findWhiteSpace ( String value, int start ) [static]  :  int
StringUtilities.javaEncode ( String value ) [static]  :  String
StringUtilities.leftJustify ( String value, int width ) [static]  :  String
StringUtilities.parseBuffer ( Map retprops, String inbuffer, String delimiters, boolean urldecode, boolean multivalue ) [static]  :  void
StringUtilities.rightJustify ( String value, int width ) [static]  :  String
StringUtilities.stringToInt ( String value ) [static]  :  int
StringUtilities.stringToInt ( String value, int defvalue ) [static]  :  int

cdk-1.0.4.jar, StructGenAtomTypeGuesser.class
package org.openscience.cdk.atomtype
StructGenAtomTypeGuesser.possbibleAtomTypes ( IAtomContainer atomContainer, IAtom atom )  :  List

cdk-1.0.4.jar, StructureResonanceGenerator.class
package org.openscience.cdk.tools
StructureResonanceGenerator.getAllStructures ( IAtomContainer atomContainer )  :  IAtomContainerSet
StructureResonanceGenerator.getStructures ( IAtomContainer atomContainer )  :  IAtomContainerSet
StructureResonanceGenerator.StructureResonanceGenerator ( boolean cationR, boolean anionR, boolean radicalR, boolean bondR, boolean hyperconjugationR, boolean hasActiveCenter, int maxStructuresToObtain )

cdk-1.0.4.jar, StyleHandler.class
package org.apache.batik.svggen
StyleHandler.setStyle ( Element p1, Map p2, SVGGeneratorContext p3 ) [abstract]  :  void

cdk-1.0.4.jar, StyleNotFoundException.class
package org.apache.xindice.core.query
StyleNotFoundException.StyleNotFoundException ( )
StyleNotFoundException.StyleNotFoundException ( String message )

cdk-1.0.4.jar, StyleSheetFactory.class
package org.apache.batik.dom
StyleSheetFactory.createStyleSheet ( Node p1, HashTable p2 ) [abstract]  :  StyleSheet

cdk-1.0.4.jar, StyleSheetProcessingInstruction.class
package org.apache.batik.dom
StyleSheetProcessingInstruction.getPseudoAttributes ( )  :  HashTable
StyleSheetProcessingInstruction.getSheet ( )  :  StyleSheet
StyleSheetProcessingInstruction.getTarget ( )  :  String
StyleSheetProcessingInstruction.isReadonly ( )  :  boolean
StyleSheetProcessingInstruction.newNode ( )  :  Node
StyleSheetProcessingInstruction.setData ( String p1 )  :  void
StyleSheetProcessingInstruction.setNodeName ( String p1 )  :  void
StyleSheetProcessingInstruction.setReadonly ( boolean p1 )  :  void
StyleSheetProcessingInstruction.StyleSheetProcessingInstruction ( )
StyleSheetProcessingInstruction.StyleSheetProcessingInstruction ( String p1, AbstractDocument p2, StyleSheetFactory p3 )

cdk-1.0.4.jar, SubstructureFingerprinter.class
package org.openscience.cdk.fingerprint
SubstructureFingerprinter.SubstructureFingerprinter ( IAtomContainerSet substructureSet )

cdk-1.0.4.jar, SVGAlphaComposite.class
package org.apache.batik.svggen
SVGAlphaComposite.getAlphaCompositeFilterSet ( )  :  List
SVGAlphaComposite.requiresBackgroundAccess ( )  :  boolean
SVGAlphaComposite.SVGAlphaComposite ( SVGGeneratorContext p1 )
SVGAlphaComposite.toSVG ( AlphaComposite p1 )  :  SVGCompositeDescriptor
SVGAlphaComposite.toSVG ( GraphicContext p1 )  :  SVGDescriptor

cdk-1.0.4.jar, SVGAttribute.class
package org.apache.batik.svggen
SVGAttribute.appliesTo ( String p1 )  :  boolean
SVGAttribute.SVGAttribute ( Set p1, boolean p2 )

cdk-1.0.4.jar, SVGAttributeMap.class
package org.apache.batik.svggen
SVGAttributeMap.get ( String p1 ) [static]  :  SVGAttribute
SVGAttributeMap.SVGAttributeMap ( )

cdk-1.0.4.jar, SVGBasicStroke.class
package org.apache.batik.svggen
SVGBasicStroke.SVGBasicStroke ( SVGGeneratorContext p1 )
SVGBasicStroke.toSVG ( BasicStroke p1 )  :  SVGStrokeDescriptor
SVGBasicStroke.toSVG ( GraphicContext p1 )  :  SVGDescriptor

cdk-1.0.4.jar, SVGBufferedImageOp.class
package org.apache.batik.svggen
SVGBufferedImageOp.getConvolveOpConverter ( )  :  SVGConvolveOp
SVGBufferedImageOp.getCustomBufferedImageOpConverter ( )  :  SVGCustomBufferedImageOp
SVGBufferedImageOp.getDefinitionSet ( )  :  List
SVGBufferedImageOp.getLookupOpConverter ( )  :  SVGLookupOp
SVGBufferedImageOp.getRescaleOpConverter ( )  :  SVGRescaleOp
SVGBufferedImageOp.SVGBufferedImageOp ( SVGGeneratorContext p1 )
SVGBufferedImageOp.toSVG ( BufferedImageOp p1, Rectangle p2 )  :  SVGFilterDescriptor

cdk-1.0.4.jar, SVGClip.class
package org.apache.batik.svggen
SVGClip.SVGClip ( SVGGeneratorContext p1 )
SVGClip.toSVG ( GraphicContext p1 )  :  SVGDescriptor

cdk-1.0.4.jar, SVGClipDescriptor.class
package org.apache.batik.svggen
SVGClipDescriptor.getAttributeMap ( Map p1 )  :  Map
SVGClipDescriptor.getDefinitionSet ( List p1 )  :  List
SVGClipDescriptor.SVGClipDescriptor ( String p1, Element p2 )

cdk-1.0.4.jar, SVGColor.class
package org.apache.batik.svggen
SVGColor.SVGColor ( SVGGeneratorContext p1 )
SVGColor.toSVG ( Color p1, SVGGeneratorContext p2 ) [static]  :  SVGPaintDescriptor
SVGColor.toSVG ( GraphicContext p1 )  :  SVGDescriptor

cdk-1.0.4.jar, SVGComposite.class
package org.apache.batik.ext.awt.image
SVGComposite.createContext ( ColorModel p1, ColorModel p2, RenderingHints p3 )  :  CompositeContext
SVGComposite.equals ( Object p1 )  :  boolean
SVGComposite.getRule ( )  :  CompositeRule
SVGComposite.is_INT_PACK ( ColorModel p1 )  :  boolean
SVGComposite.SVGComposite ( CompositeRule p1 )
package org.apache.batik.svggen
SVGComposite.getAlphaCompositeConverter ( )  :  SVGAlphaComposite
SVGComposite.getCustomCompositeConverter ( )  :  SVGCustomComposite
SVGComposite.getDefinitionSet ( )  :  List
SVGComposite.SVGComposite ( SVGGeneratorContext p1 )
SVGComposite.toSVG ( Composite p1 )  :  SVGCompositeDescriptor
SVGComposite.toSVG ( GraphicContext p1 )  :  SVGDescriptor

cdk-1.0.4.jar, SVGCompositeDescriptor.class
package org.apache.batik.svggen
SVGCompositeDescriptor.getAttributeMap ( Map p1 )  :  Map
SVGCompositeDescriptor.getDef ( )  :  Element
SVGCompositeDescriptor.getDefinitionSet ( List p1 )  :  List
SVGCompositeDescriptor.getFilterValue ( )  :  String
SVGCompositeDescriptor.getOpacityValue ( )  :  String
SVGCompositeDescriptor.SVGCompositeDescriptor ( String p1, String p2 )
SVGCompositeDescriptor.SVGCompositeDescriptor ( String p1, String p2, Element p3 )

cdk-1.0.4.jar, SVGConverter.class
package org.apache.batik.svggen
SVGConverter.getDefinitionSet ( ) [abstract]  :  List
SVGConverter.toSVG ( GraphicContext p1 ) [abstract]  :  SVGDescriptor

cdk-1.0.4.jar, SVGConvolveOp.class
package org.apache.batik.svggen
SVGConvolveOp.SVGConvolveOp ( SVGGeneratorContext p1 )
SVGConvolveOp.toSVG ( BufferedImageOp p1, Rectangle p2 )  :  SVGFilterDescriptor
SVGConvolveOp.toSVG ( ConvolveOp p1 )  :  SVGFilterDescriptor

cdk-1.0.4.jar, SVGCSSStyler.class
package org.apache.batik.svggen
SVGCSSStyler.style ( Node p1 ) [static]  :  void
SVGCSSStyler.SVGCSSStyler ( )

cdk-1.0.4.jar, SVGCustomBufferedImageOp.class
package org.apache.batik.svggen
SVGCustomBufferedImageOp.SVGCustomBufferedImageOp ( SVGGeneratorContext p1 )
SVGCustomBufferedImageOp.toSVG ( BufferedImageOp p1, Rectangle p2 )  :  SVGFilterDescriptor

cdk-1.0.4.jar, SVGCustomComposite.class
package org.apache.batik.svggen
SVGCustomComposite.SVGCustomComposite ( SVGGeneratorContext p1 )
SVGCustomComposite.toSVG ( Composite p1 )  :  SVGCompositeDescriptor
SVGCustomComposite.toSVG ( GraphicContext p1 )  :  SVGDescriptor

cdk-1.0.4.jar, SVGCustomPaint.class
package org.apache.batik.svggen
SVGCustomPaint.SVGCustomPaint ( SVGGeneratorContext p1 )
SVGCustomPaint.toSVG ( GraphicContext p1 )  :  SVGDescriptor
SVGCustomPaint.toSVG ( Paint p1 )  :  SVGPaintDescriptor

cdk-1.0.4.jar, SVGDescriptor.class
package org.apache.batik.svggen
SVGDescriptor.getAttributeMap ( Map p1 ) [abstract]  :  Map
SVGDescriptor.getDefinitionSet ( List p1 ) [abstract]  :  List

cdk-1.0.4.jar, SVGEllipse.class
package org.apache.batik.svggen
SVGEllipse.SVGEllipse ( SVGGeneratorContext p1 )
SVGEllipse.toSVG ( Ellipse2D p1 )  :  Element

cdk-1.0.4.jar, SVGFilterConverter.class
package org.apache.batik.svggen
SVGFilterConverter.getDefinitionSet ( ) [abstract]  :  List
SVGFilterConverter.toSVG ( BufferedImageOp p1, Rectangle p2 ) [abstract]  :  SVGFilterDescriptor

cdk-1.0.4.jar, SVGFilterDescriptor.class
package org.apache.batik.svggen
SVGFilterDescriptor.getDef ( )  :  Element
SVGFilterDescriptor.getFilterValue ( )  :  String
SVGFilterDescriptor.SVGFilterDescriptor ( String p1 )
SVGFilterDescriptor.SVGFilterDescriptor ( String p1, Element p2 )

cdk-1.0.4.jar, SVGFont.class
package org.apache.batik.svggen
SVGFont.familyToSVG ( Font p1 ) [static]  :  String
SVGFont.recordFontUsage ( String p1, Font p2 )  :  void
SVGFont.styleToSVG ( Font p1 ) [static]  :  String
SVGFont.SVGFont ( SVGGeneratorContext p1 )
SVGFont.toSVG ( Font p1, FontRenderContext p2 )  :  SVGFontDescriptor
SVGFont.toSVG ( GraphicContext p1 )  :  SVGDescriptor
SVGFont.weightToSVG ( Font p1 ) [static]  :  String
package org.apache.batik.svggen.font
SVGFont.encodeEntities ( String p1 ) [static]  :  String
SVGFont.getContourAsSVGPathData ( Glyph p1, int p2, int p3 ) [static]  :  String
SVGFont.getGlyphAsSVG ( Font p1, Glyph p2, int p3, int p4, SingleSubst p5, SingleSubst p6, SingleSubst p7, String p8 ) [static]  :  String
SVGFont.getGlyphAsSVG ( Font p1, Glyph p2, int p3, int p4, String p5, String p6 ) [static]  :  String
SVGFont.getKerningPairAsSVG ( KerningPair p1, PostTable p2 ) [static]  :  String
SVGFont.getSVGFontFaceElement ( Font p1 ) [static]  :  String
SVGFont.main ( String[ ] p1 ) [static]  :  void
SVGFont.SVGFont ( )
SVGFont.writeFontAsSVGFragment ( PrintStream p1, Font p2, String p3, int p4, int p5, boolean p6 ) [static]  :  void
SVGFont.writeSvgBegin ( PrintStream p1 ) [static]  :  void
SVGFont.writeSvgDefsBegin ( PrintStream p1 ) [static]  :  void
SVGFont.writeSvgDefsEnd ( PrintStream p1 ) [static]  :  void
SVGFont.writeSvgEnd ( PrintStream p1 ) [static]  :  void
SVGFont.writeSvgTestCard ( PrintStream p1, String p2 ) [static]  :  void

cdk-1.0.4.jar, SVGFontDescriptor.class
package org.apache.batik.svggen
SVGFontDescriptor.getAttributeMap ( Map p1 )  :  Map
SVGFontDescriptor.getDef ( )  :  Element
SVGFontDescriptor.getDefinitionSet ( List p1 )  :  List
SVGFontDescriptor.SVGFontDescriptor ( String p1, String p2, String p3, String p4, Element p5 )

cdk-1.0.4.jar, SVGGeneratorContext.class
package org.apache.batik.svggen
SVGGeneratorContext.createDefault ( Document p1 ) [static]  :  SVGGeneratorContext
SVGGeneratorContext.doubleString ( double p1 )  :  String
SVGGeneratorContext.getComment ( )  :  String
SVGGeneratorContext.getDOMFactory ( )  :  Document
SVGGeneratorContext.getErrorHandler ( )  :  ErrorHandler
SVGGeneratorContext.getExtensionHandler ( )  :  ExtensionHandler
SVGGeneratorContext.getGraphicContextDefaults ( )  :  SVGGeneratorContext.GraphicContextDefaults
SVGGeneratorContext.getIDGenerator ( )  :  SVGIDGenerator
SVGGeneratorContext.getImageHandler ( )  :  ImageHandler
SVGGeneratorContext.getPrecision ( )  :  int
SVGGeneratorContext.getStyleHandler ( )  :  StyleHandler
SVGGeneratorContext.isEmbeddedFontsOn ( )  :  boolean
SVGGeneratorContext.setComment ( String p1 )  :  void
SVGGeneratorContext.setDOMFactory ( Document p1 )  :  void
SVGGeneratorContext.setEmbeddedFontsOn ( boolean p1 )  :  void
SVGGeneratorContext.setErrorHandler ( ErrorHandler p1 )  :  void
SVGGeneratorContext.setExtensionHandler ( ExtensionHandler p1 )  :  void
SVGGeneratorContext.setGenericImageHandler ( GenericImageHandler p1 )  :  void
SVGGeneratorContext.setGraphicContextDefaults ( SVGGeneratorContext.GraphicContextDefaults p1 )  :  void
SVGGeneratorContext.setIDGenerator ( SVGIDGenerator p1 )  :  void
SVGGeneratorContext.setImageHandler ( ImageHandler p1 )  :  void
SVGGeneratorContext.setPrecision ( int p1 )  :  void
SVGGeneratorContext.setStyleHandler ( StyleHandler p1 )  :  void
SVGGeneratorContext.SVGGeneratorContext ( Document p1 )

cdk-1.0.4.jar, SVGGraphicContext.class
package org.apache.batik.svggen
SVGGraphicContext.getContext ( )  :  Map
SVGGraphicContext.getGraphicElementContext ( )  :  Map
SVGGraphicContext.getGroupContext ( )  :  Map
SVGGraphicContext.getTransformStack ( )  :  TransformStackElement[ ]
SVGGraphicContext.SVGGraphicContext ( Map p1, Map p2, TransformStackElement[ ] p3 )
SVGGraphicContext.SVGGraphicContext ( Map p1, TransformStackElement[ ] p2 )

cdk-1.0.4.jar, SVGGraphicContextConverter.class
package org.apache.batik.svggen
SVGGraphicContextConverter.getClipConverter ( )  :  SVGClip
SVGGraphicContextConverter.getCompositeConverter ( )  :  SVGComposite
SVGGraphicContextConverter.getDefinitionSet ( )  :  List
SVGGraphicContextConverter.getFontConverter ( )  :  SVGFont
SVGGraphicContextConverter.getHintsConverter ( )  :  SVGRenderingHints
SVGGraphicContextConverter.getPaintConverter ( )  :  SVGPaint
SVGGraphicContextConverter.getStrokeConverter ( )  :  SVGBasicStroke
SVGGraphicContextConverter.getTransformConverter ( )  :  SVGTransform
SVGGraphicContextConverter.SVGGraphicContextConverter ( SVGGeneratorContext p1 )
SVGGraphicContextConverter.toSVG ( GraphicContext p1 )  :  SVGGraphicContext
SVGGraphicContextConverter.toSVG ( TransformStackElement[ ] p1 )  :  String

cdk-1.0.4.jar, SVGGraphicObjectConverter.class
package org.apache.batik.svggen
SVGGraphicObjectConverter.doubleString ( double p1 )  :  String
SVGGraphicObjectConverter.SVGGraphicObjectConverter ( SVGGeneratorContext p1 )

cdk-1.0.4.jar, SVGGraphics2D.class
package org.apache.batik.svggen
SVGGraphics2D.buildSVGGeneratorContext ( Document p1, ImageHandler p2, ExtensionHandler p3 ) [static]  :  SVGGeneratorContext
SVGGraphics2D.copyArea ( int p1, int p2, int p3, int p4, int p5, int p6 )  :  void
SVGGraphics2D.create ( )  :  Graphics
SVGGraphics2D.dispose ( )  :  void
SVGGraphics2D.draw ( Shape p1 )  :  void
SVGGraphics2D.drawImage ( BufferedImage p1, BufferedImageOp p2, int p3, int p4 )  :  void
SVGGraphics2D.drawImage ( Image p1, AffineTransform p2, ImageObserver p3 )  :  boolean
SVGGraphics2D.drawImage ( Image p1, int p2, int p3, ImageObserver p4 )  :  boolean
SVGGraphics2D.drawImage ( Image p1, int p2, int p3, int p4, int p5, ImageObserver p6 )  :  boolean
SVGGraphics2D.drawRenderableImage ( RenderableImage p1, AffineTransform p2 )  :  void
SVGGraphics2D.drawRenderedImage ( RenderedImage p1, AffineTransform p2 )  :  void
SVGGraphics2D.drawString ( AttributedCharacterIterator p1, float p2, float p3 )  :  void
SVGGraphics2D.drawString ( String p1, float p2, float p3 )  :  void
SVGGraphics2D.fill ( Shape p1 )  :  void
SVGGraphics2D.getDefinitionSet ( )  :  List
SVGGraphics2D.getDeviceConfiguration ( )  :  GraphicsConfiguration
SVGGraphics2D.getDOMFactory ( )  :  Document
SVGGraphics2D.getDOMGroupManager ( )  :  DOMGroupManager
SVGGraphics2D.getDOMTreeManager ( )  :  DOMTreeManager
SVGGraphics2D.getExtensionHandler ( )  :  ExtensionHandler
SVGGraphics2D.getFontMetrics ( Font p1 )  :  FontMetrics
SVGGraphics2D.getGeneratorContext ( )  :  SVGGeneratorContext
SVGGraphics2D.getGenericImageHandler ( )  :  GenericImageHandler
SVGGraphics2D.getImageHandler ( )  :  ImageHandler
SVGGraphics2D.getRoot ( )  :  Element
SVGGraphics2D.getRoot ( Element p1 )  :  Element
SVGGraphics2D.getSVGCanvasSize ( )  :  Dimension
SVGGraphics2D.getTopLevelGroup ( )  :  Element
SVGGraphics2D.getTopLevelGroup ( boolean p1 )  :  Element
SVGGraphics2D.setExtensionHandler ( ExtensionHandler p1 )  :  void
SVGGraphics2D.setSVGCanvasSize ( Dimension p1 )  :  void
SVGGraphics2D.setTopLevelGroup ( Element p1 )  :  void
SVGGraphics2D.setXORMode ( Color p1 )  :  void
SVGGraphics2D.stream ( Element p1, Writer p2 )  :  void
SVGGraphics2D.stream ( Element p1, Writer p2, boolean p3 )  :  void
SVGGraphics2D.stream ( String p1 )  :  void
SVGGraphics2D.stream ( String p1, boolean p2 )  :  void
SVGGraphics2D.stream ( Writer p1 )  :  void
SVGGraphics2D.stream ( Writer p1, boolean p2 )  :  void
SVGGraphics2D.SVGGraphics2D ( Document p1 )
SVGGraphics2D.SVGGraphics2D ( Document p1, ImageHandler p2, ExtensionHandler p3, boolean p4 )
SVGGraphics2D.SVGGraphics2D ( SVGGeneratorContext p1, boolean p2 )
SVGGraphics2D.SVGGraphics2D ( SVGGraphics2D p1 )

cdk-1.0.4.jar, SVGGraphics2DIOException.class
package org.apache.batik.svggen
SVGGraphics2DIOException.getException ( )  :  IOException
SVGGraphics2DIOException.getMessage ( )  :  String
SVGGraphics2DIOException.SVGGraphics2DIOException ( IOException p1 )
SVGGraphics2DIOException.SVGGraphics2DIOException ( String p1 )
SVGGraphics2DIOException.SVGGraphics2DIOException ( String p1, IOException p2 )

cdk-1.0.4.jar, SVGGraphics2DRuntimeException.class
package org.apache.batik.svggen
SVGGraphics2DRuntimeException.getException ( )  :  Exception
SVGGraphics2DRuntimeException.getMessage ( )  :  String
SVGGraphics2DRuntimeException.SVGGraphics2DRuntimeException ( Exception p1 )
SVGGraphics2DRuntimeException.SVGGraphics2DRuntimeException ( String p1 )
SVGGraphics2DRuntimeException.SVGGraphics2DRuntimeException ( String p1, Exception p2 )

cdk-1.0.4.jar, SVGHintsDescriptor.class
package org.apache.batik.svggen
SVGHintsDescriptor.getAttributeMap ( Map p1 )  :  Map
SVGHintsDescriptor.getDefinitionSet ( List p1 )  :  List
SVGHintsDescriptor.SVGHintsDescriptor ( String p1, String p2, String p3, String p4, String p5 )

cdk-1.0.4.jar, SVGIDGenerator.class
package org.apache.batik.svggen
SVGIDGenerator.generateID ( String p1 )  :  String
SVGIDGenerator.SVGIDGenerator ( )

cdk-1.0.4.jar, SVGLine.class
package org.apache.batik.svggen
SVGLine.SVGLine ( SVGGeneratorContext p1 )
SVGLine.toSVG ( Line2D p1 )  :  Element

cdk-1.0.4.jar, SVGLinearGradient.class
package org.apache.batik.svggen
SVGLinearGradient.SVGLinearGradient ( SVGGeneratorContext p1 )
SVGLinearGradient.toSVG ( GradientPaint p1 )  :  SVGPaintDescriptor
SVGLinearGradient.toSVG ( GraphicContext p1 )  :  SVGDescriptor

cdk-1.0.4.jar, SVGLookupOp.class
package org.apache.batik.svggen
SVGLookupOp.SVGLookupOp ( SVGGeneratorContext p1 )
SVGLookupOp.toSVG ( BufferedImageOp p1, Rectangle p2 )  :  SVGFilterDescriptor
SVGLookupOp.toSVG ( LookupOp p1 )  :  SVGFilterDescriptor

cdk-1.0.4.jar, SVGPaint.class
package org.apache.batik.svggen
SVGPaint.getColorConverter ( )  :  SVGColor
SVGPaint.getCustomPaintConverter ( )  :  SVGCustomPaint
SVGPaint.getDefinitionSet ( )  :  List
SVGPaint.getGradientPaintConverter ( )  :  SVGLinearGradient
SVGPaint.getTexturePaintConverter ( )  :  SVGTexturePaint
SVGPaint.SVGPaint ( SVGGeneratorContext p1 )
SVGPaint.toSVG ( GraphicContext p1 )  :  SVGDescriptor
SVGPaint.toSVG ( Paint p1 )  :  SVGPaintDescriptor

cdk-1.0.4.jar, SVGPaintDescriptor.class
package org.apache.batik.svggen
SVGPaintDescriptor.getAttributeMap ( Map p1 )  :  Map
SVGPaintDescriptor.getDef ( )  :  Element
SVGPaintDescriptor.getDefinitionSet ( List p1 )  :  List
SVGPaintDescriptor.getOpacityValue ( )  :  String
SVGPaintDescriptor.getPaintValue ( )  :  String
SVGPaintDescriptor.SVGPaintDescriptor ( String p1, String p2 )
SVGPaintDescriptor.SVGPaintDescriptor ( String p1, String p2, Element p3 )

cdk-1.0.4.jar, SVGPath.class
package org.apache.batik.svggen
SVGPath.SVGPath ( SVGGeneratorContext p1 )
SVGPath.toSVG ( Shape p1 )  :  Element
SVGPath.toSVGPathData ( Shape p1, SVGGeneratorContext p2 ) [static]  :  String

cdk-1.0.4.jar, SVGPolygon.class
package org.apache.batik.svggen
SVGPolygon.SVGPolygon ( SVGGeneratorContext p1 )
SVGPolygon.toSVG ( Polygon p1 )  :  Element

cdk-1.0.4.jar, SVGRectangle.class
package org.apache.batik.svggen
SVGRectangle.SVGRectangle ( SVGGeneratorContext p1 )
SVGRectangle.toSVG ( Rectangle2D p1 )  :  Element
SVGRectangle.toSVG ( RoundRectangle2D p1 )  :  Element

cdk-1.0.4.jar, SVGRenderingHints.class
package org.apache.batik.svggen
SVGRenderingHints.SVGRenderingHints ( SVGGeneratorContext p1 )
SVGRenderingHints.toSVG ( GraphicContext p1 )  :  SVGDescriptor
SVGRenderingHints.toSVG ( RenderingHints p1 ) [static]  :  SVGHintsDescriptor

cdk-1.0.4.jar, SVGRescaleOp.class
package org.apache.batik.svggen
SVGRescaleOp.SVGRescaleOp ( SVGGeneratorContext p1 )
SVGRescaleOp.toSVG ( BufferedImageOp p1, Rectangle p2 )  :  SVGFilterDescriptor
SVGRescaleOp.toSVG ( RescaleOp p1 )  :  SVGFilterDescriptor

cdk-1.0.4.jar, SVGShape.class
package org.apache.batik.svggen
SVGShape.SVGShape ( SVGGeneratorContext p1 )
SVGShape.toSVG ( Shape p1 )  :  Element

cdk-1.0.4.jar, SVGStrokeDescriptor.class
package org.apache.batik.svggen
SVGStrokeDescriptor.getAttributeMap ( Map p1 )  :  Map
SVGStrokeDescriptor.getDefinitionSet ( List p1 )  :  List
SVGStrokeDescriptor.SVGStrokeDescriptor ( String p1, String p2, String p3, String p4, String p5, String p6 )

cdk-1.0.4.jar, SVGStylingAttributes.class
package org.apache.batik.svggen
SVGStylingAttributes.SVGStylingAttributes ( )

cdk-1.0.4.jar, SVGTexturePaint.class
package org.apache.batik.svggen
SVGTexturePaint.SVGTexturePaint ( SVGGeneratorContext p1 )
SVGTexturePaint.toSVG ( GraphicContext p1 )  :  SVGDescriptor
SVGTexturePaint.toSVG ( TexturePaint p1 )  :  SVGPaintDescriptor

cdk-1.0.4.jar, SVGTransform.class
package org.apache.batik.svggen
SVGTransform.SVGTransform ( SVGGeneratorContext p1 )
SVGTransform.toSVG ( GraphicContext p1 )  :  SVGDescriptor
SVGTransform.toSVGTransform ( GraphicContext p1 )  :  String
SVGTransform.toSVGTransform ( TransformStackElement[ ] p1 )  :  String

cdk-1.0.4.jar, SVGTransformDescriptor.class
package org.apache.batik.svggen
SVGTransformDescriptor.getAttributeMap ( Map p1 )  :  Map
SVGTransformDescriptor.getDefinitionSet ( List p1 )  :  List
SVGTransformDescriptor.SVGTransformDescriptor ( String p1 )

cdk-1.0.4.jar, SVGWriter.class
package org.openscience.cdk.io
SVGWriter.accepts ( Class classObject )  :  boolean
SVGWriter.close ( )  :  void
SVGWriter.getFormat ( )  :  IResourceFormat
SVGWriter.setWriter ( OutputStream output )  :  void
SVGWriter.setWriter ( Writer out )  :  void
SVGWriter.SVGWriter ( )
SVGWriter.SVGWriter ( FileOutputStream out )
SVGWriter.SVGWriter ( OutputStream output )
SVGWriter.SVGWriter ( Writer out )
SVGWriter.write ( IChemObject object )  :  void
SVGWriter.writeAtomContainer ( IAtomContainer molecule )  :  void

cdk-1.0.4.jar, SwingSVGPrettyPrint.class
package org.apache.batik.svggen
SwingSVGPrettyPrint.print ( JComponent p1, SVGGraphics2D p2 ) [static]  :  void
SwingSVGPrettyPrint.SwingSVGPrettyPrint ( )

cdk-1.0.4.jar, SwingUtil.class
package com.ozten.util
SwingUtil.getFrame ( Component p1 ) [static]  :  Frame
SwingUtil.main ( String[ ] p1 ) [static]  :  void
SwingUtil.SwingUtil ( )
SwingUtil.testGetFrame ( ) [static]  :  void

cdk-1.0.4.jar, SymbolDeserializer.class
package org.apache.xindice.client.corba
SymbolDeserializer.convertToDocument ( EncodedBuffer buffer )  :  Document
SymbolDeserializer.getLastModified ( )  :  long
SymbolDeserializer.getSymbols ( EncodedBuffer buffer )  :  SymbolTable
SymbolDeserializer.SymbolDeserializer ( )

cdk-1.0.4.jar, SymbolInfo.class
package org.apache.xindice.xml
SymbolTable.SymbolInfo.getNamespaceURI ( )  :  String
SymbolTable.SymbolInfo.getQName ( )  :  String
SymbolTable.SymbolInfo.getSymbolID ( )  :  short
SymbolTable.SymbolInfo.SymbolTable.SymbolInfo ( SymbolTable qname, String namespaceURI, String symbol, short p4 )
SymbolTable.SymbolInfo.SymbolTable.SymbolInfo ( SymbolTable qname, String symbol, short p3 )

cdk-1.0.4.jar, SymbolSerializer.class
package org.apache.xindice.client.corba
SymbolSerializer.convertFromDocument ( Document doc, long stamp )  :  EncodedBuffer
SymbolSerializer.getLastModified ( )  :  long
SymbolSerializer.getSymbols ( )  :  SymbolTable
SymbolSerializer.getSymBuffer ( )  :  EncodedBuffer
SymbolSerializer.SymbolSerializer ( SymbolTable syms )

cdk-1.0.4.jar, SymbolTable.class
package org.apache.xindice.xml
SymbolTable.getLastModified ( )  :  long
SymbolTable.getLookupName ( String qname, String namespaceURI ) [static]  :  String
SymbolTable.getName ( short symbol )  :  String
SymbolTable.getNamespaceURI ( short symbol )  :  String
SymbolTable.getNormalizedLocalName ( String localName, String namespaceURI ) [static]  :  String
SymbolTable.getNormalizedQName ( String qName, String namespaceURI ) [static]  :  String
SymbolTable.getNormalizedSymbol ( SymbolTable symbols, String lookup, NamespaceMap nsMap, boolean create ) [static]  :  short
SymbolTable.getSymbol ( String qname )  :  short
SymbolTable.getSymbol ( String qname, boolean create )  :  short
SymbolTable.getSymbol ( String qname, String namespaceURI )  :  short
SymbolTable.getSymbol ( String qname, String namespaceURI, boolean create )  :  short
SymbolTable.getSymbolInfo ( short symbol )  :  SymbolTable.SymbolInfo
SymbolTable.getSymbolInfo ( String qname, String namespaceURI )  :  SymbolTable.SymbolInfo
SymbolTable.isDirty ( )  :  boolean
SymbolTable.setDirty ( boolean dirty )  :  void
SymbolTable.streamFromXML ( Element element )  :  void
SymbolTable.streamToXML ( Document doc )  :  Element
SymbolTable.SymbolTable ( )
SymbolTable.SymbolTable ( Element elem )

cdk-1.0.4.jar, SymbolTableSymbols.class
package org.apache.xindice.xml
SymbolTableSymbols.getDefinition ( ) [static]  :  String
SymbolTableSymbols.getInstance ( ) [static]  :  SymbolTableSymbols

cdk-1.0.4.jar, SystemCollection.class
package org.apache.xindice.core
SystemCollection.loadSymbols ( Collection collection )  :  SymbolTable
SystemCollection.saveSymbols ( Collection collection, SymbolTable symbols )  :  void
SystemCollection.SystemCollection ( Database db )

cdk-1.0.4.jar, Table.class
package org.apache.batik.svggen.font.table
Table.getType ( ) [abstract]  :  int

cdk-1.0.4.jar, TableDirectory.class
package org.apache.batik.svggen.font.table
TableDirectory.getEntry ( int p1 )  :  DirectoryEntry
TableDirectory.getEntryByTag ( int p1 )  :  DirectoryEntry
TableDirectory.getEntrySelector ( )  :  short
TableDirectory.getNumTables ( )  :  short
TableDirectory.getRangeShift ( )  :  short
TableDirectory.getSearchRange ( )  :  short
TableDirectory.getVersion ( )  :  int
TableDirectory.TableDirectory ( RandomAccessFile p1 )

cdk-1.0.4.jar, TableFactory.class
package org.apache.batik.svggen.font.table
TableFactory.create ( DirectoryEntry p1, RandomAccessFile p2 ) [static]  :  Table
TableFactory.TableFactory ( )

cdk-1.0.4.jar, TableTransfer.class
package org.apache.batik.ext.awt.image
TableTransfer.getLookupTable ( )  :  byte[ ]
TableTransfer.TableTransfer ( int[ ] p1 )

cdk-1.0.4.jar, TaeAminoAcidDescriptor.class
package org.openscience.cdk.qsar.descriptors.molecular
TaeAminoAcidDescriptor.calculate ( IAtomContainer container )  :  DescriptorValue
TaeAminoAcidDescriptor.getDescriptorResultType ( )  :  IDescriptorResult
TaeAminoAcidDescriptor.getParameterNames ( )  :  String[ ]
TaeAminoAcidDescriptor.getParameters ( )  :  Object[ ]
TaeAminoAcidDescriptor.getParameterType ( String name )  :  Object
TaeAminoAcidDescriptor.getSpecification ( )  :  DescriptorSpecification
TaeAminoAcidDescriptor.setParameters ( Object[ ] params )  :  void
TaeAminoAcidDescriptor.TaeAminoAcidDescriptor ( )

cdk-1.0.4.jar, TanimotoCoefficient.class
package org.openscience.cdk.applications
TanimotoCoefficient.main ( String[ ] args ) [static]  :  void
TanimotoCoefficient.TanimotoCoefficient ( )

cdk-1.0.4.jar, Task.class
package org.apache.xindice.server
Task.runTask ( ) [abstract]  :  void

cdk-1.0.4.jar, TemplateExtractor.class
package org.openscience.cdk.modeling.builder3d
TemplateExtractor.createAnyAtomAnyBondAtomContainer ( IAtomContainer atomContainer )  :  IAtomContainer

cdk-1.0.4.jar, TemplateHandler.class
package org.openscience.cdk.layout
TemplateHandler.removeMolecule ( IAtomContainer molecule )  :  IMolecule
TemplateHandler.setBondLength ( double bondLength )  :  void

cdk-1.0.4.jar, TextImpl.class
package org.apache.xindice.xml.dom
TextImpl.getNodeName ( )  :  String
TextImpl.getNodeType ( )  :  short
TextImpl.splitText ( int offset )  :  Text
TextImpl.TextImpl ( )
TextImpl.TextImpl ( NodeImpl parentNode, boolean dirty )
TextImpl.TextImpl ( NodeImpl parentNode, byte[ ] data, int pos, int len )
TextImpl.TextImpl ( NodeImpl parentNode, String nodeValue )

cdk-1.0.4.jar, TextPathLayout.class
package org.apache.batik.ext.awt.font
TextPathLayout.layoutGlyphVector ( GlyphVector p1, Shape p2 ) [static]  :  Shape
TextPathLayout.layoutGlyphVector ( GlyphVector p1, Shape p2, int p3 ) [static]  :  Shape
TextPathLayout.layoutGlyphVector ( GlyphVector p1, Shape p2, int p3, float p4, float p5, int p6 ) [static]  :  Shape
TextPathLayout.TextPathLayout ( )

cdk-1.0.4.jar, TextWriter.class
package org.apache.xindice.server
Kernel.TextWriter.Kernel.TextWriter ( Kernel node, Node p2 )
Kernel.TextWriter.write ( OutputStream output )  :  void
package org.apache.xindice.xml
TextWriter.TextWriter ( Document document )
TextWriter.TextWriter ( DocumentFragment fragment )
TextWriter.TextWriter ( Element element )
TextWriter.TextWriter ( Node node )
TextWriter.toString ( )  :  String
TextWriter.toString ( Node node ) [static]  :  String
TextWriter.write ( Node node, OutputStream output ) [static]  :  void
TextWriter.write ( Node node, Writer writer ) [static]  :  void
TextWriter.write ( OutputStream output )  :  void
TextWriter.write ( Writer writer )  :  void

cdk-1.0.4.jar, ThreadPolicy.class
package org.apache.xindice.core.objects
ThreadPolicy.getThreadPolicy ( ) [abstract]  :  int

cdk-1.0.4.jar, TIFFDecodeParam.class
package org.apache.batik.ext.awt.image.codec.tiff
TIFFDecodeParam.decode16BitsTo8Bits ( int p1 )  :  byte
TIFFDecodeParam.decodeSigned16BitsTo8Bits ( short p1 )  :  byte
TIFFDecodeParam.getDecodePaletteAsShorts ( )  :  boolean
TIFFDecodeParam.getIFDOffset ( )  :  Long
TIFFDecodeParam.getJPEGDecompressYCbCrToRGB ( )  :  boolean
TIFFDecodeParam.setDecodePaletteAsShorts ( boolean p1 )  :  void
TIFFDecodeParam.setIFDOffset ( long p1 )  :  void
TIFFDecodeParam.setJPEGDecompressYCbCrToRGB ( boolean p1 )  :  void
TIFFDecodeParam.TIFFDecodeParam ( )

cdk-1.0.4.jar, TIFFDirectory.class
package org.apache.batik.ext.awt.image.codec.tiff
TIFFDirectory.getField ( int p1 )  :  TIFFField
TIFFDirectory.getFieldAsByte ( int p1 )  :  byte
TIFFDirectory.getFieldAsByte ( int p1, int p2 )  :  byte
TIFFDirectory.getFieldAsDouble ( int p1 )  :  double
TIFFDirectory.getFieldAsDouble ( int p1, int p2 )  :  double
TIFFDirectory.getFieldAsFloat ( int p1 )  :  float
TIFFDirectory.getFieldAsFloat ( int p1, int p2 )  :  float
TIFFDirectory.getFieldAsLong ( int p1 )  :  long
TIFFDirectory.getFieldAsLong ( int p1, int p2 )  :  long
TIFFDirectory.getFields ( )  :  TIFFField[ ]
TIFFDirectory.getIFDOffset ( )  :  long
TIFFDirectory.getNextIFDOffset ( )  :  long
TIFFDirectory.getNumDirectories ( SeekableStream p1 ) [static]  :  int
TIFFDirectory.getNumEntries ( )  :  int
TIFFDirectory.getTags ( )  :  int[ ]
TIFFDirectory.isBigEndian ( )  :  boolean
TIFFDirectory.isTagPresent ( int p1 )  :  boolean
TIFFDirectory.TIFFDirectory ( SeekableStream p1, int p2 )
TIFFDirectory.TIFFDirectory ( SeekableStream p1, long p2, int p3 )

cdk-1.0.4.jar, TIFFEncodeParam.class
package org.apache.batik.ext.awt.image.codec.tiff
TIFFEncodeParam.getCompression ( )  :  int
TIFFEncodeParam.getDeflateLevel ( )  :  int
TIFFEncodeParam.getExtraFields ( )  :  TIFFField[ ]
TIFFEncodeParam.getExtraImages ( )  :  Iterator
TIFFEncodeParam.getJPEGCompressRGBToYCbCr ( )  :  boolean
TIFFEncodeParam.getJPEGEncodeParam ( )  :  JPEGEncodeParam
TIFFEncodeParam.getTileHeight ( )  :  int
TIFFEncodeParam.getTileWidth ( )  :  int
TIFFEncodeParam.getWriteTiled ( )  :  boolean
TIFFEncodeParam.setCompression ( int p1 )  :  void
TIFFEncodeParam.setDeflateLevel ( int p1 )  :  void
TIFFEncodeParam.setExtraFields ( TIFFField[ ] p1 )  :  void
TIFFEncodeParam.setExtraImages ( Iterator p1 )  :  void
TIFFEncodeParam.setJPEGCompressRGBToYCbCr ( boolean p1 )  :  void
TIFFEncodeParam.setJPEGEncodeParam ( JPEGEncodeParam p1 )  :  void
TIFFEncodeParam.setTileSize ( int p1, int p2 )  :  void
TIFFEncodeParam.setWriteTiled ( boolean p1 )  :  void
TIFFEncodeParam.TIFFEncodeParam ( )

cdk-1.0.4.jar, TIFFField.class
package org.apache.batik.ext.awt.image.codec.tiff
TIFFField.compareTo ( Object p1 )  :  int
TIFFField.getAsBytes ( )  :  byte[ ]
TIFFField.getAsChars ( )  :  char[ ]
TIFFField.getAsDouble ( int p1 )  :  double
TIFFField.getAsDoubles ( )  :  double[ ]
TIFFField.getAsFloat ( int p1 )  :  float
TIFFField.getAsFloats ( )  :  float[ ]
TIFFField.getAsInt ( int p1 )  :  int
TIFFField.getAsInts ( )  :  int[ ]
TIFFField.getAsLong ( int p1 )  :  long
TIFFField.getAsLongs ( )  :  long[ ]
TIFFField.getAsRational ( int p1 )  :  long[ ]
TIFFField.getAsRationals ( )  :  long[ ][ ]
TIFFField.getAsShorts ( )  :  short[ ]
TIFFField.getAsSRational ( int p1 )  :  int[ ]
TIFFField.getAsSRationals ( )  :  int[ ][ ]
TIFFField.getAsString ( int p1 )  :  String
TIFFField.getCount ( )  :  int
TIFFField.getTag ( )  :  int
TIFFField.getType ( )  :  int
TIFFField.TIFFField ( int p1, int p2, int p3, Object p4 )

cdk-1.0.4.jar, TIFFImage.class
package org.apache.batik.ext.awt.image.codec.tiff
TIFFImage.copyData ( WritableRaster p1 )  :  WritableRaster
TIFFImage.getPrivateIFD ( long p1 )  :  TIFFDirectory
TIFFImage.getTile ( int p1, int p2 )  :  Raster
TIFFImage.TIFFImage ( SeekableStream p1, TIFFDecodeParam p2, int p3 )

cdk-1.0.4.jar, TIFFImageDecoder.class
package org.apache.batik.ext.awt.image.codec.tiff
TIFFImageDecoder.decodeAsRenderedImage ( int p1 )  :  RenderedImage
TIFFImageDecoder.getNumPages ( )  :  int
TIFFImageDecoder.TIFFImageDecoder ( SeekableStream p1, ImageDecodeParam p2 )

cdk-1.0.4.jar, TIFFImageEncoder.class
package org.apache.batik.ext.awt.image.codec.tiff
TIFFImageEncoder.encode ( RenderedImage p1 )  :  void
TIFFImageEncoder.TIFFImageEncoder ( OutputStream p1, ImageEncodeParam p2 )

cdk-1.0.4.jar, TIFFLZWDecoder.class
package org.apache.batik.ext.awt.image.codec.tiff
TIFFLZWDecoder.addStringToTable ( byte[ ] p1 )  :  void
TIFFLZWDecoder.addStringToTable ( byte[ ] p1, byte p2 )  :  void
TIFFLZWDecoder.composeString ( byte[ ] p1, byte p2 )  :  byte[ ]
TIFFLZWDecoder.decode ( byte[ ] p1, byte[ ] p2, int p3 )  :  byte[ ]
TIFFLZWDecoder.getNextCode ( )  :  int
TIFFLZWDecoder.initializeStringTable ( )  :  void
TIFFLZWDecoder.TIFFLZWDecoder ( int p1, int p2, int p3 )
TIFFLZWDecoder.writeString ( byte[ ] p1 )  :  void

cdk-1.0.4.jar, TIFFRegistryEntry.class
package org.apache.batik.ext.awt.image.spi
TIFFRegistryEntry.handleStream ( InputStream p1, ParsedURL p2, boolean p3 )  :  Filter
TIFFRegistryEntry.TIFFRegistryEntry ( )

cdk-1.0.4.jar, TileBlock.class
package org.apache.batik.ext.awt.image.rendered
TileBlock.simplify ( )  :  boolean
TileBlock.splitOneGo ( )  :  TileBlock[ ]
TileBlock.toString ( )  :  String

cdk-1.0.4.jar, TileCache.class
package org.apache.batik.ext.awt.image.rendered
TileCache.getTileGrid ( int p1, int p2, int p3, int p4, TileGenerator p5 ) [static]  :  TileStore
TileCache.getTileGrid ( RenderedImage p1, TileGenerator p2 ) [static]  :  TileStore
TileCache.getTileMap ( TileGenerator p1 ) [static]  :  TileStore
TileCache.setSize ( int p1 ) [static]  :  void
TileCache.TileCache ( )

cdk-1.0.4.jar, TileCacheRed.class
package org.apache.batik.ext.awt.image.rendered
TileCacheRed.flushCache ( Rectangle p1 )  :  void
TileCacheRed.genRect ( WritableRaster p1 )  :  void
TileCacheRed.TileCacheRed ( CachableRed p1 )
TileCacheRed.TileCacheRed ( CachableRed p1, int p2, int p3 )

cdk-1.0.4.jar, TileGenerator.class
package org.apache.batik.ext.awt.image.rendered
TileGenerator.genTile ( int p1, int p2 ) [abstract]  :  Raster

cdk-1.0.4.jar, TileGrid.class
package org.apache.batik.ext.awt.image.rendered
TileGrid.getTile ( int p1, int p2 )  :  Raster
TileGrid.getTileNoCompute ( int p1, int p2 )  :  Raster
TileGrid.setTile ( int p1, int p2, Raster p3 )  :  void
TileGrid.TileGrid ( int p1, int p2, int p3, int p4, TileGenerator p5, LRUCache p6 )

cdk-1.0.4.jar, TileLRUMember.class
package org.apache.batik.ext.awt.image.rendered
TileLRUMember.checkRaster ( )  :  boolean
TileLRUMember.lruGet ( )  :  LRUCache.LRUNode
TileLRUMember.lruRemove ( )  :  void
TileLRUMember.lruSet ( LRUCache.LRUNode p1 )  :  void
TileLRUMember.retrieveRaster ( )  :  Raster
TileLRUMember.setRaster ( Raster p1 )  :  void
TileLRUMember.TileLRUMember ( )
TileLRUMember.TileLRUMember ( Raster p1 )

cdk-1.0.4.jar, TileMap.class
package org.apache.batik.ext.awt.image.rendered
TileMap.getTile ( int p1, int p2 )  :  Raster
TileMap.getTileNoCompute ( int p1, int p2 )  :  Raster
TileMap.setTile ( int p1, int p2, Raster p3 )  :  void
TileMap.TileMap ( TileGenerator p1, LRUCache p2 )

cdk-1.0.4.jar, TileRable.class
package org.apache.batik.ext.awt.image.renderable
TileRable.getSource ( ) [abstract]  :  Filter
TileRable.getTiledRegion ( ) [abstract]  :  Rectangle2D
TileRable.getTileRegion ( ) [abstract]  :  Rectangle2D
TileRable.isOverflow ( ) [abstract]  :  boolean
TileRable.setOverflow ( boolean p1 ) [abstract]  :  void
TileRable.setSource ( Filter p1 ) [abstract]  :  void
TileRable.setTiledRegion ( Rectangle2D p1 ) [abstract]  :  void
TileRable.setTileRegion ( Rectangle2D p1 ) [abstract]  :  void

cdk-1.0.4.jar, TileRable8Bit.class
package org.apache.batik.ext.awt.image.renderable
TileRable8Bit.createRendering ( RenderContext p1 )  :  RenderedImage
TileRable8Bit.createTile ( RenderContext p1 )  :  RenderedImage
TileRable8Bit.getActualTileBounds ( Rectangle2D p1 )  :  Rectangle2D
TileRable8Bit.getBounds2D ( )  :  Rectangle2D
TileRable8Bit.getSource ( )  :  Filter
TileRable8Bit.getTiledRegion ( )  :  Rectangle2D
TileRable8Bit.getTileRegion ( )  :  Rectangle2D
TileRable8Bit.isOverflow ( )  :  boolean
TileRable8Bit.setOverflow ( boolean p1 )  :  void
TileRable8Bit.setSource ( Filter p1 )  :  void
TileRable8Bit.setTiledRegion ( Rectangle2D p1 )  :  void
TileRable8Bit.setTileRegion ( Rectangle2D p1 )  :  void
TileRable8Bit.TileRable8Bit ( Filter p1, Rectangle2D p2, Rectangle2D p3, boolean p4 )

cdk-1.0.4.jar, TileRed.class
package org.apache.batik.ext.awt.image.rendered
TileRed.copyData ( WritableRaster p1 )  :  WritableRaster
TileRed.fillOutRaster ( WritableRaster p1 )  :  void
TileRed.fillOutRaster_FALLBACK ( WritableRaster p1 )  :  void
TileRed.fillOutRaster_INT_PACK ( WritableRaster p1 )  :  void
TileRed.fillRasterFrom ( WritableRaster p1, RenderedImage p2 )  :  WritableRaster
TileRed.fixColorModel ( RenderedImage p1, boolean p2 ) [static]  :  ColorModel
TileRed.fixSampleModel ( RenderedImage p1, int p2, int p3, int p4, int p5 ) [static]  :  SampleModel
TileRed.genTile ( int p1, int p2 )  :  Raster
TileRed.getTile ( int p1, int p2 )  :  Raster
TileRed.TileRed ( RenderedImage p1, Rectangle p2 )
TileRed.TileRed ( RenderedImage p1, Rectangle p2, int p3, int p4 )
TileRed.TileRed ( RenderedImage p1, Rectangle p2, int p3, int p4, RenderingHints p5 )
TileRed.TileRed ( RenderedImage p1, Rectangle p2, RenderingHints p3 )

cdk-1.0.4.jar, TileStore.class
package org.apache.batik.ext.awt.image.rendered
TileStore.getTile ( int p1, int p2 ) [abstract]  :  Raster
TileStore.getTileNoCompute ( int p1, int p2 ) [abstract]  :  Raster
TileStore.setTile ( int p1, int p2, Raster p3 ) [abstract]  :  void

cdk-1.0.4.jar, TimestampHelper.class
package org.apache.xindice.client.corba.db
TimestampHelper.extract ( CORBA.Any a ) [static]  :  long
TimestampHelper.id ( ) [static]  :  String
TimestampHelper.insert ( CORBA.Any a, long t ) [static]  :  void
TimestampHelper.read ( CORBA.portable.InputStream istream ) [static]  :  long
TimestampHelper.TimestampHelper ( )
TimestampHelper.type ( ) [static]  :  CORBA.TypeCode
TimestampHelper.write ( CORBA.portable.OutputStream ostream, long value ) [static]  :  void

cdk-1.0.4.jar, Torsions.class
package org.openscience.cdk.modeling.forcefield
Torsions.setMMFF94TorsionsParameters ( IAtomContainer molecule, Hashtable parameterSet )  :  void

cdk-1.0.4.jar, TotalConnectionAtom.class
package org.openscience.cdk.isomorphism.matchers.smarts
TotalConnectionAtom.getOperator ( )  :  int
TotalConnectionAtom.getXX ( IAtom atom )  :  int
TotalConnectionAtom.TotalConnectionAtom ( )

cdk-1.0.4.jar, TotalHCountAtom.class
package org.openscience.cdk.isomorphism.matchers.smarts
TotalHCountAtom.getHH ( IAtom atom )  :  int
TotalHCountAtom.getOperator ( )  :  int
TotalHCountAtom.TotalHCountAtom ( )

cdk-1.0.4.jar, TotalRingConnectionAtom.class
package org.openscience.cdk.isomorphism.matchers.smarts
TotalRingConnectionAtom.getOperator ( )  :  int
TotalRingConnectionAtom.TotalRingConnectionAtom ( )

cdk-1.0.4.jar, TotalValencyAtom.class
package org.openscience.cdk.isomorphism.matchers.smarts
TotalValencyAtom.getOperator ( )  :  int
TotalValencyAtom.TotalValencyAtom ( )

cdk-1.0.4.jar, TransactionService.class
package org.xmldb.api.modules
TransactionService.begin ( ) [abstract]  :  void
TransactionService.commit ( ) [abstract]  :  void
TransactionService.rollback ( ) [abstract]  :  void

cdk-1.0.4.jar, TransferFunction.class
package org.apache.batik.ext.awt.image
TransferFunction.getLookupTable ( ) [abstract]  :  byte[ ]

cdk-1.0.4.jar, Transform2Test.class
package org.xmlcml.euclid.test
Transform2Test.assertEquals ( String p1, double[ ] p2, Transform2 p3, double p4 ) [static]  :  void
Transform2Test.assertEquals ( String p1, Transform2 p2, Transform2 p3, double p4 ) [static]  :  void
Transform2Test.setUp ( )  :  void
Transform2Test.suite ( ) [static]  :  Test
Transform2Test.testCheckMatrix ( )  :  void
Transform2Test.testConcatenate ( )  :  void
Transform2Test.testFlipAboutVector ( )  :  void
Transform2Test.testGetAngleOfRotation ( )  :  void
Transform2Test.testGetRotationMatrix ( )  :  void
Transform2Test.testGetTranslation ( )  :  void
Transform2Test.testIsEqualToTransform2 ( )  :  void
Transform2Test.testSetTransformationType ( )  :  void
Transform2Test.testTransform2 ( )  :  void
Transform2Test.testTransform2Angle ( )  :  void
Transform2Test.testTransform2DoubleArray ( )  :  void
Transform2Test.testTransform2Real2Real2 ( )  :  void
Transform2Test.testTransform2RealSquareMatrix ( )  :  void
Transform2Test.testTransform2RealSquareMatrixVector2 ( )  :  void
Transform2Test.testTransform2Transform2 ( )  :  void
Transform2Test.testTransform2Transform2Real2 ( )  :  void
Transform2Test.testTransform2Vector2 ( )  :  void
Transform2Test.testTransform2Vector2Vector2 ( )  :  void
Transform2Test.Transform2Test ( )

cdk-1.0.4.jar, Transform3Test.class
package org.xmlcml.euclid.test
Transform3Test.assertEquals ( String p1, double[ ] p2, Transform3 p3, double p4 ) [static]  :  void
Transform3Test.assertEquals ( String p1, Transform3 p2, Transform3 p3, double p4 ) [static]  :  void
Transform3Test.setUp ( )  :  void
Transform3Test.suite ( ) [static]  :  Test
Transform3Test.testConcatenate ( )  :  void
Transform3Test.testGetAxisAndAngle ( )  :  void
Transform3Test.testGetCentreOfRotation ( )  :  void
Transform3Test.testGetRotationMatrix ( )  :  void
Transform3Test.testGetScales ( )  :  void
Transform3Test.testGetTranslation ( )  :  void
Transform3Test.testTransform3 ( )  :  void
Transform3Test.testTransform3AngleAngleAngle ( )  :  void
Transform3Test.testTransform3Axis3Angle ( )  :  void
Transform3Test.testTransform3DoubleArray ( )  :  void
Transform3Test.testTransform3Int ( )  :  void
Transform3Test.testTransform3Line3Angle ( )  :  void
Transform3Test.testTransform3RealSquareMatrix ( )  :  void
Transform3Test.testTransform3RealSquareMatrixVector3 ( )  :  void
Transform3Test.testTransform3String ( )  :  void
Transform3Test.testTransform3Transform3 ( )  :  void
Transform3Test.testTransform3Transform3Point3 ( )  :  void
Transform3Test.testTransform3Vector3 ( )  :  void
Transform3Test.testTransform3Vector3Angle ( )  :  void
Transform3Test.testTransform3Vector3Vector3 ( )  :  void
Transform3Test.testTransform3Vector3Vector3Vector3 ( )  :  void
Transform3Test.Transform3Test ( )

cdk-1.0.4.jar, TransformStackElement.class
package org.apache.batik.ext.awt.g2d
TransformStackElement.clone ( )  :  Object
TransformStackElement.concatenate ( TransformStackElement p1 )  :  boolean
TransformStackElement.createGeneralTransformElement ( AffineTransform p1 ) [static]  :  TransformStackElement
TransformStackElement.createRotateElement ( double p1 ) [static]  :  TransformStackElement
TransformStackElement.createScaleElement ( double p1, double p2 ) [static]  :  TransformStackElement
TransformStackElement.createShearElement ( double p1, double p2 ) [static]  :  TransformStackElement
TransformStackElement.createTranslateElement ( double p1, double p2 ) [static]  :  TransformStackElement
TransformStackElement.getTransformParameters ( )  :  double[ ]
TransformStackElement.getType ( )  :  TransformType
TransformStackElement.isIdentity ( )  :  boolean
TransformStackElement.TransformStackElement ( TransformType p1, double[ ] p2 )

cdk-1.0.4.jar, TransformType.class
package org.apache.batik.ext.awt.g2d
TransformType.readResolve ( )  :  Object
TransformType.toInt ( )  :  int
TransformType.toString ( )  :  String

cdk-1.0.4.jar, TranslateRed.class
package org.apache.batik.ext.awt.image.rendered
TranslateRed.copyData ( WritableRaster p1 )  :  WritableRaster
TranslateRed.getData ( )  :  Raster
TranslateRed.getData ( Rectangle p1 )  :  Raster
TranslateRed.getDeltaX ( )  :  int
TranslateRed.getDeltaY ( )  :  int
TranslateRed.getProperty ( String p1 )  :  Object
TranslateRed.getPropertyNames ( )  :  String[ ]
TranslateRed.getSource ( )  :  CachableRed
TranslateRed.getTile ( int p1, int p2 )  :  Raster
TranslateRed.TranslateRed ( CachableRed p1, int p2, int p3 )

cdk-1.0.4.jar, TraversalSupport.class
package org.apache.batik.dom.traversal
TraversalSupport.createNodeIterator ( AbstractDocument p1, Node p2, int p3, NodeFilter p4, boolean p5 )  :  NodeIterator
TraversalSupport.createTreeWalker ( AbstractDocument p1, Node p2, int p3, NodeFilter p4, boolean p5 ) [static]  :  TreeWalker
TraversalSupport.detachNodeIterator ( NodeIterator p1 )  :  void
TraversalSupport.nodeToBeRemoved ( Node p1 )  :  void
TraversalSupport.TraversalSupport ( )

cdk-1.0.4.jar, TreeWalkerImpl.class
package org.apache.xindice.xml.dom.traversal
TreeWalkerImpl.acceptNode ( Node node )  :  boolean
TreeWalkerImpl.detach ( )  :  void
TreeWalkerImpl.firstChild ( )  :  Node
TreeWalkerImpl.getCurrentNode ( )  :  Node
TreeWalkerImpl.getExpandEntityReferences ( )  :  boolean
TreeWalkerImpl.getFilter ( )  :  NodeFilter
TreeWalkerImpl.getRoot ( )  :  Node
TreeWalkerImpl.getShowType ( Node node )  :  int
TreeWalkerImpl.getWhatToShow ( )  :  int
TreeWalkerImpl.lastChild ( )  :  Node
TreeWalkerImpl.nextNode ( )  :  Node
TreeWalkerImpl.nextSibling ( )  :  Node
TreeWalkerImpl.parentNode ( )  :  Node
TreeWalkerImpl.previousNode ( )  :  Node
TreeWalkerImpl.previousSibling ( )  :  Node
TreeWalkerImpl.setCurrentNode ( Node currentNode )  :  void
TreeWalkerImpl.TreeWalkerImpl ( Node root, int whatToShow, NodeFilter filter, boolean entityReferenceExpansion )

cdk-1.0.4.jar, TurbulencePatternRed.class
package org.apache.batik.ext.awt.image.rendered
TurbulencePatternRed.copyData ( WritableRaster p1 )  :  WritableRaster
TurbulencePatternRed.getBaseFrequencyX ( )  :  double
TurbulencePatternRed.getBaseFrequencyY ( )  :  double
TurbulencePatternRed.getChannels ( )  :  boolean[ ]
TurbulencePatternRed.getNumOctaves ( )  :  int
TurbulencePatternRed.getSeed ( )  :  int
TurbulencePatternRed.getTile ( )  :  Rectangle2D
TurbulencePatternRed.isFractalNoise ( )  :  boolean
TurbulencePatternRed.random ( int p1 )  :  int
TurbulencePatternRed.setupSeed ( int p1 )  :  int
TurbulencePatternRed.TurbulencePatternRed ( double p1, double p2, int p3, int p4, boolean p5, Rectangle2D p6, AffineTransform p7, Rectangle p8, ColorSpace p9, boolean p10 )

cdk-1.0.4.jar, TurbulenceRable.class
package org.apache.batik.ext.awt.image.renderable
TurbulenceRable.getBaseFrequencyX ( ) [abstract]  :  double
TurbulenceRable.getBaseFrequencyY ( ) [abstract]  :  double
TurbulenceRable.getNumOctaves ( ) [abstract]  :  int
TurbulenceRable.getSeed ( ) [abstract]  :  int
TurbulenceRable.getTurbulenceRegion ( ) [abstract]  :  Rectangle2D
TurbulenceRable.isFractalNoise ( ) [abstract]  :  boolean
TurbulenceRable.isStitched ( ) [abstract]  :  boolean
TurbulenceRable.setBaseFrequencyX ( double p1 ) [abstract]  :  void
TurbulenceRable.setBaseFrequencyY ( double p1 ) [abstract]  :  void
TurbulenceRable.setFractalNoise ( boolean p1 ) [abstract]  :  void
TurbulenceRable.setNumOctaves ( int p1 ) [abstract]  :  void
TurbulenceRable.setSeed ( int p1 ) [abstract]  :  void
TurbulenceRable.setStitched ( boolean p1 ) [abstract]  :  void
TurbulenceRable.setTurbulenceRegion ( Rectangle2D p1 ) [abstract]  :  void

cdk-1.0.4.jar, TurbulenceRable8Bit.class
package org.apache.batik.ext.awt.image.renderable
TurbulenceRable8Bit.createRendering ( RenderContext p1 )  :  RenderedImage
TurbulenceRable8Bit.getBaseFrequencyX ( )  :  double
TurbulenceRable8Bit.getBaseFrequencyY ( )  :  double
TurbulenceRable8Bit.getBounds2D ( )  :  Rectangle2D
TurbulenceRable8Bit.getNumOctaves ( )  :  int
TurbulenceRable8Bit.getSeed ( )  :  int
TurbulenceRable8Bit.getTurbulenceRegion ( )  :  Rectangle2D
TurbulenceRable8Bit.isFractalNoise ( )  :  boolean
TurbulenceRable8Bit.isStitched ( )  :  boolean
TurbulenceRable8Bit.setBaseFrequencyX ( double p1 )  :  void
TurbulenceRable8Bit.setBaseFrequencyY ( double p1 )  :  void
TurbulenceRable8Bit.setFractalNoise ( boolean p1 )  :  void
TurbulenceRable8Bit.setNumOctaves ( int p1 )  :  void
TurbulenceRable8Bit.setSeed ( int p1 )  :  void
TurbulenceRable8Bit.setStitched ( boolean p1 )  :  void
TurbulenceRable8Bit.setTurbulenceRegion ( Rectangle2D p1 )  :  void
TurbulenceRable8Bit.TurbulenceRable8Bit ( Rectangle2D p1 )
TurbulenceRable8Bit.TurbulenceRable8Bit ( Rectangle2D p1, int p2, int p3, double p4, double p5, boolean p6, boolean p7 )

cdk-1.0.4.jar, TypeHandler.class
package org.apache.commons.cli
TypeHandler.createClass ( String str ) [static]  :  Class
TypeHandler.createDate ( String str ) [static]  :  Date
TypeHandler.createFile ( String str ) [static]  :  File
TypeHandler.createFiles ( String str ) [static]  :  File[ ]
TypeHandler.createNumber ( String str ) [static]  :  Number
TypeHandler.createObject ( String str ) [static]  :  Object
TypeHandler.createURL ( String str ) [static]  :  URL
TypeHandler.createValue ( String str, Class clazz ) [static]  :  Object
TypeHandler.createValue ( String str, Object obj ) [static]  :  Object
TypeHandler.TypeHandler ( )

cdk-1.0.4.jar, Types.class
package org.apache.xindice.core.objects
Types.typeName ( int type ) [static]  :  String
Types.typeOf ( Class c ) [static]  :  int
Types.typeOf ( Object object ) [static]  :  int

cdk-1.0.4.jar, UIEventFactory.class
package org.apache.batik.dom.events
DocumentEventSupport.UIEventFactory.createEvent ( )  :  Event
DocumentEventSupport.UIEventFactory.DocumentEventSupport.UIEventFactory ( )

cdk-1.0.4.jar, UndoAdapter.class
package org.openscience.cdk.applications.undoredo
UndoAdapter.undoableEditHappened ( UndoableEditEvent arg0 )  :  void
UndoAdapter.UndoAdapter ( UndoManager undoManager )

cdk-1.0.4.jar, UnitAttribute.class
package org.xmlcml.cml.element
UnitAttribute.checkAttribute ( CMLElement element, GenericDictionaryMap dictionaryMap )  :  List
UnitAttribute.UnitAttribute ( )
UnitAttribute.UnitAttribute ( Attribute att )
UnitAttribute.UnitAttribute ( String value )

cdk-1.0.4.jar, UnitAttributeTest.class
package org.xmlcml.cml.element.test
UnitAttributeTest.largeExample ( String p1, int p2 )  :  void
UnitAttributeTest.setUp ( )  :  void
UnitAttributeTest.suite ( ) [static]  :  Test
UnitAttributeTest.test4CDFExample ( )  :  void
UnitAttributeTest.testGetDictionaries ( )  :  void
UnitAttributeTest.testGetPrefixAndNamespaceURI ( )  :  void
UnitAttributeTest.testTacExample ( )  :  void
UnitAttributeTest.UnitAttributeTest ( )

cdk-1.0.4.jar, UnitListMap.class
package org.xmlcml.cml.element
UnitListMap.getUnit ( UnitAttribute unitAttribute )  :  CMLUnit
UnitListMap.getUnitList ( UnitAttribute unitAttribute )  :  CMLUnitList
UnitListMap.getUnitType ( UnitTypeAttribute unitTypeAttribute )  :  CMLUnitType
UnitListMap.getUnitTypeList ( UnitTypeAttribute unitTypeAttribute )  :  CMLUnitTypeList
UnitListMap.UnitListMap ( )
UnitListMap.UnitListMap ( File dir, boolean useSubdirectories )

cdk-1.0.4.jar, UnitTypeAttribute.class
package org.xmlcml.cml.element
UnitTypeAttribute.checkAttribute ( CMLElement element, GenericDictionaryMap dictionaryMap )  :  List
UnitTypeAttribute.UnitTypeAttribute ( )
UnitTypeAttribute.UnitTypeAttribute ( Attribute att )
UnitTypeAttribute.UnitTypeAttribute ( String name, String value )

cdk-1.0.4.jar, UnitTypeAttributeTest.class
package org.xmlcml.cml.element.test
UnitTypeAttributeTest.largeExample ( String p1, int p2 )  :  void
UnitTypeAttributeTest.setUp ( )  :  void
UnitTypeAttributeTest.suite ( ) [static]  :  Test
UnitTypeAttributeTest.testGetDictionaries ( )  :  void
UnitTypeAttributeTest.testGetPrefixAndNamespaceURI ( )  :  void
UnitTypeAttributeTest.UnitTypeAttributeTest ( )

cdk-1.0.4.jar, UnitTypeListMap.class
package org.xmlcml.cml.element
UnitTypeListMap.getUnitType ( UnitTypeAttribute unitTypeAttribute )  :  CMLUnitType
UnitTypeListMap.getUnitTypeList ( UnitTypeAttribute unitTypeAttribute )  :  CMLUnitTypeList
UnitTypeListMap.UnitTypeListMap ( )
UnitTypeListMap.UnitTypeListMap ( File dir, boolean useSubdirectories )

cdk-1.0.4.jar, UniversalIsomorphismTester.class
package org.openscience.cdk.isomorphism
UniversalIsomorphismTester.checkSingleAtomCases ( IAtomContainer g1, IAtomContainer g2 ) [static]  :  ArrayList

cdk-1.0.4.jar, UnknownUserException.class
package org.apache.xindice.core.security
UnknownUserException.UnknownUserException ( )
UnknownUserException.UnknownUserException ( String message )

cdk-1.0.4.jar, UnrecognizedOptionException.class
package org.apache.commons.cli
UnrecognizedOptionException.UnrecognizedOptionException ( String message )

cdk-1.0.4.jar, URIMapper.class
package org.apache.xindice.core.request
URIMapper.connect ( )  :  void
URIMapper.getArguments ( )  :  String[ ]
URIMapper.getCollection ( )  :  Collection
URIMapper.getContainer ( )  :  Container
URIMapper.getContentEncoding ( )  :  String
URIMapper.getContentLength ( )  :  int
URIMapper.getContentType ( )  :  String
URIMapper.getDatabase ( )  :  Database
URIMapper.getDocument ( )  :  Document
URIMapper.getInputStream ( )  :  InputStream
URIMapper.getLastModified ( )  :  long
URIMapper.getMethod ( )  :  String
URIMapper.getObjectType ( )  :  int
URIMapper.getParsedObjectType ( Collection col, String name )  :  int
URIMapper.getProperties ( )  :  Properties
URIMapper.getXMLObject ( )  :  XMLObject
URIMapper.invokeRequest ( )  :  Object
URIMapper.reclaim ( )  :  void
URIMapper.setPool ( ObjectPool pool )  :  void
URIMapper.setURI ( String uri )  :  void
URIMapper.URIMapper ( )
URIMapper.URIMapper ( String uri )
URIMapper.URIMapper ( URL u )
URIMapper.walkURI ( Collection col, String name, int objType )  :  int

cdk-1.0.4.jar, URLImageCache.class
package org.apache.batik.ext.awt.image
URLImageCache.clear ( ParsedURL p1 )  :  void
URLImageCache.getDefaultCache ( ) [static]  :  URLImageCache
URLImageCache.isDone ( ParsedURL p1 )  :  boolean
URLImageCache.isPresent ( ParsedURL p1 )  :  boolean
URLImageCache.put ( ParsedURL p1, Filter p2 )  :  void
URLImageCache.request ( ParsedURL p1 )  :  Filter
URLImageCache.URLImageCache ( )

cdk-1.0.4.jar, URLRegistryEntry.class
package org.apache.batik.ext.awt.image.spi
URLRegistryEntry.handleURL ( ParsedURL p1, boolean p2 ) [abstract]  :  Filter
URLRegistryEntry.isCompatibleURL ( ParsedURL p1 ) [abstract]  :  boolean

cdk-1.0.4.jar, User.class
package org.apache.xindice.server
User.appendProperty ( String key, Serializable value, String delimiter )  :  boolean
User.clone ( )  :  Object
User.finalize ( )  :  void
User.getActive ( )  :  boolean
User.getPassword ( )  :  String
User.getPersistentState ( Gateway gateway )  :  void
User.getProperty ( String key )  :  Object
User.getRealm ( String realm )  :  int
User.getUserManager ( )  :  UserManager
User.getUsername ( )  :  String
User.isDirty ( )  :  boolean
User.listProperties ( )  :  String[ ]
User.removePersistentState ( )  :  void
User.removeProperty ( String key )  :  boolean
User.save ( )  :  boolean
User.setActive ( boolean active )  :  void
User.setPassword ( String password )  :  void
User.setPersistentState ( Gateway gateway )  :  void
User.setProperty ( String key, Serializable value )  :  boolean
User.setRealm ( String realm, int value )  :  void
User.setUserManager ( UserManager manager )  :  void
User.setUsername ( String username )  :  void
User.User ( String username )
User.User ( String username, String password )
User.User ( String username, String password, Map props )

cdk-1.0.4.jar, UserManager.class
package org.apache.xindice.server
UserManager.deleteUser ( String p1 ) [abstract]  :  void
UserManager.getUser ( String p1 ) [abstract]  :  User
UserManager.listUsers ( ) [abstract]  :  String[ ]
UserManager.listUsers ( String p1 ) [abstract]  :  String[ ]
UserManager.newUser ( ) [abstract]  :  User
UserManager.setUser ( User p1 ) [abstract]  :  void

cdk-1.0.4.jar, UTF16Decoder.class
package org.apache.batik.util.io
UTF16Decoder.readChar ( )  :  int
UTF16Decoder.UTF16Decoder ( InputStream p1 )
UTF16Decoder.UTF16Decoder ( InputStream p1, boolean p2 )

cdk-1.0.4.jar, UTF16DecoderFactory.class
package org.apache.batik.util.io
StreamNormalizingReader.UTF16DecoderFactory.createCharDecoder ( InputStream p1 )  :  CharDecoder
StreamNormalizingReader.UTF16DecoderFactory.StreamNormalizingReader.UTF16DecoderFactory ( )

cdk-1.0.4.jar, UTF8Decoder.class
package org.apache.batik.util.io
UTF8Decoder.readChar ( )  :  int
UTF8Decoder.UTF8Decoder ( InputStream p1 )

cdk-1.0.4.jar, UTF8DecoderFactory.class
package org.apache.batik.util.io
StreamNormalizingReader.UTF8DecoderFactory.createCharDecoder ( InputStream p1 )  :  CharDecoder
StreamNormalizingReader.UTF8DecoderFactory.StreamNormalizingReader.UTF8DecoderFactory ( )

cdk-1.0.4.jar, Util.class
package org.xmlcml.euclid
Util.bug ( Exception e ) [static]  :  void
Util.bug ( String s ) [static]  :  void
Util.check ( RealArray array, int size ) [static]  :  void
Util.checkNotNull ( Transform3 t ) [static]  :  void
Util.makeAbsoluteURL ( String url ) [static]  :  String
Util.makeDirectory ( String urlString ) [static]  :  String
Util.outputInteger ( int nPlaces, int value ) [static]  :  String
Util.truncate ( String s, int maxlength ) [static]  :  String

cdk-1.0.4.jar, ValenceCarbonConnectivityOrderOneDescriptor.class
package org.openscience.cdk.qsar.descriptors.molecular
ValenceCarbonConnectivityOrderOneDescriptor.calculate ( IAtomContainer atomContainer )  :  DescriptorValue
ValenceCarbonConnectivityOrderOneDescriptor.getDescriptorResultType ( )  :  IDescriptorResult
ValenceCarbonConnectivityOrderOneDescriptor.getParameterNames ( )  :  String[ ]
ValenceCarbonConnectivityOrderOneDescriptor.getParameters ( )  :  Object[ ]
ValenceCarbonConnectivityOrderOneDescriptor.getParameterType ( String name )  :  Object
ValenceCarbonConnectivityOrderOneDescriptor.getSpecification ( )  :  DescriptorSpecification
ValenceCarbonConnectivityOrderOneDescriptor.setParameters ( Object[ ] params )  :  void
ValenceCarbonConnectivityOrderOneDescriptor.ValenceCarbonConnectivityOrderOneDescriptor ( )

cdk-1.0.4.jar, ValenceCarbonConnectivityOrderZeroDescriptor.class
package org.openscience.cdk.qsar.descriptors.molecular
ValenceCarbonConnectivityOrderZeroDescriptor.calculate ( IAtomContainer atomContainer )  :  DescriptorValue
ValenceCarbonConnectivityOrderZeroDescriptor.getDescriptorResultType ( )  :  IDescriptorResult
ValenceCarbonConnectivityOrderZeroDescriptor.getParameterNames ( )  :  String[ ]
ValenceCarbonConnectivityOrderZeroDescriptor.getParameters ( )  :  Object[ ]
ValenceCarbonConnectivityOrderZeroDescriptor.getParameterType ( String name )  :  Object
ValenceCarbonConnectivityOrderZeroDescriptor.getSpecification ( )  :  DescriptorSpecification
ValenceCarbonConnectivityOrderZeroDescriptor.setParameters ( Object[ ] params )  :  void
ValenceCarbonConnectivityOrderZeroDescriptor.ValenceCarbonConnectivityOrderZeroDescriptor ( )

cdk-1.0.4.jar, ValencyChecker.class
package org.openscience.cdk.tools
ValencyChecker.allSaturated ( IAtomContainer ac )  :  boolean
ValencyChecker.calculateNumberOfImplicitHydrogens ( IAtom atom )  :  int
ValencyChecker.calculateNumberOfImplicitHydrogens ( IAtom atom, double bondOrderSum, double singleElectronSum, double maxBondOrder, int neighbourCount )  :  int
ValencyChecker.calculateNumberOfImplicitHydrogens ( IAtom atom, IAtomContainer container )  :  int
ValencyChecker.couldMatchAtomType ( IAtom atom, double bondOrderSum, double maxBondOrder, IAtomType type )  :  boolean
ValencyChecker.couldMatchAtomType ( IAtomContainer container, IAtom atom, IAtomType type )  :  boolean
ValencyChecker.getAtomTypeFactory ( IChemObjectBuilder builder )  :  AtomTypeFactory
ValencyChecker.isSaturated ( IAtom atom, IAtomContainer container )  :  boolean
ValencyChecker.isSaturated ( IAtomContainer container )  :  boolean
ValencyChecker.isSaturated ( IBond bond, IAtomContainer atomContainer )  :  boolean
ValencyChecker.isUnsaturated ( IBond bond, IAtomContainer atomContainer )  :  boolean
ValencyChecker.saturate ( IAtomContainer atomContainer )  :  void
ValencyChecker.saturate ( IBond bond, IAtomContainer atomContainer )  :  boolean
ValencyChecker.saturate ( IBond[ ] bonds, IAtomContainer atomContainer )  :  boolean
ValencyChecker.saturateByIncreasingBondOrder ( IBond bond, IAtomContainer atomContainer, double increment )  :  boolean
ValencyChecker.unsaturate ( IAtomContainer atomContainer )  :  void
ValencyChecker.unsaturateByDecreasingBondOrder ( IBond bond, double decrement )  :  boolean
ValencyChecker.ValencyChecker ( )
ValencyChecker.ValencyChecker ( String atomTypeList )

cdk-1.0.4.jar, ValencyHybridChecker.class
package org.openscience.cdk.tools
ValencyHybridChecker.allSaturated ( IAtomContainer ac )  :  boolean
ValencyHybridChecker.calculateNumberOfImplicitHydrogens ( IAtom atom, double bondOrderSum, double maxBondOrder, int neighbourCount )  :  int
ValencyHybridChecker.calculateNumberOfImplicitHydrogens ( IAtom atom, IAtomContainer container )  :  int
ValencyHybridChecker.couldMatchAtomType ( IAtom atom, double bondOrderSum, double maxBondOrder, IAtomType type )  :  boolean
ValencyHybridChecker.couldMatchAtomType ( IAtomContainer container, IAtom atom, IAtomType type )  :  boolean
ValencyHybridChecker.getAtomTypeFactory ( IChemObjectBuilder builder )  :  AtomTypeFactory
ValencyHybridChecker.isInterrupted ( )  :  boolean
ValencyHybridChecker.isSaturated ( IAtom atom, IAtomContainer container )  :  boolean
ValencyHybridChecker.isSaturated ( IAtomContainer container )  :  boolean
ValencyHybridChecker.isSaturated ( IBond bond, IAtomContainer atomContainer )  :  boolean
ValencyHybridChecker.isUnsaturated ( IBond bond, IAtomContainer atomContainer )  :  boolean
ValencyHybridChecker.saturate ( IAtomContainer atomContainer )  :  void
ValencyHybridChecker.saturate ( IBond[ ] bonds, IAtomContainer atomContainer )  :  boolean
ValencyHybridChecker.saturateByIncreasingBondOrder ( IBond bond, IAtomContainer atomContainer, double increment )  :  boolean
ValencyHybridChecker.setInterrupted ( boolean interrupted )  :  void
ValencyHybridChecker.unsaturateByDecreasingBondOrder ( IBond bond, double decrement )  :  boolean
ValencyHybridChecker.ValencyHybridChecker ( )
ValencyHybridChecker.ValencyHybridChecker ( String atomTypeList )

cdk-1.0.4.jar, ValencyMatcher.class
package org.openscience.cdk.atomtype
ValencyMatcher.findMatchingAtomType ( IAtomContainer atomContainer, IAtom atom )  :  IAtomType
ValencyMatcher.ValencyMatcher ( )

cdk-1.0.4.jar, ValencyValidator.class
package org.openscience.cdk.validate
ValencyValidator.ValencyValidator ( )
ValencyValidator.validateMolecule ( IMolecule subject )  :  ValidationReport

cdk-1.0.4.jar, ValidationReport.class
package org.openscience.cdk.validate
ValidationReport.getCDKErrors ( )  :  Vector
ValidationReport.getErrors ( )  :  Vector
ValidationReport.getOKs ( )  :  Vector
ValidationReport.getWarnings ( )  :  Vector

cdk-1.0.4.jar, Validator.class
package org.openscience.cdk.applications
Validator.main ( String[ ] args ) [static]  :  void
Validator.outputErrors ( String filename, ValidationReport report )  :  void
Validator.validate ( File input )  :  ValidationReport
Validator.Validator ( )

cdk-1.0.4.jar, Value.class
package org.apache.xindice.core.data
Value.compareTo ( Object obj )  :  int
Value.compareTo ( Value value )  :  int
Value.copyTo ( byte[ ] tdata, int tpos )  :  void
Value.equals ( Object obj )  :  boolean
Value.equals ( Value value )  :  boolean
Value.getData ( )  :  byte[ ]
Value.getInputStream ( )  :  InputStream
Value.getLength ( )  :  int
Value.hashCode ( )  :  int
Value.startsWith ( Value value )  :  boolean
Value.streamTo ( OutputStream out )  :  void
Value.toString ( )  :  String
Value.Value ( byte[ ] data )
Value.Value ( byte[ ] data, int pos, int len )
Value.Value ( String data )
Value.Value ( Value value )

cdk-1.0.4.jar, ValueHelper.class
package org.apache.xindice.client.corba.db
ValueHelper.extract ( CORBA.Any a ) [static]  :  String
ValueHelper.id ( ) [static]  :  String
ValueHelper.insert ( CORBA.Any a, String t ) [static]  :  void
ValueHelper.read ( CORBA.portable.InputStream istream ) [static]  :  String
ValueHelper.type ( ) [static]  :  CORBA.TypeCode
ValueHelper.ValueHelper ( )
ValueHelper.write ( CORBA.portable.OutputStream ostream, String value ) [static]  :  void

cdk-1.0.4.jar, ValueIndexer.class
package org.apache.xindice.core.indexer
ValueIndexer.add ( String value, Key key, int pos, int len, short elemID, short attrID )  :  void
ValueIndexer.flush ( )  :  void
ValueIndexer.getConfig ( )  :  Configuration
ValueIndexer.getIndexStyle ( )  :  String
ValueIndexer.getName ( )  :  String
ValueIndexer.getPattern ( )  :  String
ValueIndexer.getTypedValue ( String value )  :  Value
ValueIndexer.queryMatches ( IndexQuery query )  :  IndexMatch[ ]
ValueIndexer.remove ( String value, Key key, int pos, int len, short elemID, short attrID )  :  void
ValueIndexer.setCollection ( Collection collection )  :  void
ValueIndexer.setConfig ( Configuration config )  :  void
ValueIndexer.setLocation ( String location )  :  void
ValueIndexer.ValueIndexer ( )

cdk-1.0.4.jar, VanDerWaalsInteractions.class
package org.openscience.cdk.modeling.forcefield
VanDerWaalsInteractions.setMMFF94VanDerWaalsParameters ( IAtomContainer molecule, Hashtable parameterSet )  :  void

cdk-1.0.4.jar, Variant.class
package org.apache.xindice.core.objects
Variant.getArgs ( )  :  Args
Variant.getBoolean ( )  :  boolean
Variant.getByte ( )  :  byte
Variant.getChar ( )  :  char
Variant.getDocument ( )  :  Document
Variant.getDocumentFragment ( )  :  DocumentFragment
Variant.getDouble ( )  :  double
Variant.getElement ( )  :  Element
Variant.getFloat ( )  :  float
Variant.getInt ( )  :  int
Variant.getLong ( )  :  long
Variant.getObject ( )  :  Object
Variant.getShort ( )  :  short
Variant.getString ( )  :  String
Variant.getType ( )  :  int
Variant.isNull ( )  :  boolean
Variant.set ( Args value )  :  void
Variant.set ( boolean value )  :  void
Variant.set ( byte value )  :  void
Variant.set ( char value )  :  void
Variant.set ( Document value )  :  void
Variant.set ( DocumentFragment value )  :  void
Variant.set ( double value )  :  void
Variant.set ( Element value )  :  void
Variant.set ( float value )  :  void
Variant.set ( int value )  :  void
Variant.set ( long value )  :  void
Variant.set ( Object object )  :  void
Variant.set ( short value )  :  void
Variant.set ( String value )  :  void
Variant.toString ( )  :  String
Variant.Variant ( )
Variant.Variant ( Args value )
Variant.Variant ( boolean value )
Variant.Variant ( byte value )
Variant.Variant ( char value )
Variant.Variant ( Document value )
Variant.Variant ( DocumentFragment value )
Variant.Variant ( double value )
Variant.Variant ( Element value )
Variant.Variant ( float value )
Variant.Variant ( int value )
Variant.Variant ( long value )
Variant.Variant ( Object value )
Variant.Variant ( short value )
Variant.Variant ( String value )
Variant.Variant ( Variant value )

cdk-1.0.4.jar, Vector.class
package org.openscience.cdk.math
Vector.add ( Vector b )  :  Vector
Vector.cross ( Vector b )  :  Vector
Vector.dot ( Vector b )  :  double
Vector.duplicate ( )  :  Vector
Vector.getSize ( )  :  int
Vector.length ( )  :  double
Vector.mul ( double b )  :  Vector
Vector.negate ( )  :  Vector
Vector.normalize ( )  :  Vector
Vector.sub ( Vector b )  :  Vector
Vector.toString ( )  :  String
Vector.Vector ( double[ ] array )
Vector.Vector ( int size )
Vector.Vector ( Tuple3d t )

cdk-1.0.4.jar, Vector2Test.class
package org.xmlcml.euclid.test
Vector2Test.assertEquals ( String p1, Vector2 p2, Vector2 p3, double p4 ) [static]  :  void
Vector2Test.setUp ( )  :  void
Vector2Test.suite ( ) [static]  :  Test
Vector2Test.testGetAngleMadeWith ( )  :  void
Vector2Test.testVector2DoubleDouble ( )  :  void
Vector2Test.testVector2Real2 ( )  :  void
Vector2Test.Vector2Test ( )

cdk-1.0.4.jar, Vector3Test.class
package org.xmlcml.euclid.test
Vector3Test.assertEquals ( String p1, double[ ] p2, Vector3 p3, double p4 ) [static]  :  void
Vector3Test.assertEquals ( String p1, Vector3 p2, Vector3 p3, double p4 ) [static]  :  void
Vector3Test.setUp ( )  :  void
Vector3Test.suite ( ) [static]  :  Test
Vector3Test.testCross ( )  :  void
Vector3Test.testDotVector3 ( )  :  void
Vector3Test.testElementAt ( )  :  void
Vector3Test.testGetAngleMadeWith ( )  :  void
Vector3Test.testGetArray ( )  :  void
Vector3Test.testGetLength ( )  :  void
Vector3Test.testGetNonColinearVector ( )  :  void
Vector3Test.testGetPerpendicularVector ( )  :  void
Vector3Test.testGetScalarTripleProduct ( )  :  void
Vector3Test.testGetUnitVector ( )  :  void
Vector3Test.testIsColinearVector ( )  :  void
Vector3Test.testIsEqualTo ( )  :  void
Vector3Test.testIsIdenticalTo ( )  :  void
Vector3Test.testIsZero ( )  :  void
Vector3Test.testLongerThan ( )  :  void
Vector3Test.testMultiplyBy ( )  :  void
Vector3Test.testMultiplyEquals ( )  :  void
Vector3Test.testNegative ( )  :  void
Vector3Test.testNormalise ( )  :  void
Vector3Test.testPlus ( )  :  void
Vector3Test.testProjectOnto ( )  :  void
Vector3Test.testSetElementAt ( )  :  void
Vector3Test.testSubtract ( )  :  void
Vector3Test.testTransform ( )  :  void
Vector3Test.testVector3 ( )  :  void
Vector3Test.testVector3Axis3 ( )  :  void
Vector3Test.testVector3DoubleArray ( )  :  void
Vector3Test.testVector3DoubleDoubleDouble ( )  :  void
Vector3Test.testVector3Point3 ( )  :  void
Vector3Test.testVector3RealArray ( )  :  void
Vector3Test.testVector3Vector3 ( )  :  void
Vector3Test.Vector3Test ( )

cdk-1.0.4.jar, Version.class
package org.apache.batik
Version.getVersion ( ) [static]  :  String
Version.Version ( )

cdk-1.0.4.jar, Versioning.class
package org.apache.xindice.server
Versioning.getPackageName ( ) [abstract]  :  String
Versioning.getVersion ( ) [abstract]  :  float

cdk-1.0.4.jar, VersionProxy.class
package org.apache.xindice.server
VersionProxy.getName ( )  :  String
VersionProxy.getPackageName ( )  :  String
VersionProxy.getVersion ( )  :  float
VersionProxy.setName ( String name )  :  void
VersionProxy.setPackageName ( String packagename )  :  void
VersionProxy.setVersion ( float version )  :  void
VersionProxy.VersionProxy ( )
VersionProxy.VersionProxy ( Object owner )
VersionProxy.VersionProxy ( String packagename )

cdk-1.0.4.jar, Vibration.class
package org.openscience.cdk
Vibration.getAtomVectors ( )  :  Enumeration

cdk-1.0.4.jar, WeakReferenceCleared.class
package org.apache.batik.util
CleanerThread.WeakReferenceCleared.CleanerThread.WeakReferenceCleared ( Object p1 )
CleanerThread.WeakReferenceCleared.cleared ( ) [abstract]  :  void

cdk-1.0.4.jar, WWMMatrixReader.class
package org.openscience.cdk.internet
WWMMatrixReader.close ( )  :  void
WWMMatrixReader.getFormat ( )  :  IChemFormat
WWMMatrixReader.getResultNum ( )  :  String
WWMMatrixReader.main ( String[ ] args ) [static]  :  void
WWMMatrixReader.read ( ChemObject object )  :  ChemObject
WWMMatrixReader.setCollection ( String collection )  :  void
WWMMatrixReader.setQuery ( String index, String value )  :  void
WWMMatrixReader.setReader ( Reader input )  :  void
WWMMatrixReader.WWMMatrixReader ( )
WWMMatrixReader.WWMMatrixReader ( String server )

cdk-1.0.4.jar, XercesValidator.class
package org.xmlcml.cml.element.test
XercesValidator.count ( Node p1 )  :  void
XercesValidator.main ( String[ ] p1 ) [static]  :  void
XercesValidator.printResults ( PrintWriter p1, String p2, long p3, long p4, long p5, int p6 )  :  void
XercesValidator.setDocumentInfo ( ParserWrapper.DocumentInfo p1 )  :  void
XercesValidator.XercesValidator ( )

cdk-1.0.4.jar, XercesWrapper.class
package org.xmlcml.cml.element.test
XercesWrapper.error ( SAXParseException p1 )  :  void
XercesWrapper.fatalError ( SAXParseException p1 )  :  void
XercesWrapper.getDocumentInfo ( )  :  ParserWrapper.DocumentInfo
XercesWrapper.isIgnorableWhitespace ( Text p1 )  :  boolean
XercesWrapper.parse ( String p1 )  :  Document
XercesWrapper.printError ( String p1, SAXParseException p2 )  :  void
XercesWrapper.setFeature ( String p1, boolean p2 )  :  void
XercesWrapper.warning ( SAXParseException p1 )  :  void
XercesWrapper.XercesWrapper ( )

cdk-1.0.4.jar, Xindice.class
package org.apache.xindice.server
Xindice.main ( String[ ] args ) [static]  :  void
Xindice.Xindice ( )

cdk-1.0.4.jar, XindiceException.class
package org.apache.xindice.util
XindiceException.getWrappedThrowable ( )  :  Throwable
XindiceException.printStackTrace ( )  :  void
XindiceException.printStackTrace ( PrintStream ps )  :  void
XindiceException.printStackTrace ( PrintWriter pw )  :  void
XindiceException.XindiceException ( )
XindiceException.XindiceException ( String message )
XindiceException.XindiceException ( String message, Throwable wrapped )

cdk-1.0.4.jar, XindiceReader.class
package org.openscience.cdk.database
XindiceReader.close ( )  :  void
XindiceReader.getFormat ( )  :  IChemFormat
XindiceReader.read ( IChemObject object )  :  IChemObject
XindiceReader.setQuery ( String xpath )  :  void
XindiceReader.setReader ( Reader input )  :  void
XindiceReader.XindiceReader ( String collection )

cdk-1.0.4.jar, XindiceService.class
package org.apache.xindice.server.services
XindiceService.getDatabase ( )  :  Database
XindiceService.getName ( )  :  String
XindiceService.initialize ( )  :  int
XindiceService.resume ( )  :  int
XindiceService.setConfig ( Configuration config )  :  void
XindiceService.setKernel ( Kernel kernel )  :  void
XindiceService.start ( )  :  int
XindiceService.status ( )  :  int
XindiceService.statusMessage ( )  :  String
XindiceService.stop ( )  :  int
XindiceService.suspend ( )  :  int
XindiceService.uninitialize ( )  :  int
XindiceService.XindiceService ( )

cdk-1.0.4.jar, XindiceStreamHandler.class
package org.apache.xindice.core.request
XindiceStreamHandler.openConnection ( URL u )  :  URLConnection
XindiceStreamHandler.XindiceStreamHandler ( )

cdk-1.0.4.jar, XindiceStreamHandlerFactory.class
package org.apache.xindice.core.request
XindiceStreamHandlerFactory.createURLStreamHandler ( String protocol )  :  URLStreamHandler
XindiceStreamHandlerFactory.XindiceStreamHandlerFactory ( )

cdk-1.0.4.jar, XLinkSupport.class
package org.apache.batik.dom.util
XLinkSupport.getXLinkActuate ( Element p1 ) [static]  :  String
XLinkSupport.getXLinkArcRole ( Element p1 ) [static]  :  String
XLinkSupport.getXLinkHref ( Element p1 ) [static]  :  String
XLinkSupport.getXLinkRole ( Element p1 ) [static]  :  String
XLinkSupport.getXLinkShow ( Element p1 ) [static]  :  String
XLinkSupport.getXLinkTitle ( Element p1 ) [static]  :  String
XLinkSupport.getXLinkType ( Element p1 ) [static]  :  String
XLinkSupport.setXLinkActuate ( Element p1, String p2 ) [static]  :  void
XLinkSupport.setXLinkArcRole ( Element p1, String p2 ) [static]  :  void
XLinkSupport.setXLinkHref ( Element p1, String p2 ) [static]  :  void
XLinkSupport.setXLinkRole ( Element p1, String p2 ) [static]  :  void
XLinkSupport.setXLinkShow ( Element p1, String p2 ) [static]  :  void
XLinkSupport.setXLinkTitle ( Element p1, String p2 ) [static]  :  void
XLinkSupport.setXLinkType ( Element p1, String p2 ) [static]  :  void
XLinkSupport.XLinkSupport ( )

cdk-1.0.4.jar, XMLAdminTools.class
package org.apache.xindice.tools
XMLAdminTools.initCommandsList ( )  :  void
XMLAdminTools.isAdmin ( )  :  boolean
XMLAdminTools.main ( String[ ] args ) [static]  :  void
XMLAdminTools.XMLAdminTools ( )

cdk-1.0.4.jar, XMLCharacters.class
package org.apache.batik.xml
XMLCharacters.XMLCharacters ( )

cdk-1.0.4.jar, XMLCompressedInput.class
package org.apache.xindice.xml
XMLCompressedInput.getNodeType ( )  :  short
XMLCompressedInput.getSignature ( )  :  byte
XMLCompressedInput.readAttributeCount ( )  :  int
XMLCompressedInput.readContentSize ( )  :  int
XMLCompressedInput.readSignature ( )  :  byte
XMLCompressedInput.XMLCompressedInput ( InputStream is, SymbolTable st )

cdk-1.0.4.jar, XMLCompressedOutput.class
package org.apache.xindice.xml
XMLCompressedOutput.getSizeSize ( int sizeType )  :  int
XMLCompressedOutput.getSizeType ( long length )  :  byte
XMLCompressedOutput.writeSize ( int sizeType, int size )  :  int
XMLCompressedOutput.XMLCompressedOutput ( OutputStream os, SymbolTable st )

cdk-1.0.4.jar, XMLDBException.class
package org.xmldb.api.base
XMLDBException.XMLDBException ( )
XMLDBException.XMLDBException ( int p1 )
XMLDBException.XMLDBException ( int p1, int p2 )
XMLDBException.XMLDBException ( int p1, int p2, String p3 )
XMLDBException.XMLDBException ( int p1, String p2 )

cdk-1.0.4.jar, XMLException.class
package org.apache.batik.xml
XMLException.getException ( )  :  Exception
XMLException.getMessage ( )  :  String
XMLException.printStackTrace ( )  :  void
XMLException.printStackTrace ( PrintStream p1 )  :  void
XMLException.printStackTrace ( PrintWriter p1 )  :  void
XMLException.XMLException ( Exception p1 )
XMLException.XMLException ( String p1 )
XMLException.XMLException ( String p1, Exception p2 )

cdk-1.0.4.jar, XMLObject.class
package org.apache.xindice.core.objects
XMLObject.getCollection ( ) [abstract]  :  Collection
XMLObject.setCollection ( Collection p1 ) [abstract]  :  void

cdk-1.0.4.jar, XMLObjectException.class
package org.apache.xindice.core.objects
XMLObjectException.XMLObjectException ( int faultCode )
XMLObjectException.XMLObjectException ( int faultCode, String message )

cdk-1.0.4.jar, XMLObjectManager.class
package org.apache.xindice.core.objects
XMLObjectManager.create ( Configuration cfg )  :  XMLObject
XMLObjectManager.drop ( String name )  :  boolean
XMLObjectManager.get ( String name )  :  XMLObject
XMLObjectManager.getCanonicalName ( String name )  :  String
XMLObjectManager.list ( )  :  String[ ]
XMLObjectManager.register ( Class c, Configuration cfg )  :  XMLObject
XMLObjectManager.setConfig ( Configuration config )  :  void
XMLObjectManager.unregister ( String name )  :  void
XMLObjectManager.XMLObjectManager ( Collection collection )

cdk-1.0.4.jar, XMLObjectRuntimeException.class
package org.apache.xindice.core.objects
XMLObjectRuntimeException.XMLObjectRuntimeException ( )
XMLObjectRuntimeException.XMLObjectRuntimeException ( String message )

cdk-1.0.4.jar, XMLObjectService.class
package org.apache.xindice.client.xmldb.services
XMLObjectService.getName ( )  :  String
XMLObjectService.getVersion ( )  :  String
XMLObjectService.invokeXMLObject ( String uri )  :  Resource
XMLObjectService.setCollection ( Collection col )  :  void
XMLObjectService.XMLObjectService ( )

cdk-1.0.4.jar, XMLResource.class
package org.xmldb.api.modules
XMLResource.getContentAsDOM ( ) [abstract]  :  Node
XMLResource.getContentAsSAX ( ContentHandler p1 ) [abstract]  :  void
XMLResource.getDocumentId ( ) [abstract]  :  String
XMLResource.setContentAsDOM ( Node p1 ) [abstract]  :  void
XMLResource.setContentAsSAX ( ) [abstract]  :  ContentHandler

cdk-1.0.4.jar, XMLResourceDescriptor.class
package org.apache.batik.util
XMLResourceDescriptor.getCSSParserClassName ( ) [static]  :  String
XMLResourceDescriptor.getXMLParserClassName ( ) [static]  :  String
XMLResourceDescriptor.setCSSParserClassName ( String p1 ) [static]  :  void
XMLResourceDescriptor.setXMLParserClassName ( String p1 ) [static]  :  void
XMLResourceDescriptor.XMLResourceDescriptor ( )

cdk-1.0.4.jar, XMLResourceImpl.class
package org.apache.xindice.client.xmldb.resources
XMLResourceImpl.getContent ( )  :  Object
XMLResourceImpl.getContentAsDOM ( )  :  Node
XMLResourceImpl.getContentAsSAX ( ContentHandler handler )  :  void
XMLResourceImpl.getDocumentId ( )  :  String
XMLResourceImpl.getId ( )  :  String
XMLResourceImpl.getParentCollection ( )  :  Collection
XMLResourceImpl.getResourceType ( )  :  String
XMLResourceImpl.setContent ( Object value )  :  void
XMLResourceImpl.setContentAsDOM ( Node content )  :  void
XMLResourceImpl.setContentAsSAX ( )  :  ContentHandler
XMLResourceImpl.XMLResourceImpl ( String id, Collection collection )
XMLResourceImpl.XMLResourceImpl ( String id, Collection collection, String content )
XMLResourceImpl.XMLResourceImpl ( String id, Collection collection, SymbolTable syms, byte[ ] bytes )
XMLResourceImpl.XMLResourceImpl ( String id, String documentId, Collection collection )
XMLResourceImpl.XMLResourceImpl ( String id, String documentId, Collection collection, String content )
XMLResourceImpl.XMLResourceImpl ( String id, String documentId, Collection collection, SymbolTable syms, byte[ ] bytes )

cdk-1.0.4.jar, XMLScanner.class
package org.apache.batik.xml
XMLScanner.clearBuffer ( )  :  void
XMLScanner.createXMLException ( String p1 )  :  XMLException
XMLScanner.formatMessage ( String p1, Object[ ] p2 )  :  String
XMLScanner.getBuffer ( )  :  char[ ]
XMLScanner.getColumn ( )  :  int
XMLScanner.getContext ( )  :  int
XMLScanner.getDepth ( )  :  int
XMLScanner.getEnd ( )  :  int
XMLScanner.getEndOffset ( )  :  int
XMLScanner.getLine ( )  :  int
XMLScanner.getLocale ( )  :  Locale
XMLScanner.getStart ( )  :  int
XMLScanner.getStartOffset ( )  :  int
XMLScanner.getStringDelimiter ( )  :  char
XMLScanner.getType ( )  :  int
XMLScanner.next ( )  :  int
XMLScanner.next ( int p1 )  :  int
XMLScanner.nextChar ( )  :  int
XMLScanner.nextInAttList ( )  :  int
XMLScanner.nextInAttributeValue ( )  :  int
XMLScanner.nextInCDATASection ( )  :  int
XMLScanner.nextInContent ( )  :  int
XMLScanner.nextInDoctype ( )  :  int
XMLScanner.nextInDocumentStart ( )  :  int
XMLScanner.nextInDTDDeclarations ( )  :  int
XMLScanner.nextInElementDeclaration ( )  :  int
XMLScanner.nextInEndTag ( )  :  int
XMLScanner.nextInEntity ( )  :  int
XMLScanner.nextInEntityValue ( )  :  int
XMLScanner.nextInEnumeration ( )  :  int
XMLScanner.nextInNotation ( )  :  int
XMLScanner.nextInNotationType ( )  :  int
XMLScanner.nextInPI ( )  :  int
XMLScanner.nextInStartTag ( )  :  int
XMLScanner.nextInTopLevel ( )  :  int
XMLScanner.nextInXMLDecl ( )  :  int
XMLScanner.readComment ( )  :  int
XMLScanner.readIdentifier ( String p1, int p2, int p3 )  :  int
XMLScanner.readName ( int p1 )  :  int
XMLScanner.readNmtoken ( )  :  int
XMLScanner.readPEReference ( )  :  int
XMLScanner.readPIStart ( )  :  int
XMLScanner.readReference ( )  :  int
XMLScanner.readString ( )  :  int
XMLScanner.setContext ( int p1 )  :  void
XMLScanner.setDepth ( int p1 )  :  void
XMLScanner.setLocale ( Locale p1 )  :  void
XMLScanner.XMLScanner ( InputStream p1, String p2 )
XMLScanner.XMLScanner ( Reader p1 )
XMLScanner.XMLScanner ( String p1 )

cdk-1.0.4.jar, XMLSerializable.class
package org.apache.xindice.xml
XMLSerializable.streamFromXML ( Element p1 ) [abstract]  :  void
XMLSerializable.streamToXML ( Document p1 ) [abstract]  :  Element

cdk-1.0.4.jar, XMLStreamNormalizingReader.class
package org.apache.batik.xml
XMLStreamNormalizingReader.XMLStreamNormalizingReader ( InputStream p1, String p2 )

cdk-1.0.4.jar, XMLSupport.class
package org.apache.batik.dom.util
XMLSupport.defaultXMLSpace ( String p1 ) [static]  :  String
XMLSupport.getXMLLang ( Element p1 ) [static]  :  String
XMLSupport.getXMLSpace ( Element p1 ) [static]  :  String
XMLSupport.preserveXMLSpace ( String p1 ) [static]  :  String
XMLSupport.XMLSupport ( )

cdk-1.0.4.jar, XMLUserTools.class
package org.apache.xindice.tools
XMLUserTools.initCommandsList ( )  :  void
XMLUserTools.isAdmin ( )  :  boolean
XMLUserTools.main ( String[ ] args ) [static]  :  void
XMLUserTools.XMLUserTools ( )

cdk-1.0.4.jar, XMLUtilities.class
package org.apache.batik.xml
XMLUtilities.createXMLDeclarationReader ( PushbackInputStream p1, String p2 ) [static]  :  Reader
XMLUtilities.createXMLDocumentReader ( InputStream p1 ) [static]  :  Reader
XMLUtilities.encodingToJavaEncoding ( String p1, String p2 ) [static]  :  String
XMLUtilities.getXMLDeclarationEncoding ( Reader p1, String p2 ) [static]  :  String
XMLUtilities.isXMLAlphabeticCharacter ( char p1 ) [static]  :  boolean
XMLUtilities.isXMLCharacter ( int p1 ) [static]  :  boolean
XMLUtilities.isXMLNameCharacter ( char p1 ) [static]  :  boolean
XMLUtilities.isXMLNameFirstCharacter ( char p1 ) [static]  :  boolean
XMLUtilities.isXMLPublicIdCharacter ( char p1 ) [static]  :  boolean
XMLUtilities.isXMLSpace ( char p1 ) [static]  :  boolean
XMLUtilities.isXMLVersionCharacter ( char p1 ) [static]  :  boolean
XMLUtilities.XMLUtilities ( )

cdk-1.0.4.jar, XObjectImpl.class
package org.apache.xindice.core.xupdate
XObjectImpl.bool ( )  :  boolean
XObjectImpl.getType ( )  :  int
XObjectImpl.nodeset ( )  :  NodeList
XObjectImpl.num ( )  :  double
XObjectImpl.rtree ( )  :  DocumentFragment
XObjectImpl.str ( )  :  String
XObjectImpl.XObjectImpl ( XObject xobj )

cdk-1.0.4.jar, XorCompositeContext.class
package org.apache.batik.ext.awt.image
SVGComposite.XorCompositeContext.precompose ( Raster p1, Raster p2, WritableRaster p3 )  :  void

cdk-1.0.4.jar, XorCompositeContext_INT_PACK.class
package org.apache.batik.ext.awt.image
SVGComposite.XorCompositeContext_INT_PACK.precompose_INT_PACK ( int p1, int p2, int[ ] p3, int p4, int p5, int[ ] p6, int p7, int p8, int[ ] p9, int p10, int p11 )  :  void

cdk-1.0.4.jar, XPathQuery.class
package org.apache.xindice.tools.command
XPathQuery.execute ( Hashtable table )  :  boolean
XPathQuery.XPathQuery ( )

cdk-1.0.4.jar, XPathQueryFactoryImpl.class
package org.apache.xindice.core.xupdate
XPathQueryFactoryImpl.newXPathQuery ( )  :  XPathQuery
XPathQueryFactoryImpl.XPathQueryFactoryImpl ( )

cdk-1.0.4.jar, XPathQueryImpl.class
package org.apache.xindice.core.xupdate
XPathQueryImpl.execute ( Node rootNode )  :  XObject
XPathQueryImpl.setNamespace ( Node namespace )  :  void
XPathQueryImpl.setNodeFilter ( NodeFilter filter )  :  void
XPathQueryImpl.setQString ( String qstring )  :  void
XPathQueryImpl.XPathQueryImpl ( )

cdk-1.0.4.jar, XPathQueryResolver.class
package org.apache.xindice.core.query
XPathQueryResolver.compileQuery ( Collection context, String query, NamespaceMap nsMap, Key[ ] keys )  :  Query
XPathQueryResolver.getQueryStyle ( )  :  String
XPathQueryResolver.query ( Collection context, String query, NamespaceMap nsMap, Key[ ] keys )  :  NodeSet
XPathQueryResolver.setConfig ( Configuration config )  :  void
XPathQueryResolver.setQueryEngine ( QueryEngine engine )  :  void
XPathQueryResolver.XPathQueryResolver ( )

cdk-1.0.4.jar, XPathQueryService.class
package org.xmldb.api.modules
XPathQueryService.clearNamespaces ( ) [abstract]  :  void
XPathQueryService.getNamespace ( String p1 ) [abstract]  :  String
XPathQueryService.query ( String p1 ) [abstract]  :  ResourceSet
XPathQueryService.queryResource ( String p1, String p2 ) [abstract]  :  ResourceSet
XPathQueryService.removeNamespace ( String p1 ) [abstract]  :  void
XPathQueryService.setNamespace ( String p1, String p2 ) [abstract]  :  void

cdk-1.0.4.jar, XPathQueryServiceImpl.class
package org.apache.xindice.client.xmldb.services
XPathQueryServiceImpl.clearNamespaces ( )  :  void
XPathQueryServiceImpl.getDefaultNamespace ( )  :  String
XPathQueryServiceImpl.getName ( )  :  String
XPathQueryServiceImpl.getNamespace ( String prefix )  :  String
XPathQueryServiceImpl.getVersion ( )  :  String
XPathQueryServiceImpl.query ( String query )  :  ResourceSet
XPathQueryServiceImpl.queryResource ( String id, String query )  :  ResourceSet
XPathQueryServiceImpl.queryResult ( String query )  :  XMLResource
XPathQueryServiceImpl.removeDefaultNamespace ( )  :  void
XPathQueryServiceImpl.removeNamespace ( String prefix )  :  void
XPathQueryServiceImpl.setCollection ( Collection col )  :  void
XPathQueryServiceImpl.setDefaultNamespace ( String uri )  :  void
XPathQueryServiceImpl.setNamespace ( String prefix, String uri )  :  void
XPathQueryServiceImpl.setSymbolDeserializer ( SymbolDeserializer syms )  :  void
XPathQueryServiceImpl.XPathQueryServiceImpl ( )

cdk-1.0.4.jar, XUpdateImpl.class
package org.apache.xindice.core.xupdate
XUpdateImpl.execute ( Collection col )  :  void
XUpdateImpl.execute ( Node contextNode )  :  void
XUpdateImpl.getModifiedCount ( )  :  int
XUpdateImpl.setNamespaceMap ( NamespaceMap nsMap )  :  void
XUpdateImpl.setQString ( String query )  :  void
XUpdateImpl.XUpdateImpl ( )

cdk-1.0.4.jar, XUpdateQueryResolver.class
package org.apache.xindice.core.xupdate
XUpdateQueryResolver.compileQuery ( Collection context, String query, NamespaceMap nsMap, Key[ ] keys )  :  Query
XUpdateQueryResolver.getQueryStyle ( )  :  String
XUpdateQueryResolver.query ( Collection context, String query, NamespaceMap nsMap, Key[ ] keys )  :  NodeSet
XUpdateQueryResolver.setConfig ( Configuration config )  :  void
XUpdateQueryResolver.setQueryEngine ( QueryEngine engine )  :  void
XUpdateQueryResolver.XUpdateQueryResolver ( )

cdk-1.0.4.jar, XUpdateQueryService.class
package org.xmldb.api.modules
XUpdateQueryService.update ( String p1 ) [abstract]  :  long
XUpdateQueryService.updateResource ( String p1, String p2 ) [abstract]  :  long

cdk-1.0.4.jar, XUpdateQueryServiceImpl.class
package org.apache.xindice.client.xmldb.services
XUpdateQueryServiceImpl.clearNamespaces ( )  :  void
XUpdateQueryServiceImpl.getDefaultNamespace ( )  :  String
XUpdateQueryServiceImpl.getName ( )  :  String
XUpdateQueryServiceImpl.getNamespace ( String prefix )  :  String
XUpdateQueryServiceImpl.getResultCount ( XMLResource resource )  :  long
XUpdateQueryServiceImpl.getVersion ( )  :  String
XUpdateQueryServiceImpl.removeDefaultNamespace ( )  :  void
XUpdateQueryServiceImpl.removeNamespace ( String prefix )  :  void
XUpdateQueryServiceImpl.setCollection ( Collection col )  :  void
XUpdateQueryServiceImpl.setDefaultNamespace ( String uri )  :  void
XUpdateQueryServiceImpl.setNamespace ( String prefix, String uri )  :  void
XUpdateQueryServiceImpl.update ( String commands )  :  long
XUpdateQueryServiceImpl.updateResource ( String id, String commands )  :  long
XUpdateQueryServiceImpl.updateResourceResult ( String id, String commands )  :  XMLResource
XUpdateQueryServiceImpl.updateResult ( String commands )  :  XMLResource
XUpdateQueryServiceImpl.XUpdateQueryServiceImpl ( )

cdk-1.0.4.jar, ZeroRecter.class
package org.apache.batik.ext.awt.image.rendered
PadRed.ZeroRecter.getZeroRecter ( WritableRaster p1 ) [static]  :  PadRed.ZeroRecter
PadRed.ZeroRecter.PadRed.ZeroRecter ( WritableRaster p1 )
PadRed.ZeroRecter.zeroRect ( Rectangle p1 )  :  void
PadRed.ZeroRecter.zeroRect ( WritableRaster p1 ) [static]  :  void

cdk-1.0.4.jar, ZeroRecter_INT_PACK.class
package org.apache.batik.ext.awt.image.rendered
PadRed.ZeroRecter_INT_PACK.PadRed.ZeroRecter_INT_PACK ( WritableRaster p1 )
PadRed.ZeroRecter_INT_PACK.zeroRect ( Rectangle p1 )  :  void

to the top

Problems with Data Types, High Severity (1722)

cdk-1.0.4.jar
package com.ozten.font
[+] JFontChooser (1)
[+] JFontChooserTest (1)

package com.ozten.util
[+] SwingUtil (1)

package net.sf.jniinchi
[+] JniInchiAtom (11)
[+] JniInchiNativeCodeLoader (1)
[+] JniInchiOutput (5)
[+] JniInchiOutputStructure (4)
[+] JniInchiStereo0D (5)
[+] JniInchiStructure (3)
[+] JniInchiWrapper (4)

package org.apache.batik
[+] Version (1)

package org.apache.batik.dom
[+] AbstractAttr (1)
[+] AbstractAttrNS (1)
[+] AbstractCharacterData (1)
[+] AbstractChildNode (1)
[+] AbstractComment (1)
[+] AbstractDocument (1)
[+] AbstractDocumentFragment (1)
[+] AbstractDOMImplementation (1)
[+] AbstractElement (1)
[+] AbstractElement.Entry (1)
[+] AbstractElement.NamedNodeHashMap (1)
[+] AbstractElementNS (1)
[+] AbstractEntity (1)
[+] AbstractEntityReference (1)
[+] AbstractNode (1)
[+] AbstractNotation (1)
[+] AbstractParentChildNode (1)
[+] AbstractParentNode (1)
[+] AbstractParentNode.ChildNodes (1)
[+] AbstractParentNode.ElementsByTagName (1)
[+] AbstractParentNode.ElementsByTagNameNS (1)
[+] AbstractProcessingInstruction (1)
[+] AbstractText (1)
[+] ExtendedNode (1)
[+] GenericAttr (1)
[+] GenericAttrNS (1)
[+] GenericCDATASection (1)
[+] GenericComment (1)
[+] GenericDocument (1)
[+] GenericDocumentFragment (1)
[+] GenericDOMImplementation (1)
[+] GenericElement (1)
[+] GenericElementNS (1)
[+] GenericEntity (1)
[+] GenericEntityReference (1)
[+] GenericNotation (1)
[+] GenericProcessingInstruction (1)
[+] GenericText (1)
[+] StyleSheetFactory (1)
[+] StyleSheetProcessingInstruction (1)

package org.apache.batik.dom.events
[+] AbstractEvent (1)
[+] DocumentEventSupport (1)
[+] DocumentEventSupport.EventFactory (1)
[+] DocumentEventSupport.KeyEventFactory (1)
[+] DocumentEventSupport.MouseEventFactory (1)
[+] DocumentEventSupport.MutationEventFactory (1)
[+] DocumentEventSupport.SimpleEventFactory (1)
[+] DocumentEventSupport.UIEventFactory (1)
[+] DOMEvent (1)
[+] DOMKeyEvent (1)
[+] DOMMouseEvent (1)
[+] DOMMutationEvent (1)
[+] DOMUIEvent (1)
[+] EventListenerList (1)
[+] EventSupport (1)
[+] NodeEventTarget (1)

package org.apache.batik.dom.traversal
[+] DOMNodeIterator (1)
[+] DOMTreeWalker (1)
[+] TraversalSupport (1)

package org.apache.batik.dom.util
[+] CSSStyleDeclarationFactory (1)
[+] DocumentDescriptor (1)
[+] DocumentDescriptor.Entry (1)
[+] DocumentFactory (1)
[+] DOMUtilities (1)
[+] DoublyIndexedTable (1)
[+] DoublyIndexedTable.Entry (1)
[+] HashTable (1)
[+] HashTable.Entry (1)
[+] HashTableStack (1)
[+] HashTableStack.Link (1)
[+] SAXDocumentFactory (1)
[+] SAXDocumentFactory.PreInfo (1)
[+] XLinkSupport (1)
[+] XMLSupport (1)

package org.apache.batik.ext.awt
[+] ColorSpaceHintKey (1)
[+] LinearGradientPaint (1)
[+] MultipleGradientPaint (1)
[+] MultipleGradientPaint.ColorSpaceEnum (1)
[+] MultipleGradientPaint.CycleMethodEnum (1)
[+] RadialGradientPaint (1)

package org.apache.batik.ext.awt.color
[+] ICCColorSpaceExt (1)
[+] NamedProfileCache (1)

package org.apache.batik.ext.awt.font
[+] TextPathLayout (1)

package org.apache.batik.ext.awt.g2d
[+] AbstractGraphics2D (1)
[+] DefaultGraphics2D (1)
[+] GraphicContext (1)
[+] TransformStackElement (1)
[+] TransformType (1)

package org.apache.batik.ext.awt.geom
[+] ExtendedGeneralPath (1)
[+] ExtendedPathIterator (1)
[+] ExtendedShape (1)
[+] PathLength (1)
[+] PathLength.PathSegment (1)
[+] RectListManager (1)
[+] ShapeExtender (1)
[+] ShapeExtender.EPIWrap (1)

package org.apache.batik.ext.awt.image
[+] AbstractLight (1)
[+] ARGBChannel (1)
[+] ComponentTransferFunction (1)
[+] CompositeRule (1)
[+] ConcreteComponentTransferFunction (1)
[+] DiscreteTransfer (1)
[+] DistantLight (1)
[+] GammaTransfer (1)
[+] GraphicsUtil (1)
[+] IdentityTransfer (1)
[+] Light (1)
[+] LinearTransfer (1)
[+] PadMode (1)
[+] PointLight (1)
[+] SpotLight (1)
[+] SVGComposite (1)
[+] SVGComposite.AlphaPreCompositeContext (1)
[+] SVGComposite.AlphaPreCompositeContext_INT_PACK (1)
[+] SVGComposite.ArithCompositeContext (1)
[+] SVGComposite.ArithCompositeContext_INT_PACK (1)
[+] SVGComposite.ArithCompositeContext_INT_PACK_LUT (1)
[+] SVGComposite.AtopCompositeContext (1)
[+] SVGComposite.AtopCompositeContext_INT_PACK (1)
[+] SVGComposite.DarkenCompositeContext (1)
[+] SVGComposite.DarkenCompositeContext_INT_PACK (1)
[+] SVGComposite.InCompositeContext (1)
[+] SVGComposite.InCompositeContext_INT_PACK (1)
[+] SVGComposite.LightenCompositeContext (1)
[+] SVGComposite.LightenCompositeContext_INT_PACK (1)
[+] SVGComposite.MultiplyCompositeContext (1)
[+] SVGComposite.MultiplyCompositeContext_INT_PACK (1)
[+] SVGComposite.OutCompositeContext (1)
[+] SVGComposite.OutCompositeContext_INT_PACK (1)
[+] SVGComposite.OverCompositeContext (1)
[+] SVGComposite.OverCompositeContext_INT_PACK (1)
[+] SVGComposite.OverCompositeContext_INT_PACK_NA (1)
[+] SVGComposite.OverCompositeContext_INT_PACK_UNPRE (1)
[+] SVGComposite.OverCompositeContext_NA (1)
[+] SVGComposite.ScreenCompositeContext (1)
[+] SVGComposite.ScreenCompositeContext_INT_PACK (1)
[+] SVGComposite.XorCompositeContext (1)
[+] SVGComposite.XorCompositeContext_INT_PACK (1)
[+] TableTransfer (1)
[+] TransferFunction (1)
[+] URLImageCache (1)

package org.apache.batik.ext.awt.image.codec
[+] FileCacheSeekableStream (1)
[+] ForwardSeekableStream (1)
[+] ImageDecoder (1)
[+] ImageDecoderImpl (1)
[+] ImageEncoder (1)
[+] ImageEncoderImpl (1)
[+] MemoryCacheSeekableStream (1)
[+] PNGDecodeParam (1)
[+] PNGEncodeParam (1)
[+] PNGEncodeParam.Gray (1)
[+] PNGEncodeParam.Palette (1)
[+] PNGEncodeParam.RGB (1)
[+] PNGImageDecoder (1)
[+] PNGImageEncoder (1)
[+] PNGRed (1)
[+] PNGSuggestedPaletteEntry (1)
[+] PropertyUtil (1)
[+] SeekableOutputStream (1)
[+] SeekableStream (1)
[+] SimpleRenderedImage (1)
[+] SingleTileRenderedImage (1)

package org.apache.batik.ext.awt.image.codec.tiff
[+] TIFFDecodeParam (1)
[+] TIFFDirectory (1)
[+] TIFFEncodeParam (1)
[+] TIFFField (1)
[+] TIFFImage (1)
[+] TIFFImageDecoder (1)
[+] TIFFImageEncoder (1)
[+] TIFFLZWDecoder (1)

package org.apache.batik.ext.awt.image.renderable
[+] AbstractColorInterpolationRable (1)
[+] AbstractRable (1)
[+] AffineRable (1)
[+] AffineRable8Bit (1)
[+] ClipRable (1)
[+] ClipRable8Bit (1)
[+] ColorMatrixRable (1)
[+] ColorMatrixRable8Bit (1)
[+] ComponentTransferRable (1)
[+] ComponentTransferRable8Bit (1)
[+] CompositeRable (1)
[+] CompositeRable8Bit (1)
[+] ConvolveMatrixRable (1)
[+] ConvolveMatrixRable8Bit (1)
[+] DeferRable (1)
[+] DiffuseLightingRable (1)
[+] DiffuseLightingRable8Bit (1)
[+] DisplacementMapRable (1)
[+] DisplacementMapRable8Bit (1)
[+] Filter (1)
[+] FilterAlphaRable (1)
[+] FilterAsAlphaRable (1)
[+] FilterChainRable (1)
[+] FilterChainRable8Bit (1)
[+] FilterColorInterpolation (1)
[+] FilterResRable (1)
[+] FilterResRable8Bit (1)
[+] FloodRable (1)
[+] FloodRable8Bit (1)
[+] GaussianBlurRable (1)
[+] GaussianBlurRable8Bit (1)
[+] MorphologyRable (1)
[+] MorphologyRable8Bit (1)
[+] OffsetRable (1)
[+] PadRable (1)
[+] PadRable8Bit (1)
[+] PaintRable (1)
[+] ProfileRable (1)
[+] RedRable (1)
[+] SpecularLightingRable (1)
[+] SpecularLightingRable8Bit (1)
[+] TileRable (1)
[+] TileRable8Bit (1)
[+] TurbulenceRable (1)
[+] TurbulenceRable8Bit (1)

package org.apache.batik.ext.awt.image.rendered
[+] AbstractRed (1)
[+] AbstractTiledRed (1)
[+] AffineRed (1)
[+] Any2LsRGBRed (1)
[+] Any2LumRed (1)
[+] Any2sRGBRed (1)
[+] BufferedImageCachableRed (1)
[+] BumpMap (1)
[+] CachableRed (1)
[+] ColorMatrixRed (1)
[+] ComponentTransferRed (1)
[+] CompositeRed (1)
[+] DiffuseLightingRed (1)
[+] DisplacementMapRed (1)
[+] FilterAlphaRed (1)
[+] FilterAsAlphaRed (1)
[+] FloodRed (1)
[+] FormatRed (1)
[+] GaussianBlurRed8Bit (1)
[+] IndexImage (1)
[+] LRUCache (1)
[+] LRUCache.LRUNode (1)
[+] LRUCache.LRUObj (1)
[+] MorphologyOp (1)
[+] MultiplyAlphaRed (1)
[+] PadRed (1)
[+] PadRed.ZeroRecter (1)
[+] PadRed.ZeroRecter_INT_PACK (1)
[+] ProfileRed (1)
[+] RenderedImageCachableRed (1)
[+] SpecularLightingRed (1)
[+] TileBlock (1)
[+] TileCache (1)
[+] TileCacheRed (1)
[+] TileGenerator (1)
[+] TileGrid (1)
[+] TileLRUMember (1)
[+] TileMap (1)
[+] TileRed (1)
[+] TileStore (1)
[+] TranslateRed (1)
[+] TurbulencePatternRed (1)

package org.apache.batik.ext.awt.image.spi
[+] AbstractRegistryEntry (1)
[+] BrokenLinkProvider (1)
[+] DefaultBrokenLinkProvider (1)
[+] ImageTagRegistry (1)
[+] JDKRegistryEntry (1)
[+] JDKRegistryEntry.MyImgObs (1)
[+] JPEGRegistryEntry (1)
[+] MagicNumberRegistryEntry (1)
[+] MagicNumberRegistryEntry.MagicNumber (1)
[+] PNGRegistryEntry (1)
[+] RegistryEntry (1)
[+] StreamRegistryEntry (1)
[+] TIFFRegistryEntry (1)
[+] URLRegistryEntry (1)

package org.apache.batik.ext.swing
[+] DoubleDocument (1)
[+] JAffineTransformChooser (1)
[+] JAffineTransformChooser.Dialog (1)
[+] JGridBagPanel (1)
[+] JGridBagPanel.InsetsManager (1)
[+] Messages (1)
[+] Resources (1)

package org.apache.batik.i18n
[+] ExtendedLocalizable (1)
[+] LocaleGroup (1)
[+] Localizable (1)
[+] LocalizableSupport (1)

package org.apache.batik.svggen
[+] AbstractImageHandlerEncoder (1)
[+] AbstractSVGConverter (1)
[+] AbstractSVGFilterConverter (1)
[+] CachedImageHandler (1)
[+] CachedImageHandlerBase64Encoder (1)
[+] CachedImageHandlerJPEGEncoder (1)
[+] CachedImageHandlerPNGEncoder (1)
[+] DefaultCachedImageHandler (1)
[+] DefaultErrorHandler (1)
[+] DefaultExtensionHandler (1)
[+] DefaultImageHandler (1)
[+] DefaultStyleHandler (1)
[+] DOMGroupManager (1)
[+] DOMTreeManager (1)
[+] ErrorHandler (1)
[+] ExtensionHandler (1)
[+] GenericImageHandler (1)
[+] ImageCacher (1)
[+] ImageCacher.Embedded (1)
[+] ImageCacher.External (1)
[+] ImageHandler (1)
[+] ImageHandlerBase64Encoder (1)
[+] ImageHandlerJPEGEncoder (1)
[+] ImageHandlerPNGEncoder (1)
[+] SimpleImageHandler (1)
[+] StyleHandler (1)
[+] SVGAlphaComposite (1)
[+] SVGAttribute (1)
[+] SVGAttributeMap (1)
[+] SVGBasicStroke (1)
[+] SVGBufferedImageOp (1)
[+] SVGClip (1)
[+] SVGClipDescriptor (1)
[+] SVGColor (1)
[+] SVGComposite (1)
[+] SVGCompositeDescriptor (1)
[+] SVGConverter (1)
[+] SVGConvolveOp (1)
[+] SVGCSSStyler (1)
[+] SVGCustomBufferedImageOp (1)
[+] SVGCustomComposite (1)
[+] SVGCustomPaint (1)
[+] SVGDescriptor (1)
[+] SVGEllipse (1)
[+] SVGFilterConverter (1)
[+] SVGFilterDescriptor (1)
[+] SVGFont (1)
[+] SVGFontDescriptor (1)
[+] SVGGeneratorContext (1)
[+] SVGGeneratorContext.GraphicContextDefaults (1)
[+] SVGGraphicContext (1)
[+] SVGGraphicContextConverter (1)
[+] SVGGraphicObjectConverter (1)
[+] SVGGraphics2D (1)
[+] SVGGraphics2DIOException (1)
[+] SVGGraphics2DRuntimeException (1)
[+] SVGHintsDescriptor (1)
[+] SVGIDGenerator (1)
[+] SVGLine (1)
[+] SVGLinearGradient (1)
[+] SVGLookupOp (1)
[+] SVGPaint (1)
[+] SVGPaintDescriptor (1)
[+] SVGPath (1)
[+] SVGPolygon (1)
[+] SVGRectangle (1)
[+] SVGRenderingHints (1)
[+] SVGRescaleOp (1)
[+] SVGShape (1)
[+] SVGStrokeDescriptor (1)
[+] SVGStylingAttributes (1)
[+] SVGTexturePaint (1)
[+] SVGTransform (1)
[+] SVGTransformDescriptor (1)
[+] SwingSVGPrettyPrint (1)

package org.apache.batik.svggen.font
[+] Font (1)
[+] Glyph (1)
[+] Messages (1)
[+] Point (1)
[+] SVGFont (1)

package org.apache.batik.svggen.font.table
[+] ClassDef (1)
[+] ClassDefFormat1 (1)
[+] ClassDefFormat2 (1)
[+] CmapFormat (1)
[+] CmapFormat0 (1)
[+] CmapFormat2 (1)
[+] CmapFormat4 (1)
[+] CmapFormat6 (1)
[+] CmapIndexEntry (1)
[+] CmapTable (1)
[+] Coverage (1)
[+] CoverageFormat1 (1)
[+] CoverageFormat2 (1)
[+] CvtTable (1)
[+] Device (1)
[+] DirectoryEntry (1)
[+] Feature (1)
[+] FeatureList (1)
[+] FeatureRecord (1)
[+] FpgmTable (1)
[+] GlyfCompositeComp (1)
[+] GlyfCompositeDescript (1)
[+] GlyfDescript (1)
[+] GlyfSimpleDescript (1)
[+] GlyfTable (1)
[+] GlyphDescription (1)
[+] GposTable (1)
[+] GsubTable (1)
[+] HeadTable (1)
[+] HheaTable (1)
[+] HmtxTable (1)
[+] KerningPair (1)
[+] KernSubtable (1)
[+] KernSubtableFormat0 (1)
[+] KernSubtableFormat2 (1)
[+] KernTable (1)
[+] LangSys (1)
[+] LangSysRecord (1)
[+] Ligature (1)
[+] LigatureSet (1)
[+] LigatureSubst (1)
[+] LigatureSubstFormat1 (1)
[+] LocaTable (1)
[+] Lookup (1)
[+] LookupList (1)
[+] LookupSubtable (1)
[+] LookupSubtableFactory (1)
[+] MaxpTable (1)
[+] NameRecord (1)
[+] NameTable (1)
[+] Os2Table (1)
[+] Panose (1)
[+] PostTable (1)
[+] PrepTable (1)
[+] Program (1)
[+] RangeRecord (1)
[+] Script (1)
[+] ScriptList (1)
[+] ScriptRecord (1)
[+] SingleSubst (1)
[+] SingleSubstFormat1 (1)
[+] SingleSubstFormat2 (1)
[+] Table (1)
[+] TableDirectory (1)
[+] TableFactory (1)

package org.apache.batik.util
[+] AbstractParsedURLProtocolHandler (1)
[+] ApplicationSecurityEnforcer (1)
[+] Base64DecodeStream (1)
[+] Base64EncoderStream (1)
[+] BatikSecurityManager (1)
[+] ClassFileUtilities (1)
[+] CleanerThread (1)
[+] CleanerThread.PhantomReferenceCleared (1)
[+] CleanerThread.ReferenceCleared (1)
[+] CleanerThread.SoftReferenceCleared (1)
[+] CleanerThread.WeakReferenceCleared (1)
[+] DoublyLinkedList (1)
[+] DoublyLinkedList.Node (1)
[+] EncodingUtilities (1)
[+] EventDispatcher (1)
[+] EventDispatcher.Dispatcher (1)
[+] Messages (1)
[+] ParsedURL (1)
[+] ParsedURLData (1)
[+] ParsedURLDataProtocolHandler (1)
[+] ParsedURLDefaultProtocolHandler (1)
[+] ParsedURLJarProtocolHandler (1)
[+] ParsedURLProtocolHandler (1)
[+] PreferenceManager (1)
[+] RunnableQueue (1)
[+] RunnableQueue.Link (1)
[+] RunnableQueue.LockableLink (1)
[+] RunnableQueue.RunHandler (1)
[+] RunnableQueue.RunnableQueueState (1)
[+] Service (1)
[+] SoftDoublyIndexedTable (1)
[+] SoftDoublyIndexedTable.Entry (1)
[+] SoftReferenceCache (1)
[+] XMLResourceDescriptor (1)

package org.apache.batik.util.io
[+] AbstractCharDecoder (1)
[+] ASCIIDecoder (1)
[+] CharDecoder (1)
[+] GenericDecoder (1)
[+] ISO_8859_1Decoder (1)
[+] Messages (1)
[+] NormalizingReader (1)
[+] StreamNormalizingReader (1)
[+] StreamNormalizingReader.ASCIIDecoderFactory (1)
[+] StreamNormalizingReader.CharDecoderFactory (1)
[+] StreamNormalizingReader.ISO_8859_1DecoderFactory (1)
[+] StreamNormalizingReader.UTF16DecoderFactory (1)
[+] StreamNormalizingReader.UTF8DecoderFactory (1)
[+] StringDecoder (1)
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[+] XUpdateQueryService (1)

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Problems with Methods, High Severity (28)

cdk-1.0.4.jar, AtomContainer
package org.openscience.cdk
[+] AtomContainer.growAtomArray ( )  :  void (1)
[+] AtomContainer.growBondArray ( )  :  void (1)
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cdk-1.0.4.jar, CASNumber
package org.openscience.cdk.index
[+] CASNumber.calculateCheckDigit ( String part1, String part2 ) [static]  :  int (1)

cdk-1.0.4.jar, CMLBond
package org.xmlcml.cml.element
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[+] CMLBond.setAtomRefs2 ( String atomId1, String atomId2 )  :  void (1)

cdk-1.0.4.jar, CMLBondArray
package org.xmlcml.cml.element
[+] CMLBondArray.makeElementInContext ( Element parent ) [static]  :  CMLBondArray (1)

cdk-1.0.4.jar, CMLMetadataList
package org.xmlcml.cml.element
[+] CMLMetadataList.getMetadataDescendantsByName ( List metadataList, String name ) [static]  :  List (1)
[+] CMLMetadataList.getMetadataDescendantsByName ( String name )  :  List (1)

cdk-1.0.4.jar, CMLSymmetry
package org.xmlcml.cml.element
[+] CMLSymmetry.makeElementInContext ( Element parent ) [static]  :  CMLSymmetry (1)

cdk-1.0.4.jar, CMLTransform3
package org.xmlcml.cml.element
[+] CMLTransform3.makeElementInContext ( Element parent ) [static]  :  CMLTransform3 (1)

cdk-1.0.4.jar, GasteigerPEPEPartialCharges
package org.openscience.cdk.charges
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package org.openscience.cdk.inchi
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cdk-1.0.4.jar, JniInchiWrapper
package net.sf.jniinchi
[+] JniInchiWrapper.getWrapper ( ) [static]  :  JniInchiWrapper (1)

cdk-1.0.4.jar, MDLRXNV3000Reader
package org.openscience.cdk.io
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[+] MDLRXNV3000Reader.readCommand ( )  :  String (1)
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cdk-1.0.4.jar, Path
package org.openscience.cdk.ringsearch
[+] Path.revert ( )  :  void (1)

cdk-1.0.4.jar, PathTools
package org.openscience.cdk.graph
[+] PathTools.resetFlags ( IAtomContainer ac ) [static]  :  void (1)

cdk-1.0.4.jar, RDFProtonDescriptor_G3R
package org.openscience.cdk.qsar.descriptors.atomic
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cdk-1.0.4.jar, RDFProtonDescriptor_GDR
package org.openscience.cdk.qsar.descriptors.atomic
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cdk-1.0.4.jar, RDFProtonDescriptor_GHR
package org.openscience.cdk.qsar.descriptors.atomic
[+] RDFProtonDescriptor_GHR.calculateAngleBetweenTwoLines ( Vector3d a, Vector3d b, Vector3d c, Vector3d d )  :  double (1)

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package org.openscience.cdk.qsar.descriptors.atomic
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cdk-1.0.4.jar, RDFProtonDescriptor_GSR
package org.openscience.cdk.qsar.descriptors.atomic
[+] RDFProtonDescriptor_GSR.calculateAngleBetweenTwoLines ( Vector3d a, Vector3d b, Vector3d c, Vector3d d )  :  double (1)

cdk-1.0.4.jar, Reaction
package org.openscience.cdk
[+] Reaction.growMappingArray ( )  :  void (1)

cdk-1.0.4.jar, SmilesGenerator
package org.openscience.cdk.smiles
[+] SmilesGenerator.createSMILESWithoutCheckForMultipleMolecules ( IMolecule molecule, boolean chiral, boolean[ ] doubleBondConfiguration )  :  String (1)

cdk-1.0.4.jar, XLogPDescriptor
package org.openscience.cdk.qsar.descriptors.molecular
[+] XLogPDescriptor.initializeHydrogenPairCheck ( int[ ][ ] pairCheck )  :  int[ ][ ] (1)

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Problems with Data Types, Medium Severity (1)

cdk-1.0.4.jar
package org.openscience.cdk
[+] AtomParity (1)

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Problems with Methods, Medium Severity (1269)

cdk-1.0.4.jar, AbstractAbundance
package org.xmlcml.cml.element
[+] AbstractAbundance.setConvention ( String value )  :  void (1)
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cdk-1.0.4.jar, AbstractAction
package org.xmlcml.cml.element
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cdk-1.0.4.jar, AbstractActionList
package org.xmlcml.cml.element
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cdk-1.0.4.jar, AbstractAmount
package org.xmlcml.cml.element
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cdk-1.0.4.jar, AbstractAngle
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cdk-1.0.4.jar, AbstractArg
package org.xmlcml.cml.element
[+] AbstractArg.setConvention ( String value )  :  void (1)
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cdk-1.0.4.jar, AbstractArray
package org.xmlcml.cml.element
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cdk-1.0.4.jar, AbstractAtom
package org.xmlcml.cml.element
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cdk-1.0.4.jar, AbstractAtomArray
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cdk-1.0.4.jar, AbstractAtomParity
package org.xmlcml.cml.element
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cdk-1.0.4.jar, AbstractAtomSet
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cdk-1.0.4.jar, AbstractAtomType
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cdk-1.0.4.jar, AbstractAtomTypeList
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cdk-1.0.4.jar, AbstractBand
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cdk-1.0.4.jar, AbstractBandList
package org.xmlcml.cml.element
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cdk-1.0.4.jar, AbstractBasisSet
package org.xmlcml.cml.element
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cdk-1.0.4.jar, AbstractBond
package org.xmlcml.cml.element
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cdk-1.0.4.jar, AbstractBondArray
package org.xmlcml.cml.element
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cdk-1.0.4.jar, AbstractBondSet
package org.xmlcml.cml.element
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cdk-1.0.4.jar, AbstractBondStereo
package org.xmlcml.cml.element
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cdk-1.0.4.jar, AbstractBondType
package org.xmlcml.cml.element
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cdk-1.0.4.jar, AbstractBondTypeList
package org.xmlcml.cml.element
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cdk-1.0.4.jar, AbstractCellParameter
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cdk-1.0.4.jar, AbstractCml
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cdk-1.0.4.jar, AbstractComplexObject
package org.xmlcml.cml.element
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cdk-1.0.4.jar, AbstractConditionList
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cdk-1.0.4.jar, AbstractCrystal
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cdk-1.0.4.jar, AbstractDictionary
package org.xmlcml.cml.element
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cdk-1.0.4.jar, AbstractEigen
package org.xmlcml.cml.element
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cdk-1.0.4.jar, AbstractElectron
package org.xmlcml.cml.element
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cdk-1.0.4.jar, AbstractEntry
package org.xmlcml.cml.element
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cdk-1.0.4.jar, AbstractExpression
package org.xmlcml.cml.element
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cdk-1.0.4.jar, AbstractFormula
package org.xmlcml.cml.element
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cdk-1.0.4.jar, AbstractGradient
package org.xmlcml.cml.element
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cdk-1.0.4.jar, AbstractIdentifier
package org.xmlcml.cml.element
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cdk-1.0.4.jar, AbstractIsotope
package org.xmlcml.cml.element
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cdk-1.0.4.jar, AbstractIsotopeList
package org.xmlcml.cml.element
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cdk-1.0.4.jar, AbstractKpoint
package org.xmlcml.cml.element
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cdk-1.0.4.jar, AbstractKpointList
package org.xmlcml.cml.element
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cdk-1.0.4.jar, AbstractLabel
package org.xmlcml.cml.element
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cdk-1.0.4.jar, AbstractLattice
package org.xmlcml.cml.element
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cdk-1.0.4.jar, AbstractLatticeVector
package org.xmlcml.cml.element
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cdk-1.0.4.jar, AbstractLength
package org.xmlcml.cml.element
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cdk-1.0.4.jar, AbstractLine3
package org.xmlcml.cml.element
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cdk-1.0.4.jar, AbstractLink
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cdk-1.0.4.jar, AbstractList
package org.xmlcml.cml.element
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cdk-1.0.4.jar, AbstractMap
package org.xmlcml.cml.element
[+] AbstractMap.setConvention ( String value )  :  void (1)
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cdk-1.0.4.jar, AbstractMatrix
package org.xmlcml.cml.element
[+] AbstractMatrix.setColumns ( int value )  :  void (1)
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cdk-1.0.4.jar, AbstractMechanism
package org.xmlcml.cml.element
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cdk-1.0.4.jar, AbstractMechanismComponent
package org.xmlcml.cml.element
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cdk-1.0.4.jar, AbstractMetadata
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cdk-1.0.4.jar, AbstractMetadataList
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cdk-1.0.4.jar, AbstractModule
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cdk-1.0.4.jar, AbstractMolecule
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cdk-1.0.4.jar, AbstractName
package org.xmlcml.cml.element
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cdk-1.0.4.jar, AbstractObject
package org.xmlcml.cml.element
[+] AbstractObject.setConvention ( String value )  :  void (1)
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[+] AbstractObject.setDictRef ( String value )  :  void (1)
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[+] AbstractObject.setName ( String value )  :  void (1)
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[+] AbstractObject.setType ( String value )  :  void (1)

cdk-1.0.4.jar, AbstractObservation
package org.xmlcml.cml.element
[+] AbstractObservation.setConvention ( String value )  :  void (1)
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[+] AbstractObservation.setDictRef ( String value )  :  void (1)
[+] AbstractObservation.setId ( String value )  :  void (1)
[+] AbstractObservation.setTitle ( String value )  :  void (1)
[+] AbstractObservation.setType ( String value )  :  void (1)

cdk-1.0.4.jar, AbstractOperator
package org.xmlcml.cml.element
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cdk-1.0.4.jar, AbstractParameter
package org.xmlcml.cml.element
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cdk-1.0.4.jar, AbstractParticle
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cdk-1.0.4.jar, AbstractPeakGroup
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cdk-1.0.4.jar, AbstractRelatedEntry
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cdk-1.0.4.jar, AbstractSample
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cdk-1.0.4.jar, AbstractScalar
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cdk-1.0.4.jar, AbstractSpectator
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cdk-1.0.4.jar, AbstractSpectrum
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cdk-1.0.4.jar, AbstractSpectrumData
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cdk-1.0.4.jar, AbstractSpectrumList
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cdk-1.0.4.jar, AbstractSphere3
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cdk-1.0.4.jar, AbstractSubstance
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cdk-1.0.4.jar, AbstractSubstanceList
package org.xmlcml.cml.element
[+] AbstractSubstanceList.setConvention ( String value )  :  void (1)
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cdk-1.0.4.jar, AbstractSymmetry
package org.xmlcml.cml.element
[+] AbstractSymmetry.setConvention ( String value )  :  void (1)
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[+] AbstractSymmetry.setTitle ( String value )  :  void (1)

cdk-1.0.4.jar, AbstractSystem
package org.xmlcml.cml.element
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cdk-1.0.4.jar, AbstractTable
package org.xmlcml.cml.element
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cdk-1.0.4.jar, AbstractTableRow
package org.xmlcml.cml.element
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cdk-1.0.4.jar, AbstractXaxis
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package org.xmlcml.cml.element
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cdk-1.0.4.jar, AminoAcidCountDescriptor
package org.openscience.cdk.qsar.descriptors.molecular
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package org.openscience.cdk.qsar.descriptors.molecular
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package org.openscience.cdk.qsar.descriptors.molecular
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package org.openscience.cdk.qsar.descriptors.atomic
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package org.openscience.cdk.qsar.descriptors.atomic
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package org.openscience.cdk.qsar.descriptors.molecular
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package org.openscience.cdk.qsar.descriptors.molecular
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package org.openscience.cdk.qsar.descriptors.bond
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package org.openscience.cdk.qsar.descriptors.bond
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package org.openscience.cdk.qsar.descriptors.bond
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package org.openscience.cdk.qsar.descriptors.atomic
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package org.openscience.cdk.qsar.descriptors.molecular
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package org.openscience.cdk.qsar.descriptors.molecular
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package org.openscience.cdk.qsar.descriptors.molecular
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cdk-1.0.4.jar, CMLArray
package org.xmlcml.cml.element
[+] CMLArray.append ( double d )  :  void (2)
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package org.xmlcml.cml.element
[+] CMLAtomParity.rearrangeAtomRefs4 ( String[ ] newAtomsRefs4 )  :  void (1)
[+] CMLAtomParity.setAtomRefs4 ( CMLAtom[ ] atoms4 )  :  void (1)

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package org.xmlcml.cml.element
[+] CMLAtomSet.getCalculatedFormalCharge ( )  :  int (1)
[+] CMLAtomSet.getCalculatedFormula ( CMLMolecule.HydrogenControl control )  :  CMLFormula (1)
[+] CMLAtomSet.intersection ( CMLAtomSet atomSet2 )  :  CMLAtomSet (1)
[+] CMLAtomSet.intersectionByAtomId ( CMLAtomSet atomSet2 )  :  String[ ] (1)
[+] CMLAtomSet.labelAtoms ( String labelValue )  :  void (1)
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[+] CMLAtomSet.removeAtoms ( CMLMap map, CMLAtomSet toAtomSet )  :  void (1)
[+] CMLAtomSet.removeAtoms ( CMLMap map, CMLMap.Direction control )  :  void (1)
[+] CMLAtomSet.removeAtomSet ( CMLAtomSet atomSet )  :  void (1)
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[+] CMLAtomSet.symmetricDifferenceByAtomId ( CMLAtomSet atomSet2 )  :  String[ ] (1)
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[+] CMLAtomSet.unionByAtomId ( CMLAtomSet atomSet2 )  :  String[ ] (1)

cdk-1.0.4.jar, CMLBasisSet
package org.xmlcml.cml.element
[+] CMLBasisSet.getElectronCount ( )  :  int (1)
[+] CMLBasisSet.setMolecularOrbitalCoefficients ( CMLEigen coefficients )  :  void (1)

cdk-1.0.4.jar, CMLBond
package org.xmlcml.cml.element
[+] CMLBond.atomHash ( CMLBond bond ) [static]  :  String (1)
[+] CMLBond.CMLBond ( CMLAtom atom1, CMLAtom atom2 ) (1)
[+] CMLBond.setAtomRefs2 ( String atomId1, String atomId2 )  :  void (1)

cdk-1.0.4.jar, CMLBondSet
package org.xmlcml.cml.element
[+] CMLBondSet.addBond ( CMLBond bond )  :  void (1)
[+] CMLBondSet.addBonds ( List bonds )  :  void (1)
[+] CMLBondSet.addBondSet ( CMLBondSet bondSet )  :  void (1)
[+] CMLBondSet.CMLBondSet ( CMLBond[ ] bonds ) (2)
[+] CMLBondSet.getBondsById ( String[ ] ids )  :  CMLBondSet (1)

cdk-1.0.4.jar, CMLCrystal
package org.xmlcml.cml.element
[+] CMLCrystal.CMLCrystal ( double[ ] params ) (1)
[+] CMLCrystal.createCellParameterElements ( )  :  List (1)
[+] CMLCrystal.getCellParameterValues ( )  :  double[ ] (1)
[+] CMLCrystal.getCellScalars ( )  :  List *DEPRECATED* (1)
[+] CMLCrystal.getOrthogonalizationMatrix ( )  :  RealSquareMatrix (1)
[+] CMLCrystal.setCellParameters ( double a, double b, double c, double alpha, double beta, double gamma )  :  void (1)
[+] CMLCrystal.setCellParameters ( double[ ] params )  :  void (1)
[+] CMLCrystal.setCellParameters ( double[ ] params, double[ ] error )  :  void (1)

cdk-1.0.4.jar, CMLDictionary
package org.xmlcml.cml.element
[+] CMLDictionary.addEntry ( CMLEntry entry )  :  void (1)

cdk-1.0.4.jar, CMLEigen
package org.xmlcml.cml.element
[+] CMLEigen.CMLEigen ( CMLMatrix eigenvectors, CMLArray eigenvalues, CMLEigen.Orientation orient ) (1)
[+] CMLEigen.getEigenvector ( int serial )  :  RealArray (1)

cdk-1.0.4.jar, CMLElement
package org.xmlcml.cml.base
[+] CMLElement.getOrCreateChild ( String name )  :  CMLElement (1)
[+] CMLElement.unknownAttributeName ( String name )  :  void (1)

cdk-1.0.4.jar, CMLFormula
package org.xmlcml.cml.element
[+] CMLFormula.createFormula ( String s ) [static]  :  CMLFormula (1)
[+] CMLFormula.createFormula ( String s, CMLFormula.Type convention ) [static]  :  CMLFormula (1)
[+] CMLFormula.getCalculatedMass ( List elementTypeVector, RealArray countArray ) [static]  :  double (1)
[+] CMLFormula.getCalculatedMolecularMass ( )  :  double (1)
[+] CMLFormula.getFormattedString ( CMLFormula.Type convention, CMLFormula.Sort sort, boolean omitCount1 )  :  String (1)
[+] CMLFormula.setConcise ( String value )  :  void (1)

cdk-1.0.4.jar, CMLLine3
package org.xmlcml.cml.element
[+] CMLLine3.CMLLine3 ( CMLPoint3 p, CMLVector3 v ) (2)
[+] CMLLine3.CMLLine3 ( CMLPoint3 p1, CMLPoint3 p2 ) (2)
[+] CMLLine3.finishMakingElement ( Element parent )  :  void (1)
[+] CMLLine3.getEuclidLine3 ( )  :  Line3 (1)

cdk-1.0.4.jar, CMLMatrix
package org.xmlcml.cml.element
[+] CMLMatrix.CMLMatrix ( double[ ][ ] matrix ) (1)
[+] CMLMatrix.CMLMatrix ( int rows, int columns, double[ ] array ) (1)
[+] CMLMatrix.CMLMatrix ( int rows, int columns, int[ ] array ) (1)
[+] CMLMatrix.CMLMatrix ( int[ ][ ] matrix ) (1)
[+] CMLMatrix.multiply ( CMLMatrix m2 )  :  CMLMatrix (1)
[+] CMLMatrix.setArray ( int rows, int columns, double[ ] array )  :  void (1)
[+] CMLMatrix.setArray ( int rows, int columns, int[ ] array )  :  void (1)
[+] CMLMatrix.setMatrix ( double[ ][ ] mat )  :  void (1)
[+] CMLMatrix.setMatrix ( int[ ][ ] mat )  :  void (1)

cdk-1.0.4.jar, CMLMetadata
package org.xmlcml.cml.element
[+] CMLMetadata.setMetadataType ( String value )  :  void *DEPRECATED* (1)

cdk-1.0.4.jar, CMLMolecule
package org.xmlcml.cml.element
[+] CMLMolecule.addAtom ( CMLAtom atom, boolean check )  :  void (1)
[+] CMLMolecule.addBond ( CMLBond bond, boolean check )  :  void (1)
[+] CMLMolecule.appendMolecule ( CMLMolecule newMol )  :  void (1)
[+] CMLMolecule.getCalculatedFormalCharge ( CMLElement.FormalChargeControl control )  :  int (1)
[+] CMLMolecule.renameAtomIDs ( List oldIds, List newIds )  :  void (1)

cdk-1.0.4.jar, CMLPlane3
package org.xmlcml.cml.element
[+] CMLPlane3.CMLPlane3 ( CMLVector3 v, double d ) (2)
[+] CMLPlane3.CMLPlane3 ( double[ ] array ) (1)
[+] CMLPlane3.CMLPlane3 ( double[ ] lmn, double d ) (1)
[+] CMLPlane3.finishMakingElement ( Element parent )  :  void (1)
[+] CMLPlane3.getEuclidPlane3 ( )  :  Plane3 (1)
[+] CMLPlane3.setArray ( double[ ] array )  :  void (1)

cdk-1.0.4.jar, CMLPoint3
package org.xmlcml.cml.element
[+] CMLPoint3.divideBy ( double f )  :  CMLPoint3 (1)
[+] CMLPoint3.elementAt ( int n )  :  double (2)
[+] CMLPoint3.finishMakingElement ( Element parent )  :  void (1)
[+] CMLPoint3.getEuclidPoint3 ( )  :  Point3 (1)
[+] CMLPoint3.getTorsion ( CMLPoint3 p2, CMLPoint3 p3, CMLPoint3 p4 )  :  double (1)
[+] CMLPoint3.setElementAt ( int n, double d )  :  void (1)
[+] CMLPoint3.setXYZ3 ( double[ ] xyz3 )  :  void (1)

cdk-1.0.4.jar, CMLScalar
package org.xmlcml.cml.element
[+] CMLScalar.finishMakingElement ( Element parent )  :  void (1)
[+] CMLScalar.plus ( CMLScalar scalar )  :  CMLScalar (1)
[+] CMLScalar.plusEquals ( CMLScalar scalar )  :  void (1)
[+] CMLScalar.subtract ( CMLScalar scalar )  :  CMLScalar (1)
[+] CMLScalar.subtractEquals ( CMLScalar scalar )  :  void (1)

cdk-1.0.4.jar, CMLSpectator
package org.xmlcml.cml.element
[+] CMLSpectator.mergeChildMolecules ( )  :  void (1)

cdk-1.0.4.jar, CMLSymmetry
package org.xmlcml.cml.element
[+] CMLSymmetry.CMLSymmetry ( String[ ] xyz ) (1)
[+] CMLSymmetry.createFromXYZStrings ( List trStringList ) [static]  :  CMLSymmetry (1)

cdk-1.0.4.jar, CMLTableHeader
package org.xmlcml.cml.element
[+] CMLTableHeader.getColumnCount ( )  :  int (1)

cdk-1.0.4.jar, CMLTransform3
package org.xmlcml.cml.element
[+] CMLTransform3.CMLTransform3 ( CMLVector3 v1, CMLVector3 v2 ) (1)
[+] CMLTransform3.CMLTransform3 ( double[ ] array ) (2)
[+] CMLTransform3.CMLTransform3 ( String opString ) (1)
[+] CMLTransform3.finishMakingElement ( Element parent )  :  void (1)
[+] CMLTransform3.setMatrix ( double[ ] matrixAsArray )  :  void (2)

cdk-1.0.4.jar, CMLType
package org.xmlcml.cml.base
[+] CMLType.checkValue ( boolean b )  :  void (1)
[+] CMLType.checkValue ( boolean[ ] bb )  :  void (1)
[+] CMLType.checkValue ( double d )  :  void (1)
[+] CMLType.checkValue ( double[ ] dd )  :  void (1)
[+] CMLType.checkValue ( int i )  :  void (1)
[+] CMLType.checkValue ( int[ ] ii )  :  void (1)
[+] CMLType.checkValue ( String s )  :  void (1)
[+] CMLType.checkValue ( String[ ] ss )  :  void (1)

cdk-1.0.4.jar, CMLUtil
package org.xmlcml.cml.base
[+] CMLUtil.checkPrefixedName ( String name ) [static]  :  void (1)

cdk-1.0.4.jar, CMLVector3
package org.xmlcml.cml.element
[+] CMLVector3.elementAt ( int n )  :  double (2)
[+] CMLVector3.finishMakingElement ( Element parent )  :  void (1)
[+] CMLVector3.normalize ( )  :  CMLVector3 (1)
[+] CMLVector3.setElementAt ( int n, double f )  :  void (1)
[+] CMLVector3.setXYZ3 ( double[ ] xyz3 )  :  void (1)

cdk-1.0.4.jar, Complex
package org.xmlcml.euclid
[+] Complex.divideBy ( Complex f )  :  Complex (1)

cdk-1.0.4.jar, CovalentRadiusDescriptor
package org.openscience.cdk.qsar.descriptors.atomic
[+] CovalentRadiusDescriptor.calculate ( IAtom atom, IAtomContainer container )  :  DescriptorValue (1)

cdk-1.0.4.jar, CPSADescriptor
package org.openscience.cdk.qsar.descriptors.molecular
[+] CPSADescriptor.calculate ( IAtomContainer atomContainer )  :  DescriptorValue (1)

cdk-1.0.4.jar, DistanceToAtomDescriptor
package org.openscience.cdk.qsar.descriptors.atomic
[+] DistanceToAtomDescriptor.calculate ( IAtom atom, IAtomContainer container )  :  DescriptorValue (1)

cdk-1.0.4.jar, EffectiveAtomPolarizabilityDescriptor
package org.openscience.cdk.qsar.descriptors.atomic
[+] EffectiveAtomPolarizabilityDescriptor.calculate ( IAtom atom, IAtomContainer ac )  :  DescriptorValue (1)

cdk-1.0.4.jar, ElementPTFactory
package org.openscience.cdk.config
[+] ElementPTFactory.configure ( PeriodicTableElement element )  :  PeriodicTableElement (1)
[+] ElementPTFactory.getInstance ( ) [static]  :  ElementPTFactory (2)

cdk-1.0.4.jar, ExtendedFingerprinter
package org.openscience.cdk.fingerprint
[+] ExtendedFingerprinter.getFingerprint ( IAtomContainer ac )  :  BitSet (2)

cdk-1.0.4.jar, Fingerprinter
package org.openscience.cdk.fingerprint
[+] Fingerprinter.getFingerprint ( IAtomContainer ac )  :  BitSet (2)
[+] Fingerprinter.getFingerprint ( IAtomContainer ac, AllRingsFinder ringFinder )  :  BitSet (2)

cdk-1.0.4.jar, FragmentComplexityDescriptor
package org.openscience.cdk.qsar.descriptors.molecular
[+] FragmentComplexityDescriptor.calculate ( IAtomContainer container )  :  DescriptorValue (1)

cdk-1.0.4.jar, GravitationalIndexDescriptor
package org.openscience.cdk.qsar.descriptors.molecular
[+] GravitationalIndexDescriptor.calculate ( IAtomContainer container )  :  DescriptorValue (1)

cdk-1.0.4.jar, HBondAcceptorCountDescriptor
package org.openscience.cdk.qsar.descriptors.molecular
[+] HBondAcceptorCountDescriptor.calculate ( IAtomContainer atomContainer )  :  DescriptorValue (1)

cdk-1.0.4.jar, HBondDonorCountDescriptor
package org.openscience.cdk.qsar.descriptors.molecular
[+] HBondDonorCountDescriptor.calculate ( IAtomContainer atomContainer )  :  DescriptorValue (1)

cdk-1.0.4.jar, IAtomicDescriptor
package org.openscience.cdk.qsar
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cdk-1.0.4.jar, IAtomPairDescriptor
package org.openscience.cdk.qsar
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cdk-1.0.4.jar, IBondDescriptor
package org.openscience.cdk.qsar
[+] IBondDescriptor.calculate ( IBond p1, IAtomContainer p2 ) [abstract]  :  DescriptorValue (1)

cdk-1.0.4.jar, IFingerprinter
package org.openscience.cdk.fingerprint
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cdk-1.0.4.jar, IMolecularDescriptor
package org.openscience.cdk.qsar
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cdk-1.0.4.jar, InductiveAtomicHardnessDescriptor
package org.openscience.cdk.qsar.descriptors.atomic
[+] InductiveAtomicHardnessDescriptor.calculate ( IAtom atom, IAtomContainer ac )  :  DescriptorValue (1)

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package org.openscience.cdk.qsar.descriptors.atomic
[+] InductiveAtomicSoftnessDescriptor.calculate ( IAtom atom, IAtomContainer ac )  :  DescriptorValue (1)

cdk-1.0.4.jar, InductivePartialCharges
package org.openscience.cdk.charges
[+] InductivePartialCharges.getPaulingElectronegativities ( IAtomContainer ac, boolean modified )  :  double[ ] (2)

cdk-1.0.4.jar, IntArray
package org.xmlcml.euclid
[+] IntArray.dotProduct ( IntArray f )  :  int (1)
[+] IntArray.getReorderedArray ( IntSet idx )  :  IntArray (1)
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cdk-1.0.4.jar, IntMatrix
package org.xmlcml.euclid
[+] IntMatrix.appendColumnData ( IntArray f )  :  void (1)
[+] IntMatrix.appendColumnData ( IntMatrix m )  :  void (1)
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[+] IntMatrix.replaceColumnData ( int start_column, IntMatrix m )  :  void (1)
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[+] IntMatrix.replaceRowData ( int row, int[ ] f )  :  void (1)
[+] IntMatrix.replaceRowData ( int row, IntArray f )  :  void (1)
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[+] IntMatrix.smallestElement ( )  :  int (1)
[+] IntMatrix.smallestElementInColumn ( int jcol )  :  int (1)
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[+] IntMatrix.subtract ( IntMatrix m2 )  :  IntMatrix (1)
[+] IntMatrix.translateByColumn ( int[ ] d )  :  void (1)

cdk-1.0.4.jar, IntSet
package org.xmlcml.euclid
[+] IntSet.getSubscriptedIntSet ( IntSet sub )  :  IntSet (1)
[+] IntSet.IntSet ( int[ ] is ) (1)

cdk-1.0.4.jar, IntSquareMatrix
package org.xmlcml.euclid
[+] IntSquareMatrix.IntSquareMatrix ( int rows, int[ ] array ) (1)
[+] IntSquareMatrix.IntSquareMatrix ( int[ ][ ] matrix ) (1)
[+] IntSquareMatrix.IntSquareMatrix ( IntMatrix m ) (1)
[+] IntSquareMatrix.IntSquareMatrix ( IntMatrix m, int lowrow, int lowcol, int rows ) (1)
[+] IntSquareMatrix.multiply ( IntSquareMatrix m )  :  IntSquareMatrix (1)
[+] IntSquareMatrix.plus ( IntSquareMatrix m )  :  IntSquareMatrix (1)
[+] IntSquareMatrix.shallowCopy ( IntSquareMatrix m )  :  void (1)
[+] IntSquareMatrix.subtract ( IntSquareMatrix m )  :  IntSquareMatrix (1)

cdk-1.0.4.jar, IsotopeFactory
package org.openscience.cdk.config
[+] IsotopeFactory.getInstance ( IChemObjectBuilder builder ) [static]  :  IsotopeFactory (1)

cdk-1.0.4.jar, IsProtonInAromaticSystemDescriptor
package org.openscience.cdk.qsar.descriptors.atomic
[+] IsProtonInAromaticSystemDescriptor.calculate ( IAtom atom, IAtomContainer atomContainer )  :  DescriptorValue (1)

cdk-1.0.4.jar, IsProtonInConjugatedPiSystemDescriptor
package org.openscience.cdk.qsar.descriptors.atomic
[+] IsProtonInConjugatedPiSystemDescriptor.calculate ( IAtom atom, IAtomContainer atomContainer )  :  DescriptorValue (1)

cdk-1.0.4.jar, KappaShapeIndicesDescriptor
package org.openscience.cdk.qsar.descriptors.molecular
[+] KappaShapeIndicesDescriptor.calculate ( IAtomContainer atomContainer )  :  DescriptorValue (1)

cdk-1.0.4.jar, LargestChainDescriptor
package org.openscience.cdk.qsar.descriptors.molecular
[+] LargestChainDescriptor.calculate ( IAtomContainer container )  :  DescriptorValue (1)

cdk-1.0.4.jar, LargestPiSystemDescriptor
package org.openscience.cdk.qsar.descriptors.molecular
[+] LargestPiSystemDescriptor.calculate ( IAtomContainer container )  :  DescriptorValue (1)

cdk-1.0.4.jar, LengthOverBreadthDescriptor
package org.openscience.cdk.qsar.descriptors.molecular
[+] LengthOverBreadthDescriptor.calculate ( IAtomContainer atomContainer )  :  DescriptorValue (1)

cdk-1.0.4.jar, LonePairElectronChecker
package org.openscience.cdk.tools
[+] LonePairElectronChecker.LonePairElectronChecker ( ) (2)

cdk-1.0.4.jar, LongestAliphaticChainDescriptor
package org.openscience.cdk.qsar.descriptors.molecular
[+] LongestAliphaticChainDescriptor.calculate ( IAtomContainer container )  :  DescriptorValue (1)

cdk-1.0.4.jar, Molutils
package org.xmlcml.molutil
[+] Molutils.calculate3DCoordinates0 ( Point3 aPoint, int geometry, double length ) [static]  :  List (1)
[+] Molutils.calculate3DCoordinates1 ( Point3 aPoint, Point3 bPoint, Point3 cPoint, int geometry, double length, double angle ) [static]  :  List (1)
[+] Molutils.calculate3DCoordinates2 ( Point3 aPoint, Point3 bPoint, Point3 cPoint, int geometry, double length, double angle ) [static]  :  List (1)

cdk-1.0.4.jar, MomentOfInertiaDescriptor
package org.openscience.cdk.qsar.descriptors.molecular
[+] MomentOfInertiaDescriptor.calculate ( IAtomContainer container )  :  DescriptorValue (1)

cdk-1.0.4.jar, PartialPiChargeDescriptor
package org.openscience.cdk.qsar.descriptors.atomic
[+] PartialPiChargeDescriptor.calculate ( IAtom atom, IAtomContainer ac )  :  DescriptorValue (1)

cdk-1.0.4.jar, PartialSigmaChargeDescriptor
package org.openscience.cdk.qsar.descriptors.atomic
[+] PartialSigmaChargeDescriptor.calculate ( IAtom atom, IAtomContainer ac )  :  DescriptorValue (1)

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package org.openscience.cdk.qsar.descriptors.atomic
[+] PartialTChargeMMFF94Descriptor.calculate ( IAtom atom, IAtomContainer ac )  :  DescriptorValue (1)

cdk-1.0.4.jar, PartialTChargePEOEDescriptor
package org.openscience.cdk.qsar.descriptors.atomic
[+] PartialTChargePEOEDescriptor.calculate ( IAtom atom, IAtomContainer ac )  :  DescriptorValue (1)

cdk-1.0.4.jar, PathTools
package org.openscience.cdk.graph
[+] PathTools.depthFirstTargetSearch ( IAtomContainer molecule, IAtom root, IAtom target, IAtomContainer path ) [static]  :  boolean (1)

cdk-1.0.4.jar, PeriodicTablePositionDescriptor
package org.openscience.cdk.qsar.descriptors.atomic
[+] PeriodicTablePositionDescriptor.calculate ( IAtom atom, IAtomContainer container )  :  DescriptorValue (1)

cdk-1.0.4.jar, PetitjeanNumberDescriptor
package org.openscience.cdk.qsar.descriptors.molecular
[+] PetitjeanNumberDescriptor.calculate ( IAtomContainer atomContainer )  :  DescriptorValue (1)

cdk-1.0.4.jar, PetitjeanShapeIndexDescriptor
package org.openscience.cdk.qsar.descriptors.molecular
[+] PetitjeanShapeIndexDescriptor.calculate ( IAtomContainer container )  :  DescriptorValue (1)

cdk-1.0.4.jar, PiContactDetectionDescriptor
package org.openscience.cdk.qsar.descriptors.atompair
[+] PiContactDetectionDescriptor.calculate ( IAtom first, IAtom second, IAtomContainer atomContainer )  :  DescriptorValue (1)

cdk-1.0.4.jar, PiElectronegativityDescriptor
package org.openscience.cdk.qsar.descriptors.atomic
[+] PiElectronegativityDescriptor.calculate ( IAtom atom, IAtomContainer ac )  :  DescriptorValue (1)

cdk-1.0.4.jar, Plane3
package org.xmlcml.euclid
[+] Plane3.Plane3 ( double l, double m, double n, double d ) (1)
[+] Plane3.Plane3 ( double[ ] array ) (1)
[+] Plane3.Plane3 ( double[ ] lmn, double d ) (1)
[+] Plane3.Plane3 ( Line3 l, Point3 p ) (1)
[+] Plane3.Plane3 ( Point3 p1, Point3 p2, Point3 p3 ) (1)
[+] Plane3.Plane3 ( Vector3 v, double d ) (1)

cdk-1.0.4.jar, Point3
package org.xmlcml.euclid
[+] Point3.calculateFromInternalCoordinates ( Point3 p1, Point3 p2, Point3 p3, double length, Angle angle, Angle torsion ) [static]  :  Point3 (1)
[+] Point3.elementAt ( int n )  :  double (1)
[+] Point3.getTorsion ( Point3 p1, Point3 p2, Point3 p3, Point3 p4 ) [static]  :  Angle (1)
[+] Point3.Point3 ( double[ ] f ) (1)
[+] Point3.setElementAt ( int n, double d )  :  void (1)

cdk-1.0.4.jar, Point3Vector
package org.xmlcml.euclid
[+] Point3Vector.align3PointVectors ( Point3Vector ref )  :  Transform3 (1)
[+] Point3Vector.alignUsing3Points ( Point3Vector ref )  :  Transform3 (1)
[+] Point3Vector.angle ( int i1, int i2, int i3 )  :  Angle (1)
[+] Point3Vector.angle ( IntSet is )  :  Angle (1)
[+] Point3Vector.bestPlane ( )  :  Plane3 (1)
[+] Point3Vector.distance ( IntSet is )  :  double (1)
[+] Point3Vector.fitTo ( Point3Vector ref )  :  Transform3 (1)
[+] Point3Vector.get3SeparatedPoints ( )  :  int[ ] (1)
[+] Point3Vector.getSigmaDeltaSquared ( Point3Vector v )  :  double (1)
[+] Point3Vector.plus ( Point3Vector pv2 )  :  Point3Vector (1)
[+] Point3Vector.Point3Vector ( double[ ] flarray ) (1)
[+] Point3Vector.Point3Vector ( int n, double[ ] x, double[ ] y, double[ ] z ) (1)
[+] Point3Vector.Point3Vector ( RealArray m ) (1)
[+] Point3Vector.roughAlign ( Point3Vector ref )  :  Transform3 (1)
[+] Point3Vector.setElementAt ( Vector3 v, int i )  :  void (1)
[+] Point3Vector.subArray ( IntSet is )  :  Point3Vector (1)
[+] Point3Vector.subtract ( Point3Vector pv2 )  :  Point3Vector (1)
[+] Point3Vector.torsion ( int i1, int i2, int i3, int i4 )  :  Angle (1)
[+] Point3Vector.torsion ( IntSet is )  :  Angle (1)

cdk-1.0.4.jar, ProtonTotalPartialChargeDescriptor
package org.openscience.cdk.qsar.descriptors.atomic
[+] ProtonTotalPartialChargeDescriptor.calculate ( IAtom atom, IAtomContainer ac )  :  DescriptorValue (1)

cdk-1.0.4.jar, RDFProtonDescriptor_G3R
package org.openscience.cdk.qsar.descriptors.atomic
[+] RDFProtonDescriptor_G3R.calculate ( IAtom atom, IAtomContainer atomContainer, IRingSet precalculatedringset )  :  DescriptorValue (1)
[+] RDFProtonDescriptor_G3R.calculate ( IAtom atom, IAtomContainer varAtomContainerSet )  :  DescriptorValue (1)

cdk-1.0.4.jar, RDFProtonDescriptor_GDR
package org.openscience.cdk.qsar.descriptors.atomic
[+] RDFProtonDescriptor_GDR.calculate ( IAtom atom, IAtomContainer atomContainer, IRingSet precalculatedringset )  :  DescriptorValue (1)
[+] RDFProtonDescriptor_GDR.calculate ( IAtom atom, IAtomContainer varAtomContainerSet )  :  DescriptorValue (1)

cdk-1.0.4.jar, RDFProtonDescriptor_GHR
package org.openscience.cdk.qsar.descriptors.atomic
[+] RDFProtonDescriptor_GHR.calculate ( IAtom atom, IAtomContainer atomContainer, IRingSet precalculatedringset )  :  DescriptorValue (1)
[+] RDFProtonDescriptor_GHR.calculate ( IAtom atom, IAtomContainer varAtomContainerSet )  :  DescriptorValue (1)

cdk-1.0.4.jar, RDFProtonDescriptor_GHR_topol
package org.openscience.cdk.qsar.descriptors.atomic
[+] RDFProtonDescriptor_GHR_topol.calculate ( IAtom atom, IAtomContainer atomContainer, IRingSet precalculatedringset )  :  DescriptorValue (1)
[+] RDFProtonDescriptor_GHR_topol.calculate ( IAtom atom, IAtomContainer varAtomContainerSet )  :  DescriptorValue (1)

cdk-1.0.4.jar, RDFProtonDescriptor_GSR
package org.openscience.cdk.qsar.descriptors.atomic
[+] RDFProtonDescriptor_GSR.calculate ( IAtom atom, IAtomContainer atomContainer, IRingSet precalculatedringset )  :  DescriptorValue (1)
[+] RDFProtonDescriptor_GSR.calculate ( IAtom atom, IAtomContainer varAtomContainerSet )  :  DescriptorValue (1)

cdk-1.0.4.jar, Real2
package org.xmlcml.euclid
[+] Real2.getUnitVector ( )  :  Real2 (1)

cdk-1.0.4.jar, Real2Array
package org.xmlcml.euclid
[+] Real2Array.Real2Array ( RealArray x, RealArray y ) (1)

cdk-1.0.4.jar, Real2Vector
package org.xmlcml.euclid
[+] Real2Vector.angle ( int i1, int i2, int i3 )  :  Angle (1)
[+] Real2Vector.angle ( IntSet is )  :  Angle (1)
[+] Real2Vector.distance ( IntSet is )  :  double (1)
[+] Real2Vector.Real2Vector ( double[ ] flarray ) (1)
[+] Real2Vector.Real2Vector ( int n, double[ ] x, double[ ] y ) (1)
[+] Real2Vector.Real2Vector ( RealArray m ) (1)
[+] Real2Vector.set ( int i, Real2 v )  :  void (1)
[+] Real2Vector.subArray ( IntSet is )  :  Real2Vector (1)

cdk-1.0.4.jar, RealArray
package org.xmlcml.euclid
[+] RealArray.dotProduct ( RealArray f )  :  double (1)
[+] RealArray.getReorderedArray ( IntSet idx )  :  RealArray (1)
[+] RealArray.plus ( RealArray f )  :  RealArray (1)
[+] RealArray.plusEquals ( RealArray f )  :  void (1)
[+] RealArray.RealArray ( int n, double[ ] arr ) (1)
[+] RealArray.RealArray ( RealArray m, int low, int high ) (1)
[+] RealArray.RealArray ( RealArray ref, IntArray sub ) (1)
[+] RealArray.RealArray ( String[ ] strings ) (1)
[+] RealArray.rms ( )  :  double (1)
[+] RealArray.subtract ( RealArray f )  :  RealArray (1)
[+] RealArray.subtractEquals ( RealArray f )  :  void (1)
[+] RealArray.unitVector ( )  :  RealArray (1)

cdk-1.0.4.jar, RealMatrix
package org.xmlcml.euclid
[+] RealMatrix.appendColumnData ( RealArray f )  :  void (1)
[+] RealMatrix.appendColumnData ( RealMatrix m )  :  void (1)
[+] RealMatrix.appendRowData ( RealArray f )  :  void (1)
[+] RealMatrix.appendRowData ( RealMatrix m )  :  void (1)
[+] RealMatrix.columnwiseDivide ( RealArray f )  :  void (1)
[+] RealMatrix.elementAt ( int row, int col )  :  double (1)
[+] RealMatrix.elementAt ( Int2 rowcol )  :  double (1)
[+] RealMatrix.elementsInRange ( RealRange r )  :  IntMatrix (1)
[+] RealMatrix.euclideanColumnLength ( int jcol )  :  double (1)
[+] RealMatrix.euclideanRowLength ( int i )  :  double (1)
[+] RealMatrix.extractColumnData ( int col )  :  RealArray (1)
[+] RealMatrix.extractColumns ( int col1, int col2 )  :  Real2Array (1)
[+] RealMatrix.extractRowData ( int row )  :  RealArray (1)
[+] RealMatrix.extractRows ( int row1, int row2 )  :  Real2Array (1)
[+] RealMatrix.extractSubMatrixData ( int low_row, int high_row, int low_col, int high_col )  :  RealMatrix (1)
[+] RealMatrix.indexOfLargestElementInColumn ( int jcol )  :  int (1)
[+] RealMatrix.indexOfLargestElementInRow ( int irow )  :  int (1)
[+] RealMatrix.indexOfSmallestElementInColumn ( int jcol )  :  int (1)
[+] RealMatrix.indexOfSmallestElementInRow ( int irow )  :  int (1)
[+] RealMatrix.insertColumnData ( int after_col, RealArray f )  :  void (1)
[+] RealMatrix.insertColumnData ( int afterCol, RealMatrix m )  :  void (1)
[+] RealMatrix.insertRowData ( int after_row, RealArray f )  :  void (1)
[+] RealMatrix.insertRowData ( int afterRow, RealMatrix m )  :  void (1)
[+] RealMatrix.largestElementInColumn ( int jcol )  :  double (1)
[+] RealMatrix.largestElementInRow ( int irow )  :  double (1)
[+] RealMatrix.multiply ( RealArray f )  :  RealArray (1)
[+] RealMatrix.multiply ( RealMatrix m )  :  RealMatrix (1)
[+] RealMatrix.multiplyEquals ( RealMatrix m )  :  void (1)
[+] RealMatrix.plus ( RealMatrix m2 )  :  RealMatrix (1)
[+] RealMatrix.RealMatrix ( double[ ][ ] m ) (1)
[+] RealMatrix.RealMatrix ( int rows, int cols, double[ ] array ) (1)
[+] RealMatrix.RealMatrix ( RealMatrix m, int lowrow, int hirow, int lowcol, int hicol ) (1)
[+] RealMatrix.reorderColumnsBy ( IntSet is )  :  RealMatrix (1)
[+] RealMatrix.reorderRowsBy ( IntSet is )  :  RealMatrix (1)
[+] RealMatrix.replaceColumnData ( int column, RealArray f )  :  void (1)
[+] RealMatrix.replaceColumnData ( int start_column, RealMatrix m )  :  void (1)
[+] RealMatrix.replaceRowData ( int afterRow, RealMatrix m )  :  void (1)
[+] RealMatrix.replaceRowData ( int row, double[ ] f )  :  void (1)
[+] RealMatrix.replaceRowData ( int row, RealArray f )  :  void (1)
[+] RealMatrix.setElementAt ( int row, int col, double f )  :  void (1)
[+] RealMatrix.smallestElement ( )  :  double (1)
[+] RealMatrix.smallestElementInColumn ( int jcol )  :  double (1)
[+] RealMatrix.smallestElementInRow ( int irow )  :  double (1)
[+] RealMatrix.subtract ( RealMatrix m2 )  :  RealMatrix (1)
[+] RealMatrix.translateByColumn ( double[ ] d )  :  void (1)

cdk-1.0.4.jar, RealSquareMatrix
package org.xmlcml.euclid
[+] RealSquareMatrix.getInverse ( )  :  RealSquareMatrix (1)
[+] RealSquareMatrix.multiply ( RealSquareMatrix m )  :  RealSquareMatrix (1)
[+] RealSquareMatrix.plus ( RealSquareMatrix m )  :  RealSquareMatrix (1)
[+] RealSquareMatrix.RealSquareMatrix ( double[ ][ ] matrix ) (1)
[+] RealSquareMatrix.RealSquareMatrix ( int rows, double[ ] array ) (1)
[+] RealSquareMatrix.RealSquareMatrix ( RealMatrix m ) (1)
[+] RealSquareMatrix.RealSquareMatrix ( RealMatrix m, int lowrow, int lowcol, int rows ) (1)
[+] RealSquareMatrix.shallowCopy ( RealSquareMatrix m )  :  void (1)
[+] RealSquareMatrix.subtract ( RealSquareMatrix m )  :  RealSquareMatrix (1)

cdk-1.0.4.jar, RotatableBondsCountDescriptor
package org.openscience.cdk.qsar.descriptors.molecular
[+] RotatableBondsCountDescriptor.calculate ( IAtomContainer ac )  :  DescriptorValue (1)

cdk-1.0.4.jar, RuleOfFiveDescriptor
package org.openscience.cdk.qsar.descriptors.molecular
[+] RuleOfFiveDescriptor.calculate ( IAtomContainer mol )  :  DescriptorValue (1)

cdk-1.0.4.jar, SaturationChecker
package org.openscience.cdk.tools
[+] SaturationChecker.SaturationChecker ( ) (2)

cdk-1.0.4.jar, SigmaElectronegativityDescriptor
package org.openscience.cdk.qsar.descriptors.atomic
[+] SigmaElectronegativityDescriptor.calculate ( IAtom atom, IAtomContainer ac )  :  DescriptorValue (1)

cdk-1.0.4.jar, SpanningTree
package org.openscience.cdk.graph
[+] SpanningTree.getBondsAcyclicCount ( )  :  int (1)
[+] SpanningTree.getBondsCyclicCount ( )  :  int (1)
[+] SpanningTree.getCyclicFragmentsContainer ( )  :  IAtomContainer (1)

cdk-1.0.4.jar, SubstructureFingerprinter
package org.openscience.cdk.fingerprint
[+] SubstructureFingerprinter.getFingerprint ( IAtomContainer ac )  :  BitSet (2)

cdk-1.0.4.jar, TemplateHandler3D
package org.openscience.cdk.modeling.builder3d
[+] TemplateHandler3D.mapTemplates ( IAtomContainer ringSystems, double NumberOfRingAtoms )  :  void (3)

cdk-1.0.4.jar, TPSADescriptor
package org.openscience.cdk.qsar.descriptors.molecular
[+] TPSADescriptor.calculate ( IAtomContainer atomContainer )  :  DescriptorValue (1)

cdk-1.0.4.jar, Transform2
package org.xmlcml.euclid
[+] Transform2.flipAboutVector ( Real2 r ) [static]  :  Transform2 (1)
[+] Transform2.Transform2 ( double[ ] array ) (1)
[+] Transform2.Transform2 ( RealSquareMatrix m ) (1)
[+] Transform2.Transform2 ( RealSquareMatrix m, Vector2 v ) (1)
[+] Transform2.Transform2 ( Vector2 v1, Vector2 v2 ) (1)

cdk-1.0.4.jar, Transform3
package org.xmlcml.euclid
[+] Transform3.Transform3 ( double[ ] array ) (1)
[+] Transform3.Transform3 ( RealSquareMatrix m ) (1)
[+] Transform3.Transform3 ( RealSquareMatrix m, Vector3 v ) (1)
[+] Transform3.Transform3 ( String opString ) (1)
[+] Transform3.Transform3 ( Vector3 v1, Vector3 v2 ) (1)

cdk-1.0.4.jar, Util
package org.xmlcml.euclid
[+] Util.check ( double[ ] array, int size ) [static]  :  void (1)
[+] Util.check ( int n, int low, int high ) [static]  :  void (1)
[+] Util.createCommaSeparatedStrings ( List v ) [static]  :  String (1)
[+] Util.getCommaSeparatedStrings ( String s ) [static]  :  List (2)
[+] Util.outputFloat ( int nPlaces, int nDec, double value ) [static]  :  String (1)
[+] Util.splitToDoubleArray ( String s, String delim ) [static]  :  double[ ] (1)
[+] Util.splitToIntArray ( String s, String delim ) [static]  :  int[ ] (1)
[+] Util.substituteStrings ( String s, String[ ] oldSubstrings, String[ ] newSubstrings ) [static]  :  String (1)

cdk-1.0.4.jar, VAdjMaDescriptor
package org.openscience.cdk.qsar.descriptors.molecular
[+] VAdjMaDescriptor.calculate ( IAtomContainer atomContainer )  :  DescriptorValue (1)

cdk-1.0.4.jar, VdWRadiusDescriptor
package org.openscience.cdk.qsar.descriptors.atomic
[+] VdWRadiusDescriptor.calculate ( IAtom atom, IAtomContainer container )  :  DescriptorValue (1)

cdk-1.0.4.jar, Vector3
package org.xmlcml.euclid
[+] Vector3.elementAt ( int n )  :  double (1)
[+] Vector3.projectOnto ( Vector3 v )  :  Vector3 (1)
[+] Vector3.setElementAt ( int n, double f )  :  void (1)
[+] Vector3.Vector3 ( double[ ] array ) (1)
[+] Vector3.Vector3 ( RealArray f ) (1)

cdk-1.0.4.jar, WeightDescriptor
package org.openscience.cdk.qsar.descriptors.molecular
[+] WeightDescriptor.calculate ( IAtomContainer container )  :  DescriptorValue (1)

cdk-1.0.4.jar, WeightedPathDescriptor
package org.openscience.cdk.qsar.descriptors.molecular
[+] WeightedPathDescriptor.calculate ( IAtomContainer container )  :  DescriptorValue (1)

cdk-1.0.4.jar, WHIMDescriptor
package org.openscience.cdk.qsar.descriptors.molecular
[+] WHIMDescriptor.calculate ( IAtomContainer container )  :  DescriptorValue (1)

cdk-1.0.4.jar, WienerNumbersDescriptor
package org.openscience.cdk.qsar.descriptors.molecular
[+] WienerNumbersDescriptor.calculate ( IAtomContainer atomContainer )  :  DescriptorValue (1)

cdk-1.0.4.jar, XLogPDescriptor
package org.openscience.cdk.qsar.descriptors.molecular
[+] XLogPDescriptor.calculate ( IAtomContainer atomContainer )  :  DescriptorValue (1)

cdk-1.0.4.jar, ZagrebIndexDescriptor
package org.openscience.cdk.qsar.descriptors.molecular
[+] ZagrebIndexDescriptor.calculate ( IAtomContainer atomContainer )  :  DescriptorValue (1)

to the top

Problems with Data Types, Low Severity (13)

cdk-1.0.4.jar
package org.openscience.cdk.qsar.descriptors.bond
[+] BondPartialPiChargeDescriptor (1)
[+] BondPartialSigmaChargeDescriptor (1)
[+] BondPartialTChargeDescriptor (1)

package org.openscience.cdk.qsar.result
[+] BooleanResult (1)
[+] DoubleArrayResult (1)
[+] IntegerArrayResult (1)

package org.openscience.cdk.reaction.type
[+] CarbonylEliminationReaction (1)
[+] ElectronImpactNBEReaction (1)
[+] ElectronImpactPDBReaction (1)
[+] HyperconjugationReaction (1)
[+] RadicalSiteInitiationHReaction (1)
[+] RadicalSiteInitiationReaction (1)

package org.xmlcml.euclid
[+] Point2 (1)

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Problems with Methods, Low Severity (1081)

cdk-1.0.4.jar, AbstractAbundance
package org.xmlcml.cml.element
[+] AbstractAbundance.setConvention ( String value )  :  void (1)
[+] AbstractAbundance.setDictRef ( String value )  :  void (1)
[+] AbstractAbundance.setId ( String value )  :  void (1)
[+] AbstractAbundance.setMax ( String value )  :  void (1)
[+] AbstractAbundance.setMin ( String value )  :  void (1)
[+] AbstractAbundance.setTitle ( String value )  :  void (1)
[+] AbstractAbundance.setUnits ( String value )  :  void (1)
[+] AbstractAbundance.setXMLContent ( double value )  :  void (1)

cdk-1.0.4.jar, AbstractAction
package org.xmlcml.cml.element
[+] AbstractAction.setConvention ( String value )  :  void (1)
[+] AbstractAction.setCount ( double value )  :  void (1)
[+] AbstractAction.setDictRef ( String value )  :  void (1)
[+] AbstractAction.setDuration ( String value )  :  void (1)
[+] AbstractAction.setEnd ( String value )  :  void (1)
[+] AbstractAction.setEndCondition ( String value )  :  void (1)
[+] AbstractAction.setId ( String value )  :  void (1)
[+] AbstractAction.setOrder ( String value )  :  void (1)
[+] AbstractAction.setRef ( String value )  :  void (1)
[+] AbstractAction.setStart ( String value )  :  void (1)
[+] AbstractAction.setStartCondition ( String value )  :  void (1)
[+] AbstractAction.setTitle ( String value )  :  void (1)
[+] AbstractAction.setType ( String value )  :  void (1)
[+] AbstractAction.setUnits ( String value )  :  void (1)

cdk-1.0.4.jar, AbstractActionList
package org.xmlcml.cml.element
[+] AbstractActionList.setConvention ( String value )  :  void (1)
[+] AbstractActionList.setCount ( double value )  :  void (1)
[+] AbstractActionList.setDictRef ( String value )  :  void (1)
[+] AbstractActionList.setDuration ( String value )  :  void (1)
[+] AbstractActionList.setEnd ( String value )  :  void (1)
[+] AbstractActionList.setEndCondition ( String value )  :  void (1)
[+] AbstractActionList.setId ( String value )  :  void (1)
[+] AbstractActionList.setOrder ( String value )  :  void (1)
[+] AbstractActionList.setStart ( String value )  :  void (1)
[+] AbstractActionList.setStartCondition ( String value )  :  void (1)
[+] AbstractActionList.setTitle ( String value )  :  void (1)
[+] AbstractActionList.setType ( String value )  :  void (1)
[+] AbstractActionList.setUnits ( String value )  :  void (1)

cdk-1.0.4.jar, AbstractAmount
package org.xmlcml.cml.element
[+] AbstractAmount.setConvention ( String value )  :  void (1)
[+] AbstractAmount.setDictRef ( String value )  :  void (1)
[+] AbstractAmount.setId ( String value )  :  void (1)
[+] AbstractAmount.setTitle ( String value )  :  void (1)
[+] AbstractAmount.setUnits ( String value )  :  void (1)
[+] AbstractAmount.setXMLContent ( double value )  :  void (1)

cdk-1.0.4.jar, AbstractAngle
package org.xmlcml.cml.element
[+] AbstractAngle.setAtomRefs3 ( String[ ] value )  :  void (1)
[+] AbstractAngle.setConvention ( String value )  :  void (1)
[+] AbstractAngle.setDictRef ( String value )  :  void (1)
[+] AbstractAngle.setErrorBasis ( String value )  :  void (1)
[+] AbstractAngle.setErrorValue ( double value )  :  void (1)
[+] AbstractAngle.setId ( String value )  :  void (1)
[+] AbstractAngle.setMax ( String value )  :  void (1)
[+] AbstractAngle.setMin ( String value )  :  void (1)
[+] AbstractAngle.setRef ( String value )  :  void (1)
[+] AbstractAngle.setTitle ( String value )  :  void (1)
[+] AbstractAngle.setUnits ( String value )  :  void (1)
[+] AbstractAngle.setXMLContent ( double value )  :  void (1)

cdk-1.0.4.jar, AbstractArg
package org.xmlcml.cml.element
[+] AbstractArg.setConvention ( String value )  :  void (1)
[+] AbstractArg.setDataType ( String value )  :  void (1)
[+] AbstractArg.setDictRef ( String value )  :  void (1)
[+] AbstractArg.setId ( String value )  :  void (1)
[+] AbstractArg.setName ( String value )  :  void (1)
[+] AbstractArg.setRef ( String value )  :  void (1)
[+] AbstractArg.setTitle ( String value )  :  void (1)

cdk-1.0.4.jar, AbstractArray
package org.xmlcml.cml.element
[+] AbstractArray.setConstantToSI ( double value )  :  void (1)
[+] AbstractArray.setConvention ( String value )  :  void (1)
[+] AbstractArray.setDataType ( String value )  :  void (1)
[+] AbstractArray.setDelimiter ( String value )  :  void (1)
[+] AbstractArray.setDictRef ( String value )  :  void (1)
[+] AbstractArray.setErrorBasis ( String value )  :  void (1)
[+] AbstractArray.setId ( String value )  :  void (1)
[+] AbstractArray.setMaxValueArray ( double[ ] value )  :  void (1)
[+] AbstractArray.setMinValueArray ( double[ ] value )  :  void (1)
[+] AbstractArray.setMultiplierToSI ( double value )  :  void (1)
[+] AbstractArray.setRef ( String value )  :  void (1)
[+] AbstractArray.setSize ( int value )  :  void (1)
[+] AbstractArray.setTitle ( String value )  :  void (1)
[+] AbstractArray.setUnits ( String value )  :  void (1)
[+] AbstractArray.setUnitType ( String value )  :  void (1)
[+] AbstractArray.setXMLContent ( String value )  :  void (1)

cdk-1.0.4.jar, AbstractAtom
package org.xmlcml.cml.element
[+] AbstractAtom.setConvention ( String value )  :  void (1)
[+] AbstractAtom.setCount ( double value )  :  void (1)
[+] AbstractAtom.setDictRef ( String value )  :  void (1)
[+] AbstractAtom.setElementType ( String value )  :  void (1)
[+] AbstractAtom.setFormalCharge ( int value )  :  void (1)
[+] AbstractAtom.setHydrogenCount ( int value )  :  void (1)
[+] AbstractAtom.setId ( String value )  :  void (1)
[+] AbstractAtom.setIsotope ( double value )  :  void (1)
[+] AbstractAtom.setIsotopeListRef ( String value )  :  void (1)
[+] AbstractAtom.setIsotopeNumber ( int value )  :  void (1)
[+] AbstractAtom.setIsotopeRef ( String value )  :  void (1)
[+] AbstractAtom.setOccupancy ( double value )  :  void (1)
[+] AbstractAtom.setPointGroupMultiplicity ( int value )  :  void (1)
[+] AbstractAtom.setRef ( String value )  :  void (1)
[+] AbstractAtom.setRole ( String value )  :  void (1)
[+] AbstractAtom.setSpaceGroupMultiplicity ( int value )  :  void (1)
[+] AbstractAtom.setSpinMultiplicity ( int value )  :  void (1)
[+] AbstractAtom.setTitle ( String value )  :  void (1)
[+] AbstractAtom.setX2 ( double value )  :  void (1)
[+] AbstractAtom.setX3 ( double value )  :  void (1)
[+] AbstractAtom.setXFract ( double value )  :  void (1)
[+] AbstractAtom.setY2 ( double value )  :  void (1)
[+] AbstractAtom.setY3 ( double value )  :  void (1)
[+] AbstractAtom.setYFract ( double value )  :  void (1)
[+] AbstractAtom.setZ3 ( double value )  :  void (1)
[+] AbstractAtom.setZFract ( double value )  :  void (1)

cdk-1.0.4.jar, AbstractAtomArray
package org.xmlcml.cml.element
[+] AbstractAtomArray.setAtomID ( String[ ] value )  :  void (1)
[+] AbstractAtomArray.setConvention ( String value )  :  void (1)
[+] AbstractAtomArray.setCount ( double[ ] value )  :  void (1)
[+] AbstractAtomArray.setDictRef ( String value )  :  void (1)
[+] AbstractAtomArray.setElementType ( String[ ] value )  :  void (1)
[+] AbstractAtomArray.setId ( String value )  :  void (1)
[+] AbstractAtomArray.setRef ( String value )  :  void (1)
[+] AbstractAtomArray.setTitle ( String value )  :  void (1)
[+] AbstractAtomArray.setX2 ( double[ ] value )  :  void (1)
[+] AbstractAtomArray.setX3 ( double[ ] value )  :  void (1)
[+] AbstractAtomArray.setXFract ( double[ ] value )  :  void (1)
[+] AbstractAtomArray.setY2 ( double[ ] value )  :  void (1)
[+] AbstractAtomArray.setY3 ( double[ ] value )  :  void (1)
[+] AbstractAtomArray.setYFract ( double[ ] value )  :  void (1)
[+] AbstractAtomArray.setZ3 ( double[ ] value )  :  void (1)
[+] AbstractAtomArray.setZFract ( double[ ] value )  :  void (1)

cdk-1.0.4.jar, AbstractAtomicBasisFunction
package org.xmlcml.cml.element
[+] AbstractAtomicBasisFunction.setAtomRef ( String value )  :  void (1)
[+] AbstractAtomicBasisFunction.setConvention ( String value )  :  void (1)
[+] AbstractAtomicBasisFunction.setDictRef ( String value )  :  void (1)
[+] AbstractAtomicBasisFunction.setId ( String value )  :  void (1)
[+] AbstractAtomicBasisFunction.setL ( int value )  :  void (1)
[+] AbstractAtomicBasisFunction.setLm ( String value )  :  void (1)
[+] AbstractAtomicBasisFunction.setM ( int value )  :  void (1)
[+] AbstractAtomicBasisFunction.setN ( int value )  :  void (1)
[+] AbstractAtomicBasisFunction.setSymbol ( String value )  :  void (1)
[+] AbstractAtomicBasisFunction.setTitle ( String value )  :  void (1)

cdk-1.0.4.jar, AbstractAtomParity
package org.xmlcml.cml.element
[+] AbstractAtomParity.setAtomRefs4 ( String[ ] value )  :  void (1)
[+] AbstractAtomParity.setConvention ( String value )  :  void (1)
[+] AbstractAtomParity.setDictRef ( String value )  :  void (1)
[+] AbstractAtomParity.setId ( String value )  :  void (1)
[+] AbstractAtomParity.setTitle ( String value )  :  void (1)
[+] AbstractAtomParity.setXMLContent ( double value )  :  void (1)

cdk-1.0.4.jar, AbstractAtomSet
package org.xmlcml.cml.element
[+] AbstractAtomSet.setConvention ( String value )  :  void (1)
[+] AbstractAtomSet.setDictRef ( String value )  :  void (1)
[+] AbstractAtomSet.setId ( String value )  :  void (1)
[+] AbstractAtomSet.setSize ( int value )  :  void (1)
[+] AbstractAtomSet.setTitle ( String value )  :  void (1)
[+] AbstractAtomSet.setXMLContent ( String[ ] value )  :  void (1)

cdk-1.0.4.jar, AbstractAtomType
package org.xmlcml.cml.element
[+] AbstractAtomType.setAtomRef ( String value )  :  void (1)
[+] AbstractAtomType.setConvention ( String value )  :  void (1)
[+] AbstractAtomType.setDictRef ( String value )  :  void (1)
[+] AbstractAtomType.setId ( String value )  :  void (1)
[+] AbstractAtomType.setName ( String value )  :  void (1)
[+] AbstractAtomType.setRef ( String value )  :  void (1)
[+] AbstractAtomType.setTitle ( String value )  :  void (1)

cdk-1.0.4.jar, AbstractAtomTypeList
package org.xmlcml.cml.element
[+] AbstractAtomTypeList.setConvention ( String value )  :  void (1)
[+] AbstractAtomTypeList.setDictRef ( String value )  :  void (1)
[+] AbstractAtomTypeList.setId ( String value )  :  void (1)
[+] AbstractAtomTypeList.setRef ( String value )  :  void (1)
[+] AbstractAtomTypeList.setTitle ( String value )  :  void (1)

cdk-1.0.4.jar, AbstractBand
package org.xmlcml.cml.element
[+] AbstractBand.setConvention ( String value )  :  void (1)
[+] AbstractBand.setDictRef ( String value )  :  void (1)
[+] AbstractBand.setId ( String value )  :  void (1)
[+] AbstractBand.setKpoint ( double[ ] value )  :  void (1)
[+] AbstractBand.setKpointRef ( String value )  :  void (1)
[+] AbstractBand.setLabel ( String value )  :  void (1)
[+] AbstractBand.setTitle ( String value )  :  void (1)
[+] AbstractBand.setWeight ( double value )  :  void (1)

cdk-1.0.4.jar, AbstractBandList
package org.xmlcml.cml.element
[+] AbstractBandList.setConvention ( String value )  :  void (1)
[+] AbstractBandList.setDictRef ( String value )  :  void (1)
[+] AbstractBandList.setId ( String value )  :  void (1)
[+] AbstractBandList.setTitle ( String value )  :  void (1)

cdk-1.0.4.jar, AbstractBasisSet
package org.xmlcml.cml.element
[+] AbstractBasisSet.setConvention ( String value )  :  void (1)
[+] AbstractBasisSet.setDictRef ( String value )  :  void (1)
[+] AbstractBasisSet.setId ( String value )  :  void (1)
[+] AbstractBasisSet.setRef ( String value )  :  void (1)
[+] AbstractBasisSet.setRole ( String value )  :  void (1)
[+] AbstractBasisSet.setTitle ( String value )  :  void (1)

cdk-1.0.4.jar, AbstractBond
package org.xmlcml.cml.element
[+] AbstractBond.setAtomRefs ( String[ ] value )  :  void (1)
[+] AbstractBond.setAtomRefs2 ( String[ ] value )  :  void (1)
[+] AbstractBond.setBondRefs ( String[ ] value )  :  void (1)
[+] AbstractBond.setConvention ( String value )  :  void (1)
[+] AbstractBond.setDictRef ( String value )  :  void (1)
[+] AbstractBond.setId ( String value )  :  void (1)
[+] AbstractBond.setOrder ( String value )  :  void (1)
[+] AbstractBond.setRef ( String value )  :  void (1)
[+] AbstractBond.setTitle ( String value )  :  void (1)

cdk-1.0.4.jar, AbstractBondArray
package org.xmlcml.cml.element
[+] AbstractBondArray.setAtomRef1 ( String[ ] value )  :  void (1)
[+] AbstractBondArray.setAtomRef2 ( String[ ] value )  :  void (1)
[+] AbstractBondArray.setBondID ( String[ ] value )  :  void (1)
[+] AbstractBondArray.setConvention ( String value )  :  void (1)
[+] AbstractBondArray.setDictRef ( String value )  :  void (1)
[+] AbstractBondArray.setId ( String value )  :  void (1)
[+] AbstractBondArray.setOrder ( String[ ] value )  :  void (1)
[+] AbstractBondArray.setTitle ( String value )  :  void (1)

cdk-1.0.4.jar, AbstractBondSet
package org.xmlcml.cml.element
[+] AbstractBondSet.setConvention ( String value )  :  void (1)
[+] AbstractBondSet.setDictRef ( String value )  :  void (1)
[+] AbstractBondSet.setId ( String value )  :  void (1)
[+] AbstractBondSet.setSize ( int value )  :  void (1)
[+] AbstractBondSet.setTitle ( String value )  :  void (1)
[+] AbstractBondSet.setXMLContent ( String[ ] value )  :  void (1)

cdk-1.0.4.jar, AbstractBondStereo
package org.xmlcml.cml.element
[+] AbstractBondStereo.setAtomRefArray ( String[ ] value )  :  void (1)
[+] AbstractBondStereo.setAtomRefs4 ( String[ ] value )  :  void (1)
[+] AbstractBondStereo.setConvention ( String value )  :  void (1)
[+] AbstractBondStereo.setConventionValue ( String value )  :  void (1)
[+] AbstractBondStereo.setDictRef ( String value )  :  void (1)
[+] AbstractBondStereo.setId ( String value )  :  void (1)
[+] AbstractBondStereo.setTitle ( String value )  :  void (1)
[+] AbstractBondStereo.setXMLContent ( String value )  :  void (1)

cdk-1.0.4.jar, AbstractBondType
package org.xmlcml.cml.element
[+] AbstractBondType.setConvention ( String value )  :  void (1)
[+] AbstractBondType.setDictRef ( String value )  :  void (1)
[+] AbstractBondType.setId ( String value )  :  void (1)
[+] AbstractBondType.setName ( String value )  :  void (1)
[+] AbstractBondType.setRef ( String value )  :  void (1)
[+] AbstractBondType.setTitle ( String value )  :  void (1)

cdk-1.0.4.jar, AbstractBondTypeList
package org.xmlcml.cml.element
[+] AbstractBondTypeList.setConvention ( String value )  :  void (1)
[+] AbstractBondTypeList.setDictRef ( String value )  :  void (1)
[+] AbstractBondTypeList.setId ( String value )  :  void (1)
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[+] AbstractBondTypeList.setTitle ( String value )  :  void (1)

cdk-1.0.4.jar, AbstractCellParameter
package org.xmlcml.cml.element
[+] AbstractCellParameter.setConvention ( String value )  :  void (1)
[+] AbstractCellParameter.setDictRef ( String value )  :  void (1)
[+] AbstractCellParameter.setError ( double[ ] value )  :  void (1)
[+] AbstractCellParameter.setId ( String value )  :  void (1)
[+] AbstractCellParameter.setTitle ( String value )  :  void (1)
[+] AbstractCellParameter.setType ( String value )  :  void (1)
[+] AbstractCellParameter.setUnits ( String value )  :  void (1)
[+] AbstractCellParameter.setXMLContent ( double[ ] value )  :  void (1)

cdk-1.0.4.jar, AbstractCml
package org.xmlcml.cml.element
[+] AbstractCml.setConvention ( String value )  :  void (1)
[+] AbstractCml.setDictRef ( String value )  :  void (1)
[+] AbstractCml.setFileId ( String value )  :  void (1)
[+] AbstractCml.setId ( String value )  :  void (1)
[+] AbstractCml.setTitle ( String value )  :  void (1)
[+] AbstractCml.setVersion ( String value )  :  void (1)

cdk-1.0.4.jar, AbstractComplexObject
package org.xmlcml.cml.element
[+] AbstractComplexObject.setConvention ( String value )  :  void (1)
[+] AbstractComplexObject.setDictRef ( String value )  :  void (1)
[+] AbstractComplexObject.setId ( String value )  :  void (1)
[+] AbstractComplexObject.setTitle ( String value )  :  void (1)

cdk-1.0.4.jar, AbstractConditionList
package org.xmlcml.cml.element
[+] AbstractConditionList.setConvention ( String value )  :  void (1)
[+] AbstractConditionList.setDictRef ( String value )  :  void (1)
[+] AbstractConditionList.setId ( String value )  :  void (1)
[+] AbstractConditionList.setRef ( String value )  :  void (1)
[+] AbstractConditionList.setRole ( String value )  :  void (1)
[+] AbstractConditionList.setTitle ( String value )  :  void (1)

cdk-1.0.4.jar, AbstractCrystal
package org.xmlcml.cml.element
[+] AbstractCrystal.setConvention ( String value )  :  void (1)
[+] AbstractCrystal.setDictRef ( String value )  :  void (1)
[+] AbstractCrystal.setId ( String value )  :  void (1)
[+] AbstractCrystal.setTitle ( String value )  :  void (1)
[+] AbstractCrystal.setZ ( int value )  :  void (1)

cdk-1.0.4.jar, AbstractDictionary
package org.xmlcml.cml.element
[+] AbstractDictionary.setConvention ( String value )  :  void (1)
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cdk-1.0.4.jar, AbstractEigen
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cdk-1.0.4.jar, AbstractElectron
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cdk-1.0.4.jar, AbstractEntry
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cdk-1.0.4.jar, AbstractExpression
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cdk-1.0.4.jar, AbstractFormula
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cdk-1.0.4.jar, AbstractGradient
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cdk-1.0.4.jar, AbstractIdentifier
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cdk-1.0.4.jar, AbstractIsotope
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cdk-1.0.4.jar, AbstractIsotopeList
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cdk-1.0.4.jar, AbstractLabel
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cdk-1.0.4.jar, AbstractLattice
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cdk-1.0.4.jar, AbstractList
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cdk-1.0.4.jar, AbstractMap
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cdk-1.0.4.jar, AbstractMatrix
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cdk-1.0.4.jar, AbstractMechanism
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cdk-1.0.4.jar, AbstractMechanismComponent
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cdk-1.0.4.jar, AbstractMetadata
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cdk-1.0.4.jar, AbstractModule
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cdk-1.0.4.jar, AbstractMolecule
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cdk-1.0.4.jar, AbstractObject
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cdk-1.0.4.jar, AbstractObservation
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cdk-1.0.4.jar, AbstractOperator
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cdk-1.0.4.jar, AbstractParameter
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cdk-1.0.4.jar, AbstractParameterList
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cdk-1.0.4.jar, AbstractParticle
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cdk-1.0.4.jar, AbstractPeak
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cdk-1.0.4.jar, AbstractPeakGroup
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cdk-1.0.4.jar, AbstractPeakList
package org.xmlcml.cml.element
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[+] AbstractPeakList.setId ( String value )  :  void (1)
[+] AbstractPeakList.setRef ( String value )  :  void (1)
[+] AbstractPeakList.setTitle ( String value )  :  void (1)

cdk-1.0.4.jar, AbstractPeakStructure
package org.xmlcml.cml.element
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cdk-1.0.4.jar, AbstractPlane3
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cdk-1.0.4.jar, AbstractPotential
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cdk-1.0.4.jar, AbstractReaction
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package org.xmlcml.cml.element
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cdk-1.0.4.jar, AbstractScalar
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package org.xmlcml.cml.element
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cdk-1.0.4.jar, AbstractSpectrum
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cdk-1.0.4.jar, AbstractSpectrumData
package org.xmlcml.cml.element
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cdk-1.0.4.jar, AbstractSpectrumList
package org.xmlcml.cml.element
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cdk-1.0.4.jar, AbstractSphere3
package org.xmlcml.cml.element
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cdk-1.0.4.jar, AbstractSubstance
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cdk-1.0.4.jar, AbstractSubstanceList
package org.xmlcml.cml.element
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cdk-1.0.4.jar, AbstractSymmetry
package org.xmlcml.cml.element
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cdk-1.0.4.jar, AbstractSystem
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cdk-1.0.4.jar, AbstractTable
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cdk-1.0.4.jar, AbstractTableContent
package org.xmlcml.cml.element
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cdk-1.0.4.jar, AbstractTableHeader
package org.xmlcml.cml.element
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cdk-1.0.4.jar, AbstractTableRow
package org.xmlcml.cml.element
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cdk-1.0.4.jar, AbstractTorsion
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cdk-1.0.4.jar, AbstractTransform3
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cdk-1.0.4.jar, AbstractTransitionState
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cdk-1.0.4.jar, AbstractVector3
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cdk-1.0.4.jar, AbstractXaxis
package org.xmlcml.cml.element
[+] AbstractXaxis.setConstantToData ( double value )  :  void (1)
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cdk-1.0.4.jar, AbstractYaxis
package org.xmlcml.cml.element
[+] AbstractYaxis.setConstantToData ( double value )  :  void (1)
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cdk-1.0.4.jar, AbstractZMatrix
package org.xmlcml.cml.element
[+] AbstractZMatrix.setConvention ( String value )  :  void (1)
[+] AbstractZMatrix.setDictRef ( String value )  :  void (1)
[+] AbstractZMatrix.setId ( String value )  :  void (1)
[+] AbstractZMatrix.setTitle ( String value )  :  void (1)

cdk-1.0.4.jar, CMLArray
package org.xmlcml.cml.element
[+] CMLArray.CMLArray ( String[ ] array ) (1)
[+] CMLArray.getDoubles ( )  :  double[ ] (1)
[+] CMLArray.getInts ( )  :  int[ ] (1)
[+] CMLArray.setArray ( String[ ] array )  :  void (1)

cdk-1.0.4.jar, CMLAtomParity
package org.xmlcml.cml.element
[+] CMLAtomParity.rearrangeAtomRefs4 ( String[ ] newAtomsRefs4 )  :  void (1)
[+] CMLAtomParity.setAtomRefs4 ( CMLAtom[ ] atoms4 )  :  void (1)

cdk-1.0.4.jar, CMLAtomSet
package org.xmlcml.cml.element
[+] CMLAtomSet.getCalculatedFormalCharge ( )  :  int (1)
[+] CMLAtomSet.getCalculatedFormula ( CMLMolecule.HydrogenControl control )  :  CMLFormula (1)
[+] CMLAtomSet.intersection ( CMLAtomSet atomSet2 )  :  CMLAtomSet (1)
[+] CMLAtomSet.removeAtom ( CMLAtom atom )  :  void (1)
[+] CMLAtomSet.removeAtomById ( String id )  :  void (1)
[+] CMLAtomSet.removeAtomSet ( CMLAtomSet atomSet )  :  void (1)
[+] CMLAtomSet.union ( CMLAtomSet atomSet2 )  :  CMLAtomSet (1)

cdk-1.0.4.jar, CMLBond
package org.xmlcml.cml.element
[+] CMLBond.atomHash ( CMLBond bond ) [static]  :  String (1)
[+] CMLBond.CMLBond ( CMLAtom atom1, CMLAtom atom2 ) (1)
[+] CMLBond.setAtomRefs2 ( String atomId1, String atomId2 )  :  void (1)

cdk-1.0.4.jar, CMLBondSet
package org.xmlcml.cml.element
[+] CMLBondSet.addBond ( CMLBond bond )  :  void (1)
[+] CMLBondSet.addBonds ( List bonds )  :  void (1)
[+] CMLBondSet.addBondSet ( CMLBondSet bondSet )  :  void (1)
[+] CMLBondSet.getBondsById ( String[ ] ids )  :  CMLBondSet (1)

cdk-1.0.4.jar, CMLCrystal
package org.xmlcml.cml.element
[+] CMLCrystal.CMLCrystal ( double[ ] params ) (1)
[+] CMLCrystal.createCellParameterElements ( )  :  List (1)
[+] CMLCrystal.getCellScalars ( )  :  List *DEPRECATED* (1)

cdk-1.0.4.jar, CMLEigen
package org.xmlcml.cml.element
[+] CMLEigen.getEigenvector ( int serial )  :  RealArray (1)

cdk-1.0.4.jar, CMLElement
package org.xmlcml.cml.base
[+] CMLElement.getOrCreateChild ( String name )  :  CMLElement (1)

cdk-1.0.4.jar, CMLFormula
package org.xmlcml.cml.element
[+] CMLFormula.getCalculatedMolecularMass ( )  :  double (1)
[+] CMLFormula.getFormattedString ( CMLFormula.Type convention, CMLFormula.Sort sort, boolean omitCount1 )  :  String (1)
[+] CMLFormula.setConcise ( String value )  :  void (1)

cdk-1.0.4.jar, CMLLine3
package org.xmlcml.cml.element
[+] CMLLine3.finishMakingElement ( Element parent )  :  void (1)
[+] CMLLine3.getEuclidLine3 ( )  :  Line3 (1)

cdk-1.0.4.jar, CMLMatrix
package org.xmlcml.cml.element
[+] CMLMatrix.CMLMatrix ( int rows, int columns, int[ ] array ) (1)
[+] CMLMatrix.setArray ( int rows, int columns, int[ ] array )  :  void (1)

cdk-1.0.4.jar, CMLMetadata
package org.xmlcml.cml.element
[+] CMLMetadata.setMetadataType ( String value )  :  void *DEPRECATED* (1)

cdk-1.0.4.jar, CMLMolecule
package org.xmlcml.cml.element
[+] CMLMolecule.addAtom ( CMLAtom atom, boolean check )  :  void (1)
[+] CMLMolecule.addBond ( CMLBond bond, boolean check )  :  void (1)
[+] CMLMolecule.getCalculatedFormalCharge ( CMLElement.FormalChargeControl control )  :  int (1)

cdk-1.0.4.jar, CMLPlane3
package org.xmlcml.cml.element
[+] CMLPlane3.finishMakingElement ( Element parent )  :  void (1)
[+] CMLPlane3.getEuclidPlane3 ( )  :  Plane3 (1)

cdk-1.0.4.jar, CMLPoint3
package org.xmlcml.cml.element
[+] CMLPoint3.divideBy ( double f )  :  CMLPoint3 (1)
[+] CMLPoint3.finishMakingElement ( Element parent )  :  void (1)
[+] CMLPoint3.getEuclidPoint3 ( )  :  Point3 (1)

cdk-1.0.4.jar, CMLScalar
package org.xmlcml.cml.element
[+] CMLScalar.finishMakingElement ( Element parent )  :  void (1)

cdk-1.0.4.jar, CMLTableHeader
package org.xmlcml.cml.element
[+] CMLTableHeader.getColumnCount ( )  :  int (1)

cdk-1.0.4.jar, CMLTransform3
package org.xmlcml.cml.element
[+] CMLTransform3.finishMakingElement ( Element parent )  :  void (1)

cdk-1.0.4.jar, CMLType
package org.xmlcml.cml.base
[+] CMLType.checkValue ( boolean b )  :  void (1)
[+] CMLType.checkValue ( boolean[ ] bb )  :  void (1)
[+] CMLType.checkValue ( double d )  :  void (1)
[+] CMLType.checkValue ( double[ ] dd )  :  void (1)
[+] CMLType.checkValue ( int i )  :  void (1)
[+] CMLType.checkValue ( int[ ] ii )  :  void (1)
[+] CMLType.checkValue ( String s )  :  void (1)
[+] CMLType.checkValue ( String[ ] ss )  :  void (1)

cdk-1.0.4.jar, CMLVector3
package org.xmlcml.cml.element
[+] CMLVector3.finishMakingElement ( Element parent )  :  void (1)
[+] CMLVector3.normalize ( )  :  CMLVector3 (1)
[+] CMLVector3.setElementAt ( int n, double f )  :  void (1)
[+] CMLVector3.setXYZ3 ( double[ ] xyz3 )  :  void (1)

cdk-1.0.4.jar, Complex
package org.xmlcml.euclid
[+] Complex.divideBy ( Complex f )  :  Complex (1)

cdk-1.0.4.jar, IntArray
package org.xmlcml.euclid
[+] IntArray.dotProduct ( IntArray f )  :  int (1)
[+] IntArray.getReorderedArray ( IntSet idx )  :  IntArray (1)
[+] IntArray.IntArray ( int n, int[ ] arr ) (1)
[+] IntArray.IntArray ( IntArray m, int low, int high ) (1)
[+] IntArray.IntArray ( IntArray ref, IntArray sub ) (1)
[+] IntArray.plus ( IntArray f )  :  IntArray (1)
[+] IntArray.subtract ( IntArray f )  :  IntArray (1)
[+] IntArray.subtractEquals ( IntArray f )  :  void (1)

cdk-1.0.4.jar, IntMatrix
package org.xmlcml.euclid
[+] IntMatrix.appendColumnData ( IntArray f )  :  void (1)
[+] IntMatrix.appendColumnData ( IntMatrix m )  :  void (1)
[+] IntMatrix.appendRowData ( IntArray f )  :  void (1)
[+] IntMatrix.appendRowData ( IntMatrix m )  :  void (1)
[+] IntMatrix.columnwiseDivide ( IntArray f )  :  void (1)
[+] IntMatrix.elementAt ( int row, int col )  :  int (1)
[+] IntMatrix.elementAt ( Int2 rowcol )  :  int (1)
[+] IntMatrix.elementsInRange ( IntRange r )  :  IntMatrix (1)
[+] IntMatrix.extractColumnData ( int col )  :  IntArray (1)
[+] IntMatrix.extractColumns ( int col1, int col2 )  :  Int2Array (1)
[+] IntMatrix.extractRows ( int row1, int row2 )  :  Int2Array (1)
[+] IntMatrix.extractSubMatrixData ( int low_row, int high_row, int low_col, int high_col )  :  IntMatrix (1)
[+] IntMatrix.indexOfLargestElementInColumn ( int jcol )  :  int (1)
[+] IntMatrix.indexOfLargestElementInRow ( int irow )  :  int (1)
[+] IntMatrix.indexOfSmallestElementInColumn ( int jcol )  :  int (1)
[+] IntMatrix.indexOfSmallestElementInRow ( int irow )  :  int (1)
[+] IntMatrix.insertColumnData ( int after_col, IntArray f )  :  void (1)
[+] IntMatrix.insertColumnData ( int afterCol, IntMatrix m )  :  void (1)
[+] IntMatrix.insertRowData ( int after_row, IntArray f )  :  void (1)
[+] IntMatrix.insertRowData ( int afterRow, IntMatrix m )  :  void (1)
[+] IntMatrix.IntMatrix ( int rows, int cols, int[ ] array ) (1)
[+] IntMatrix.IntMatrix ( int[ ][ ] m ) (1)
[+] IntMatrix.IntMatrix ( IntMatrix m, int lowrow, int hirow, int lowcol, int hicol ) (1)
[+] IntMatrix.largestElementInColumn ( int jcol )  :  int (1)
[+] IntMatrix.largestElementInRow ( int irow )  :  int (1)
[+] IntMatrix.multiply ( IntArray f )  :  IntArray (1)
[+] IntMatrix.multiply ( IntMatrix m )  :  IntMatrix (1)
[+] IntMatrix.multiplyEquals ( IntMatrix m )  :  void (1)
[+] IntMatrix.plus ( IntMatrix m2 )  :  IntMatrix (1)
[+] IntMatrix.reorderColumnsBy ( IntSet is )  :  IntMatrix (1)
[+] IntMatrix.reorderRowsBy ( IntSet is )  :  IntMatrix (1)
[+] IntMatrix.replaceColumnData ( int column, IntArray f )  :  void (1)
[+] IntMatrix.replaceColumnData ( int start_column, IntMatrix m )  :  void (1)
[+] IntMatrix.replaceRowData ( int afterRow, IntMatrix m )  :  void (1)
[+] IntMatrix.replaceRowData ( int row, int[ ] f )  :  void (1)
[+] IntMatrix.replaceRowData ( int row, IntArray f )  :  void (1)
[+] IntMatrix.setElementAt ( int row, int col, int f )  :  void (1)
[+] IntMatrix.smallestElement ( )  :  int (1)
[+] IntMatrix.smallestElementInColumn ( int jcol )  :  int (1)
[+] IntMatrix.smallestElementInRow ( int irow )  :  int (1)
[+] IntMatrix.subtract ( IntMatrix m2 )  :  IntMatrix (1)
[+] IntMatrix.translateByColumn ( int[ ] d )  :  void (1)

cdk-1.0.4.jar, IntSet
package org.xmlcml.euclid
[+] IntSet.getSubscriptedIntSet ( IntSet sub )  :  IntSet (1)
[+] IntSet.IntSet ( int[ ] is ) (1)

cdk-1.0.4.jar, IntSquareMatrix
package org.xmlcml.euclid
[+] IntSquareMatrix.IntSquareMatrix ( int[ ][ ] matrix ) (1)
[+] IntSquareMatrix.IntSquareMatrix ( IntMatrix m ) (1)
[+] IntSquareMatrix.IntSquareMatrix ( IntMatrix m, int lowrow, int lowcol, int rows ) (1)
[+] IntSquareMatrix.multiply ( IntSquareMatrix m )  :  IntSquareMatrix (1)
[+] IntSquareMatrix.plus ( IntSquareMatrix m )  :  IntSquareMatrix (1)
[+] IntSquareMatrix.shallowCopy ( IntSquareMatrix m )  :  void (1)
[+] IntSquareMatrix.subtract ( IntSquareMatrix m )  :  IntSquareMatrix (1)

cdk-1.0.4.jar, Molutils
package org.xmlcml.molutil
[+] Molutils.calculate3DCoordinates0 ( Point3 aPoint, int geometry, double length ) [static]  :  List (1)
[+] Molutils.calculate3DCoordinates1 ( Point3 aPoint, Point3 bPoint, Point3 cPoint, int geometry, double length, double angle ) [static]  :  List (1)
[+] Molutils.calculate3DCoordinates2 ( Point3 aPoint, Point3 bPoint, Point3 cPoint, int geometry, double length, double angle ) [static]  :  List (1)

cdk-1.0.4.jar, Plane3
package org.xmlcml.euclid
[+] Plane3.Plane3 ( double l, double m, double n, double d ) (1)
[+] Plane3.Plane3 ( double[ ] array ) (1)
[+] Plane3.Plane3 ( double[ ] lmn, double d ) (1)
[+] Plane3.Plane3 ( Line3 l, Point3 p ) (1)
[+] Plane3.Plane3 ( Point3 p1, Point3 p2, Point3 p3 ) (1)
[+] Plane3.Plane3 ( Vector3 v, double d ) (1)

cdk-1.0.4.jar, Point3
package org.xmlcml.euclid
[+] Point3.calculateFromInternalCoordinates ( Point3 p1, Point3 p2, Point3 p3, double length, Angle angle, Angle torsion ) [static]  :  Point3 (1)
[+] Point3.elementAt ( int n )  :  double (1)
[+] Point3.Point3 ( double[ ] f ) (1)
[+] Point3.setElementAt ( int n, double d )  :  void (1)

cdk-1.0.4.jar, Point3Vector
package org.xmlcml.euclid
[+] Point3Vector.align3PointVectors ( Point3Vector ref )  :  Transform3 (1)
[+] Point3Vector.alignUsing3Points ( Point3Vector ref )  :  Transform3 (1)
[+] Point3Vector.angle ( int i1, int i2, int i3 )  :  Angle (1)
[+] Point3Vector.angle ( IntSet is )  :  Angle (1)
[+] Point3Vector.bestPlane ( )  :  Plane3 (1)
[+] Point3Vector.distance ( IntSet is )  :  double (1)
[+] Point3Vector.fitTo ( Point3Vector ref )  :  Transform3 (1)
[+] Point3Vector.get3SeparatedPoints ( )  :  int[ ] (1)
[+] Point3Vector.getSigmaDeltaSquared ( Point3Vector v )  :  double (1)
[+] Point3Vector.plus ( Point3Vector pv2 )  :  Point3Vector (1)
[+] Point3Vector.Point3Vector ( double[ ] flarray ) (1)
[+] Point3Vector.Point3Vector ( int n, double[ ] x, double[ ] y, double[ ] z ) (1)
[+] Point3Vector.Point3Vector ( RealArray m ) (1)
[+] Point3Vector.roughAlign ( Point3Vector ref )  :  Transform3 (1)
[+] Point3Vector.setElementAt ( Vector3 v, int i )  :  void (1)
[+] Point3Vector.subArray ( IntSet is )  :  Point3Vector (1)
[+] Point3Vector.subtract ( Point3Vector pv2 )  :  Point3Vector (1)
[+] Point3Vector.torsion ( int i1, int i2, int i3, int i4 )  :  Angle (1)
[+] Point3Vector.torsion ( IntSet is )  :  Angle (1)

cdk-1.0.4.jar, Real2Array
package org.xmlcml.euclid
[+] Real2Array.Real2Array ( RealArray x, RealArray y ) (1)

cdk-1.0.4.jar, Real2Vector
package org.xmlcml.euclid
[+] Real2Vector.angle ( int i1, int i2, int i3 )  :  Angle (1)
[+] Real2Vector.angle ( IntSet is )  :  Angle (1)
[+] Real2Vector.distance ( IntSet is )  :  double (1)
[+] Real2Vector.Real2Vector ( double[ ] flarray ) (1)
[+] Real2Vector.Real2Vector ( int n, double[ ] x, double[ ] y ) (1)
[+] Real2Vector.Real2Vector ( RealArray m ) (1)
[+] Real2Vector.set ( int i, Real2 v )  :  void (1)
[+] Real2Vector.subArray ( IntSet is )  :  Real2Vector (1)

cdk-1.0.4.jar, RealArray
package org.xmlcml.euclid
[+] RealArray.dotProduct ( RealArray f )  :  double (1)
[+] RealArray.getReorderedArray ( IntSet idx )  :  RealArray (1)
[+] RealArray.plus ( RealArray f )  :  RealArray (1)
[+] RealArray.plusEquals ( RealArray f )  :  void (1)
[+] RealArray.RealArray ( int n, double[ ] arr ) (1)
[+] RealArray.RealArray ( RealArray m, int low, int high ) (1)
[+] RealArray.RealArray ( RealArray ref, IntArray sub ) (1)
[+] RealArray.RealArray ( String[ ] strings ) (1)
[+] RealArray.rms ( )  :  double (1)
[+] RealArray.subtract ( RealArray f )  :  RealArray (1)
[+] RealArray.subtractEquals ( RealArray f )  :  void (1)
[+] RealArray.unitVector ( )  :  RealArray (1)

cdk-1.0.4.jar, RealMatrix
package org.xmlcml.euclid
[+] RealMatrix.appendColumnData ( RealArray f )  :  void (1)
[+] RealMatrix.appendColumnData ( RealMatrix m )  :  void (1)
[+] RealMatrix.appendRowData ( RealArray f )  :  void (1)
[+] RealMatrix.appendRowData ( RealMatrix m )  :  void (1)
[+] RealMatrix.columnwiseDivide ( RealArray f )  :  void (1)
[+] RealMatrix.elementAt ( int row, int col )  :  double (1)
[+] RealMatrix.elementAt ( Int2 rowcol )  :  double (1)
[+] RealMatrix.elementsInRange ( RealRange r )  :  IntMatrix (1)
[+] RealMatrix.euclideanColumnLength ( int jcol )  :  double (1)
[+] RealMatrix.euclideanRowLength ( int i )  :  double (1)
[+] RealMatrix.extractColumnData ( int col )  :  RealArray (1)
[+] RealMatrix.extractColumns ( int col1, int col2 )  :  Real2Array (1)
[+] RealMatrix.extractRowData ( int row )  :  RealArray (1)
[+] RealMatrix.extractRows ( int row1, int row2 )  :  Real2Array (1)
[+] RealMatrix.extractSubMatrixData ( int low_row, int high_row, int low_col, int high_col )  :  RealMatrix (1)
[+] RealMatrix.indexOfLargestElementInColumn ( int jcol )  :  int (1)
[+] RealMatrix.indexOfLargestElementInRow ( int irow )  :  int (1)
[+] RealMatrix.indexOfSmallestElementInColumn ( int jcol )  :  int (1)
[+] RealMatrix.indexOfSmallestElementInRow ( int irow )  :  int (1)
[+] RealMatrix.insertColumnData ( int after_col, RealArray f )  :  void (1)
[+] RealMatrix.insertColumnData ( int afterCol, RealMatrix m )  :  void (1)
[+] RealMatrix.insertRowData ( int after_row, RealArray f )  :  void (1)
[+] RealMatrix.insertRowData ( int afterRow, RealMatrix m )  :  void (1)
[+] RealMatrix.largestElementInColumn ( int jcol )  :  double (1)
[+] RealMatrix.largestElementInRow ( int irow )  :  double (1)
[+] RealMatrix.multiply ( RealArray f )  :  RealArray (1)
[+] RealMatrix.multiply ( RealMatrix m )  :  RealMatrix (1)
[+] RealMatrix.multiplyEquals ( RealMatrix m )  :  void (1)
[+] RealMatrix.plus ( RealMatrix m2 )  :  RealMatrix (1)
[+] RealMatrix.RealMatrix ( double[ ][ ] m ) (1)
[+] RealMatrix.RealMatrix ( int rows, int cols, double[ ] array ) (1)
[+] RealMatrix.RealMatrix ( RealMatrix m, int lowrow, int hirow, int lowcol, int hicol ) (1)
[+] RealMatrix.reorderColumnsBy ( IntSet is )  :  RealMatrix (1)
[+] RealMatrix.reorderRowsBy ( IntSet is )  :  RealMatrix (1)
[+] RealMatrix.replaceColumnData ( int column, RealArray f )  :  void (1)
[+] RealMatrix.replaceColumnData ( int start_column, RealMatrix m )  :  void (1)
[+] RealMatrix.replaceRowData ( int afterRow, RealMatrix m )  :  void (1)
[+] RealMatrix.replaceRowData ( int row, double[ ] f )  :  void (1)
[+] RealMatrix.replaceRowData ( int row, RealArray f )  :  void (1)
[+] RealMatrix.setElementAt ( int row, int col, double f )  :  void (1)
[+] RealMatrix.smallestElement ( )  :  double (1)
[+] RealMatrix.smallestElementInColumn ( int jcol )  :  double (1)
[+] RealMatrix.smallestElementInRow ( int irow )  :  double (1)
[+] RealMatrix.subtract ( RealMatrix m2 )  :  RealMatrix (1)
[+] RealMatrix.translateByColumn ( double[ ] d )  :  void (1)

cdk-1.0.4.jar, RealSquareMatrix
package org.xmlcml.euclid
[+] RealSquareMatrix.getInverse ( )  :  RealSquareMatrix (1)
[+] RealSquareMatrix.multiply ( RealSquareMatrix m )  :  RealSquareMatrix (1)
[+] RealSquareMatrix.plus ( RealSquareMatrix m )  :  RealSquareMatrix (1)
[+] RealSquareMatrix.RealSquareMatrix ( double[ ][ ] matrix ) (1)
[+] RealSquareMatrix.RealSquareMatrix ( int rows, double[ ] array ) (1)
[+] RealSquareMatrix.RealSquareMatrix ( RealMatrix m ) (1)
[+] RealSquareMatrix.RealSquareMatrix ( RealMatrix m, int lowrow, int lowcol, int rows ) (1)
[+] RealSquareMatrix.shallowCopy ( RealSquareMatrix m )  :  void (1)
[+] RealSquareMatrix.subtract ( RealSquareMatrix m )  :  RealSquareMatrix (1)

cdk-1.0.4.jar, Transform2
package org.xmlcml.euclid
[+] Transform2.flipAboutVector ( Real2 r ) [static]  :  Transform2 (1)
[+] Transform2.Transform2 ( double[ ] array ) (1)
[+] Transform2.Transform2 ( RealSquareMatrix m ) (1)
[+] Transform2.Transform2 ( RealSquareMatrix m, Vector2 v ) (1)
[+] Transform2.Transform2 ( Vector2 v1, Vector2 v2 ) (1)

cdk-1.0.4.jar, Transform3
package org.xmlcml.euclid
[+] Transform3.Transform3 ( double[ ] array ) (1)
[+] Transform3.Transform3 ( RealSquareMatrix m ) (1)
[+] Transform3.Transform3 ( RealSquareMatrix m, Vector3 v ) (1)
[+] Transform3.Transform3 ( String opString ) (1)

cdk-1.0.4.jar, Util
package org.xmlcml.euclid
[+] Util.check ( double[ ] array, int size ) [static]  :  void (1)
[+] Util.check ( int n, int low, int high ) [static]  :  void (1)
[+] Util.outputFloat ( int nPlaces, int nDec, double value ) [static]  :  String (1)
[+] Util.splitToDoubleArray ( String s, String delim ) [static]  :  double[ ] (1)
[+] Util.splitToIntArray ( String s, String delim ) [static]  :  int[ ] (1)

cdk-1.0.4.jar, Vector3
package org.xmlcml.euclid
[+] Vector3.elementAt ( int n )  :  double (1)
[+] Vector3.projectOnto ( Vector3 v )  :  Vector3 (1)
[+] Vector3.setElementAt ( int n, double f )  :  void (1)
[+] Vector3.Vector3 ( double[ ] array ) (1)
[+] Vector3.Vector3 ( RealArray f ) (1)

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Other Changes in Data Types (151)

cdk-1.0.4.jar
package net.sf.jniinchi
[+] INCHI_BOND_TYPE (1)

package org.openscience.cdk
[+] CDKConstants (4)
[+] PeriodicTableElement (3)

package org.openscience.cdk.io
[+] DefaultChemObjectReader (1)

package org.openscience.cdk.io.cml
[+] CMLCoreModule (7)

package org.openscience.cdk.io.iterator
[+] DefaultIteratingChemObjectReader (1)

package org.rosuda.JRI
[+] Rengine (1)
[+] REXP (3)

package org.xmlcml.cml.base
[+] CMLElement (2)
[+] CMLType (5)

package org.xmlcml.cml.element
[+] CMLAbundance (1)
[+] CMLAngle (1)
[+] CMLArg (3)
[+] CMLArray (1)
[+] CMLAtom (1)
[+] CMLAtomArray (1)
[+] CMLAtomicBasisFunction (1)
[+] CMLAtomParity (1)
[+] CMLAtomSet (2)
[+] CMLAtomType (1)
[+] CMLBond (6)
[+] CMLBondArray (1)
[+] CMLBondSet (1)
[+] CMLBondStereo (1)
[+] CMLCellParameter (1)
[+] CMLCml (1)
[+] CMLCrystal (8)
[+] CMLDictionary (1)
[+] CMLEigen (1)
[+] CMLElectron (1)
[+] CMLEntry (1)
[+] CMLFormula (3)
[+] CMLGradient (1)
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