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Test Info

Library NameCDK
Version #11.4.2
Version #21.4.3

Test Results

Total Java ARchives1
Total Methods / Classes31749 / 3517
VerdictCompatible

Problem Summary

SeverityCount
Added Methods-563
Removed MethodsHigh0
Problems with
Data Types		High0
Medium0
Low0
Problems with
Methods		High0
Medium0
Low0

Added Methods (563)

cdk-1.4.3.jar, AdductFormula.class
package org.openscience.cdk.silent
AdductFormula.add ( IMolecularFormulaSet formulaSet )  :  void
AdductFormula.addMolecularFormula ( IMolecularFormula formula )  :  void
AdductFormula.AdductFormula ( )
AdductFormula.AdductFormula ( IMolecularFormula formula )
AdductFormula.clone ( )  :  Object
AdductFormula.contains ( IIsotope isotope )  :  boolean
AdductFormula.contains ( IMolecularFormula formula )  :  boolean
AdductFormula.getBuilder ( )  :  IChemObjectBuilder
AdductFormula.getCharge ( )  :  Integer
AdductFormula.getIsotopeCount ( )  :  int
AdductFormula.getIsotopeCount ( IIsotope isotope )  :  int
AdductFormula.getMolecularFormula ( int position )  :  IMolecularFormula
AdductFormula.isotopes ( )  :  Iterable
AdductFormula.iterator ( )  :  Iterator
AdductFormula.molecularFormulas ( )  :  Iterable
AdductFormula.removeAllMolecularFormulas ( )  :  void
AdductFormula.removeMolecularFormula ( IMolecularFormula formula )  :  void
AdductFormula.removeMolecularFormula ( int position )  :  void
AdductFormula.setCharge ( Integer charge )  :  void *DEPRECATED*
AdductFormula.size ( )  :  int

cdk-1.4.3.jar, AminoAcid.class
package org.openscience.cdk.silent
AminoAcid.addCTerminus ( IAtom atom )  :  void
AminoAcid.addNTerminus ( IAtom atom )  :  void
AminoAcid.AminoAcid ( )
AminoAcid.clone ( )  :  Object
AminoAcid.getCTerminus ( )  :  IAtom
AminoAcid.getNTerminus ( )  :  IAtom
AminoAcid.toString ( )  :  String

cdk-1.4.3.jar, ArrowElement.class
package org.openscience.cdk.renderer.elements
ArrowElement.accept ( IRenderingVisitor v )  :  void
ArrowElement.ArrowElement ( double startX, double startY, double endX, double endY, double width, boolean direction, Color color )

cdk-1.4.3.jar, ArrowHeadWidth.class
package org.openscience.cdk.renderer.generators
BasicSceneGenerator.ArrowHeadWidth.BasicSceneGenerator.ArrowHeadWidth ( )
BasicSceneGenerator.ArrowHeadWidth.getDefault ( )  :  Double
BasicSceneGenerator.ArrowHeadWidth.getDefault ( )  :  Object

cdk-1.4.3.jar, Atom.class
package org.openscience.cdk.silent
Atom.Atom ( )
Atom.Atom ( IElement element )
Atom.Atom ( String elementSymbol )
Atom.Atom ( String elementSymbol, Point2d point2d )
Atom.Atom ( String elementSymbol, Point3d point3d )
Atom.clone ( )  :  Object
Atom.compare ( Object object )  :  boolean
Atom.getCharge ( )  :  Double
Atom.getFractionalPoint3d ( )  :  Point3d
Atom.getImplicitHydrogenCount ( )  :  Integer
Atom.getPoint2d ( )  :  Point2d
Atom.getPoint3d ( )  :  Point3d
Atom.getStereoParity ( )  :  Integer
Atom.setCharge ( Double charge )  :  void
Atom.setFractionalPoint3d ( Point3d point3d )  :  void
Atom.setImplicitHydrogenCount ( Integer hydrogenCount )  :  void
Atom.setPoint2d ( Point2d point2d )  :  void
Atom.setPoint3d ( Point3d point3d )  :  void
Atom.setStereoParity ( Integer stereoParity )  :  void
Atom.toString ( )  :  String

cdk-1.4.3.jar, AtomContainer.class
package org.openscience.cdk.silent
AtomContainer.add ( IAtomContainer atomContainer )  :  void
AtomContainer.addAtom ( IAtom atom )  :  void
AtomContainer.addBond ( IBond bond )  :  void
AtomContainer.addBond ( int atom1, int atom2, IBond.Order order )  :  void
AtomContainer.addBond ( int atom1, int atom2, IBond.Order order, IBond.Stereo stereo )  :  void
AtomContainer.addElectronContainer ( IElectronContainer electronContainer )  :  void
AtomContainer.addLonePair ( ILonePair lonePair )  :  void
AtomContainer.addLonePair ( int atomID )  :  void
AtomContainer.addSingleElectron ( int atomID )  :  void
AtomContainer.addSingleElectron ( ISingleElectron singleElectron )  :  void
AtomContainer.addStereoElement ( IStereoElement element )  :  void
AtomContainer.AtomContainer ( )
AtomContainer.AtomContainer ( IAtomContainer container )
AtomContainer.AtomContainer ( int atomCount, int bondCount, int lpCount, int seCount )
AtomContainer.atoms ( )  :  Iterable
AtomContainer.bonds ( )  :  Iterable
AtomContainer.clone ( )  :  Object
AtomContainer.contains ( IAtom atom )  :  boolean
AtomContainer.contains ( IBond bond )  :  boolean
AtomContainer.contains ( IElectronContainer electronContainer )  :  boolean
AtomContainer.contains ( ILonePair lonePair )  :  boolean
AtomContainer.contains ( ISingleElectron singleElectron )  :  boolean
AtomContainer.electronContainers ( )  :  Iterable
AtomContainer.getAtom ( int number )  :  IAtom
AtomContainer.getAtomCount ( )  :  int
AtomContainer.getAtomNumber ( IAtom atom )  :  int
AtomContainer.getBond ( IAtom atom1, IAtom atom2 )  :  IBond
AtomContainer.getBond ( int number )  :  IBond
AtomContainer.getBondCount ( )  :  int
AtomContainer.getBondNumber ( IAtom atom1, IAtom atom2 )  :  int
AtomContainer.getBondNumber ( IBond bond )  :  int
AtomContainer.getBondOrderSum ( IAtom atom )  :  double *DEPRECATED*
AtomContainer.getConnectedAtomsCount ( IAtom atom )  :  int
AtomContainer.getConnectedAtomsList ( IAtom atom )  :  List
AtomContainer.getConnectedBondsCount ( IAtom atom )  :  int
AtomContainer.getConnectedBondsCount ( int atomNumber )  :  int
AtomContainer.getConnectedBondsList ( IAtom atom )  :  List
AtomContainer.getConnectedElectronContainersList ( IAtom atom )  :  List
AtomContainer.getConnectedLonePairsCount ( IAtom atom )  :  int
AtomContainer.getConnectedLonePairsList ( IAtom atom )  :  List
AtomContainer.getConnectedSingleElectronsCount ( IAtom atom )  :  int
AtomContainer.getConnectedSingleElectronsList ( IAtom atom )  :  List
AtomContainer.getElectronContainer ( int number )  :  IElectronContainer
AtomContainer.getElectronContainerCount ( )  :  int
AtomContainer.getFirstAtom ( )  :  IAtom
AtomContainer.getLastAtom ( )  :  IAtom
AtomContainer.getLonePair ( int number )  :  ILonePair
AtomContainer.getLonePairCount ( )  :  int
AtomContainer.getLonePairNumber ( ILonePair lonePair )  :  int
AtomContainer.getMaximumBondOrder ( IAtom atom )  :  IBond.Order
AtomContainer.getMinimumBondOrder ( IAtom atom )  :  IBond.Order
AtomContainer.getSingleElectron ( int number )  :  ISingleElectron
AtomContainer.getSingleElectronCount ( )  :  int
AtomContainer.getSingleElectronNumber ( ISingleElectron singleElectron )  :  int
AtomContainer.lonePairs ( )  :  Iterable
AtomContainer.remove ( IAtomContainer atomContainer )  :  void
AtomContainer.removeAllBonds ( )  :  void
AtomContainer.removeAllElectronContainers ( )  :  void
AtomContainer.removeAllElements ( )  :  void
AtomContainer.removeAtom ( IAtom atom )  :  void
AtomContainer.removeAtom ( int position )  :  void
AtomContainer.removeAtomAndConnectedElectronContainers ( IAtom atom )  :  void
AtomContainer.removeBond ( IAtom atom1, IAtom atom2 )  :  IBond
AtomContainer.removeBond ( IBond bond )  :  void
AtomContainer.removeBond ( int position )  :  IBond
AtomContainer.removeElectronContainer ( IElectronContainer electronContainer )  :  void
AtomContainer.removeElectronContainer ( int number )  :  IElectronContainer
AtomContainer.removeLonePair ( ILonePair lonePair )  :  void
AtomContainer.removeLonePair ( int position )  :  ILonePair
AtomContainer.removeSingleElectron ( int position )  :  ISingleElectron
AtomContainer.removeSingleElectron ( ISingleElectron singleElectron )  :  void
AtomContainer.setAtom ( int number, IAtom atom )  :  void
AtomContainer.setAtoms ( IAtom[ ] atoms )  :  void
AtomContainer.setBonds ( IBond[ ] bonds )  :  void
AtomContainer.singleElectrons ( )  :  Iterable
AtomContainer.stateChanged ( IChemObjectChangeEvent event )  :  void
AtomContainer.stereoElements ( )  :  Iterable
AtomContainer.toString ( )  :  String

cdk-1.4.3.jar, AtomContainerSet.class
package org.openscience.cdk.silent
AtomContainerSet.add ( IAtomContainerSet atomContainerSet )  :  void
AtomContainerSet.addAtomContainer ( IAtomContainer atomContainer )  :  void
AtomContainerSet.addAtomContainer ( IAtomContainer atomContainer, double multiplier )  :  void
AtomContainerSet.atomContainers ( )  :  Iterable
AtomContainerSet.AtomContainerSet ( )
AtomContainerSet.clone ( )  :  Object
AtomContainerSet.getAtomContainer ( int number )  :  IAtomContainer
AtomContainerSet.getAtomContainerCount ( )  :  int
AtomContainerSet.getMultiplier ( IAtomContainer container )  :  Double
AtomContainerSet.getMultiplier ( int number )  :  Double
AtomContainerSet.getMultipliers ( )  :  Double[ ]
AtomContainerSet.growAtomContainerArray ( )  :  void
AtomContainerSet.removeAllAtomContainers ( )  :  void
AtomContainerSet.removeAtomContainer ( IAtomContainer atomContainer )  :  void
AtomContainerSet.removeAtomContainer ( int pos )  :  void
AtomContainerSet.replaceAtomContainer ( int position, IAtomContainer container )  :  void
AtomContainerSet.setMultiplier ( IAtomContainer container, Double multiplier )  :  boolean
AtomContainerSet.setMultiplier ( int position, Double multiplier )  :  void
AtomContainerSet.setMultipliers ( Double[ ] newMultipliers )  :  boolean
AtomContainerSet.sortAtomContainers ( Comparator comparator )  :  void
AtomContainerSet.stateChanged ( IChemObjectChangeEvent event )  :  void
AtomContainerSet.toString ( )  :  String

cdk-1.4.3.jar, AtomParity.class
package org.openscience.cdk.silent
AtomParity.AtomParity ( IAtom centralAtom, IAtom first, IAtom second, IAtom third, IAtom fourth, int parity )
AtomParity.clone ( )  :  Object
AtomParity.getAtom ( )  :  IAtom
AtomParity.getBuilder ( )  :  IChemObjectBuilder
AtomParity.getParity ( )  :  int
AtomParity.getSurroundingAtoms ( )  :  IAtom[ ]
AtomParity.toString ( )  :  String

cdk-1.4.3.jar, AtomType.class
package org.openscience.cdk.silent
AtomType.AtomType ( IElement element )
AtomType.AtomType ( String elementSymbol )
AtomType.AtomType ( String identifier, String elementSymbol )
AtomType.clone ( )  :  Object
AtomType.compare ( Object object )  :  boolean
AtomType.getAtomTypeName ( )  :  String
AtomType.getBondOrderSum ( )  :  Double
AtomType.getCovalentRadius ( )  :  Double
AtomType.getFormalCharge ( )  :  Integer
AtomType.getFormalNeighbourCount ( )  :  Integer
AtomType.getHybridization ( )  :  IAtomType.Hybridization
AtomType.getMaxBondOrder ( )  :  IBond.Order
AtomType.getValency ( )  :  Integer
AtomType.setAtomTypeName ( String identifier )  :  void
AtomType.setBondOrderSum ( Double bondOrderSum )  :  void
AtomType.setCovalentRadius ( Double radius )  :  void
AtomType.setFormalCharge ( Integer charge )  :  void
AtomType.setFormalNeighbourCount ( Integer count )  :  void
AtomType.setHybridization ( IAtomType.Hybridization hybridization )  :  void
AtomType.setMaxBondOrder ( IBond.Order maxBondOrder )  :  void
AtomType.setValency ( Integer valency )  :  void
AtomType.toString ( )  :  String

cdk-1.4.3.jar, BioPolymer.class
package org.openscience.cdk.silent
BioPolymer.addAtom ( IAtom oAtom, IMonomer oMonomer, IStrand oStrand )  :  void
BioPolymer.addAtom ( IAtom oAtom, IStrand oStrand )  :  void
BioPolymer.BioPolymer ( )
BioPolymer.clone ( )  :  Object
BioPolymer.getMonomer ( String monName, String strandName )  :  IMonomer
BioPolymer.getMonomerCount ( )  :  int
BioPolymer.getMonomerNames ( )  :  Collection
BioPolymer.getStrand ( String cName )  :  IStrand
BioPolymer.getStrandCount ( )  :  int
BioPolymer.getStrandNames ( )  :  Collection
BioPolymer.getStrands ( )  :  Map
BioPolymer.removeStrand ( String name )  :  void
BioPolymer.toString ( )  :  String

cdk-1.4.3.jar, Bond.class
package org.openscience.cdk.silent
Bond.atoms ( )  :  Iterable
Bond.Bond ( )
Bond.Bond ( IAtom atom1, IAtom atom2 )
Bond.Bond ( IAtom atom1, IAtom atom2, IBond.Order order )
Bond.Bond ( IAtom atom1, IAtom atom2, IBond.Order order, IBond.Stereo stereo )
Bond.Bond ( IAtom[ ] atoms )
Bond.Bond ( IAtom[ ] atoms, IBond.Order order )
Bond.clone ( )  :  Object
Bond.compare ( Object object )  :  boolean
Bond.contains ( IAtom atom )  :  boolean
Bond.get2DCenter ( )  :  Point2d
Bond.get3DCenter ( )  :  Point3d
Bond.getAtom ( int position )  :  IAtom
Bond.getAtomCount ( )  :  int
Bond.getConnectedAtom ( IAtom atom )  :  IAtom
Bond.getConnectedAtoms ( IAtom atom )  :  IAtom[ ]
Bond.getOrder ( )  :  IBond.Order
Bond.getStereo ( )  :  IBond.Stereo
Bond.isConnectedTo ( IBond bond )  :  boolean
Bond.setAtom ( IAtom atom, int position )  :  void
Bond.setAtoms ( IAtom[ ] atoms )  :  void
Bond.setOrder ( IBond.Order order )  :  void
Bond.setStereo ( IBond.Stereo stereo )  :  void
Bond.toString ( )  :  String

cdk-1.4.3.jar, ChemFile.class
package org.openscience.cdk.silent
ChemFile.addChemSequence ( IChemSequence chemSequence )  :  void
ChemFile.ChemFile ( )
ChemFile.chemSequences ( )  :  Iterable
ChemFile.clone ( )  :  Object
ChemFile.getChemSequence ( int number )  :  IChemSequence
ChemFile.getChemSequenceCount ( )  :  int
ChemFile.growChemSequenceArray ( )  :  void
ChemFile.removeChemSequence ( int pos )  :  void
ChemFile.stateChanged ( IChemObjectChangeEvent event )  :  void
ChemFile.toString ( )  :  String

cdk-1.4.3.jar, ChemModel.class
package org.openscience.cdk.silent
ChemModel.ChemModel ( )
ChemModel.clone ( )  :  Object
ChemModel.getCrystal ( )  :  ICrystal
ChemModel.getMoleculeSet ( )  :  IMoleculeSet
ChemModel.getReactionSet ( )  :  IReactionSet
ChemModel.getRingSet ( )  :  IRingSet
ChemModel.setCrystal ( ICrystal crystal )  :  void
ChemModel.setMoleculeSet ( IMoleculeSet setOfMolecules )  :  void
ChemModel.setReactionSet ( IReactionSet sor )  :  void
ChemModel.setRingSet ( IRingSet ringSet )  :  void
ChemModel.stateChanged ( IChemObjectChangeEvent event )  :  void
ChemModel.toString ( )  :  String

cdk-1.4.3.jar, ChemObject.class
package org.openscience.cdk.silent
ChemObject.addListener ( IChemObjectListener col )  :  void
ChemObject.ChemObject ( )
ChemObject.ChemObject ( IChemObject chemObject )
ChemObject.clone ( )  :  Object
ChemObject.compare ( Object object )  :  boolean
ChemObject.getBuilder ( )  :  IChemObjectBuilder
ChemObject.getFlag ( int flag_type )  :  boolean
ChemObject.getFlags ( )  :  boolean[ ]
ChemObject.getID ( )  :  String
ChemObject.getListenerCount ( )  :  int
ChemObject.getNotification ( )  :  boolean
ChemObject.getProperties ( )  :  Map
ChemObject.getProperty ( Object description )  :  Object
ChemObject.notifyChanged ( )  :  void
ChemObject.notifyChanged ( IChemObjectChangeEvent evt )  :  void
ChemObject.removeListener ( IChemObjectListener col )  :  void
ChemObject.removeProperty ( Object description )  :  void
ChemObject.setFlag ( int flag_type, boolean flag_value )  :  void
ChemObject.setFlags ( boolean[ ] flagsNew )  :  void
ChemObject.setID ( String identifier )  :  void
ChemObject.setNotification ( boolean bool )  :  void
ChemObject.setProperties ( Map properties )  :  void
ChemObject.setProperty ( Object description, Object property )  :  void
ChemObject.shallowCopy ( )  :  Object

cdk-1.4.3.jar, ChemSequence.class
package org.openscience.cdk.silent
ChemSequence.addChemModel ( IChemModel chemModel )  :  void
ChemSequence.chemModels ( )  :  Iterable
ChemSequence.ChemSequence ( )
ChemSequence.clone ( )  :  Object
ChemSequence.getChemModel ( int number )  :  IChemModel
ChemSequence.getChemModelCount ( )  :  int
ChemSequence.growChemModelArray ( )  :  void
ChemSequence.removeChemModel ( int pos )  :  void
ChemSequence.stateChanged ( IChemObjectChangeEvent event )  :  void
ChemSequence.toString ( )  :  String

cdk-1.4.3.jar, Crystal.class
package org.openscience.cdk.silent
Crystal.clone ( )  :  Object
Crystal.Crystal ( )
Crystal.Crystal ( IAtomContainer container )
Crystal.getA ( )  :  Vector3d
Crystal.getB ( )  :  Vector3d
Crystal.getC ( )  :  Vector3d
Crystal.getSpaceGroup ( )  :  String
Crystal.getZ ( )  :  Integer
Crystal.setA ( Vector3d newAxis )  :  void
Crystal.setB ( Vector3d newAxis )  :  void
Crystal.setC ( Vector3d newAxis )  :  void
Crystal.setSpaceGroup ( String group )  :  void
Crystal.setZ ( Integer value )  :  void
Crystal.toString ( )  :  String

cdk-1.4.3.jar, ElectronContainer.class
package org.openscience.cdk.silent
ElectronContainer.clone ( )  :  Object
ElectronContainer.ElectronContainer ( )
ElectronContainer.getElectronCount ( )  :  Integer
ElectronContainer.setElectronCount ( Integer electronCount )  :  void
ElectronContainer.toString ( )  :  String

cdk-1.4.3.jar, Element.class
package org.openscience.cdk.silent
Element.clone ( )  :  Object
Element.compare ( Object object )  :  boolean
Element.Element ( )
Element.Element ( IElement element )
Element.Element ( String symbol )
Element.Element ( String symbol, Integer atomicNumber )
Element.getAtomicNumber ( )  :  Integer
Element.getSymbol ( )  :  String
Element.setAtomicNumber ( Integer atomicNumber )  :  void
Element.setSymbol ( String symbol )  :  void
Element.toString ( )  :  String

cdk-1.4.3.jar, FragmentAtom.class
package org.openscience.cdk.silent
FragmentAtom.FragmentAtom ( )
FragmentAtom.getExactMass ( )  :  Double
FragmentAtom.getFragment ( )  :  IAtomContainer
FragmentAtom.isExpanded ( )  :  boolean
FragmentAtom.setExactMass ( Double mass )  :  void
FragmentAtom.setExpanded ( boolean bool )  :  void
FragmentAtom.setFragment ( IAtomContainer fragment )  :  void
FragmentAtom.toString ( )  :  String

cdk-1.4.3.jar, Isotope.class
package org.openscience.cdk.silent
Isotope.clone ( )  :  Object
Isotope.compare ( Object object )  :  boolean
Isotope.getExactMass ( )  :  Double
Isotope.getMassNumber ( )  :  Integer
Isotope.getNaturalAbundance ( )  :  Double
Isotope.Isotope ( IElement element )
Isotope.Isotope ( int atomicNumber, String elementSymbol, double exactMass, double abundance )
Isotope.Isotope ( int atomicNumber, String elementSymbol, int massNumber, double exactMass, double abundance )
Isotope.Isotope ( String elementSymbol )
Isotope.Isotope ( String elementSymbol, int massNumber )
Isotope.setExactMass ( Double exactMass )  :  void
Isotope.setMassNumber ( Integer massNumber )  :  void
Isotope.setNaturalAbundance ( Double naturalAbundance )  :  void
Isotope.toString ( )  :  String

cdk-1.4.3.jar, LonePair.class
package org.openscience.cdk.silent
LonePair.clone ( )  :  Object
LonePair.contains ( IAtom atom )  :  boolean
LonePair.getAtom ( )  :  IAtom
LonePair.getElectronCount ( )  :  Integer
LonePair.LonePair ( )
LonePair.LonePair ( IAtom atom )
LonePair.setAtom ( IAtom atom )  :  void
LonePair.toString ( )  :  String

cdk-1.4.3.jar, Mapping.class
package org.openscience.cdk.silent
Mapping.clone ( )  :  Object
Mapping.getChemObject ( int pos )  :  IChemObject
Mapping.Mapping ( IChemObject objectOne, IChemObject objectTwo )
Mapping.relatedChemObjects ( )  :  Iterable

cdk-1.4.3.jar, MolecularFormula.class
package org.openscience.cdk.silent
MolecularFormula.add ( IMolecularFormula formula )  :  IMolecularFormula
MolecularFormula.addIsotope ( IIsotope isotope )  :  IMolecularFormula
MolecularFormula.addIsotope ( IIsotope isotope, int count )  :  IMolecularFormula
MolecularFormula.clone ( )  :  Object
MolecularFormula.contains ( IIsotope isotope )  :  boolean
MolecularFormula.getBuilder ( )  :  IChemObjectBuilder
MolecularFormula.getCharge ( )  :  Integer
MolecularFormula.getIsotopeCount ( )  :  int
MolecularFormula.getIsotopeCount ( IIsotope isotope )  :  int
MolecularFormula.getProperties ( )  :  Map
MolecularFormula.getProperty ( Object description )  :  Object
MolecularFormula.isotopes ( )  :  Iterable
MolecularFormula.isTheSame ( IIsotope isotopeOne, IIsotope isotopeTwo )  :  boolean
MolecularFormula.MolecularFormula ( )
MolecularFormula.removeAllIsotopes ( )  :  void
MolecularFormula.removeIsotope ( IIsotope isotope )  :  void
MolecularFormula.removeProperty ( Object description )  :  void
MolecularFormula.setCharge ( Integer charge )  :  void
MolecularFormula.setProperties ( Map properties )  :  void
MolecularFormula.setProperty ( Object description, Object property )  :  void

cdk-1.4.3.jar, MolecularFormulaSet.class
package org.openscience.cdk.silent
MolecularFormulaSet.add ( IMolecularFormulaSet formulaSet )  :  void
MolecularFormulaSet.addMolecularFormula ( IMolecularFormula formula )  :  void
MolecularFormulaSet.clone ( )  :  Object
MolecularFormulaSet.contains ( IMolecularFormula formula )  :  boolean
MolecularFormulaSet.getBuilder ( )  :  IChemObjectBuilder
MolecularFormulaSet.getMolecularFormula ( int position )  :  IMolecularFormula
MolecularFormulaSet.iterator ( )  :  Iterator
MolecularFormulaSet.molecularFormulas ( )  :  Iterable
MolecularFormulaSet.MolecularFormulaSet ( )
MolecularFormulaSet.MolecularFormulaSet ( IMolecularFormula formula )
MolecularFormulaSet.removeAllMolecularFormulas ( )  :  void
MolecularFormulaSet.removeMolecularFormula ( IMolecularFormula formula )  :  void
MolecularFormulaSet.removeMolecularFormula ( int position )  :  void
MolecularFormulaSet.size ( )  :  int

cdk-1.4.3.jar, Molecule.class
package org.openscience.cdk.silent
Molecule.clone ( )  :  Object
Molecule.Molecule ( )
Molecule.Molecule ( IAtomContainer container )
Molecule.Molecule ( int atomCount, int bondCount, int lonePairCount, int singleElectronCount )
Molecule.toString ( )  :  String

cdk-1.4.3.jar, MoleculeSet.class
package org.openscience.cdk.silent
MoleculeSet.add ( IMoleculeSet moleculeSet )  :  void
MoleculeSet.addAtomContainer ( IAtomContainer atomContainer )  :  void
MoleculeSet.addAtomContainer ( IAtomContainer atomContainer, double multiplier )  :  void
MoleculeSet.addMolecule ( IMolecule molecule )  :  void
MoleculeSet.clone ( )  :  Object
MoleculeSet.getMolecule ( int number )  :  IMolecule
MoleculeSet.getMoleculeCount ( )  :  int
MoleculeSet.molecules ( )  :  Iterable
MoleculeSet.MoleculeSet ( )
MoleculeSet.setMolecules ( IMolecule[ ] molecules )  :  void
MoleculeSet.stateChanged ( IChemObjectChangeEvent event )  :  void
MoleculeSet.toString ( )  :  String

cdk-1.4.3.jar, Monomer.class
package org.openscience.cdk.silent
Monomer.getMonomerName ( )  :  String
Monomer.getMonomerType ( )  :  String
Monomer.Monomer ( )
Monomer.setMonomerName ( String cMonomerName )  :  void
Monomer.setMonomerType ( String cMonomerType )  :  void
Monomer.toString ( )  :  String

cdk-1.4.3.jar, PDBAtom.class
package org.openscience.cdk.silent
PDBAtom.getAltLoc ( )  :  String
PDBAtom.getChainID ( )  :  String
PDBAtom.getHetAtom ( )  :  Boolean
PDBAtom.getICode ( )  :  String
PDBAtom.getName ( )  :  String
PDBAtom.getOccupancy ( )  :  Double
PDBAtom.getOxt ( )  :  Boolean
PDBAtom.getRecord ( )  :  String
PDBAtom.getResName ( )  :  String
PDBAtom.getResSeq ( )  :  String
PDBAtom.getSegID ( )  :  String
PDBAtom.getSerial ( )  :  Integer
PDBAtom.getTempFactor ( )  :  Double
PDBAtom.PDBAtom ( IElement element )
PDBAtom.PDBAtom ( String symbol )
PDBAtom.PDBAtom ( String symbol, Point3d coordinate )
PDBAtom.setAltLoc ( String newAltLoc )  :  void
PDBAtom.setChainID ( String newChainID )  :  void
PDBAtom.setHetAtom ( Boolean newHetAtom )  :  void
PDBAtom.setICode ( String newICode )  :  void
PDBAtom.setName ( String newName )  :  void
PDBAtom.setOccupancy ( Double newOccupancy )  :  void
PDBAtom.setOxt ( Boolean newOxt )  :  void
PDBAtom.setRecord ( String newRecord )  :  void
PDBAtom.setResName ( String newResName )  :  void
PDBAtom.setResSeq ( String newResSeq )  :  void
PDBAtom.setSegID ( String newSegID )  :  void
PDBAtom.setSerial ( Integer newSerial )  :  void
PDBAtom.setTempFactor ( Double newTempFactor )  :  void
PDBAtom.toString ( )  :  String

cdk-1.4.3.jar, PDBMonomer.class
package org.openscience.cdk.silent
PDBMonomer.getChainID ( )  :  String
PDBMonomer.getICode ( )  :  String
PDBMonomer.getResSeq ( )  :  String
PDBMonomer.PDBMonomer ( )
PDBMonomer.setChainID ( String newChainID )  :  void
PDBMonomer.setICode ( String newICode )  :  void
PDBMonomer.setResSeq ( String resSeq )  :  void
PDBMonomer.toString ( )  :  String

cdk-1.4.3.jar, PDBPolymer.class
package org.openscience.cdk.silent
PDBPolymer.addAtom ( IPDBAtom oAtom )  :  void
PDBPolymer.addAtom ( IPDBAtom oAtom, IMonomer oMonomer )  :  void
PDBPolymer.addAtom ( IPDBAtom oAtom, IMonomer oMonomer, IStrand oStrand )  :  void
PDBPolymer.addStructure ( IPDBStructure structure )  :  void
PDBPolymer.getMonomerNamesInSequentialOrder ( )  :  Collection
PDBPolymer.getStructures ( )  :  Collection
PDBPolymer.PDBPolymer ( )
PDBPolymer.toString ( )  :  String

cdk-1.4.3.jar, PDBStructure.class
package org.openscience.cdk.silent
PDBStructure.getEndChainID ( )  :  Character
PDBStructure.getEndInsertionCode ( )  :  Character
PDBStructure.getEndSequenceNumber ( )  :  Integer
PDBStructure.getStartChainID ( )  :  Character
PDBStructure.getStartInsertionCode ( )  :  Character
PDBStructure.getStartSequenceNumber ( )  :  Integer
PDBStructure.getStructureType ( )  :  String
PDBStructure.PDBStructure ( )
PDBStructure.setEndChainID ( Character endChainID )  :  void
PDBStructure.setEndInsertionCode ( Character endInsertionCode )  :  void
PDBStructure.setEndSequenceNumber ( Integer endSequenceNumber )  :  void
PDBStructure.setStartChainID ( Character startChainID )  :  void
PDBStructure.setStartInsertionCode ( Character startInsertionCode )  :  void
PDBStructure.setStartSequenceNumber ( Integer startSequenceNumber )  :  void
PDBStructure.setStructureType ( String structureType )  :  void

cdk-1.4.3.jar, Polymer.class
package org.openscience.cdk.silent
Polymer.addAtom ( IAtom oAtom, IMonomer oMonomer )  :  void
Polymer.clone ( )  :  Object
Polymer.getMonomer ( String cName )  :  IMonomer
Polymer.getMonomerCount ( )  :  int
Polymer.getMonomerNames ( )  :  Collection
Polymer.Polymer ( )
Polymer.removeMonomer ( String name )  :  void
Polymer.toString ( )  :  String

cdk-1.4.3.jar, PseudoAtom.class
package org.openscience.cdk.silent
PseudoAtom.clone ( )  :  Object
PseudoAtom.getLabel ( )  :  String
PseudoAtom.PseudoAtom ( )
PseudoAtom.PseudoAtom ( IElement element )
PseudoAtom.PseudoAtom ( String label )
PseudoAtom.PseudoAtom ( String label, Point2d point2d )
PseudoAtom.PseudoAtom ( String label, Point3d point3d )
PseudoAtom.setLabel ( String label )  :  void
PseudoAtom.setStereoParity ( Integer stereoParity )  :  void
PseudoAtom.toString ( )  :  String

cdk-1.4.3.jar, Reaction.class
package org.openscience.cdk.silent
Reaction.addAgent ( IMolecule agent )  :  void
Reaction.addMapping ( IMapping mapping )  :  void
Reaction.addProduct ( IMolecule product )  :  void
Reaction.addProduct ( IMolecule product, Double coefficient )  :  void
Reaction.addReactant ( IMolecule reactant )  :  void
Reaction.addReactant ( IMolecule reactant, Double coefficient )  :  void
Reaction.clone ( )  :  Object
Reaction.getAgents ( )  :  IMoleculeSet
Reaction.getDirection ( )  :  IReaction.Direction
Reaction.getMapping ( int pos )  :  IMapping
Reaction.getMappingCount ( )  :  int
Reaction.getProductCoefficient ( IMolecule product )  :  Double
Reaction.getProductCoefficients ( )  :  Double[ ]
Reaction.getProductCount ( )  :  int
Reaction.getProducts ( )  :  IMoleculeSet
Reaction.getReactantCoefficient ( IMolecule reactant )  :  Double
Reaction.getReactantCoefficients ( )  :  Double[ ]
Reaction.getReactantCount ( )  :  int
Reaction.getReactants ( )  :  IMoleculeSet
Reaction.mappings ( )  :  Iterable
Reaction.Reaction ( )
Reaction.removeMapping ( int pos )  :  void
Reaction.setDirection ( IReaction.Direction direction )  :  void
Reaction.setProductCoefficient ( IMolecule product, Double coefficient )  :  boolean
Reaction.setProductCoefficients ( Double[ ] coefficients )  :  boolean
Reaction.setProducts ( IMoleculeSet setOfMolecules )  :  void
Reaction.setReactantCoefficient ( IMolecule reactant, Double coefficient )  :  boolean
Reaction.setReactantCoefficients ( Double[ ] coefficients )  :  boolean
Reaction.setReactants ( IMoleculeSet setOfMolecules )  :  void
Reaction.toString ( )  :  String

cdk-1.4.3.jar, ReactionScheme.class
package org.openscience.cdk.silent
ReactionScheme.add ( IReactionScheme scheme )  :  void
ReactionScheme.clone ( )  :  Object
ReactionScheme.getReactionSchemeCount ( )  :  int
ReactionScheme.ReactionScheme ( )
ReactionScheme.reactionSchemes ( )  :  Iterable
ReactionScheme.removeAllReactionSchemes ( )  :  void
ReactionScheme.removeReactionScheme ( IReactionScheme scheme )  :  void

cdk-1.4.3.jar, ReactionSet.class
package org.openscience.cdk.silent
ReactionSet.addReaction ( IReaction reaction )  :  void
ReactionSet.clone ( )  :  Object
ReactionSet.getReaction ( int number )  :  IReaction
ReactionSet.getReactionCount ( )  :  int
ReactionSet.reactions ( )  :  Iterable
ReactionSet.ReactionSet ( )
ReactionSet.removeAllReactions ( )  :  void
ReactionSet.removeReaction ( int pos )  :  void
ReactionSet.removeReaction ( IReaction relevantReaction )  :  void
ReactionSet.stateChanged ( IChemObjectChangeEvent event )  :  void
ReactionSet.toString ( )  :  String

cdk-1.4.3.jar, Ring.class
package org.openscience.cdk.silent
Ring.getBondOrderSum ( )  :  int
Ring.getNextBond ( IBond bond, IAtom atom )  :  IBond
Ring.getRingSize ( )  :  int
Ring.Ring ( )
Ring.Ring ( IAtomContainer atomContainer )
Ring.Ring ( int ringSize )
Ring.Ring ( int ringSize, String elementSymbol )
Ring.toString ( )  :  String

cdk-1.4.3.jar, RingSet.class
package org.openscience.cdk.silent
RingSet.add ( IRingSet ringSet )  :  void
RingSet.clone ( )  :  Object
RingSet.contains ( IAtom atom )  :  boolean
RingSet.contains ( IAtomContainer ring )  :  boolean
RingSet.getConnectedRings ( IRing ring )  :  IRingSet
RingSet.getRings ( IAtom atom )  :  IRingSet
RingSet.getRings ( IBond bond )  :  IRingSet
RingSet.RingSet ( )
RingSet.toString ( )  :  String

cdk-1.4.3.jar, SilentChemObjectBuilder.class
package org.openscience.cdk.silent
SilentChemObjectBuilder.getInstance ( ) [static]  :  IChemObjectBuilder
SilentChemObjectBuilder.newInstance ( Class clazz, Object[ ] params )  :  ICDKObject

cdk-1.4.3.jar, SingleElectron.class
package org.openscience.cdk.silent
SingleElectron.clone ( )  :  Object
SingleElectron.contains ( IAtom atom )  :  boolean
SingleElectron.getAtom ( )  :  IAtom
SingleElectron.getElectronCount ( )  :  Integer
SingleElectron.setAtom ( IAtom atom )  :  void
SingleElectron.SingleElectron ( )
SingleElectron.SingleElectron ( IAtom atom )
SingleElectron.toString ( )  :  String

cdk-1.4.3.jar, Strand.class
package org.openscience.cdk.silent
Strand.addAtom ( IAtom oAtom )  :  void
Strand.addAtom ( IAtom oAtom, IMonomer oMonomer )  :  void
Strand.clone ( )  :  Object
Strand.getMonomer ( String cName )  :  IMonomer
Strand.getMonomerCount ( )  :  int
Strand.getMonomerNames ( )  :  Collection
Strand.getMonomers ( )  :  Map
Strand.getStrandName ( )  :  String
Strand.getStrandType ( )  :  String
Strand.removeMonomer ( String name )  :  void
Strand.setStrandName ( String cStrandName )  :  void
Strand.setStrandType ( String cStrandType )  :  void
Strand.Strand ( )
Strand.toString ( )  :  String

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